Μέρος 2: Οι κοινές παραλλαγές κινδύνου Cistanche στο NPHS1 και στο TNFSF15 σχετίζονται με το νεφρωσικό σύνδρομο ευαίσθητο στα στεροειδή στην παιδική ηλικία

Επικοινωνία:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Το Cistanche μπορεί να βοηθήσει με το νεφρωσικό σύνδρομο

ΣΥΖΗΤΗΣΗ

Το παρόν ιαπωνικό GWAS με το μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος μέχρι σήμερα και αντιγραφή σε πολλούς ηπειρωτικούς πληθυσμούς προσδιόρισε κοινές παραλλαγές στις περιοχές NPHS1 και TNFSF15 ως νέους παράγοντες ευαισθησίας για τα παιδικά SSNS. Η ανάλυση μετά το GWAS του τόπου του χρωμοσώματος 19 εντόπισε έναν πιθανό μεταγραφικό μηχανισμό μέσω του οποίου ο απλότυπος κινδύνου NPHSI μπορεί να συμβάλλει στην ασθένεια. Τέλος, το μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος ενίσχυσε την πρόσθετη λεπτή χαρτογράφηση των προηγουμένως εμπλεκόμενων θέσεων HLA.1"Συνολικά, αυτά τα ευρήματα επεκτείνουν και βελτιώνουν σημαντικά την κατανόησή μας για το γενετικό υπόβαθρο του παιδικού SSNS. Προσδιορίζουν τη νεφρίνη, το μέλος της υπεροικογένειας του παράγοντα νέκρωσης όγκου της προφλεγμονώδους κυτοκίνης 15(TNFSF15) και τα σχετικά μόριά τους ως νέοι στόχοι για βιολογική έρευνα για την καλύτερη κατανόηση του SSNS και πιθανώς για θεραπευτική ανάπτυξη. Τέλος, η συσχέτιση με κοινές παραλλαγές στον τόπο NPHSI παρέχει ένα άλλο παράδειγμα που δείχνει ότι τα γονίδια της νεφρικής νόσου του Μεντελίου μπορούν να φιλοξενούν παραλλαγές ευαισθησίας για μια πιο κοινή πολυπαραγοντική νόσος (SSNS).

Σπάνιες μεταλλάξεις στο NPHS1 προκαλούν μια συγγενήνεφρωτικήσύνδρομοφινλανδικού τύπου, σπάνιο μονογονιδιακόνεφρωτικήσύνδρομοπου είναι ανθεκτικό στα στεροειδή και έχει κακή νεφρική πρόγνωση. Παραδόξως, η παρούσα μελέτη αποκάλυψε ότι οι παραλλαγές στο NPHS1 σχετίζονται με την ευαισθησία στα SSN.

Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the significant SNPs in the NPHSI locus was the synonymous variant rs2285450(c.294 C>Τ) στο εξόνιο 3. Προηγουμένως, οι Sun et al. ανέφερε υψηλότερη συχνότητα του δευτερεύοντος αλληλόμορφου rs2285450 στα κινέζικα σποραδικάνεφρωτικήσύνδρομοασθενείς από τη Σιγκαπούρη σε σχέση με τους ελέγχους (20 τοις εκατό έναντι 13 τοις εκατό , P= 0.025) και έδειξαν ότι το αλληλόμορφο κίνδυνο είχε ως αποτέλεσμα μειωμένη ικανότητα αναστολής των ρευμάτων TRPC6 στα κύτταρα HEK293-Μ1 μέσω επιθέματος- clamp, που μπορεί να ευθύνεται για την ευαισθησία στην πρωτεϊνουρία.27,28 Αυτή η μελέτη παρέχει ανεξάρτητη υποστήριξη για το rs2285450 ως παράγοντα κινδύνου για το SSNS και προτείνει έναν εναλλακτικό μηχανισμό για την ευαισθησία σενεφρωσικό σύνδρομοαπαιτούν περαιτέρω έρευνα.

κιστανάκιείναι καλό γιανεφρωσικό σύνδρομο

Χρησιμοποιώντας ζευγοποιημένα ανθρώπινα γενετικά και σπειραματικά μεταγραφικά δεδομένα, δεν παρατηρήσαμε διαφορές στη συνολική έκφραση του NPHS1 ως συνάρτηση αυτού του απλότυπου κινδύνου. Ωστόσο, τα δεδομένα RNA-seq επέτρεψαν την παρατήρηση σημαντικού ASE με αποτέλεσμα χαμηλότερη έκφραση NPHSI από τον απλότυπο που φιλοξενεί τα αλληλόμορφα κινδύνου (Συμπληρωματικό Σχήμα S11). Ένας αριθμός από τις παραλλαγές κινδύνου σε αυτόν τον τόπο ήταν συνώνυμος με τις εξωνικές αλλαγές στο NPHS1. Ως εκ τούτου, εστιάσαμε περισσότερο στο NPHSI και δεν συνεχίσαμε τη συζήτηση για το ρόλο του KIRREL2 σε πιθανούς μηχανισμούς ασθενειών. Η μελλοντική εργασία θα πρέπει να περιλαμβάνει: (i) την επικύρωση αυτής της παρατήρησης σε επιπλέον ασθενείς με δεδομένα γονότυπου και νεφρικής έκφρασης. και (ii) απόκτηση μηχανιστικής κατανόησης για το πώς αυτό το ASE του NPHSI συμβάλλει ή προκαλεί τη συσχέτιση με τα SSN που παρατηρήσαμε. Οι πιθανές υποθέσεις για δυσλειτουργία περιλαμβάνουν: (i) αυξημένη επιβάρυνση του κυττάρου για την παραγωγή της απαραίτητης ποσότητας νεφρίνης από το χρωμόσωμα αναφοράς, που οδηγεί σε κυτταρικό στρες και αυξημένη ευαισθησία σε τραυματισμό. και (i) δυνητικά δυσλειτουργική πρωτεΐνη νεφρίνης που παράγεται από τον απλότυπο κινδύνου (π.χ. μέσω διαφορικών μεταμεταφραστικών τροποποιήσεων) με αποτέλεσμα έναν ανώμαλο φραγμό σπειραματικής διήθησης.

Οι γενετικοί πολυμορφισμοί στον τόπο 9q32 συνδέονται με αρκετές αυτοάνοσες και φλεγμονώδεις ασθένειες.23,29-31 Το πιο πιθανό γονίδιο που προκαλεί νόσο εντός του 9q32 είναι το TNFSF15, το οποίο κωδικοποιεί τον TNFSF15. Στην παρούσα μελέτη, η σημαντική συσχέτιση του rs4979462 αναπαράχθηκε ανεξάρτητα και ενισχύθηκε περαιτέρω από μια διεθνική μετα-ανάλυση. Προηγουμένως, οι Hitomi et al.3 αναγνώρισαν το rs4979462 ως λειτουργική παραλλαγή με λειτουργική ανάλυση in vitro χρησιμοποιώντας δοκιμασία λουσιφεράσης και ανάλυση μετατόπισης ηλεκτροφορητικής κινητικότητας. Η ανάλυση Super-shift διευκρίνισε ότι το αλληλόμορφο(Τ) κινδύνου του rs4979462 δημιούργησε μια νέα θέση δέσμευσης NF-1.2 Επιπλέον, αρκετές αναφορές έχουν δείξει ότι το αλληλόμορφο κινδύνου του rs4979432 επηρεάζει το επίπεδο έκφρασης του TNFSF15 mRNA.{{{ 19}}Απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να επιβεβαιωθεί η συσχέτιση του TNFSF15 με το SSNS στα παιδιά.

Στην παρούσα μελέτη, οι παραλλαγές στους τόπους NPHSI και TNFSF15 αναγνωρίστηκαν και αναπαράγονται κυρίως στους πληθυσμούς της Ανατολικής Ασίας (Ιαπωνίας και Κορέας) και της Νότιας Ασίας, στους οποίους έχει αναφερθεί υψηλότερη συχνότητα της νόσου. Αντίθετα, οι συχνότητες των αλληλόμορφων κινδύνου των υποψηφίων SNP στο NPHS1 ήταν σπάνιες σε άτομα ευρωπαϊκής καταγωγής (Πίνακας 1). Αυτά τα ευρήματα μπορεί να εξηγήσουν εν μέρει την επιδημιολογική διαφορά μεταξύ των πληθυσμών από την άποψη των πολυμορφισμών που σχετίζονται με τη νόσο. Αυτή η διαφορά φαίνεται περαιτέρω από την απουσία σημαντικών σημάτων στο ιαπωνικό μας σύνολο δεδομένων στις περιοχές CALHM6/FAM26F και PARMl, τα οποία εντοπίστηκαν σε μια ομοιογενή κοόρτη ευρωπαϊκής καταγωγής.5

Με την κυρίαρχη συνεισφορά των γονιδίων HLA-DR/DQ, γονιδιακά σύνολα πρωτεϊνικού συμπλέγματος μείζονος ιστοσυμβατότητας κατηγορίας II και μείζονος συμπλόκου ιστοσυμβατότητας δραστηριότητας υποδοχέα κατηγορίας II συσχετίστηκαν ισχυρά με τη νόσο. Η έμφυτη ανοσοαπόκριση ταυτοποιήθηκε επίσης ως ένα σημαντικό σύνολο γονιδίων με μέτρια επίδραση. Το έμφυτο ανοσοποιητικό σύστημα, συμπεριλαμβανομένης της ενεργοποίησης επαγγελματικών κυττάρων (κύτταρα που παρουσιάζουν αντιγόνο και Β κύτταρα/υποδοχείς τύπου Toll), καθώς και το προσαρμοστικό ανοσοποιητικό σύστημα, στο οποίο τα μόρια HLA διαδραματίζουν κρίσιμο ρόλο, εμπλέκονται στη διαδικασία και την απόκριση της νόσου στη θεραπεία.3,4

Περίπου το 90 τοις εκατό της κληρονομικότητας του SSNS της παιδικής ηλικίας συνεισέφερε κοινές παραλλαγές, αν και ελήφθησαν επίσης υπόψη παραλλαγές με σχετικά σπάνιες συχνότητες αλληλόμορφων (MAF: 0,5 τοις εκατό -5 τοις εκατό ). Ωστόσο, ένα μεγάλο ποσοστό της κληρονομικότητας της νόσου παραμένει άγνωστο. Άλλες παραλλαγές που σχετίζονται με ασθένειες σε περιοχές χωρίς HLA μπορεί να εντοπιστούν από μελλοντικές μελέτες σε όλο το γονιδίωμα με μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων, ειδικά για ασθενείς ευρωπαϊκών και άλλων μη ασιατικών προγόνων, καθώς οι πολυμορφισμοί που σχετίζονται με τη νόσο σε περιοχές μη HLA εξακολουθούν να είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστος.

Στην παρούσα μελέτη, τα μεγέθη δειγμάτων σε κοόρτες αναπαραγωγής με διαφορετικές καταβολές έχουν περιορίσει την ισχύ για την αναπαραγωγή σημάτων με μικρότερα μεγέθη εφέ. Η διαστρωμάτωση πληθυσμού μπορεί να υπάρχει στο στάδιο της αναπαραγωγής λόγω έλλειψης προσαρμογής. Επιπλέον, παρτίδες μπορεί να προέκυψαν μεταξύ περιπτώσεων και ελέγχων όταν χρησιμοποιήθηκαν συχνότητες αλληλόμορφων από δημόσιες βάσεις δεδομένων ως έλεγχοι αντιστοίχισης πληθυσμού.

Συνοπτικά, οι ανακαλύψεις εδώ παρέχουν νέους τόπους SSNS. Ο τόπος NPHS1, ειδικότερα, παρέχει μια προκλητική νέα ιδέα για την παθογένεση της νόσου, συνδέοντας και ενισχύοντας ένα αναδυόμενο παράδειγμα στη νεφρολογία - σε ορισμένα γονίδια που φιλοξενούν παραλλαγές του Μεντελίου, τα πιο κοινά αλληλόμορφα μπορούν να αυξήσουν την ευαισθησία σε πολυπαραγοντικές, πολυγονιδιακές ασθένειες, όπως αποδείχθηκε προηγουμένως για UMOD, COL4A3 και NPHS2.26,35- Τέλος, τα τρέχοντα ευρήματα υπογραμμίζουν και πάλι τη σημασία της διενέργειας γονιδιωματικής έρευνας σε διαφορετικούς πληθυσμούς. Με αυτόν τον τρόπο, ανακαλύψαμε συγκεκριμένα SNP που είναι πιθανό να έχουν μεγαλύτερο αντίκτυπο στους πληθυσμούς της Ανατολικής και Νότιας Ασίας, ενώ ταυτοποιήσαμε γονίδια και τόπους που μπορεί να είναι σημαντικοί σε όλους τους πληθυσμούς, στους οποίους θα ήμασταν στατιστικά τυφλοί εάν χρησιμοποιούσαμε μια ευρωπαϊκή κοόρτη ανακάλυψης.

Το Cistanche μπορεί να βοηθήσει με το νεφρωσικό σύνδρομο

ΜΕΘΟΔΟΙ

Ανατρέξτε στις Συμπληρωματικές Μέθοδοι για πρόσθετες λεπτομέρειες.

Δείγματα

Στο στάδιο της ανακάλυψης, 1018 Ιάπωνες ασθενείς διαγνώστηκαν με παιδικό SSNS (ηλικία έναρξης<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Γονότυπος και καταλογισμός ολόκληρου του γονιδιώματος στο στάδιο της ανακάλυψης

Στο στάδιο της ανακάλυψης, 1018 περιπτώσεις και 3331 μάρτυρες γονοτυποποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τη διάταξη Affymetrix Japonica. Δεκαεννέα δείγματα αποκλείστηκαν από χαμηλό ποσοστό κλήσης (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" process.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute4-(version="" 2.3.1)using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="">