Μέρος δεύτερο: Οι κοινές παραλλαγές κινδύνου στο NPHS1 και στο TNFSF15 σχετίζονται με το νεφρωσικό σύνδρομο ευαίσθητο στα στεροειδή στην παιδική ηλικία

Επικοινωνία: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Κάντε κλικ εδώ για να μεταβείτε στο πρώτο μέρος

Η διακύμανση εξηγείται από όλες τις αυτοσωμικές παραλλαγές στην τρέχουσα μελέτη

Η παρατηρούμενη κληρονομικότητα του SSNS της παιδικής ηλικίας που εξηγείται από παραλλαγές σε όλο το γονιδίωμα εκτιμήθηκε ότι είναι 41,1 τοις εκατό (14,0 τοις εκατό ). Η κληρονομικότητα στην κλίμακα ευθύνης ήταν 14,8 τοις εκατό (5,0 τοις εκατό ), υποθέτοντας επικράτηση πληθυσμού 0,016 τοις εκατό . Λαμβάνοντας υπόψη την ισχυρή συσχέτιση της περιοχής HLA, η παρατηρούμενη κληρονομικότητα υπολογίστηκε σε 31,6 τοις εκατό (13,6 τοις εκατό) και έγινε 11,4 τοις εκατό (4,9 τοις εκατό) μετά τον μετασχηματισμό όταν αποκλείστηκαν οι παραλλαγές στο χρωμόσωμα 6. Οι κοινές παραλλαγές (MAF > 5 τοις εκατό ) εξηγούν το 88 τοις εκατό -90 τοις εκατό της κληρονομικότητας της νόσου (Συμπληρωματικός Πίνακας S21, Συμπληρωματικό Σχήμα S10).

Το Cistanche μπορεί να βοηθήσει με το νεφρωσικό σύνδρομο

ΣΥΖΗΤΗΣΗ

Το παρόν ιαπωνικό GWAS με το μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος μέχρι σήμερα και αντιγραφή σε πολλαπλούς ηπειρωτικούς πληθυσμούς εντόπισε κοινές παραλλαγές στις περιοχές NPHS1 και TNFSF15 ως νέους παράγοντες ευαισθησίας για τα παιδικά SSNS. Η ανάλυση μετά το GWAS του τόπου του χρωμοσώματος 19 εντόπισε έναν πιθανό μεταγραφικό μηχανισμό μέσω του οποίου ο απλότυπος κινδύνου NPHS1 μπορεί να συμβάλλει στην ασθένεια. Τέλος, το μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος ενίσχυσε την πρόσθετη λεπτή χαρτογράφηση των προηγουμένως εμπλεκόμενων θέσεων HLA.16 Συνολικά, αυτά τα ευρήματα επεκτείνουν σημαντικά και βελτιώνουν την κατανόησή μας για το γενετικό υπόβαθρο του SSNS της παιδικής ηλικίας. Προσδιορίζουν τη νεφρίνη, το μέλος 15 της υπεροικογένειας του παράγοντα νέκρωσης όγκου προφλεγμονώδους κυτοκίνης (TNFSF15) και τα σχετικά μόριά τους ως νέους στόχους για βιολογική έρευνα για την καλύτερη κατανόηση του SSNS και πιθανώς για θεραπευτική ανάπτυξη. Τέλος, η συσχέτιση με κοινές παραλλαγές στον τόπο NPHS1 παρέχει ένα άλλο παράδειγμα που δείχνει ότι τα γονίδια της νεφρικής νόσου του Μεντελίου μπορούν να φιλοξενούν παραλλαγές ευαισθησίας για μια πιο κοινή πολυπαραγοντική νόσο (SSNS).

Σπάνιες μεταλλάξεις στο NPHS1 προκαλούν τη συγγενήνεφρωσικό σύνδρομοφινλανδικού τύπου, σπάνιο μονογονιδιακόνεφρωσικό σύνδρομο that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>Τ) στο εξόνιο 3. Προηγουμένως, οι Sun et al. ανέφερε υψηλότερη συχνότητα του δευτερεύοντος αλληλόμορφου rs2285450 στα κινέζικα σποραδικάνεφρωσικό σύνδρομοασθενείς από τη Σιγκαπούρη σε σχέση με τους μάρτυρες (20 τοις εκατό έναντι 13 τοις εκατό , P ¼ 0,025) και έδειξαν ότι το αλληλόμορφο κίνδυνο είχε ως αποτέλεσμα μειωμένη ικανότητα αναστολής των ρευμάτων TRPC6 στα κύτταρα HEK293-Μ1 μέσω επιθέματος- σφιγκτήρας,η οποία μπορεί να ευθύνεται για την ευαισθησία στην πρωτεϊνουρία.27,28 Αυτή η μελέτη παρέχει ανεξάρτητη υποστήριξη για το rs2285450 ως παράγοντα κινδύνου για SSNS και προτείνει έναν εναλλακτικό μηχανισμό για την ευαισθησία σενεφρωσικό σύνδρομοαπαιτούν περαιτέρω έρευνα.

Χρησιμοποιώντας ζευγοποιημένα ανθρώπινα γενετικά και σπειραματικά μεταγραφικά δεδομένα, δεν παρατηρήσαμε διαφορές στη συνολική έκφραση του NPHS1 ως συνάρτηση αυτού του απλότυπου κινδύνου. Ωστόσο, τα δεδομένα RNA-seq επέτρεψαν την παρατήρηση σημαντικού ASE με αποτέλεσμα χαμηλότερη έκφραση NPHS1 από τον απλότυπο που φιλοξενεί τα αλληλόμορφα κινδύνου (Συμπληρωματικό Σχήμα S11). Ένας αριθμός από τις παραλλαγές κινδύνου σε αυτόν τον τόπο ήταν συνώνυμος με τις εξωνικές αλλαγές στο NPHS1. Ως εκ τούτου, εστιάσαμε περισσότερο στο NPHS1 και δεν συνεχίσαμε τη συζήτηση για το ρόλο του KIRREL2 σε πιθανούς μηχανισμούς ασθενειών. Η μελλοντική εργασία θα πρέπει να περιλαμβάνει: (i) την επικύρωση αυτής της παρατήρησης σε επιπλέον ασθενείς με δεδομένα γονότυπου και νεφρικής έκφρασης. και (ii) απόκτηση μηχανιστικής κατανόησης για το πώς αυτό το ASE του NPHS1 συμβάλλει ή προκαλεί τη συσχέτιση με τα SSN που παρατηρήσαμε. Οι πιθανές υποθέσεις για δυσλειτουργία περιλαμβάνουν: (i) αυξημένη επιβάρυνση του κυττάρου για την παραγωγή της απαραίτητης ποσότητας νεφρίνης από το χρωμόσωμα αναφοράς, που οδηγεί σε κυτταρικό στρες και αυξημένη ευαισθησία σε τραυματισμό. και (ii) δυνητικά δυσλειτουργική πρωτεΐνη νεφρίνης που παράγεται από τον απλότυπο κινδύνου (π.χ. μέσω διαφορικών μεταμεταφραστικών τροποποιήσεων) με αποτέλεσμα ένα μη φυσιολογικό φραγμό σπειραματικής διήθησης.

Οι γενετικοί πολυμορφισμοί στον τόπο 9q32 συνδέονται με αρκετές αυτοάνοσες και φλεγμονώδεις ασθένειες.23,29-31 Το πιο πιθανό γονίδιο που προκαλεί νόσο εντός του 9q32 είναι το TNFSF15, το οποίο κωδικοποιεί τον TNFSF15. Στην παρούσα μελέτη, η σημαντική συσχέτιση του rs4979462 αναπαράχθηκε ανεξάρτητα και ενισχύθηκε περαιτέρω από μια διεθνική μετα-ανάλυση. Προηγουμένως, οι Hitomi et al.32 αναγνώρισαν το rs4979462 ως λειτουργική παραλλαγή με λειτουργική ανάλυση in vitro χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία λουσιφεράσης και την ηλεκτροφορητική ανάλυση μετατόπισης κινητικότητας. Η δοκιμασία Super-shift διευκρίνισε ότι το αλληλόμορφο κινδύνου (Τ) του rs4979462 δημιούργησε μια νέα θέση δέσμευσης NF-1.32 Επιπλέον, αρκετές αναφορές έχουν δείξει ότι το αλληλόμορφο κινδύνου του rs4979432 επηρεάζει το επίπεδο έκφρασης του TNFSF15 mRNA.30, 32 Απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να επιβεβαιωθεί η συσχέτιση του TNFSF15 με το SSNS στα παιδιά.

Στην παρούσα μελέτη, οι παραλλαγές στους τόπους NPHS1 και TNFSF15 ταυτοποιήθηκαν και αναπαράγονται κυρίως στους πληθυσμούς της Ανατολικής Ασίας (Ιαπωνίας και Κορέας) και της Νότιας Ασίας, στους οποίους έχει αναφερθεί υψηλότερη συχνότητα της νόσου. Αντίθετα, οι συχνότητες των αλληλόμορφων κινδύνου των υποψηφίων SNP στο NPHS1 ήταν σπάνιες σε άτομα ευρωπαϊκής καταγωγής (Πίνακας 1). Αυτά τα ευρήματα μπορεί να εξηγήσουν εν μέρει την επιδημιολογική διαφορά μεταξύ των πληθυσμών από την άποψη των πολυμορφισμών που σχετίζονται με τη νόσο. Αυτή η διαφορά φαίνεται περαιτέρω από την απουσία σημαντικών σημάτων στο ιαπωνικό μας σύνολο δεδομένων στις περιοχές CALHM6/FAM26F και PARM1, τα οποία εντοπίστηκαν σε μια ομοιογενή κοόρτη ευρωπαϊκής καταγωγής.15,17

Με την κυρίαρχη συνεισφορά των γονιδίων HLA-DR/DQ, γονιδιακά σύνολα πρωτεϊνικού συμπλέγματος μείζονος ιστοσυμβατότητας κατηγορίας II και μείζονος συμπλόκου ιστοσυμβατότητας δραστηριότητας υποδοχέα κατηγορίας II συσχετίστηκαν ισχυρά με τη νόσο. Η έμφυτη ανοσοαπόκριση ταυτοποιήθηκε επίσης ως ένα σημαντικό σύνολο γονιδίων με μέτρια επίδραση. Το έμφυτο ανοσοποιητικό σύστημα, συμπεριλαμβανομένης της ενεργοποίησης επαγγελματικών κυττάρων (κύτταρα που παρουσιάζουν αντιγόνο και Β κύτταρα/υποδοχείς τύπου Toll), καθώς και το προσαρμοστικό ανοσοποιητικό σύστημα, στο οποίο τα μόρια HLA παίζουν κρίσιμο ρόλο, εμπλέκεται στη διαδικασία και την απόκριση της νόσου στη θεραπεία.33,34

Περίπου το 90 τοις εκατό της κληρονομικότητας της παιδικής SSNS συνεισέφερε κοινές παραλλαγές, αν και ελήφθησαν επίσης υπόψη παραλλαγές με σχετικά σπάνιες συχνότητες αλληλόμορφων (MAF: 0,5 τοις εκατό -5 τοις εκατό ). Ωστόσο, ένα μεγάλο ποσοστό της κληρονομικότητας της νόσου παραμένει άγνωστο. Άλλες παραλλαγές που σχετίζονται με ασθένειες σε περιοχές που δεν είναι HLA μπορεί να εντοπιστούν από μελλοντικές μελέτες σε όλο το γονιδίωμα με μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων, ειδικά για ασθενείς ευρωπαϊκών και άλλων μη ασιατικών προγόνων, καθώς οι πολυμορφισμοί που σχετίζονται με τη νόσο σε περιοχές χωρίς HLA εξακολουθούν να είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστος.

Στην παρούσα μελέτη, τα μεγέθη δειγμάτων σε κοόρτες αναπαραγωγής με διαφορετικές καταβολές έχουν περιορίσει την ισχύ για την αναπαραγωγή σημάτων με μικρότερα μεγέθη εφέ. Η διαστρωμάτωση πληθυσμού μπορεί να υπάρχει στο στάδιο της αναπαραγωγής λόγω έλλειψης προσαρμογής. Επιπλέον, παρτίδες μπορεί να εμφανίστηκαν μεταξύ περιπτώσεων και μαρτύρων όταν χρησιμοποιήθηκαν συχνότητες αλληλόμορφων από δημόσιες βάσεις δεδομένων ως έλεγχοι αντιστοίχισης πληθυσμού.

Συνοπτικά, οι ανακαλύψεις εδώ παρέχουν νέους τόπους SSNS. Ο τόπος NPHS1, ειδικότερα, παρέχει μια προκλητική νέα ιδέα για την παθογένεση της νόσου, συνδέοντας και ενισχύοντας ένα αναδυόμενο παράδειγμα στη νεφρολογία - σε ορισμένα γονίδια που φιλοξενούν παραλλαγές του Μεντελίου, τα πιο κοινά αλληλόμορφα μπορούν να αυξήσουν την ευαισθησία σε πολυπαραγοντικές, πολυγονιδιακές ασθένειες, όπως αποδείχθηκε προηγουμένως για UMOD, COL4A3 και NPHS2.26,35-41 Τέλος, τα τρέχοντα ευρήματα υπογραμμίζουν και πάλι τη σημασία της διενέργειας γονιδιωματικής έρευνας σε διαφορετικούς πληθυσμούς. Με αυτόν τον τρόπο, ανακαλύψαμε συγκεκριμένα SNP που είναι πιθανό να έχουν μεγαλύτερο αντίκτυπο στους πληθυσμούς της Ανατολικής και Νότιας Ασίας, ενώ ταυτοποιήσαμε γονίδια και τόπους που μπορεί να είναι σημαντικοί σε όλους τους πληθυσμούς, στους οποίους θα ήμασταν στατιστικά τυφλοί εάν χρησιμοποιούσαμε μια ευρωπαϊκή κοόρτη ανακάλυψης.

ΜΕΘΟΔΟΙ

Ανατρέξτε στις Συμπληρωματικές Μέθοδοι για πρόσθετες λεπτομέρειες.

Δείγματα: Στο στάδιο της ανακάλυψης, 1018 Ιάπωνες ασθενείς που διαγνώστηκαν με παιδικό SSNS (ηλικία έναρξης<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Γονότυπος και καταλογισμός ολόκληρου του γονιδιώματος στο στάδιο της ανακάλυψης

Στο στάδιο της ανακάλυψης, 1018 περιπτώσεις και 3331 μάρτυρες γονοτυποποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τη συστοιχία Affymetrix Japonica.42 Δεκαεννέα δείγματα αποκλείστηκαν με χαμηλό ποσοστό κλήσης (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Ο ποιοτικός έλεγχος διενεργήθηκε χρησιμοποιώντας το ακόλουθο όριο: ατομικό ποσοστό ελλείψεων<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. Η ανάλυση του κύριου συστατικού πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ανάλυση σύνθετων χαρακτηριστικών σε όλο το γονιδίωμα (έκδοση 1.26.0)44 για περιπτώσεις, μάρτυρες και δεδομένα Φάσης III HapMap (113 CEU [πληθυσμός βορειοδυτικής Ευρώπης], 113 YRI [the Yoruba in

Ibadan, Νιγηρία], 84 CHB [οι Κινέζοι Χαν στο Πεκίνο, Κίνα] και 86 JPT [ο ιαπωνικός πληθυσμός στο Τόκιο της Ιαπωνίας]). Τα δείγματα που προσδιορίστηκαν ως ακραία στοιχεία εξαιρέθηκαν (Συμπληρωματικό Σχήμα S1A–E).

Αναλύσεις συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος στο στάδιο της ανακάλυψης

Οι αναλύσεις συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα και οι αναλύσεις υπό όρους βασισμένες σε παραλλαγές ενός νουκλεοτιδίου διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας λογιστική παλινδρόμηση, προσαρμογή για το φύλο και τα πρώτα 4 κύρια συστατικά (PC1 έως PC4) από το PLINK 1.9. Το πακέτο r "qqman" χρησιμοποιήθηκε για τη δημιουργία γραφημάτων Μανχάταν και QQ. Τα τοπικά διαγράμματα δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας Locuszoom (1000 Genomes Nov 2014 ASN χρησιμοποιήθηκε ως αναφορά ανισορροπίας σύνδεσης).45

Δοκιμή βάσει γονιδίων και ανάλυση συνόλου γονιδίων

Πραγματοποιήθηκαν δοκιμές με βάση γονίδια και αναλύσεις συνόλου γονιδίων με MAGMA v1.646 (που υλοποιήθηκε μέσω του FUMA47). Η βάση δεδομένων Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 και ο NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 χρησιμοποιήθηκαν για την εύρεση eQTL που επηρεάζουν την έκφραση διαφόρων γονιδίων σε διάφορους ιστούς και ιστούς ειδικούς για τα νεφρά.

Αντιγραφή υποψηφίων SNP

Η αντιγραφή πραγματοποιήθηκε σε πολλαπλούς πληθυσμούς. Οι συμμετέχοντες στο κορεατικό σύνολο δεδομένων προσλήφθηκαν από τη Νότια Κορέα. Η κοόρτη MWPNC περιελάμβανε 181 ασθενείς με καταγωγή από τη Νότια Ασία που στρατολογήθηκαν από τις ΗΠΑ και τη Σρι Λάνκα, 158 ασθενείς αφρικανικής καταγωγής που στρατολογήθηκαν από

Εικόνα 4| Σπειραματική έκφραση mRNA NPHS1 σεΝεφρωσικό ΣύνδρομοΚοόρτη Δικτύου Μελέτης (NEPTUNE). (α) Θραύσματα NPHS1 ανά εκατομμύριο έκφρασης κιλοβάσης συγκρίνοντας δείγματα με απλότυπο κινδύνου έναντι NPHS1 χωρίς. Τα δείγματα με τον απλότυπο κινδύνου NPHS1 δεν εμφανίζουν σημαντικά διαφορετικά επίπεδα έκφρασης (δοκιμή Wilcoxon, P ¼ 0.39). (β) Ειδική για αλληλόμορφη έκφραση (ASE) που συγκρίνει δείγματα με απλότυπο κινδύνου έναντι NPHS1. ASE ¼ |0.5 – (απλότυπος Α / σύνολο αναγνώσεων)|. Σε ασθενείς με αλληλόμορφα κινδύνου, ο απλότυπος Α φιλοξενεί και τις 5 παραλλαγές κινδύνου NPHS1. σε ασθενείς χωρίς απλότυπο κινδύνου, ο απλότυπος Α επιλέγεται τυχαία από 1 από τους 2 απλότυπους τους. Τα δείγματα με λιγότερους από 2 ετερόζυγους μονονουκλεοτιδικούς πολυμορφισμούς ή στο κατώτατο 10 τοις εκατό των συνολικών μετρήσεων υποδεικνύονται με γκρι χρώμα. Τα δείγματα με τον απλότυπο κινδύνου NPHS1 δείχνουν σημαντική έκφραση ειδική για το αλληλόμορφο με χαμηλότερη έκφραση του απλότυπου κινδύνου (δοκιμή Wilcoxon, P ¼ 9.3E-4). Αριθμός CPM ανά εκατομμύριο.

οι ΗΠΑ και η Νιγηρία και 63 Ευρωπαίοι και 27 Ισπανόφωνοι ασθενείς προσλήφθηκαν από τις ΗΠΑ. Η κοόρτη του NEPHROVIR περιελάμβανε 132 Ευρωπαίους, 56 Αφρικανούς και 85 Μαγκρέμπια παιδιά με SSNS, που στρατολογήθηκαν στην περιοχή του Παρισιού. 2000 ευρωπαϊκοί έλεγχοι από 3 πόλεις και 454 μάρτυρες από την αφρικανική κοόρτη 1000G και 261 Μαροκινοί έλεγχοι χρησιμοποιήθηκαν ως μάρτυρες αντιστοίχισης πληθυσμού, αντίστοιχα. Η κοόρτη ιταλικών και ισπανικών (ItSpa) περιελάμβανε 112 Ευρωπαίους ασθενείς από την Ιταλία και την Ισπανία και 552 μάρτυρες από την ευρωπαϊκή κοόρτη 1000G. Λεπτομερείς πληροφορίες για τα σύνολα δεδομένων κάθε πληθυσμού φαίνονται στις Συμπληρωματικές Μέθοδοι και στον Πίνακα 1.

Στο στάδιο της αναπαραγωγής, πραγματοποιήθηκε λογιστική παλινδρόμηση στο κορεατικό σύνολο δεδομένων χρησιμοποιώντας μεμονωμένα δεδομένα γονότυπου. Οι τιμές P υπολογίστηκαν με τη δοκιμή c2 του Pearson ή την ακριβή δοκιμή του Fisher στη κοόρτη MWPNC και τις δημόσιες βάσεις δεδομένων. Για το κελί ¼ 0 στη δοκιμή c2, το 0.5 προστέθηκε σε καθένα από τα 4 κελιά για τον υπολογισμό των OR, του τυπικού σφάλματος (SE) και του διαστήματος εμπιστοσύνης 95 τοις εκατό. Στα σύνολα δεδομένων NEPHROVIR και ItSpa, πραγματοποιήθηκαν αναλύσεις συσχέτισης σύμφωνα με το προσθετικό μοντέλο.

Διαεθνοτική μετα-ανάλυση

Η διεθνική μετα-ανάλυση διεξήχθη χρησιμοποιώντας τη μέθοδο της αντίστροφης διακύμανσης που βασίζεται σε μοντέλα σταθερών ή τυχαίων επιδράσεων από το "META".49 Η ετερογένεια λήφθηκε υπόψη όταν το τεστ Cochran Q είχε τιμή P < 0.10.="" το="" pita="">< 5e–08="" θεωρήθηκε="" το="" κατώφλι="" σημαντικότητας="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" για="" τη="">

Ανάλυση ASE στην κοόρτη NEPTUNE

Ολικό RNA από σπειραματικές βιοψίες και 3{7}}Χ ολόκληρου του γονιδιώματος αλληλουχία πραγματοποιήθηκε σε 269 και 625 δείγματα από NEPTUNE20 (βλ. συμπληρωματικά δεδομένα20 για περισσότερες λεπτομέρειες). Οι παραλλαγές στο χρωμόσωμα 19 φιλτραρίστηκαν, αφαιρώντας MAF < 0,0001,="" εισαγωγές="" και="" διαγραφές,="" βαθμολογία="" ποιότητας="" γονότυπου="">< 20="" και="" έλειπε=""> 10 τοις εκατό . Οι παραλλαγές τοποθετήθηκαν σταδιακά με το Eagle v2.4.150 στο Michigan Imputation Server51 χρησιμοποιώντας τον πίνακα αναφοράς 1000 Genomes Phase 3.52 Τα δείγματα που περιείχαν και τα 5 αλληλόμορφα αλληλόμορφα κινδύνου χρωμοσώματος 19 (rs56117924, rs2073901, rs2073901, rs25,4540 Ο ποσοτικός προσδιορισμός γονιδίου (Log2CPM) υπολογίστηκε με τη μέθοδο κανονικοποίησης του μέσου όρου των τιμών M (TMM) με περικοπή των άκρων.53 NPHS1 και η περιβάλλουσα διαγονιδιακή περιοχή 1 KB (chr19: 36,315,274–36,343,895) εστιάστηκαν ειδικά από τα βασικά. Τα αρχεία NPHS1 bam και η σταδιακή αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος εισήχθησαν στο phASER54 για την εκτέλεση φάσης απλότυπου. Λόγω υψηλού σημείου ανασυνδυασμού στο NPHS1, βρήκαμε ασυνεπή φάση του rs2071347 (NPHS1, μέθοδοι σύγκρισης εξωνίου και ανάλυση προς τα κάτω και αναλύοντας διαφορετικά από το πάνελ 26). Χρησιμοποιήσαμε το phASER για να υπολογίσουμε την ειδική για τον απλότυπο έκφραση αθροίζοντας τις μετρήσεις RNA-seq σε όλα τα ετερόζυγα SNP. Τα δείγματα με λιγότερες από 20 συνολικές αναγνώσεις στο NPHS1 αφαιρέθηκαν. Για τα 187 υπόλοιπα δείγματα, υπολογίσαμε ASEasj0,5 – (απλότυπος Α / συνολικές αναγνώσεις)j. Σε ασθενείς με απλότυπο κινδύνου, ο απλότυπος Α φιλοξενεί και τις 5 παραλλαγές κινδύνου NPHS1. Σε ασθενείς χωρίς απλότυπο κινδύνου, ο απλότυπος Α επιλέγεται τυχαία από έναν από τους 2 απλότυπους τους. Στη συνέχεια, συγκρίναμε το ASE και την έκφραση γονιδίου για δείγματα με αθροιστική κατάταξη WilcoxonR. Οι συνολικές αναγνώσεις και ο αριθμός των υποστηρικτικών ετερόζυγων SNP διέφεραν μεταξύ των δειγμάτων. Δείγματα με χαμηλότερη ισχύ ανίχνευσης ASE, λιγότερα από 2 ετερόζυγα SNP ή στο κατώτατο 10 τοις εκατό των συνολικών αναγνώσεων συμπεριλήφθηκαν ωστόσο για πληρότητα και υποδεικνύονται ως γκρίζα σημεία στα Σχήματα 4α και β.

HLA λεπτή χαρτογράφηση

Οι μέθοδοι για τον καταλογισμό HLA και τον προσδιορισμό του γονότυπου HLA παρουσιάζονται στις Συμπληρωματικές Μέθοδοι.

Υπολογισμός ισχύος

Η ισχύς ανακάλυψης GWAS (987 περιπτώσεις και 3206 μάρτυρες) υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας το πακέτο R "CATS".55 Υποθέτοντας επικράτηση νόσου 0,016 τοις εκατό, η ισχύς της μελέτης υπολογίστηκε ξεχωριστά σύμφωνα με το προσθετικό μοντέλο για παραλλαγές με συχνότητα αλληλόμορφων 0,5 τοις εκατό , 5 τοις εκατό και 50 τοις εκατό , με ουδό σημαντικότητας ¼ 5E–08 (Συμπληρωματικό Σχήμα S2). Ο Online Sample Size Estimator56 του Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση της ισχύος αντιγραφής για κάθε

υποψήφιος SNP.

Εκτιμήσεις κληρονομικότητας

Οι κληρονομικότητες της νόσου που εξηγούνται από παραλλαγές σε όλο το γονιδίωμα εκτιμήθηκαν χρησιμοποιώντας ανάλυση σύνθετων χαρακτηριστικών σε όλο το γονιδίωμα43,57 (μέθοδος ανάλυσης σύνθετων χαρακτηριστικών σε όλο το γονιδίωμα-μέθοδος LDMS), υποθέτοντας επιπολασμό της νόσου 0.016 τοις εκατό. στον ιαπωνικό πληθυσμό. Όλες οι παραλλαγές που πέρασαν τη διαδικασία ποιοτικού ελέγχου μετά τον καταλογισμό ολόκληρου του γονιδιώματος συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση. Οι παραλλαγές ομαδοποιήθηκαν ως κοινές παραλλαγές (MAF > 5 τοις εκατό ) ή ως ασυνήθιστες παραλλαγές (0,5 τοις εκατό < maf="" #="" 5="" τοις="" εκατό="" )="" όταν="" δημιουργήθηκαν="" μήτρες="" γενετικών="" σχέσεων="" κατά="" τον="" υπολογισμό.="" λεπτομέρειες="" εμφανίζονται="" στις="" συμπληρωματικές="">

ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ

Η Ερευνητική Κοινοπραξία για τη Γενετική της Παιδικής ΙδιοπαθούςΝεφρωσικό Σύνδρομοστην Ιαπωνία

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Naka-nishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayashi, Shojushionto, Kujiashita, Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Σοϊνασιάομπ , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Masaki Shimiheih, Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yosh-ihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Shoijima, Hidaka, Kazumoto Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Hori-nouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Shingohi Yarokayuhiohioshio, Takeshima, Rika Fuji-maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayukuma Ishihar, Shi-mizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tadashi Zatoshina, Nakazato, Hiroshi Tamura και Koichi Nakanishi

Κορεατική Κοινοπραξία Κληρονομικών Νεφρικών Νοσημάτων στα Παιδιά

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han και Eun Mi Yang

Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetics of Nephrotic

Ομάδα Μελέτης για το Σύνδρομο)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Jesus Gonza, Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari και Sherif El Desk

ΝΕΦΡΟΒΙΡ

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschênsiers , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwalléegrinetherg, Stephanie, , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski και Férielle Zenkhri

ΑΠΟΚΑΛΥΨΗ

Η MGS έχει λάβει αμοιβές συμβούλων από τη Maze Therapeutics. Η AS έχει λάβει ταξιδιωτική υποστήριξη από την Biofem Pharmaceuticals. Η GD έχει λάβει αμοιβές συμβούλων από την Chiesi και τη Biocodex, μια αμοιβή διάλεξης από την Alnhylam και την ταξιδιωτική υποστήριξη από τη Sanofi. Η MV έχει λάβει αμοιβές συμβούλων από την Achillion Pharmaceuticals και την Gentium-Jass, μια αμοιβή διάλεξης από τη Sanofi και μια επιχορήγηση από την Alexion Pharmaceuticals. Ο Kii έχει λάβει αμοιβές συμβούλων από τον Zenyaku Kogyo. Όλοι οι άλλοι συγγραφείς δεν δήλωσαν ανταγωνιστικά συμφέροντα.

ΕΥΧΑΡΙΣΤΙΕΣ

Ευχαριστούμε όλους τους ασθενείς που συμμετείχαν σε αυτή τη μελέτη και τις οικογένειές τους, καθώς και την κα Yoshimi Nozu και την κα Ming Juan Ye για την τεχνική τους βοήθεια. Ευχαριστούμε τους Minoru Nakamura, Hitoshi Okazaki και Mika Matsuhashi για την υποστήριξή τους στις λειτουργικές μελέτες. Ευχαριστούμε τον J. Ludovic Croxford, Ph.D., από τον Όμιλο Edanz (www.edanzediting.com/ac) για την επεξεργασία ενός σχεδίου αυτού του χειρογράφου.

Τα συνοπτικά δεδομένα των παραλλαγών της ανακάλυψης GWAS είναι διαθέσιμα μέσω της βάσης δεδομένων του Εθνικού Κέντρου Βάσης Δεδομένων Βιοεπιστημών της Ιαπωνίας (αναγνωριστικό έρευνας: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

Αυτή η εργασία υποστηρίχθηκε από: την Ιαπωνική Υπηρεσία Ιατρικής Έρευνας και Ανάπτυξης (AMED) με αριθμό επιχορήγησης JP17km0405108h0005 προς Kii, KIs, KN ​​και KT, και JP17km0405205h0002 και 18km0405205h0003 προς KT και M; και από την Ιαπωνική Εταιρεία για την Προώθηση της Επιστήμης (JSPS) στο πλαίσιο του Grant-in-Aid for Scientific Research που προωθεί την Κοινή Διεθνή Έρευνα (B) 18KK0244 στους Kii, YH, TH, CN και KN. Μέρος αυτής της μελέτης χρηματοδοτήθηκε από την επιχορήγηση του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου Έρευνας ERC-2012-ADG_20120314 (συμφωνία επιχορήγησης 322947) και το Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" επιχορήγηση ANR-16-CE{{17} } σε PR. Η RG υποστηρίζεται από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας/Εθνικά Ινστιτούτα Διαβήτη και Πεπτικών και Νεφρικών Νοσημάτων (NIH/NIDDK) επιχορηγήσεις 5R01DK098135 και 5R01DK094987, το βραβείο Doris Duke Charitable Foundation Clinical Scientist Development Award 200903, και ένα βραβείο Dukears3 Το MGS υποστηρίζεται από επιχορήγηση του Εθνικού Ινστιτούτου Υγείας (R01-DK108805). οΝεφρωσικό ΣύνδρομοΗ Κοινοπραξία Δικτύου Μελέτης (NEPTUNE; U54-DK-083912) είναι μέρος του Εθνικού Κέντρου Προώθησης Μεταφραστικών Επιστημών (NCATS). Το Δίκτυο Κλινικής Έρευνας Σπάνιων Ασθενειών (RDCRN) υποστηρίχθηκε μέσω μιας συνεργασίας μεταξύ του Office of Rare Diseases Research (ORDR), του NCATS και του Εθνικού Ινστιτούτου Διαβήτη, Πεπτικών και Νεφρικών Νοσημάτων. Το RDCRN είναι μια πρωτοβουλία του τάγματος των NCATS. Πρόσθετη χρηματοδότηση ή/και προγραμματική υποστήριξη για αυτό το έργο παρασχέθηκε από το Πανεπιστήμιο του Μίσιγκαν, το NephCure Kidney International και το Ίδρυμα Halpin. Η κοόρτη NEPHROVIR υποστηρίχθηκε από 2 επιχορηγήσεις στον Georges Deschênes από το Πρόγραμμα

Hospitalier de Recherche Clinique: χορηγεί PHRC 2007-AOM07018 και PHRC 2011-AOM11002. Το δίκτυο NEPHROVIR συντονίζεται από την Παιδιατρική Νεφρολογική Μονάδα του Νοσοκομείου Robert Debré, την «Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien» και την «Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France». Η Marina Vivarelli υποστηρίχθηκε από την Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟ ΥΛΙΚΟ

Συμπληρωματικό αρχείο (PDF)

Συμπληρωματικές Σημειώσεις. Η Ερευνητική Κοινοπραξία για τη Γενετική της Παιδικής ΙδιοπαθούςΝεφρωσικό Σύνδρομοστην Ιαπωνία, Κορεατική Κοινοπραξία Κληρονομικών Νεφρικών Νοσημάτων στα Παιδιά, Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetics ofΝεφρωσικό Σύνδρομοομάδα μελέτης) και NEPHROVIR.

Συμπληρωματικές βαθμιαίες αναλύσεις υπό όρους στην περιοχή HLA και λεπτή χαρτογράφηση HLA.

Συμπληρωματικές Μέθοδοι.

Πίνακας S1. Ορισμοί του NS.

Πίνακας S2. Κλινικές πληροφορίες ασθενών στην ανακάλυψη GWAS και διεθνή μελέτη αντιγραφής.

Πίνακας S6. Σημαντικά σύνολα γονιδίων με τιμές P < 0.05="" μετά="" από="" διόρθωση="" bonferroni="" στην="" ανάλυση="" γονιδιακών="" συνόλων="" με="">

Πίνακας S9. Βηματικές αναλύσεις υπό όρους στην περιοχή HLA.

Πίνακας S10. Οι απλότυποι HLA συνδέονται σημαντικά με τα ιαπωνικά SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο της ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S11. Τα αλληλόμορφα HLA συνδέονται σημαντικά με τα ιαπωνικά παιδικά SSN στο στάδιο της ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S16. Ανάλυση συσχέτισης απλοτύπων HLA-DRB1-DQB1 με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S19. Ανάλυση συσχέτισης απλοτύπων HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA.

Πίνακας S20. Ομοζυγώτες HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 και HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 και ετεροζυγώτες HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 και HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 στο στάδιο ανακάλυψης με καταλογισμό HLA.

Πίνακας S21. Εκτίμηση κληρονομικότητας με χρήση αυτοσωμικών παραλλαγών σε σύνολο δειγμάτων ιαπωνικής ανακάλυψης.

Εικόνα S1. Ανάλυση κύριου συστατικού στην ανακάλυψη GWAS χρησιμοποιώντας δείγματα Φάσης ΙΙΙ HapMap ως αναφορά (113 κάτοικοι της Γιούτα με καταγωγή από τη βόρεια και δυτική Ευρώπη [CEU], 113 Γιορούμπα στο Ibadan [YRI], 84 Χαν Κινέζοι στο Πεκίνο [CHB] και {{ 4}} Ιάπωνες στο Τόκιο [JPT]).

Εικόνα S2. Δύναμη της ανακάλυψης GWAS.

Εικόνα S3. Γράφημα των τιμών P για SNPs (Q-Q) που υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας λογιστική παλινδρόμηση με προσαρμογή για το φύλο και το PC1-4 (987 περιπτώσεις με SSN παιδικής ηλικίας και 3206 υγιείς μάρτυρες). Εικόνα S4. Ανάλυση υπό όρους στον υποψήφιο τόπο στο χρωμόσωμα 19.

Εικόνα S5. Ανάλυση υπό όρους στον υποψήφιο τόπο στο χρωμόσωμα 9.

Εικόνα S6. Ανάλυση υπό όρους στον υποψήφιο τόπο στο χρωμόσωμα 18.

Εικόνα S7. Η θέση και ο σχολιασμός 5 SNP που επιλέχθηκαν για αναπαραγωγή στην περιοχή NPHS1-KIRREL2 (A).

Εικόνα S8. Οικόπεδο του Μανχάταν της δοκιμής με βάση το γονίδιο από το MAGMA. Εικόνα S9. Βηματικές αναλύσεις υπό όρους στην περιοχή HLA. Εικόνα S10. Εκτίμηση της κληρονομικότητας βάσει του SNP στον ιαπωνικό πληθυσμό.

Εικόνα S11. Σχηματικό διάγραμμα ειδικής για αλληλόμορφη έκφραση του NPHS1. Τόσο τα δείγματα κινδύνου όσο και τα μη επικίνδυνα δείγματα δείχνουν τις ίδιες συνολικές αναγνώσεις.

Συμπληρωματικό αρχείο (Excel)

Πίνακας S3. Παραλλαγές με τιμές P < 1e–05="" στην="" ανακάλυψη="" gwas.="" πίνακας="" s4.="" ισχύς="" των="" κοορτών="" αναπαραγωγής="" για="" την="" αναπαραγωγή="" υποψήφιων="">

Πίνακας S5. Σημαντικά γονίδια σε όλο το γονιδίωμα που σχετίζονται με τα παιδικά SSN στο στάδιο της ανακάλυψης από το MAGMA.

Πίνακας S7. Γονίδια που περιλαμβάνονται στα 4 σημαντικά σύνολα γονιδίων στην ανάλυση γονιδιακών συνόλων από το MAGMA.

Πίνακας S8. Παραλλαγές με τιμές P < 0.05="" στην="" υποψήφια="" περιοχή="" στο="" χρωμόσωμα="" 19="" (36,2–36,6="" mb)="" στη="" βάση="" δεδομένων="" gtex="" και="" στο="" πρόγραμμα="" περιήγησης="" nephqtl="">

Πίνακας S12. Η συσχέτιση αλληλόμορφων HLA αναλύει γονίδια HLA τάξης Ι με παιδικά SSN στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S13. Η συσχέτιση αλληλόμορφων HLA αναλύει γονίδια HLA τάξης II με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S14. Ανάλυση συσχέτισης απλοτύπων HLA-AB με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S15. Ανάλυση συσχέτισης απλοτύπων HLA-ACB με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA. Πίνακας S17. Ανάλυση συσχέτισης απλοτύπων HLA-DRB1-DQB1-DPB1 με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA.

Πίνακας S18. Ανάλυση συσχέτισης απλοτύπων HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 με SSN παιδικής ηλικίας στο στάδιο ανακάλυψης χρησιμοποιώντας δεδομένα καταλογισμού HLA.

ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΚΕΣ ΑΝΑΦΟΡΕΣ

1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopathicνεφρωσικό σύνδρομοστα παιδιά. Νυστέρι. 2018; 39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS. Εθνοτικές διαφορές στην παιδική ηλικίανεφρωσικό σύνδρομοFrant Pedat.2016y:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et aL Υψηλή συχνότητα ιδιοπαθούς νεφρωσικού συνδρόμου σε παιδιά της Ανατολικής Ασίας: μια εθνική έρευνα στην Ιαπωνία (μελέτη JP-SHINE). Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Λευκό RH. Η οικογένειανεφρωσικό σύνδρομοΕυρωπαϊκή έρευνα του LA. ClnNephral. 19731215-219.