Αν και δεν φαίνεται ότι το ποσοστό του TEX αυξάνεται με τη σοβαρότητα της νόσου (Συμπληρωματικό Σχήμα 6C) ή καθώς τα ζώα με τάση για λύκο γερνούν (6), ο συνολικός αριθμός των διεισδυτικών Τ κυττάρων αυξάνεται με τη σοβαρότητα της νόσου σε αυτά τα μοντέλα και σε ανθρώπους ασθενείς. Έτσι, μπορεί να υπάρχει ένα σημείο πέρα ​​από το οποίο μπορεί η εξάντλησηδεν ελέγχουν πλέον την ασθένεια. Η προηγούμενη εργασία πρότεινε ότι αυτοί οι ασθενείς με υπογραφή CD8 συν TEX περιφερικού αίματος είχαν λιγότερες πιθανότητες να ξεσπάσουν σε σύγκριση με εκείνους που δεν είχαν αυτή την υπογραφή (52). Ωστόσο, το τι συμβαίνει στο επίπεδο του οργάνου-στόχου παραμένει ένα εκκρεμές ερώτημα και θα είναι ενδιαφέρον, σε μελλοντική εργασία, να προσδιοριστεί εάν το ποσοστό των εξαντλημένων κυττάρων σε μια βιοψία μπορεί να συσχετιστεί με τα αποτελέσματα της νόσου.

Σύμφωνα με σχετικές μελέτες, το cistanche είναι ένα παραδοσιακό κινέζικο βότανο που χρησιμοποιείται εδώ και αιώνες για τη θεραπεία διαφόρων ασθενειών. Έχει αποδειχθεί επιστημονικά ότι διαθέτει αντιφλεγμονώδεις, αντιγηραντικές και αντιοξειδωτικές ιδιότητες. Μελέτες έχουν δείξει ότι το κιστανάκι είναι ευεργετικό για ασθενείς που πάσχουν από νεφρική νόσο. Τα ενεργά συστατικά του cistanche είναι γνωστό ότι μειώνουν τη φλεγμονή, βελτιώνουν τη λειτουργία των νεφρών και αποκαθιστούν τα εξασθενημένα νεφρικά κύτταρα. Έτσι, η ενσωμάτωση του cistanche σε ένα πρόγραμμα θεραπείας νεφρικής νόσου μπορεί να προσφέρει μεγάλα οφέλη στους ασθενείς στη διαχείριση της κατάστασής τους. Το Cistanche βοηθά στη μείωση της πρωτεϊνουρίας, μειώνει τα επίπεδα BUN και κρεατινίνης και μειώνει τον κίνδυνο περαιτέρω νεφρικής βλάβης. Επιπρόσθετα, το cistanche βοηθά επίσης στη μείωση των επιπέδων χοληστερόλης και τριγλυκεριδίων που μπορεί να είναι επικίνδυνα για ασθενείς που πάσχουν από νεφρική νόσο.

Κάντε κλικ στο Συμπλήρωμα Cistanche Tubulosa

【Για περισσότερες πληροφορίες: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】

Θα είναι σημαντικό να εντοπιστούν οι μηχανισμοί με τους οποίους καθένας από αυτούς τους δυνητικά επιβλαβείς τύπους και συμβάντα κυττάρων αναστέλλεται από το νεφρό και πώς οι υπάρχουσες και νέες θεραπείες μπορούν να τους επηρεάσουν. Ελπίζουμε ότι αυτή η εργασία θα επιτρέψει σε εμάς και σε άλλους να στοχεύσουμε αυτούς τους ποικίλους πληθυσμούς Τ-κυττάρων πιο συγκεκριμένα, ανοίγοντας έτσι νέους θεραπευτικούς δρόμους.

Μέθοδοι

Των ζώων. Τα ποντίκια C57BL/6 αγοράστηκαν από το Jackson Laboratory. Τα ποντίκια MRL/lpr ελήφθησαν αρχικά από το Jackson Laboratory και διατηρήθηκαν στο εργαστήριό μας. Τα ποντίκια Fc R2B–/–.Yaa ελήφθησαν από τη Silvia Bolland (Εθνικό Ινστιτούτο Αλλεργιών και Λοιμωδών Νοσημάτων, NIH, Rockville, Maryland, ΗΠΑ) και διατηρήθηκαν στο εργαστήριό μας. Τα ποντίκια γεράστηκαν και η πρωτεϊνουρία μετρήθηκε πριν από τη θυσία, όπως τεκμηριώνεται στον Συμπληρωματικό Πίνακα 2.

Απομόνωση Τ κυττάρων από νεφρό και σπλήνα. Τα Τ κύτταρα απομονώθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως (6). Εν συντομία, μετά τη θυσία, οι σπλήνες αφαιρέθηκαν και τα ζώα εγχύθηκαν με 40 mL HBSS μέχρι να εμφανιστεί πλήρης λεύκανση του ήπατος και των νεφρών. Τα KIT απομονώθηκαν χρησιμοποιώντας το Octodissociator (Miltenyi Biotec) παρουσία 1600 μονάδων Kunitz/mL κολλαγενάσης D (Roche Diagnostics) και 0,2 mg/mL DNAse IV (MilliporeSigma) για 30 λεπτά στους 37 βαθμούς. Πραγματοποιήθηκε λύση RBC και τα κύτταρα διηθήθηκαν μέσω ενός κυτταρικού φίλτρου (100 μΜ νάιλον, Falcon, Corning). Τα σπληνοκύτταρα απομονώθηκαν χρησιμοποιώντας μηχανική διάσταση μεταξύ 2 πλακιδίων παγωμένου γυαλιού και διηθήθηκαν μέσω φίλτρου πλέγματος 70 μm μετά τη λύση των RBC.

Τα κύτταρα χρωματίστηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως (6) με το ακόλουθο πλαίσιο: anti-CD8 (Lyt-2/TIB-105, Pac-Blue, που παράγεται εντός της εταιρείας), anti-CD4 (GK{{9 }}.5, σε PE, που αγοράστηκε από την BioLegend) και αντι-CD90.2 (Thy1.2/30H12, Al488, που παράγεται στο εσωτερικό) για ποντίκια MRL/lpr ή αντι-CD90.2 (Thy1.2/30H12 , Al647, που παράγεται εντός της εταιρείας) για το Fc R2B–/–. Χρησιμοποιήθηκε το Yaa Ghost BV510 (Tonbo) για τον αποκλεισμό των νεκρών κυττάρων. Για όλα τα «εσωτερικά» αντισώματα, οι κλώνοι υβριδώματος είναι εμπορικά διαθέσιμοι και τα αντισώματα καθαρίστηκαν όπως περιγράφεται (6).

Τα Τ κύτταρα ταξινομήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα FACSAria (BD Biosciences). Μετά τη διαλογή, τα κύτταρα πλύθηκαν δύο φορές με 2 τοις εκατό BSA σε PBS. Στη συνέχεια προστέθηκαν αντιδραστήρια αντι-CD45 ΗΤΟ σε αραίωση 1:50 σε καθένα από τα ταξινομημένα δείγματα. Το Anti-CD45 TotalSeq-A0096 30-F11 (BioLegend) χρησιμοποιήθηκε για την κοόρτη Main-Seq και το TotalSeq-C0096 30-F11 (BioLegend) χρησιμοποιήθηκε και για τις δύο κοόρτες TCR-Seq. Αφού τα κύτταρα χρώσης ΗΤΟ πλύθηκαν δύο φορές σε 2 τοις εκατό BSA σε PBS.

Προετοιμασία βιβλιοθήκης και RNA-Seq των Τ κυττάρων. Τα κύτταρα μετρήθηκαν και φορτώθηκαν στο σύστημα 10x Genomics Chromium σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Δημιουργήθηκαν βιβλιοθήκες γραμμωτού κώδικα έκφρασης γονιδίων, TCR και hashtag αντισωμάτων/χαρακτηριστικών, η ποιότητά τους αξιολογήθηκε μέσω του Screentape Agilent TapeStation High Sensitivity D5000 και τα ποσά τους ποσοτικοποιήθηκαν με το κιτ ποσοτικοποίησης βιβλιοθήκης KAPA για πλατφόρμες Illumina. Για την κοόρτη Main-Seq, χρησιμοποιήθηκε η βιβλιοθήκη 3PrimeV2. η βιβλιοθήκη γραμμωτού κώδικα χαρακτηριστικών δημιουργήθηκε σύμφωνα με το πρωτόκολλο του Κέντρου Γονιδιώματος της Νέας Υόρκης (56). Για τις κοόρτες TCR-Seq, οι βιβλιοθήκες 5PrimeV1 ελήφθησαν από το 10x Genomics. Για την προσθήκη hashtag, ακολουθήσαμε τις οδηγίες του κατασκευαστή για το "barcode χαρακτηριστικών". Οι βιβλιοθήκες συγκεντρώθηκαν και αναλύθηκαν η αλληλουχία τους σε NovaSeq (Illumina Biosciences). Τα αρχεία FASTQ δημιουργήθηκαν και ευθυγραμμίστηκαν με το γονιδίωμα αναφοράς του ποντικιού mm10 με το Cell Ranger 5.0.0 (10x Genomics) για να παραχθεί η μήτρα μέτρησης γονιδίου-κυττάρου και κυττάρου-αντισώματος.

Επεξεργασία δεδομένων scRNA-Seq. Τα 1{3}}x ανεπεξέργαστα δεδομένα από κάθε δείγμα αποπολυπλεξήθηκαν και τα αρχεία FASTQ δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας τη γραμμή "γρήγορη" Cell Ranger (v5.0.0, 10 x Γονιδιωματική). Ο "μετρητής" του κυτταρικού εύρους χρησιμοποιήθηκε για την ευθυγράμμιση των αναγνώσεων στο γονιδίωμα αναφοράς mm10 και δημιουργήθηκαν πίνακες ποσοτικοποίησης μεταγραφής mRNA και μοναδικού μοριακού αναγνωριστικού HTO (UMI). Τα ακατέργαστα αρχεία μήτρας γραμμικού κώδικα που δημιουργήθηκαν από τον αγωγό Cell Ranger χρησιμοποιήθηκαν περαιτέρω για ανάλυση κατάντη χρησιμοποιώντας το πακέτο Seurat (v4.0.0) (12) στο R (v3.4.3).

Αρχικός ποιοτικός έλεγχος και επεξεργασία. Κύτταρα που εκφράζουν λιγότερα από 200 γονίδια, ή με περισσότερο από 10 τοις εκατό των UMI που χαρτογραφούνται στο μιτοχονδριακό DNA, φιλτράρονται. Οι πίνακες HTO προστέθηκαν στο σύνολο δεδομένων και κανονικοποιήθηκαν με μια μέθοδο κεντρικού λόγου καταγραφής χρησιμοποιώντας τη συνάρτηση "NormalizeData". Ο κανονικοποιημένος αριθμός HTO χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί εάν κάθε σφαιρίδιο γέλης σε γαλάκτωμα περιείχε ένα μεμονωμένο κύτταρο χρησιμοποιώντας τη λειτουργία Seurat "MULTIseqDemux" και χειροκίνητη επιθεώρηση κυττάρων, όπου ένα κύτταρο θεωρήθηκε απλό εάν η έκφραση ενός μεμονωμένου HTO αντιπροσώπευε περισσότερα από το 70 τοις εκατό της συνολικής έκφρασης HTO σε αυτό το κελί. Διαφορετικά, το κελί θεωρήθηκε διπλό και αφαιρέθηκε. Οι τιμές γονιδιακής έκφρασης για κάθε κύτταρο κανονικοποιήθηκαν log2 -με χρήση της συνάρτησης "NormalizeData", όπου η έκφραση ενός γονιδίου κανονικοποιήθηκε στη συνολική έκφραση όλων των γονιδίων σε αυτό το κύτταρο και κλιμακώθηκε με συντελεστή 10,{{8 }}. Οι βαθμολογίες περιεχομένου UMI, μιτοχονδριακού περιεχομένου και γονιδίου αιμοσφαιρίνης και ριβοσωμικού γονιδίου «υποχώρησαν» χρησιμοποιώντας τη συνάρτηση «ScaleData» του Seurat.

Μείωση διαστάσεων και ομαδοποίηση. Τα μεταβλητά γονίδια ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας τη μέθοδο "mean.var.plot" στη συνάρτηση "FindVariableFeatures" με προεπιλεγμένη αποκοπή, η οποία υπολογίζει τη μέση έκφραση και διασπορά (log[variance/mean]) ανά γονίδιο, ακολουθούμενη από ομαδοποίηση των δεδομένων σε 20 bins με βάση τη μέση έκφρασή τους. Στη συνέχεια επιλέχθηκαν μεταβλητά γονίδια με βάση τη διασπορά με βαθμολογία z σε κάθε κάδο. Αυτά τα μεταβλητά γονίδια χρησιμοποιήθηκαν για μείωση διαστάσεων με βάση την ανάλυση κύριου συστατικού (PCA) χρησιμοποιώντας τη συνάρτηση "RunPCA". Το "ElbowPlot" χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση των πρώτων 50 βασικών συνιστωσών και τα κύρια στοιχεία που αντιπροσώπευαν τη μεγαλύτερη μεταβλητότητα στα δεδομένα επιλέχθηκαν για περαιτέρω ανάλυση UMAP μείωσης διαστάσεων και ομαδοποίησης.

Για τον εντοπισμό διακριτών ομάδων κυττάρων, πραγματοποιήθηκε ομαδοποίηση χωρίς επίβλεψη χρησιμοποιώντας τη συνάρτηση "FindClusters", η οποία υπολογίζει τους k-πλησιέστερους γείτονες σύμφωνα με μεταβλητή έκφραση γονιδίου σε όλα τα κύτταρα, κατασκευάζοντας έτσι ένα κοινό γράφημα πλησιέστερου γείτονα χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο Louvain. Για να αποφευχθεί η υπερβολική ομαδοποίηση, δοκιμάσαμε διαφορετικές παραμέτρους ανάλυσης ("res"), που κυμαίνονται από 0.1 έως 2 σε προσαυξήσεις του 0.1 και η πρόοδος της ομαδοποίησης αξιολογήθηκε και οπτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το "Cluster " (v 0.4.3) (57). Η βέλτιστη ανάλυση προσδιορίστηκε με βάση τον συνεχή διαχωρισμό πριν από την "υπερομαδοποίηση" όπως παρατηρήθηκε από την αυξανόμενη διασταύρωση μεταξύ των συστάδων. Στη συνέχεια, η ομαδοποίηση χαμηλής ανάλυσης ορίστηκε ως η ανάλυση όλων των κυττάρων σε μια ολόκληρη κοόρτη, ενώ η ομαδοποίηση υψηλής ανάλυσης ορίστηκε ως η ομαδοποίηση σε έναν προεπιλεγμένο υποπληθυσμό, π.χ. κύτταρα CD4 plus , CD8 plus ή Treg που είχαν οριστεί προηγουμένως στη χαμηλή ανάλυση ανάλυση. Με βάση αυτές τις παρατηρήσεις επιλέξαμε τις αναλύσεις 0.9, 1.4, {{20}}.6 και 0.9, αντίστοιχα, για Main-Seq, CD4 plus , CD4 plus Treg sub, και CD8 plus από την κοόρτη 1 και ανάλυση 0,7 για συγχωνευμένα κύτταρα CD8 συν κοόρτη. Οι ομάδες κυττάρων οπτικοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας διαγράμματα μείωσης διαστάσεων UMAP.

Η συνάρτηση "FindAllMarkers" με προεπιλεγμένες ρυθμίσεις χρησιμοποιήθηκε για την εύρεση DEG σε κάθε σύμπλεγμα, σε σύγκριση με όλα τα άλλα συμπλέγματα, χρησιμοποιώντας τη δοκιμή κατάταξης Wilcoxon με γονίδια που ανιχνεύονται σε τουλάχιστον 10 τοις εκατό των κυττάρων, τουλάχιστον από 0,25 μέση αλλαγή στο ημερολόγιο και ελάχιστη τιμή P προσαρμοσμένη από το Bonferroni 0,01.

Ανάλυση αρμονίας. Για το συνδυασμένο UMAP στο Σχήμα 8, οι 3 κοόρτες που εκτελούνται ανεξάρτητα συγχωνεύτηκαν χρησιμοποιώντας το Harmony (58) με προεπιλεγμένες ρυθμίσεις παραμέτρων.

Αξιολόγηση κυτταρικού κύκλου. Η συνάρτηση "CellCycleScoring" στο Seurat χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό της βαθμολογίας έκφρασης δείκτη φάσης G1, G2/M και S σε κάθε κελί χρησιμοποιώντας τη στρατηγική βαθμολόγησης που περιγράφηκε προηγουμένως (59). Ο αριθμός των κυττάρων που προσδιορίστηκε ότι βρίσκονται στη φάση G1, G2/M ή S υπολογίστηκε σε βάση ανά συστάδα και η απόκλιση από τη συνολική κατανομή εκτιμήθηκε με ανάλυση χ2.

ΓΣΕΑ και χαρτογράφηση έκφρασης. Οι τιμές P για το GSEA προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας τη δοκιμή Wilcoxon για δημοσιευμένες υπογραφές συνόλων γονιδίων όπως ορίζονται στον Συμπληρωματικό Πίνακα 1. Χρησιμοποιώντας "ggplot2" στο Seurat, οι τιμές –log10 P σχεδιάστηκαν στα UMAP.

Πρόσθετα αναλυτικά στοιχεία. Τα διαγράμματα ράβδων, τα διαγράμματα με κουκκίδες και τα διαγράμματα PCA κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας ggplot2 στο R. Οι χάρτες θερμότητας δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας τη συνάρτηση "heatmap" στο R.

Ανάλυση δεδομένων TCR. Τα δεδομένα TCR υποβλήθηκαν σε επεξεργασία χρησιμοποιώντας το cell ranger vdj με–αναφορά {{0}} refdata-cellranger-vdj-GRCm38-alts-ensembl-3.1.0 για τη συναρμολόγηση TCR και αλυσίδων και τον προσδιορισμό κλωνοτύπων . Κύτταρα με 1 παραγωγικό TCR ( και ) διατηρήθηκαν για περαιτέρω ανάλυση, ενώ οι μη παραγωγικές αλυσίδες TCR εξαιρέθηκαν. Τα κλωνικά Τ κύτταρα ορίστηκαν ως κύτταρα που εκφράζουν κοινούς υποδοχείς TCR- και - με ταυτόσημες αλληλουχίες CDR3 σε επίπεδο νουκλεοτιδίου.

Ανάλυση ψευδοχρονικής τροχιάς. Η ανάλυση τροχιάς χρησιμοποιώντας τις μετρήσεις γονιδίων που επεξεργάστηκαν με Seurat πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας Monocle 3 (έκδοση 0.1.3) για τη μοντελοποίηση της διαφοροποίησης CD4 συν Τ κυττάρων. Η μέθοδος ενσωμάτωσης αντίστροφου γραφήματος DDRTree χρησιμοποιήθηκε για τη μείωση της διαστάσεων, τα κελιά ταξινομήθηκαν κατά μήκος μιας τροχιάς χρησιμοποιώντας τη συνάρτηση "orderCells" και η τροχιά οπτικοποιήθηκε στον μειωμένο διαστατικό χώρο.

Για να μοντελοποιήσουμε τη διαφοροποίηση CD8 συν Τ κυττάρων, χρησιμοποιήσαμε το Slingshot με το "start. clubs" που ορίστηκε ως B6/nave cluster. Τα κελιά ταξινομήθηκαν κατά ψευδοχρόνο Slingshot και ομαδοποιήθηκαν ως συστάδες Seurat για να προβάλουν την τροχιά του συμπλέγματος. Το αποτέλεσμα της γενεαλογίας τροχιάς Slingshot σχεδιάστηκε στο CD8 plus cell Seurat UMAP.

Ανάλυση ρυθμιστικού δικτύου TF. Η ροή εργασίας SCENIC v.1.1.2 χρησιμοποιήθηκε στο R για τον εντοπισμό regulons χρησιμοποιώντας τον αριθμό και τις ομάδες που επεξεργάστηκαν με Seurat σύμφωνα με μια προηγούμενη μελέτη (60). Στη συνέχεια δημιουργήθηκαν χάρτες θερμότητας όπως περιγράφεται παραπάνω.

Ιστολογική βαθμολόγηση. Η προετοιμασία και η βαθμολόγηση της ιστολογίας νεφρού πραγματοποιήθηκαν όπως ορίστηκε προηγουμένως (61).

Διαθεσιμότητα δεδομένων και υλικών. Όλες οι αναλύσεις και οι απεικονίσεις πραγματοποιήθηκαν στο R. Η συγκεκριμένη μεθοδολογία και ανάλυση χρησιμοποιώντας δημοσιευμένα προγράμματα Seurat περιγράφονται λεπτομερώς στην ενότητα Μέθοδοι. Τα δεδομένα, τα μεταδεδομένα και τα αποτελέσματα της ανάλυσης, όπως η αναγνώριση συστάδων, κατατίθενται στο Εθνικό Κέντρο Πληροφοριών Βιοτεχνολογίας Γονιδιακής Έκφρασης (GSE197339).

Στατιστική. Τα στατιστικά στοιχεία υπολογίστηκαν σε R όπως υποδεικνύεται σε συγκεκριμένες ενότητες ανάλυσης ή GraphPad Prism με 1-way ANOVA με δοκιμή Tukey για πολλαπλές συγκρίσεις, 2-way ANOVA με επαναλαμβανόμενες μετρήσεις ή ανάλυση χ2 όπως ορίζεται στα θρυλικά σχήματα, με τιμές P που αντιπροσωπεύονται ως *P < 0.05, **P < 0.{{10}}1, ***P < 0,001, ****P < 0,0001. P < 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντικό.

Έγκριση μελέτης. Όλες οι εργασίες εγκρίθηκαν είτε από την Επιτροπή Ιδρυματικής Φροντίδας και Χρήσης Ζώων του Πανεπιστημίου του Πίτσμπουργκ είτε από το Πανεπιστήμιο του Γέιλ.

Συνεισφορές συγγραφέα

Η JST και η MJS συνέλαβαν τη μελέτη. Οι SS, MC, JST και MJS ανέπτυξαν μεθοδολογία. Οι JST και SS ερευνήθηκαν. JST και SS οπτικοποιημένα δεδομένα. Η JST και η MJS απέκτησαν χρηματοδότηση. Η JST και η MJS παρείχαν διαχείριση έργου. Η JST και η MJS παρείχαν επίβλεψη. Οι JST και MJS έγραψαν το αρχικό προσχέδιο. Οι JST, MJS, SS και MC εξέτασαν και επεξεργάστηκαν το προσχέδιο.

Ευχαριστίες

Θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε τη Minjung Kim για τις ακούραστες προσπάθειές της στο εργαστήριο, που επέτρεψε την ολοκλήρωση αυτής της εργασίας, και να αναγνωρίσουμε την κριτική εικόνα του έργου από τους Kevin Nickerson, Rachael Gordon και Peter Lipsky και την κριτική κριτική αυτής της δουλειάς από τους Fadi Lakkis και Warren Σλόμτσικ. Επιπλέον, θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε το Πανεπιστήμιο του Πίτσμπουργκ Single Cell Core και συγκεκριμένα την Tracy Tabib, που βοήθησε στην ολοκλήρωση της προετοιμασίας της βιβλιοθήκης και στην τεχνολογία 10x Genomics.

Η χρηματοδότηση παρασχέθηκε από την Lupus Research Alliance, Novel Research Grant (στη JST). Χορήγηση NIH/Εθνικού Ινστιτούτου Αρθρίτιδας και Μυοσκελετικών και Δερματικών Νόσων K08AR075056 (στο JST). και το NIH/Εθνικό Ινστιτούτο Αλλεργίας και Λοιμωδών Νοσημάτων χορηγεί R01 AI137132 (στο MJS).

Διεύθυνση αλληλογραφίας σε:Jeremy S. Tilstra, 3500 Terrace Street, BST S705A, Pittsburgh, Pennsylvania 15261, USA. Τηλέφωνο: 412.383.8861; Ή στον Mark J. Shlomchik, W1052 Biomedical Science Tower, 200 Lothrop Street, Pittsburgh, Pennsylvania 15261, USA. Τηλέφωνο: 412.648.8771.

1. Hope HC, Salmond RJ. Στόχευση στο μικροπεριβάλλον του όγκου και στον μεταβολισμό των Τ κυττάρων για αποτελεσματική ανοσοθεραπεία καρκίνου. Eur J Immunol. 2019;49(8):1147–1152.

2. Jiang Y, et al. Εξάντληση Τ-κυττάρων στο μικροπεριβάλλον του όγκου. Cell Death Dis. 2015; 6: e1792.

3. Scharping NE, et al. Το μιτοχονδριακό στρες που προκαλείται από συνεχή διέγερση υπό υποξία οδηγεί γρήγορα την εξάντληση των Τ-κυττάρων. Nat Immunol. 2021; 22 (2): 205–215.

4. Clark MR, et al. Η παθογένεια και οι θεραπευτικές επιπτώσεις της σωληναρισιακής φλεγμονής στη νεφρίτιδα του ανθρώπινου λύκου. Semin Nephrol. 2015; 35 (5): 455–464.

5. Hsieh C, et al. Πρόβλεψη των αποτελεσμάτων της νεφρίτιδας του λύκου με σωληναρισιακή φλεγμονή και ουλές. Arthritis Care Res (Hoboken). 2011; 63(6):865–874.

6. Tilstra JS, et al. Τα κύτταρα Τ που διεισδύουν στα νεφρά στη νεφρίτιδα του λύκου ποντικού εξαντλούνται μεταβολικά και λειτουργικά. J Clin Invest. 2018;128(11):4884–4897.

7. Schmitz JE, et al. Έλεγχος της ιαιμίας στη μόλυνση από τον ιό της ανοσοανεπάρκειας πιθήκου από CD8 συν λεμφοκύτταρα. Επιστήμη. 1999;283(5403):857-860.

8. Paley MA, et al. Τα προγονικά και τερματικά υποσύνολα των CD8 συν Τ κυττάρων συνεργάζονται για να περιέχουν χρόνια ιογενή λοίμωξη. Επιστήμη. 2012;338(6111):1220–1225.

9. Lanata CM, et al. Μια φαινοτυπική και γονιδιωματική προσέγγιση σε μια πολυεθνική κοόρτη για τον υποτύπο συστηματικό ερυθηματώδη λύκο. Nat Commun. 2019; 10 (1): 3902.

10. Peterson KS, et al. Χαρακτηρισμός της ετερογένειας στη μοριακή παθογένεση της νεφρίτιδας του λύκου από μεταγραφικά προφίλ σπειραμάτων που έχουν συλληφθεί με λέιζερ. J Clin Invest. 2004;113(12):1722–1733.

11. Arazi A, et al. Το τοπίο των ανοσοκυττάρων στους νεφρούς ασθενών με νεφρίτιδα λύκου. Nat Immunol. 2019; 20 (7): 902–914.

12. Butler A, et al. Ενσωμάτωση μεταγραφικών δεδομένων ενός κυττάρου σε διαφορετικές συνθήκες, τεχνολογίες και είδη. Nat Biotechnol. 2018; 36 (5): 411–420.

13. Hashimoto K, et al. Η μονοκυτταρική μεταγραφική αποκαλύπτει την επέκταση των κυτταροτοξικών CD4 Τ κυττάρων σε υπεραιωνόβιους. Proc Natl Acad Sci US A. 2019;116(48):24242–24251.

14. Singer M, et al. Μια ξεχωριστή γονιδιακή μονάδα για δυσλειτουργία που δεν συνδέεται από την ενεργοποίηση σε Τ κύτταρα που διεισδύουν στον όγκο. Κύτταρο. 2016; 166 (6): 1500–1511.

15. Stubbington MJ, et al. Ένας άτλας μεταγραφωμάτων Τ-λεμφοκυττάρων CD4(συν) ποντικού. Biol Direct. 2015; 10:14.

16. Tibbitt CA, et al. Η αλληλουχία μονοκυτταρικού RNA της απόκρισης των βοηθητικών κυττάρων Τ στα ακάρεα οικιακής σκόνης ορίζει μια ξεχωριστή υπογραφή γονιδιακής έκφρασης στα κύτταρα Th2 των αεραγωγών. Ασυλία, ανοσία. 2019; 51 (1): 169–184.

17. Mackay LK, et al. Η αναπτυξιακή οδός για CD103( συν )CD8 plus Τ κύτταρα μνήμης μόνιμης ιστού του δέρματος. Nat Immunol. 2013, 14(12):1294–1301.

18. Chen PM, et al. Η υποξία του νεφρικού ιστού υπαγορεύει βλάβη που προκαλείται από Τ κύτταρα στη νεφρίτιδα του λύκου ποντικού. Sci Transl Med. 2020;12(538):eaay1620.

19. Aubert N, et al. Ο χαρακτηρισμός μιας ρυθμιστικής μοριακής μετα-υπογραφής Τ κυττάρων προσδιορίζει το γονίδιο προεγκεφαλίνης ως νέο δείκτη σε ποντίκια [προεκτύπωση]. Δημοσιεύτηκε στο bioRxiv, 6 Μαρτίου 2020.

20. Martin MD, Badovinac VP. Καθορισμός κυττάρου CD8 Τ μνήμης. Front Immunol. 2018; 9:2692.

21. Willinger Τ, et al. Οι μοριακές υπογραφές διακρίνουν την ανθρώπινη κεντρική μνήμη από τα υποσύνολα των CD8 Τ κυττάρων μνήμης τελεστή. J Immunol. 2005; 175(9):5895–5903.

22. Ahrends Τ, et al. Η βοήθεια των κυττάρων CD4 συν Τ δημιουργεί μνήμης CD8 συν Τ κύτταρα με έμφυτες και ανεξάρτητες από τη βοήθεια ικανότητες ανάκλησης. Nat Commun. 2019; 10(1):5531.

23. Yusuf I, et al. Η παραγωγή IL-4 του βλαστικού κέντρου Τ ωοθυλακικού βοηθητικού κυττάρου εξαρτάται από τη σηματοδότηση του υποδοχέα του μορίου λεμφοκυτταρικής ενεργοποίησης (CD150). J Immunol. 2010; 185 (1): 190–202.

24. Luzina IG, et al. Αυθόρμητος σχηματισμός βλαστικών κέντρων σε αυτοάνοσα ποντίκια. J Leukoc Biol. 2001; 70 (4): 578-584.

25. Blaszczyk Κ, et al. Ο μοναδικός ρόλος του STAT2 σε συστατικές και επαγόμενες από IFN μεταγραφές και αντιικές αποκρίσεις. Cytokine Growth Factor Rev. 2016; 29:71–81.

26. Swarnalekha N, et al. Τα βοηθητικά κύτταρα που βρίσκονται στο Τ προάγουν τις χυμικές αποκρίσεις στον πνεύμονα. Sci Immunol. 2021; 6(55):eabb6808.

27. Hayward SL, et al. Οι περιβαλλοντικές ενδείξεις ρυθμίζουν τον επιγενετικό επαναπρογραμματισμό της μνήμης CD8 συν των Τ κυττάρων της αναπνευστικής οδού. Nat Immunol. 2020; 21 (3): 309–320.

28. Sacher AG, et al. Κυτταροτοξικά CD4 συν Τ κύτταρα στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης - μια νέα άδεια θανάτωσης. Καρκινικό Κύτταρο. 2020; 38 (1): 28–30.

29. Maehara Τ, et al. Τα κυτταροτοξικά CD4 συν Τ λεμφοκύτταρα μπορεί να προκαλέσουν απόπτωση ενδοθηλιακών κυττάρων στη συστηματική σκλήρυνση. J Clin Invest. 2020; 130 (5): 2451–2464.

30. Miragaia RJ, et al. Η μονοκυτταρική μεταγραφική των ρυθμιστικών Τ κυττάρων αποκαλύπτει τροχιές προσαρμογής ιστών. Ασυλία, ανοσία. 2019; 50 (2): 493–504.

31. Doering TA, et al. Η ανάλυση δικτύου αποκαλύπτει κεντρικά συνδεδεμένα γονίδια και μονοπάτια που εμπλέκονται στην εξάντληση των CD8 συν Τ κυττάρων έναντι της μνήμης. Ασυλία, ανοσία. 2012;37(6):1130–1144.

32. Li J, et αϊ. Τα υψηλά επίπεδα σπιτιών προάγουν την εξάντληση των αντικαρκινικών CD8 συν Τ κυττάρων. Front Immunol. 2018; 9:2981.

33. Seo Η, et al. Οι μεταγραφικοί παράγοντες TOX και TOX2 συνεργάζονται με μεταγραφικούς παράγοντες NR4A για να επιβάλλουν εξάντληση CD8 συν Τ κυττάρων. Proc Natl Acad Sci US A. 2019;116(25):12410–12415.

34. Li Η, et αϊ. Τα δυσλειτουργικά CD8 Τ κύτταρα σχηματίζουν ένα πολλαπλασιαστικό, δυναμικά ρυθμιζόμενο διαμέρισμα μέσα στο ανθρώπινο μελάνωμα. Κύτταρο. 2020; 181 (3): 747.

35. Celhar T, Fairhurst AM. Μοντελοποίηση κλινικού συστηματικού ερυθηματώδους λύκου: ομοιότητες, διαφορές και ιστορίες επιτυχίας. Ρευματολογία (Οξφόρδη). 2017; 56 (παράρτημα 1): i88–i99.

36. Massengill SF, et al. Η νεφρίτιδα SLE σχετίζεται με ολιγοκλωνική επέκταση των ενδονεφρικών Τ κυττάρων. Am J Kidney Dis. 1998, 31(3):418-426.

37. Winchester R, et al. Ανοσολογικά χαρακτηριστικά ενδονεφρικών Τ κυττάρων: διακίνηση διευρυμένων κλωνοτύπων CD8 συν Τ κυτταρικής αλυσίδας σε προοδευτική νεφρίτιδα λύκου. Ρευματική αρθρίτιδα. 2012; 64 (5): 1589–1600.

38. Murata Η, et al. Ρεπερτόριο υποδοχέων Τ κυττάρων των Τ κυττάρων στους νεφρούς ασθενών με νεφρίτιδα λύκου. Ρευματική αρθρίτιδα. 2002;46(8):2141–2147.

39. Yost KE, et al. Κλωνική αντικατάσταση των ειδικών για τον όγκο Τ κυττάρων μετά από αποκλεισμό PD-1. Nat Med. 2019; 25(8): 1251–1259.

40. Collier JL, et al. Όχι και τόσο αντίθετα άκρα του φάσματος: δυσλειτουργία CD8 συν Τ κυττάρων σε μια χρόνια λοίμωξη, καρκίνο και αυτοάνοση. Nat Immunol. 2021; 22 (7): 809-819.

41. Chang Α, et al. Κυτταρικές πτυχές της παθογένεσης της νεφρίτιδας του λύκου. Curr Opin Rheumatol. 2021; 33 (2): 197–204.

42. Kiner Ε, et αϊ. Οι φαινότυποι των εντερικών CD4 συν Τ κυττάρων είναι ένα συνεχές που διαμορφώνεται από μικρόβια, όχι από αρχέτυπα TH. Nat Immunol. 2021; 22 (2): 216-228.

43. Peine Μ, et al. Σταθερά υβριδικά κύτταρα T-bet( συν )GATA-3( συν ) Th1/Th2 προκύπτουν in vivo, μπορούν να αναπτυχθούν απευθείας από αφελείς πρόδρομες ουσίες και περιορίζουν την ανοσοπαθολογική φλεγμονή. PLoS Biol. 2013; 11(8):e1001633.

44. Huang S. Υβριδικά Τ-βοηθητικά κύτταρα: σταθεροποίηση του μέτριου κέντρου σε ένα πολωμένο σύστημα. PLoS Biol. 2013; 11(8):e1001632.

45. Scharping NE, et al. Το μικροπεριβάλλον του όγκου καταστέλλει τη μιτοχονδριακή βιογένεση των Τ-κυττάρων για να οδηγήσει σε μεταβολική ανεπάρκεια και δυσλειτουργία των ενδοκαρκινικών Τ-κυττάρων. Ασυλία, ανοσία. 2016;45(3):701–703.

46. ​​Scharping NE, et al. Το μιτοχονδριακό στρες που προκαλείται από συνεχή διέγερση υπό υποξία οδηγεί γρήγορα την εξάντληση των Τ-κυττάρων. Nat Immunol. 2021; 22 (2): 205–215.

47. Acharya N, et al. Η ενδογενής σηματοδότηση γλυκοκορτικοειδών ρυθμίζει τη διαφοροποίηση των CD8 συν Τ κυττάρων και την ανάπτυξη δυσλειτουργίας στο μικροπεριβάλλον του όγκου. Ασυλία, ανοσία. 2020;53(3):658–671.

48. Mohan C, et al. Γενετική ανατομή της παθογένειας του λύκου: μια συνταγή για νεκρόφιλα αυτοαντισώματα. J Clin Invest. 1999, 103(12):1685–1695.

49. Hedrich CM, et al. Ο διαμορφωτής στοιχείου απόκρισης cAMP ελέγχει την έκφραση IL2 και IL17A κατά τη δέσμευση της γενεαλογίας CD4 και την κατανομή υποσυνόλου στον λύκο. Proc Natl Acad Sci US A. 2012;109(41):16606–16611.

50. ElTanbouly ΜΑ, et al. Το VISTA είναι ένας ρυθμιστής σημείου ελέγχου για την ηρεμία των κυττάρων Τ και την περιφερειακή ανοχή. Επιστήμη. 2020;367(6475):eaay0524.

51. Ζαρούρ Χ.Μ. Αντιστροφή της δυσλειτουργίας των Τ-κυττάρων και της εξάντλησης στον καρκίνο. Clin Cancer Res. 2016, 22(8):1856–1864.

52. McKinney EF, et al. Εξάντληση Τ-κυττάρων, συνδιέγερση και κλινική έκβαση σε αυτοάνοση και μόλυνση. Φύση. 2015;523(7562):612–616.

53. Maxwell R, et al. Αντίθετη επίδραση των κορτικοστεροειδών στην αποτελεσματικότητα της ανοσοθεραπείας κατά της PD-1 για ιστολογίες όγκων που βρίσκονται εντός ή εκτός του κεντρικού νευρικού συστήματος. Ογκοανοσολογία. 2018; 7(12): e1500108.

54. Flint TR, et al. Η επαγόμενη από όγκους IL-6 επαναπρογραμματίζει τον μεταβολισμό του ξενιστή για να καταστείλει την αντικαρκινική ανοσία. Cell Metab. 2016; 24 (5): 672–684.

55. Hanoteau Α, et al. Η θεραπεία με κυκλοφωσφαμίδη ρυθμίζει την ισορροπία των λειτουργικών/εξαντλημένων καρκινικών ειδικών CD8 συν Τ κυττάρων. Ογκοανοσολογία. 2017; 6(8): e1318234.

56. Stoeckius M, et al. Ο κατακερματισμός κυττάρων με αντισώματα με γραμμικό κώδικα επιτρέπει την πολυπλεξία και τη διπλή ανίχνευση για τη γονιδιωματική ενός κυττάρου. Genome Biol. 2018; 19(1): 224.

57. Zappia L, Oshlack A. Ομαδοποίηση δέντρων: μια οπτικοποίηση για την αξιολόγηση ομαδοποιήσεων σε πολλαπλές αναλύσεις. Gigascience. 2018; 7(7): giy083.

58. Korsunsky I, et al. Γρήγορη, ευαίσθητη και ακριβής ενσωμάτωση δεδομένων μιας κυψέλης με το Harmony. Μέθοδοι Nat. 2019; 16(12): 1289–1296.

59. Tirosh I, et al. Ανατομή του πολυκυτταρικού οικοσυστήματος του μεταστατικού μελανώματος με μονοκύτταρο RNA-seq. Επιστήμη. 2016;352(6282):189–196.

60. Aibar S, et al. SCENIC: συμπέρασμα και ομαδοποίηση ρυθμιστικού δικτύου μιας κυψέλης. Μέθοδοι Nat. 2017; 14(11):1083–1086.

61. Tilstra JS, et al. Η ενδογενής έκφραση του TLR9 των Β κυττάρων είναι προστατευτική στον λύκο ποντικού. J Clin Invest. 2020;130(6):3172–3187.

【Για περισσότερες πληροφορίες: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】