Μέρος πρώτο: Οι κοινές παραλλαγές κινδύνου στο NPHS1 και στο TNFSF15 σχετίζονται με το νεφρωσικό σύνδρομο ευαίσθητο στα στεροειδή στην παιδική ηλικία

Επικοινωνία: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Xiaoyuan Jia1,29,30, Tomohiko Yamamura2,30, Rasheed Gbadegesin3,30, Michelle T. McNulty4,5,30, Kyuyong Song6, China Nagano2, Yuki Hitomi1,31, Dongwon Lee4,5,7, Yoshihiro-Seonba Khor1,29, Kazuko Ueno1,29, Yosuke Kawai1,29, Masao Nagasaki 9,32, Eisei Noiri10,29, Tomoko Horinouchi2, Hiroshi Kaito2,11, Riku Hamada12, Takayuki Okamoto13, Koichiw5,Kaichiw5,Kakayuki Okamoto13, Koichiw5,Kaichiw5. ,7, Katsushi Tokunaga1,29 και Kazumoto Iijima2, Rika Fujimaru16, Ryojiro Tanaka11, Yuko Shima17, The Research Consortium on Genetics of Childhood IdiopathicΝεφρωτικήΣύνδρομοστην Ιαπωνία33, Jiwon Baek6, Hee Gyung Kang18, Il-Soo Ha18, Kyoung Hee Han19, Eun Mi Yang20, Κορεατική Κοινοπραξία Κληρονομικών Νεφρικών Νόσων στα Παιδιά33, Asiri Abeyagunawardena3, Brandon Lane3, Megan Chryst-21erse3, Christzoophtang

Το Cistanche μπορεί να βοηθήσει στο νεφρωσικό σύνδρομο και είναι καλό για τα νεφρά

1 Τμήμα Ανθρώπινης Γενετικής, Μεταπτυχιακή Σχολή Ιατρικής, Πανεπιστήμιο του Τόκιο, Τόκιο, Ιαπωνία. 2 Τμήμα Παιδιατρικής, Μεταπτυχιακή Σχολή Ιατρικής του Πανεπιστημίου του Κόμπε, Κόμπε, Ιαπωνία. 3 Τμήμα Παιδιατρικής, Τμήμα Νεφρολογίας, Ιατρικό Κέντρο του Πανεπιστημίου Duke, Ντάραμ, Βόρεια Καρολίνα, Η.Π.Α. 4 Department of Medicine-Nephrology, Boston Children's Hospital, Boston, Massachussetts, USA; 5Medical and Population Genetics, Broad Institute, Cambridge, Massachussetts, USA; 6 Τμήμα Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας, University of Ulsan College of Medicine, Σεούλ, Κορέα. 7 Ιατρική Σχολή Χάρβαρντ, Βοστώνη, Μασαχουσέτη, Η.Π.Α. 8 Κέντρο Κλινικής Έρευνας, Εθνικός Οργανισμός Νοσοκομείων Ναγκασάκι Ιατρικό Κέντρο, Ομούρα, Ιαπωνία. 9 Τμήμα Ολοκληρωτικής Γονιδιωματικής, Οργανισμός Ιατρικής Μεγατράπεζας Τοχόκου, Πανεπιστήμιο Τοχόκου, Σεντάι, Ιαπωνία. 10 Τμήμα Αιμοκάθαρσης και Αφαίρεσης, Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Τόκιο, Τόκιο, Ιαπωνία. 11 Τμήμα Νεφρολογίας, Hyogo Prefectural Kobe Children's Hospital, Kobe, Ιαπωνία; 12 Τμήμα Νεφρολογίας, Tokyo Metropolitan Children's Medical Center, Τόκιο, Ιαπωνία. 13 Τμήμα Παιδιατρικής, Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Hokkaido, Sapporo, Ιαπωνία. 14 Division of Nephrology and Rheumatology, National Center for Child Health and Development, Tokyo, Japan; 15 Τμήμα Νεφρολογίας, Νοσοκομείο Παίδων Φουκουόκα, Φουκουόκα, Ιαπωνία. 16 Παιδιατρικό Τμήμα, Γενικό Νοσοκομείο Πόλης της Οσάκα, Οσάκα, Ιαπωνία. 17 Τμήμα Παιδιατρικής, Ιατρικό Πανεπιστήμιο Wakayama, Wakayama, Ιαπωνία. 18 Τμήμα Παιδιατρικής, Εθνικό Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Παίδων της Σεούλ, Σεούλ, Κορέα. 19 Τμήμα Παιδιατρικής, Jeju National University School of Medicine, Jeju, Κορέα. 20 Τμήμα Παιδιατρικής, Chonnam National University Children's Hospital, Gwangju, Κορέα. 21 Τμήμα Παιδιατρικής, Κολλέγιο Ιατρικής, Πανεπιστήμιο του Λάγος, Λάγος, Νιγηρία. 22 Τμήμα Παιδιατρικής, Lagos State University Teaching Hospital, Ikeja, Νιγηρία. 23 Τμήμα Παιδιατρικής Νεφρολογίας, Νοσοκομείο Δημόσιας Βοήθειας του Παρισιού, Νοσοκομείο Robert-Debré, Παρίσι, Γαλλία. 24Center of Research on Inflammation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale UMR 1149, University Sorbonne-Paris, Παρίσι, Γαλλία. 25 Division of Nephrology and Dialysis, Bambino Gesù Children's Hospital and Research Institute, Ρώμη, Ιταλία. 26 Πανεπιστήμιο της Σορβόννης, INSERM UMR_S1155 και Νοσοκομείο Ημέρας Νεφρολογίας, Τμήμα Νεφρολογίας, Νοσοκομείο Tenon, Παρίσι Γαλλία. 27 Ερευνητικό Κέντρο για τη Βιολογία Μετακίνησης, Πανεπιστήμιο Kobe Gakuin, Κόμπε, Ιαπωνία. and 28KNC Department of Nucleic Acid Drug Discovery, Faculty of Rehabilitation, Kobe Gakuin University, Kobe, Japan

Για να κατανοήσετε τη γενετική των ευαίσθητων στα στεροειδήνεφρωτικήσύνδρομο(SSNS), πραγματοποιήσαμε μια μελέτη συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα σε 987 ασθενείς με SSNS παιδικής ηλικίας και 3,206 υγιείς και TNFSF15 (rs6478109, P [2,54E-8, OR [0,72) περιοχές πέτυχαν γονιδίωμα - ευρείας σημασίας και αναπαράχθηκαν σε πληθυσμούς της Κορέας, της Νότιας Ασίας και της Αφρικής. διεθνικές μετα-αναλύσεις, συμπεριλαμβανομένων των πληθυσμών της Ιαπωνίας, της Κορέας, της Νότιας Ασίας, της Αφρικής, της Ευρώπης, της Ισπανόφωνης και της Μαγκρεβίας, επιβεβαίωσαν τους σημαντικούς συσχετισμούς παραλλαγών στο NPHS1- KIRREL2 (Pmeta [6.71E-28, OR [1.88 ) και TNFSF15 (Pmeta [5.40E-11, OR [1.33) τόποι. Η ανάλυση των αλληλίων κινδύνου NPHS1 με σπειραματική έκφραση mRNA NPHS1 από το ίδιο άτομο αποκάλυψε ειδική έκφραση αλληλίου με σημαντικά χαμηλότερη έκφραση του μεταγράφου που προέρχεται από τον απλότυπο κινδύνου (δοκιμή Wilcox p [9.3E-4). Επειδή σπάνιες παθογόνες παραλλαγές στο NPHS1 προκαλούν μια συγγενήνεφρωσικό σύνδρομοΦινλανδικού τύπου (CNSF), η παρούσα μελέτη παρέχει περαιτέρω στοιχεία ότι η διακύμανση κατά μήκος του φάσματος συχνότητας αλληλόμορφων στο ίδιο γονίδιο μπορεί να προκαλέσει ή να συμβάλει σε μια σπάνια μονογονιδιακή νόσο (CNSF) και σε μια πιο περίπλοκη, πολυγονιδιακή ασθένεια (SSNS).

Ιδιοπαθήςνεφρωσικό σύνδρομο(INS) είναι η πιο συχνή σπειραματική νόσος στα παιδιά. Ο επιπολασμός του INS έχει αναφερθεί ότι είναι σχεδόν 16 περιπτώσεις ανά 100,000.1 Υπάρχουν σημαντικές εθνοτικές διαφορές στη συχνότητα εμφάνισης του INS, δημιουργώντας ένα εύρος 2–7 περιπτώσεων ανά 100,000 παιδιά . Η επίπτωση του INS είναι υψηλότερη μεταξύ αυτών με ασιατική καταγωγή σε σύγκριση με την ευρωπαϊκή καταγωγή.2 Στην Ιαπωνία, η εκτιμώμενη επίπτωση του INS είναι 6,49 περιπτώσεις ανά 100,000 παιδιά.3 Περίπου το 3 τοις εκατό των παιδιών με ευαισθησία στα στεροειδήνεφρωσικό σύνδρομο(SSNS) έχουν οικογενειακό ιστορικό SSNS.4 Η παθογένεση του INS είναι ακόμα ασαφής, αν και περισσότερα από 50 αιτιολογικά μεμονωμένα γονίδια για ανθεκτικά στα στεροειδήνεφρωσικό σύνδρομοέχουν βρεθεί, και αιτιολογικές μεταλλάξεις σε αυτά τα γονίδια εντοπίστηκαν σε περίπου 30 τοις εκατό των ασθενών παιδικής ηλικίας και νεαρών ενηλίκων με ανθεκτικότητα στα στεροειδήνεφρωσικό σύνδρομο.5,6 Πρόσφατα, 6 γονίδια που σχετίζονται με τη δραστηριότητα του μικρού ενζύμου δεσμευτικής τριφωσφορικής γουανοσίνης (GTPase) που μοιάζει με Rho αναγνωρίστηκαν ως αίτια του νεφρωσικού συνδρόμου που μπορούν εν μέρει να αντιμετωπιστούν με στεροειδή. 7 μεταλλάξεις EMP2 αναγνωρίστηκαν στο SSNS με συνδυασμό σύνδεσης ανάλυση και προσδιορισμός αλληλουχίας εξωμάτων.8 Ωστόσο, λίγοι ασθενείς με SSNS έχουν μετάλλαξη στα παραπάνω γονίδια, υποδεικνύοντας ότι η εναλλακτική γενετική αρχιτεκτονική μπορεί να οδηγήσει την παθογένεση για τους περισσότερους ασθενείς με SSNS.9 Οι οξείες λοιμώξεις και τα τσιμπήματα εντόμων είναι γνωστοί παράγοντες έναρξης και υποτροπή τουνεφρωσικό σύνδρομο.10-13 Αυτά τα ευρήματα υποδηλώνουν ότι οι γενετικοί και περιβαλλοντικοί παράγοντες είναι σημαντικοί στην ευαισθησία στην ανάπτυξη SSN. Για την αποσαφήνιση των παραγόντων γενετικής ευαισθησίας του SSNS στα παιδιά, έχουν πραγματοποιηθεί 4 μελέτες συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα (GWASs) σε καλά χαρακτηρισμένες σειρές περιπτώσεων ελέγχου. Η περιοχή HLA-DR/DQ εμφάνισε την πιο σημαντική συσχέτιση με νόσο σε ευρωπαϊκούς και ιαπωνικούς πληθυσμούς,14-17 με 2 μη HLA τόπους στο 4q13.3 (PARM1) και στο 6q22.1 (CALHM6) επιτυγχάνοντας επίσης σημασία σε όλο το γονιδίωμα μόνο Ευρωπαϊκά παιδιά.15,17 Δεδομένων των περιορισμένων μεγεθών δειγμάτων σε αυτές τις μελέτες, απαιτούνται μεγαλύτερες κοόρτες και διεθνείς συνεργατικές μελέτες για τον εντοπισμό πρόσθετων παραγόντων ευαισθησίας. Σε έναν ιαπωνικό πληθυσμό, πραγματοποιήσαμε μια ανακάλυψη GWAS με το μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος μέχρι σήμερα (987 ασθενείς με SSNS παιδικής ηλικίας έναντι 3206 μαρτύρων), ακολουθούμενη από διεθνή αντιγραφή και διεθνική μετα-ανάλυση (Εικόνα 1).

CISTANCHE ΘΕΡΑΠΕΙΑ ΝΕΦΡΩΝ ΠΑΘΗΣΕΩΝ

ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ

μαθήματα

Οι ορισμοί του INS παρουσιάζονται στον Συμπληρωματικό Πίνακα S1. Στο στάδιο της ανακάλυψης, στρατολογήθηκαν 1018 Ιάπωνες ασθενείς με SSNS παιδικής ηλικίας και 987 περιπτώσεις συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση συσχέτισης μετά τη διεξαγωγή ποιοτικού ελέγχου. Τα χαρακτηριστικά των 987 ασθενών φαίνονται στον Συμπληρωματικό Πίνακα S2. Η αναλογία ανδρών προς γυναίκες ήταν 2,6:1. Η διάμεση ηλικία κατά την έναρξη ήταν 4.0 έτη (0.4– 17,9 έτη). Πραγματοποιήθηκε βιοψία νεφρού σε 501 από 987 ασθενείς (51 τοις εκατό) (για νόσο ελάχιστης αλλαγής [N ¼ 470, 93,8 τοις εκατό], εστιακή τμηματική σπειραματοσκλήρωση [N ¼ 16, 3,2 τοις εκατό], διάχυτο μεσαγγειακό πολλαπλασιασμό [N ¼ 14 τοις εκατό]; και εστιακό μεσαγγειακό πολλαπλασιασμό [Ν ¼ 1, 0,2 τοις εκατό]). Συνολικά, 3331 υγιείς ενήλικες Ιάπωνες επιλέχθηκαν ως μάρτυρες.

Ανάλυση συσχέτισης βασισμένη στον πολυμορφισμό ενός νουκλεοτιδίου (SNP) σε όλο το γονιδίωμα

In the discovery stage, 1018 cases and 3331 healthy controls were genotyped by Japonica array. Whole-genome imputation was performed subsequently using the phased reference panel of 2036 healthy Japanese individuals. After data cleaning (Supplementary Figure S1A–E), 987 cases and 3206 controls with 6,834,340 autosomal single-nucleotide variants and short insertions and deletions were retained for association analyses. The power of discovery GWAS exceeded 80% to detect low-frequency variants (minor allele frequency [MAF] >0.5%) with genotypic relative risk >6.20, or common alleles (MAF $5%) with relative risk >2.05, or variants with an allele frequency ¼ 50% conferring relative risk >1,48 σε ένα σημαντικό όριο P-value 5E–08 στο μοντέλο πρόσθετου (Συμπληρωματικό Σχήμα S2). Ο συντελεστής πληθωρισμού, l, ήταν 1,151 για όλες τις παραλλαγές που δοκιμάστηκαν. Μετά την προσαρμογή για το φύλο και τα πρώτα 4 κύρια συστατικά (PC1-4), το l ήταν 1.048, το οποίο μειώθηκε σε 1.043 όταν εξαιρέθηκαν οι παραλλαγές στην περιοχή HLA (Hg19: chr6: 29.691.116–33.054.976).

Η πιο σημαντική συσχέτιση εντοπίστηκε στην περιοχή HLA-DR/DQ (rs6901541, P ¼ 2,80E–33, αναλογία πιθανοτήτων [OR] ¼ 2,49, 95 τοις εκατό διάστημα εμπιστοσύνης: 2,15–2,89, Σχήματα 2 και 33). Σήματα στην περιοχή NPHS1-KIRREL2 στο 19q13.12 (rs56117924; P ¼ 4,94E–20, OR ¼ 1,90, 95 τοις εκατό διάστημα εμπιστοσύνης: 1,66–2,18· Σχήμα 5 στην περιοχή T5NF και F1 στην περιοχή 3b)

Εικόνα 1| ΔΙΑΓΡΑΜΜΑ ΡΟΗΣ. Κύριο περίγραμμα της ανακάλυψης μελέτης συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος (GWAS). Αντιγραφή υποψήφιων μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών εκτός HLA με πολλαπλούς πληθυσμούς και διαεθνοτική μετα-ανάλυση. 3Cités, Γαλλική 3-πόλη (Μπορντό, Ντιζόν και Μονπελιέ) κοόρτη. AFR, αφρικανική; EUR, Ευρωπαϊκό; ExAC, γονιδίωμα; GINS-J, The Research Consortium on Genetics of ChildhoodΝεφρωσικό Σύνδρομοστην Ιαπωνία; ItSpa, ιταλική και ισπανική κοόρτη. KCHRD, Κορεατική Κοινοπραξία Κληρονομικών Νεφρικών Νόσων στα Παιδιά. MWPNC, Midwest Pediatric Nephrology Consortium; NEPHROVIR, Children Cohort Nephrosis and Virus; Ή, αναλογία πιθανοτήτων. Pmeta, P-value στη μετα-ανάλυση. QC, ποιοτικός έλεγχος. SSNS, ευαίσθητο στα στεροειδήνεφρωσικό σύνδρομο.

CISTANCHE ΘΕΡΑΠΕΙΑ ΝΕΦΡΩΝ ΠΑΘΗΣΕΩΝ

9q32 (rs6478109, P ¼ 2.54E–08, OR ¼ 0.72, 95 τοις εκατό διάστημα εμπιστοσύνης: 0.64–{0 .81· Εικόνα 3γ) πέτυχε επίσης σημασία σε όλο το γονιδίωμα (P <5e-08). ένα="" σήμα="" στην="" περιοχή="" tnfrsf11a="" στο="" 18q21.33="" πέτυχε="" οριακή="" σημασία="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" (rs34213471,="" p="" ¼="" 7.68e–08,="" or="" ¼="" 1.38,="" 95="" τοις="" εκατό="" διάστημα="" εμπιστοσύνης:="" 1.536-3.="" πραγματοποιήθηκαν="" αναλύσεις="" υπό="" όρους="" στις="" νέες="" μη-hla="" περιοχές.="" κανένα="" snp="" δεν="" έδειξε="" ανεξάρτητη="" σημασία="" μετά="" την="" προσαρμογή="" στο="" κύριο="" snp="" σε="" κάθε="" τόπο="" (συμπληρωματικά="" σχήματα="" s4–s6).="" επιλέχθηκαν="" εννέα="" snp="" για="" στοχευμένη="" αντιγραφή="" και="" μετα-ανάλυση:="" στην="" περιοχή="" nphs1-="" kirrel2,="" το="" lead="" snp="" (rs56117924),="" 2="" πιθανά="" λειτουργικά="" snps="" σε="" ανισορροπία="" σύνδεσης="" με="" τον="" απαγωγέα="" snp="" (rs2073901="" και="" rs22825n),="" και="" rs22825n,="" επιλέχθηκαν="" σε="" ανισορροπία="" σύνδεσης="" με="" το="" μολύβδινο="" snp="" μας="" με="" επαρκή="" συχνότητα="" σε="" ευρωπαϊκούς="" πληθυσμούς="" (rs412175="" και="" rs404299)="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" s7).="" στην="" περιοχή="" tnfsf15,="" εκτός="" από="" το="" κύριο="" snp="" (rs6478109),="" επιλέχθηκε="" το="" rs4979462="" (r2="" ¼="" 0,55="" με="" rs6478109="" στην="" ανακάλυψη="" ιαπωνικού="" σετ)="" επειδή="" έχει="" συσχετιστεί="" με="" αυτοάνοσα="" νοσήματα="" σε="" προηγούμενες="" αναφορές.18,19="" στην="" περιοχή="" tnfrsf11="" επιλέχθηκαν="" το="" μολύβδινο="" snp="" (rs34213471)="" και="" το="" snp="" σε="" ανισορροπία="" σύνδεσης="" με="" το="" μόλυβδο="" snp="" (rs8086340,="" r2="" ¼="" 0,42="" με="" rs34213471="" στο="" ιαπωνικό="" σύνολο="" ανακάλυψης).="" όλα="" τα="" υποψήφια="" snp="" ήταν="" κοινές="" παραλλαγές="" (maf=""> 5 τοις εκατό ) στον ιαπωνικό πληθυσμό (Πίνακας 1).

Αντιγραφή και διεθνικές μετα-αναλύσεις υποψήφιων SNP σε περιοχές εκτός HLA

Η αναπαραγωγή 9 υποψήφιων SNP πραγματοποιήθηκε σε πολλαπλούς πληθυσμούς, συμπεριλαμβανομένων των Κορεατών, της Νότιας Ασίας, της Αφρικής, των Ευρωπαίων, των Ισπανόφωνων και των Μαγκρεβικών (Πίνακας 1). Μια τιμή P < 0,05/9="" ¼="" 5,55e–03="" θεωρήθηκε="" σημαντική.="" τα="" σημαντικά="" σήματα="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" στην="" περιοχή="" nphs1-kirrel2="" αντιγράφηκαν="" στα="" κορεάτικα="" (rs2285450,="" p="" ¼="" 1,32e-05,="" or="" ¼="" 1,98;="" rs="" 412175,="" p="" ¼="" 3,55e-05,="" or="" 3,55e-05,="" or="" 3,101,="" ¼="" 04,="" or="" ¼="" 2,09,="" rs56117924,="" p="" ¼="" 4,19e–04,="" or="" ¼="" 1,70="" και="" rs404299,="" p="" ¼="" 4,99e–04,="" or="" ¼="" 1,88),="" south="" asian="" (midwest="" pediatric="" ne.="" e–="" 12,="" or="" ¼="" 2,95,="" rs2285450,="" p="" ¼="" 1,27e–="" 04,="" or="" ¼="" 3,31,="" rs2073901,="" p="" ¼="" 1,49e–04,="" or="" ¼="">

Εικόνα 2| Οικόπεδο του Μανχάταν στη μελέτη συσχέτισης γονιδιώματος ανακάλυψης. Στο στάδιο της ανακάλυψης, 987 ασθενείς με παιδική ηλικία ευαίσθητοι στα στεροειδήνεφρωσικό σύνδρομοκαι 3206 υγιείς ενήλικες μάρτυρες με 6.834.340 αυτοσωματικές παραλλαγές μονονουκλεοτιδίου και εισαγωγές και διαγραφές μετά από καταλογισμό ολόκληρου του γονιδιώματος. Οι τιμές P υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας λογιστική παλινδρόμηση και προσαρμογή για το φύλο και τις κύριες συνιστώσες 1-4.

rs412175, P ¼ 2,77E–04, OR ¼ 2,39) και σύνολα δεδομένων Αφρικής (MWPNC) (rs56117924, P ¼ 3,20E–05, OR ¼ 1,76). Τα υποψήφια SNP στην περιοχή TNFSF15 αντιγράφηκαν στα σύνολα δεδομένων της Κορέας (rs6478109, P ¼ 1.09E–05, OR ¼ 0.65) και της Αφρικής (MWPNC) (rs4979462, P ¼ 1.36E-03). Ο συσχετισμός στην περιοχή TNFRSF11A αναπαράχθηκε στους Νότιους Ασιάτες (MWPNC) (rs8086340, P ¼ 4,66E–05, OR ¼ 0,53). Κανένα από τα 9 υποψήφια SNP δεν πέτυχε στατιστική σημασία στην ευρωπαϊκή, την ισπανική (MWPNC) ή την αφρικανική ή τη μαγκρεβική κοόρτη (και οι δύο NEPHROVIR) μετά από πολλαπλές διορθώσεις. Θα πρέπει να λαμβάνεται υπόψη η περιορισμένη ισχύς για την ανίχνευση μέτριων συσχετισμών στο στάδιο της αναπαραγωγής (Συμπληρωματικός Πίνακας S4).

Οι διαεθνοτικές μετα-αναλύσεις των 9 SNPs, συμπεριλαμβανομένων των συνόλων δειγμάτων ανακάλυψης και αναπαραγωγής, επιβεβαίωσαν σημαντικές συσχετίσεις του NPHS1-KIRREL2 (rs2285450, P-value in meta-analysis [Pmeta] ¼ 6,71 OR 8 ¼ 28, .

Γονιδιακή ανάλυση στο στάδιο της ανακάλυψης

Σε μια δοκιμή βασισμένη σε γονίδια, 6.834.340 αυτοσωματικές παραλλαγές χαρτογραφήθηκαν σε 18.644 γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες. Εβδομήντα ένα γονίδια πέτυχαν σημασία σε όλο το γονιδίωμα (P < 0,05/18,644="">

2.68E–06) (Συμπληρωματικό Σχήμα S8, Συμπληρωματικό

Πίνακας S5). Το NPHS1 (τιμή P στην ανάλυση με βάση το γονίδιο [Pgene] ¼ 6,29E– 18) και το KIRREL2 (Pgene ¼ 7,79E– 14) εμφάνισαν τις πιο σημαντικές συσχετίσεις με νόσο εκτός της περιοχής HLA. Στην ανάλυση συνόλου γονιδίων, το πρωτεϊνικό σύμπλεγμα μείζονος ιστοσυμβατότητας κατηγορίας II (τιμή P τροποποιημένη με τη μέθοδο Bonferroni [P-Bonferroni] ¼ 1,22E–03, Beta ¼ 1,50), κύρια ιστοσυμβατότητα σύνθετη δραστηριότητα υποδοχέα τάξης II (P-Bonferroni ¼ 6,17E-03, Beta ¼ 1,61), αυλή πλευρά της μεμβράνης (P-Bonferroni ¼ 1,97E-02, Beta ¼ 0,75) και έμφυτη ανοσοαπόκριση (P-Bonferroni 1,97 ¼ E-02, βήτα ¼ 0,17) συσχετίστηκαν σημαντικά με τη νόσο (Συμπληρωματικοί πίνακες S6 και S7).

CISTANCHE ΘΕΡΑΠΕΙΑ ΝΕΦΡΩΝ ΠΑΘΗΣΕΩΝ

Ανάλυση μετά-GWAS του τόπου NPHS1-KIRREL2

Δεδομένου ότι το NPHS1 ήταν η πιο σημαντική κορυφή μετά την περιοχή HLA, ότι το NPHS1 και το KIRREL2 έχουν βασικούς ρόλους στη βιολογία των ποδοκυττάρων και ότι το NPHS1 είναι ένα από τα πιο κοινά μεντελικάνεφρωσικό σύνδρομογονίδια, επικεντρώσαμε την ανάλυσή μας μετά το GWAS σε παραλλαγές κινδύνου σε αυτόν τον τόπο (19q13.12; 36.2–36.6 Mb). Δεδομένης της βιολογικής εγγύτητας του DNA με το mRNA και της διαθεσιμότητας υφιστάμενων ζευγοποιημένων γονιδιωματικών και προερχόμενων από βιοψία μεταγραφικών δεδομένων νεφρού από συμμετέχοντες στη μελέτη Nephrotic Syndrome Study Network (NEPTUNE), 20,21 επιλέξαμε να διερευνήσουμε τη σχέση μεταξύ των αλληλόμορφων αλληλόμορφων αυτόν τον τόπο και την τοπική έκφραση mRNA.

We first tested the hypothesis that these risk SNPs altered expression of nearby genes as a cis expression quantitative trait locus (eQTL). However, there was no strong evidence that there were significant eQTLs for NPHS1 or KIRREL2 in the kidney or other tissues (Supplementary Table S8). We also found it to be unlikely that the 2 synonymous variants (rs2285450, c.294 C>T; rs2073901, c.2223C>Το T) στο NPHS1 επηρέασε τη δευτερεύουσα δομή, χρησιμοποιώντας τον Διακομιστή Ιστού RNAsnp.22 Στη συνέχεια εστιάσαμε την προσοχή μας στη μελέτη της επίδρασης του απλότυπου κινδύνου χρωμοσώματος 19, πέντε SNP στη μεταγραφική ρύθμιση του NPHS1. Για να γίνει αυτό, συγκρίναμε το NPHS1 έκφραση 4 συμμετεχόντων NEPTUNE που φιλοξενούν τον πλήρη απλότυπο κινδύνου 5 NPHS1 με 183 συμμετέχοντες χωρίς τον απλότυπο πλήρους κινδύνου. Οι 4 συμμετέχοντες με τον απλότυπο κινδύνου δεν είχαν σημαντική διαφορά στην έκφραση του NPHS1 (δοκιμή Wilcoxon P ¼ 0.39· Εικόνα 4α). Χωρίς καμία απόδειξη ότι αυτός ο απλότυπος κινδύνου φιλοξενεί ένα eQTL για το σπειραματικό NPHS1, υποθέσαμε ότι το μεταγράφημα NPHS1 που προέρχεται από τον απλότυπο κινδύνου θα εκφραζόταν διαφορετικά σε σύγκριση με αυτό από τον απλότυπο αναφοράς (ειδική για αλληλόμορφη έκφραση [ASE]), όπως έχει εκφραστεί η ASE αναφέρθηκε ότι σχετίζεται με την ευαισθησία σε ασθένειες, συμπεριλαμβανομένης της φλεγμονώδους νόσου του εντέρου, της διαταραχής του φάσματος του αυτισμού και των διαταραχών χρήσης αλκοόλ. του ASE" ως ο βαθμός απόκλισης από την αναμενόμενη αναλογία έκφρασης 1:1 από κάθε χρωμόσωμα j0.5 – (απλότυπος Α/ συνολικός αριθμός)j. Σε ασθενείς με απλότυπο κινδύνου, ο απλότυπος Α φιλοξενεί και τις 5 παραλλαγές κινδύνου NPHS1. Σε ασθενείς χωρίς απλότυπο κινδύνου, ο απλότυπος Α επιλέχθηκε τυχαία από έναν από τους 2 απλότυπους τους. Βρήκαμε σημαντικά χαμηλότερη έκφραση τουτο μεταγράφημα NPHS1 από τον απλότυπο κινδύνου (Πίνακας 3). Τα μεγέθη του ASE στα 4 δείγματα απλότυπου κινδύνου ήταν 0.14, 0.21, 0.22 και 0.22, ενώ η διάμεσος του άλλου 183 ασθενείς ήταν 0.03 (διατεταρτημόριο εύρος: 0.01–0.05, δοκιμή Wilcoxon για διαφορά στη ASE, P ¼ 9.3E–4· Εικόνα 4β).

Εικόνα 3| Τοπικές γραφικές παραστάσεις τόπων με σημασία σε όλο το γονιδίωμα (P <5e-08) ή="" οριακή="" σημασία="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" στο="" στάδιο="" της="" ανακάλυψης.="" (α)="" η="" κλασσική="" περιοχή="" hla="" στο="" χρωμόσωμα="" (chr)="" 6="" εμφάνισε="" την="" πιο="" σημαντική="" συσχέτιση="" (p="" ¼="" 2,80e-33).="" (β)="" υποψήφιος="" τόπος="" με="" σημασία="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" στο="" chr="" 19="" (p="" ¼="" 4.94e–20).="">

Εικόνα 3| (Συνέχεια) (γ) Υποψήφιος τόπος με σημασία σε όλο το γονιδίωμα στο chr 9 (P ¼ 2,54E–08). (δ) Υποψήφιος τόπος με οριακή σημασία σε όλο το γονιδίωμα στο chr 18 (P ¼ 7.68E–08).

HLA λεπτή χαρτογράφηση

Η ανάλυση συσχέτισης HLA στην παρούσα μελέτη επιβεβαίωσε τα προηγούμενα ευρήματά μας με πιο σημαντικές τιμές P.16 Λεπτομέρειες για τη λεπτή χαρτογράφηση HLA φαίνονται στους Συμπληρωματικούς Πίνακες S9–S20 και στο Συμπληρωματικό Σχήμα S9A–G). HLA-DRB1*{{50}}8:02– DQB1*03:02 ήταν ο πιο σημαντικός απλότυπος ευαισθησίας (διορθωμένη τιμή P [Pc] ¼ 1,16E–22, Ή ¼ 3,38), με πιο σημαντική και ισχυρότερη συσχέτιση από το HLA-DRB1*08:02 (Pc ¼ 2,60E–22, OR ¼ 2,66) ή το HLA-DQB1*03:02 (Pc ¼ 2,59E– 10, OR ¼) . μόνος. Ο HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 ήταν ο πιο σημαντικός προστατευτικός απλότυπος (Pc ¼ 1,63E– 16, OR ¼ 0,18). Ένα άτομο στην ομάδα περιπτώσεων (1 από 870 ¼ 0,11 τοις εκατό ) και 15 υγιείς μάρτυρες (15 από 2903 ¼ 0,52 τοις εκατό ) ήταν ετεροζυγώτες για τον ευαίσθητο απλότυπο (HLA-DRB1*08:02-DQB1*03:02) και τον προστατευτικό απλότυπος (HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04), υποδηλώνοντας μια κυρίαρχη επίδραση του προστατευτικού απλότυπου έναντι του ευαίσθητου απλότυπου, αν και η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική (P ¼ 0,14, Συμπληρωματικός Πίνακας S20).

CISTANCHE ΘΕΡΑΠΕΙΑ ΝΕΦΡΩΝ ΠΑΘΗΣΕΩΝ

Κάντε κλικ εδώ για το δεύτερο μέρος