Μελέτη της Ένωσης σε όλο το γονιδίωμα προσδιορίζει νέους τόπους για νεφρική νόσο τελικού σταδίου που αποδίδεται στον διαβήτη τύπου 2 σε Αφροαμερικανούς
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik. , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* και την Κοινοπραξία FIND
Αφηρημένη
Ιστορικό: Τελικό στάδιονεφρόνόσος(ESKD) είναι μια σημαντική ανησυχία για τη δημόσια υγεία που επηρεάζει δυσανάλογα τους Αφροαμερικανούς (ΑΑ). Ο διαβήτης τύπου 2 (T2D) είναι η κύρια αιτία ESKD στις ΗΠΑ και οι προσπάθειες για την αποκάλυψη της γενετικής ευαισθησίας στη διαβητική νεφρική νόσο (DKD) είχαν περιορισμένη επιτυχία. Μια προηγούμενη μελέτη συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα (GWAS) σε AA με T2D-ESKD επεκτάθηκε με επιπλέον περιπτώσεις AA και ελέγχους και γονότυπους που καταλογίστηκαν στο πλαίσιο αναφοράς 1000 Genomes υψηλότερης πυκνότητας. Η ανάλυση ανακάλυψης περιελάμβανε 3432 περιπτώσεις T2D-ESKD και 6977 μη διαβητικούς ελέγχους μη νεφροπάθειας (N = 10,409), ακολουθούμενη από ανάλυση διάκρισης σε 2756 ελέγχους μη νεφροπάθειας T2D για τον αποκλεισμό παραλλαγών που σχετίζονται με το T2D.
Αποτελέσματα:Έξι ανεξάρτητες παραλλαγές που βρίσκονται μέσα ή κοντάRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, καιΑΠΟΛ1πέτυχε σημαντική συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα (P <5×>−8) με T2D-ESKD. Μετά από αναλύσεις επέκτασης το 1910μη διαβητικούςΠεριπτώσεις ESKD και 908 μη διαβητικοί μάρτυρες μη νεφροπάθειας, μια μετα-ανάλυση 5342 περιπτώσεων AA για όλες τις αιτίες ESKD και 6977 AA μη διαβητικούς μη-νεφροπάθειας ελέγχους αποκάλυψε μια πρόσθετη νέα θέση ESKD για όλες τις αιτίες σεEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; Ή=1.94). Ο αποκλεισμός τωνΑΠΟΛ1φορείς γονότυπου νεφρικού κινδύνου εντόπισαν δύο επιπλέον σημαντικούς τόπους που σχετίζονται με το T2D-ESKD σε όλο το γονιδίωμα στοGRAMD3καιMGAT4C. Μια δεύτερη παραλλαγή στοGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, Ή=1.46) παρέμεινε συνδεδεμένη με το ESKD για όλες τις αιτίες στοΑΠΟΛ1-αρνητική ανάλυση.
Συμπεράσματα:Τα ευρήματα παρέχουν περαιτέρω στοιχεία για γενετικούς παράγοντες που σχετίζονται με προχωρημένη νεφρική νόσο σε AA με T2D.
Λέξεις-κλειδιά:Αφροαμερικανοί, μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος, διαβήτης τύπου 2, διαβητική νεφρική νόσο,Νεφροπάθεια τελικού σταδίου
Για περισσότερες πληροφορίες επικοινωνήστε με:emily.li@wecistanche.com
Εισαγωγή
Όλο και περισσότερα στοιχεία δείχνουν ότι οι γενετικοί παράγοντες παίζουν σημαντικό ρόλο στην ευαισθησία στο τελικό στάδιονεφρόνόσος(ΕΣΚΔ). Αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό στους Αφροαμερικανούς (ΑΑ) όπου τα ποσοστά επίπτωσης του ESKD είναι περισσότερο από τρεις φορές μεγαλύτερα από τους Ευρωπαίους Αμερικανούς (ΕΑ) [1]. Τα ποσοστά θνησιμότητας για ασθενείς με ESKD, αιμοκάθαρση και μεταμόσχευση είναι 136, 166 και 30 ανά 1000 ασθενο-έτη, αντίστοιχα, και αντιστοιχούν στο 7,2 τοις εκατό του κόστους αξιώσεων που καταβάλλονται από το Medicare [1]. Ο διαβήτης, από τους οποίους το 95 τοις εκατό των ασθενών έχουν διαβήτη τύπου 2 (T2D), παραμένει η κύρια αναφερόμενη αιτία ESKD στις ΗΠΑ και αντιπροσωπεύει > 44 τοις εκατό των περιπτώσεων [1]. Οι βελτιώσεις στον έλεγχο του γλυκαιμικού, των λιπιδίων και της αρτηριακής πίεσης δεν έχουν μειώσει σημαντικά τον επιπολασμό του διαβητικούνεφρόνόσος(DKD) [1, 2]. Επιπλέον, η οικογενειακή συσσώρευση DKD είναι ανεξάρτητη από την κοινωνικοοικονομική κατάσταση και τους καθιερωμένους περιβαλλοντικούς παράγοντες κινδύνου [3, 4]. Αν και τα αλληλόμορφα G1 και G2 στο γονίδιο της απολιποπρωτεΐνης L1 (APOL1) συμβάλλουν στο 50-70 τοις εκατό της μη διαβητικής ESKD στα AA, δεν εξηγούν πλήρως τον υπερβολικό κίνδυνο ESKD που αποδίδεται στο T2D (T2D-ESKD) σε αυτόν τον πληθυσμό. 5–7].
Μελέτες συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα (GWAS) έχουν εντοπίσει > 70 σημαντικές παραλλαγές σε όλο το γονιδίωμα που σχετίζονται με χρόνιανεφρόνόσος(ΧΝΝ), λευκωματουρία ή νεφρική λειτουργία σε πληθυσμούς ευρωπαϊκής καταγωγής [8-11]. Ωστόσο, λίγοι τόποι συσχετίστηκαν με DKD σε διαφορετικούς πληθυσμούς και δεν αναπαράγονται με συνέπεια, εν μέρει λόγω των περιορισμένων μεγεθών του δείγματος [12-18]. Η αιτιολογία των νεφρικών επιπλοκών σε ασθενείς με ΣΔ2 είναι πιθανώς πιο ετερογενής από ότι σε ασθενείς με διαβήτη τύπου 1 [16]. Επομένως, απαιτείται προσεκτικός προσδιορισμός φαινοτύπων και μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων για τη βελτίωση της στατιστικής ισχύος. Για να διερευνήσουμε τη γενετική αρχιτεκτονική της προχωρημένης νεφρικής νόσου στην T2D, επεκτείναμε τις προηγούμενες προσπάθειες GWAS (2890 ασθενείς ESKD και 1719 μη διαβητικούς μη νεφροπαθείς μάρτυρες) σε ένα μεγαλύτερο δείγμα AA με σοβαρήνεφρόνόσος. Πραγματοποιήθηκαν αναλύσεις συσχέτισης σε έξι ανεξάρτητες ομάδες ΑΑ (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; και Ανάπτυξη Κινδύνου Στεφανιαίας Αρτηρίας σε Νέους Ενήλικες, CARDIA) για T2D-ESKD ή μη διαβητικό ESKD μέσω σχεδιασμού μελέτης πολλαπλών σταδίων (Εικ. 1). Αυτό περιελάμβανε 15.075 AA ταξινομημένα σε τέσσερις φαινοτυπικές ομάδες: περιπτώσεις T2D-ESKD (N {= 3432), μη διαβητικούς ελέγχους μη νεφροπάθειας (N=6977), μάρτυρες νεφροπάθειας με έλλειψη T2D (N {{16} }), και περιπτώσεις μη διαβητικού ESKD (N=1910).
Στο στάδιο της ανακάλυψης, το GWAS πραγματοποιήθηκε σε 3432 περιπτώσεις T2D-ESKD και 6977 μη διαβητικούς μάρτυρες μη νεφροπάθειας, ακολουθούμενο από ανάλυση διάκρισης για να αποκλειστούν οι σχετιζόμενοι με T2D τόποι σε 2756 μάρτυρες T2D μη νεφροπάθειας. Πραγματοποιήθηκαν αναλύσεις επέκτασης σε 1910 AA με μη διαβητικούς ESKD και 908 μη-νεφροπαθητικούς ελέγχους για να εκτιμηθεί η συμβολή των τόπων που σχετίζονται με T2D-ESKD σε μη διαβητικούςνεφρόνόσος. Μια μετα-ανάλυση περιπτώσεων διαβητικού και μη διαβητικού ESKD αξιολόγησε γενετικές συσχετίσεις σε ESKD όλων των αιτιών. APOL1-σχετικές μορφές μη διαβητικώννεφρόνόσοςκαι T2D συχνά συνυπάρχουν σε ασθενείς. Ως εκ τούτου, πολλοί διαβητικοί ασθενείς μενεφρόνόσοςμπορεί να ταξινομηθεί εσφαλμένα ότι έχει DKD, καθώς είναι διαγνωστικόνεφρόβιοψίες συνήθως δεν γίνονται. Εδώ, πραγματοποιήθηκε μια δεύτερη ανάλυση GWAS που εξαιρούσε άτομα με γονότυπους νεφρικού κινδύνου APOL1 για να ελαχιστοποιηθεί η εσφαλμένη ταξινόμηση του T2D-ESKD.
Αποτελέσματα
Επισκόπηση μελέτης
Αυτή η μελέτη έχει > 80 τοις εκατό ισχύ για την ανίχνευση κοινών παραλλαγών (MAF Μεγαλύτερο ή ίσο με 0,10) με μέτριο αποτέλεσμα (Ή Μεγαλύτερο ή ίσο με 1,3) σε επίπεδο σημαντικότητας 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). Συνολικά, επτά σημαντικοί τόποι σε όλο το γονιδίωμα (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Κλινικά χαρακτηριστικά των συμμετεχόντων στη μελέτη
Οι πίνακες 1 και 2 περιλαμβάνουν λεπτομερή χαρακτηριστικά των συμμετεχόντων στη μελέτη. Οι περιπτώσεις ESKD στρατολογήθηκαν από τις μελέτες WFSM (Affy6.0, Axiom και MEGA), FIND και ARIC. Τα άτομα με νεφροπάθεια T2D-ESKD ή έλλειψη T2D ήταν μεγαλύτερα (ή παρόμοιας ηλικίας) σε σύγκριση με τους μη διαβητικούς μάρτυρες μη νεφροπάθειας κατά την πρόσληψη. Ωστόσο, η μέση ηλικία κατά τη διάγνωση της T2D σε περιπτώσεις T2D-ESKD και μάρτυρες νεφροπάθειας με έλλειψη T2D ήταν μικρότερη από τους μη διαβητικούς μάρτυρες μη νεφροπάθειας κατά την πρόσληψη. Όλοι οι μάρτυρες μη νεφροπάθειας T2D και οι μη διαβητικοί, μη νεφροπαθείς μάρτυρες είχαν φυσιολογικό eGFR Μεγαλύτερο ή ίσο με 60 ml/min/1,73m2. Επιπλέον, οι μη διαβητικοί μάρτυρες μη νεφροπάθειας είχαν επίπεδα γλυκόζης νηστείας < 126="" mg/dl.="" οι="" μάρτυρες="" με="" νεφροπάθεια="" έλλειψης="" t2d="" ήταν="" πιο="" παχύσαρκοι="" από="" τις="" περιπτώσεις="" t2d-eskd="" ή="" μη="" διαβητικούς="" eskd="" και="" οι="" μάρτυρες="" μη="" διαβητικού,="" μη="" νεφροπάθειας,="" εκτός="" από="" το="" ότι="" οι="" περιπτώσεις="" t2d-eskd="" στο="" aric,="" ήταν="" πιο="" παχύσαρκοι="" από="" τις="" άλλες="">
Στάδιο 1 και στάδιο 2 Ανάλυση συσχέτισης T2D-ESKD
Στην ανακάλυψη του σταδίου 1, το GWAS διεξήχθη χωριστά σε τρία σύνολα δεδομένων: (1) 1513 περιπτώσεις T2D-ESKD και 5299 μη διαβητικούς μη-νεφροπαθητικούς ελέγχους που προσδιορίστηκαν με γονότυπο στο Affy6.0, με συνεισφορά των WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA και CARDIA (στάδιο 1α). (2) 1700 περιπτώσεις T2D-ESKD και 770 μάρτυρες μη διαβητικής μη νεφροπάθειας από το WFSM με γονότυπο με συστοιχία γονότυπου Axiom Biobank (στάδιο 1β). και (3) 219 περιπτώσεις T2D-ESKD και 908 μη διαβητικοί, μη νεφροπαθείς έλεγχοι από WFSM γονότυπου σε MEGA (στάδιο 1γ). Πραγματοποιήθηκε μια μετα-ανάλυση (στάδιο 2) για να συνδυαστούν τα αποτελέσματα συσχέτισης για 3432 περιπτώσεις T2D-ESKD και 6977 μη διαβητικούς, μη νεφροπαθητικούς ελέγχους από τα στάδια 1a, 1b και 1c. Ένας συντελεστής πληθωρισμού λ 1,013 παρατηρήθηκε μετά τη διόρθωση για γονιδιωματικό έλεγχο (Επιπλέον αρχείο 1: Εικόνα S1), υποδηλώνοντας ότι η δομή του πληθυσμού και η κρυπτική συνάφεια είχαν προσαρμοστεί επαρκώς. Μεταξύ των παραλλαγών που επιδεικνύουν υποδηλωτικές συσχετίσεις (P < 1="" ×="" 10−5="" ),="" 59="" παραλλαγές="" με="" i2="" μεγαλύτερο="" ή="" ίσο="" με="" 80="" τοις="" εκατό="" αποκλείστηκαν="" λόγω="" της="" υψηλής="" ετερογένειας="" στα="" μεγέθη="" των="" αποτελεσμάτων="" σε="" όλες="" τις="" μελέτες.="" συνολικά="" 478="" υπόλοιπες="" παραλλαγές="" αξιολογήθηκαν="" σε="" μια="" ανάλυση="" διάκρισης="" (81="" από="" αυτές="" πέτυχαν="" σημασία="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα·="" πρόσθετο="" αρχείο="" 1:="" πίνακας="">
Στάδιο 3 ανάλυση διάκρισης
Για να προσδιοριστεί εάν οι συσχετίσεις T2D-ESKD που εντοπίστηκαν στη μετα-ανάλυση του σταδίου 1 οφείλονταν στη συσχέτιση με το T2D per se, διεξήχθη ανάλυση διάκρισης για T2D που αντιπαραβάλλουν 2756 AAs με T2D-έλλειμμα nephrop athy με 6977 μη διαβητικούς ελέγχους μη νεφροπάθειας από το στάδιο 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; Πρόσθετο αρχείο 1: Πίνακας S3). Στη συνέχεια αποκλείσαμε 174 από τις 478 παραλλαγές που σχετίζονται με το T2D-ESK D που ονομαστικά σχετίζονται με το T2D απουσία νεφροπάθειας. Μεταξύ των υπόλοιπων συσχετισμών T2D-ESKD, οι κορυφαίες παραλλαγές που αντιπροσωπεύουν 6 ανεξάρτητες ενώσεις πέτυχαν σημασία σε όλο το γονιδίωμα (Πίνακας 3, Εικ. 2α). Η ισχυρότερη συσχέτιση παρατηρήθηκε για το rs9622363 που βρίσκεται στο APOL1 (P=1.42 × 10−10, OR=0.77, EAF=0.45). Αυτή η παραλλαγή βρισκόταν σε ανισορροπία μέτριας σύνδεσης (r2=0.33 και 0,34, αντίστοιχα στο YRI) με τα αλληλόμορφα APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319) που σχετίζονται με μη διαβητική ESKD [6]. Ο δεύτερος ισχυρότερος συσχετισμός ήταν στο rs58627064, μια διαγονιδιακή παραλλαγή που βρίσκεται κοντά στο SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, OR=1.62, EAF=0.06). Δύο ανεξάρτητα σήματα, rs142563193 (P=1.24 × 10−8 , OR=0.74, EAF=0.23) και rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , Ή=2.26, EAF=0.02) στο χρωμόσωμα 17 που βρίσκεται κοντά στο ENPP7, αντίστοιχα, ήταν επίσης σημαντικά σε όλο το γονιδίωμα. Επιπλέον, δύο συσχετίσεις με το T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , OR=1.67, EAF=0.05) που βρίσκονται στο GNG7 και το rs72858591 (P Ταυτοποιήθηκαν=4.54 × 10−8, Ή=1.43, EAF=0.10) που βρίσκονται στο RND3/RBM43 (Εικ. 1α).
Στάδιο 4 ανάλυση μη διαβητικού ESKD και στάδιο 5 μετα-ανάλυση ESKD για όλες τις αιτίες
Μετά το στάδιο της διάκρισης, 304 παραλλαγές που παρουσίαζαν υποδηλωτική συσχέτιση με το T2D-ESKD (P <1 ×="" 10−5)="" δοκιμάστηκαν="" σε="" 1910="" ανεξάρτητες="" μη="" διαβητικές="" περιπτώσεις="" eskd="" και="" 908="" μάρτυρες="" από="" το="" στάδιο="" 1c.="" ο="" στόχος="" της="" ανάλυσης="" σταδίου="" 4="" ήταν="" να="" αξιολογήσει="" τη="" συμβολή="" των="" τόπων="" που="" σχετίζονται="" με="" το="" t2d-eskd="" σε="" μη="">νεφρόνόσος. Μετά τον αποκλεισμό παραλλαγών με ετερογένεια I2 Μεγαλύτερη ή ίση με 80 τοις εκατό, 25 παραλλαγές συσχετίστηκαν ονομαστικά με μη διαβητική ESKD (P <0,05). ισχυρές="" συσχετίσεις="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" παρατηρήθηκαν="" στην="" περιοχή="" apol1-myh9,="" επιβεβαιώνοντας="" το="" ρόλο="" τους="" σε="" μη="">νεφρό νόσος. Διεξήχθη μια μετα-ανάλυση ESKD για όλες τις αιτίες, συμπεριλαμβανομένων 5342 ελέγχων για όλες τις αιτίες ESKD και 6977 μη διαβητικού μη-νεφροπαθητικού ελέγχου, για να αξιολογηθεί η γενίκευση των 25 παραλλαγών που σχετίζονται με το T2D-ESKD με ευρύτερες μορφές ESKD (στάδιο 5). Τριάντα πέντε σημαντικές παραλλαγές σε όλο το γονιδίωμα σε δύο τόπους βρέθηκαν να συσχετίζονται με ESKD κάθε αιτίας, συμπεριλαμβανομένων 15 παραλλαγών εντός ή κοντά στο EFNB2 και 20 παραλλαγών στο APOL1 (Εικ. 1β). Η κορυφαία συσχέτιση στο APOL1 ήταν rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43) και το κορυφαίο σήμα κοντά στο EFNB2 ήταν rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , Ή=1.94, EAF=0.023) (Πίνακας 4, Εικ. 2β). Τέσσερις επιπλέον ανεξάρτητοι τόποι κατέδειξαν υποδηλωτική συσχέτιση (P < 5="" ×="" 10−6="" )="" με="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες="" σε="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" και="" sybu/kcnv1="" (πίνακας="" 4,="" εικ.="">
Ανάλυση συσχέτισης εξαιρουμένων των φορέων γονότυπου νεφρικού κινδύνου APOL1
Πραγματοποιήθηκε μια δευτερεύουσα ανάλυση εξαιρουμένων των φορέων γονότυπου νεφρικού κινδύνου APOL1 σε περιπτώσεις T2D-ESKD και μη διαβητικών μη-νεφροπαθειών ελέγχου (APOL1-αρνητικό μοντέλο) για εμπλουτισμό για ESKD που σχετίζεται με T2D. Το βασικό μοντέλο έδειξε ισχυρή συσχέτιση του APOL1 και του MYH9 με το T2D-ESKD (Πίνακας 3, Εικ. 1α) υποδηλώνοντας ότι ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να είχαν ταξινομηθεί εσφαλμένα και πιο πιθανό να είχαν μη διαβητική ESKD. Συνολικά 664 περιπτώσεις T2D-ESKD και 918 μη διαβητικοί μάρτυρες μη νεφροπάθειας εξαιρέθηκαν από την ανάλυση σταδίου 1, αφήνοντας 2768 περιπτώσεις T2D-ESKD και 6059 μάρτυρες στο αρνητικό μοντέλο APOL1-. Ονομαστικές συσχετίσεις με T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10−5="" )="" παρατηρήθηκαν="" με="" 522="" παραλλαγές="" (66="" από="" αυτές="" πέτυχαν="" σημασία="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα·="" πρόσθετο="" αρχείο="" 1:="" πίνακας="" s2)="" και="" αυτές="" επιλέχθηκαν="" για="" ανάλυση="" διάκρισης="" στο="" στάδιο="" 3.="" διακόσιες="" είκοσι="" τρεις="" παραλλαγές="" που="" είχαν="" στοιχεία="" συσχέτισης="" με="" το="" t2d="" per="" se="" (επιπλέον="" αρχείο="" 1:="" πίνακας="" s4)="" και="" 24="" παραλλαγές="" που="" έδειχναν="" ισχυρή="" ετερογένεια="" (i2="" μεγαλύτερο="" ή="" ίσο="" με="" 80)="" στη="" μετα-ανάλυση="" αφαιρέθηκαν.="" μεταξύ="" των="" σημαντικών="" παραλλαγών="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" που="" εντοπίστηκαν="" στο="" βασικό="" μοντέλο,="" το="" rs142671759="" στο="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" έδειξε="" συνεπής="" συσχέτιση="" με="" το="" t2d-eskd="" στο="" αρνητικό="" μοντέλο="" apol1-.="" δύο="" πρόσθετες="" παραλλαγές="" έφτασαν="" σε="" σημασία="" για="" όλο="" το="" γονιδίωμα,="" η="" rs75029938="" στο="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9,="" or="1.89," eaf="0.042)" και="" η="" rs17577888="" στην="" περιοχή="" mgat4c="" (p="3.87" ×="" 10−8="" ,="" or="0.67," eaf="0.087)" (πίνακας="" 5,="" εικ.="">
Περαιτέρω εξετάσαμε 275 ενδεικτικές συσχετίσεις T2D-ESKD που πέρασαν τη διάκριση και είχαν I2 < 80="" σε="" 1019="" επιπλέον="" περιπτώσεις="" aa="" μη="" διαβητικού="" eskd="" που="" απέκλεισαν="" τους="" φορείς="" γονότυπου="" νεφρικού="" κινδύνου="" apol1.="" δεκαπέντε="" παραλλαγές="" έδειξαν="" ονομαστικά="" στοιχεία="" συσχέτισης="" με="" μη="" διαβητική="" eskd.="" αυτά="" στη="" συνέχεια="" δοκιμάστηκαν="" σε="" μια="" μετα-ανάλυση="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες,="" συμπεριλαμβανομένων="" 3787="" περιπτώσεων="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες="" και="" 6059="" μη="" διαβητικούς="" μη="" νεφροπαθητικού="" ελέγχου,="" από="" τους="" οποίους="" οι="" φορείς="" γονότυπου="" νεφρικού="" κινδύνου="" apol1="" εξαιρέθηκαν.="" μια="" 2-διαγραφή="" ζεύγους="" βάσεων="" στο="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8="" ,="" or="1.46," eaf="0.11)," που="" επιτεύχθηκε="" σε="" όλο="" το="" γονιδίωμα="" σημαντική="" συσχέτιση="" με="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες="" (εικ.="" 3β).="" επτά="" επιπλέον="" τόποι="" εμφάνισαν="" ονομαστική="" συσχέτιση="" με="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες="" (p="">< 5="" ×="" 10−6="" ),="" συμπεριλαμβανομένων="" των="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" και="" sulf22/="" (πίνακας="" 6).="" οι="" κορυφαίες="" συσχετίσεις="" από="" το="" βασικό="" μοντέλο="" είχαν="" μέτρια="" ασημαντότητα="" εξασθένησης,="" παρά="" τα="" παρόμοια="" μεγέθη="" επιδράσεων,="" εν="" μέρει="" λόγω="" του="" μειωμένου="" μεγέθους="" δείγματος="" (επιπλέον="" αρχείο="" 1:="" πίνακας="" s5).="" επιπλέον,="" πραγματοποιήθηκε="" ένα="" τρίτο="" gwas="" με="" το="" apol1="" να="" περιλαμβάνεται="" ως="" συμμεταβλητή="" στο="" μοντέλο="" (apo="" l{1-προσαρμοσμένο="" μοντέλο)="" και="" συγκρίνοντας="" τιμές="" −log="" (p)="" με="" βασικά="" και="" αρνητικά="" μοντέλα="" apol1-.="" παρατηρήθηκε="" υψηλή="" συσχέτιση="" (συντελεστής="" συσχέτισης="" ατόμου="" r="0.95)" μεταξύ="" των="" μοντέλων="" apol{1-προσαρμοσμένων="" και="" apol1--="" αρνητικών.="" τα="" αποτελέσματα="" και="" των="" τριών="" συγκρίσεων="" περιλαμβάνονται="" στη="" συμπληρωματική="" τεκμηρίωση="" (επιπλέον="" αρχείο="" 1:="" εικόνα="">
Συζήτηση
Αναφέρουμε τα αποτελέσματα ενός GWAS υψηλής πυκνότητας που διερευνά τη γενετική ευαισθησία στο T2D-ESKD σε 15.075 AA. Οι κορυφαίες παραλλαγές που σχετίζονται με το T2D-ESKD αξιολογήθηκαν στη συνέχεια για συσχέτιση με μη διαβητικό ESKD και πραγματοποιήθηκε μετα-ανάλυση για να ελεγχθεί η γενίκευσή τους σε κοινές μορφές ESKD. Οκτώ ανεξάρτητες συσχετίσεις σε επτά γενετικούς τόπους εμφάνισαν σημαντική συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα με το T2D-ESKD στα βασικά ή APOL{12}αρνητικά μοντέλα, συμπεριλαμβανομένων των RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 και MGAT4C. Εκτός από το APOL1, δύο σημαντικοί τόποι σε όλο το γονιδίωμα συσχετίστηκαν με ESKD, EFNB2 και GNG7 όλων των αιτιών. Περαιτέρω, 10 γενετικοί τόποι κατέδειξαν ονομαστική συσχέτιση με ESKD για όλες τις αιτίες (P <5 ×="" 10−6),="" συμπεριλαμβανομένων="" των="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx{{37}as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" και="" sulf2/lin="">
Η πιο σημαντική συσχέτιση μεταξύ T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) και ESKD κάθε αιτίας (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) στο βασικό μοντέλο ήταν μια ιντρονική παραλλαγή rs9622363 στην περιοχή APOL1 που σχετίζεται με μη διαβητικούςνεφρό νόσοςσε άτομα με αφρικανική καταγωγή. Η προετοιμασία στα αλληλόμορφα APOL1 G1 και G2 μειώνει δραματικά τη σημασία του [6]. Το rs9622363 αναφέρεται ότι μεταβάλλει τα μοτίβα σύνδεσης του παράγοντα μεταγραφής (TF) (Επιπλέον αρχείο 1: Πίνακας S6). Σε μια πρόσφατη μελέτη, τα αλληλόμορφα rs9622363 και APOL1 G1 σχημάτισαν έναν απλότυπο που πέτυχε την ισχυρότερη συσχέτιση με ΧΝΝ στους Νιγηριανούς [19]. Σε αντίθεση με το G1 ή το G2, το κύριο αλληλόμορφο στο rs9622363 (G, EAF=0.57) σχετίζεται με τον κίνδυνο ΧΝΝ. Μετά τον αποκλεισμό των φορέων γονότυπου νεφρικού κινδύνου APOL1, η συσχέτιση με το rs9622363 μετριάστηκε. Αυτό επιβεβαίωσε ότι τα αλληλόμορφα rs9622363 και APOL1 G1 και G2 συμβάλλουν στο ίδιο σήμα. Η αναγνώριση του rs9622363 στο βασικό μοντέλο μπορεί να υποδηλώνει εσφαλμένη ταξινόμηση ορισμένων περιπτώσεων ως T2D-ESKD.
Μια διαγονιδιακή παραλλαγή (rs72858591) που βρίσκεται μεταξύ ενός γονιδίου πρωτεΐνης GTPase RND3 και RBM43, που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη μοτίβου δέσμευσης RNA 43, αποκάλυψε μια σημαντική συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα με το T2D-ESKD. Σχετίζεται με αλλαγές στο μοτίβο δέσμευσης TF και επικαλύψεις τόσο με τις περιοχές προαγωγέα όσο και με περιοχές ενισχυτή (Επιπλέον αρχείο 1: Πίνακας S6). Μια ανεξάρτητη διαγονιδιακή παραλλαγή (rs7560163, r2=0.01, YRI) σε αυτήν την περιοχή είχε συσχετιστεί προηγουμένως με το T2D στα AA [20]. Αντίθετα, το rs72858591 δεν συσχετίστηκε με το T2D (P=0.073) στην παρούσα μελέτη. Αυτό μπορεί να υποδηλώνει ότι δύο διαφορετικά σύνολα παραλλαγών σε αυτόν τον τόπο συμβάλλουν ανεξάρτητα στην T2D και την T2D-ESKD, ένα πιθανό πλειοτροπικό αποτέλεσμα. Δύο ανεξάρτητες παραλλαγές (rs142563193 και rs142671759) που συσχετίστηκαν σημαντικά σε όλο το γονιδίωμα με το T2D-ESKD βρίσκονται κοντά στο ENPP7. Αυτές οι παραλλαγές επικαλύπτονται με περιοχές ενισχυτή και προαγωγέα, κορυφές υπερευαισθησίας σε DNase και/ή μοτίβα δέσμευσης TF (Επιπλέον αρχείο 1: Πίνακας S6). Η πρωτεΐνη που κωδικοποιείται από το ENPP7 είναι μια εντερική αλκαλική φωσφοδιεστεράση σφιγγομυελίνης που μετατρέπει τη σφιγγομυελίνη σε κεραμίδιο και φωσφοχολίνη. Το ENPP7 φέρεται να επηρεάζει την απορρόφηση της χοληστερόλης [21] και πολυάριθμες μελέτες υποδεικνύουν ότι τα επίπεδα χοληστερόλης λιποπρωτεϊνών υψηλής πυκνότητας είναι παράγοντες κινδύνου για ΧΝΝ σε ασθενείς με διαβήτη [22-24].
Δύο παραλλαγές που βρίσκονται στο GNG7 συσχετίστηκαν είτε με T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8 , βασικό μοντέλο) είτε με ESKD παντός αιτίας (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL1-αρνητικό μοντέλο). Το Rs4807299 σχετίζεται με αλλαγές στο μοτίβο δέσμευσης TF και επικαλύψεις τόσο με τις περιοχές προαγωγέα όσο και με περιοχές ενισχυτή (Επιπλέον αρχείο 1: Πίνακας S6). Το GNG7 κωδικοποιεί την υπομονάδα G Protein Gamma 7, που εμπλέκεται στη λειτουργία του κεντρικού νευρικού συστήματος [25] και στον κίνδυνο καρκίνου [26, 27].
Δεδομένου ότι οι Αφροαμερικανοί με διαβήτη και πρωτεϊνουρία συχνά δεν λαμβάνουν διαγνωστική βιοψία νεφρού, το ESKD τους τυπικά θεωρείται ότι προκλήθηκε από DKD. Ωστόσο, η APOL1-συσχέτισε μη διαβητικούςνεφρόνόσοςμπορεί να είναι η πραγματική αιτία νεφρικής νόσου σε πολλούς τέτοιους ασθενείς. Οι αναλύσεις εξαιρουμένων των φορέων γονότυπου νεφρικού κινδύνου APOL1 δημιούργησαν μια πιο ομοιογενή ομάδα περιπτώσεων και παρείχαν την ευκαιρία να αποκαλυφθεί η γενετική αρχιτεκτονική του T2D-ESKD που είναι ανεξάρτητη από το φαινόμενο APOL1. Στο αρνητικό μοντέλο APOL1-, εκτός από την αναπαραγωγή του ENPP7 που προσδιορίστηκε στο βασικό μοντέλο, δύο νέοι τόποι
πέτυχε σημαντική συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα με το T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) και MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8 ). Ο λειτουργικός σχολιασμός πρότεινε ότι και οι δύο παραλλαγές ταυτίζονται με μοτίβα σύνδεσης TF. Το Rs75029938 μπορεί να εμπίπτει σε περιοχές ενισχυτή και προαγωγέα και το rs17577888 συσχετίστηκε με την αφθονία μεταγραφής του γονιδίου FLVCR1 στα μονοκύτταρα του περιφερικού αίματος (P=6.41 × 10−6; Πρόσθετο αρχείο 1: Πίνακας S6). Η γενετική παραλλαγή στο GRAMD3 έχει συσχετιστεί με το λίπος σε μια πολυεθνική μετα-ανάλυση γονιδιώματος [28]. Προηγούμενες μελέτες υποδηλώνουν ότι η παχυσαρκία είναι ένας σημαντικός παράγοντας κινδύνου για DKD [29]. Το MGAT4C κωδικοποιεί Mannosyl (Alpha-1,3-)-Glycoprotein Beta{-1,4-N-Acetylglucosaminyltransferase, Isozyme C, που συμμετέχει στη μεταφορά της Ν-ακετυλογλυκοζαμίνης (GlcNAc) στα υπολείμματα μαννόζης του πυρήνα των Ν-συνδεδεμένων γλυκανών. Η πιθανή εμπλοκή του MGAT4C στο DKD απαιτεί περαιτέρω μελέτη.
Αυτή η ανάλυση περιλάμβανε μια ομάδα AA με μη διαβητική ESKD για την αξιολόγηση της γενίκευσης των τόπων που σχετίζονται με το T2D-ESKD σε κοινές μορφές ΧΝΝ. Η μετα-ανάλυση που συνδυάζει περιπτώσεις με T2D-ESKD και μη διαβητικό ESKD εντόπισε δύο νέους σημαντικούς τόπους σε όλο το γονιδίωμα που σχετίζονται με ESKD όλων των αιτιών εκτός από το APOL1. rs77113398 κοντά στο EFNB2 (P=9.84 × 10−9, βασικό μοντέλο) και rs373971520 στο GNG7 (2,17 × 10−8, APOL1-αρνητικό μοντέλο). Το Rs77113398 επικαλύπτεται με ενισχυτή, περιοχές προαγωγέα και κορυφές DNase (Επιπλέον αρχείο 1: Πίνακας S6). Προηγούμενες σαρώσεις γονιδιώματος σε AAs εντόπισαν σημαντικές ενδείξεις για σύνδεση με ESKD στο χρωμόσωμα 13q33 συμπεριλαμβανομένης της περιοχής EFNB2 τόσο στο διαβητικό ESKD όσο και στο μη διαβητικό ESKD [30, 31]. Μια μελέτη παρακολούθησης εξέτασε 28 παραλλαγές επισήμανσης που εκτείνονται σε 39 kilobases (kb) της κωδικοποιητικής περιοχής EFNB2, έδειξε ονομαστικές συσχετίσεις μεταξύ δύο παραλλαγών και του ESKD κάθε αιτίας [32]. Ωστόσο, αυτές οι αναφερόμενες παραλλαγές δεν συσχετίστηκαν με το rs77113398. Η Ephrin-B2 (EFNB2) εκφράζεται στον αναπτυσσόμενο νεφρώνα. Οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ της εφρίνης-Β2 και των υποδοχέων της παίζουν σημαντικό ρόλο στη σπειραματική μικροαγγειακή συναρμολόγηση [33]. Επιπλέον, η ανάστροφη σηματοδότηση της εφρινής-Β2 προστατεύει από την περισωληνική τριχοειδική αραίωση ρυθμίζοντας την αγγειογένεση και την αγγειακή σταθερότητα κατά τη διάρκειανεφρόβλάβη[34]. Η Ephrin-B1 συνεντοπίζεται επίσης με την CD{4}}σχετιζόμενη πρωτεΐνη (CD2AP) και τη νεφρίνη στο διάφραγμα της σχισμής των ποδοκυττάρων και παίζει σημαντικό ρόλο στη διατήρηση της λειτουργίας φραγμού στο διάφραγμα της σχισμής [35]. Τα διαγονιδιακά ποντίκια υποδοχέα κινάσης της εφρίνης Β4 αναπτύσσουν σπειραματοπάθεια, που εκδηλώνεται με συγχωνευμένα προσαγωγά και απαγωγά αρτηρίδια που παρακάμπτουν τα σπειράματα [36]. Έτσι, πολλές γραμμές αποδεικτικών στοιχείων υποστηρίζουν την πιθανή συσχέτιση EFNB2 με ΧΝΝ και είναι η πιο πολλά υποσχόμενη αιτιολογική γονιδιακή σχέση του rs77113398.
Αυτή η μελέτη έχει δυνατά σημεία και περιορισμούς. Παρόλο που ο σχεδιασμός της μελέτης πολλαπλών σταδίων ήταν καλά τροφοδοτημένος, συμπεριλαμβανομένων 15.075 AA, δεν είχε αντιγραφή συσχετισμών T2D-ESKD, ιδιαίτερα για σπάνιες παραλλαγές. Επιπλέον, αρκετά σημαντικά σήματα σε όλο το γονιδίωμα έδειξαν σημαντικά διαφορετικά μεγέθη επιδράσεων σε όλα τα στάδια, γεγονός που πιθανότατα αποδόθηκε σε διαφορές μεγέθους δείγματος μεταξύ των σταδίων και ως συνέπεια της «κατάρας του νικητή», ένα φαινόμενο που περιγράφει ότι το πραγματικό μέγεθος γενετικής επίδρασης υπερεκτιμάται λόγω το αρχικό θετικό εύρημα. Απαιτείται μελλοντική αναπαραγωγή για να επιβεβαιωθούν αυτά τα ευρήματα. Υπάρχουν λίγες άλλες υπάρχουσες συλλογές με κατάλληλα δείγματα σε ΑΑ. αυτή η περιορισμένη προσπάθεια αναπαραγωγής. Επιπλέον, είναι δύσκολο να αποκλειστούν όλα τα άτομα που έχουν εσφαλμένα ταξινομηθεί με DKD λόγω της συχνής έλλειψης βιοψιών νεφρού. Επομένως, αποκλείσαμε προσεκτικά δείγματα με ESKD που αποδίδονται σε μη διαβητικές αιτιολογίες με βάση κλινικούς φαινοτύπους και, στη συνέχεια, αποκλείσαμε τους φορείς γονότυπου νεφρικού κινδύνου APOL1 με υψηλό κίνδυνο για μη διαβητική ESKD. Αυτό θα πρέπει να ελαχιστοποιήσει την εσφαλμένη ταξινόμηση.
συμπέρασμα
Συμπερασματικά, διεξήχθη GWAS σε AA με T2D-ESKD και επτά γενετικοί τόποι εμφάνισαν σημαντικές ενδείξεις συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα, συμπεριλαμβανομένων των RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 και MGAT4C. Πέρα από το APOL1, το EFNB2 και το GNG7 συσχετίστηκαν επίσης με μη διαβητική ESKD και αποκάλυψαν μια σημαντική συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα με την ESKD όλων των αιτιών. Απαιτούνται μελλοντικές έρευνες, συμπεριλαμβανομένης της γενετικής αντιγραφής και της πειραματικής επικύρωσης αυτών των πρόσφατα ταυτοποιημένων συσχετισμών για την αξιολόγηση των πιθανών επιπτώσεών τους στις βιολογικές διεργασίες που οδηγούν σε προηγμένη DKD σε πληθυσμούς με πρόσφατη αφρικανική καταγωγή.
Μέθοδοι
Συμμετέχοντες στη μελέτη
Οι συμμετέχοντες στη μελέτη στρατολογήθηκαν από το Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2 }}), Μελέτη Κινδύνου Αθηροσκλήρωσης στις Κοινότητες (ARIC; N=2221), Ανάπτυξη Κινδύνου Στεφανιαίας Αρτηρίας σε Νέους Ενήλικες (CARDIA; N=912) και Πολυεθνική Μελέτη Αθηροσκλήρωσης (MESA; N { {6}}). Οι αναλύσεις εγκρίθηκαν από τις τοπικές θεσμικές επιτροπές αναθεώρησης και όλοι οι συμμετέχοντες έδωσαν γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση. Οι περιπτώσεις θεωρήθηκαν ότι είχαν T2D-ESKD, συμπεριλαμβανομένης της σοβαρής DKD, όταν διαγνώστηκε διαβήτης Πάνω από ή ίσο με 5 χρόνια πριν από την έναρξη της ESKD ή με διαβητική αμφιβληστροειδοπάθεια για να εξασφαλιστεί επαρκής διάρκεια T2D, με θεραπεία νεφρικής υποκατάστασης, εκτιμώμενο ρυθμό σπειραματικής διήθησης eGFR) Λιγότερο ή ίσο με 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), ή αναλογία λευκωματίνης ούρων προς κρεατινίνη (UACR) Μεγαλύτερη ή ίση με 300 mg/g (μακρολευκωματινουρία). Οι συμμετέχοντες με ΧΝΝ4 ή μακρολευκωματινουρία (N=138) συμπεριλήφθηκαν ως περιπτώσεις δεδομένου του υψηλού κινδύνου εμφάνισης ESKD. Το T2D διαγνώστηκε σύμφωνα με τα κριτήρια της Αμερικανικής Διαβητολογικής Εταιρείας με γλυκόζη αίματος νηστείας μεγαλύτερη από ή ίση με 126 mg/dl, 2-h από του στόματος δοκιμασία ανοχής γλυκόζης γλυκόζη μεγαλύτερη από ή ίση με 200 mg/dl, τυχαία γλυκόζη μεγαλύτερη από ή ίσο με 200 mg/dl, χρήση φαρμάκων για τον διαβήτη ή διαβήτη με διάγνωση γιατρού. Οι περιπτώσεις με μη διαβητική ESKD δεν είχαν διαβήτη (ή είχαν T2D για < 5="" χρόνια)="" κατά="" την="" έναρξη="" της="" θεραπείας="" νεφρικής="" υποκατάστασης="" και="" η="" eskd="" αποδόθηκε="" σε="" χρόνια="" σπειραματική="" νόσο="" (π.χ.="" εστιακή="" τμηματική="" σπειραματοσκλήρωση),="" σχετιζόμενη="" με="" τον="" hiv="" νεφροπάθεια,="" υπέρταση="" ή="" άγνωστο="" αιτία.="" ασθενείς="" με="" eskd="" που="" αποδίδεται="" σε="" χειρουργικά="" ή="" ουρολογικά="" αίτια,="">Νεφρική Νόσος, αυτοάνοση νόσο, ηπατίτιδα, IgA νεφροπάθεια, μεμβρανώδη σπειραματονεφρίτιδα, μεμβρανοπολλαπλασιαστική σπειραματονεφρίτιδα ή μονογονιδιακήνεφρόασθένειεςαποκλείστηκαν. Οι έλεγχοι μη διαβητικού μη νεφροπάθειας περιελάμβαναν συμμετέχοντες χωρίς διαβήτη ήνεφρό νόσος(eGFR Μεγαλύτερο ή ίσο με 60 ml/min/ 1,73 m2 και UACR < 30="" mg/g).="" τα="" άτομα="" με="" νεφροπάθεια="" έλλειψης="" t2d="" είχαν="" egfr="" μεγαλύτερο="" ή="" ίσο="" με="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" και="" uacr="">< 30="">
Προετοιμασία δειγμάτων, γονότυπος, καταλογισμός και ποιοτικός έλεγχος
Οι συμμετέχοντες στη μελέτη είχαν γονότυπο σε ολόκληρο το γονιδίωμα χρησιμοποιώντας τρεις διαφορετικές πλατφόρμες: (1) 8704 δείγματα που στρατολογήθηκαν από τα WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA και FIND γονοτυποποιήθηκαν στον πολυμορφισμό ενός ανθρώπινου νουκλεοτιδίου σε όλο το γονιδίωμα Affymetrix (SNP) πίνακας 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 δείγματα που στρατολογήθηκαν από το WFSM γονοτυποποιήθηκαν στη συστοιχία γονότυπου Affymetrix Axiom Biobank (Axiom). και (3) 3238 δείγματα που στρατολογήθηκαν από το WFSM γονοτυποποιήθηκαν στο Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Ο ποιοτικός έλεγχος και ο καταλογισμός πραγματοποιήθηκαν χωριστά από κάθε πλατφόρμα γονότυπου όπως περιγράφεται παρακάτω.
Οι παραλλαγές που πέρασαν τον ποιοτικό έλεγχο (QC) καταλογίστηκαν σε ένα πίνακα αναφοράς συνδυασμένου απλότυπου, συμπεριλαμβανομένου του πίνακα αναφοράς 1000 Genomes φάσης 3 (έκδοση Οκτώβριος 2014) [37] και μια έκδοση του πίνακα αναφοράς African Genome Variation Project (AGVP) που περιλαμβάνει 640 Οι απλότυποι αφρικανικής καταγωγής παρέχονται ευγενικά από την Αφρικανική Συνεργασία γιαΈρευνα για χρόνιες παθήσειςκαι Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Η προ-φασοποίηση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το SHAPEIT2 [39] και ο καταλογισμός πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το IMPUTE2 [40]. Μετά τον καταλογισμό QC διεξήχθη για τον αποκλεισμό παραλλαγών με αναντιστοιχία αλληλόμορφων ή με μεγάλη απόκλιση συχνότητας (Μεγαλύτερη ή ίση με 0.2) με τον πίνακα αναφοράς (0.2 × συχνότητα σε EUR συν {{ 13}}.8 × συχνότητα σε AFR) και βαθμολογία πληροφοριών καταλογισμού < 0,4.="" ένα="" υποσύνολο="" δειγμάτων="" προσδιορίστηκε="" απευθείας="" γονότυπος="" για="" παραλλαγές="" apol1="" g1="" και="" g2="" χρησιμοποιώντας="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" η="" συμφωνία="" ήταν="" 95="" τοις="" εκατό="" με="" τεκμαρτές="">
Affy6.0 σύνολα δεδομένων
Όπως περιγράφηκε προηγουμένως [41], 1513 περιπτώσεις T2D-ESKD, 5299 μη διαβητικοί μάρτυρες μη νεφροπάθειας και 1892 έλεγχοι T2D μη νεφροπάθειας από τις κοόρτες WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA και MESA γονότυποι προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας Aff. 11}} (Πίνακας 1). Σε κάθε μελέτη, εφαρμόστηκαν τυπικές μετρήσεις QC για τον αποκλεισμό παραλλαγών με ποσοστό κλήσης < 95="" τοις="" εκατό="" ,="" συχνότητα="" ελάσσονος="" αλληλόμορφου="" (maf)="">< 0.01="" ή="" που="" δείχνουν="" απόκλιση="" από="" την="" ισορροπία="" hardy-weinberg="" (hwe)="" (ρ="">< 0,0001).="" το="" δείγμα="" qc="" πραγματοποιήθηκε="" για="" να="" εξαιρεθούν="" άτομα="" με="" ποσοστά="" κλήσεων="">< 95="" τοις="" εκατό="" ,="" μόλυνση="" dna,="" διπλότυπα="" ή="" ακραίες="" τιμές="" πληθυσμού.="" δεδομένου="" ότι="" τα="" cardia,="" jhs="" και="" mesa="" δεν="" είχαν="" περιπτώσεις="" με="" t2d-eskd,="" δείγματα="" από="" αυτές="" τις="" μελέτες="" συνδυάστηκαν="" για="" αναλύσεις="" καταλογισμού="" και="" συσχέτισης="" μαζί="" με="" τα="" wfsm,="" find="" και="">
Σύνολο δεδομένων αξιώματος
Στο WFSM, 1700 περιπτώσεις AA με T2D-ESKD, 770 μάρτυρες ΑΑ χωρίς διαβήτη ή νεφροπάθεια και 663 μάρτυρες ΑΑ με T2D που δεν είχαν νεφροπάθεια προσδιορίστηκαν σε μια προσαρμοσμένη σειρά γονότυπου Axiom (Πίνακας 2). Λεπτομερείς πληροφορίες παραλλαγών, προσαρμοσμένος σχεδιασμός περιεχομένου, συμπεριλαμβανομένης της λεπτής χαρτογράφησης υποψήφιων περιοχών, μεθόδων γονότυπου και QC αναφέρθηκαν στο παρελθόν [42]. Εν συντομία, αυτή η συστοιχία περιελάμβανε περίπου 264.000 παραλλαγές κωδικοποίησης και εισαγωγές/διαγραφές (indels), 70K παραλλαγές απώλειας λειτουργίας, 2K φαρμακογονιδιωματικές παραλλαγές, 23K δείκτες eQTL, 246.000 δείκτες ετικετών που βασίζονται σε πολυεθνικό πληθυσμό σε όλο το γονιδίωμα και 115K δείκτες περιεχομένου. Παραλλαγές με ποσοστά κλήσεων < 95="" τοις="" εκατό="" ,="" αναχώρηση="" από="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" και="" μονομορφικές="" παραλλαγές="" εξαιρέθηκαν.="" συνολικά="" 724.530="" παραλλαγές="" κλήθηκαν="" με="" επιτυχία="" για="" μεταγενέστερο="" qc,="" καταλογισμό="" και="" αναλύσεις.="" πραγματοποιήθηκε="" δείγμα="" qc="" για="" να="" εξαιρεθούν="" άτομα="" με="" χαμηλά="" ποσοστά="" κλήσεων="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
Δεδομένα MEGA
Στο WFSM, 1910 μη διαβητικές περιπτώσεις ESKD, 219 περιπτώσεις T2D ESKD, 201 μάρτυρες με T2D χωρίς νεφροπάθεια και 908 μη διαβητικά μη νεφροπάθεια μάρτυρες προσδιορίστηκαν γονότυπος στη συστοιχία MEGA (Πίνακας 2). Αυτή η συστοιχία σχεδιάστηκε για να βελτιώσει τη λεπτομερή χαρτογράφηση και τη λειτουργική ανακάλυψη αυξάνοντας την κάλυψη παραλλαγών σε πολλές εθνότητες. Η συστοιχία περιλαμβάνει (1) περιεχόμενο κορμού που περιέχει εξαιρετικά ενημερωτικές παραλλαγές για GWAS και αναλύσεις exome σε προγονικά διαφορετικούς πληθυσμούς και (2) προσαρμοσμένο περιεχόμενο που χρησιμοποιείται για την αναπαραγωγή ή τη γενίκευση συσχετίσεων ευρετηρίου GWAS, την αύξηση των παραλλαγών επισήμανσης GWAS σε περιοχές προτεραιότητας, τη βελτίωση του περιεχομένου exome σε περιοχές προτεραιότητας , χαρτογραφήστε λεπτομερώς τους τόπους GWAS, εντοπίστε λειτουργικές ρυθμιστικές παραλλαγές, εξερευνήστε ιατρικά σημαντικές παραλλαγές και εντοπίστε νέους τόπους παραλλαγής σε υποψήφιες οδούς [43]. Ο γονότυπος πραγματοποιήθηκε στο WFSM. Το DNA από περιπτώσεις και μάρτυρες παρεμβλήθηκε εξίσου σε 96-πλάκες φρεατίου για να ελαχιστοποιηθούν τα τεχνητά σφάλματα κατά την επεξεργασία του δείγματος. Συνολικά 48 δείγματα που αναλύθηκαν ως μέρος του Έργου 1000 Genomes [44] στο Coriell Institute for Medical Research συμπεριλήφθηκαν στη γονότυπο και είχαν ποσοστό συμφωνίας 98,57 τοις εκατό. Η κλήση γονότυπου πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το Genome Studio (Illumina, CA, ΗΠΑ). Παραλλαγές με θέση που λείπει, αλληλόμορφο που λείπει, αναντιστοιχία αλληλόμορφων, ποσοστά κλήσης < 95="" τοις="" εκατό="" ,="" απόκλιση="" από="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" διαφορά="" συχνότητας=""> 0,2 σε σύγκριση με πίνακα αναφοράς 1000 Genome Project φάσης 3 και μονομορφικές παραλλαγές καταργήθηκαν. Συγκρίθηκαν πολλαπλά σετ ανιχνευτών και διατηρήθηκε μόνο αυτό με το υψηλότερο ποσοστό κλήσης. Συνολικά 1.705.970 παραλλαγές κλήθηκαν με επιτυχία για μεταγενέστερο QC, καταλογισμό και αναλύσεις. Πραγματοποιήθηκε δείγμα QC για να αποκλειστούν άτομα με χαμηλό ποσοστό κλήσεων (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Στατιστική ανάλυση
Στάδιο ανακάλυψης
Χρησιμοποιήσαμε ένα σχέδιο μελέτης πολλαπλών σταδίων για να προσδιορίσουμε παραλλαγές που σχετίζονται με το T2D-ESKD και τον πιθανό ρόλο τους σε ESKD όλων των αιτιών. Στο στάδιο της ανακάλυψης, συμπεριλήφθηκαν 3432 περιπτώσεις T2D-ESKD και 6977 μη διαβητικοί έλεγχοι μη νεφροπάθειας και από τα τρία σύνολα δεδομένων (Εικ. 1). Πραγματοποιήθηκε ανάλυση συσχέτισης για κάθε σύνολο δεδομένων χρησιμοποιώντας μια λογιστική μέθοδο μικτού μοντέλου που εφαρμόστηκε στο πρόγραμμα GMMAT [45] κάτω από ένα προσθετικό γενετικό μοντέλο. Αυτή η μέθοδος ελέγχει τη δομή του πληθυσμού και την κρυπτική συνάφεια συμπεριλαμβάνοντας μια μήτρα γενετικής σχέσης (GRM) που υπολογίζεται από ένα σύνολο αυτοσωμικών παραλλαγών υψηλής ποιότητας ως τυχαίο αποτέλεσμα. Η ανάλυση του κύριου συστατικού πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το EIGENSOFT [46] για κάθε πλατφόρμα γονότυπου. Το πρώτο ιδιοδιάνυσμα (PC1) μαζί με την ηλικία και το φύλο χρησιμοποιήθηκαν ως συμμεταβλητές. Πραγματοποιήθηκε μετα-ανάλυση στα τρία σύνολα δεδομένων χρησιμοποιώντας μια μέθοδο στάθμισης αντίστροφης διακύμανσης σταθερού αποτελέσματος που εφαρμόστηκε στο METAL [47]. Για ανάλυση διάκρισης επιλέχθηκαν ενδεικτικές συσχετίσεις για T2D-ESKD με P < 1="" ×="" 10−5,="" μικρό="" αριθμό="" αλληλόμορφων="" (mac)=""> 400 και ετερογένεια I2 <>
Στάδιο διάκρισης
Για να προσδιοριστεί εάν οι υποτιθέμενοι τόποι που σχετίζονται με το T2D-ESKD στο στάδιο της ανακάλυψης οδηγήθηκαν από συσχετίσεις με το T2D per se, μια μετα-ανάλυση που συνδύαζε 2756 AA με νεφροπάθεια που στερείται T2D και 6977 μη διαβητικούς μη-νεφροπαθητικούς ελέγχους από τα τρία σύνολα δεδομένων (Affy .0, Axiom και MEGA) πραγματοποιήθηκε (στάδιο 3, Εικ. 1). Τα μυρμήγκια που παρουσιάζουν ονομαστική συσχέτιση (P < 0.05)="" με="" το="" t2d="" εξαιρέθηκαν="" για="" την="" αφαίρεση="" παραλλαγών="" που="" σχετίζονται="" με="" το="">
Ανάλυση επέκτασης της μη διαβητικής ESKD και μετα-ανάλυση της ESKD για όλες τις αιτίες
Γενετικές παραλλαγές που δείχνουν υποδηλωτική συσχέτιση με το T2D-ESKD (P <1 × 10−5) αλλά δεν σχετίζονται με το T2D εξετάστηκαν σε μια κοόρτη μη διαβητικής ESKD συμπεριλαμβανομένων 1910 μη διαβητικών περιπτώσεων ESKD και 908 μη διαβητικών μη-νεφροπαθειών ελέγχου από την Δεδομένα WFSM-MEGA για συσχέτιση με μη διαβητικές αιτιολογίες τουΝεφρική Νόσος(στάδιο 4). Παραλλαγές που εμφανίζουν ονομαστική συσχέτιση (P < 0.05)="" δοκιμάστηκαν="" σε="" μια="" μετα-ανάλυση="" του="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες="" χρησιμοποιώντας="" όλα="" τα="" t2d-eskd,="" τα="" μη="" διαβητικά="" eskd="" και="" τους="" ελέγχους="" από="" τα="" τρία="" σύνολα="" δεδομένων="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axiom,="" mega)="" (εικ.="" 1).="" αυτή="" η="" μετα-ανάλυση="" αξιολόγησε="" εάν="" οι="" συσχετίσεις="" t2d-eskd="" συνέβαλαν="" στον="" κίνδυνο="" eskd="" για="" όλες="" τις="" αιτίες.="" αναζητήσαμε="" επίσης="" τις="" κορυφαίες="" παραλλαγές="" μας="" που="" σχετίζονται="" με="" νεφρική="" νόσο="" για="" πιθανή="" συσχέτιση="" με="" t2d="" σε="" aa="" από="" την="" κοινοπραξία="" media="" (n="15.043" περιπτώσεις="" και="" 22.318="" μάρτυρες).="" τα="" snp="" με="" p="">< 0,05="" μετά="" από="" πολλαπλές="" διορθώσεις="" σύγκρισης="">
Εξαίρεση φορέων γονότυπου κινδύνου APOL1
Τα αλληλόμορφα APOL1 G1 και G2 συμβάλλουν στον κίνδυνο γιαμη διαβητική νεφρική νόσο[6, 48]. Για να ελαχιστοποιηθεί η εσφαλμένη ταξινόμηση του T2D-ESKD, διεξήχθη μια δεύτερη ανάλυση εξαιρουμένων των φορέων APOL1 με παραλλαγή δύο νεφρικού κινδύνου και εκείνων με γονότυπους APOL1 που λείπουν από περιπτώσεις T2D ESKD και μη διαβητικούς μάρτυρες μη νεφροπάθειας (APOL{12}}αρνητικό μοντέλο ). Αυτή η ανάλυση μείωσε την ετερογένεια του πληθυσμού παρά τη μείωση του μεγέθους του δείγματος και τη χαμηλότερη στατιστική ισχύ. Συγκεκριμένα, 308 περιπτώσεις T2D-ESKD και 630 έλεγχοι από τα σύνολα δεδομένων Affy6.0, 323 περιπτώσεις T2D-ESKD και 113 στοιχεία ελέγχου από το σύνολο δεδομένων Axiom και 33 περιπτώσεις T2D-ESKD και 175 έλεγχοι από το σύνολο δεδομένων MEGA αφαιρέθηκαν. Επιπλέον, αφαιρέσαμε 891 από τις 1910 περιπτώσεις ESKD για όλες τις αιτίες. Αυτή η ανάλυση μπορεί να αποκαλύψει τις επιδράσεις άλλων μη διαβητικών τόπων ESKD πέρα από το APOL1. Τα άτομα θεωρήθηκαν φορείς παραλλαγής νεφρικού κινδύνου APOL1 εάν έφεραν δύο αλληλόμορφα G1 (αλληλόμορφο G1 rs60910145, αλληλόμορφο rs73885319 G), δύο αλληλόμορφα G2 (rs143830837, 6 ζεύγη βάσεων διαγραφή εντός πλαισίου) ή ήταν σύνθετα G1 ετερό αλληλόμορφο G2) [6].
Λειτουργικός χαρακτηρισμός
Μεσολάβηση σημαντικών παραλλαγών που σχετίζονται με το T2D-ESKD σε όλο το γονιδίωμα (r2 Μεγαλύτερο ή ίσο με 0.7 σε πληθυσμό AFR 1000 Genomes) από τα βασικά μοντέλα και τα αρνητικά μοντέλα APOL1-επιλέχθηκαν χρησιμοποιώντας LDlink [49 ]. Στη συνέχεια, οι βασικές παραλλαγές και οι πληρεξούσιοι ερωτήθηκαν για λειτουργικούς σχολιασμούς από το HaploReg [50], οι οποίοι περιελάμβαναν σχολιασμό κατάστασης χρωματίνης και δέσμευσης πρωτεΐνης από τα έργα Roadmap Epigenomics [51] και ENCODE [52], διατήρηση αλληλουχίας στα θηλαστικά, την επίδραση των παραλλαγών στα ρυθμιστικά μοτίβα και γονιδιακή έκφραση από μελέτες QTL.
Το Cistanche deserticola αποτρέπει τη νεφρική νόσο, κάντε κλικ εδώ για να λάβετε το δείγμα
βιβλιογραφικές αναφορές
1. Σύστημα Νεφρικών Δεδομένων των Ηνωμένων Πολιτειών. Ετήσια έκθεση δεδομένων USRDS 2016: Επιδημιολογία νεφρικής νόσου στις Ηνωμένες Πολιτείες. National Institutes of Health, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Χρονικές τάσεις στον επιπολασμό της διαβητικής νεφρικής νόσου στις Ηνωμένες Πολιτείες. ΤΖΑΜΑ. 2011; 305:2532–9.
3. Spray BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Οικογενής κίνδυνος, ηλικία έναρξης και αιτία νεφρικής νόσου τελικού σταδίου σε λευκούς Αμερικανούς. J Am Soc Nephrol. 1995, 5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Οικογενής προδιάθεση για νεφροπάθεια σε Αφροαμερικανούς με μη ινσουλινοεξαρτώμενο σακχαρώδη διαβήτη. Am J Kidney Dis. 1995; 25:710-3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et αϊ. Missense μεταλλάξεις στο APOL1. Hum Genet. 2010; 128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Συσχέτιση τρυπανολυτικών παραλλαγών ApoL1 με νεφρική νόσο σε Αφροαμερικανούς. Επιστήμη. 2010; 329:841-5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath Κ, et αϊ. Γενετικές παραλλαγές APOL1 στην εστιακή τμηματική σπειραματοσκλήρωση και στη νεφροπάθεια που σχετίζεται με τον HIV. ΙΑΣΟΝΑΣ. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen Α, Pattaro C, Boger CA, et αϊ. Πολλαπλοί νέοι τόποι που σχετίζονται με τη νεφρική λειτουργία και τη χρόνια νεφρική νόσο: η κοινοπραξία CKDGen. Nat Genet. 2010; 42:376-84.
9. Pattaro C, Kottgen Α, Teumer Α, et αϊ. Η συσχέτιση σε όλο το γονιδίωμα και η λειτουργική παρακολούθηση αποκαλύπτει νέους τόπους για τη λειτουργία των νεφρών. PLoS Genet; 8. Epub πριν από την εκτύπωση Μαρτίου 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer Α, Gorski Μ, et αϊ. Οι γενετικές συσχετίσεις σε 53 τόπους υπογραμμίζουν τους κυτταρικούς τύπους και τις βιολογικές οδούς που σχετίζονται με τη λειτουργία των νεφρών. Nat Commun. 2016; 7:10023.
11. Tin Α, Colantuoni Ε, Boerwinkle Ε, et αϊ. Χρήση πολλαπλών μετρήσεων για αναλύσεις ποσοτικής συσχέτισης χαρακτηριστικών: εφαρμογή στον εκτιμώμενο ρυθμό σπειραματικής διήθησης (eGFR). J Hum Genet. 2013; 58:461–6.
12. Maeda S. Αναζήτηση σε όλο το γονιδίωμα για γονίδιο ευαισθησίας στη διαβητική νεφροπάθεια από SNP που βασίζεται σε γονίδια. Diabetes Res Clin Pract. 2004; 66: S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Σάρωση συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος για γονίδια ευαισθησίας στη διαβητική νεφροπάθεια στον διαβήτη τύπου 1. Διαβήτης. 2009; 58:1403-10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. Μια μελέτη συσχέτισης σε επίπεδο γονιδιώματος για γονίδια διαβητικής νεφροπάθειας σε Αφροαμερικανούς. Kidney Int. 2011; 79:563-72.
15. Sandholm Ν, Salem RM, McKnight AJ, et αϊ. Νέοι τόποι ευαισθησίας που σχετίζονται με νεφρική νόσο στον διαβήτη τύπου 1. PLoS Genet. 8. Epub πριν από την εκτύπωση Σεπτεμβρίου 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm Ν, Zuydam NV, Ahlqvist Ε, et αϊ. Το γενετικό τοπίο των νεφρικών επιπλοκών στον διαβήτη τύπου 1. JASN. 2017; 28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman ΒΙ, et al. Συσχέτιση σε επίπεδο γονιδιώματος και δια-εθνοτική μετα-ανάλυση για προχωρημένη διαβητική νεφρική νόσο: Οικογενειακή Διερεύνηση της Νεφροπάθειας και του Διαβήτη (FIND). PLoS Genet. 2015; 11: e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Η δια-εθνοτική λεπτή χαρτογράφηση τονίζει τα γονίδια της νεφρικής λειτουργίας που συνδέονται με την ευαισθησία στο αλάτι. Am J Hum Genet. 2016; 99:636–46.
19. Tayo ΒΟ, Kramer Η, Salako BL, et αϊ. Η γενετική παραλλαγή στα γονίδια APOL1 και MYH9 σχετίζεται με χρόνια νεφρική νόσο στους Νιγηριανούς. Int Urol Nephrol. 2013; 45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. Μια έρευνα συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα για γονίδια διαβήτη τύπου 2 σε Αφροαμερικανούς. PLoS One. 2012; 7: e29202.
21. Zhang Ρ, Chen Y, Cheng Y, et αϊ. Η αλκαλική σφιγγομυελινάση (NPP7) προάγει την απορρόφηση της χοληστερόλης επηρεάζοντας τα επίπεδα σφιγγομυελίνης στο έντερο: μια μελέτη με ποντίκια NPP7 νοκ-άουτ. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2014; 306: G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et αϊ. Η χοληστερόλη λιποπρωτεϊνών υψηλής πυκνότητας και ο κίνδυνος νεφροπάθειας σε ασθενείς με διαβήτη τύπου 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013; 23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Επίδραση της λιποπρωτεϊνικής χοληστερόλης υψηλής πυκνότητας στη σχέση σιδήρου και αιμοσφαιρίνης ορού με τη λειτουργία των νεφρών στο διαβήτη. J Diabetes Complicat Epub πριν από την εκτύπωση στις 29 Μαρτίου 2017.
24. Ceriello Α, De Cosmo S, Rossi MC, et αϊ. Διακύμανση της HbA1c, της αρτηριακής πίεσης, των παραμέτρων λιπιδίων και του ουρικού οξέος ορού και κίνδυνος ανάπτυξης χρόνιας νεφρικής νόσου στον διαβήτη τύπου 2. Diabetes Obes Metab Epub πριν από την εκτύπωση στις 21 Απριλίου 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. Η απώλεια της πρωτεΐνης G γάμμα 7 αλλάζει τη συμπεριφορά και μειώνει το επίπεδο του ραβδωτού άλφα (olf) και την παραγωγή cAMP. J Biol Chem. 2003; 278:6575–9.
26. Ohta Μ, Mimori Κ, Fukuyoshi Υ, et αϊ. Κλινική σημασία της μειωμένης έκφρασης της πρωτεΐνης G γάμμα 7 (GNG7) στον καρκίνο του οισοφάγου. Br J Cancer. 2008; 98:410-7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang Χ, et αϊ. Προσδιορισμός πρωτεΐνης που δεσμεύει νουκλεοτίδια γουανίνης -7 ως επιγενετικά αποσιωπημένο γονίδιο στον καρκίνο κεφαλής και τραχήλου με προφίλ γονιδιακής έκφρασης. Int J Oncol. 2013; 42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et αϊ. Η πολυεθνική μετα-ανάλυση εκτοπικών αποθηκών λίπους σε όλο το γονιδίωμα εντοπίζει τόπους που σχετίζονται με την ανάπτυξη και τη διαφοροποίηση των λιποκυττάρων. Nat Genet. 2017; 49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol Μ, et αϊ. Προγνωστικοί παράγοντες εκτιμώμενης μείωσης του GFR σε ασθενείς με διαβήτη τύπου 2 και διατηρημένη νεφρική λειτουργία. CJASN. 2012; 7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. Μια σάρωση γονιδιώματος για διαβητική νεφροπάθεια σε Αφροαμερικανούς. Kidney Int. 2004; 66:1517-26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. Σάρωση γονιδιώματος για νεφρική νόσο τελικού σταδίου όλων των αιτιών σε Αφροαμερικανούς. Μεταμόσχευση Nephrol Dial. 2005; 20:712-8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Ανάλυση συσχέτισης του γονιδίου ephrin-B2 σε Αφροαμερικανούς με νεφρική νόσο τελικού σταδίου. Am J Nephrol. 2008; 28:914–20.
33. Takahashi Τ, Takahashi Κ, Gerety S, et αϊ. Προσωρινά διαμερισματοποιημένη έκφραση της εφρίνης-Β2 κατά τη διάρκεια της νεφρικής σπειραματικής ανάπτυξης. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. Η ανάστροφη σηματοδότηση EphrinB2 προστατεύει από τριχοειδική αραίωση και ίνωση μετά από τραυματισμό των νεφρών. J Am Soc Nephrol. 2013; 24:559-72.
35. Hashimoto Τ, Karasawa Τ, Saito Α, et al. Η Ephrin-B1 εντοπίζεται στο διάφραγμα της σχισμής του σπειραματικού ποδοκυττάρου. Kidney Int. 2007; 72:954-64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. Τα διαγονιδιακά ποντίκια του υποδοχέα της κινάσης τυροσίνης EphB4 αναπτύσσουν σπειραματοπάθειες που θυμίζουν σπειραματικές αγγειακές παρεκτροπές. Μηχ. Dev. 2003; 120:511-6.
37. 1000 Genomes Project Consortium. Μια παγκόσμια αναφορά για την ανθρώπινη γενετική παραλλαγή. Φύση. 2015; 526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen Τ, Tekola-Ayele F, et al. Το έργο παραλλαγής του αφρικανικού γονιδιώματος διαμορφώνει την ιατρική γενετική στην Αφρική. Φύση. 2015; 517:327–32.
39. Delaneau Ο, Marchini J, Zagury JF. Μια μέθοδος γραμμικής πολυπλοκότητας για χιλιάδες γονιδιώματα. Μέθοδοι Nat. 2011; 9:179–81.
40. Marchini J, Howie Β, Myers S, et αϊ. Μια νέα μέθοδος πολλαπλών σημείων για μελέτες συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα με καταλογισμό γονότυπων. Nat Genet. 2007; 39:906-13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et αϊ. Δυνατότητα μεταφοράς και λεπτή χαρτογράφηση των τόπων διαβήτη τύπου 2 σε Αφροαμερικανούς: η Μελέτη του Candidate Gene Association Resource Plus. Διαβήτης. 2013; 62:965–76.
42. Guan Μ, Ma J, Keaton JM, et αϊ. Συσχέτιση παραλλαγών γονιδίων που σχετίζονται με τη δομή των νεφρών με νεφρική νόσο τελικού σταδίου που αποδίδεται στον διαβήτη τύπου 2 σε Αφροαμερικανούς. Hum Genet. 2016; 135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair Ν, et al. Στρατηγικές για τον εμπλουτισμό της κάλυψης παραλλαγών σε υποψηφίους τόπους ασθενειών σε μια πολυεθνική σειρά γονότυπου. PLoS One. 2016; 11: e0167758.
44. 1000 Genomes Project Consortium. Ένας χάρτης της παραλλαγής του ανθρώπινου γονιδιώματος από την αλληλουχία πληθυσμιακής κλίμακας. Φύση. 2010; 467:1061-73.
45. Chen Η, Wang C, Conomos MP, et al. έλεγχος για τη δομή του πληθυσμού και τη συνάφεια για δυαδικά χαρακτηριστικά σε μελέτες γενετικής συσχέτισης μέσω μικτών μοντέλων λογιστικής. Am J Hum Genet. 2016; 98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Πληθυσμιακή δομή και ιδιοανάλυση. PLoS Genet. 2006; 2: e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: μια γρήγορη και αποτελεσματική μετα-ανάλυση σαρώσεων συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα. Βιοπληροφορική. 2010; 26:2190–1.
48. Freedman ΒΙ, Langefeld CD, Lu L, et αϊ. Διαφορικές επιδράσεις των παραλλαγών κινδύνου MYH9 και APOL1 στη συσχέτιση FRMD3 με διαβητική ESRD σε Αφροαμερικανούς. PLoS Genet. 2011; 7: e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: μια διαδικτυακή εφαρμογή για την εξερεύνηση της δομής απλότυπου του πληθυσμού και τη σύνδεση συσχετισμένων αλληλόμορφων πιθανών λειτουργικών παραλλαγών. Βιοπληροφορική. 2015; 31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: ένας πόρος για την εξερεύνηση των καταστάσεων της χρωματίνης, της διατήρησης και των αλλοιώσεων των ρυθμιστικών μοτίβων εντός συνόλων γενετικά συνδεδεμένων παραλλαγών. Nucleic Acids Res. 2012; 40: D930–4.
51. Οδικός Χάρτης Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, et al. ολοκληρωμένη ανάλυση 111 ανθρώπινων επιγονιδιωμάτων αναφοράς. Φύση. 2015; 518:317–30.
52. Η κοινοπραξία ENCODE Project. Μια ολοκληρωμένη εγκυκλοπαίδεια στοιχείων DNA στο ανθρώπινο γονιδίωμα. Φύση. 2012; 489:57–74.
