Βασικά γονίδια και μονοπάτια που εμπλέκονται στο σχηματισμό κελύφους αυγών σε ηλικιωμένες ωοτόκες όρνιθες

Αφηρημένη

Ιστορικό

Η ποιότητα των κελύφους αυγών πουλερικών συνδέεται στενά με την κερδοφορία της παραγωγής αυγών. Οι κηλίδες από το κέλυφος των αυγών αντικατοπτρίζουν ένα σημαντικό ποιοτικό χαρακτηριστικό που επηρεάζει την εμφάνιση και την προτίμηση των πελατών. Ωστόσο, ο μηχανισμός σχηματισμού κηλίδων παραμένει ελάχιστα κατανοητός. Σε αυτή τη μελέτη, συγκρίναμε συστηματικά τους ανοσολογικούς και αντιοξειδωτικούς δείκτες ορού όρνιθες που γεννούν στίγματα και κανονικά αυγά. Χρησιμοποιήθηκαν αναλύσεις μεταγραφώματος και μεθυλώματος για να διαλευκανθεί ο μηχανισμός σχηματισμού κηλίδων του κελύφους του αυγού.

Οφέλη του cistanche για τους άνδρες-ενισχύουν το ανοσοποιητικό σύστημα

Κάντε κλικ εδώ για να δείτε τα προϊόντα Cistanche Enhance Immunity

【Ζητήστε περισσότερα】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Αποτελέσματα

Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι επτά διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (DEGs) ταυτοποιήθηκαν μεταξύ της φυσιολογικής και της ομάδας κηλίδων. Η ανάλυση εμπλουτισμού συνόλου γονιδίων (GSEA) αποκάλυψε ότι τα εκφραζόμενα γονίδια εμπλουτίστηκαν κυρίως στην οδό σηματοδότησης ασβεστίου, στην εστιακή προσκόλληση και στη σηματοδοτική οδό MAPK. Επιπλέον, ανιχνεύθηκαν 282 διαφορικά μεθυλιωμένα γονίδια (DMGs), εκ των οποίων 15 γονίδια συσχετίστηκαν με τη γήρανση, συμπεριλαμβανομένων των ARNTL, CAV1 και GCLC. Η ανάλυση οδού έδειξε ότι τα DMG συσχετίστηκαν με ανοσία που προκαλείται από Τ κύτταρα, απόκριση στο οξειδωτικό στρες και κυτταρική απόκριση σε ερέθισμα βλάβης του DNA. Η ολοκληρωμένη ανάλυση του μεταγραφώματος και των δεδομένων μεθυλίωσης του DNA αναγνώρισε το BFSP2 ως το μόνο επικαλυπτόμενο γονίδιο, το οποίο εκφράστηκε σε χαμηλά επίπεδα και υπομεθυλιώθηκε στην ομάδα των κηλίδων.

συμπεράσματα

Συνολικά, αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν ότι τα γονίδια και οι οδοί που σχετίζονται με τη γήρανση και το ανοσοποιητικό παίζουν κρίσιμο ρόλο στον σχηματισμό κηλιδωτών κελύφους αυγών, παρέχοντας χρήσιμες πληροφορίες για τη βελτίωση της ποιότητας του κελύφους των αυγών.

cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος

Λέξεις-κλειδιά

Όρνιθες ωοπαραγωγής, Στίγματα αυγών, Μεταγραφή, Μεθυλίωση DNA, Ανοσία

Ιστορικό

Τα αυγά πουλερικών είναι μια από τις πιο σημαντικές πηγές πρωτεΐνης και το σχετικά χαμηλό κόστος τους τα κάνει δημοφιλή στους καταναλωτές. Τις τελευταίες τέσσερις δεκαετίες, η παραγωγή αυγών έχει βελτιωθεί σημαντικά λόγω της ανάπτυξης εξειδικευμένων φυλών αυγών και της γενετικής επιλογής, με στόχο την "Τίτιση ωοπαραγωγών ορνίθων σε 100 εβδομάδες για την παραγωγή 500 αυγών" [ 1, 2]. Ωστόσο, η επίτευξη αυτού του στόχου περιορίστηκε από τη σταδιακή μείωση της ποιότητας και της φυσιολογίας του κελύφους των αυγών που σχετίζεται με τη γήρανση της κότας, με αποτέλεσμα αυξημένο βάρος του κελύφους αυγού, πιο ανοιχτό χρώμα του κελύφους αυγού και στίγματα του κελύφους των αυγών [3]. Η κοκκινοκαφέ κηλίδα, ένα σημαντικό χαρακτηριστικό ποιότητας του κελύφους του αυγού, εμφανίζεται συχνά στο αμβλύ άκρο του καφέ κελύφους, επηρεάζοντας σημαντικά την εμφάνιση του αυγού και την προτίμηση των πελατών. Ο βαθμός κηλίδωσης του κελύφους του αυγού αξιολογείται χρησιμοποιώντας μια μέθοδο βαθμολόγησης. Οι κηλίδες μπορούν να βαθμολογηθούν ανάλογα με την ένταση της χρωστικής, την κατανομή και το μέγεθος των κηλίδων [4]. Επιπλέον, η κληρονομικότητα των στικτών κελύφους αυγών κυμαίνεται από 0,15–0,2, υποδεικνύοντας γενετικό προσδιορισμό [5]. Επιπλέον, μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι οι ηλικιωμένες όρνιθες έχουν υψηλότερο ποσοστό κηλιδωτών κελύφους από τις νεότερες κότες, φτάνοντας το 20% μετά την ηλικία των 60 εβδομάδων [6]. Ο αδένας του κελύφους των αυγών είναι ένα όργανο σχηματισμού αυγού που παίζει κρίσιμο ρόλο στη δομή του κελύφους και στο σχηματισμό χρώματος. Κατά τη διάρκεια του σχηματισμού του αυγού, ο κρόκος ταξιδεύει μέσα από το κάτω άκρο, το μάγκνουμ και τον ισθμό και φτάνει στον αδένα του κελύφους του αυγού, ο οποίος εκκρίνει μεγάλη ποσότητα ασβεστίου, χρωστικής ουσίας, επιδερμίδας και άλλων ουσιών, σχηματίζοντας μια πλήρη δομή του κελύφους και μια εξωτερική επιδερμίδα [7-9. ]. Οποιαδήποτε τροποποίηση ή βλάβη στον αδένα του κελύφους των αυγών επηρεάζει το σχηματισμό της δομής του κελύφους και τη μελάγχρωση [10-12]. Η μεθυλίωση του DNA είναι ένα από τα πρώτα γνωστά μονοπάτια τροποποίησης και περιλαμβάνει τη μεταφορά ομάδων μεθυλίου στην πέμπτη θέση άνθρακα της κυτοσίνης για να σχηματιστεί 5-μεθυλκυτοσίνη [13]. Η μεθυλίωση του DNA παίζει σημαντικό ρόλο στη διαδικασία γήρανσης των ζώων, ρυθμίζοντας την έκφραση γονιδίων που σχετίζεται με την ηλικία και τις αιτιολογίες νευρολογικών, ανοσολογικών και μεταβολικών ασθενειών [14-17]. Επιπλέον, η μεθυλίωση του DNA σε συνδυασμό με περιβαλλοντικούς παράγοντες μπορεί να προκαλέσει διαφορετικούς φαινότυπους κατά τη γήρανση [18]. Αρκετοί σύνθετοι φαινότυποι ζώων έχουν συνδεθεί με τη μεθυλίωση του DNA [19, 20]. Πρόσφατα, ο προσδιορισμός αλληλουχίας RNA (RNA-seq) ήταν χρήσιμος στην αποκάλυψη των γονιδίων και των οδών που κρύβουν τα υποκείμενα χαρακτηριστικά σε μεταγραφικό επίπεδο [21-24], όπως η ανάπτυξη των εμβρυϊκών μυών, η αποτελεσματικότητα της τροφής και το μέγεθος της γέννας. Η προηγούμενη μελέτη μας έδειξε ότι, αν και η εμφάνιση κηλίδων αβγών δεν επηρεάζει την απόδοση των ωοπαραγωγών ορνίθων (μη δημοσιευμένα στοιχεία), οι κηλίδες μπορούν να επηρεάσουν την εμφάνιση των αυγών και να μειώσουν σημαντικά την οικονομική τους αξία. Επιπλέον, οι μοριακοί μηχανισμοί του σχηματισμού στίγματος ωαρίων είναι ελάχιστα κατανοητοί. Ως εκ τούτου, αυτή η μελέτη είχε ως στόχο να αποσαφηνίσει τον μηχανισμό σχηματισμού κηλιδωμένου κελύφους αυγού χρησιμοποιώντας τεχνικές μεταγραφικής και μεθυλίωσης DNA. Δεδομένου ότι τα στικτά τσόφλια αυγών είναι κληρονομήσιμα και σχετίζονται με την ηλικία, χρησιμοποιήσαμε έναν συνδυασμό μεταγραφικών αναλύσεων και αναλύσεων μεθυλίωσης DNA για να εξερευνήσουμε τα βασικά γονίδια και τις οδούς που εμπλέκονται στον σχηματισμό κηλιδωμένου κελύφους αυγού. Αναμένεται ότι τα ευρήματα αυτής της μελέτης θα βελτιώσουν την κατανόηση του μοριακού μηχανισμού σχηματισμού χαρακτηριστικών του κελύφους των αυγών, που θα ήταν χρήσιμο για την αναπαραγωγή ζώων.

Εικ. 1 Κανονικά και στίγματα αυγών από ηλικιωμένες ωοτόκες όρνιθες. Ένα κανονικό αυγό, Β Αυγό με στίγματα

Πίνακας 1 Βιοχημικές παράμετροι ορού των ομάδων φυσιολογικού και στίγματος

Αποτελέσματα

Βιοχημικές παράμετροι ορού

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) σε αντιοξειδωτικές παραμέτρους μεταξύ της κανονικής και της ομάδας κηλίδων.

Μεταγραφικό προφίλ του αδένα του κελύφους του αυγού

Κατασκευάστηκαν έξι βιβλιοθήκες cDNA από τις ομάδες κηλίδων και κανονικών. Μετά τον ποιοτικό έλεγχο, ελήφθησαν συνολικά 615.170.158 ακατέργαστες αναγνώσεις και 604.275.600 καθαρές αναγνώσεις (98,22% των ακατέργαστων αναγνώσεων). Μετά την ευθυγράμμιση χρησιμοποιώντας το λογισμικό HISAT2, το ποσοστό χαρτογράφησης ήταν 90,75–93,18% και το μοναδικό ποσοστό χαρτογράφησης σε όλα τα δείγματα ήταν μεγαλύτερο από 73,47% (Συμπληρωματικός Πίνακας S3). Τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης απεικονίζονται χρησιμοποιώντας έναν χάρτη θερμότητας συστάδων και ανάλυση κύριου συστατικού (PCA). Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στα προφίλ γονιδιακής έκφρασης των δειγμάτων από τις κηλίδες και τις φυσιολογικές ομάδες, καθώς τα δείγματα δεν σχημάτισαν διακριτές ομάδες (Εικ. 2Α, Β). Συνολικά επτά διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (DEGs) ταυτοποιήθηκαν μεταξύ της φυσιολογικής και της ομάδας κηλίδων (p<0.05, |log2 Fold Change|>1), συμπεριλαμβανομένων δύο γονιδίων που ρυθμίζονται προς τα πάνω και πέντε προς τα κάτω (Πίνακας 2). Η ανάλυση εμπλουτισμού συνόλου γονιδίων (GSEA) έδειξε ότι τέσσερα μονοπάτια εμπλουτίστηκαν σημαντικά από τα εκφρασμένα γονίδια (Συμπληρωματικός Πίνακας S4). Οι βαθμολογίες αρνητικού κανονικοποιημένου εμπλουτισμού (NES) έδειξαν χαμηλότερα επίπεδα έκφρασης για ορισμένες οδούς στην κανονική ομάδα σε σύγκριση με εκείνα της ομάδας στίγματος, με τη οδό σηματοδότησης ασβεστίου, την αλληλεπίδραση νευροενεργού συνδέτη-υποδοχέα, την εστιακή προσκόλληση και τη οδό σηματοδότησης MAPK να είναι οι οδοί με το χαμηλότερη έκφραση (Εικ. 2Γ). Οι DEG δένδρων (BFSP2, IQSEC, TMOD4) που ταυτοποιήθηκαν με RNA-seq επαληθεύτηκαν χρησιμοποιώντας ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου (qRT-PCR). Μια παρόμοια έκφραση των τριών γονιδίων ήταν εμφανής χρησιμοποιώντας RNA-Seq και qRT-PCR και ο συντελεστής προσδιορισμού (R2) έφτασε το 0.93 (Εικ. 2D), υποδεικνύοντας ότι τα δεδομένα RNA-seq ήταν αξιόπιστα.

Πίνακας 2 Γονίδια διαφορικής έκφρασης (DEGs) μεταξύ των ορνίθων που γέννησαν στίγματα και των κανονικών αυγών

Εικ. 2 Το προφίλ μεταγραφής του αδένα του κελύφους του αυγού. A Heatmap των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης, B Ανάλυση κύριου συστατικού όλων των γονιδίων με χρήση κανονικοποιημένων τιμών έκφρασης DEseq2, C Τρία αντιπροσωπευτικά σύνολα γονιδίων από τα αποτελέσματα ανάλυσης εμπλουτισμού συνόλου γονιδίων, D Τα αποτελέσματα επαλήθευσης qPCR γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά

Προφίλ μεθυλίωσης DNA του αδένα του κελύφους του αυγού

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (Εικ. 3Α). Η PCA έδειξε ότι τα δείγματα από τις δύο ομάδες δεν ήταν σημαντικά διαφορετικά, καθώς δεν σχημάτισαν ξεχωριστές ομάδες (Εικ. 3Β). Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στα επίπεδα μεθυλίωσης των CG, CHG και CHH μεταξύ των δύο ομάδων (Εικ. 3C). Ωστόσο, η ομάδα κηλίδων έδειξε υψηλότερο επίπεδο μεθυλίωσης CG από την κανονική ομάδα. Οι περιοχές επανάληψης και εξωνίου εμφάνισαν τα υψηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης CG, ενώ η περιοχή 5' UTR είχε τα χαμηλότερα επίπεδα μεθυλίωσης CG (Εικ. 3D). Συνολικά 2788 διαφορικά μεθυλιωμένες περιοχές (DMRs) ταυτοποιήθηκαν μεταξύ της κανονικής και της ομάδας κηλίδων. Τα DMRs εντοπίστηκαν κυρίως στα ιντρόνια (47,45%), ακολουθούμενα από τη διαγονιδιακή περιοχή (36,05%), το εξόνιο (8,29%), τον προαγωγέα (5,95%), το 3'-UTR (1,18%) και το 5'-UTR ( 0,97%) περιφέρειες (Εικ. 4). Επιπρόσθετα, ταυτοποιήθηκαν 282 διαφορικά μεθυλιωμένα γονίδια (DMGs), συμπεριλαμβανομένων 172 υπερμεθυλιωμένων και 74 υπομεθυλιωμένων γονιδίων στην περιοχή του προαγωγέα. Επιπλέον, βρέθηκαν 36 DMG στο σώμα του γονιδίου, συμπεριλαμβανομένων 30 υπερμεθυλιωμένων γονιδίων και έξι υπομεθυλιωμένων γονιδίων. Μετατρέψαμε τα DMG στα ανθρώπινα ορθόλογά τους και λάβαμε 158 σύμβολα γονιδίων που μεταφορτώθηκαν στο Metascape για λειτουργικό σχολιασμό, οντολογία γονιδίων (GO) και αναλύσεις μονοπατιών. Τα γονίδια εμπλουτίστηκαν σε 176 βιολογικές διεργασίες GO, συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης της κυτταρικής απόκρισης στο ερέθισμα του αυξητικού παράγοντα και της ανοσίας που προκαλείται από Τ κύτταρα, της απόκρισης στο οξειδωτικό στρες και της κυτταρικής απόκρισης στο ερέθισμα βλάβης του DNA.

Εικ. 3 Τα συνολικά επίπεδα μεθυλίωσης στις όρνιθες που γεννούν στίγματα και κανονικά αυγά. Μια ανάλυση συσχέτισης των επιπέδων μεθυλίωσης μεταξύ δειγμάτων από τις δύο ομάδες. B Ανάλυση κύριου συστατικού του επιπέδου μεθυλίωσης όλων των δειγμάτων. C Ιστόγραμμα του επιπέδου μεθυλίωσης της θέσης κυτοσίνης στις δύο ομάδες. D Γραμμικό διάγραμμα των επιπέδων μεθυλίωσης διαφορετικών γονιδιωματικών περιοχών. Οι γονιδιωματικές περιοχές κάθε γονιδίου χωρίστηκαν σε 20 κάδους. Στη συνέχεια υπολογίστηκε ο μέσος όρος του επιπέδου μεθυλίωσης της θέσης κυτοσίνης των αντίστοιχων λειτουργικών περιοχών όλων των γονιδίων.

Εικ. 4 Ιστόγραμμα σχολιασμού διαφορικά μεθυλιωμένων περιοχών (DMRs) σε γονιδιωματικές λειτουργικές περιοχές

Εικ. 5 Όροι A GO των DMG. B Η σχέση μεταξύ της γονιδιακής έκφρασης και των επιπέδων μεθυλίωσης του DNA στην ομάδα στίγματος. C Η σχέση μεταξύ γονιδιακής έκφρασης και επιπέδων μεθυλίωσης DNA σε φυσιολογική ομάδα. D Διάγραμμα Venn επικαλυπτόμενων γονιδίων μεταξύ DEG και DMG

Η ανάλυση μονοπατιού έδειξε ότι τα γονίδια εμπλουτίστηκαν σε 19 μονοπάτια της Εγκυκλοπαίδειας Γονιδίων και Γονιδιωμάτων του Κιότο (KEGG), συμπεριλαμβανομένης της αποικοδόμησης του RNA, της ρύθμισης του φλεγμονώδους μεσολαβητή των διαύλων TRP και της οδού σηματοδότησης TNF. Επιπλέον, ανιχνεύθηκαν 25 σύνολα γονιδίων, συμπεριλαμβανομένης της σηματοδότησης από τις Rho GTPases, τον κύκλο RHO GTPase και τον κύκλο CDC42 GTPase. Τα κορυφαία 20 εμπλουτισμένα συμπλέγματα οντολογίας φαίνονται στο Σχ. 5Α. Μεταξύ των 158 ομόλογων ανθρώπινων γονιδίων, τα 15 σχετίζονταν με τη γήρανση ή τη μακροζωία (Συμπληρωματικός Πίνακας S6). Πραγματοποιήθηκε μια ολοκληρωμένη ανάλυση της αλληλουχίας διθειώδους ολικού γονιδιώματος (WGBS) και των δεδομένων RNA-seq για να προσδιοριστεί η σχέση μεταξύ της μεθυλίωσης του DNA και των επιπέδων έκφρασης γονιδίου (Εικ. 5Β και Γ). Υπήρχε αρνητική συσχέτιση μεταξύ της μεθυλίωσης του DNA και των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης ανάντη της θέσης έναρξης της μεταγραφής (TSS) και κατάντη της θέσης τερματισμού της μεταγραφής (TTS). Ωστόσο, δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ της μεθυλίωσης του DNA και των επιπέδων γονιδιακής έκφρασης στο σώμα του γονιδίου. Το διάγραμμα Venn έδειξε ότι το BFSP2 ήταν το μόνο επικαλυπτόμενο γονίδιο μεταξύ DMG και DEG (Εικ. 5D).

Συζήτηση

Μελέτες πολλών ετών έχουν δείξει ότι ο σχηματισμός κηλίδων στα τσόφλια των αυγών είναι κληρονομικός και οι ηλικιωμένες ωοτόκες όρνιθες παράγουν υψηλότερο ποσοστό στίγματος κελύφους αυγών από τις νεότερες κότες [6]. Η γήρανση των ωοπαραγωγών ορνίθων συχνά συνοδεύεται από χρόνια φλεγμονή και οξειδωτικό στρες [25, 26]. Οι παράμετροι αίματος των ζώων αντικατοπτρίζουν τη φυσιολογική και διατροφική τους κατάσταση. Τα SOD, GSH-PX, GSH, CAT και T-AOC είναι συστατικά του αντιοξειδωτικού αμυντικού συστήματος. Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης υποδεικνύουν ότι δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στην αντιοξειδωτική ικανότητα των ηλικιωμένων ορνίθων μεταξύ των ομάδων με κηλίδες και κανονικές, κάτι που είναι αντίθετο με τα ευρήματα των Moreno και Osorno [27]. Ο Moreno ανέφερε ότι τα πουλιά που γεννούν αυγά με στίγματα μπορεί να υποφέρουν από φυσιολογικό στρες λόγω της προ-οξειδωτικής λειτουργίας του κύριου συστατικού του στίγματος και έχουν υψηλότερη ανοχή στο οξειδωτικό στρες [28]. Οι διαφορές στα αποτελέσματα θα μπορούσαν να αποδοθούν στα διαφορετικά είδη που χρησιμοποιήθηκαν στις μελέτες.

cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος

Οι ανοσοσφαιρίνες είναι πρωτεΐνες που εμπλέκονται σε αντιφλεγμονώδεις διεργασίες και παίζουν ρυθμιστικό ρόλο στις φλεγμονώδεις αντιδράσεις [29]. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι τα πουλιά Blue Tit που γεννούν στίγματα αυγών εμφανίζουν χαμηλά επίπεδα ολικής ανοσοσφαιρίνης [30]. Ομοίως, τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης έδειξαν ότι τα πτηνά στην ομάδα με στίγματα είχαν σημαντικά χαμηλότερα επίπεδα IgA ορού σε σύγκριση με εκείνα της κανονικής ομάδας, υποδεικνύοντας ότι οι όρνιθες στην ομάδα με στίγματα μπορεί να έχουν χαμηλότερη αντιφλεγμονώδη ικανότητα, η οποία είναι σύμφωνη με την ευρήματα των Martínez και Merino [30]. Η IgA, ως ένας από τους σημαντικούς δείκτες για την αξιολόγηση της χυμικής ανοσολογικής λειτουργίας των πουλερικών, έχει αντιικές, αντιβακτηριακές και αντιτοξίνες [31]. Μελέτες έχουν δείξει ότι η διατροφική συμπλήρωση μαγιάς-γλυκάνης μπορεί να αυξήσει την περιεκτικότητα IgA ορού. Η αυξημένη περιεκτικότητα σε IgA μπορεί να αυξήσει την ικανότητα ενός ατόμου να διατηρήσει την ανοσολογική ομοιόσταση, οδηγώντας σε πιθανά οφέλη για την υγεία [32]. Μελέτες έχουν επίσης δείξει ότι καθώς οι ωοτόκες όρνιθες γερνούν, η αντοχή τους σε εξωτερικά παθογόνα μειώνεται [33]. Όταν τα παθογόνα εισέρχονται στο σώμα των ηλικιωμένων ωοπαραγωγών ορνίθων, το αμυντικό σύστημα του βλεννογόνου των ιστών των ωοθηκών μπορεί να υποστεί βλάβη λόγω της ταυτόχρονης μείωσης της ανοσίας [34]. Ωστόσο, ένα υψηλότερο επίπεδο IgA μπορεί να αυξήσει την ικανότητα του σώματος να διατηρεί την ανοσολογική ομοιόσταση, αποτρέποντας την εισβολή παθογόνων στον υποβλεννογόνιο ιστό της ωοθήκης, διατηρώντας έτσι την καλή ποιότητα του κελύφους των αυγών. Επιπλέον, η ανάλυση RNA-seq εντόπισε επτά DEG μεταξύ των ομάδων κηλίδων και φυσιολογικών ομάδων, συμπεριλαμβανομένων των IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK και ενός ψευδογονιδίου. Το IQSEC3, μέλος της οικογένειας παραγόντων ανταλλαγής νουκλεοτιδίων γουανίνης ARF (GEFs) που είναι ανθεκτικοί στο brefeldin A [35, 36], προάγει την ανάπτυξη ανασταλτικών συνάψεων δεσμεύοντας με γεφυρίνη [37]. Το IQSEC3 είναι λειτουργικά σημαντικό για τη διατήρηση της δραστηριότητας του δικτύου in vivo. Το knockdown IQSEC3 στην οδοντωτή έλικα του ιππόκαμπου σε τρωκτικά μειώνει την πυκνότητα των GABAergic συνάψεων και αυξάνει την ευαισθησία σε σοβαρές κρίσεις [38]. Ωστόσο, δεν υπάρχουν μελέτες για τη λειτουργία του IQSEC3 στα πουλερικά.

Το γάμμα-αμινοβουτυρικό οξύ (GABA) είναι ο κύριος ανασταλτικός νευροδιαβιβαστής στο κεντρικό νευρικό σύστημα των σπονδυλωτών [39] και μπορεί να αλλάξει τη δομή του υποδοχέα και τη διαπερατότητα ιόντων του αντίστοιχου υποδοχέα [40]. Το GABA μπορεί να δράσει απευθείας στα σωληναριακά λεία μυϊκά κύτταρα μέσω του GABAA-R ή του GABAB-R, τα οποία βρίσκονται στο τοίχωμα της σάλπιγγας και συμμετέχουν ρυθμίζοντας τη σωληναριακή συσταλτικότητα σε κουνέλια [39], ανθρώπους [41] και αρουραίους [42]. Μελέτες έχουν δείξει ότι το GABRA1 παίζει σημαντικό ρόλο στην παραγωγή αυγών. Τα υψηλά επίπεδα έκφρασης του GABRA1 μπορούν να αναστείλουν τον πολλαπλασιασμό των κοκκιωδών κυττάρων, να ενισχύσουν την κυτταρική απόπτωση και να αναστείλουν τη σύνθεση και έκκριση προγεστερόνης, με αποτέλεσμα τη μειωμένη παραγωγή ωαρίων [43-45]. Ο ρυθμός ωοτοκίας των ωοπαραγωγών ορνίθων είναι μια νευροτροποποιητική διαδικασία [46, 47]. Με βάση αυτά τα αποτελέσματα, υποθέτουμε ότι υπάρχει μια λεπτή σχέση μεταξύ του σχηματισμού κηλίδων του κελύφους του αυγού και του νευρικού συστήματος, αν και η ακριβής σύνδεση απαιτεί περαιτέρω έρευνα.

Το TMOD4, μέλος μιας οικογένειας πρωτεϊνών που καλύπτουν τα μυτερά άκρα των νηματίων ακτίνης [48], εκφράζεται στους σκελετικούς μυς και την καρδιά [49, 50]. Μελέτες έχουν αναφέρει ότι το TMOD4 υπάρχει σε φακούς ενηλίκων κοτόπουλου, ερυθροκύτταρα και ίνες σκελετικών μυών ταχείας συστολής [51]. Το TMOD4 έχει βρεθεί ότι συμμετέχει στη συναρμολόγηση των μυοϊνιδίων, στη σύσπαση των μυών και στη διαφοροποίηση [52-54]. Η σύσπαση του ωοθηκικού μυός κάνει το ωάριο να περιστρέφεται στη μήτρα, επιτρέποντας την ομοιόμορφη εναπόθεση της χρωστικής στην επιφάνεια του κελύφους του αυγού. Εικάζουμε ότι ο σχηματισμός στίγματα ωαρίων μπορεί να σχετίζεται με τη συστολή των μυών του ωοθηκικού πόρου, αλλά απαιτείται περαιτέρω έρευνα. Το GSEA χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση της βιολογικής λειτουργίας όλων των εκφραζόμενων γονιδίων για να αποφευχθεί η απώλεια ορισμένων ενδιαφερόντων συνόλων γονιδίων μέσω της στρατηγικής χωρίς αποκοπή. Τα εκφραζόμενα γονίδια εμπλουτίστηκαν κυρίως στη σηματοδοτική οδό ασβεστίου, στην εστιακή προσκόλληση, στη σηματοδοτική οδό MAPK και στην αλληλεπίδραση νευροενεργού συνδέτη-υποδοχέα. Έχει αναφερθεί ότι στη διαδικασία της ανοργανοποίησης του κελύφους των αυγών, γονίδια που σχετίζονται με τη σηματοδοτική οδό του ασβεστίου εμπλέκονται στην απορρόφηση ιόντων ασβεστίου και ανθρακικών ιόντων από το αίμα και μεταφέρονται στο υγρό της μήτρας μέσω των επιθηλιακών κυττάρων του ωαρίου για να συμμετάσχουν στο κέλυφος του αυγού. ανοργανοποίηση [46, 55]. Όταν τα ιόντα ασβεστίου και ανθρακικών συνεχίζουν να ανοργανοποιούνται στο κέλυφος του αυγού, το αυγό περιστρέφεται συνεχώς στη μήτρα και η χρωστική ουσία του κελύφους του αυγού, η πρωτοπορφυρίνη-IX, μπορεί να αποτεθεί ομοιόμορφα στην επιφάνεια του κελύφους του αυγού [56]. Υποθέτουμε ότι η διαφορά στην παροχή ιόντων ανθρακικού και ασβεστίου μεταξύ των δύο ομάδων μπορεί να οδήγησε στην άνιση κατανομή της χρωστικής στη διαδικασία εναπόθεσης στην επιφάνεια του κελύφους του αυγού, προκαλώντας κηλίδες στο κέλυφος των αυγών.

cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος

Οι εστιακές συμφύσεις είναι μακρομοριακές δομές που σχηματίζουν μηχανικές συνδέσεις μεταξύ του ενδοκυτταρικού κυτταροσκελετού της ακτίνης και των συστατικών της εξωκυτταρικής μήτρας [57]. Έχει αποδειχθεί ότι οι εστιακές συμφύσεις διαδραματίζουν ζωτικό ρόλο στη διατήρηση της μορφολογίας και της λειτουργίας του ωαγωγού στους κινέζικους καφέ βατράχους [58], ενώ οι εστιακές συμφύσεις έχουν επίσης εμπλακεί στον μηχανισμό των διαφορών παραγωγής αυγών στα κοτόπουλα Jinghai Yellow και Nandan-Yao οικόσιτα κοτόπουλα [59, 60]. Στην τρέχουσα μελέτη, οι εστιακές συμφύσεις συμμετείχαν στο σχηματισμό κηλίδων του κελύφους των αυγών, αλλά ο συγκεκριμένος συμμετοχικός μηχανισμός εξακολουθεί να απαιτεί περαιτέρω διερεύνηση. Η οδός MAPK έχει τρία εξέχοντα μέλη: ενεργοποιημένη από μιτογόνο πρωτεΐνη κινάση p38 (p38 MAPK), Jun N-τερματική κινάση (JNK) και κινάση εξωκυτταρικής απόκρισης (ERK), τα οποία μαζί ρυθμίζουν την κυτταρική ανάπτυξη, διαφοροποίηση, απόπτωση, φλεγμονή και άλλα σημαντικές φυσιολογικές αποκρίσεις [61]. Η οδός MAPK ERK 1/2 έχει αποδειχθεί ότι διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη, ανάπτυξη και διαφοροποίηση του ωαγωγού και της μήτρας [62]. Οι Wang et al. χρησιμοποίησε το Βανάδιο για να προκαλέσει την ανάπτυξη των επιθηλιακών κυττάρων του ωοαγωγού και διαπίστωσε ότι τα μέλη της οικογένειας MAPK ενεργοποιήθηκαν, οδηγώντας σε οξειδωτικό στρες του ωοθηκικού πόρου, μειωμένη κυτταρική δραστηριότητα και κυτταρική απόπτωση [63]. Στην τρέχουσα μελέτη, διαπιστώσαμε ότι η οδός σήματος MAPK στην ομάδα με στίγματα ήταν ουσιαστικά εμπλουτισμένη και, επομένως, υποθέτουμε ότι οι όρνιθες που γεννούν στίγματα αυγά μπορεί να είχαν υποστεί κάποιο άγχος, με κάποιο αντίκτυπο στον ωαγωγό. Οι αλληλεπιδράσεις νευροενεργού συνδέτη-υποδοχέα σχετίζονται με τη σύνθεση στεροειδών ορμονών στις γονάδες. Παίζουν ουσιαστικό ρόλο στη ρύθμιση της παραγωγής αυγών και της λειτουργίας των ωοθηκών στα πουλερικά [59, 64]. Το διαφορικά εκφρασμένο γονίδιο, το GABRA2, ανήκει επίσης στο μονοπάτι αλληλεπίδρασης νευροενεργού συνδέτη-υποδοχέα. Δεδομένου ότι οι κηλίδες από το κέλυφος των αυγών εμφανίζονται ως αποτέλεσμα της παραγωγής αυγού και η παραγωγή αυγών είναι μια ρυθμική διαδικασία, ο ουσιαστικός εμπλουτισμός των αλληλεπιδράσεων νευροδραστικών προσδέματος-υποδοχέα στην ομάδα με στίγματα μάς οδηγεί στο να υποθέσουμε ότι μπορεί να υπάρχουν διαφορές στην απόδοση παραγωγής αυγών μεταξύ των ορνίθων που γεννούν στίγματα. και κότες που γεννούν κανονικά αυγά, αλλά αυτό απαιτεί περαιτέρω εξερεύνηση.

Οι περιβαλλοντικοί παράγοντες μπορούν να επηρεάσουν τη γονιδιακή έκφραση μέσω επιγενετικών τροποποιήσεων. Ο συνδυασμός γενετικών και επιγενετικών τροποποιήσεων θα μπορούσε να είναι χρήσιμος στην εξήγηση του μηχανισμού σχηματισμού σύνθετων χαρακτηριστικών [19, 65]. Η σχέση μεταξύ της μεθυλίωσης του DNA σε όλο το γονιδίωμα και της γονιδιακής έκφρασης έχει μελετηθεί εδώ και χρόνια [66, 67]. Γενικά, η μεθυλίωση του DNA καταστέλλει τη γονιδιακή έκφραση [68]. Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης συμφωνούν με προηγούμενα ευρήματα στο ότι τα υψηλά επίπεδα γονιδιακής έκφρασης σχετίζονται με χαμηλή μεθυλίωση του DNA στην περιοχή του προαγωγέα [67, 68]. Ωστόσο, δεν παρατηρήθηκε εμφανής τάση στην περιοχή του σώματος του γονιδίου, κάτι που μπορεί να οφείλεται στο ότι τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης ρυθμίζονται επίσης από άλλους παράγοντες [69, 70]. Η ανάλυση λειτουργικού εμπλουτισμού αποκάλυψε ότι τα DMG ήταν κυρίως εμπλουτισμένα σε ανοσία που προκαλείται από Τ κύτταρα, απόκριση στο οξειδωτικό στρες και κυτταρική απόκριση σε ερεθίσματα βλάβης του DNA, και οι περισσότερες οδοί συνδέονται με τη γήρανση [71-73]. Άλλα γονίδια που σχετίζονται με τη γήρανση έχουν επίσης εντοπιστεί, συμπεριλαμβανομένων των GCLC [74], CAV1 [75] και LYN [76]. Ένας συνδυασμός δεδομένων μεταγραφώματος και μεθυλίωσης DNA έδειξε ότι το BFSP2 ήταν το μόνο επικαλυπτόμενο γονίδιο και εκφραζόταν σημαντικά τόσο σε μεθυλίωση του DNA όσο και σε μεταγραφικά επίπεδα. Το BFSP2 υπομεθυλιώθηκε και τα επίπεδα έκφρασής του ήταν χαμηλά στην ομάδα των κηλίδων, υποδηλώνοντας ότι η έκφραση γονιδίου ρυθμίζεται από άλλους μεταγραφικούς παράγοντες εκτός από την τροποποίηση μεθυλίωσης. Επιπλέον, το BFSP2 έχει αναγνωριστεί ως υποψήφιο γονίδιο σε αυτοσωμικά επικρατούντες συγγενείς καταρράκτες [77] και προοδευτική νόσο καταρράκτη [78]. Αν και έχει αποδειχθεί ότι το BFSP2 σχετίζεται με την ανάπτυξη των ματιών στα κοτόπουλα [79], οι μελέτες για άλλες λειτουργίες στα κοτόπουλα είναι περιορισμένες. Ως εκ τούτου, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να αποσαφηνιστεί ο ρόλος του στο σχηματισμό κηλιδωμένου κελύφους αυγού.

Οφέλη του cistanche για τους άνδρες-ενισχύουν το ανοσοποιητικό σύστημα

συμπεράσματα

Συμπερασματικά, οι ανοσολογικοί δείκτες ορού υποδεικνύουν ότι η περιεκτικότητα IgA στην ομάδα με στίγματα ήταν σημαντικά χαμηλότερη από αυτή στην κανονική ομάδα και εικάζουμε ότι μια μειωμένη ανοσοποιητική λειτουργία συσχετίζεται στενά με τον σχηματισμό κηλίδων του κελύφους αυγού. Η ανάλυση μεταγραφώματος ανίχνευσε επτά DEGs μεταξύ των στίγματος και των φυσιολογικών ομάδων, εκ των οποίων τα IQSEC3, GABRA2 και BFSP2 ταυτοποιήθηκαν ως δυνητικά σημαντικά γονίδια που σχετίζονται με το σχηματισμό στικτών ωαρίων. Η ανάλυση μεθυλίωσης DNA εντόπισε τα DMG που σχετίζονται με την ανοσία που προκαλείται από Τ κύτταρα, την απόκριση στο οξειδωτικό στρες και την κυτταρική απόκριση σε ερέθισμα βλάβης του DNA. Από τα 282 DMG που εντοπίστηκαν, τα 15 σχετίστηκαν με τη γήρανση. Η ολοκληρωμένη ανάλυση του μεταγραφώματος και της μεθυλίωσης του DNA αποκάλυψε ότι το μόνο επικαλυπτόμενο γονίδιο ήταν το BFSP2, το οποίο ελάχιστα έχει μελετηθεί σε κοτόπουλα. Τα δεδομένα που παρουσιάζονται εδώ υποδεικνύουν ότι τα μονοπάτια του ανοσοποιητικού και της γήρανσης των ωοπαραγωγών ορνίθων μπορεί να συμβάλλουν στον σχηματισμό στίγματος κελύφους αυγού, βελτιώνοντας την κατανόησή μας για τον μηχανισμό δημιουργίας κηλίδων από κελύφη αυγού.

βιβλιογραφικές αναφορές

1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Αύξηση της επιμονής στην ωοτοκία και σταθεροποίηση της ποιότητας των αυγών σε μεγαλύτερους κύκλους ωοτοκίας. Ποιες είναι οι προκλήσεις; Br Poult Sci. 2016; 57 (3): 330–8.

2. Pottgüter R. Ταΐζοντας ωοτόκες όρνιθες μέχρι την ηλικία των 100 εβδομάδων. Lohmann Inf. 2016; 50:18–21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Αλλαγές στα ποιοτικά χαρακτηριστικά των αυγών κατά την τελευταία φάση παραγωγής: υπάρχει δυνατότητα για εκτεταμένο κύκλο ωοτοκίας; Br Poult Sci. 2016; 57 (6): 842–7.

4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Γιατί τα αυγά των πουλιών είναι στίγματα; Ecol Lett. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Σχέση μεταξύ του χρώματος του κελύφους και της συχνότητας εμφάνισης κηλίδων σε καφέ γραμμές αυγών. Στο: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. Σελ. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Ποιότητα ωαρίων φακίδων και παράγοντες που επηρεάζουν. Chinese Poult Sci. 2019;41(19):6–9 (Στα Κινέζικα).

7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Το κέλυφος του αυγού: δομή, σύνθεση και ανοργανοποίηση. Front Biosci (Εκδ. Landmark). 2012; 17 (4): 1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Χρώμα κελύφους αυγών σε όρνιθες ωοπαραγωγής καφέ-αυγών - μια κριτική. Poult Sci. 2015;94(10):2566–75.

9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Κατανόηση του σχηματισμού της επιδερμίδας του αυγού των πτηνών στον ωαγωγό: μια μελέτη της προέλευσης και της εναπόθεσής του. Biol Reprod. 2017; 97 (1): 39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Το διαιτητικό χλωριούχο κάδμιο βλάπτει τη βιομεταλλοποίηση του κελύφους διαταράσσοντας τον μεταβολισμό του αδένα του κελύφους των αυγών στις ωοτόκες όρνιθες. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Επιδείνωση της ποιότητας του κελύφους των αυγών σε όρνιθες ωοπαραγωγής πειραματικά μολυσμένες με τον ιό της γρίπης των πτηνών H9N2. Vet Res. 2016; 47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin-3-αποχρωματισμός του κελύφους αυγού με προστασία από βανάδιο μέσω P38MAPK-Nrf2/HO-1 μονοπάτι σηματοδότησης στις ωοπαραγωγικές όρνιθες. Poult Sci. 2018; 97 (9): 3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Μελέτες σχετικά με τη χημική φύση της ουσίας που προκαλεί μετασχηματισμό πνευμονιοκοκκικών τύπων: επαγωγή μετασχηματισμού από κλάσμα δεσοξυριβονουκλεϊκού οξέος που απομονώθηκε από πνευμονιόκοκκο τύπου ΙΙΙ. J Εχρ Med. 1944;79(2):137–58.

14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor ΜΑ, Dolinoy DC. Μεθυλίωση και υδροξυμεθυλίωση DNA σε όλο το επιγονιδίωμα που σχετίζεται με την ηλικία σε διαμήκη αίμα ποντικού. Επιγενετική. 2018; 13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. Η μεθυλίωση του DNA ρύθμισε την έκφραση γονιδίου στην ίνωση οργάνων. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. Ehrlich M. Υπερμεθυλίωση DNA στη νόσο: μηχανισμοί και κλινική σημασία. Επιγενετική. 2019; 14(12):1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Epigenetics in Human Obesity and Type 2 Diabetes. Cell Metab. 2019; 29 (5): 1028–44.

18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Η κατανάλωση αιθανόλης από τη μητέρα αλλάζει τον επιγονότυπο και τον φαινότυπο των απογόνων σε ένα μοντέλο ποντικού. PLoS Genet. 2010; 6(1): e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Ανίχνευση βασικών γονιδίων και επιγενετικών δεικτών για λιπώδες ήπαρ κοτόπουλου σε ευρεία κλίμακα γονιδιώματος. Int J Mol Sci. 2020; 21 (5): 1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J, et al. Μοτίβα μεθυλίωσης DNA και έκφραση γονιδίων που σχετίζονται με το μέγεθος της γέννας στον πλακούντα χοίρου Berkshire. PLoS ONE. 2017; 12(9):e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Song X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B, et al. Η αλληλουχία των μεταγραφομένων αποκαλύπτει γονίδια που εμπλέκονται στο οξειδωτικό στρες που προκαλείται από το κάδμιο στην καρδιά του κοτόπουλου. Poult Sci. 2021; 100 (3): 100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Μεταγραφική ανάλυση φυσικών φονικών κυττάρων ενδοεπιθηλιακών λεμφοκυττάρων κοτόπουλου που έχουν μολυνθεί με πολύ λοιμώδη ιό της θυλακικής νόσου. Sci Rep. 2020; 10(1):18348.

23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Μεταγραφική ανάλυση της ανάπτυξης των εμβρυϊκών μυών στο Chengkou Mountain Chicken. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 431.

24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Χαρακτηρισμός και Δωδεκαδακτυλική Μεταγραφική Ανάλυση κινέζικων βοοειδών με αποκλίνουσα απόδοση τροφής με χρήση RNA-Seq. Μπροστινό Genet. 2021; 12:741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S, et al. Η επίδραση του οξειδωτικού στρες στην ωοθήκη του κοτόπουλου: Συμμετοχή παρεμβάσεων μικροβίων και μελατονίνης. Αντιοξειδωτικά (Βασιλεία). 2021; 10(9):1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Επίπεδα ασβεστίου και χοληκαλσιφερόλης σε ωοτόκες όρνιθες όψιμης φάσης: Επιδράσεις στα παραγωγικά χαρακτηριστικά, την ποιότητα των αυγών, τη βιοχημεία του αίματος και τις ανοσολογικές αντιδράσεις. Front Vet Sci. 2020; 7:389.

27. Moreno J, Osorno JL. Χρώμα αυγού πτηνών και σεξουαλική επιλογή: η μελάγχρωση του κελύφους του αυγού αντικατοπτρίζει τη γυναικεία κατάσταση και τη γενετική ποιότητα; Ecol Lett. 2003; 6(9): 803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporphyrin IX and oxidative stress. Free Radic Res. 1999; 31 (3): 161-70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Φυσικά αντισώματα, ενδοφλέβια ανοσοσφαιρίνη και ο ρόλος τους στην αυτοανοσία, τον καρκίνο και τη φλεγμονή. Clin Εχρ Immunol. 2009;158(Suppl 1):43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Είναι η κηλίδα του κελύφους των αυγών και οι χρωματικοί δείκτες υγείας και κατάστασης στα μπλε βυζιά Cyanistes caeruleus; J Avian ΒίοΙ. 2007;38(3):377–84.

31. Fagarasan S, Honjo T. Σύνθεση εντερικής IgA: ρύθμιση της άμυνας του σώματος πρώτης γραμμής. Nat Rev Immunol. 2003; 3(1): 63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Το συμπλήρωμα βήτα-γλυκάνης με διαιτητική μαγιά βελτιώνει το χρώμα του κελύφους των αυγών και την εκκόλαψη των γόνιμων αυγών καθώς και ενισχύει τις λειτουργίες του ανοσοποιητικού στον εκτροφέα όρνιθες ωοπαραγωγής. Int J Biol Macromol. 2020; 159:607–21.

33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Age-related modulation of the istmic and uterine mucosal έμφυτο ανοσοπροστατευτικό σύστημα σε όρνιθες ωοπαραγωγής. Poult Sci. 2019; 98 (7): 3022–8.

34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Η έκθεση σε τρι-ορθο-κρεζυλοφωσφορικό άλας οδηγεί σε χαμηλή παραγωγή αυγών και κακή ποιότητα του κελύφους των αυγών μέσω της διαταραχής της ανάπτυξης των ωοθυλακίων και της λειτουργίας του κελύφους στις ωοπαραγωγές όρνιθες. Ecotoxicol Environ Saf. 2021;225:112771.

35. Fukaya Μ, Kamata Α, Hara Υ, Tamaki Η, Katsumata Ο, Ito Ν, Takeda S, Hata Υ, Suzuki Τ, Watanabe Μ, et αϊ. Το SynArfGEF είναι ένας παράγοντας ανταλλαγής νουκλεοτιδίων γουανίνης για το Arf6 και εντοπίζεται κατά προτίμηση σε μετασυναπτικές εξειδικεύσεις ανασταλτικών συνάψεων. J Neurochem. 2011; 116(6):1122–37.

36. Εμ JW. Συναπτικές λειτουργίες της οικογένειας IQSEC παραγόντων ανταλλαγής νουκλεοτιδίων γουανίνης παράγοντα ριβοσυλίωσης ADP. Neurosci Res. 2017; 116:54–9.

37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y, et al. Το μοτίβο IQ και η πρωτεΐνη 3 που περιέχει το πεδίο SEC7 (IQSEC3) αλληλεπιδρά με τη γεφυρίνη για να προάγει τον ανασταλτικό σχηματισμό συνάψεων. J Biol Chem. 2016;291(19):10119–30.

38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J, et al. Η απώλεια του IQSEC3 διαταράσσει τη συντήρηση της GABAergic Synapse και μειώνει την έκφραση της σωματοστατίνης στον ιππόκαμπο. Cell Rep. 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. Διέγερση της συσταλτικότητας του απομονωμένου ωοαγωγού κουνελιού με μεσολάβηση υποδοχέα GABAB. Eur J Pharmacol. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. μεταβολισμός και μεταφορά GABA: επιδράσεις στη συναπτική αποτελεσματικότητα. Neural Plast. 2012; 2012: 805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. Υψηλή πυκνότητα συγκεκριμένων θέσεων δέσμευσης GABA στην ανθρώπινη σάλπιγγα. Neurosci Lett. 1983, 42(2):155–60.

42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Υψηλότερες συγκεντρώσεις GABA στη σάλπιγγα από ότι στον εγκέφαλο του αρουραίου. J Neurochem. 1982;38(4):1174–6.

43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Η συγκριτική ανάλυση μεταγραφικών ωοθυλακίων αποκαλύπτει τα βασικά γονίδια και τις οδούς σηματοδότησης που εμπλέκονται στην παραγωγή αυγών κότας. BMC Genomics. 2021; 22(1):899.

44. Chen X, Sun X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Η ανάλυση μεταγραφής των ωοθυλακίων των ωοθηκών αποκαλύπτει πιθανά βασικά γονίδια που σχετίζονται με αυξημένα και μειωμένα ποσοστά παραγωγής αυγών κοτόπουλου. Μπροστινό Genet. 2021; 12:622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Το προφίλ μεταγραφής προσδιορίζει διαφορικά εκφρασμένα γονίδια στις ωοθήκες της χήνας Huoyan μεταξύ της περιόδου ωοτοκίας και της παύσης περιόδου. PLoS ONE. 2014;9(11):e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y, et αϊ. Το κιρκάδιο miR-449c-5p ρυθμίζει τη μεταφορά Ca({3}}) της μήτρας κατά την ασβεστοποίηση του κελύφους των αυγών στα κοτόπουλα. BMC Genomics. 2021; 22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M, et al. Η ανάλυση μεταγραφής αποκαλύπτει διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια που σχετίζονται με υψηλά ποσοστά παραγωγής αυγών στον άξονα υποθαλάμου υπόφυσης-ωοθήκης κοτόπουλου. Sci Rep. 2020; 10(1):5976.

48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. Γονιδιωματική οργάνωση των Tropomodulins 2 και 4 και ασυνήθιστη διαγονιδιακή και ενδοεξονική συναρμογή YL-1 και Tropomodulin 4. BMC Genomics. 2001; 2:7.

49. Cox PR, Zoghbi HY. Αλληλουχία, ανάλυση έκφρασης και χαρτογράφηση τριών μοναδικών γονιδίων ανθρώπινης τροπομοδουλίνης και των ορθολόγων ποντικών τους. Γονιδιωματική. 2000; 63 (1): 97-107.

50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Τροπομοντουλίνες: πρωτεΐνες κάλυψης με αιχμηρό άκρο που ρυθμίζουν την αρχιτεκτονική του νήματος ακτίνης σε διάφορους τύπους κυττάρων. Κυτοσκελετός (Hoboken). 2012; 69 (6): 337–70.

51. Almenar-Quealt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Προσδιορισμός μιας νέας ισομορφής τροπομοδουλίνης, της σκελετικής τροπομοδουλίνης, που καλύπτει τα μυτερά άκρα του νήματος της ακτίνης σε γρήγορους σκελετικούς μύες. J Biol Chem. 1999;274(40):28466-75.

52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. Αλληλουχία και χαρακτηρισμός των lncRNAs στον μυ του μαστού των κοτόπουλων Gushi και Arbor Acres. Γονιδίωμα. 2018; 61 (5): 337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren Η, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L, et αϊ. Ανάλυση συνέκφρασης γονιδίων που σχετίζονται με το βάρος του εμβρύου σε σκελετικούς μύες προβάτων κατά τη διάρκεια των μεσαίων και όψιμων σταδίων εμβρυϊκής ανάπτυξης. Int J Biol Sci. 2014; 10(9):1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Η ανάλυση μεταγραφής αποκαλύπτει μια μοριακή κατανόηση του νικοτιναμιδίου και του βουτυρικού νατρίου στην ποιότητα του κρέατος των κοτόπουλων κρεατοπαραγωγής υπό υψηλή πυκνότητα εκτροφής. BMC Genomics. 2020; 21 (1): 412.

55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Ενσωμάτωση δεδομένων μεταγραφώματος, πρωτεώματος και QTL για την ανακάλυψη λειτουργικά σημαντικά γονιδίων για το σχηματισμό κελύφους αυγών πάπιας και λευκώματος. Γονιδιωματική. 2020; 112(5):3687–95.

56. Nys Υ, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke ΜΤ. Μεταλλοποίηση κελύφους αυγού πτηνών: βιοχημικός και λειτουργικός χαρακτηρισμός πρωτεϊνών μήτρας. CR Palevol. 2004; 3(6–7):549–62.

57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Το σχήμα κυψέλης παρέχει παγκόσμιο έλεγχο της διάταξης εστιακής πρόσφυσης. Biochem Biophys Res Commun. 2003; 307 (2): 355–61.

58 Su H, Zhang Η, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Συγκριτική Πρωτεομική Ανάλυση του ωαγωγού Rana chensinensis. Μόρια. 2018; 23(6):1384.

59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Μεταγραφική ανάλυση της ωοθήκης σε σχετικά μεγαλύτερο και μικρότερο ωάριο που παράγει Jinghai Yellow Chicken. Anim Reprod Sci. 2019; 208:106114.

60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Η μεταγραφική ανάλυση αποκαλύπτει βασικά γονίδια και μονοπάτια που σχετίζονται με την παραγωγή αυγών στο οικόσιτο κοτόπουλο Nandan-Yao. Comp Biochem Physiol Μέρος Δ Genomics Proteomics. 2021; 40: 100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Απόπτωση κοκκιωδών κυττάρων: ανασκόπηση σχετικά με το ρόλο των μονάδων σηματοδότησης MAPK. Reprod Domest Anim. 2003;38(3):209–13.

62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. Το AHCYL1 διαμεσολαβείται από την επαγόμενη από οιστρογόνα σηματοδότηση κυττάρων ERK1/2 MAPK και τη ρύθμιση του microRNA για να επηρεάσει τις λειτουργικές πτυχές του ωοαγωγού των πτηνών. PLoS ONE. 2012; 7(11): e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Οι οξειδωτικές και αποπτωτικές επιδράσεις βαναδικού μεσολαβούνται από την οδό MAPK-Nrf2 σε επιθηλιακά κύτταρα στοιβάδας ωοαγωγού magnum. Μεταλλικά. 2017; 9 (11): 1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Συγκριτική μεταγραφική ανάλυση ωοθηκών πάπιας υψηλής και χαμηλής παραγωγής ωαρίων. Poult Sci. 2017; 96 (12): 4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Transcriptomic and Epigenetic Preservation of Genetic Sex Identity in Male Chicken Embryonic Gonads. Ενδοκρινολογία. 2021;162(1):bqaa208.

66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X, et al. Προφίλ μεθυλίωσης DNA σε όλο το γονιδίωμα και οι σχέσεις τους με το mRNA και το μεταγραφικό microRNA σε μυϊκό ιστό βοοειδών (ταυρίνη Bos). Sci Rep. 2014; 4:6546.

67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Ολοκληρωμένη ανάλυση του μεθυλώματος και του μεταγραφώματος των κοτόπουλων με αιμορραγικό σύνδρομο λιπώδους ήπατος. BMC Genomics. 2021; 22 (1): 8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M, et αϊ. Ολοκληρωμένη ανάλυση μεθυλώματος, μεταγραφώματος και miRNAome τριών φυλών χοίρων. Επιγονιδιωματική. 2018; 10 (5): 597–612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Πλάγια σκέψη: πώς οι τροποποιήσεις ιστόνης ρυθμίζουν την έκφραση γονιδίων. Τάσεις Genet. 2016; 32 (1): 42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Μετα-μεταγραφική γονιδιακή ρύθμιση με τροποποιήσεις mRNA. Nat Rev ΜοΙ Cell Biol. 2017; 18 (1): 31–42.

71. Chakravarti B, Abraham GN. Γήρανση και ανοσία που προκαλείται από Τ-κύτταρα. Mech Aging Dev. 1999, 108 (3): 183–206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. Γήρανση και οξειδωτικό στρες: μελέτες ορισμένων γονιδίων που εμπλέκονται τόσο στη γήρανση όσο και ως απάντηση στο οξειδωτικό στρες. Respir Physiol. 2001; 128 (3): 393-401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Συστημικές αποκρίσεις βλάβης DNA στη γήρανση και τις ασθένειες. Semin Cancer Biol. 2016; 37–38:26–35.

74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Η υπερέκφραση της λιγάσης γλουταμικού-κυστεΐνης παρατείνει τη διάρκεια ζωής στη Drosophila melanogaster. J Biol Chem. 2005;280(45):37331–8.

75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B, et al. Τα ποντίκια Caveolin-1 null (-/-) παρουσιάζουν δραματικές μειώσεις στη διάρκεια ζωής. Βιοχημεία. 2003;42(51):15124–31.

76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH, et al. Οι υποψήφιοι πολυμορφισμοί γονιδίων για τον σακχαρώδη διαβήτη, τις καρδιαγγειακές παθήσεις και τον καρκίνο συνδέονται με τη μακροζωία στους Κορεάτες. Εχρ ΜοΙ Med. 2009;41(11):772–81.

77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Αυτοσωμικός-κυρίαρχος συγγενής καταρράκτης που σχετίζεται με μια μετάλλαξη διαγραφής στο γονίδιο της πρωτεΐνης του νήματος με σφαιρίδια ανθρώπου BFSP2. Am J Hum Genet. 2000; 66 (4): 1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE, et al. Ένας τόπος νεανικής έναρξης, προοδευτικού καταρράκτη στο χρωμόσωμα 3q21-q22 σχετίζεται με μια εσφαλμένη μετάλλαξη στη δομική πρωτεΐνη του φλοιού με σφαιρίδια-2. Am J Hum Genet. 2000; 66 (4): 1426–31.

79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Συγκομιδή ενδείξεων από ανάλυση μεταγραφής σε όλο το γονιδίωμα για την εξερεύνηση των ανωμαλιών με τη μεσολάβηση της θαλιδομίδης στην ανάπτυξη των ματιών του εμβρύου κοτόπουλου: το οξείδιο διορθώνει τις ανωμαλίες που προκαλούνται από τη θαλιδομίδη στρέφοντας το σύστημα στο κανονικό πρότυπο μεταγραφής. Biochimie. 2016; 121:253–67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: ένας εξαιρετικά γρήγορος προεπεξεργαστής FASTQ all-in-one. Βιοπληροφορική. 2018;34(17):i884–90.

81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Ευθυγράμμιση γονιδιώματος βάσει γραφήματος και γονότυπος με HISAT2 και HISAT-γονότυπο. Nat Biotechnol. 2019; 37(8): 907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Genome Project Data Processing S. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Βιοπληροφορική. 2009; 25 (16): 2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: ένα αποτελεσματικό πρόγραμμα γενικού σκοπού για την αντιστοίχιση αναγνώσεων ακολουθίας σε γονιδιωματικά χαρακτηριστικά. Βιοπληροφορική. 2014; 30 (7): 923–30.

84. Love MI, Huber W, Anders S. Μετριασμένη εκτίμηση της αλλαγής πτυχής και της διασποράς για δεδομένα RNA-seq με DESeq2. Genome Biol. 2014; 15 (12): 550.

85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette ΜΑ, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Ανάλυση εμπλουτισμού συνόλου γονιδίων: μια προσέγγιση βασισμένη στη γνώση για την ερμηνεία των προφίλ έκφρασης σε όλο το γονιδίωμα. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.

86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: ένας εύκαμπτος ευθυγραμμιστής και κλήσης μεθυλίωσης για εφαρμογές Bisulfte-Seq. Βιοπληροφορική. 2011; 27(11):1571–2.

87. Jones PA. Λειτουργίες μεθυλίωσης DNA: νησίδες, θέσεις έναρξης, γονιδιακά σώματα και πέρα. Nat Rev Genet. 2012; 13(7):484–92.

88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: ένα ολοκληρωμένο πακέτο R για την ανάλυση διαδικασιών μεθυλίωσης DNA σε ολόκληρο το γονιδίωμα. Genome Biol. 2012; 13(10): R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. Το Metascape παρέχει μια πηγή προσανατολισμένη στον βιολόγο για την ανάλυση συνόλων δεδομένων σε επίπεδο συστήματος. Nat Commun. 2019; 10(1):1523.