Ανάλυση συστήματος του VEGFA σε καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων: Η έκφραση, η πρόγνωση, το δίκτυο γονιδιακής ρύθμισης και οι στόχοι ρύθμισης

edmund.chen@wecistanche.com

Εισαγωγή

Νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC), ο πιο κοινός κακοήθης όγκος στηννεφρό, είναι ένας από τους 10 πιο συχνούς καρκίνους παγκοσμίως.1 Αντιπροσωπεύει περίπου 330,000 περιπτώσεις καρκίνου παγκοσμίως και περισσότερους από 140,000 θανάτους ετησίως.2 Μεταξύ των ετερογενών υποτύπων RCC,νεφρό νεφρώνΤο θηλώδες κυτταρικό καρκίνωμα (KIRP) κατατάσσεται στη δεύτερη θέση ως προς τη συχνότητα εμφάνισης, αντιπροσωπεύοντας το 10% -15% των RCC,νεφρός νεφρόςδιαυγές καρκίνωμα (KIRC) με επίπτωση 75 τοις εκατό –80 τοις εκατό .3ΝεφρόΤο χρωμοφοβικό (KICH) είναι ένας σπάνιος υποτύπος RCC, που αντιπροσωπεύει περίπου το 4 τοις εκατό -5 τοις εκατό των RCC.4 Το προχωρημένο RCC είναι μια θανατηφόρα ασθένεια, με 5-ετήσιο ποσοστό επιβίωσης μόνο 11,7 τοις εκατό .5 Χειρουργική επέμβαση και στοχευμένη θεραπεία είναι οι κύριες κλινικές θεραπευτικές μέθοδοι για το RCC.6 Σχετικές κλινικές δοκιμές έχουν δείξει ότι η χρήση αναστολέων του ανοσοποιητικού σημείου ελέγχου σε συνδυασμό με αντιαγγειογενείς παράγοντες είναι κλινικά πιο αποτελεσματική σε ασθενείς με RCC.7,8 Ωστόσο, οι νέες μέθοδοι που βασίζονται στην ανοσοθεραπεία αντιμετωπίζουν επίσης πολλές προκλήσεις σε κλινική εφαρμογή. Υπάρχει επείγουσα ανάγκη να εντοπιστούν πιο πολλά υποσχόμενοι θεραπευτικοί στόχοι και προσεγγίσεις για τη θεραπεία της RCC.

Ο αγγειακός ενδοθηλιακός αυξητικός παράγοντας Α (VEGFA), ένας κρίσιμος αγγειογενής παράγοντας, είναι ένας σημαντικός παράγοντας που σχετίζεται με τον όγκο σε ασθενείς με RCC και παίζει καθοριστικό ρόλο στην αγγειογένεση και την εξέλιξη του όγκου. 9 1.10 Αρκετοί αναστολείς VEGFA είναι κλινικά χρήσιμοι.11,12 Το Sunitinib, ο αναστολέας της κινάσης της τυροσίνης χωρίς αγγεία του VEGF, έχει εγκριθεί για τη θεραπεία πρώτης και δεύτερης γραμμής προχωρημένου RCC. Ωστόσο, το sunitinib μπορεί δυνητικά να προκαλέσεινεφρική βλάβηκαι καρδιαγγειακή ανεπάρκεια.11 Παρόλο που ο VEGFA θεωρείται βασικός παράγοντας που σχετίζεται με τον όγκο σε ασθενείς με RCC, το επίπεδο έκφρασης, το δίκτυο γονιδιακής ρύθμισης, η προγνωστική αξία και ο στόχος ρύθμισης του VEGFA σε ασθενείς με ετερογενείς υποτύπους RCC (KIRC, KICH, και KIRP) παραμένουν αδιευκρίνιστα. Επομένως, είναι απαραίτητο να ληφθούν πιο χρήσιμες πληροφορίες σχετικά με τη σχέση μεταξύ έκφρασης VEGFA και εμφάνισης RCC. Στην παρούσα μελέτη, χρησιμοποιήσαμε πολλές δωρεάν διαδικτυακές βάσεις δεδομένων για να προσδιορίσουμε το επίπεδο έκφρασης, το δίκτυο γονιδιακής ρύθμισης, την προγνωστική αξία και τον στόχο ρύθμισης του VEGFA σε ασθενείς με RCC. Επιπλέον, αυτή η μελέτη είχε ως στόχο να διερευνήσει περαιτέρω τη σχέση μεταξύ της έκφρασης VEGFA και της εμφάνισης RCC και να παράσχει νέες γνώσεις σχετικά με τη θεραπεία-στόχο των ασθενών με RCC.

Λέξεις-κλειδιά:Καρκίνωμα νεφρού, νεφρικό διαυγές καρκίνωμα νεφρού, χρωμοφοβικό νεφρό, νεφρικό θηλώδες κυτταρικό καρκίνωμα, VEGFA, δίκτυο γονιδιακής ρύθμισης, πρόβλεψη στόχου

Το CISTANCHE ΘΑ ΒΕΛΤΙΩΣΕΙ ΤΗ ΝΕΦΡΙΚΗ/ΝΕΦΡΙΚΗ ΝΟΣΟ

Υλικά και μέθοδοι

Ανάλυση UALCANΤο UALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html) είναι μια διαδικτυακή βάση δεδομένων που χρησιμοποιείται ως εργαλείο για αναλύσεις γονιδίων έκφρασης και επιβίωσης υποομάδας όγκου.13,Η ενότητα "Ανάλυση έκφρασης" της βάσης δεδομένων ALCAN χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση δεδομένων έκφρασης γονιδίου TCGA και τα κριτήρια διαλογής ορίστηκαν ως εξής: (α) γονίδιο: VEGFA. (β) σύνολο δεδομένων: KIRC, KICH και KIRP. (γ) συνθήκες ρύθμισης κατωφλίου: Αποκοπή τιμής P =0.05. Το Student's t-test χρησιμοποιήθηκε για συγκριτική ανάλυση.Ανάλυση προφίλ γονιδιακής έκφρασηςΑνάλυση προφίλ γονιδιακής έκφρασης (GEPIA) (http://gepia.Cancer-pku.cn/index.html) είναι μια δωρεάν διαδικτυακή πλατφόρμα που παρέχει δεδομένα έκφρασης αλληλουχίας RNA 9736 όγκων και 8587 φυσιολογικών δειγμάτων για ανάλυση 14 διαφορικής έκφρασης mRNA, μεθυλίωσης προαγωγέα, παθολογικού σταδίου και σχετικής πρόγνωσης σε αυτή τη μελέτη. Τα κριτήρια διαλογής ήταν τα εξής: (α) γονίδιο: VEGFA. (β) σύνολο δεδομένων: KIRC, KICH και KIRP. (γ) συνθήκες ρύθμισης κατωφλίου: Αποκοπή τιμής P =0.05. Το Student's t-test χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση της έκφρασης του VEGFA και του παθολογικού σταδίου του RCC. Η καμπύλη Kaplan–Meier χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση της πρόγνωσης των ασθενών με RCC.Ανάλυση cBioPortalΤο cBioPortal (http://cbioportal.org) είναι μια ανοιχτή διαδικτυακή βάση δεδομένων που χρησιμοποιείται για την οπτικοποίηση, τη μελέτη και την ανάλυση γενετικών δεδομένων καρκίνου.15 Στη μελέτη μας, η ανάλυση των γενετικών αλλαγών του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων (τα κορυφαία 5{{ 9}} τροποποιημένα γειτονικά γονίδια του VEGFA) διεξήχθη χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων cBioPortal. Τα κριτήρια διαλογής ήταν τα εξής: (α) Αναλύθηκαν 446, 66 και 274 δείγματα KIRC, KICH και KIRP, αντίστοιχα. (β) Οι βαθμολογίες z έκφρασης του mRNA σε σχέση με όλα τα δείγματα (log RNA Seq V2 RSEM) ελήφθησαν χρησιμοποιώντας ένα όριο z-score ±2,0. (γ) γονίδιο: VEGFA.Ανάλυση STRINGΤο STRING (https://string-db.org/cgi/input.pl) είναι μια διαδικτυακή δωρεάν βάση δεδομένων που χρησιμοποιείται για την κατασκευή δικτύων αλληλεπίδρασης πρωτεΐνης-πρωτεΐνης (PPI) μεταξύ των πρωτεϊνών-στόχων.16 Σε αυτή τη μελέτη, δημιουργήσαμε την αλληλεπίδραση δικτύου PPI από συνθήκες διαλογής με χαμηλή εμπιστοσύνη (0.150) και ορίζονται είδη ως Homo sapiens.Ανάλυση GeneMANIAΤο GeneMANIA (http://www.genemania.org) είναι ένα εργαλείο ανάλυσης για τη δημιουργία PPI, τη δημιουργία υποθέσεων σχετικά με τη λειτουργία των γονιδίων, την ανάλυση λιστών γονιδίων και την αλληλουχία γονιδίων για τον προσδιορισμό της λειτουργίας.17 Σε αυτή τη μελέτη, κατασκευάσαμε δίκτυα αλληλεπίδρασης για τη διερεύνηση του ρόλου του VEGFA και των κορυφαίων 50 αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων.Ανάλυση μετατοπίωνΤο Metascape (https://metascape.org) είναι ένα απλό και ισχυρό εργαλείο σχολιασμού και ανάλυσης γονιδιακών συναρτήσεων που μπορεί να βοηθήσει τους χρήστες να εφαρμόσουν τις επί του παρόντος δημοφιλείς μεθόδους ανάλυσης βιοπληροφορικής για την ανάλυση παρτίδων γονιδίων και πρωτεϊνών για να κατανοήσουν τη λειτουργία γονιδίου ή πρωτεΐνης.18 Μελέτη, η λειτουργία Οντολογίας Γονιδίων (GO) και η ανάλυση εμπλουτισμού μονοπατιού της Εγκυκλοπαίδειας του Κιότο των Γονιδίων και Γονιδιωμάτων (KEGG) του VEGFA και των αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του στο RCC διερευνήθηκαν χρησιμοποιώντας το Metascape.Ανάλυση TRUSTΤο TRUST (https://www.grnpedia.orgtrrust/) είναι μια μη αυτόματα επιμελημένη βάση δεδομένων των ρυθμιστικών δικτύων ανθρώπινης μεταγραφής που περιέχει 8444 και 6552 ρυθμιστικές σχέσεις μεταγραφής-παράγοντα-στόχου 800 ανθρώπινων παραγόντων μεταγραφής.19 Σε αυτή τη μελέτη, προσπαθήσαμε να προσδιορίστε τον βασικό παράγοντα που ρυθμίζει την έκφραση του VEGFA και των αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με RCC χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων TRUST.Ανάλυση LinkedOmicsΤο LinkedOmics (http://www.linkedomics.org) είναι μια δημόσια διαδικτυακή πλατφόρμα που περιλαμβάνει δεδομένα multi-omics και από τους 32 τύπους καρκίνου TCGA.20 Παρέχει μεθόδους ανάλυσης και σύγκρισης δεδομένων πολλαπλών ομικών καρκίνου εντός και μεταξύ των τύπων όγκων. Στη μελέτη μας, ο εμπλουτισμός στόχου κινάσης, ο εμπλουτισμός στόχου miRNA και τα γονίδια που εκφράζονται διαφορικά σε συσχέτιση με το VEGFA διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας τη μονάδα «LinkInterpreter» του LinkedOmics. Τα κριτήρια διαλογής ορίστηκαν ως εξής: (α) ελάχιστος αριθμός τριών γονιδίων (μέγεθος). (β) τύπος καρκίνου: KIRC, KICH και KIRP. (γ) προσομοίωση 500. (δ) απόδοση αναζήτησης: VEGFA και τα κορυφαία 50 αλλαγμένα γειτονικά γονίδια. (ε) σύνολο δεδομένων στόχου: RNA-seq (τύπος δεδομένων).Ανάλυση χρονοδιακόπτηΤο TIMER (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) είναι μια περιεκτική πηγή για τη συστηματική ανάλυση των κυττάρων του ανοσοποιητικού που διεισδύουν στον όγκο, συμπεριλαμβανομένων των Β κυττάρων, των CD4 συν Τ κύτταρα, των CD8 συν Τ κυττάρων, των ουδετερόφιλων, των μακροφάγων και των δενδριτικών κύτταρα.21 Στη μελέτη μας, η συσχέτιση μεταξύ του επιπέδου έκφρασης του VEGFA και της διείσδυσης των ανοσοκυττάρων αξιολογήθηκε από τη «γονιδιακή μονάδα» του TIMER.

Αποτελέσματα

Έκφραση VEGFA σε ασθενείς με RCCΣυγκρίναμε τα επίπεδα έκφρασης του VEGFA σε ασθενείς με RCC με φυσιολογικούς ανθρώπινους ιστούς και βρήκαμε ότι τα μεταγραφικά επίπεδα του VEGFA που διαστρωματώθηκαν ανά τύπο δείγματος, φύλο και παθολογικό στάδιο KIRC ήταν σημαντικά αυξημένα (P < {{0}}="" .001)="" (εικόνα="" 1(α)="" έως="" (γ)).="" ομοίως,="" το="" επίπεδο="" έκφρασης="" του="" vegfa="" στους="" ιστούς="" kich="" αυξήθηκε="" με="" βάση="" τον="" τύπο="" του="" δείγματος,="" το="" φύλο="" και="" το="" στάδιο="" 2="" kich="" (ρ="">< 0,05)="" (εικόνα="" 1(δ)="" έως="" (στ)).="" ωστόσο,="" το="" επίπεδο="" έκφρασης="" του="" vegfa="" στους="" ιστούς="" kirp="" μειώθηκε="" με="" βάση="" τον="" τύπο="" του="" δείγματος="" και="" το="" αρσενικό="" φύλο="" (ρ="">< 0,05)="" (εικόνα="" 1(g)="" και="" (η)).="" επιπλέον,="" αξιολογήσαμε="" τη="" συσχέτιση="" μεταξύ="" της="" διαφορικής="" έκφρασης="" του="" vegfa="" και="" του="" παθολογικού="" σταδίου="" σε="" ασθενείς="" με="" rcc.="" τα="" αποτελέσματά="" μας="" έδειξαν="" σημαντική="" συσχέτιση="" μεταξύ="" της="" έκφρασης="" του="" vegfa="" και="" του="" παθολογικού="" σταδίου="" σε="" ασθενείς="" με="" kirc="" (p="0.0471)" και="" kirp="" (p="4.36e-6)" (εικόνα="" 2)="" .="" επιπλέον,="" χρησιμοποιήσαμε="" το="" gepia="" για="" να="" αξιολογήσουμε="" την="" προγνωστική="" αξία="" της="" έκφρασης="" του="" vegfa="" σε="" ασθενείς="" με="" rcc.="" η="" συνολική="" επιβίωση="" ήταν="" μεγαλύτερη="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" που="" είχαν="" χαμηλά="" παρά="" υψηλά="" επίπεδα="" έκφρασης="" vegfa="" (p="0.00044)" (εικόνα="" 3(γ)).="" το="" ποσοστό="" επιβίωσης="" ήταν="" υψηλότερο="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" που="" είχαν="" χαμηλά="" από="" υψηλά="" επίπεδα="" έκφρασης="" vegfa="" πριν="" από="" 100="" μήνες="" (p="0.0016)" (εικόνα="" 3(στ)).="" ωστόσο,="" ένα="" αντίθετο="" αποτέλεσμα="" βρέθηκε="" μετά="" από="" 100="" μήνες="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" (εικόνα="">

Γενετική αλλαγή και επίπεδο μεθυλίωσης προαγωγέα της έκφρασης VEGFA σε ασθενείς με RCCΟι γενετικές αλλοιώσεις του VEGFA σε ασθενείς με RCC αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας TCGA. Τα αποτελέσματά μας έδειξαν ότι η έκφραση του VEGFA μεταβλήθηκε κατά 4 τοις εκατό σε ασθενείς με KIRC (Συμπληρωματικό Σχήμα 1(α)). Ωστόσο, το επίπεδο μεθυλίωσης του προαγωγέα της έκφρασης του VEGFA ήταν χαμηλότερο σε ασθενείς με KIRC από ότι σε φυσιολογικούς ανθρώπους (Συμπληρωματικό Σχήμα 1(β)). Επιπλέον, βρήκαμε 8 τοις εκατό μεταβολή του επιπέδου έκφρασης του VEGFA σε ασθενείς με KICH (Συμπληρωματικό Σχήμα 1(γ)). Ομοίως, η έκφραση του VEGFA μεταβλήθηκε κατά 4 τοις εκατό σε ασθενείς με KIRP (Συμπληρωματικό Σχήμα 1(ε)). Ωστόσο, το επίπεδο μεθυλίωσης του προαγωγέα της έκφρασης του VEGFA ήταν υψηλότερο σε ασθενείς με KIRP παθολογικού σταδίου 1 από ότι σε φυσιολογικά άτομα (Συμπληρωματικό Σχήμα 1(στ))

Γειτονική γονιδιακή αλλαγή και δίκτυο αλληλεπίδρασης VEGFA σε ασθενείς με RCCΗ γειτονική γονιδιακή αλλαγή της έκφρασης του VEGFA σε ασθενείς με RCC αναλύθηκε χρησιμοποιώντας το λογισμικό cBioPortal. Βρήκαμε συχνότητες μεταβολής γειτονικών γονιδίων VEGFA μεγαλύτερες από ή ίσες με 11,11 τοις εκατό , μεγαλύτερες από ή ίσες με 20 τοις εκατό και μεγαλύτερες από ή ίσες με 9,09 τοις εκατό (τα 50 πιο συχνά μεταβαλλόμενα γειτονικά γονίδια) σε ασθενείς με KIRC, KICH και KIRP, αντίστοιχα (Συμπληρωματικοί Πίνακες 1–3). Τα πιο συχνά αλλαγμένα γειτονικά γονίδια VEGFA σε ασθενείς με KIRC ήταν VHL (72,22 τοις εκατό), PBRM1 (33,33 τοις εκατό) και MUC16 (22,22 τοις εκατό) (Συμπληρωματικός Πίνακας 1). Επιπλέον, το TRRAP (60,00 τοις εκατό ), το PABPC1 (60,00 τοις εκατό ) και το MUC5B (60,00 τοις εκατό ) ήταν τα πιο συχνά αλλαγμένα γειτονικά γονίδια VEGFA σε ασθενείς με KICH (Συμπληρωματικός) Πίνακας 2). Τα τρία πιο συχνά μεταβαλλόμενα γειτονικά γονίδια VEGFA σε ασθενείς με KIRP ήταν το BAP1 (27,27 τοις εκατό), το MS4A15 (18,18 τοις εκατό) και το TGM7 (18,18 τοις εκατό) (Συμπληρωματικός Πίνακας 3).

Στη συνέχεια διερευνήσαμε τις πιθανές αλληλεπιδράσεις μεταξύ του VEGFA και των γειτονικών γονιδίων του. Το δίκτυο PPI κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας το λογισμικό STRING. Λάβαμε 43 κόμβους και 95 άκρες στα δίκτυα PPI σε ασθενείς με KIRC (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(α)). Επιπλέον, η τριμεθυλίωση πεπτιδυλ λυσίνης, η μεθυλίωση πεπτιδυλ-λυσίνης, η εξωκυτταρική μήτρα και η γλυκοζυλίωση συνδεδεμένη με πρωτεΐνη Ο ήταν οι κύριες λειτουργίες του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KIRC (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(β)). Λάβαμε επίσης 44 κόμβους και 125 άκρες στα δίκτυα PPI σε ασθενείς με KICH (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(γ)). Το VEGFA και τα γειτονικά του γονίδια είχαν τις ακόλουθες λειτουργίες σε ασθενείς με KICH: επεξεργασία Ο-γλυκάνης, αυλός Golgi, γλυκοζυλίωση συνδεδεμένη με πρωτεΐνη b, συντήρηση επιθηλιακής δομής και οργάνωση κυτταροσκελετού ενδιάμεσου νήματος (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(δ)). Επιπλέον, λήφθηκαν 30 κόμβοι και 57 ακμές στα δίκτυα PPI σε ασθενείς με KIRP (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(ε)). Η ανάπτυξη της μυϊκής δομής, η διαφοροποίηση των μυϊκών κυττάρων, η ανάπτυξη μυϊκού ιστού και η ανάπτυξη του δομικού συστατικού του μυϊκού ιστού ήταν οι κύριες λειτουργίες του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KIRP (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(στ)). Το VEGFA συνδέεται με τα γειτονικά του γονίδια σε ένα σύνθετο δίκτυο αλληλεπίδρασης μέσω συνέκφρασης, φυσικών αλληλεπιδράσεων, προβλεπόμενων κοινών πρωτεϊνικών τομέων και συνεντοπισμού (Συμπληρωματικό Σχήμα 2(β) έως (στ))

Ανάλυση εμπλουτισμού διαδρομής GO και KEGGΗ λειτουργία GO και η ανάλυση εμπλουτισμού της οδού KEGG του VEGFA και των κορυφαίων 50 αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων σε ασθενείς με RCC διερευνήθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό Metascape. Τα αποτελέσματά μας έδειξαν ότι τα κυτταρικά συστατικά που σχετίζονται με το VEGFA και τα γειτονικά του γονίδια σε ασθενείς με KIRC εμπλέκονται κυρίως στη βασική μεμβράνη, την κοιλότητα, τη σύνδεση προσκολλημένων, το τμήμα του σπέρματος και το τμήμα της συσταλτικής ίνας (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(α)). Επιπλέον, η μορφογένεση των στεφανιαίων αγγείων, η ανάπτυξη καρδιομυοκυττάρων, η θετική ρύθμιση της επέκτασης του νευράξονα και η ετερόφιλη προσκόλληση κυττάρου-κυττάρου μέσω μορίων κυτταρικής προσκόλλησης μεμβράνης πλάσματος ήταν οι κύριες βιολογικές διεργασίες της έκφρασης του VEGFA και των αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων σε ασθενείς με KIRC (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(β)). Οι μοριακές λειτουργίες του VEGFA και των κορυφαίων 50 αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με KIRC περιελάμβαναν κυρίως δομικό συστατικό εξωκυτταρικής μήτρας, δέσμευση μορίου προσκόλλησης κυττάρων και καταλυτική δραστηριότητα, καθώς και δράση στο RNA (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(γ)). Το μονοπάτι KEGG του VEGFA και τα γειτονικά του γονίδια στο KIRC εμπλέκονταν κυρίως στη σηματοδοτική οδό AGE-RAGE στις διαβητικές επιπλοκές και στο μονοπάτι σηματοδότησης PI3K-Akt (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(δ)). Ο αυλός Golgi, η εξωκυτταρική μήτρα, το σύμπλεγμα ATPase και ο δίσκος Ζ ήταν κυτταρικά συστατικά που σχετίζονται με την έκφραση του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KICH (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(ε)). Επιπλέον, οι κύριες βιολογικές διεργασίες που περιλαμβάνουν την έκφραση του VEGFA και των κορυφαίων 50 αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με KICH ήταν η διατήρηση του γαστρεντερικού επιθηλίου, η αρνητική ρύθμιση της οργάνωσης των κυτταρικών συστατικών και η επούλωση τραυμάτων (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(στ)) . Οι μοριακές λειτουργίες του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KICH ήταν δραστηριότητα ATPase, σύνδεση νήματος ακτίνης και σύνδεση πρωτεάσης (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(g)). Οι μεταφορείς κασέτας σύνδεσης ATP (ABC) και η μόλυνση από τον ιό 1 της λευχαιμίας των ανθρώπινων Τ-κυττάρων συμμετείχαν στην ανάλυση οδού KEGG του VEGFA και των κορυφαίων 50 αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με KICH (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(η)). Επιπλέον, τα κυτταρικά συστατικά που σχετίζονται με το VEGFA και τα γειτονικά του γονίδια σε ασθενείς με KIRP εμπλέκονται κυρίως στον αυλό Golgi και το κεντριόλιο (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(I)). Επιπλέον, η ομοιόσταση των ιστών, η ομοιόσταση των μυελοειδών κυττάρων, η επεξεργασία της Ο-γλυκάνης και η κυτταρική απόκριση στα λιπίδια ήταν οι κύριες βιολογικές διεργασίες που εμπλέκονται στην έκφραση του VEGFA και των αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με KIRP (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(j)). Οι μοριακές λειτουργίες του VEGFA και των κορυφαίων 50 αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων σε ασθενείς με KIRP περιελάμβαναν κυρίως δραστηριότητα συνενεργοποιητή μεταγραφής, δραστηριότητα πεπτιδάσης τύπου κυστεΐνης και δέσμευση καλμοδουλίνης (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(k)). Η λοίμωξη από Vibrio cholerae, η διατατική μυοκαρδιοπάθεια και η μόλυνση από ανθρώπινο κυτταρομεγαλοϊό συμμετείχαν στην ανάλυση οδού KEGG του VEGFA και των αλλαγμένων γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με KIRP (Συμπληρωματικό Σχήμα 3(l)).

Το CISTANCHE ΘΑ ΒΕΛΤΙΩΣΕΙ ΤΗΝ ΝΕΦΡΙΚΗ/ΝΕΦΡΙΚΗ ΛΟΙΜΩΞΗ

Οι στόχοι του μεταγραφικού παράγοντα του VEGFA σε ασθενείς με RCCΟι πιθανοί στόχοι μεταγραφικού παράγοντα, κινάσης και miRNA του VEGFA σε ασθενείς με RCC αποκτήθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό TRRUST (Πίνακας 1). Η επαγόμενη από υποξία υπομονάδα άλφα παράγοντα 1 (HIF1A), ο μεταγραφικός παράγοντας AP-2 άλφα (TFAP2A) και ο υποδοχέας οιστρογόνου 1 (ESR1) ήταν οι βασικοί μεταγραφικοί παράγοντες που εμπλέκονται στο δίκτυο του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KIRC (P < 0.05).="" τα="" rora,="" setd2,="" vegfa="" και="" vhl="" έχουν="" ρυθμισμένα="" γονίδια="" του="" hif1a.="" επιπλέον,="" το="" tfap2a="" ρύθμιζε="" τις="" λειτουργίες="" των="" adra1a="" και="" vegfa.="" τα="" nr5a2="" και="" vegfa="" έχουν="" ρυθμισμένα="" γονίδια="" του="" esr1.="" ακόμη="" περισσότερο,="" οι="" βασικοί="" στόχοι="" μεταγραφικών="" παραγόντων="" που="" εμπλέκονται="" στο="" δίκτυο="" του="" vegfa="" και="" των="" γειτονικών="" του="" γονιδίων="" ήταν="" ο="" μετατροπέας="" σήματος="" και="" ενεργοποιητής="" της="" μεταγραφής="" 3="" (stat3),="" ο="" πυρηνικός="" παράγοντας="" του="" ενισχυτή="" γονιδίου="" κάπα="" ελαφρού="" πολυπεπτιδίου="" στα="" β-κύτταρα="" 1="" (nfkb1)="" και="" η="" ομοιοπεδία="" αλληλεπιδρούσα="" πρωτεϊνική="" κινάση="" 2="" (hipk2)="" σε="" ασθενείς="" με="" kich="" (p="">< 0.01).="" τα="" ρυθμιζόμενα="" γονίδια="" του="" stat3="" ήταν="" a2m,="" muc4,="" muc5b,="" tp53="" και="" vegfa.="" επιπλέον,="" το="" nfkb1="" ρύθμισε="" τις="" λειτουργίες="" των="" a2m,="" muc5b,="" muc6,="" tnc,="" tp53="" και="" vegfa.="" τα="" tp53="" και="" vegfa="" έχουν="" ρυθμισμένα="" γονίδια="" του="" hipk2.="" επιπλέον,="" το="" forkhead="" box="" o3="" (foxo3),="" το="" tfap2a="" (ενεργοποιητική="" πρωτεΐνη="" 2="" άλφα="" που="" δεσμεύει="" τον="" ενισχυτή)="" και="" το="" ομόλογο="" ογκογονιδίου="" 1="" του="" ιού="" ερυθροβλάστωσης="" v-ets="" e26="" (ets1)="" ήταν="" οι="" κρίσιμοι="" στόχοι="" μεταγραφικών="" παραγόντων="" του="" vegfa="" και="" των="" γειτονικών="" του="" γονιδίων="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" (="" ρ="">< 0,05).="" επιπλέον,="" το="" bcl2l11="" και="" το="" vegfa="" έχουν="" ρυθμισμένα="" γονίδια="" του="" foxo3.="" επιπλέον,="" το="" tfap2a="" ρύθμισε="" τις="" λειτουργίες="" των="" muc4="" και="" vegfa.="" τα="" casp1="" και="" muc4="" ήταν="" τα="" γονίδια="" που="" ρυθμίστηκαν="" από="" το="">

Στόχοι κινάσης και miRNA του VEGFA σε ασθενείς με RCC Λάβαμε επίσης τους τρεις κορυφαίους στόχους κινάσης και στόχους miRNA του δικτύου VEGFA με το LinkedOmics (Πίνακας 2). Το δίκτυο στόχων miRNA VEGFA στο KIRC συσχετίστηκε με το ATAAGCT MIR-21 (P < 0.05).="" επιπλέον,="" στόχοι="" κινάσης="" του="" vegfa="" ήταν="" η="" atm="" κινάσης="" σε="" ασθενείς="" με="" kich="" (p="">< 0.05).="" επιπλέον,="" η="" κινάση="" cdk1="" και="" η="" κινάση="" aurkb="" ήταν="" οι="" στόχοι="" κινάσης="" του="" vegfa="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" (p=""><0,05). οι="" στόχοι="" mirna="" του="" vegfa="" ήταν="" (tcgatgg)="" mir-213,="" (tctgatc)="" mir-383="" και="" (caggtcc)="" mir-492="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" (p=""><>

Συσχέτιση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων και έκφρασης VEGFA σε ασθενείς με RCCΛάβαμε δεδομένα αλληλουχίας mRNA 533 ασθενών με KIRC στη βάση δεδομένων TCGA του LinkedOmics. Όπως φαίνεται στο Συμπληρωματικό Σχήμα 4(α), 20158 γονίδια σχετίζονται στενά με το VEGFA. Μεταξύ αυτών, 11.417 και 8741 γονίδια έδειξαν θετικές και αρνητικές συσχετίσεις, αντίστοιχα, με την έκφραση VEGFA. Επιπλέον, 50 σημαντικά γονίδια συσχετίστηκαν θετικά και αρνητικά με την έκφραση του VEGFA σε ασθενείς με KIRC (P <0,05) (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 4(β)="" και="" (γ)).="" επιπλέον,="" η="" έκφραση="" του="" vegfa="" είχε="" ισχυρή="" θετική="" συσχέτιση="" με="" το="" notch4="" (συντελεστής="" συσχέτισης="" pearson="0.7023," p="2.076e–80)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(α)),="" gpr4="" (συσχέτιση="" pearson{="" {19}}.702,="" p="2.63e–80)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(β)),="" και="" trib2="" (συσχέτιση="" pearson="0.6972," p="8.902e–79" )="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(γ))="" εκφράσεις.="" επιπλέον,="" αναλύσαμε="" δεδομένα="" αλληλουχίας="" mrna="" 66="" ασθενών="" με="" kich="" στη="" βάση="" δεδομένων="" tcga="" και="" βρήκαμε="" ότι="" 19.216="" γονίδια="" σχετίζονται="" στενά="" με="" την="" έκφραση="" vegfa.="" μεταξύ="" αυτών,="" 8820="" και="" 10.396="" γονίδια="" έδειξαν="" θετικές="" και="" αρνητικές="" συσχετίσεις,="" αντίστοιχα,="" με="" την="" έκφραση="" vegfa="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 4(δ)).="" επίσης,="" εντοπίσαμε="" 50="" σημαντικά="" γονίδια="" που="" συσχετίστηκαν="" θετικά="" και="" αρνητικά="" με="" την="" έκφραση="" vegfa="" σε="" ασθενείς="" με="" kich="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 4(ε)="" και="" (στ)).="" επιπλέον,="" η="" έκφραση="" vegfa="" συσχετίστηκε="" θετικά="" με="" το="" ckmt2="" (συσχέτιση="" pearson="0.6474," p="4.236e–9)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(δ)),="" rragd="" (συσχέτιση="" pearson="0" .6279,="" p="1.673e–8)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(e))="" και="" ppargc1a="" (συσχετισμός="" pearson="0.6086," p="5.93e–8)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(στ))="" εκφράσεις.="" τέλος,="" αναλύσαμε="" δεδομένα="" αλληλουχίας="" mrna="" 290="" ασθενών="" με="" kirp="" στη="" βάση="" δεδομένων="" tcga.="" επιπλέον,="" 20.023="" γονίδια="" σχετίζονταν="" στενά="" με="" την="" έκφραση="" του="" vegfa.="" μεταξύ="" αυτών,="" 11.130="" και="" 8893="" γονίδια="" έδειξαν="" θετικές="" και="" αρνητικές="" συσχετίσεις,="" αντίστοιχα,="" με="" την="" έκφραση="" vegfa="" vegfa="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 4(g)).="" εντοπίσαμε="" 50="" σημαντικά="" γονίδια="" που="" συσχετίστηκαν="" θετικά="" και="" αρνητικά="" με="" την="" έκφραση="" του="" vegfa="" σε="" ασθενείς="" με="" kirp="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 4(η)="" και="" (i)).="" η="" έκφραση="" του="" vegfa="" συσχετίστηκε="" θετικά="" με="" το="" flt1="" (συσχέτιση="" pearson="0.8184," p="2.909e–71)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(g)),="" c6orf223="" (συσχέτιση="" pearson="0." 7779,="" p="4.606e–60)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5(η))="" και="" esm1="" (συσχετισμός="" pearson="0.7602," p="6.983e–56)" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" 5="" (i))="">

Το CISTANCHE ΘΑ ΒΕΛΤΙΩΣΕΙ ΤΟΝ ΝΕΦΡΟ/ΝΕΦΡΟ ΠΟΝΟ

Διήθηση ανοσοκυττάρων και έκφραση VEGFA σε ασθενείς με RCCΓια να αποκαλύψουμε περαιτέρω τη σχέση μεταξύ της διήθησης των ανοσοκυττάρων και της έκφρασης VEGFA σε ασθενείς με RCC, εξετάσαμε τη συσχέτιση μεταξύ της διήθησης των ανοσοκυττάρων και της έκφρασης VEGFA χρησιμοποιώντας το λογισμικό TIMER. Το επίπεδο έκφρασης του VEGFA σε ασθενείς με KIRC συσχετίστηκε θετικά με τη διήθηση CD8 συν Τ κύτταρα (Cor=0.197, P=3.36e-5), CD4 συν Τ κύτταρα ( Cor= 0.301, P=4.41e-11) και ουδετερόφιλα (Cor =0.223, P= 1.44e -6) (Συμπληρωματικό Σχήμα 6(α)). Επιπλέον, αναλύσαμε τη συσχέτιση μεταξύ της διήθησης των ανοσοκυττάρων και της έκφρασης VEGFA σε ασθενείς με KICH. Η διείσδυση του B (Cor=0.349, P=4.39e-3), CD8 plus T (Cor= 0.398, P{=1.03e -5), και τα δενδριτικά κύτταρα (Cor=0.253, P=4.18e-2) συσχετίστηκαν θετικά με την έκφραση του VEGFA (Συμπληρωματικό Σχήμα 6(β)) . Τέλος, το επίπεδο έκφρασης του VEGFA σε ασθενείς με KIRC συσχετίστηκε θετικά με τη διήθηση Β (Cor= 0.16, P=1.04e-2), CD8 συν T (Cor{ {41}}.179, P=0.384e-3) και CD4 συν Τ κύτταρα (Cor=0.157, P=1.14e{-2 ) (Συμπληρωματικό Σχήμα 6(γ)). Ωστόσο, η διήθηση μακροφάγων (Cor=-0,226, P=3.22e-4) συσχετίστηκε αρνητικά με την έκφραση VEGFA (Συμπληρωματικό Σχήμα 6(γ)).

Συζήτηση

Το VEGFA, μέλος της οικογένειας VEGF, είναι σημαντική κυτοκίνη και κύριος επαγωγέας αγγειογένεσης.22 Προκλινικές μελέτες έχουν αναφέρει ότι το VEGFA υπερεκφράζεται σε ασθενείς με RCC.23,24 Ωστόσο, το επίπεδο έκφρασης του VEGFA σε ασθενείς με RCC παραμένει αμφιλεγόμενο. .25,26 Η αγγειογένεση του όγκου παίζει ζωτικό ρόλο στην εξέλιξη του RCC. Φάρμακα που στοχεύουν στην αγγειογένεση όγκου χρησιμοποιούνται στη θεραπεία του RCC για σχεδόν 20 χρόνια.27 Ωστόσο, τα θεραπευτικά αποτελέσματα αυτών των φαρμάκων δεν είναι ακόμα ιδανικά και οι παρενέργειές τους πρέπει να μειωθούν. Επιδιώξαμε να αποκαλύψουμε το δίκτυο γονιδιακής ρύθμισης, την προγνωστική αξία και την πρόβλεψη στόχου του VEGFA σε ασθενείς με RCC.

Επιπλέον, διερευνήσαμε το επίπεδο έκφρασης του VEGFA και τη συσχέτιση μεταξύ της διαφορικής έκφρασης του VEGFA και του παθολογικού σταδίου σε ασθενείς με RCC. Η έκφραση του VEGFA ρυθμίστηκε προς τα πάνω σε ασθενείς με KIRC και KICH παρά σε φυσιολογικά άτομα. Ωστόσο, οι ασθενείς με KIRP είχαν μειωμένη έκφραση VEGFA. Αυτά τα ευρήματα ήταν παρόμοια με τα ευρήματα προηγούμενων μελετών σε ασθενείς με KIRC, KICH και KIRP,26,28 και ήταν αντίθετα με τα ευρήματα προηγούμενης μελέτης σε ασθενείς με KICH.25 Προσπαθήσαμε να εξηγήσουμε τα αντικρουόμενα αποτελέσματα μέσω γονιδιακής αλλαγής και μεθυλίωσης προαγωγέα σε ασθενείς με RCC. Βρήκαμε ότι γενετικές αλλοιώσεις εμφανίστηκαν στο 4 τοις εκατό, το 8 τοις εκατό και το 4 τοις εκατό των ασθενών με KIRC, KICH και KIRP, αντίστοιχα. Επιπλέον, το επίπεδο μεθυλίωσης προαγωγέα του VEGFA ήταν χαμηλότερο σε ασθενείς με διαφορετικά στάδια KIRC από ότι σε υγιή άτομα. Αντίθετα, το επίπεδο μεθυλίωσης προαγωγέα του VEGFA ήταν υψηλότερο σε ασθενείς με KIRP σταδίου 1. Ωστόσο, δεν βρέθηκαν διαφορές στο επίπεδο μεθυλίωσης του προαγωγέα του VEGFA μεταξύ ασθενών με KICH και υγιών ατόμων. Επομένως, υποθέτουμε ότι η γενετική αλλοίωση και η μεθυλίωση του VEGFA μπορεί να είναι η κύρια αιτία διαφορετικών εκφράσεων του VEGFA σε ασθενείς με RCC. Έκφραση VEGFA και παθολογικά στάδια KIRC και KIRP. Επιπλέον, η επιβίωση ασθενών με KIRP με χαμηλά επίπεδα έκφρασης VEGFA ήταν μεγαλύτερη από αυτή των ασθενών με KIRP που είχαν υψηλά επίπεδα έκφρασης VEGFA. Συγκεκριμένα, λάβαμε αντίθετα αποτελέσματα μετά από 100 μήνες σε ασθενείς με KIRP με βάση τις καμπύλες επιβίωσης χωρίς νόσο. Έτσι, το επίπεδο έκφρασης του VEGFA μπορεί να είναι προγνωστικός δείκτης σε ασθενείς με KIRP. Ορισμένες μελέτες έχουν δείξει ότι η έκφραση του VEGF μπορεί να είναι ένα ουσιαστικό χαρακτηριστικό του προχωρημένου RCC. Η ανίχνευση της συνέκφρασης CD147/VEGF μπορεί να βοηθήσει στην πρόβλεψη της πρόγνωσης ασθενών με προχωρημένο RCC.29

Επιπλέον, τα 50 πιο συχνά γειτονικά γονίδια VEGFA μεταβλήθηκαν σε ασθενείς με RCC σύμφωνα με τις ακόλουθες συχνότητες: Μεγαλύτερο ή ίσο με 11,11 τοις εκατό (KIRC), μεγαλύτερο από ή ίσο με 20 τοις εκατό (KICH) και μεγαλύτερο από ή ίσο με 9,09 τοις εκατό (KIRP). Στη συνέχεια διερευνήσαμε τις πιθανές αλληλεπιδράσεις και λειτουργίες του VEGFA και των γειτονικών γονιδίων του. Διαπιστώθηκε ότι έχουν πολύπλοκα και στενά δίκτυα σύνδεσης. Σε ασθενείς με KIRC, αυτά τα γονίδια εμπλέκονταν κυρίως στη μεθυλίωση των πρωτεϊνών. Ωστόσο, σε ασθενείς με KICH, τα γειτονικά γονίδια VEGFA λειτούργησαν στη γλυκοζυλίωση των πρωτεϊνών και στη διατήρηση της κυτταρικής δομής. Επιπλέον, τα γειτονικά γονίδια VEGFA σχετίζονταν κυρίως με την ανάπτυξη και διαφοροποίηση των μυϊκών ινών σε ασθενείς με KIRP. Οι δυναμικές αλλαγές στη μεθυλίωση των πρωτεϊνών είναι απαραίτητες για τον προσδιορισμό της μοίρας των κυττάρων και την ανάπτυξη των κυττάρων. Η μεθυλίωση της πρωτεΐνης συμβαίνει κυρίως στις πλευρικές αλυσίδες των υπολειμμάτων Lys και Arg.30 Για παράδειγμα, η μεθυλίωση ιστόνης παρατηρείται συνήθως σε καρκίνους με μεθυλίωση στα υπολείμματα Lys και Arg.31 Η ανώμαλη μεθυλίωση και η Ο-γλυκοζυλίωση είναι κοινές επιγενετικές τροποποιήσεις όγκου. Η ανώμαλη Ο-γλυκοζυλίωση συμβάλλει στην ανάπτυξη καρκίνου μέσω της άμεσης επαγωγής ογκογόνων ιδιοτήτων στα καρκινικά κύτταρα.32 Το KIRP είναι ένας κακοήθης όγκος τουνεφρώνπαρέγχυμα που έχει θηλώδη ή σωληνοειδή θηλώδη δομή με άξονα ινώδους αγγείου. Η εμφάνιση KIRP μπορεί να σχετίζεται με την εμφάνιση RCC με στρώμα παρόμοιο με αγγειολειομύωμα (επίσης γνωστό ως στρώμα λείου μυός ή λειομυώματος), λόγω της ουσιαστικής ομοιότητας των ανοσοϊστοχημικών φαινοτύπων τους.33 Τα παραπάνω στοιχεία αποκαλύπτουν ότι τα γειτονικά γονίδια VEGFA ενδέχεται να επηρεάσουν την εμφάνιση και εξέλιξη του RCC.

Το CISTANCHE ΘΑ ΒΕΛΤΙΩΣΕΙ ΤΗΝ ΝΕΦΡΟ/ΝΕΦΡΙΚΗ ΚΑΘΑΡΡΥΣΗ

Επιπλέον, η ανάλυση εμπλουτισμού GO αποκάλυψε ότι οι λειτουργίες του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KIRC σχετίζονται κυρίως με τη δέσμευση μορίου προσκόλλησης κυττάρων και την καταλυτική δραστηριότητα, καθώς και με τη δράση στο RNA. Το μόριο προσκόλλησης επιθηλιακών κυττάρων (EPCAM) έχει πρόσφατα κερδίσει την προσοχή ως υποψήφια πρωτεΐνη για τη διάγνωση, την πρόγνωση και τη θεραπεία διαφόρων όγκων. Το EPCAM είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός μοριακός δείκτης στο RCC και μπορεί να παρέχει βοηθητικές πληροφορίες για καλύτερη πρόγνωση.34 Βρήκαμε ότι η δραστηριότητα της ΑΤΡάσης, η δέσμευση νήματος ακτίνης και η δέσμευση πρωτεάσης ήταν οι μοριακές λειτουργίες του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KICH. Μιτοχονδριακές μορφολογικές και λειτουργικές αλλαγές είναι γνωστό ότι συμβαίνουν σε ασθενείς με KICH35. Η μεταβολή της δραστηριότητας της ΑΤΡάσης μπορεί να είναι ένας πιθανός παθογόνος μηχανισμός. Ωστόσο, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να επιβεβαιωθεί αυτός ο μηχανισμός. Στη μελέτη μας, οι μοριακές λειτουργίες του VEGFA και των αλλαγμένων γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με KIRP περιελάμβαναν κυρίως δραστηριότητα συνενεργοποιητή μεταγραφής, δραστηριότητα πεπτιδάσης τύπου κυστεΐνης και δέσμευση καλμοδουλίνης. Η καλμοδουλίνη είναι μια πανταχού παρούσα ενδοκυτταρική πρωτεΐνη που δεσμεύει το ασβέστιο που αναφέρεται ότι σχετίζεται με τον κυτταρικό κύκλο. Οι ασθενείς με RCC είναι γνωστό ότι παρουσιάζουν θετική συσχέτιση μεταξύ της περιεκτικότητας σε καλμοδουλίνη όγκου και του ρυθμού ανάπτυξης του όγκου.36 Βρήκαμε ότι η οδός σηματοδότησης AGE-RAGE στις διαβητικές επιπλοκές, η οδός σηματοδότησης PI3K-Akt, η δράση μεταφορέα ABC και ο ιός λευχαιμίας των ανθρώπινων Τ-κυττάρων 1 λοίμωξη εμπλέκονταν κυρίως στην ανάλυση της οδού KEGG του VEGFA και των γειτονικών γονιδίων του σε ασθενείς με RCC. Αυτές οι διεργασίες σχετίζονται στενά με την εμφάνιση και την εξέλιξη του καρκίνου.37 Έτσι, η ρύθμιση αυτών των οδών σηματοδότησης μπορεί να είναι ένας πιθανός στόχος θεραπείας RCC.

Επίσης, αναλύσαμε τους στόχους και τους ρυθμιστές του VEGFA σε ασθενείς με RCC. Εξερευνήσαμε αρχικά τους στόχους του μεταγραφικού παράγοντα του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων σε ασθενείς με RCC και βρήκαμε ότι τα HIF1A, TFAP2A και ESR1 ήταν κρίσιμοι ρυθμιστικοί παράγοντες σε ασθενείς με KIRC. Το HIF-1 είναι ένας βασικός γονιδιακός ρυθμιστής που εμπλέκεται στην κυτταρική απόκριση στην υποξία. Η υπερέκφραση του HIF{4}} σχετίζεται με την παθογένεση του RCC. Επιπλέον, ο λειτουργικός πολυμορφισμός του HIF1A μπορεί να οδηγήσει σε ευαισθησία στο RCC και ο πολυμορφισμός του HIF1A μπορεί να επηρεάσει την υποτροπή, την εξέλιξη και την επιβίωση του RCC.38 Ωστόσο, το TFAP2A και το ESR1 δεν έχουν αναφερθεί σε ασθενείς με RCC. Βρήκαμε επίσης ότι οι STAT3, NFKB1 και HIPK2 ήταν σημαντικά ρυθμιζόμενοι παράγοντες σε ασθενείς με KICH. Οι πρωτεΐνες STAT3 είναι βασικοί μεταγραφικοί παράγοντες που ενεργοποιούνται ανώμαλα σε μια ποικιλία κακοηθειών, συμπεριλαμβανομένου του RCC.39 Η αναστολή STAT3 μπορεί να εμποδίσει τη μετανάστευση και την εισβολή των κυττάρων RCC.40

Το NFKB1 σχετίζεται με την παθογένεση πολλών κακοήθων όγκων, συμπεριλαμβανομένου του RCC. Ο λειτουργικός πολυμορφισμός του προαγωγέα NFKB1 σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο RCC.41 Το HIPK2 παίζει μοναδικό ρόλο στη ρύθμιση της απόπτωσης και του πολλαπλασιασμού των κυττάρων, καθώς και στην επιδιόρθωση της βλάβης του DNA και σε άλλες βασικές διεργασίες. Έτσι, το HIPK2 έχει προσελκύσει αυξανόμενη προσοχή. Η φωσφορυλίωση FOXM1 από το HIPK2 προάγει τη μεταγραφική δραστηριότητα και τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων FOXM1 σε ασθενείς με RCC, που μπορεί να είναι ένας πιθανός μηχανισμός θεραπείας RCC.42 Στη μελέτη μας, τα FOXO3, TFAP2A και ETS1 βρέθηκαν να είναι στόχοι κρίσιμοι μεταγραφικοί παράγοντες του VEGFA και των γειτονικών του γονιδίων. σε ασθενείς με KIRP. Η έκφραση της φωσφοφρουκτοκινάσης-Μ με τη μεσολάβηση FOXO3-αναστέλλει την ανάπτυξη, τη μετανάστευση και την εισβολή των κυττάρων RCC,43 Το FOXO3 μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως νέος βιοδείκτης ως νέος θεραπευτικός στόχος στη θεραπεία με RCC.44 Το ETS1 φαίνεται να είναι ένας βασικός μεταγραφικός παράγοντας στην εξωκυτταρική αναδιαμόρφωση μήτρας κατά τη διάρκεια της αγγειογένεσης. μπορεί να εμπλέκεται στην αγγειογένεση RCC.45 Εξερευνήσαμε περαιτέρω τους στόχους κινάσης που σχετίζονται με VEGFA (ATM σε KICH, καθώς και CDK1 και AURKB στο KIRP) και στόχους miRNA που σχετίζονται με VEGFA (MIR{22}} στο KIRC· MIR{ {23}}, MIR{-383 και MIR-492 στο KIRP). Την τελευταία δεκαετία, πολλές μελέτες έχουν δείξει ότι οι διαταραχές ή οι μεταλλάξεις της πρωτεϊνικής κινάσης παίζουν αιτιολογικό ρόλο στην εμφάνιση καρκίνου. Η έρευνα για τον καρκίνο έχει δείξει τον κρίσιμο ρόλο πολλών πρωτεϊνικών κινασών στην ανθρώπινη ογκογένεση και την εξέλιξη του καρκίνου, καθιστώντας αυτά τα μόρια αποτελεσματικά υποψήφια για νέες στοχευμένες θεραπείες.46 Οι αναστολείς κινάσης έχουν φέρει επανάσταση στη θεραπεία ορισμένων τύπων κακοήθων όγκων.47 τα miRNA είναι μια κατηγορία μη κωδικοποιώντας RNA που παίζουν ουσιαστικό ρόλο στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Οι αναστολείς miRNA μειώνουν την έκφραση των γονιδίων-στόχων αλληλεπιδρώντας με την 3' αμετάφραστη περιοχή των γονιδίων-στόχων. Ο σημαντικός τους ρόλος στη ρύθμιση της έκφρασης των ογκοκατασταλτικών γονιδίων και της έκφρασης ογκογονιδίων ενισχύει τον ρόλο τους στην ογκογένεση.48 Η ανακάλυψη στόχων miRNA μπορεί τελικά να αποσαφηνίσει τους μηχανισμούς που κρύβονται πίσω από την ογκογένεση και την ανάπτυξη αντικαρκινικών φαρμάκων.49 Αυτή η μελέτη παρέχει μια αναφορά και υπογραμμίζει τη σημασία περαιτέρω αναλύσεις ρυθμιζόμενων παραγόντων, κινασών και miRNAs ως πιθανών θεραπευτικών στόχων για θεραπεία RCC.

Εξερευνήσαμε τη συσχέτιση μεταξύ διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων και έκφρασης VEGFA σε ασθενείς με RCC. Περισσότερα από 10,000 γονίδια συσχετίστηκαν θετικά και αρνητικά με την έκφραση VEGFA σε ασθενείς με RCC. Μεταξύ αυτών, τα γονίδια με την υψηλότερη συσχέτιση με το VEGFA βρέθηκαν σε ασθενείς με RCC: NOTCH4, GPR4 και TRIB2 στο KIRC. CKMT2, RRAGD και PPARGC1A σε KICH. και FLT1, C6orf223 και ESM1 στο KIRP. Ωστόσο, η στόχευση αυτών των γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο μπορεί να παρέχει μια επικουρική θεραπεία για το RCC. Η ανοσοδιήθηση του RCC σχετίζεται στενά με την κλινική πρόγνωση.50 Η μεταφορά των ανοσοκυττάρων σε καρκινικές θέσεις έγινε κυρίως μέσω των αιμοφόρων αγγείων. Όπως αναμενόταν, διαπιστώσαμε ότι η έκφραση του VEGFA σε ασθενείς με RCC συσχετίστηκε θετικά με τη διήθηση των ανοσοκυττάρων, συμπεριλαμβανομένων των CD8 συν Τ κύτταρα, CD4 συν Τ κύτταρα, μακροφάγων, ουδετερόφιλων και δενδριτικών κυττάρων. Ελπίζουμε να βελτιώσουμε τη διήθηση κυττάρων του ανοσοποιητικού των RCC με την ανάπτυξη φαρμάκων που δρουν σε ρυθμιστικούς στόχους που σχετίζονται με το VEGFA ή το VEGFA. Συμπερασματικά, διερευνώντας το επίπεδο έκφρασης και το δίκτυο γονιδιακής ρύθμισης του VEGFA σε ασθενείς με RCC, προσφέραμε περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τη μελέτη και τη θεραπεία του RCC. Επιπλέον, εντοπίσαμε νέους θεραπευτικούς στόχους και προγνωστικούς βιοδείκτες για την ακριβή πρόβλεψη της επιβίωσης των ασθενών με RCC.