Μέρος 5: Χαρτογράφηση της επιγονιδιωματικής και μεταγραφικής αλληλεπίδρασης κατά τη διάρκεια του σχηματισμού μνήμης και της ανάκλησης στο σύνολο του Hippocampal Engram

ali.ma@wecistanche.com

Κάντε κλικ εδώ για το Μέρος 6

Κάντε κλικ εδώ για το Μέρος 5

Εκτεταμένα δεδομένα Εικ. 2: Τα σταθερά DAR εμπλουτίζονται κυρίως για σημάδια ενισχυτών

(α) Ροή εργασιών για την ανατομή κυτταρομετρίας ροής των διαφορετικών νευρωνικών πληθυσμών από τον ιππόκαμπο, κατά τη διάρκειαμνήμησχηματισμός και ανάκτηση. Αντιπροσωπευτικά διαγράμματα FACS που δείχνουν την έκφραση όλου του πληθυσμού (αριστερό πλαίσιο). Περαιτέρω επιλογή έγινε σε απλούς πυρήνες και NeuN συν /DAPI συν πληθυσμό (μεσαίο πλαίσιο). Τελευταία, η επιλογή έγινε στον περιορισμένο υποπληθυσμό. Το GFP plus (προσαρμοσμένο στο ~2,5 τοις εκατό από όλα τα κύτταρα), το ARC συν /GFP συν (~0,15 τοις εκατό από όλα τα κύτταρα) και οι πυρήνες ταξινομήθηκαν σε σωλήνες Eppendorf 1,5 ml επικαλυμμένους με 200 μΙ 1 τοις εκατό PBS.

Κάντε κλικ στοΗ σκόνη εκχυλίσματος Cistanche βελτιώνει τη μνήμη

(β) Το διάγραμμα Venn (αριστερά) και ο πίνακας (δεξιά), απεικονίζουν την επικάλυψη μεταξύ των DAR που προσδιορίζονται στις διαφορετικές συγκρίσεις ανά ζεύγη κατά τη διάρκειαμνήμησχηματισμός και ανάκληση.

(γ) Πραγματοποιήθηκε στατιστική ανάλυση βάσει επαναδειγματοληψίας για να προσδιοριστεί εάν οι εμπλουτισμοί των καταστάσεων χρωματίνης έναντι των εκπομπών ChromHMM (παρατηρήθηκαν) είναι στατιστικά σημαντικοί. Ο αναμενόμενος εμπλουτισμός υπολογίστηκε εκτελώντας 10,000 τυχαιοποιημένα σύνολα επικαλύψεων (μεταθέσεις) μεταξύ "όλων των προσβάσιμων τοποθεσιών" και "όλων των τοποθεσιών τροποποιήσεων ιστόνης (δηλ. όλων των εκπομπών)" και παρουσιάστηκαν ως ιστόγραμμα σε η εικόνα. Ένα μέγεθος δείγματος κάθε τυχαιοποιημένου συνόλου προσδιορίστηκε από το μέγεθος των DAR από κάθε κατάσταση. Υπολογίστηκε ο μέσος όρος και η τυπική απόκλιση του δείγματος (Συμπληρωματικός Πίνακας 3). Ο αριθμός των παρατηρούμενων επικαλύψεων μεταξύ των DAR και κάθε εκπομπής υπολογίστηκε και παρουσιάστηκε ως γραμμές. Το z-score υπολογίστηκε ως αγρανάπαυση. Z=(παρατηρούμενες τιμές (X) – μέσος όρος του δείγματος (μ))/(τυπική απόκλιση του δείγματος (σ)). z-score Basal vs. Early; SE 10.5, WE 6.9. Σταθερός; SE 16.9, WE 12.7, όλα p < 0.0001,="" z-score="" early="" vs.="" late;="" sp="" 91.7,="" wp="" 38.7.="" αργά="" έναντι="" επανενεργοποίησης.="" sp="" 26.8,="" wp="" 28.9,="" όλα=""><0.0001. p-values="" (two-sided)="" were="" calculated="" from="" the="" z-table.="" a="" full="" analysis="" is="" reported="" in="" supplement="" table="">

(δ) Το διάγραμμα πίτας δείχνει το ποσοστό των διαφορετικών καταστάσεων ενισχυτή, για όλες τις σταθερές περιοχές. Πραγματοποιήθηκε επικάλυψη κάθε σταθερής περιοχής με προηγουμένως δημοσιευμένα δεδομένα ChIP-seq H3K4me1 και H3K27ac, που ελήφθησαν 1 ώρα μετά το FS21. Οι καταστάσεις των ενισχυτών ταξινομήθηκαν ως «εκκινημένες» – επικάλυψη με περιοχές που σημειώνονται μόνο με H3K4me1, «ενεργές» – με H3K4me1/ H3K27ac ή «λανθάνουσα» – χωρίς επικάλυψη.

(e) Motifs identified from nucleosome-free regions (NFR) on the ATAC-seq tracks from each state (Basal, Activated -early, Activated -late, and Reactivated). Peaks were divided into positions that were annotated to promoters (5kb from TSS) and enhancers (>5 kb από το TSS). Το μέγεθος του κύκλου υποδεικνύει το ποσοστό εμπλουτισμού (1–50 τοις εκατό ). Το χρώμα υποδεικνύει –log (P-value).

Εκτεταμένα δεδομένα Εικ. 3: Συντονισμένη εκκίνηση της επιγενετικής κατάστασης κατά τη διάρκειαμνήμηκωδικοποίηση και

(α) Οι ιδιότητες των αλληλεπιδράσεων που ανιχνεύονται από το Σικάγο σε κάθε φάση (Βασική, Ενεργοποιημένη -πρώιμη, Ενεργοποιημένη -όψιμη και Επανενεργοποιημένη). Οι προεπιλεγμένες ρυθμίσεις και ένα όριο βαθμολογίας 5 χρησιμοποιήθηκαν σε σημαντικές κλήσεις αλληλεπίδρασης, που πραγματοποιήθηκαν από κοινού σε όλα τα αντίγραφα.

(β) Το διάγραμμα πίτας αντιπροσωπεύει το ποσοστό όλων των αλληλεπιδράσεων που ανιχνεύθηκαν από το Σικάγο που οριοθετούνται είτε από H3K27ac/H3K4me1 (67,5 τοις εκατό σημάδια ενισχυτών), H3K4me3/H3K9ac (46,2 τοις εκατό σημάδι υποκινητή) είτε H3K27me3 (1,1 τοις εκατό κατασταλτικά σημάδια).

(γ) Εικόνα προγράμματος περιήγησης επιγονιδιώματος WashU, που περιλαμβάνει περιοχή ~ 500 Kb γύρω από τα γονίδια Eif4e2. Τα τόξα εμφανίζουν σημαντικούς κοινούς (κόκκινο ορθογώνιο) και μοναδικούς (βέλη) ενισχυτές που αλληλεπιδρούν με προαγωγείς (μπλε ορθογώνιο).

(δ) Παραδείγματα αλληλεπιδράσεων που καλούνται από το Σικάγο. Οικόπεδα που δείχνουν όλες τις αναγνώσεις από το bait-other-end (ενισχυτής), εντός 500–700 kb (ανοδικά και κατάντη) του Grink3 και Προαγωγείς Wwc2. Οι σημαντικές αλληλεπιδράσεις που εντοπίστηκαν από το Σικάγο (βαθμολογία Μεγαλύτερο ή ίσο με 5) εμφανίζονται με κόκκινο και οι αλληλεπιδράσεις υποκατωφλίου (3 μικρότερο ή ίσο με βαθμολογία < 5)="" εμφανίζονται="" με="" μπλε="" χρώμα.="" οι="" γκρίζες="" γραμμές="" δείχνουν="" τις="" αναμενόμενες="" μετρήσεις="" και="" οι="" διακεκομμένες="" γραμμές="" το="" άνω="" όριο="" των="" διαστημάτων="" εμπιστοσύνης="" 95="" τοις="" εκατό.="" (ε)="" ανάλυση="" εμπλουτισμού="" επικάλυψης="" μεταξύ="" αλληλεπιδρώντων="" ενισχυτών="" και="" dar,="" χρησιμοποιώντας="" μια="" διαδικασία="" μετάθεσης="" σε="" 10,000="" τυχαιοποιημένα="" σύνολα="" προσβάσιμων="" τοποθεσιών.="" το="" ιστόγραμμα="" παρουσιάζει="" τυχαία="" κατανομή="" δειγματοληψίας="" προσβάσιμων="" τοποθεσιών="" για="" κάθε="" κατάσταση="" (βασική="" έναντι="" ενεργοποιημένης="" -="" νωρίς,="" ενεργοποιημένη="" -πρώιμη="" έναντι="" ενεργοποιημένης="" -όψιμη,="" ενεργοποιημένη="" -όψιμη="" έναντι="" επανενεργοποιημένης,="" σταθερή).="" ο="" αριθμός="" των="" επικαλυπτόμενων="" τόπων="" παρουσιάζεται="" σε="" έγχρωμες="" γραμμές="" από="" βασικούς,="" ενεργοποιημένους="" -πρώιμους,="" ενεργοποιημένους="" -όψιμους="" και="" επανενεργοποιημένους="" νευρώνες.="" dar="" του="" bas="" έναντι="" ενεργοποιημένου="" -πρώιμη="" (βαθμολογία="" z;="" 7,1,="" 7,7,="" 8,5,="" 10,9).="" dar="" του="" ενεργοποιημένου="" -πρώιμη="" έναντι="" του="" ενεργοποιημένου="" -όψιμο="" (z-score;="" −0,1,="" −0,8,="" −2,4,="" −3,2).="" dar="" ενεργοποιημένων="" -όψιμων="" έναντι="" επανενεργοποιημένων="" (0,4,="" 1,8,="" 0,4,="" -0,2).="" dars="" σταθερού="" (z-score;="" 1,7,="" 2,0,="" 6,5,="">

Εκτεταμένα δεδομένα Εικ. 4: Ενεργοποιούνται οι αλλαγές χρωματίνης που συμβαίνουν κατά την πρώιμη φάση

(α) Ανάλυση επικάλυψης μεταξύ των ονομάτων γονιδίων από τη διαφορική ανάλυση ανά ζεύγη και προηγουμένως δημοσιευμένων δεδομένων i) ενεργοποιημένων κοκκωδών κυττάρων DG 1 ώρα μετά την νέα έκθεση32 ii) 24 ώρες μετά το FS20 και iii) μετά από παρατεταμένη διέγερση (6 ώρες) καλλιεργημένου φλοιού σε ποντίκια νευρώνες με KCl33. Η ανάλυση πραγματοποιήθηκε από το πακέτο GeneOverlap R.

(β) Οι εξωνικές (κόκκινες) και οι ιντρονικές (μπλε) αναγνώσεις ποσοτικοποιήθηκαν χωριστά σε όλες τις συνθήκες και συγκρίθηκαν με τη μεταγραφική δραστηριότητα όπως μετρήθηκε με το DEseq2. Οι αναγνώσεις κανονικοποιήθηκαν (RPKM) και οι αλλαγές log2FC παρουσιάζονται για κάθε κατάσταση. Η πλοκή του βιολιού δείχνει τη μέση,

εύρος μεταξύ τεταρτημορίων, και η ελάχιστη και η μέγιστη, μονόδρομη ANOVA (παραμετρική, μη ζευγαρωμένη), Βασική έναντι πρώιμης. F (5, 248)=389.9. Πρόωρη έναντι αργά. F (5, 2374)=2183. Αργά έναντι Επανενεργοποίησης. F (5, 1357) {{10}}.5, All Ps < 0.0001.="" οι="" πολλαπλές="" συγκρίσεις="" του="" bonferroni.="" ns="μη" σημαντικό,="" ***p=""><>

(γ) Οι αναλογίες εξονίων/ιντρονίων μετρήθηκαν σε κάθε ομάδα σε όλες τις συνθήκες (κλίμακα Log2FC). Η γραφική παράσταση βιολιού υποδεικνύει τη μέση, διατεταρτημοριακή περιοχή και την ελάχιστη και μέγιστη, μονόδρομη ANOVA (παραμετρική, μη ζευγαρωμένη), F (5, 1143)=260.2, P<0.0001. bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test.="" n.s="non-significant," ***p="" <="">

(δ) Ανάλυση επικάλυψης μεταξύ DAR και DEG κατά τη διάρκεια διαφορετικώνμνήμηφάσεις. Τα DAR στις περιοχές Intergenic και ιντρονίων χαρτογραφήθηκαν στα αντίστοιχα γονίδια τους με τους χάρτες αλληλεπίδρασης pc-HiC. Η ανάλυση επικάλυψης πραγματοποιήθηκε από το πακέτο GeneOverlap R. Η τιμή P (αριθμοί) και ο λόγος πιθανοτήτων (χρώμα) από την ακριβή δοκιμή του Fisher παρουσιάζονται στον χάρτη θερμότητας. ns – μη σημαντικό.

(ε) Συσχέτιση Pearson μεταξύ των τιμών log2FC των DAR και των log2FC DEG που σχολιάστηκαν σε αυτήν την περιοχή (οι διαγονιδιακές περιοχές χαρτογραφήθηκαν μέσω του συνόλου δεδομένων pc-HiC). Οι αλλαγές προσβασιμότητας χρωματίνης συγκρίθηκαν με αναλυμένες εξωνικές αναγνώσεις (κόκκινη γραμμή), ιντρονικές αναγνώσεις (μπλε γραμμές) και συνολικές μεταγραφικές αλλαγές (τόσο ιντρονικές όσο και εξωνικές αναγνώσεις) όπως μετρήθηκαν με το Desq2 (γκρίζα γραμμή). Όλες οι τιμές r και p αναφέρονται στον συμπληρωματικό πίνακα 9.

Εκτεταμένα δεδομένα Εικ. 5: Οι μεταγραφικές αλλαγές στους ενεργοποιημένους-όψιμους νευρώνες συσχετίστηκαν υψηλότερα

(α) Οι εξωνικές (κόκκινες) και οι ιντρονικές (μπλε) αναγνώσεις ποσοτικοποιήθηκαν χωριστά σε όλες τις συνθήκες για καθεμία από τις συστάδες που προσδιορίζονται στο Σχήμα 5Β. Οι αναγνώσεις κανονικοποιήθηκαν (RPKM) και οι αλλαγές log2FC παρουσιάζονται για κάθε σύμπλεγμα.

(β) Οι λόγοι εξονίου/ιντρονίου μετρήθηκαν σε κάθε ομάδα σε όλες τις συνθήκες. Η γραφική παράσταση βιολιού υποδεικνύει τη μέση, διατεταρτημοριακή περιοχή και το ελάχιστο και μέγιστο, n=3 βιολογικά ανεξάρτητα δείγματα μονόδρομη ANOVA (παραμετρική, μη ζευγαρωμένη), Dw –Late cluster. F (3, 968)

652) = 93.97, P<0.0001. reactivation="" -cluster;="" f="" (3,="" 1600)="485.2,"><0.0001. bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test="" to="" deseq2="" reads.="" ***p="" <="">

Επεκτάθηκε Δεδομένα Σύκο. 6: Διακριτή χρονικά μεταγραφική προγράμματα είναι να εισαι συγχρονισμένη προς την

εξαρτώμενο τρόπο παρουσία ταμοξιφαίνης. Στο δεξιό πλαίσιο, αντιπροσωπευτικές εικόνες IHC της ΓΔ. Πράσινο – AAV-eYFP, Κόκκινο – ενδογενές Τόξο. Η γραμμή κλίμακας αντιπροσωπεύει 50 μm.

(β) Αξιολόγηση μορφολογίας σπονδυλικής στήλης κατά τη διάρκεια διαφορετικώνμνήμηφάσεις. Το δεξί πλαίσιο εμφανίζει ένα ενιαίο eYFP συν δενδριτικό άξονα με διαφορετικούς τύπους αγκάθων (Stubby, Thin, Mushroom, Enlarged μανιτάρι). Η γραμμή κλίμακας αντιπροσωπεύει 5 μm. Το τετραγωνίδιο υποδεικνύει τη μέση τιμή, το εύρος των τεταρτημορίων και το ελάχιστο και μέγιστο, Ενεργοποιημένο -πρώιμα: n=4 ποντίκια /5 τμήμα ανά ζώο, Ενεργοποιημένο -όψιμη: n=4 ποντίκια /4 τμήμα ανά ζώο, Επανενεργοποιημένο: n=4 ποντίκια /2 τμήμα ανά ζώο. μονόδρομη ANOVA (παραμετρική, μη ζευγαρωμένη), Stubby; F (2, 36)=2.313, P=0.1135. Λεπτός; F (2, 36)=35.12, P<0.0001. mushroom;="" f="" (2,="" 36)="38.42," p="" <="" 0.0001.="" bonferroni's="" multiple="" comparisons="" test,="" ***p="" <="">

(γ) Αντιπροσωπευτικές εικόνες IHC και ποσοτικοποίηση των επιπέδων πρωτεΐνης δύο μελών της οικογένειας EIF. (αριστερά) Eif2a και (δεξιά) Eif3e. Η γραμμή κλίμακας αντιπροσωπεύει 10 μm. Τα δεδομένα για τον δενδριτικό άξονα παρουσιάζονται ως λόγος μεταξύ του αριθμού και του μήκους (μM). n=4 ποντίκια /5 τομή ανά ζώο, το τετραγωνικό διάγραμμα υποδεικνύει τη μέση, διατεταρτημοριακή περιοχή και την ελάχιστη και μέγιστη, μονόδρομη ANOVA (παραμετρική, μη ζευγαρωμένη) με τη δοκιμή πολλαπλών συγκρίσεων του Bonferroni, ns - μη σημαντικό, άξονας Eif2a. F (2, 20)=4.484, P=0.0246. Soma; F (2, 21)=19.58, P < 0.0001.="" (ενεργοποιήθηκε="" -πρώιμη="" έναντι="" ενεργοποιημένης="" -όψιμη="" *p="0.0142," ενεργοποιήθηκε="" -πρώιμη="" έναντι="" επανενεργοποιημένης="" *p="">< 0,0001,="" ενεργοποιήθηκε="" -όψιμη="" έναντι="" επανενεργοποίησης="" *p="0.0303)." άξονας="" eif3e;="" f="" (2,="" 14)="1.983," p="0.1745." soma;="" f="" (2,="" 23)="8.309," p="0.0019," (activated="" -early="" vs.="" reactivated="" *p="0.0057," activated="" -late="" vs.="" reactivated="" *p="" {{="">

(δ) Το διάγραμμα πίτας παρουσιάζει το ποσοστό μεγεθυσμένων αγκάθων μανιταριού (Dh μεγαλύτερο ή ίσο με 3Dn) και αγκάθια μανιταριού από Ενεργοποιημένους -όψιμους και Επανενεργοποιημένους νευρώνες.

(ε) Αντιπροσωπευτικές εικόνες (αριστερό πλαίσιο) και ποσοτικοποίηση (δεξιό πλαίσιο) των επιπέδων mRNA του Gria1, κατά τη διάρκεια διαφορετικών φάσεων τουμνήμη. Τα δεδομένα παρουσιάζονται ως αναλογία μεταξύ πολλών σημείων και του μήκους του δενδριτικού άξονα. Η γραμμή κλίμακας αντιπροσωπεύει 10 μm. N=4 ποντίκια /5 τομή ανά ζώο, το τετραγωνίδιο υποδεικνύει τη μέση, τεταρτημοριακή περιοχή και το ελάχιστο και μέγιστο, Άξονας. μονόδρομη ANOVA (παραμετρική, μη ζευγαρωμένη) F (2, 15)=10.41, P=0.0015. Δοκιμή πολλαπλών συγκρίσεων του Bonferroni, **P=0.0011. κάτω πάνελ - Soma? μονόδρομη ANOVA F (2, 12)=0.13, P=0.88.

Εκτεταμένα δεδομένα Εικ. 7: Οι αλληλεπιδράσεις με διακριτούς συνδυαστικούς ενισχυτές οδηγούν σε

(α) Τα διαγράμματα Venn δείχνουν το ποσοστό επικάλυψης μεταξύ προσβασιμότητας χρωματίνης (DAR) σε όλα ταμνήμηφάσεις (BAS εναντίον Ενεργοποιημένος -πρώιμος, κύκλος ανοιχτού πράσινου πλέγματος; Ενεργοποιημένος -πρώιμος έναντι ενεργοποιημένος -όψιμος, σκούρο πράσινος κύκλος πλέγματος; Ενεργοποιημένος -όψιμος έναντι επανενεργοποιημένος, πορτοκαλί κύκλος πλέγματος) και συνολικές μεταγραφικές αλλαγές από όλα τα αναγνωρισμένα συμπλέγματα (Dw – αργά, Up –late, Stable, Reactivation, μπλε κύκλος πλέγματος). Τα διαγονιδιακά και τα DAR ιντρονίων χαρτογραφήθηκαν στα αντίστοιχα γονίδιά τους με τους χάρτες αλληλεπίδρασης pc-HiC. Το ποσοστό επικάλυψης υπολογίστηκε από όλα τα DEG που προσδιορίστηκαν στις ομάδες (n=1095).

(β) Ανάλυση επικάλυψης μεταξύ DAR (ζευγών) και DEG από κάθε σύμπλεγμα. Τα διαγονιδιακά και τα DAR ιντρονίων χαρτογραφήθηκαν στα αντίστοιχα γονίδιά τους με τους χάρτες αλληλεπίδρασης pc-HiC.

Η ανάλυση επικάλυψης πραγματοποιήθηκε από το πακέτο GeneOverlap R. Οι τιμές P και οι τιμές Jaccard (χρώμα) από την ακριβή δοκιμή Fisher παρουσιάζονται στον θερμικό χάρτη (αριστερά). Το ποσοστό επικάλυψης υπολογίστηκε από όλα τα αναγνωρισμένα DEG στις συστάδες (δεξιά).

(γ) Αντιπροσωπευτική εικόνα της χρωματίνης και μεταγραφικές αλλαγές του τόπου Gabrb3 από το σύμπλεγμα Dw-late. Ενώ οι αλληλεπιδράσεις πρώιμης κατάστασης ήταν μεταξύ προαγωγέα και ενισχυτών με μεταγραφικούς ενεργοποιητές (Ap1), οι αλληλεπιδράσεις όψιμης κατάστασης ήταν με μεταγραφικούς καταστολείς (Slug). Τα ίχνη προγράμματος περιήγησης γονιδιώματος ανώτερου IGV (μωβ - Βασικό, ανοιχτό πράσινο - Ενεργοποιημένο - πρώιμο, σκούρο πράσινο - Ενεργοποιημένο - αργά και πορτοκαλί - Επανενεργοποιημένο) παρουσιάζουν μεταγραφικές αλλαγές (ncRNA-seq), τα μεσαία κομμάτια δείχνουν δυναμική προσβασιμότητας χρωματίνης (ATAC-seq) στο προαγωγέας (κόκκινο ορθογώνιο) και ενισχυτές (γκρι ορθογώνιο). Οι σημαντικές αλληλεπιδράσεις προαγωγέα-βελτιωτή αναπαρίστανται ως τόξα (κομμάτια προγράμματος περιήγησης WashU). Το κάτω κομμάτι παρουσιάζει μοτίβα που αναγνωρίστηκαν μέσω των εργαλείων HOMER (Slug, Ap1 και Rest).

(δ) Οικόπεδα συνάθροισης για μεμονωμένα μοτίβα. Οι τιμές εμπλουτισμού (μοτίβα ανά bp/ ανά κορυφή) έξι επιλεγμένων μοτίβων (δύο καταστολείς, δύο ενεργοποιητές και δύο δισθενείς) αξιολογήθηκαν γύρω από το κέντρο των κορυφών (−/ συν 4000bp) από κάθε ομάδα.

Εκτεταμένα Δεδομένα Εικ. 8: Προτεινόμενο μοντέλο της προσβασιμότητας της χρωματίνης, της αλληλεπίδρασης προαγωγέα-ενισχυτή και της μεταγραφικής δυναμικής των νευρώνων εγγραμμάτων μνήμης του ιππόκαμπου

περιοχές, οι οποίες περιέχουν μοτίβα μεταγραφικού ενεργοποιητή. Αυτός ο επαναπρογραμματισμός προαγωγέα-ενισχυτή έχει ως αποτέλεσμα αυξημένη γονιδιακή έκφραση που πιθανώς επιτρέπει τη σταθεροποίηση τουμνήμη. Ανάκληση - οι επανενεργοποιημένοι νευρώνες εγγράμματος χρησιμοποίησαν ένα υποσύνολο αρχικών αλληλεπιδράσεων προαγωγέα-ενισχυτή, που σχετίζεται με μεταγραφικές αλλαγές που εμπλέκονται στη μεταφορά mRNA στα συναπτικά διαμερίσματα και στη μετάφραση πρωτεΐνης. Παράγοντας μεταγραφής – TF, E(1–3) – διαφορετικοί ενισχυτές που αλληλεπιδρούν με τον ίδιο υποκινητή, Κόκκινο – μεταγραφικοί καταστολείς, Μπλε – μεταγραφικοί ενεργοποιητές.

Συμπληρωματικό υλικό

Ανατρέξτε στην έκδοση Web στο PubMed Central για συμπληρωματικό υλικό.

Ευχαριστίες

Ευχαριστούμε τους E. Niederst, J. Penney, S. Barker, RT Stott, M. Victor, A. Watson, N. Dedic, E. Lockshin και τα μέλη του L.HT Lab για χρήσιμες συζητήσεις και προτάσεις. Ευχαριστούμε τους υπεύθυνους εργαστηρίου Y. Zhou, E. McNamara για τη συντήρηση της αποικίας ποντικών. Ευχαριστούμε τον P. Autissier (Ινστιτούτο Whitehead) για τη βοήθεια με το FACS. Χρηματοδότηση: Αυτά τα έργα υποστηρίχθηκαν από επιχορηγήσεις του NIH RF1AG062377, AF1AG054012, RO1NS102730, RF1AG064321, The JPB Foundation, The Alana Down Syndrome Research Foundation, The LuMind Down Syndrome Research Foundation, The Cure Alzheiumer's Consultants και Robert' TheRC. Belfer Family Foundation στο LH.T. Το έργο αυτό υποστηρίχθηκε επίσης εν μέρει από τις επιχορηγήσεις NIH R01AG058002, U01NS110453, R01AG062335, UG3NS115064 έως MK και LH.T και r0167151, R01MH109978, U01MH119509, R01HG00815, U24HGED OPED ONARF OMONES OMONES OMED OMED OMONE . Το HSM υποστηρίζεται από το Burroughs Wellcome Fund και την μεταδιδακτορική υποτροφία UNCF-Merck. Το C. A υποστηρίζεται από το JPB Foundation. Το RMR υποστηρίζεται από το NIH T32 grant 5T32HD09806. Το κιτ προετοιμασίας βιβλιοθηκών Hi-C ελήφθη ως γενναιόδωρο δώρο από την DovetailTM (v.1.03, Dovetail Genomics, Σικάγο, ΗΠΑ). Ευχαριστούμε την ομάδα Dovetail για τη χρήσιμη συζήτηση και τις προτάσεις.