Η σύνθεση του μικροβιώματος του εντέρου παραμένει σταθερή σε άτομα με χρόνια νεφρική νόσο από πρώιμο έως τελευταίο στάδιο που σχετίζεται με τον διαβήτη

Abstractt: (1) Ιστορικό: Άτομα με διαβήτη καιχρόνια νεφρική νόσοςεμφανίζουν δυσβίωση του εντέρου σε σύγκριση με υγιείς μάρτυρες. Ωστόσο, είναι άγνωστο εάν υπάρχει αλλαγή στη δυσβίωση στα στάδια του διαβήτηχρόνια νεφρική νόσος. Διερευνήσαμε μια συγχρονική μελέτη ασθενών με πρώιμη και όψιμη χρόνια νεφρική νόσο που σχετίζεται με το διαβήτη για να εντοπίσουμε πιθανές μικροβιακές διαφορές μεταξύ αυτών των δύο ομάδων και σε καθένα από τα στάδια της διαβητικής χρόνιας νεφρικής νόσου. (2) Μέθοδοι: Αυτή η συγχρονική μελέτη στρατολόγησε 95 ενήλικες. Το DNA που εξήχθη από συλλεχθέντα δείγματα κοπράνων χρησιμοποιήθηκε για την αλληλουχία 16S rRNA για την αναγνώριση της βακτηριακής κοινότητας στο έντερο. (3) Αποτελέσματα: Το γένος Firmicutes ήταν το πιο άφθονο και η μέση σχετική αφθονία του ήταν παρόμοια στην ομάδα της πρώιμης και όψιμης χρόνιας νεφρικής νόσου, 45,99 ± 0,58 τοις εκατό και 49,39 ± 0,55 τοις εκατό , αντίστοιχα. Η μέση σχετική αφθονία για την οικογένεια Bacteroidaceae ήταν επίσης παρόμοια στην πρώιμη και όψιμη ομάδα, 29,15 ± 2.02 τοις εκατό και 29,16 ± 1,70 τοις εκατό, αντίστοιχα. Η χαμηλότερη αφθονία των Prevotellaceae παρέμεινε παρόμοια τόσο στις πρώιμες ομάδες 3,87 ± 1,66 τοις εκατό όσο και στις όψιμες ομάδες 3,36 ± 0,98 τοις εκατό με χρόνια διαβητική χρόνια νεφρική νόσο. (4) Συμπεράσματα: Τα δεδομένα που προκύπτουν από την ομάδα μας των ατόμων με χρόνια νεφρική νόσο που σχετίζεται με τον διαβήτη δείχνουν επικράτηση των phyla Firmicutes και Bacteroidetes. Οι οικογένειες Ruminococcaceae και Bacteroidaceae αντιπροσωπεύουν την υψηλότερη αφθονία, ενώ η ευεργετική οικογένεια Prevotellaceae μειώθηκε σε αφθονία. Η πιο ενδιαφέρουσα παρατήρηση είναι ότι η σχετική αφθονία αυτών των μικροβίων του εντέρου δεν αλλάζει στα πρώιμα και στα τελευταία στάδια της διαβητικής χρόνιας νεφρικής νόσου, υποδηλώνοντας ότι αυτό είναι ένα πρώιμο γεγονός στην ανάπτυξη χρόνιας νεφρικής νόσου που σχετίζεται με τον διαβήτη. Υποθέτουμε ότι το δυσβιοτικό μικροβίωμα που αποκτήθηκε κατά τα πρώιμα στάδια της διαβητικής χρόνιας νεφρικής νόσου παραμένει σχετικά σταθερό και είναι μόνο ένας από τους πολλούς παράγοντες κινδύνου που επηρεάζουν την προοδευτική νεφρική δυσλειτουργία.

Λέξεις-κλειδιά: χρόνια νεφρική νόσος; Διαβήτης; δυσβίωση? μικροβίωμα του εντέρου; μικροχλωρίδα

1. Εισαγωγή

Το ανθρώπινο έντερο φιλοξενεί μια πολύπλοκη κοινότητα πάνω από 100 τρισεκατομμύρια μικροβιακά κύτταρα που αποτελούν τη μικροχλωρίδα του εντέρου. Διαμορφώνουν ένα δυναμικό και συμβιωτικό οικοσύστημα που βρίσκεται σε συνεχή αλληλεπίδραση με τον μεταβολισμό του ξενιστή, επηρεάζοντας τη διατροφή, τη φυσιολογία και τη λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος. Η μικροβιακή ποικιλότητα αυξάνεται και συγκλίνει προς μια μικροχλωρίδα που μοιάζει με ενήλικα μέχρι το τέλος των πρώτων 3-5 ετών της ζωής. Έτσι, όταν καθιερωθεί, η σύνθεση, η λειτουργία και η δομή της εντερικής μικροχλωρίδας είναι σχετικά σταθερές καθ' όλη τη διάρκεια της ζωής σε υγιή άτομα. Αυτό συμβαίνει παρά το γεγονός ότι είναι προσαρμοστικό στο βιοχημικό περιβάλλον της γαστρεντερικής οδού (GI) και στις αλλαγές στη διαθεσιμότητα θρεπτικών ουσιών, που αντιπροσωπεύουν βασικούς ρυθμιστές του βακτηριακού μεταβολισμού. Τα βακτηριακά phyla Firmicutes και Bacteroidetes αποτελούν την πλειοψηφία ενός υγιούς εντερικού μικροβιώματος. Η σύνθεση αυτής της βακτηριακής ποικιλότητας, ωστόσο, φαίνεται να αλλάζει σε μη μεταδοτικές ασθένειες όπως η παχυσαρκία, καθώς και σε άτομα με διαβήτη τύπου 2.

Ο διαβήτης και οι σχετικές μικρο- και μακροαγγειακές επιπλοκές έχουν λάβει διαστάσεις πανδημίας, με παγκόσμιο επιπολασμό 463 εκατομμύρια. Πάνω από το 40 τοις εκατό των ατόμων με διαβήτη αναπτύσσουν διαβήτη που σχετίζεταιχρόνια νεφρική νόσο (ΧΝΝ), που παραμένει

η κύρια αιτία τηςνεφρική νόσο τελικού σταδίου (ESKD)παγκοσμίως, απαιτώντας μακροχρόνια αιμοκάθαρση. Η καρδιαγγειακή νόσος είναι η κύρια αιτία θανάτου σε άτομα με ΧΝΝ, εν μέρει λόγω της επίμονης φλεγμονής χαμηλού βαθμού. Δεν προκαλεί έκπληξη τότε το γεγονός ότι η διαβητική ΧΝΝ θεωρείται πλέον παγκόσμιο πρόβλημα υγείας.

Αρκετές μελέτες έχουν αναφέρει αλλαγές σύνθεσης στην εντερική μικροχλωρίδα σε ανθρώπους με διαβήτη σε σύγκριση με άτομα ελέγχου, και παραδείγματα περιλαμβάνουν μειωμένες αναλογίες φυλής Firmicutes και κατηγορία Clostridia σε άτομα με διαβήτη τύπου 2 σε σύγκριση με τους υγιείς μάρτυρες. Έχει επίσης αποδειχθεί ότι τα άτομα με διαβήτη γενικά εμφανίζουν μειωμένη βακτηριακή ποικιλομορφία που χαρακτηρίζεται από μείωση των βακτηριδίων που παράγουν βουτυρικό όπως το Faecalibacterium prausnitzii και το Roseburia intestinalis μαζί με μια αύξηση των ευκαιριακών παθογόνων.

Έρευνα σε πειραματικά ζωικά μοντέλα τουχρόνια νεφρική νόσο (ΧΝΝ)και ασθενείς με διάφορα στάδια τηςΧΝΝπαρουσιάζουν αλλοιώσεις στο φυσιολογικό μικροβίωμα του εντέρου. Οι καταστάσεις χρόνιας νόσου όπως η διαβητική ΧΝΝ, μέσω πολλαπλών παθοφυσιολογικών μηχανισμών, προκαλούν μια κατάσταση «εντερικής δυσβίωσης» της μικροχλωρίδας του εντέρου που μπορεί να οδηγήσει σε συστηματική φλεγμονώδη απόκριση. Οι χαρακτηριστικές αλλαγές της εντερικής δυσβίωσης είναι η μείωση των ωφέλιμων σακχαρολυτικών μικροβίων που παράγουν λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας (SCFA) και στην περίπτωση της ΧΝΝ, η αύξηση των πρωτεολυτικών βακτηρίων όπως το Clostridium spp. και Bacteroides spp. Είναι γνωστό ότι τα άτομα μεΝεφρική Νόσοςέχουν υψηλότερα επίπεδα ουρίας ορού ή αζώτου ουρίας αίματος (BUN), λόγω μειωμένηςνεφρόκάθαρση αυτών των ουραιμικών τοξινών και αυξημένη περιεκτικότητα εντερικής ουρίας. Αυτή η αύξηση έχει προταθεί ότι οδηγεί σε υψηλή παραγωγή αμμωνίας από υδρόλυση ουρίας που προκαλείται από βακτήρια, η οποία με τη σειρά της αυξάνει το pH του αυλού και ενισχύει την υπερανάπτυξη πρωτεολυτικών ειδών όπως τα είδη Clostridium στη ΧΝΝ. Αυτό το «ουραιμικό περιβάλλον» δεν υπάρχει σε άτομα μόνο με διαβήτη (μη ΧΝΝ) και επομένως αυτά τα άτομα δεν παρουσιάζουν αύξηση στα είδη Clostridium. Δεδομένου ότι περισσότερο από το 90 τοις εκατό του συνολικού πληθυσμού της υγιούς μικροχλωρίδας του ανθρώπινου εντέρου αντιπροσωπεύεται από δύο κυρίαρχους πυλώνες, συγκεκριμένα τους Firmicutes και τους Bacteroidetes όταν τα άτομα με διαβήτη συγκρίνονται με τους υγιείς μάρτυρες, υπάρχει μια αλλαγή σύνθεσης στο μικροβίωμα που αποτελείται από μειωμένα Firmicutes σε άτομα με διαβήτη σε σύγκριση με υγιή άτομα.

Ένα περαιτέρω χαρακτηριστικό της εντερικής δυσβίωσης είναι η μείωση των ευεργετικών σακχαρολυτικών μικροβιακών οικογενειών, όπως τα Prevetoellaceae, που παράγουν λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας όπως το βουτυρικό. Αυτά τα λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας βοηθούν στη διατήρηση της ακεραιότητας του εντερικού φραγμού και μειώνονται σε άτομα με ΧΝΝ σε σύγκριση με υγιή άτομα. Τα άτομα με διαβήτη συχνά συνδέονται κλινικά με μεταβολικό σύνδρομο. Σε μια ανθρώπινη μελέτη που αξιολογούσε την ποικιλομορφία της εντερικής μικροχλωρίδας με πτυχές του μεταβολικού συνδρόμου, οι συγγραφείς απέδειξαν ότι η κακή ποικιλομορφία μικροχλωρίδας συσχετίστηκε με παχυσαρκία, αντίσταση στην ινσουλίνη, ηπατική στεάτωση και φλεγμονή χαμηλού βαθμού. Έδειξαν ότι τέτοια άτομα είχαν ένα πιο προφλεγμονώδες μικροβιακό προφίλ, που χαρακτηρίζεται από μείωση των βακτηρίων που παράγουν βουτυρικό.

Παρά το φορτίο της νόσου, οι παθοφυσιολογικοί μηχανισμοί που στηρίζουν την εξέλιξη της διαβητικής ΧΝΝ είναι ελάχιστα κατανοητοί. Η διαβητική ΧΝΝ χαρακτηρίζεται από υπέρταση, λευκωματουρία και προοδευτική μείωση τηςνεφρική λειτουργία,μετρούμενη ως αλλαγή στον εκτιμώμενο ρυθμό σπειραματικής διήθησης (eGFR). Ο ρόλος του μικροβιώματος του εντέρου στην εξέλιξη της διαβητικής ΧΝΝ έχει αναδειχθεί ως περιοχή επιστημονικού ενδιαφέροντος. Άτομα με διαβήτη καιχρόνια νεφρική νόσοςεμφανίζουν δυσβίωση του εντέρου σε σύγκριση με τους ελέγχους. Ωστόσο, είναι άγνωστο εάν υπάρχει αλλαγή σε αυτή τη δυσβίωση στα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ. Ως εκ τούτου, αυτή η μελέτη είχε ως στόχο να πραγματοποιήσει μια διατομική ανάλυση των προφίλ μικροβιώματος του εντέρου ασθενών με πρώιμη και όψιμη σχετιζόμενη με διαβήτη ΧΝΝ για να εντοπίσει πιθανές μικροβιακές διαφορές μεταξύ αυτών των δύο ομάδων και σε καθένα από τα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ.

Συμπλήρωμα Click To Cistanche Tubulosa

ΓΙΑ ΠΕΡΙΣΣΟΤΕΡΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ:david.deng@wecistanche.com

2. Υλικά και μέθοδοι

2.1. Συμμετέχοντες

Αυτή η προοπτική, συγχρονική μελέτη στρατολόγησε 95 ενήλικες, άνω των 6 μηνών, τη στιγμή της επίσκεψης τους στην ενδοκρινολογική κλινική εξωτερικών ασθενών. Οι ασθενείς συμφώνησαν να παράσχουν ένα δείγμα κοπράνων για απομόνωση DNA, εκτός από τις συνήθεις εξετάσεις αίματος κατά την επίσκεψη εξωτερικού ιατρείου. Αυτοί οι ασθενείς είχαν διαβήτη με διάφορα στάδια (στάδια 1-5).χρόνια νεφρική νόσος. Οι ασθενείς χωρίστηκαν σε 2 διακριτές ομάδες: «πρώιμη ΧΝΝ» και «όψιμη ΧΝΝ». Η ομάδα πρώιμης διαβητικής ΧΝΝ ορίστηκε ως συμμετέχοντες με διαβήτη που είχαν στάδιο 1, 2 ή 3α ΧΝΝ, ενώ η ομάδα όψιμης διαβητικής ΧΝΝ ορίστηκε ως συμμετέχοντες. με διαβήτη που είχαν σταδίου 3b, 4 ή 5 ΧΝΝ. Σχετιζόμενος με τον διαβήτηχρόνια νεφρική νόσοςδεν είναι= η προτιμώμενη ορολογία που περιλαμβάνει το εύρος των ιστολογικών βλαβών των νεφρών που μπορεί να παρατηρηθούν. Η ΧΝΝ ορίζεται από μια σταδιακή μείωση της νεφρικής λειτουργίας, που μετράται ως αλλαγή στον εκτιμώμενο ρυθμό σπειραματικής διήθησης (eGFR), με ή χωρίς λευκωματουρία. Όπου ήταν διαθέσιμη, η λευκωματουρία αξιολογήθηκε με μέτρηση της αναλογίας λευκωματίνης ούρων προς κρεατινίνη (ACR) σε δείγμα ούρων κηλίδας ταυτόχρονα με την παροχή του δείγματος φλεβικού αίματος. Η μικρολευκωματινουρία ορίστηκε ως ACR 30–300 mg/g και η μακρολευκωματινουρία ορίστηκε ως ACR > 300 mg/g. Αναγνωρίζονται έξι στάδια ΧΝΝ— Στάδιο 1 (eGFR μεγαλύτερο ή ίσο με 90 mL/min/1,73 m2), 2 (eGFR 60–89mL/min/1,73 m2), 3a (eGFR 45–59 mL/min/1,73 m2 ), 3b (eGFR 30–44 mL/min/1,73 m2), 4 (eGFR 20–29 mL/min/1,73 m2) και 5 (eGFR < 20 mL/min/1,73 m2). Ο κίνδυνος θανάτου από οποιαδήποτε αιτία, καρδιαγγειακά συμβάματα ή νοσηλεία αυξάνεται εκθετικά από το Στάδιο 3β και μετά.

Η συλλογή δεδομένων πραγματοποιήθηκε μόνο σε ένα σημείο και περιελάμβανε πληροφορίες για την αρτηριακή πίεση, τις ιατρικές συννοσηρότητες, τη διάρκεια του διαβήτη, το στάδιο της ΧΝΝ και τις σχετικές επιπλοκές, τα φάρμακα και τα αποτελέσματα παθολογίας. Τα ανθρωπομετρικά δεδομένα και τα δείγματα κοπράνων συλλέχθηκαν την ημέρα της επίσκεψης στην κλινική, ενώ οι υπόλοιπες πληροφορίες του ασθενούς συγκεντρώθηκαν μέσω πρόσβασης στον ηλεκτρονικό ιατρικό φάκελο του Austin Health. Όλες αυτές οι επιλεγμένες πληροφορίες στη συνέχεια καταχωρήθηκαν σε μια βάση δεδομένων που είναι ειδική για αυτήν την ερευνητική μελέτη για μεταγενέστερη ανάλυση. Υπήρχαν 70 συμμετέχοντες στην ομάδα της πρώιμης διαβητικής ΧΝΝ και 25 στην όψιμη ομάδα. Οι συμμετέχοντες έδωσαν γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση και η μελέτη εγκρίθηκε από την Επιτροπή Δεοντολογίας για την Ανθρώπινη Έρευνα του Austin Health, Victoria, Αυστραλία (HREC/17/Austin/166, αριθμός έργου ND 17/166, με έγκριση HREC στις 13/07/2017) και η Επιτροπή Δεοντολογίας για την Ανθρώπινη Έρευνα του Πανεπιστημίου Deakin, Αυστραλία. Οι διαδικασίες που ακολουθήθηκαν ήταν από τη Διακήρυξη του Ελσίνκι του 1975, όπως αναθεωρήθηκε το 2013.

2.2. Συλλογή σκαμπό

Μετά τη συλλογή από τον δότη σε ένα δοχείο δείγματος 50 mL, τα δείγματα κατανεμήθηκαν περίπου 0,5–1 g σε μικρότερους σωλήνες Eppendorf 1,5 mL πριν από την κατάψυξη στους -80 ◦C για μελλοντική εξαγωγή DNA.

2.3. Εξαγωγή DNA

Το DNA εξήχθη χρησιμοποιώντας το Qiagen QIAamp® DNA Stool Mini Kit (Κωδ. 51504, Hilden, Γερμανία) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Η ποσοτικοποίηση και ο καθαρισμός του DNA αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα φθορόμετρο Qubit (Invitrogen). Οι εξαγωγές DNA από τα κλάσματα των κοπράνων πραγματοποιήθηκαν μετά την στρατολόγηση ασθενών.

2.4. Προφίλ DNA μικροβιώματος και έλεγχος ποιότητας

Η ενίσχυση PCR και ο προσδιορισμός της αλληλουχίας πραγματοποιήθηκαν από την Αυστραλιανή Ερευνητική Εγκατάσταση Γονιδιώματος (AGRF, Μελβούρνη, Αυστραλία). Τα αμπλικόνια PCR δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας τους εκκινητές και τις συνθήκες που περιγράφονται στον Πίνακα 1. Η θερμοκυκλοποίηση ολοκληρώθηκε με ένα Applied Biosystem 384 Veriti και χρησιμοποιώντας AmpliTaq Gold 360 master mix (Life Technologies, Mulgrave, VIC, Αυστραλία) για την πρωτογενή PCR. Το πρώτο στάδιο PCR καθαρίστηκε χρησιμοποιώντας μαγνητικά σφαιρίδια και τα δείγματα εμφανίστηκαν σε 2 τοις εκατό SYBR Agarose E-Gel (Thermo-Fisher, Mulgrave, VIC, Αυστραλία). Μια δευτερεύουσα PCR για την ευρετηρίαση των αμπλικονίων πραγματοποιήθηκε με TaKaRa Taq DNA Polymerase (Takara Bio USA, Inc., Mountain View, CA, USA). Τα προκύπτοντα αμπλικόνια καθαρίστηκαν ξανά χρησιμοποιώντας μαγνητικά σφαιρίδια και ποσοτικοποιήθηκαν με ένα φθορόμετρο QuantiFluor (Promega, Madison, WI, USA) πριν από την κανονικοποίηση. Τα δείγματα συνδυάστηκαν σε ισομοριακές συγκεντρώσεις πριν από τον καθαρισμό για τελευταία φορά χρησιμοποιώντας μαγνητικά σφαιρίδια για τη συμπύκνωση της πισίνας και στη συνέχεια μετρήθηκαν χρησιμοποιώντας μια Ταινία D1000 υψηλής ευαισθησίας σε ένα σύστημα TapeStation Agilent 2200. Η δεξαμενή αραιώθηκε στα 5 ηΜ και η μοριακότητα επιβεβαιώθηκε ξανά χρησιμοποιώντας Ταινία Υψηλής Ευαισθησίας D1000. Ακολούθησε αλληλούχιση σε ένα Illumina MiSeq (Σαν Ντιέγκο, Καλιφόρνια, ΗΠΑ) με κιτ κύκλων V 3, 600 (2 × 300 ζεύγη βάσεων ζεύγη-άκρο).

Οι αναγνώσεις ζευγαρωμένου άκρου συναρμολογήθηκαν ευθυγραμμίζοντας τις ενδείξεις προς τα εμπρός και προς τα πίσω χρησιμοποιώντας το PEAR (έκδοση 0.9.5). Τα αστάρια αναγνωρίστηκαν και κόπηκαν. Οι περικομμένες αλληλουχίες υποβλήθηκαν σε επεξεργασία χρησιμοποιώντας Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME 1.8).USEARCH (έκδοση 7.1.1090) και λογισμικό UPARSE. Χρησιμοποιώντας το USEARCH, οι ακολουθίες φιλτραρίστηκαν ποιοτικά και, στη συνέχεια, οι διπλές αλληλουχίες πλήρους μήκους αφαιρέθηκαν και ταξινομήθηκαν κατά αφθονία. Οι μονότονοι ή οι μοναδικές αναγνώσεις στο σύνολο δεδομένων απορρίφθηκαν. Οι αλληλουχίες συγκεντρώθηκαν και ακολούθησε φιλτράρισμα χίμαιρας χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων "rdp{10}}χρυσός" ως αναφορά. Για να ληφθεί ο αριθμός αναγνώσεων σε κάθε λειτουργική ταξινομική μονάδα (OTU), οι αναγνώσεις αντιστοιχίστηκαν σε OTU με ελάχιστη ταυτότητα 97 τοις εκατό . Χρησιμοποιώντας το QIIME, η ταξινόμηση εκχωρήθηκε χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων Greengenes (έκδοση 13_8, Αύγουστος 2013)

2.5. Καθαρισμός δεδομένων, κανονικοποίηση και στατιστική ανάλυση

Οι κατηγορικές μεταβλητές για τα χαρακτηριστικά του ασθενούς δοκιμάστηκαν χρησιμοποιώντας το Fisher's Exact και οι συνεχείς μεταβλητές δοκιμάστηκαν με τη δοκιμασία κατάταξης με υπογραφή Wilcoxon.

Τα δεδομένα κλαδεύτηκαν για την αφαίρεση αντιπροσώπων που ταξινομήθηκαν σε Archaea (N=4), Chloroplast(N=42) και 22 μη εκχωρημένες OTU που εφαρμόστηκαν στο πακέτο 'phyloseq' στην έκδοση 1.26.1 του στατιστικού προγράμματος R. Καταργήσαμε επίσης τα OTU με επικράτηση λιγότερο από δύο, γεγονός που έκανε τις καταγεγραμμένες μετρήσεις ανά δείγμα πιο ομοιόμορφα κατανεμημένες. Οι υπόλοιπες 1818 ταξινομήσεις ταξινομήθηκαν στα Βακτήρια του Βασιλείου με το 69,03 τοις εκατό να αντιστοιχεί στο επίπεδο φυλής. Οραματίσαμε τη σχετική αφθονία βακτηρίων (αφθονία > 2 τοις εκατό ) σε διαφορετικούς τύπους δειγμάτων, ταξινομημένα σε επίπεδο φυλής και γένους.

Υπολογίσαμε τον αριθμό των παρατηρούμενων OTU και συγκρίναμε την άλφα ποικιλομορφία (μέσα στο δείγμα) των ατόμων που ομαδοποιήθηκαν κατά το στάδιο ΧΝΝ χρησιμοποιώντας τον δείκτη Shannon, ο οποίος αντιπροσωπεύει τόσο την αφθονία όσο και την ομοιομορφία των παρόντων ταξινομικών κατηγοριών. Δημιουργήθηκαν πλαίσια δεικτών άλφα ποικιλομορφίας χρησιμοποιώντας την εντολή boxplot στη βάση R. Επειδή τα δεδομένα μας έχουν πιθανές ακραίες τιμές και δεν κατανεμήθηκαν κανονικά, οι διαφορές μεταξύ των μέσων τιμών της ομάδας δειγμάτων δοκιμάστηκαν με τη μη παραμετρική δοκιμή Kruskal-Wallis, χρησιμοποιώντας την εντολή Kruskal. δοκιμή.

Για την ποικιλομορφία βήτα (μεταξύ δειγμάτων), χρησιμοποιήσαμε έναν μετασχηματισμό καταγραφής δεδομένων που κλιμακώθηκε σε βάθος ανάγνωσης ανά δείγμα και στη συνέχεια υπολογίσαμε και σχεδιάσαμε το σταθμισμένο UniFrac, το οποίο παρέχει ένα μέτρο της σχετικής αφθονίας και της φυλογενετικής ανομοιότητας. Μια μικρότερη απόσταση UniFrac μεταξύ δύο δειγμάτων υποδηλώνει μεγαλύτερη ομοιότητα μεταξύ των δύο μικροβιακών κοινοτήτων. Οι αποστάσεις UniFrac οπτικοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας γραφήματα ανάλυσης βασικών συντεταγμένων (PCoA) χρησιμοποιώντας εντολές από το πακέτο «phyloseq». Η ανάλυση βασικών συντεταγμένων (PCoA) είναι μια μέθοδος μείωσης διαστάσεων που απεικονίζει τη σχέση μεταξύ των δειγμάτων ανάλογα με τον πίνακα απόστασης και απεικονίζει το μοτίβο ομαδοποίησης χωρίς επίβλεψη ενός πολύπλοκου συνόλου δεδομένων, όπως το μικροβίωμα. Χρησιμοποιήσαμε την εντολή adonis από το πακέτο «vegan» για να εκτελέσουμε μεταβλητή πολυμεταβλητή ανάλυση διακύμανσης (PERMANOVA) για να ελέγξουμε εάν οι μικροβιακές κοινότητες κάθε ομάδας δείγματος ήταν σημαντικά διαφορετικές. Τα αποτελέσματα για όλες τις στατιστικές δοκιμές θεωρήθηκαν σημαντικά όταν οι τιμές p<0.05.

3. Αποτελέσματα

Κλινικά και Βιοχημικά Χαρακτηριστικά

Μετά τον ποιοτικό έλεγχο του δείγματος, ήταν διαθέσιμα δεδομένα για 95 δείγματα ασθενών. Τα κλινικά και βιοχημικά χαρακτηριστικά του πληθυσμού της μελέτης 95 φαίνονται στον Πίνακα 2. Ο μέσος όρος eGFR ήταν 67,51 mL/min/1,73 m2 στην αρχήδιαβητική χρόνια νεφρική νόσοομάδα (αποτελούμενη από το στάδιο 1, 2 και 3α ΧΝΝ) και 24,48 mL/min/1,73 m2 στο τέλοςδιαβητική χρόνια νεφρική νόσοάτομα (που αποτελούνται από το στάδιο 3β, 4 και 5). Αυτό έφτασε σε στατιστική σημασία με μια τιμή p < 0.001 (Wilcoxon Signed Rank Test). Η μέση ηλικία στην ομάδα της πρώιμης ΧΝΝ ήταν σημαντικά μικρότερη στα 66,24 έτη σε σύγκριση με 72,68 έτη στην ομάδα της όψιμης ΧΝΝ (τιμή p=0,01). Το ποσοστό των 95 ασθενών που προσλήφθηκαν σε κάθε στάδιο της διαβητικής ΧΝΝ απεικονίζεται στο Σχήμα 1.

Οι δείκτες βήτα ποικιλότητας χρησιμοποιούνται για να περιγράψουν την οικολογική ποικιλομορφία μεταξύ δειγμάτων μικροβιακής κοινότητας. Η βήτα ποικιλομορφία του μικροβιώματος του εντέρου δεν διέφερε σημαντικά μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ατόμων με διαβητική ΧΝΝ ή μεταξύ καθενός από τα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ σε σύγκριση με ένα άλλο (PERMANOVA, τιμή p=0.70, Εικόνα 2Α, ΣΙ).

Σχήμα 1. Το ποσοστό των ασθενών σε κάθε στάδιο διαβητικής χρόνιας νεφρικής νόσου (ΧΝΝ)

Οι δείκτες άλφα ποικιλομορφίας χρησιμοποιούνται συνήθως για να περιγράψουν την οικολογική ποικιλομορφία σε δείγματα μικροβιακής κοινότητας. Ο δείκτης Shannon εξετάζει τόσο τον πλούτο των ειδών όσο και την ομαλότητα. Η άλφα ποικιλομορφία του μικροβιώματος του εντέρου δεν διέφερε σημαντικά μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ατόμων με διαβήτη ΧΝΝ (δείκτης Shannon, δοκιμή KruskalWallis, τιμή p μικρότερη από ή ίση με 0.05) ή μεταξύ καθενός από τα στάδια διαβητική ΧΝΝ σε σύγκριση με άλλη (Εικόνα 3Α, Β).

Εικόνα 2. (Α) Ανάλυση βασικών συντεταγμένων (PCoA) (Β) Τα διαγράμματα χειροτονίας εμφανίζουν την ανομοιότητα της βακτηριακής κοινότητας του εντέρου από άτομα με ΧΝΝ.

Σχήμα 3.(Α). Οι γραφικές παραστάσεις κουτιού και μουστάκια εμφανίζουν αρκετές παρατηρούμενες βακτηριακές λειτουργικές ταξινομικές μονάδες (OTUs) και τον δείκτη ποικιλομορφίας του Shannon δειγμάτων κοπράνων που ομαδοποιούνται από άτομα με πρώιμα (1 έως 3α) και όψιμα (3β έως 5) στάδια ΧΝΝ.(Β ). Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν τον αριθμό των παρατηρούμενων βακτηριακών λειτουργικών ταξινομικών μονάδων (OTU) και τον δείκτη ποικιλομορφίας του Shannon δειγμάτων κοπράνων που ομαδοποιούνται κατά άτομα στα στάδια ΧΝΝ1,2,3α,3β,4 και 5.

The majority (>Το 85 τοις εκατό μέση σχετική αφθονία) των βακτηριακών λειτουργικών ταξινομικών μονάδων (OTUs) που προσδιορίστηκαν στο ταξινομικό επίπεδο της ομάδας στο μικροβίωμα του εντέρου ατόμων με διαφορετικά στάδια της νόσου ΧΝΝ αντιπροσωπεύονταν από τους φυλές Bacteroidetes και Firmicutes. Το γένος Firmicutes ήταν το πιο άφθονο και η μέση σχετική αφθονία του ήταν παρόμοια στην πρώιμη (στάδιο 1, 2 και 3α) και όψιμο (στάδιο 3β, 4 και 5) ομάδα ΧΝΝ, αντιπροσωπεύοντας 45,99 ± 0. 58 τοις εκατό στην πρώιμη ΧΝΝ και 49,39 ± 0,55 τοις εκατό στην όψιμη ΧΝΝ. Ομοίως, η μέση σχετική αφθονία για το phylum Bacteroidetes ήταν παρόμοια στην πρώιμη διαβητική ΧΝΝ που αντιστοιχούσε σε 42.86 ± 1,40 τοις εκατό και 41,20 ± 1,12 τοις εκατό στην ομάδα όψιμης διαβητικής ΧΝΝ (Εικόνα 4Α). Σε επίπεδο οικογένειας, τα Bacteroidaceae και Ruminococcaceae αντιπροσώπευαν την υψηλότερη αφθονία OTU στις ομάδες της πρώιμης και όψιμης ΧΝΝ ενώ τα Prevotellaceae είχαν τη χαμηλότερη αφθονία σε όλα τα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ. Συγκεκριμένα, η μέση σχετική αφθονία για την οικογένεια Bacteroidaceae ήταν παρόμοια στην πρώιμη και όψιμη διαβητική ΧΝΝ, αντιπροσωπεύοντας 29,15 ± 2.{46}}2 τοις εκατό στην ομάδα πρώιμης ΧΝΝ και 29,16 ± 1,70 τοις εκατό στην ομάδα όψιμης ΧΝΝ. Η μέση σχετική αφθονία των Ruminococcaceae ήταν επίσης παρόμοια στην πρώιμη και όψιμη ΧΝΝ, αποτελούμενη από 20,49 ± 0,61 τοις εκατό στην πρώιμη ΧΝΝ και 20,22 ± 0,44 τοις εκατό στην όψιμη ΧΝΝ. Η χαμηλότερη αφθονία των Prevotellaceae παρέμεινε επίσης παρόμοια τόσο στην πρώιμη όσο και στην όψιμη ΧΝΝ, αντιπροσωπεύοντας μόνο 3,87 ± 1,66 τοις εκατό στην πρώιμη ΧΝΝ και 3,36 ± 0,98 τοις εκατό στην όψιμη διαβητική ΧΝΝ (Εικόνα 4Β).

Εικόνα 4. (Α). Τα γραφήματα στοιβαγμένων ράβδων εμφανίζουν τη μέση σχετική αφθονία βακτηριακών λειτουργικών ταξινομικών μονάδων (OTU) που προσδιορίζονται στο ταξινομικό επίπεδο της ομάδας στο μικροβίωμα του εντέρου ατόμων με διαφορετικά στάδια της νόσου ΧΝΝ. Οι αφθονίες υπολογίστηκαν από περικομμένα δεδομένα για την αφαίρεση των OTU που επικρατούσαν<2 samples with <2 counts in the complete dataset. (B). Stacked bar charts display the average relative abundance of bacterial operational taxonomic units (OTUs) identified to the taxonomic level of family in the gut microbiome of individuals with different stages of CKD disease. Abundances were calculated from trimmed data to remove OTUs that were prevalent in <2 samples with <2 counts in the complete dataset.

Τα γένη Faecalibacterium, Bifidobacterium, Bacteroides και Akkermansia, τα οποία είναι γνωστό ότι σχετίζονται αρνητικά με τον διαβήτη τύπου 2, δεν κατέδειξαν σημαντική διαφορά στη σχετική αφθονία τους είτε στην πρώιμη είτε στην όψιμη διαβητική ΧΝΝ στη μελέτη μας (Εικόνα 5Α–Δ). Τα phyla Actinobacteria και Firmicutes, τα οποία έχει αποδειχθεί ότι έχουν υπερανάπτυξη του παχέος εντέρου σε ασθενείς με ΧΝΝ, δεν έδειξαν και πάλι σημαντική διαφορά στη σχετική αφθονία είτε στην πρώιμη είτε στην όψιμη διαβητική ΧΝΝ (Εικόνα 6Α). Το μικροβίωμα του εντέρου σε μοντέλα ουραιμικών ζώων συσχετίστηκε με τη μειωμένη σύνθεση των Prevotellaceae. Στη μελέτη μας, το γένος Prevotella της οικογένειας Prevotellaceae δεν έδειξε σημαντική διαφορά στη σχετική αφθονία είτε στην πρώιμη είτε στην όψιμη διαβητική ΧΝΝ (Εικόνα 6Β).

Εικόνα 5. (Α): Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν μια σχετική αφθονία γενών Ruminococcus και Faecalibacterium μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ΧΝΝ. Το ns υποδηλώνει μη σημασία. (Β): Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν τη σχετική αφθονία του γένους Bifidobacterium μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ΧΝΝ. Το ns υποδηλώνει μη σημασία. (C): Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν τη σχετική αφθονία του γένους Bacteroides μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ΧΝΝ. (Δ): Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν μια σχετική αφθονία του γένους Akkermansia μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ΧΝΝ. Το ns υποδηλώνει μη σημασία.

Εικόνα 6. (Α): Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν τη σχετική αφθονία των phyla Firmicutes και των Actinobacteria μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ΧΝΝ. Το ns υποδηλώνει μη σημασία. (Β): Οι γραφικές παραστάσεις με κουτί και μουστάκια εμφανίζουν τη σχετική αφθονία του γένους Prevotella μεταξύ πρώιμων και όψιμων ομάδων ΧΝΝ. Το ns υποδηλώνει μη σημασία.

4. Συζήτηση

Ένας σημαντικός όγκος βιβλιογραφίας παρέχει στοιχεία για το ρόλο της μικροχλωρίδας του εντέρου σε διαδικασίες χρόνιας μεταβολικής νόσου, συμπεριλαμβανομένου του διαβήτη τύπου 2. Μεταξύ των κοινώς αναφερόμενων ευρημάτων, τα γένη Bifidobacterium, Bacteroides, Faecalibacterium, Akkermansia και Roseburia συσχετίστηκαν αρνητικά με τον διαβήτη τύπου 2, ενώ τα γένη Ruminococcus, Fusobacterium και Blautia συσχετίστηκαν θετικά με τον διαβήτη τύπου 2. Η εντερική μικροχλωρίδα μπορεί να είναι ιδιαίτερα προσαρμόσιμη στις αλλαγές στο βιοχημικό περιβάλλον, ενώ πρόσφατες μελέτες από τους Vaziri et al. έχουν δείξει αυξημένους αριθμούς αερόβιων και αναερόβιων βακτηρίων στο λεπτό έντερο ασθενών με ΧΝΝ μαζί με υπερανάπτυξη του παχέος εντέρου Proteobacteria, Actinobacteria και Firmicutes.

Η διαβητική ΧΝΝ είναι μια πολυσυστηματική νόσος με πολύπλοκες παθοφυσιολογικές διεργασίες. Πράγματι, η σχέση αιτίας-συνέπειας μεταξύ μιας τέτοιας δυναμικής παθολογικής διαδικασίας και των σχετικών αλλαγών στην εντερική μικροχλωρίδα είναι δύσκολο να διαφοροποιηθεί. Παράγοντες που είναι γνωστό ότι ευθύνονται για τη δυσβίωση στη ΧΝΝ περιλαμβάνουν αυξημένη διαπερατότητα εντερικού φραγμού δευτερογενώς σε φλεγμονώδες και ουραιμικό περιβάλλον που σχετίζεται με ΧΝΝ και επακόλουθη μετατόπιση παθογόνων βακτηρίων και βακτηριακών ενδοτοξινών από τον αυλό του εντέρου στην κυκλοφορία του αίματος λόγω αυτής της αυξημένης διαπερατότητας του εντέρου. Η πλειονότητα των ατόμων με ΧΝΝ που σχετίζεται με το διαβήτη λαμβάνουν συχνά αντιβιοτικά ευρέος φάσματος λόγω του αυξημένου κινδύνου λοιμώξεων που προκύπτουν από αυτήν την πάθηση. Η χρήση τέτοιων αντιβιοτικών οδηγεί σε ανισορροπία μεταξύ Firmicutes και Bacteroidetes. Η βακτηριακή ποικιλότητα μειώνεται όπως και η αφθονία αυτών των βακτηρίων κατά τη διάρκεια τέτοιων περιόδων θεραπείας. Επιπλέον, ένας σημαντικός ρυθμιστής του βακτηριακού μεταβολισμού και της δυσβίωσης του εντέρου αντιπροσωπεύεται από τη διαθεσιμότητα και τη σύνθεση των θρεπτικών ουσιών, ιδιαίτερα την αναλογία μεταξύ άπεπτων υδατανθράκων και πρωτεΐνης. Υπάρχουν επί του παρόντος αρκετές διαδικασίες που σχετίζονται με τη ΧΝΝ που οδηγούν σε τέτοια δυσβίωση του εντέρου. Για παράδειγμα, η απορρόφηση πρωτεΐνης στο λεπτό έντερο είναι μειωμένη στη ΧΝΝ, οδηγώντας σε αυξημένη ποσότητα διατροφικής πρωτεΐνης στο κόλον και κατά συνέπεια σε μείωση της αναλογίας υδατάνθρακα προς πρωτεΐνη του παχέος εντέρου. Αυτή η αλλαγή στη διαθεσιμότητα του υποστρώματος μπορεί να ευνοήσει τη μετάβαση από ένα υγιές σακχαρολυτικό (Bifidobacterium και Lactobacillus είδη) σε ένα πιο παθογόνο πρότυπο πρωτεολυτικής ζύμωσης. Αν και οι μηχανισμοί για τη δυσβίωση στο διαβήτη είναι λιγότερο κατανοητοί, έχει αποδειχθεί ότι τα άτομα με διαβήτη γενικά παρουσιάζουν μειωμένη βακτηριακή ποικιλομορφία που χαρακτηρίζεται από μείωση των βακτηριδίων που παράγουν βουτυρικό όπως Faecalibacterium prausnitzii και Roseburia intestinalis μαζί με αύξηση των ευκαιριακών παθογόνων.

Η ικανότητα απομόνωσης της δυσβιοτικής αιτιότητας του εντέρου λόγω της σχετιζόμενης με τον διαβήτη ΧΝΝ παραμένει μια κλινική πρόκληση λόγω της παρουσίας πολλαπλών συννοσηροτήτων όπως η υπέρταση, η παχυσαρκία και η αγγειακή νόσος. Επιπλέον, οι θεραπευτικές στρατηγικές στη διαβητική ΧΝΝ περιλαμβάνουν φάρμακα και διατροφικούς περιορισμούς που όπως περιγράφηκαν παραπάνω, μπορούν ανεξάρτητα να επηρεάσουν το μικροβίωμα του εντέρου. Παρά αυτές τις πολυπλοκότητες, είναι λογικό να υποθέσουμε ότιΝεφρική Νόσοςκαι η μικροχλωρίδα του εντέρου μπορεί να επηρεάσει το ένα το άλλο.

Συγκεκριμένα, έχουν τεκμηριωθεί οι διαφορές μικροβιώματος του εντέρου μεταξύ υγιών ατόμων και εκείνων των ατόμων με διαβητική ΧΝΝ [16,23,46]. Έχοντας υπόψη αυτά τα δεδομένα, πραγματοποιήσαμε μια διατομική ανάλυση προφίλ DNA σε 95 δείγματα κοπράνων από έναν πληθυσμό της Αυστραλίας με κυρίως διαβήτη τύπου 2 με ποικίλα στάδια (1-5) ΧΝΝ για να απαντήσουμε στο ερώτημα εάν το μικροβίωμα του εντέρου αλλάζει αυτά τα διαφορετικά στάδια της διαβητικής ΧΝΝ. Ως εκ τούτου, το κύριο καταληκτικό σημείο ήταν ο εντοπισμός πιθανών διαφορικών προφίλ μικροβιώματος μεταξύ ομάδων με πρώιμη έναντι όψιμης ΧΝΝ. Η βάση για την αποκοπή των σταδίων ΧΝΝ 1, 2 και 3α στην πρώιμη ομάδα και στα στάδια ΧΝΝ 3β, 4 και 5 στην τελευταία ομάδα, επειδή ο κίνδυνος προοδευτικής νεφρικής δυσλειτουργίας και καρδιαγγειακής νόσου αυξάνεται σημαντικά από το στάδιο 3β ΧΝΝ και μετά. και οι κλινικές παρεμβάσεις, που στοχεύουν στην επιβράδυνση της εξέλιξης της ΧΝΝ, έχουν ιδιαίτερη σημασία.

Τα δεδομένα έδειξαν ότι το μικροβίωμα του εντέρου των ατόμων με πρώιμη και όψιμη διαβητική ΧΝΝ και σε όλα τα στάδια 1-5 της διαβητικής ΧΝΝ είναι παρόμοια. Σύμφωνα με τη βιβλιογραφία, δείξαμε ότι υπάρχει υπεροχή των φυλών Firmicutes και Bacteroidetes στην κοόρτη μας (Εικόνα 4Α). Στη μελέτη μας, δείξαμε ξεκάθαρα ότι τα αρνητικά συνδεδεμένα γένη με τον διαβήτη τύπου 2, που προκαλούν δυσβίωση, ιδιαίτερα τα Faecalibacterium, Bifidobacterium, Bacteroides και Akkermansia είναι παρόντα στα στάδια της ΧΝΝ σε παρόμοια ποσοστά σχετικής αφθονίας (Εικόνα 5Α-Δ). Το θετικά συσχετιζόμενο γένος Ruminococcus σε άτομα με διαβήτη τύπου 2, δεν δείχνει επίσης σημαντική διαφορά στη σχετική αφθονία του σε πρώιμο ή τελευταίο στάδιο διαβητικής ΧΝΝ (Εικόνα 5Α). Τα πρωτεολυτικά βακτήρια phyla Actinobacteria και Firmicutes, τα οποία έχει αποδειχθεί ότι οδηγούν σε υπερανάπτυξη του παχέος εντέρου, ήταν παρόντα σε όλα τα στάδια της ΧΝΝ σε παρόμοια σχετική αφθονία (Εικόνα 6Α). Περαιτέρω, όταν εξετάσαμε την οικολογική ποικιλομορφία εντός του μικροβιακού δείγματος κάθε σταδίου της διαβητικής ΧΝΝ και τη συγκρίναμε με καθένα από τα άλλα στάδια διαβητικής ΧΝΝ, και πάλι δεν παρατηρήσαμε σημαντική διαφορά (Εικόνα 3Β). Αυτά τα ευρήματα επιβεβαιώνουν τα γνωστά στοιχεία σχετικά με τη δυσβίωση σε καταστάσεις ασθένειας, αλλά παρέχουν επιπλέον νέα στοιχεία που δείχνουν ότι η επίκτητη δυσβίωση του εντέρου στη διαβητική ΧΝΝ σε πρώιμο στάδιο, παραμένει σταθερή και επιμένει μέχρι τα τελευταία στάδια εξέλιξης της νόσου. Αυτά τα δεδομένα βασίζονται στην υπάρχουσα βιβλιογραφία όπου η γαστρεντερική μικροβιακή σύνθεση εξετάστηκε σε δύο ομάδες ΧΝΝ. Οι Kai-Yu Xu et al. εξέτασε το μικροβίωμα του εντέρου σε 15 ασθενείς σε μια υποομάδα υψηλού GFR, που ορίζεται ως GFR μεγαλύτερο από ή ίσο με 7 mL/min/1,73 m2, και μια υποομάδα με χαμηλό GFR, που ορίζεται ως GFR Μικρότερο ή ίσο με 7 mL/min/1,73 m2 . Αν και συνάδει με τα δεδομένα μας, είναι δύσκολο να εξαχθούν πάρα πολλά συμπεράσματα από τη μελέτη τους, δεδομένου του μικρού αριθμού εντός των υποομάδων και της χρήσης των διαχωρισμών GFR που δεν αντικατοπτρίζουν το κλινικό φάσμα των διαφορετικών σταδίωνχρόνια νεφρική νόσος, καθώς και οι δύο υποομάδες εμπίπτουν στο στάδιο 5 ή στο τελικό στάδιοΝεφρική Νόσος.

Τα δεδομένα μας έδειξαν ότι η μέση σχετική αφθονία των βακτηριακών φυλών και της οικογένειας στα στάδια 1-5 της διαβητικής ΧΝΝ ήταν ως επί το πλείστον παρόμοια (Εικόνα 4Α, Β). Αυτό είναι σύμφωνο με τα δεδομένα που προέκυψαν από μια μελέτη των Yacoub et al., η οποία αξιολόγησε το μικροβίωμα του εντέρου σε άτομα με πολυκυστικήΝεφρική Νόσοςμε ποικίλα στάδια ΧΝΝ. Οι Yacoub et al. πραγματοποίησαν μια μελέτη σε μια εξαιρετικά επιλεγμένη ομάδα ατόμων με μόνο πολυκυστική νόσοΝεφρική Νόσοςκαι 3 ομάδες ΧΝΝ, χωρίς τις συγχυτικές συννοσηρότητες του διαβήτη και της υπέρτασης, για την εξέταση της επίδρασης διαφόρων βαθμών νεφρικής ανεπάρκειας στο μικροβίωμα του ανθρώπινου εντέρου. Παρά τον μικρό αριθμό των έξι ασθενών σε καθεμία από τις 3 ομάδες ΧΝΝ, δεν έδειξαν διαφορά στις λειτουργικές ταξινομικές μονάδες (ΟΤΥ) σε επίπεδο φυλής στις 3 ομάδες τους με ποικίλη νεφρική δυσλειτουργία.

Ένα ξεχωριστό μικροβίωμα του εντέρου με μειωμένες οικογένειες Prevotellaceae έχει συσχετιστεί με ΧΝΝ. Σύμφωνα με αυτή τη βιβλιογραφία, τα αποτελέσματά μας έδειξαν περαιτέρω μια χαμηλή μέση σχετική αφθονία ωφέλιμων προβολωτών τόσο στα πρώιμα (3,87 ± 1,66 τοις εκατό) όσο και στα όψιμα (3,36 ± 0},98 τοις εκατό) στάδια της διαβητικής ΧΝΝ (Εικόνα 6Β) . Τα στελέχη της Prevotella θεωρούνται κλασικά ως κοινά βακτήρια λόγω της εκτεταμένης παρουσίας τους στο υγιές ανθρώπινο σώμα. Το Prevotella είναι ένα γένος με υψηλή γενετική ποικιλότητα εντός και μεταξύ των ειδών, γεγονός που θα μπορούσε να εξηγήσει την αφθονία του στην ανθρώπινη υγιή μικροχλωρίδα. Όπως περιγράφηκε προηγουμένως, αυτά τα κοινά βακτήρια παράγουν λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας (SCFAs), ειδικά βουτυρικό οξύ, το οποίο είναι ζωτικής σημασίας για τη διατήρηση της υγείας του εντέρου. Οι ρόλοι των SCFA περιλαμβάνουν, αλλά δεν περιορίζονται σε αυτά, την παραγωγή εντερικών επιθηλιακών συστατικών διατροφής και ενέργειας, τη διατήρηση των λειτουργιών του εντερικού φραγμού και τη μείωση της σοβαρότητας της φλεγμονής. Παρόμοια με τη μελέτη μας, οι Vaziri et al. διαπίστωσαν μειωμένη αφθονία της οικογένειας Prevotellaceae σε ουραιμικά ζώα.

Στη μελέτη μας, δεν υπήρχε αποδεδειγμένη διαφορά στις λειτουργικές ταξινομικές μονάδες (OTUs), σε οποιοδήποτε από τα ταξινομικά επίπεδα σε όλα τα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ, γεγονός που υποδηλώνει ότι η δυσβίωση εμφανίζεται νωρίς στη διαβητική ΧΝΝ και επιμένει μέχρι τα τελευταία στάδια της νόσου, αυξάνοντας έτσι το ερώτημα ποιος ρόλος παίζει η δυσβίωση του εντέρου στην εξέλιξη της διαβητικής ΧΝΝ. Υποθέτουμε ότι η δυσβίωση είναι ένας από τους πολλούς παράγοντες που μπορεί να επηρεάσουν την εξέλιξη της διαβητικής ΧΝΝ. Συννοσηρότητες όπως η υπέρταση, ο διαβήτης και οι αγγειακές παθήσεις, μαζί με την πρωτεϊνουρία και τη γενετική είναι μερικοί από τους παράγοντες που συμβάλλουν στην παθογένεση τουχρόνια νεφρική νόσος. Πιο πρόσφατα, υπήρξαν αυξανόμενες ενδείξεις ότι η αλληλεπίδραση γονιδίου-περιβάλλοντος στον προσδιορισμό του σύνθετου φαινοτύπου, αλλιώς γνωστός ως επιγενετική, συμβάλλει επίσης στην παθογένεση τουχρόνια νεφρική νόσος.Υποθέτουμε ότι η δυσβίωση του εντέρου, παρόμοια με τους παραπάνω ετερογενείς παράγοντες κινδύνου, μπορεί να προσδώσει έναν πιθανό παράγοντα ευαισθησίας στην εξέλιξη της ΧΝΝ.

Είναι γνωστό ότι στη δυσβίωση του εντέρου, τα παθογόνα βακτήρια υπεραναπτύσσονται και εκκρίνουν αυξημένες ποσότητες λιποπολυσακχαριτών, πεπτιδογλυκανών και βακτηριακού DNA στο κυκλοφορικό σύστημα του ξενιστή, οι οποίες είναι επιζήμιες για την εντερική διαπερατότητα. Κατά συνέπεια, αυτό έχει ως αποτέλεσμα την ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος του εντερικού βλεννογόνου και του φλεγμονώδους καταρράκτη με την παραγωγή παραγόντων όπως η ιντερλευκίνη (IL)-6, η ιντερφερόνη (IFN-) και ο παράγοντας νέκρωσης όγκου (TNF). Αυτή η επίμονη ανοσολογική ενεργοποίηση θεωρείται πλέον σημαντικός παράγοντας κινδύνου για την εξέλιξη της ΧΝΝ και τις καρδιαγγειακές επιπλοκές. Η επίδραση της δυσβίωσης του εντέρου στην παραγωγή φλεγμονωδών παραγόντων σεΧΝΝδιερευνήθηκε από τους Li F et al. . και τα αποτελέσματά τους υποδηλώνουν ότι η μικροβιακή δυσβίωση μπορεί να προάγει τη χρόνια συστηματική φλεγμονή σεΧΝΝ.

Ο διαβήτης εμφανίζεται πολύ συχνά και είναι παγκοσμίως παρών σε πανδημικές αναλογίες ενώ είναι διαβητικόςχρόνια νεφρική νόσοςείναι ένα κοινό επακόλουθο. Ωστόσο, μόνο ένα σχετικά μικρό ποσοστό αυτών των ατόμων μεΧΝΝπρόοδος σενεφρική νόσο τελικού σταδίου (ESKD)κατά τη διάρκεια της ζωής τους. Υποθέτουμε ότι καθένας από τους παραδοσιακούς παράγοντες κινδύνου μπορεί να εμπλέκεται στην ανάπτυξη ΧΝΝ, ωστόσο, η προοδευτική φύση αυτής της νόσου, η οποία εμφανίζεται στη μειοψηφία όλων των ατόμων με την πάθηση, μπορεί να είναι το αποτέλεσμα της πολύπλοκης αλληλεπίδρασης όλων αυτών των παραγόντων ευαισθησίας , συμπεριλαμβανομένης της δυσβίωσης του εντέρου (Συμπληρωματικά Υλικά Εικόνα S1).

Ένας από τους περιορισμούς αυτής της μελέτης είναι το μικρό μέγεθος του δείγματός της, ειδικά η παρουσία μόνο 25 ασθενών με όψιμα στάδια (3b–5) διαβητική ΧΝΝ με αποτέλεσμα πιθανή απώλεια της ικανότητας αναγνώρισης των μικροβιακών τάσεων. Ένας από τους λόγους για αυτό είναι ότι τα υποκείμενα της μελέτης επιλέχθηκαν από μια ενδοκρινική κλινική εξωτερικών ασθενών, όπου υπάρχει μικρότερη τάση για πιο προχωρημένη νεφρική δυσλειτουργία. Αναγνωρίζουμε ότι το εγγενές πρόβλημα του μικρού μεγέθους δείγματος στην όψιμη ομάδα ΧΝΝ μαζί με τον μεγάλο αριθμό συμμεταβλητών μας θα είχε ως αποτέλεσμα περιορισμένη στατιστική ισχύ για τον εντοπισμό διαφορών μικροβιώματος καθώς και την ανακρίβεια της εκτίμησης του αποτελέσματος και ένα αυξημένο ποσοστό ψευδώς θετικών. Άλλοι περιορισμοί περιλαμβάνουν τη συγχρονική φύση αυτής της κοόρτης μελέτης, που σήμαινε ότι τα δείγματα ασθενών συλλέχθηκαν μόνο σε σημεία μίας χρήσης και δεν μελετήθηκαν διαχρονικά. Επιπλέον, το σύνολο δεδομένων μας δεν περιείχε πληροφορίες σχετικά με τη χρήση αντιβιοτικών, η οποία είναι γνωστό ότι έχει αντίκτυπο στη σύνθεση του μικροβιώματος του εντέρου. Ένας άλλος σημαντικός περιορισμός είναι ότι οι διατροφικές συνήθειες των συμμετεχόντων δεν καταγράφηκαν, κάτι που θα επηρεάσει σταθερά το αποτέλεσμα των αποτελεσμάτων. Δεν υπήρχε επίσης υγιής ομάδα, ωστόσο, όπως περιγράφηκε προηγουμένως, το μικροβίωμα μεταξύ υγιών και ασθενών ομάδων έχει χαρακτηριστεί καλά και δεν ήταν ο σκοπός αυτής της μελέτης.

Οι μελλοντικές κατευθύνσεις σε αυτόν τον τομέα έρευνας θα πρέπει να περιλαμβάνουν μια διαχρονική μελέτη μεγαλύτερου αριθμού ασθενών σε καθένα από τα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ (1-5), με έμφαση στην κυρίαρχη μορφή διαβήτη τύπου 2 με πληροφορίες που περιλαμβάνουν τη διατροφική πρόσληψη και φάρμακα, ειδικά για τη χρήση αντιβιοτικών.

Αυτή η μελέτη εγείρει μερικά απροσδόκητα αλλά ενδιαφέροντα ερωτήματα σχετικά με το μικροβίωμα σε άτομα με διαβήτη και ποικίλανεφρική δυσλειτουργία. Γνωρίζουμε από την τρέχουσα βιβλιογραφία ότι υπάρχει σημαντική διαφορά στο μικροβίωμα του εντέρου μεταξύ υγιών ατόμων και εκείνων των ατόμων με διαβητική ΧΝΝ. Ωστόσο, εντός των περιορισμών αυτής της μελέτης, δεν παρατηρήσαμε σημαντική αλλαγή στο μικροβίωμα σε κανένα από τα έξι στάδια της διαβητικής ΧΝΝ. Προτείνουμε ότι από τη στιγμή που οι ασθενείς επιτύχουν μια κατάσταση δυσβίωσης στην πρώιμη διαβητική ΧΝΝ, αυτή η δυσβίωση παραμένει σχετικά η ίδια και θα μπορούσε να θεωρηθεί παράγοντας κινδύνου ευαισθησίας, ο οποίος μαζί με άλλους παράγοντες κινδύνου (παραδοσιακούς και νέους), επηρεάζουν την εξέλιξη σε διαβητικό τελικού σταδίου ΧΝΝ.

5. Συμπεράσματα

Συμπερασματικά, τα δεδομένα που προκύπτουν από την κοόρτη μας των ατόμων με διαβήτη που σχετίζεται με ΧΝΝ δείχνουν υπεροχή των phyla Firmicutes και Bacteroidetes. Οι οικογένειες Ruminococcaceae και Bacteroidaceae αντιπροσωπεύουν την υψηλότερη αφθονία, ενώ η ευεργετική οικογένεια Prevotellaceae μειώθηκε σε αφθονία. Η πιο ενδιαφέρουσα παρατήρηση είναι ότι η σχετική αφθονία αυτών των μικροβίων του εντέρου δεν αλλάζει στα στάδια (1-5) της διαβητικής ΧΝΝ, υποδηλώνοντας ότι αυτό είναι ένα πρώιμο συμβάν στην ανάπτυξη ΧΝΝ που σχετίζεται με τον διαβήτη. Τα αρνητικά συσχετισμένα γένη Bifidobacterium, Bacteroides, Faecalibacterium και Akkermansia σχετικά με τον διαβήτη τύπου 2 εμφάνισαν παρόμοια σχετική αφθονία μεταξύ των ομάδων πρώιμης και όψιμης ΧΝΝ, όπως και ο θετικά συνδεδεμένος Ruminococcus. Υποθέτουμε ότι το δυσβιοτικό μικροβίωμα που αποκτήθηκε κατά τα πρώιμα στάδια της διαβητικής ΧΝΝ παραμένει σχετικά στατικό και είναι μόνο ένας από τους πολλούς παράγοντες κινδύνου που επηρεάζουν την προοδευτικήνεφρική δυσλειτουργία. Αυτά τα ευρήματα δικαιολογούν περαιτέρω εξέταση σε μεγαλύτερες ομάδες ασθενών που ακολουθείται διαχρονικά με την πάροδο του χρόνου με πολλαπλές δειγματοληψίες και κλινικά δεδομένα που περιλαμβάνουν πληροφορίες σχετικά με τη διατροφική πρόσληψη και τα φάρμακα. Μόνο τότε θα είναι δυνατό να ελεγχθεί σθεναρά εάν η σύνθεση του δυσβιοτικού μικροβιώματος παραμένει η ίδια ή αλλάζει σημαντικά με την εξέλιξη του διαβητικού χρόνιουΝεφρική Νόσος?

Χρηματοδότηση:Αυτή η έρευνα δεν έλαβε υπερβολική χρηματοδότηση.

Δήλωση Ενημερωμένης Συναίνεσης:Ελήφθη ενημερωμένη συγκατάθεση από όλα τα άτομα που συμμετείχαν στη μελέτη.

Ευχαριστίες:Οι συγγραφείς θα ήθελαν να ευχαριστήσουν με ευγνωμοσύνη τον Kyoko Hasebe για τη βοήθεια με τις εξαγωγές DNA και την αναθεώρηση πρωτοκόλλου. Οι συγγραφείς αναγνωρίζουν τους συμμετέχοντες που αφιερώνουν γενναιόδωρα τον χρόνο τους στη μελέτη.

Σύγκρουση συμφερόντων:Οι συγγραφείς δηλώνουν ότι δεν υπάρχει σύγκρουση συμφερόντων.

1. Hooper, LV; Gordon, JI Commensal Σχέσεις ξενιστή-βακτηριδίου στο έντερο. Science 2001, 292, 1115–1118.

2. Bourlioux, P.; Koletzko, Β.; Guarner, F.; Braesco, V. Το έντερο και η μικροχλωρίδα του είναι συνεργάτες για την προστασία του οικοδεσπότη: Έκθεση για το Συμπόσιο Danone "The Intelligent Intestine", που πραγματοποιήθηκε στο Παρίσι, 14 Ιουνίου 2002. Am. J. Clin. Nutr. 2003, 78, 675–683.

3. Rodríguez, JM; Murphy, Κ.; Stanton, C.; Ross, RP; Kober, ΟΙ; Juge, Ν.; Avershina, Ε.; Rudi, Κ.; Narbad, Α.; Jenmalm, MC; et al. Η σύνθεση της μικροχλωρίδας του εντέρου σε όλη τη ζωή, με έμφαση στην πρώιμη ζωή. Microb. Ecol. Θεραπεύω. Dis. 2015, 26, 26050.

4. Aron-Wisnewsky, J.; Clément, K. Το μικροβίωμα του εντέρου, η διατροφή και οι σύνδεσμοι με καρδιομεταβολικές και χρόνιες διαταραχές. Nat. Αιδ. Nephrol. 2015, 12, 169–181.

5. Huttenhower, C.; Gevers, D.; Knight, R.; Abubucker, S.; Badger, JH; Chinwalla, AT; Creasy, HH; Earl, AM; FitzGerald, MG; Fulton, RS; et al. Δομή, λειτουργία και ποικιλομορφία του υγιούς ανθρώπινου μικροβιώματος. Nature 2012, 486, 207–214.

6. Ley, RE; Turnbaugh, PJ; Klein, S.; Gordon, JI Ανθρώπινα μικρόβια του εντέρου που σχετίζονται με την παχυσαρκία. Nature 2006, 444, 1022–1023.

7. Karlsson, FH; Tremaroli, V.; Nookaew, I.; Bergström, G.; Behre, CJ; Fagerberg, Β.; Nielsen, J. Gut μεταγονιδίωμα σε Ευρωπαίες γυναίκες με φυσιολογικό, μειωμένο και διαβητικό έλεγχο γλυκόζης. Nature 2013, 498, 99–103.

8. Διεθνής Ομοσπονδία Διαβήτη (IDF). Diabetes Atlas, 7η έκδ.; Διεθνής Ομοσπονδία Διαβήτη: Βρυξέλλες, Βέλγιο, 2015.

9. Σύστημα Νεφρικών Δεδομένων ΗΠΑ 2008. Ετήσια Έκθεση Δεδομένων. Άτλας της χρόνιας νεφρικής νόσου και της νεφρικής νόσου τελικού σταδίου στις Ηνωμένες Πολιτείες. National Institutes of Health, National Institutes of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases: Bethesda, MD, ΗΠΑ, 2008.

10. Valmadrid, CT; Klein, R.; Moss, SE; Klein, BE Ο κίνδυνος θνησιμότητας από καρδιαγγειακά νοσήματα που σχετίζεται με μικρολευκωματινουρία και ακαθάριστη πρωτεϊνουρία σε άτομα με σακχαρώδη διαβήτη μεγαλύτερης ηλικίας. Αψίδα. Κρατώ. Med. 2000, 160, 1093–1100.

11. Carrero, JJ; Stenvinkel, P. Επίμονη φλεγμονή ως καταλύτης για άλλους παράγοντες κινδύνου στη χρόνια νεφρική νόσο: Μια πρόταση υπόθεσης. Clin. Μαρμελάδα. Soc. Nephrol. 2009, 4 (Suppl. 1), S49–S55.

12. Larsen, Ν.; Vogensen, FK; van den Berg, FWJ; Nielsen, DS; Andreasen, AS; Pedersen, BK; Abu Al-Soud, W.; Sørensen, SJ; Hansen, LH; Jakobsen, M. Gut Microbiota σε ανθρώπους ενήλικες με διαβήτη τύπου 2 διαφέρει από τους μη διαβητικούς ενήλικες. PLoS ONE. 2010, 5, e9085.

13. Qin, J.; Li, Υ.; Cai, Ζ.; Li, S.; Zhu, J.; Zhang, F.; Liang, S.; Zhang, W.; Guan, Υ.; Shen, D.; et al. Μια μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο μεταγονιδιώματος της μικροχλωρίδας του εντέρου στον διαβήτη τύπου 2. Nature 2012, 490, 55–60.

14. Hatch, Μ.; Freel, RW; Βαζίρη, ΝΔ Εντερική απέκκριση οξαλικού σε χρόνια νεφρική ανεπάρκεια. Μαρμελάδα. Soc. Nephrol. 1994, 5, 1339–1343.

15. Βαζίρη, Ν.Δ. Freel, RW; Hatch, M. Επίδραση της χρόνιας πειραματικής νεφρικής ανεπάρκειας στον μεταβολισμό των ουρικών. Μαρμελάδα. Soc. Nephrol. 1995, 6, 1313–1317.

16. Xu, Κ.-Υ.; Xia, G.-H.; Lu, J.-Q.; Chen, Μ.-Χ.; Zhen, Χ.; Wang, S.; Εσύ, C.; Nie, J.; Zhou, Η.; Yin, J. Η μειωμένη νεφρική λειτουργία και η δυσβίωση της μικροχλωρίδας του εντέρου συμβάλλουν στην αύξηση του τριμεθυλαμίνης-Ν-οξειδίου σε ασθενείς με χρόνια νεφρική νόσο. Sci. Απ. 2017, 7, 1–12.

17. Yacoub, R.; Nugent, Μ.; Cai, W.; Nadkarni, GN; Chaves, LD; Abyad, S.; Honan, AM; Thomas, SA; Zheng, W.; Valiyaparambil, SA; et al. Επιδράσεις διαιτητικού περιορισμού των τελικών προϊόντων προηγμένης γλυκοζυλίωσης στη βακτηριακή μικροχλωρίδα του εντέρου σε ασθενείς με περιτοναϊκή κάθαρση. μια τυχαιοποιημένη ανοιχτή ελεγχόμενη δοκιμή. PLoS ONE 2017, 12, e0184789.

18. Sabatino, Α.; Ρεγολιστής, Γ.; Cosola, C.; Gesualdo, L.; Fiaccadori, Ε. Εντερική Μικροβίωση σε Διαβήτη Τύπου 2 και Χρόνια Νεφρική Νόσο. Curr. Diabetes Rep. 2017, 17, 16.

19. Felizardo, RJF; Castoldi, Α.; Andrade-Oliveira, V.; Câmara, NOS Η μικροχλωρίδα και οι χρόνιες νεφρικές παθήσεις: Ένα δίκοπο μαχαίρι. Clin. Μετάφρ. Immunol. 2016, 5, ε86. 20. Wong, J.; Piceno, YM; DeSantis, TZ; Pahl, Μ.; Andersen, GL; Vaziri, ND Επέκταση του εντερικού μικροβιώματος που περιέχει ουρεάση και ουρικάση, σχηματισμός ινδόλης και π-κρεσόλης και συστολή εντερικών μικροβίων βραχείας αλυσίδας που παράγουν λιπαρά οξέα σε ESRD. Είμαι. J. Nephrol. 2014, 39, 230–237.

21. Le Chatelier, Ε.; Nielsen, Τ.; Qin, J.; Πρίφτη, Ε.; Hildebrand, F.; Falony, G.; Almeida, Μ.; Arumugam, Μ.; Batto, J.-M.; Kennedy, S.; et al. Ο πλούτος του μικροβιώματος του ανθρώπινου εντέρου συσχετίζεται με μεταβολικούς δείκτες. Nature 2013, 500, 541–546.

22. de Andrade, LS; Ramos, CI; Cuppari, L. Η διασταύρωση μεταξύ του νεφρού και του εντέρου: Επιπτώσεις για τη χρόνια νεφρική νόσο. Nutrire 2017, 42, 27.

23. Βαζίρη, Ν.Δ. Wong, J.; Pahl, MV; Piceno, YM; Yuan, J.; DeSantis, TZ; Νί, Ζ.; Nguyen, Τ.-Η.; Andersen, GL Η χρόνια νεφρική νόσος μεταβάλλει τη μικροβιακή χλωρίδα του εντέρου. Kidney Int. 2013, 83, 308–315.

24. Martinez-Castelao, A.; Navarro-Gonzalez, JF; Gorriz, JL; de Alvaro, F. Η έννοια και η επιδημιολογία της διαβητικής νεφροπάθειας έχουν αλλάξει τα τελευταία χρόνια. J. Clin. Med. 2015, 4, 1207–1216.

25. Θεμέλιο, ΝΚ ΑΚΡ.

26. Go, AS; Chertow, GM; Fan, D.; McCulloch, CE; Hsu, C.-Y. Χρόνια Νεφρική Νόσος και Κίνδυνοι Θανάτου, Καρδιαγγειακά Συμβάντα και Νοσηλεία. N. Engl. J. Med. 2004, 351, 1296–1305.

27. Zhang, J.; Kobert, Κ.; Flouri, Τ.; Σταματάκης, Α. ΑΧΛΑΔΙ: Μια γρήγορη και ακριβής συγχώνευση αναγνωστικής ανάγνωσης με ζεύγη τέλους Illumina. Βιοπληροφορική 2014, 30, 614–620.

28. Caporaso, JG; Kuczynski, J.; Stombaugh, J.; Bittinger, Κ.; Bushman, FD; Costello, EK; Fierer, Ν.; Peña, AG; Goodrich, JK; Gordon, JI; et al. Το QIIME επιτρέπει την ανάλυση δεδομένων αλληλουχίας κοινότητας υψηλής απόδοσης. Nat. Methods 2010, 7, 335–336.

29. Edgar, RC Αναζήτηση και ομαδοποίηση τάξεων μεγέθους ταχύτερα από το BLAST. Bioinformatics 2010, 26, 2460–2461.

30. Edgar, RC; Haas, BJ; Clemente, JC; Quince, C.; Ο Knight, R. UCHIME βελτιώνει την ευαισθησία και την ταχύτητα ανίχνευσης χίμαιρας. Bioinformatics 2011, 27, 2194–2200.

31. Edgar, RC UPARSE: Αλληλουχίες OTU υψηλής ακρίβειας από μετρήσεις μικροβιακού αμπλικονίου. Nat. Methods 2013, 10, 996–998.

32. DeSantis, TZ; Hugenholtz, Ρ.; Larsen, Ν.; Rojas, Μ.; Brodie, EL; Keller, Κ.; Huber, Τ.; Dalevi, D.; Hu, Ρ.; Andersen, GL Greengenes, μια βάση δεδομένων γονιδίων 16S rRNA ελεγμένη χίμαιρα και πάγκος εργασίας συμβατός με το ARB. Appl. Περιβάλλω. Microbiol. 2006, 72, 5069–5072.

33. McMurdie, PJ; Holmes, S. phyloseq: An R Package for Reproducible Interactive Analysis and Graphics of Microbiome Census Data. PLoS ONE. 2013, 8, e61217.

34. Shannon, CE A Mathematical Theory of Communication. Bell Syst. Τεχν. J. 1948, 27, 379–423.

35. Bauer, DF Κατασκευάζοντας σύνολα εμπιστοσύνης με χρήση στατιστικών κατάταξης. Μαρμελάδα. Στατ. Αναπλ. 1972, 67, 687.

36. Lozupone, C.; Knight, R. UniFrac: Μια νέα φυλογενετική μέθοδος για τη σύγκριση των μικροβιακών κοινοτήτων. Appl. Περιβάλλω. Microbiol. 2005, 71, 8228–8235.

37. Lozupone, C.; Lladser, ME; Knights, D.; Stombaugh, J.; Knight, R. UniFrac: Μια αποτελεσματική μέτρηση απόστασης για σύγκριση μικροβιακής κοινότητας. ISME J. 2011, 5, 169–172.

38. Oksanen, J.; Kindt, R.; Legendre, Ρ.; O'Hara, Β.; Simpson, GL; Σόλυμος, Π.; Stevens, MHH; Eduard Szoecs, Ε.; Wagner, H. Vegan: Community Ecology Package. Έκδοση πακέτου R 1.13-12. 2008.

39. Gurung, Μ.; Li, Ζ.; Εσύ, H.; Rodrigues, R.; Jump, DB; Morgan, Α.; Shulzhenko, N. Ρόλος της μικροχλωρίδας του εντέρου στην παθοφυσιολογία του διαβήτη τύπου 2. EBioMedicine 2020, 51, 102590.

40. Sircana, Α.; Framarin, L.; Leone, Ν.; Berrutti, Μ.; Castellino, F.; Parente, R.; De Michieli, F.; Paschetta, Ε.; Musso, G. Αλλοιωμένη μικροχλωρίδα του εντέρου στον διαβήτη τύπου 2: Απλά μια σύμπτωση; Curr. Diabetes Rep. 2018, 18, 98.

41. Βαζίρη, Ν.Δ. Yuan, J.; Nazertehrani, S.; Νί, Ζ.; Liu, S. Η χρόνια νεφρική νόσος προκαλεί διαταραχή του γαστρικού και του λεπτού εντέρου του επιθηλιακού συνδέσμου. Είμαι. J. Nephrol. 2013, 38, 99–103.

42. Rinninella, Ε.; Raoul, Ρ.; Cintoni, Μ.; Franceschi, F.; Miggiano, GAD; Gasbarrini, Α.; Mele, MC Τι είναι η σύνθεση υγιούς μικροβίωσης του εντέρου; Ένα μεταβαλλόμενο οικοσύστημα σε σχέση με την ηλικία, το περιβάλλον, τη διατροφή και τις ασθένειες. Microorganisms 2019, 7, 14.

43. Bammens, Β.; Verbeke, Κ.; Vanrenterghem, Υ.; Evenepoel, P. Στοιχεία για μειωμένη αφομοίωση πρωτεΐνης σε χρόνια νεφρική ανεπάρκεια. Kidney Int. 2003, 64, 2196–2203.

44. Moraes, C.; Fouque, D.; Amaral, AC; Mafra, D. Trimethylamine N-Oxide from Gut Microbiota in Chronic Kidney Disease Patients: Focus on Diet. J. Ren. Nutr. 2015, 25, 459–465.

45. Montemurno, Ε.; Cosola, C.; Dalfifino, G.; Daidone, G.; De Angelis, Μ.; Gobbetti, Μ.; Gesualdo, L. Τι θα θέλατε να φάτε, κύριε CKD Microbiota; Μεσογειακή διατροφή, παρακαλώ! Πρέσσα αίματος νεφρών. Res. 2014, 39, 114–123.

46. ​​Gradisteanu, G.; Stoica, R.; Petcu, L.; Picu, Α.; Suceveanu, Α.; Salmen, Τ.; Stefan, D.; Serafifinceanu, C.; Chififiriuc, MC; Stoian, AP Microbiota signatures σε διαβητικούς τύπου-2 ασθενείς με χρόνια νεφρική νόσο — Πιλοτική μελέτη. J. Mind Med Sci. 2019, 6, 130–136.

47. Li, F.; Wang, Μ.; Wang, J.; Li, R.; Zhang, Y. Αλλαγές στη μικροχλωρίδα του εντέρου και η συσχέτιση τους με φλεγμονώδεις παράγοντες στη χρόνια νεφρική νόσο. Εμπρός. Κύτταρο. Μολύνω. Microbiol. 2019, 9, 206.

48. Yacoub, R.; Nadkarni, GN; McSkimming, DI; Chaves, LD; Abyad, S.; Bryniarski, MA; Honan, AM; Thomas, SA; Gowda, Μ.; Αυτός, JC; et al. Ανάλυση μικροβίων κοπράνων ασθενών με πολυκυστική νεφρική νόσο σύμφωνα με τη νεφρική λειτουργία: Πιλοτική μελέτη. Exp. Biol. Med. 2019, 244, 505–513.

49. Precup, G.; Vodnar, D.-C. Το Gut Prevotella ως πιθανός βιοδείκτης της δίαιτας και οι ευβιοτικοί του ρόλοι έναντι των δυσβιοτικών: Μια ολοκληρωμένη βιβλιογραφική ανασκόπηση. Br. J. Nutr. 2019, 122, 131–140.

50. den Besten, G.; van Eunen, Κ.; Groen, ΑΚ; Venema, Κ.; Reijngoud, DJ; Bakker, BM Ο ρόλος των λιπαρών οξέων βραχείας αλυσίδας στην αλληλεπίδραση μεταξύ της διατροφής, της μικροχλωρίδας του εντέρου και του ενεργειακού μεταβολισμού του ξενιστή. J. Lipid Res. 2013, 54, 2325–2340.

51. Peng, L.; Li, ZR; Πράσινο, RS; Holzman, IR; Το Lin, J. Butyrate ενισχύει τον εντερικό φραγμό διευκολύνοντας τη συναρμολόγηση σφιχτού συνδέσμου μέσω ενεργοποίησης της ενεργοποιημένης με AMP πρωτεϊνική κινάση σε μονοστοιβάδες κυττάρων Caco-2. J. Nutr. 2009, 139, 1619–1625.

52. Keku, TO; Dulal, S.; Deveaux, Α.; Jovov, Β.; Han, X. Η γαστρεντερική μικροχλωρίδα και ο καρκίνος του παχέος εντέρου. Είμαι. J. Physiol. ήπατος Physiol. 2015, 308, G351–G363.

53. Staples, Α.; Wong, C. Παράγοντες κινδύνου για την εξέλιξη της χρόνιας νεφρικής νόσου. Curr. Γνώμη. Παιδιατρ. 2010, 22, 161–169.

54. Wing, MR; Ραμεζάνη, Α.; Gill, HS; Devaney, JM; Raj, DS Επιγενετική της εξέλιξης της χρόνιας νεφρικής νόσου: Γεγονός ή φαντασία; Σεμιν. Nephrol. 2013, 33, 363-374.

55. Sabatino, Α.; Ρεγολιστής, Γ.; Brusasco, Ι.; Cabassi, Α.; Morabito, S.; Fiaccadori, E. Αλλοιώσεις του εντερικού φραγμού και της μικροχλωρίδας στη χρόνια νεφρική νόσο. Nephrol. Καντράν. Μεταμόσχευση. 2014, 30, 924–933.

56. Hand, TW; Vujkovic-Cvijin, I.; Ridaura, VK; Belkaid, Y. Συνδέοντας τη μικροβιακή, τη χρόνια ασθένεια και το ανοσοποιητικό σύστημα. Τάσεις Endocrinol. Metab. 2016, 27, 831–843.

57. Rossi, Μ.; Campbell, KL; Johnson, DW; Stanton, Τ.; Vesey, DA; Coombes, JS; Weston, KS; Hawley, CM; McWhinney, BC; Ungerer, JP; et al. Ουραιμικές τοξίνες που συνδέονται με την πρωτεΐνη, φλεγμονή και οξειδωτικό στρες: Μια συγχρονική μελέτη στο στάδιο 3-4 της χρόνιας νεφρικής νόσου. Αψίδα. Med Res. 2014, 45, 309–317.

58. Darisipudi, MN; Knauf, F. Μια ενημέρωση για το ρόλο του φλεγμονώδους σώματος στην παθογένεση των νεφρικών παθήσεων. Παιδιατρ. Nephrol. 2015, 31, 535–544.

59. Τορίνο, TC; Tonelli, Μ.; Manns, BJ; Ahmed, SB; Ravani, Ρ.; James, Μ.; Hemmelgarn, BR Δια βίου κίνδυνος ESRD. Μαρμελάδα. Soc. Nephrol. 2012, 23, 1569–1578.

ΓΙΑ ΠΕΡΙΣΣΟΤΕΡΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΕΣ:david.deng@wecistanche.com