Κλινικά χαρακτηριστικά, διάγνωση, αποτελέσματα και ανάλυση μικροβιώματος του πνεύμονα της διηθητικής πνευμονικής ασπεργίλλωσης σε ασθενείς με πνευμονία που αποκτήθηκε από την Κοινότητα

ΑΦΗΡΗΜΕΝΗ

Ιστορικό

Η επεμβατική πνευμονική ασπεργίλλωση (IPA) παραμένει υποτιμημένη σε ασθενείς με πνευμονία της κοινότητας (CAP). Αυτή η μελέτη στοχεύει να περιγράψει τα κλινικά χαρακτηριστικά και τα αποτελέσματα της IPA σε ασθενείς με CAP, να αξιολογήσει τη διαγνωστική απόδοση του μεταγονιδιωματικού προσδιορισμού αλληλουχίας επόμενης γενιάς (mNGS) για IPA και να αναλύσει το μικροβίωμα του πνεύμονα μέσω δεδομένων mNGS.

Πρόσφατα, η νέα επιδημία πνευμονίας του κορωνοϊού έχει προσελκύσει ευρεία προσοχή σε όλο τον κόσμο. Πολλοί άνθρωποι έχουν αρχίσει να προσέχουν αν το ανοσοποιητικό τους είναι αρκετά ισχυρό γιατί η ανοσία είναι η πρώτη γραμμή άμυνας του οργανισμού ενάντια στις ασθένειες. Σε αυτό το άρθρο, διερευνούμε τη σχέση μεταξύ πνευμονίας και ανοσίας.

Η πνευμονία είναι μια σοβαρή λοίμωξη του αναπνευστικού και μια φλεγμονώδης νόσος που προκαλείται από πολλές αιτίες. Ιοί όπως το κοινό κρυολόγημα, η γρίπη και ο νέος κοροναϊός μπορούν όλοι να προκαλέσουν πνευμονία. Το επίκεντρο αυτής της ασθένειας είναι ότι προκαλεί μη αναστρέψιμη βλάβη στο αναπνευστικό σύστημα και μπορεί να οδηγήσει σε αναπνευστική ανεπάρκεια.

Ωστόσο, εάν η ανοσία σας είναι επαρκής, το σώμα σας είναι καλύτερα εξοπλισμένο για να καταπολεμήσει τους ιούς και τα βακτήρια. Αυτό οφείλεται κυρίως στα λευκά αιμοσφαίρια - ένα από τα πιο σημαντικά κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος στο σώμα. Τα λευκά αιμοσφαίρια μπορούν να αναγνωρίσουν τα εισβάλλοντα παθογόνα και να τους επιτεθούν άμεσα, και μπορούν επίσης να εκκρίνουν αντισώματα για να αμυνθούν από την εισβολή παθογόνων.

Εκτός από τα λευκά αιμοσφαίρια, μερικά άλλα σημαντικά συστατικά του ανοσοποιητικού συστήματος περιλαμβάνουν τα λεμφοκύτταρα και τη φαγοκυττάρωση. Τα λεμφοκύτταρα ενεργοποιούν το ανοσοποιητικό σύστημα αναγνωρίζοντας ξένα παθογόνα, ενώ η φαγοκυττάρωση είναι όταν ορισμένοι τύποι λευκών αιμοσφαιρίων καταπίνουν και διασπούν παθογόνα, όπως τα εισβάλλοντα βακτήρια.

Έτσι, η διατήρηση του ανοσοποιητικού σας συστήματος υγιούς είναι ένας αποτελεσματικός τρόπος για την πρόληψη λοιμώξεων του αναπνευστικού όπως η πνευμονία. Μπορείτε να βελτιώσετε το ανοσοποιητικό σας τρώγοντας τροφές πλούσιες σε βιταμίνες, πρωτεΐνες και αντιοξειδωτικά, όπως ψάρια βαθέων υδάτων, ξηρούς καρπούς, φασόλια, φράουλες, βατόμουρα και άλλα. Επιπλέον, η διατήρηση της καλής υγείας είναι επίσης πολύ σημαντική, συμπεριλαμβανομένου του μη καπνίσματος, της περισσότερης άσκησης, της διατήρησης του καλού ύπνου και της μείωσης του στρες.

Εν ολίγοις, για την αποφυγή λοιμώξεων του αναπνευστικού όπως η πνευμονία, είναι απαραίτητο να διατηρηθεί καλή ανοσία. Πρέπει να βελτιώσουμε την ανοσία του οργανισμού μέσω μιας υγιεινής διατροφής, σωστής άσκησης και συνήθειες ύπνου. Σχεδιάστε λογικά τον τρόπο ζωής σας, ώστε το σώμα σας να έχει καλύτερο αμυντικό μηχανισμό και να μείνει μακριά από ασθένειες όπως η πνευμονία. Από αυτή την άποψη, πρέπει να βελτιώσουμε το ανοσοποιητικό μας. Το Cistanche μπορεί να βελτιώσει σημαντικά την ανοσία, επειδή η τέφρα του κρέατος περιέχει μια ποικιλία βιολογικά ενεργών συστατικών, όπως πολυσακχαρίτες, δύο μανιτάρια, Huang Li, κ.λπ. Αυτά τα συστατικά μπορούν να τονώσουν το ανοσοποιητικό σύστημα Διάφοροι τύποι κυττάρων στο σύστημα, αυξάνουν την ανοσοποιητική τους δραστηριότητα.

Κάντε κλικ στα οφέλη για την υγεία του κιστανάκι

Μέθοδοι

Αυτή η αναδρομική μελέτη κοόρτης περιελάμβανε ασθενείς με ΚΑΠ από τις 22 Απριλίου 2019 έως τις 30 Σεπτεμβρίου 2021. Αναλύθηκαν κλινικά και μικροβιολογικά δεδομένα. Η διαγνωστική απόδοση του mNGS συγκρίθηκε με τις παραδοσιακές μεθόδους ανίχνευσης. Το μικροβίωμα του πνεύμονα που ανιχνεύθηκε από το mNGS χαρακτηρίστηκε και αξιολογήθηκε η συσχέτισή του με τα κλινικά χαρακτηριστικά.

Κύρια αποτελέσματα

Η IPA διαγνώστηκε σε 26 (23,4 τοις εκατό) από 111 ασθενείς με ΚΑΠ. Οι ασθενείς με IPA εμφάνισαν καταθλιπτική ανοσία, υψηλότερη νοσοκομειακή θνησιμότητα (30,8 τοις εκατό έναντι 11,8 τοις εκατό) και θνησιμότητα στη μονάδα εντατικής θεραπείας (42,1 τοις εκατό έναντι 17,5 τοις εκατό ) σε σύγκριση με ασθενείς χωρίς IPA. Η δοκιμή αντιγόνου γαλακτομαννάνης (GM) είχε την υψηλότερη ευαισθησία (57,7 τοις εκατό) στην ανίχνευση του Aspergillus spp, ακολουθούμενη από το mNGS (42,3 τοις εκατό), την καλλιέργεια (30,8 τοις εκατό) και το επίχρισμα (7,7 τοις εκατό). Οι κούπες, η καλλιέργεια και το επίχρισμα είχαν 100 τοις εκατό ειδικότητα, ενώ το τεστ GM είχε 92,9 τοις εκατό ειδικότητα. Η μικροβιακή δομή του IPA διέφερε σημαντικά από τους ασθενείς που δεν ήταν IPA (σελ<0.001; Wilcoxon test). Nineteen different species were significantly correlated with clinical outcomes and laboratory biomarkers, particularly for Streptococcus salivarius, Prevotella timonensis, and Human betaherpesvirus 5.

συμπεράσματα

Τα αποτελέσματά μας αποκαλύπτουν ότι οι ασθενείς με λοίμωξη από Aspergillus τείνουν να έχουν υψηλότερο ποσοστό πρώιμης θνησιμότητας. Το NGS μπορεί να προταθεί ως συμπλήρωμα σε συνήθεις μικροβιολογικές εξετάσεις στη διάγνωση ασθενών που διατρέχουν κίνδυνο μόλυνσης από Aspergillus. Η μικροχλωρίδα του πνεύμονα σχετίζεται με φλεγμονώδεις, ανοσολογικές και μεταβολικές καταστάσεις της IPA και επομένως επηρεάζει τα κλινικά αποτελέσματα.

ΕΙΣΑΓΩΓΗ

Η επεμβατική πνευμονική ασπεργίλλωση (IPA) είναι μια σημαντική αιτία νοσηρότητας και θνησιμότητας, που συνήθως επηρεάζει ανοσοκατεσταλμένους ξενιστές, όπως ασθενείς με λοίμωξη HIV καθώς και ασθενείς που λαμβάνουν θεραπεία με κορτικοστεροειδή, λήπτες μοσχεύματος ή αιματολογικό καρκίνο. υποτιμάται μόνο η μεταθανάτια διάγνωση λόγω έλλειψης ιατρικών πόρων και νέων παραγόντων κινδύνου.2 Η κλινική διάγνωση του IPA περιλαμβάνει παράγοντες ξενιστή, κλινικά χαρακτηριστικά και μυκητολογικά στοιχεία.3 Προβλήματα που προκύπτουν από τη μη προσβασιμότητα δειγμάτων ιστού, χαμηλή ευαισθησία της καλλιέργειας, κακή εφαρμογή Οι παραδοσιακοί παράγοντες ξενιστή και η απουσία τυπικών κλινικών και ακτινολογικών ευρημάτων οδηγούν σε καθυστερημένη και χαμένη διάγνωση σε ασθενείς με IPA.4 Οι πρόσφατα δημοσιευμένες κατευθυντήριες γραμμές κλινικής πρακτικής της Αμερικανικής Θωρακικής Εταιρείας για τη διάγνωση της μυκητιασικής λοίμωξης υπογραμμίζουν τις ανεξάρτητες από την καλλιέργεια διαγνωστικές εξετάσεις, με ισχυρές συστάσεις για η ανίχνευση του DNA του Aspergillus σε βρογχοκυψελιδικό υγρό πλύσης (BALF) με PCR.5.

Την τελευταία δεκαετία, η ανάπτυξη μοριακών μεθόδων για τον ποσοτικό προσδιορισμό και τον προσδιορισμό της αλληλουχίας του παθογόνου DNA έχει διευκολύνει σημαντικά την ανίχνευση διαφόρων μικροοργανισμών. Η μεταγονιδιωματική αλληλουχία επόμενης γενιάς (NGS) έχει πλέον εφαρμοστεί ευρέως στη διάγνωση μολυσματικών ασθενειών σε κλινικά περιβάλλοντα, ειδικά με συγκεκριμένα ή μη αναγνωρισμένα ή μικτά παθογόνα σε μια μη στοχευμένη προσέγγιση.6 Για παράδειγμα, ο συνδυασμός mNGS με συμβατικές μεθόδους ανίχνευσης θα μπορούσε να αυξήσει το ποσοστό ανίχνευσης για το σύμπλεγμα του μυκοβακτηριδίου της φυματίωσης7 και να διευκολύνουν την ανίχνευση μικτών παθογόνων σε ανοσοκατεσταλμένους ασθενείς με σοβαρή πνευμονία από την κοινότητα (CAP).

Πρόσφατα, παραλλαγές στη σύνθεση και την ποικιλομορφία των μικροβιωμάτων του πνεύμονα περιγράφηκαν σε πολυάριθμες αναπνευστικές ασθένειες, παρέχοντας νέα στοιχεία για ακριβή διάγνωση. Οι ασθενείς με βακτηριολογικά επιβεβαιωμένη φυματίωση εμφάνισαν σημαντική αύξηση σε βακτηριακά είδη σε σύγκριση με ασθενείς με αρνητική φυματίωση.9 Η ανισορροπία της πνευμονικής κοινότητας που οφείλεται στον εμπλουτισμό με το πιθανό παθογόνο συσχετίζεται με τα αποτελέσματα σε διασωληνωμένους/μηχανικά αεριζόμενους ασθενείς.10 Οι Hérivaux et al ανακάλυψαν ασθενείς με IPA εμφάνισαν διαφορική αφθονία συγκεκριμένων βακτηριακών ταξινομήσεων.11

Με νεότερες διαθέσιμες διαγνωστικές τεχνικές, είναι εφικτό να αξιολογηθούν τα κλινικά χαρακτηριστικά και το μικροβίωμα του πνεύμονα του IPA από μια νέα προοπτική για μια ολοκληρωμένη κατανόηση της νόσου. Αυτή η μελέτη σχεδιάστηκε για να περιγράψει τα κλινικά χαρακτηριστικά και τα αποτελέσματα του IPA σε ασθενείς με CAP, να αξιολογήσει τη διαγνωστική απόδοση του mNGS για IPA και να αποκαλύψει τη σχέση μεταξύ κλινικών χαρακτηριστικών και μικροβιώματος του πνεύμονα στο IPA.

ΜΕΘΟΔΟΙ

Σχεδιασμός μελέτης και συμμετέχοντες

Αυτή ήταν μια αναδρομική μελέτη κοόρτης που περιελάμβανε νοσηλευόμενους ασθενείς (ηλικίας άνω ή ίσου με 18 ετών) με διάγνωση CAP στο The First Affiliated Hospital of Chongqing Medical University μεταξύ 22 Απριλίου 2019 και 30 Σεπτεμβρίου 2021. Οι ασθενείς που εγγράφηκαν σε αυτήν τη μελέτη θα πρέπει να τα ακόλουθα κριτήρια συμπερίληψης: (1) διαγνώστηκε με CAP που πληροί τις κατευθυντήριες γραμμές IDSA/ATS του 200712, (2) υποβλήθηκε σε βρογχοκυψελιδική πλύση, (3) καμία έκθεση σε αντιβιοτικό τις τελευταίες 2 εβδομάδες πριν από τη συλλογή του δείγματος και (4) εξέταση γαλακτομαννάνης (GM), επίχρισμα, καλλιέργεια και αποτελέσματα BALF mNGS του BALF. Οι περιπτώσεις με πιθανή IPA απαιτούν την παρουσία τουλάχιστον ενός παράγοντα ξενιστή, κλινικής εκδήλωσης και μυκητολογικών στοιχείων στο BALF, σύμφωνα με τα κριτήρια του 2019 από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Έρευνα και τη Θεραπεία του Καρκίνου/Ομάδα Μελέτης Μυκητίασης (EORTIC/MSG). Σε αυτή τη μελέτη, μια τροποποίηση στα διαγνωστικά κριτήρια ήταν η προσθήκη του NGS ως μίας από τις μεθόδους μυκολογικού ελέγχου, συμπεριλαμβανομένης της εξέτασης GM, του επιχρίσματος και της καλλιέργειας. Περιπτώσεις χωρίς πιθανή IPA περιελάμβαναν ασθενείς χωρίς ενδείξεις κλινικών ή ακτινολογικών ενδείξεων ή παρουσία Aspergillus spp στο BALF. Όλοι οι εγγεγραμμένοι ασθενείς παρακολουθήθηκαν τηλεφωνικά για να ενημερωθούν για την επιβίωση ή την ημερομηνία θανάτου.

Συλλογή δεδομένων και μικροβιολογικός έλεγχος

Οι κλινικές πληροφορίες εξήχθησαν από τα ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία χρησιμοποιώντας μια τυποποιημένη φόρμα συλλογής δεδομένων, η οποία περιελάμβανε δημογραφικές πληροφορίες, κλινικά δεδομένα, εργαστηριακά ευρήματα, αξονική τομογραφία θώρακος, αντιμυκητιακές θεραπείες και αποτελέσματα. Όλα τα δεδομένα εξετάστηκαν από δύο ερευνητές ανεξάρτητα για την επαλήθευση της ακρίβειας των δεδομένων. Η 7-τακτική κλίμακα της κατηγορίας13 τροποποιήθηκε βάσει του σχεδιασμού της μελέτης, η οποία αποτελούνταν από αμοιβαία αποκλειστικές κατηγορίες ως εξής: κατηγορία 7, θάνατος. κατηγορίας 6, που απαιτεί επεμβατικό αερισμό και πρόσθετη υποστήριξη οργάνων (π.χ. συνεχής θεραπεία νεφρικής υποκατάστασης ή εξωσωματική οξυγόνωση μεμβράνης). κατηγορία 5, που απαιτεί επεμβατικό μηχανικό αερισμό· κατηγορία 4, που απαιτεί μη επεμβατικό αερισμό ή οξυγόνο υψηλής ροής· Κατηγορία 3, που απαιτεί συμπληρωματικό οξυγόνο με μάσκα ή ρινικούς οδόντες· Κατηγορία 2, νοσηλευόμενος, χωρίς οξυγόνο. κατηγορίας 1, απορρίφθηκε. Η βελτίωση της κλινικής κατάστασης ορίστηκε ως μείωση 2 κατηγοριών που αξιολογήθηκαν από την 7-τακτική κλίμακα επιπέδου σε σταθερά χρονικά σημεία (ημέρες 1, 7, 14, 21 και 28).
Ο έλεγχος για GM αντιγόνο στον ορό και GM στο BALF διεξάγεται γενικά σε όλους τους εγγεγραμμένους ασθενείς. Ένα αποτέλεσμα θεωρήθηκε θετικό όταν οι τιμές του οπτικού δείκτη ήταν μεγαλύτερες ή ίσες με 1.0 στον ορό ή μεγαλύτερες από ή ίσες με 1.0 στο BALF ή μεγαλύτερες από ή ίσες με 0 .7 στον ορό και Μεγαλύτερο ή ίσο με 0.8 στο BALF. Τα δείγματα BALF υποβλήθηκαν σε mNGS, επιχρίσματα με μικροσκόπιο και συνήθη καλλιέργεια μυκήτων.

Μεταγονιδιωματική αλληλουχία επόμενης γενιάς

Από κάθε ασθενή συλλέχθηκε ένα 1,5-3 mL BALF σύμφωνα με τυπικές διαδικασίες.14 Ένας μικροφυγόκεντρος σωλήνας 1,5 mL που περιείχε 0,6 mL δείγμα BALF, ένζυμο και 1 g γυάλινων σφαιριδίων 0,5 mm αναδεύτηκε με ένας ανάμικτης vortex και ένα δείγμα 0.3mL διαχωρίστηκαν σε ένα σωλήνα μικροφυγοκέντρου 1,5mL και το DNA εξήχθη χρησιμοποιώντας το κιτ TIANamp Micro DNA (DP316, Tiangen Biotech) σύμφωνα με το εγχειρίδιο του κατασκευαστή. Κατασκευάστηκαν 15 βιβλιοθήκες DNA μέσω DNA κατακερματισμός, επιδιόρθωση άκρου, σύνδεση προσαρμογέα και ενίσχυση PCR. Στη συνέχεια, οι βιβλιοθήκες με επιβεβαιωμένη ποιότητα αλληλουχήθηκαν από την πλατφόρμα Illumina NextSeq 550 με μεμονωμένες αναγνώσεις 75bp (Illumina, San Diego, California, USA).16

Ο εσωτερικός μάρτυρας, που ονομάστηκε μοναδικός μοριακός αιχμηρός (UMSI), προστέθηκε στο δείγμα πριν από την εξαγωγή DNA. Η αλληλουχία του UMSI διέφερε σε διαφορετικά δείγματα. Κάθε εκτέλεση ανάλυσης NGS περιλάμβανε έναν εξωτερικό αρνητικό μάρτυρα που διεξήχθη παράλληλα με κλινικά δείγματα. Κατά τη διάρκεια της ανάλυσης, η μόλυνση μεταξύ των δειγμάτων μπορούσε να βρεθεί εάν η αλληλουχία UMSI ήταν η ίδια ή οι αναγνώσεις ορισμένων παθογόνων στον εξωτερικό μάρτυρα ήταν πολύ υψηλές.

Δεδομένα αλληλουχίας υψηλής ποιότητας δημιουργήθηκαν με την αφαίρεση αναγνώσεων χαμηλής ποιότητας, ακολουθούμενη από υπολογιστική αφαίρεση των αλληλουχιών ανθρώπινου ξενιστή που αντιστοιχίστηκαν στο ανθρώπινο γονιδίωμα αναφοράς (hg19) χρησιμοποιώντας την ευθυγράμμιση Burrows-Wheeler.17 Τα υπόλοιπα δεδομένα με αφαίρεση αναγνώσεων χαμηλής πολυπλοκότητας ταξινομήθηκαν με ταυτόχρονη ευθυγράμμιση σε τέσσερις βάσεις δεδομένων μικροβιακού γονιδιώματος (βακτήρια, μύκητες, ιούς και παράσιτα), οι οποίες λήφθηκαν από το Εθνικό Κέντρο Πληροφοριών Βιοτεχνολογίας (ftp://ftp.ncbi. nlm.nih.gov/genomes/). Η ερμηνεία των αποτελεσμάτων μου μπορεί να φανεί σε διαδικτυακές συμπληρωματικές μεθόδους.

Συμμετοχή ασθενών και κοινού

Οι ασθενείς και το κοινό δεν συμμετείχαν στο σχεδιασμό και τη διεξαγωγή αυτής της μελέτης, στην επιλογή των μέτρων έκβασης ή στη στρατολόγηση. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης δεν θα διαδοθούν στους συμμετέχοντες και στις συνδεδεμένες κοινότητες.

Στατιστικές αναλύσεις

Οι συνεχείς μεταβλητές εκφράστηκαν ως διάμεσος (IQR) και συγκρίθηκαν με τη δοκιμή Mann-Whitney U. Οι κατηγορικές μεταβλητές εκφράστηκαν ως αριθμοί (%) και συγκρίθηκαν με τη δοκιμή χ2 ή την ακριβή δοκιμή Fisher. Οι πίνακες έκτακτης ανάγκης 2×2 δημιουργήθηκαν για τον προσδιορισμό της ευαισθησίας, της ειδικότητας, της θετικής προγνωστικής αξίας (PPV) και της αρνητικής προγνωστικής αξίας (NPV). Μια διπλή όψη μικρότερη από 0.05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική. Οι στατιστικές αναλύσεις έγιναν χρησιμοποιώντας το IBM SPSS Statistics, V.23.0, εκτός εάν υποδεικνύεται διαφορετικά.

Οι αναγνώσεις υψηλής ποιότητας χαρτογραφήθηκαν αρχικά στο ανθρώπινο γονιδίωμα αναφοράς (hg19) και στη συνέχεια οι μη ανθρώπινες αναγνώσεις ευθυγραμμίστηκαν με τέσσερις βάσεις δεδομένων μικροβιακού γονιδιώματος (βακτήρια, μύκητες, ιούς και παράσιτα). Μετά την αφαίρεση του μικροβιακού υποβάθρου που εμφανίστηκε στους αρνητικούς μάρτυρες (διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 1), χρησιμοποιήθηκε επαναξιολόγηση της αφθονίας Bayesian για την εκτίμηση της σχετικής αφθονίας των ειδών (διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 2). Ο δείκτης άλφα ποικιλομορφίας για κάθε δείγμα υπολογίστηκε με βάση τους δείκτες Shannon και Simpson και η βήτα ποικιλομορφία υπολογίστηκε με βάση τη σταθμισμένη απόσταση UniFrac και την απόσταση Bray-Curtis. Οι τιμές Ρ για ανάλυση άλφα και βήτα υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας τη δοκιμή κατάταξης αθροίσματος Wilcoxon. Το μέγεθος του αποτελέσματος της ανάλυσης γραμμικής διάκρισης (LDA) χρησιμοποιήθηκε για την εύρεση σημαντικά διαφορετικών ειδών μεταξύ των ομάδων, με όρια log1{10}} Βαθμολογίας LDA μεγαλύτερη από ή ίση με 2 και τιμή p Μικρότερη ή ίση με 0,05. Η συσχέτιση μεταξύ της αντιπροσωπευτικής μικροχλωρίδας και των κλινικών δεδομένων αξιολογήθηκε από τον Spearman.

ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ

Πρόσληψη ασθενών και κλινικά χαρακτηριστικά

Συνολικά 123 ασθενείς με 128 δείγματα BALF εξετάστηκαν και 111 ασθενείς εντάχθηκαν σε αυτή τη μελέτη.

Είκοσι έξι ασθενείς διαγνώστηκαν με πιθανή IPA (ονομαζόμενη IPA) και 85 μάρτυρες χωρίς IPA (ονομαζόμενος έλεγχος) (εικόνα 1). Οι συγκρίσεις δημογραφικών και κλινικών χαρακτηριστικών μεταξύ της ομάδας IPA και της ομάδας ελέγχου συνοψίστηκαν στον Πίνακα 1. Ο πληθυσμός της μελέτης είχε μέση ηλικία 60 (IQR, 53–73) έτη και το 66,7 τοις εκατό ήταν άνδρες. Συνολικά, 33 ασθενείς (29,7 τοις εκατό ) είχαν ιστορικό καπνίσματος. Είκοσι δύο ασθενείς (19,8 τοις εκατό) είχαν χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια. Δεκαπέντε ασθενείς (13,5 τοις εκατό ) είχαν λάβει κορτικοστεροειδή και 36 ασθενείς (32,4 τοις εκατό ) θεωρήθηκαν ανοσοκατεσταλμένοι (διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 3). Οι ασθενείς με πιθανή IPA είχαν σημαντικά υψηλότερο ποσοστό γνωστών παραγόντων κινδύνου για ασπεργίλλωση από εκείνους χωρίς IPA, συμπεριλαμβανομένης της θεραπείας με κορτικοστεροειδή μεγαλύτερη από 28 ημέρες (38,5 τοις εκατό έναντι 5,9 τοις εκατό , p=0.000) και ανοσοκατεσταλμένους. κατάσταση (53,8 τοις εκατό έναντι 25,9 τοις εκατό , p=0.008). Δεν βρέθηκαν σημαντικές διαφορές στη βαθμολογία αξιολόγησης της διαδοχικής ανεπάρκειας οργάνων και της σύγχυσης, της ουρίας, του αναπνευστικού ρυθμού, της αρτηριακής πίεσης και της ηλικίας 65 ετών των ασθενών μεταξύ των δύο ομάδων κατά την εισαγωγή.

Μικροβιολογικές, CT εικόνες και εργαστηριακά ευρήματα

Απομονώσεις Aspergillus fumigatus ελήφθησαν για 6 από τις 26 (23,1 τοις εκατό ) πιθανές περιπτώσεις IPA, ακολουθούμενες από Aspergillus flavus για 3 από 26 (11,5 τοις εκατό ) και Aspergillus ustus για 1 από 26 (3,8 τοις εκατό ) (πίνακας 2). Η πάχυνση του βρογχικού τοιχώματος εμφανίστηκε συχνότερα στην αξονική τομογραφία του θώρακα στο IPA (44,{14}} τοις εκατό έναντι 12,8 τοις εκατό , p=0.000) (πίνακας 2). Οι ασθενείς με IPA έχουν σημαντικά χαμηλότερα επίπεδα ολικού αριθμού λεμφοκυττάρων (774,1 έναντι 1088,9, p=0.009) και υποπληθυσμού λεμφοκυττάρων, συμπεριλαμβανομένου του αριθμού CD3 συν Τ λεμφοκυττάρων (553,0 έναντι 782,6, p=0.016), αριθμός CD4 συν Τ λεμφοκύτταρα (287,9 έναντι 409,5, p=0,031) και αριθμός CD4− CD8− Τ λεμφοκυττάρων (25,9 έναντι 45,0, p=0.007 ) από τους ασθενείς ελέγχου (διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 4), υποδεικνύοντας την μειωμένη ανοσολογική λειτουργία των ασθενών με IPA.

Σύγκριση διαγνωστικής απόδοσης

Για να συγκριθεί η διαγνωστική απόδοση του BALF mNGS και των συμβατικών δοκιμών για τη διάκριση περιπτώσεων με πιθανή IPA από περιπτώσεις χωρίς πιθανή IPA, τα αποτελέσματα φαίνονται στο σχήμα 2. Η δοκιμή GM (57,7 τοις εκατό ) είχε την υψηλότερη ευαισθησία στην ανίχνευση του Aspergillus spp, ακολουθούμενη από το mNGS (42,3 τοις εκατό ), καλλιέργεια (30,8 τοις εκατό ) και επίχρισμα (7,7 τοις εκατό ). Σε σύγκριση με το επίχρισμα, το mNGS είχε σημαντικά υψηλότερη ευαισθησία 42,3 τοις εκατό έναντι 7,7 τοις εκατό , p=0.{{30}}1). Το mNGS, η καλλιέργεια και το επίχρισμα είχαν 100 τοις εκατό ειδικότητα, ενώ το τεστ GM είχε 92,9 τοις εκατό ειδικότητα, με σημαντική διαφορά μεταξύ του mNGS (ή καλλιέργειας ή επιχρίσματος) και του τεστ GM (ρ{ {18}}.029). Το PPV του mNGS, της καλλιέργειας και του επιχρίσματος για την ταυτοποίηση του Aspergillus spp ήταν 100 τοις εκατό, ενώ το τεστ GM ήταν 71,4 τοις εκατό. Το NPV κατατάχθηκε ως δοκιμή GM (87,8 τοις εκατό ), mNGS (85,0 τοις εκατό ), καλλιέργεια (82,5 τοις εκατό ) και επίχρισμα (78,0 τοις εκατό ), χωρίς σημαντική διαφορά μεταξύ αυτών των μεθόδων. Έχουμε αναλύσει διαφορές στην ευαισθησία/ειδικότητα/PPV/NPV του GM στον ορό έναντι του BALF, χρησιμοποιώντας δείκτη GM υγρού BAL μεγαλύτερο ή ίσο με 1,0 ή δείκτη GM ορού μεγαλύτερο ή ίσο με 1, ως θετικό, σύμφωνα με το 2019 EORTIC /MSG. Ήταν σημαντικά υψηλότερη σε ευαισθησία, αλλά χαμηλότερη στην ειδικότητα του GM BALF από εκείνη του ορού GM (57,7 τοις εκατό έναντι 26,9 τοις εκατό , p=0.048, 92,9 τοις εκατό έναντι 100 τοις εκατό , 0,029, αντίστοιχα), η οποία φάνηκε στο διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 5. Δεν υπήρχαν διαφορές σε PPV και NPV.

Κλινικά αποτελέσματα

Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στη θνησιμότητα 28-ημέρας, 60-ημέρας και 90-ημέρας μεταξύ των δύο ομάδων (πίνακας 3). Τα ποσοστά θνησιμότητας στα νοσοκομεία (30,8 τοις εκατό έναντι 11,8 τοις εκατό , p=0,021) και τα ποσοστά θνησιμότητας στη μονάδα εντατικής θεραπείας (ΜΕΘ) (42,1 τοις εκατό έναντι 17,5 τοις εκατό, p=0.029) ήταν σημαντικά υψηλότερα στην ομάδα IPA παρά στην ομάδα ελέγχου. Η κατανομή των ασθενών που εμπίπτουν σε κάθε κατηγορία της κλίμακας 7-κατηγορίας έδειξε μια στατιστική διαφορά μεταξύ των δύο ομάδων μέχρι την ημέρα 28 (p=0.017). Ωστόσο, η σημασία με τις στατιστικές δοκιμές δεν επιτεύχθηκε στην 7-τακτική κλίμακα της κατηγορίας κατά τις ημέρες 1, 7 και 14 (εικόνα 3). Χορηγήθηκαν πολλαπλά αντιμυκητιακά φάρμακα για το 23,1 τοις εκατό των ασθενών με πιθανή IPA, σε σύγκριση με το 5,9 τοις εκατό των ασθενών χωρίς πιθανή IPA (p=0,01). Το ποσοστό των ασθενών που έλαβαν βορικοναζόλη ήταν αξιοσημείωτα υψηλότερο σε περιπτώσεις με πιθανή IPA (53,9 τοις εκατό έναντι 8,2 τοις εκατό, p=0.000). Δεν υπήρξε σημαντική διαφορά στη χρήση αμφοτερικίνης Β και caspofungin μεταξύ των δύο ομάδων (πίνακας 3).

Ανάλυση μικροβιώματος πνεύμονα

Για να συγκρίνουμε τη συνολική σύνθεση και την ποικιλομορφία της μικροβιακής υπογραφής του πνεύμονα σε ασθενείς με IPA και τον έλεγχο, αναλύσαμε δείγματα BALF που συλλέχθηκαν από 109 ασθενείς με CAP, συμπεριλαμβανομένων 24 περιπτώσεων (2 ασθενείς που έλειπαν λόγω απώλειας δεδομένων mNGS) που είχαν διαγνωστεί με πιθανή IPA (ονομάζονται IPA) και 85 περιπτώσεις χωρίς πιθανή IPA (ονομαζόμενος έλεγχος). Αξιολογήσαμε την ποικιλομορφία των πνευμονικών κοινοτήτων χρησιμοποιώντας τον δείκτη ποικιλομορφίας Shannon και Simpson. Υπήρξε μείωση της ποικιλομορφίας τόσο στον δείκτη ποικιλομορφίας Shannon όσο και στο δείκτη ποικιλομορφίας Simpson σε ασθενείς με IPA σε σύγκριση με ασθενείς χωρίς IPA παρά τις σημαντικές διαφορές (εικόνα 4Α, Β). Χρησιμοποιώντας τη σταθμισμένη μέτρηση UniFrac και τη μέτρηση Bray-Curtis, παρατηρήσαμε ότι η ποικιλομορφία των ασθενών με IPA διέφερε σημαντικά από τους ασθενείς που δεν ήταν IPA (σ.<0.001; Wilcoxon test), suggesting that lung community structure of patients diagnosed with probable IPA differed substantially from those without probable IPA (figure 4C, D). Based on the average relative abundance, we plotted the top 10 phyla, genera, and species among 2 groups. 

Στη συνολική κοόρτη, τα Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes και Ascomycota ήταν τα πιο άφθονα φυτά, ενώ τα Prevotella, Streptococcus, Acinetobacter και Pneumocystis ήταν τα πιο κοινά γένη (εικόνα 5Α, Β). Η σχετική αφθονία των κορυφαίων 10 σε είδη που κατατάσσονται ως Pneumocystis jirovecii, Acinetobacter baumannii, Lautropia mirabilis, Streptococcus oralis, Corynebacterium striatum, ανθρώπινος βηταερπητοϊός 5, Rothia mucilaginosa, Staphylocococcusapellacine, μόνο με αέρινη βήτα. svirus 5 ήταν το διαφέρει σημαντικά μεταξύ δύο ομάδων (εικόνα 5Γ). Εστιάζοντας στα διαφορικά είδη στο IPA σε σύγκριση με τους ελέγχους τους, βρήκαμε 21 είδη με βαθμολογία LDA μεγαλύτερη από ή ίση με 2 και p<0.05, which H. betaherpesvirus 5, A. fumigatus, Aspergillus niger, Citrobacter braakii, Bacillus thermoamylovorans, Helcococcus kunzite, Lactobacillus delbrueckii, Burkholderia dolosa, Marinobacter hydrocarbonoclasticus, Riemerella anatipestifer, Corynebacterium halotolerant, and Lactobacillus plantarum were significantly abundant in the cases diagnosed with probable IPA, and Streptococcus salivarius, Citrobacter freundii, Paraburkholderia fungorum, Dolosigranulum program, Prevotella timonensis, Sphingobium yanoikuyae, Serratia marcescens, and Corynebacterium oculi were enriched in cases without probable IPA (figure 5D, online supplemental figure 1).

Για να διερευνήσουμε περαιτέρω τη συσχέτιση μεταξύ κλινικών δεδομένων και της μικροχλωρίδας του πνεύμονα του IPA, πραγματοποιήσαμε τη δοκιμή συσχέτισης βάσει κατάταξης του Spearman στα 21 σημαντικά διαφορετικά είδη με κλινικά αποτελέσματα και εργαστηριακά ευρήματα (εικόνα 6Α). Παρατηρήσαμε ότι 19 διαφορετικά είδη συσχετίστηκαν σημαντικά με 7 κλινικά αποτελέσματα και 22 εργαστηριακούς βιοδείκτες, ιδιαίτερα S. salivarius, P. Sinensis και H. betaherpesvirus 5. Το S. salivarius συσχετίστηκε κυρίως θετικά με οκτώ εργαστηριακούς βιοδείκτες, συμπεριλαμβανομένων των ερυθρών αιμοσφαιρίων, συνολικά λεμφοκύτταρα, Τ λεμφοκύτταρα, Τ βοηθητικά κύτταρα, κυτταροτοξικά Τ λεμφοκύτταρα, Β λεμφοκύτταρα, κάλιο ορού και λευκωματίνη και αρνητικά σε σχέση με την ασπαρτική αμινοτρανσφεράση, την άμεση χολερυθρίνη και το D-διμερές. Ενώ, το S. salivarius συσχετίστηκε κυρίως αρνητικά με 11 κλινικές εκβάσεις, συμπεριλαμβανομένης της θνησιμότητας στη ΜΕΘ, της διάρκειας παραμονής στη ΜΕΘ, της θνησιμότητας στο νοσοκομείο, της θνησιμότητας την ημέρα 28 και του χρόνου για την ανεξαρτησία του συμπληρωματικού οξυγόνου εντός 28 ημερών και συσχετίστηκε θετικά με τη διάρκεια της νοσηλείας. την ημέρα 28, ημέρες χωρίς αναπνευστήρα εντός 28 ημερών και χρόνος έως τη βελτίωση της κλινικής κατάστασης. Παρόμοια με το S. salivarius, το P. timonensis ήταν κυρίως θετικά σε σχέση με έξι εργαστηριακούς βιοδείκτες, συμπεριλαμβανομένων των ολικών λεμφοκυττάρων, Τ λεμφοκυττάρων, Τ βοηθητικών κυττάρων, CD4− CD8− Τ κυττάρων, Β λεμφοκυττάρων και καλίου ορού, και συσχετίστηκε αρνητικά με την προκαλσιτονίνη.

Ομοίως, το P. timonensis συσχετίστηκε κυρίως αρνητικά με τη διάρκεια της παραμονής στη ΜΕΘ και τη θνησιμότητα στο νοσοκομείο, αλλά θετικά με τις ημέρες χωρίς αναπνευστήρα εντός 28 ημερών. Σε αντίθεση με το S. salivarius και το P. Sinensis, ο ιός H. betaherpesvirus 5 συσχετίστηκε αρνητικά με έξι εργαστηριακούς βιοδείκτες, συμπεριλαμβανομένων των ολικών λεμφοκυττάρων, Τ λεμφοκυττάρων, Τ βοηθητικών κυττάρων, CD4 συν CD8 συν Τ κυττάρων, Β λεμφοκυττάρων και καλίου ορού, και θετικό σε σχέση με άζωτο ουρίας αίματος. Εν τω μεταξύ, ο ιός H. betaherpesvirus 5 συσχετίστηκε κυρίως αρνητικά με τη διάρκεια της παραμονής στη ΜΕΘ και το χρόνο μέχρι τη συμπληρωματική ανεξαρτησία οξυγόνου εντός 28 ημερών. Αυτές οι παρατηρήσεις υποδηλώνουν ότι η δυσβίωση των μικροβιακών κοινοτήτων στον πνεύμονα σχετίζεται με τις παθοφυσιολογικές καταστάσεις του ασθενούς και επομένως μπορεί να επηρεάσει τα κλινικά αποτελέσματα.

Για να διερευνήσουμε περαιτέρω τον κλινικό αντίκτυπο 21 σημαντικά διαφορετικών ειδών, κάναμε την ανάλυση επιβίωσης σχεδιάζοντας την καμπύλη αθροιστικής πιθανότητας. Όπως φαίνεται στα Σχήματα 6Β και Γ, η ανίχνευση του A. fumigatus και του ιού H. betaherpesvirus 5 ήταν σημαντικά προγνωστική για χειρότερα αποτελέσματα στη ΜΕΘ (ρ=0.045, 0.032) . Ενώ στο Σχήμα 6Δ, Ε, βρήκαμε ότι η ανίχνευση του S. salivarius και του P. timonensis ήταν εξαιρετικά σημαντικά προγνωστική για βελτιωμένα αποτελέσματα στη ΜΕΘ (p=0.0031, 0.0054). Καταλήξαμε έτσι στο συμπέρασμα ότι στη μικροχλωρίδα του πνεύμονα της CAP, τα αποτελέσματα της ΜΕΘ μπορούν να προβλεφθούν από τη σύνθεση της κοινότητας, συγκεκριμένα A. fumigatus, H. betaherpesvirus 5, S. salivarius και P. Sinensis.

ΣΥΖΗΤΗΣΗ

Σε αυτήν την αναδρομική μελέτη κοόρτης, εξετάσαμε τα κλινικά χαρακτηριστικά του IPA. Είναι ενδιαφέρον ότι παρατηρήσαμε ότι οι ασθενείς που κατηγοριοποιήθηκαν ως με πιθανή μόλυνση από Aspergillus είχαν σημαντικά υψηλότερη νοσοκομειακή θνησιμότητα (30,8 τοις εκατό) και θνησιμότητα στη ΜΕΘ (42,1 τοις εκατό) σε σύγκριση με τον έλεγχο. Η θνησιμότητα την ημέρα 28, αν και όχι στατιστικά σημαντική, ήταν αριθμητικά υψηλότερη στους ασθενείς με IPA από ότι στον έλεγχο. Αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι οι ασθενείς με λοίμωξη από Aspergillus τείνουν να έχουν υψηλότερο ποσοστό πρώιμης θνησιμότητας. Προηγούμενη μελέτη ανέφερε εκτιμώμενο 45 τοις εκατό της θνησιμότητας στη ΜΕΘ και 26 τοις εκατό της νοσοκομειακής θνησιμότητας18 Μεταξύ της διεισδυτικής τραχειοβρογχικής ασπεργίλλωσης, μια σπάνια οντότητα IPA, τα ποσοστά θνησιμότητας 30-ημέρας και 90-ημέρας ήταν τόσο υψηλά όσο 90 τοις εκατό . 19 Οι Loughlin et al ανέφεραν ότι η θνησιμότητα στη ΜΕΘ σε ασθενείς με πιθανή λοίμωξη από Aspergillus δεν ήταν σημαντικά υψηλότερη από αυτούς χωρίς λοίμωξη από Aspergillus4, γεγονός που πιθανώς οφείλεται στη γενικά κρίσιμη κατάσταση στην κοόρτη ασθενών με πνευμονία που σχετίζεται με τον αναπνευστήρα στη ΜΕΘ. Σε αυτή τη μελέτη, η συνολική κατάσταση των εγγεγραμμένων ασθενών με ΚΑΠ ήταν σχετικά ήπια, η οποία μπορεί να επιδεινωθεί αξιοσημείωτα από τη λοίμωξη από Aspergillus και δυνητικά απειλητική για τη ζωή.

Οι Cornillet και άλλοι έχουν προτείνει ότι τα μη ειδικά κλινικά χαρακτηριστικά και οι διαγνωστικές δυσκολίες των ασθενών με IPA, ιδιαίτερα όταν οι ασθενείς χωρίς ουδετεροπενία οδηγούν εύκολα σε μη βέλτιστη διαχείριση και καθυστερημένη έναρξη της θεραπείας, με αποτέλεσμα υψηλή θνησιμότητα και νοσηρότητα.20 Δεδομένων των καταστροφικών ποσοστών θνησιμότητας των ασθενών με IPA, έγκαιρη και η ακριβής διάγνωση επισημαίνεται και απαιτείται επειγόντως για αποτελεσματική αντιμυκητιακή θεραπεία για μείωση της νοσηρότητας και του ποσοστού θνησιμότητας. Την τελευταία δεκαετία, η ανίχνευση GM έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως στη διάγνωση της IPA.21 Ωστόσο, η εξέταση GM για δείγματα ορού έχει περιορισμένη ευαισθησία στη διάγνωση της IPA σε μη ουδετεροπενικούς ξενιστές.22 Αντίθετα, η ανίχνευση της GM σε δείγματα υγρών BAL ασθενών σε κίνδυνο IPA έχει εξαιρετική διαγνωστική ακρίβεια,23 24 επειδή το GM απελευθερώνεται νωρίτερα και σε υψηλότερες συγκεντρώσεις στο υγρό BAL σε σύγκριση με τον ορό.25 Πρόσφατα, το mNGS διαδραματίζει όλο και πιο σημαντικό ρόλο στη διάγνωση μυκητιασικών ασθενειών. Οι Ding et al έδειξαν ότι η ευαισθησία του mNGS ήταν σημαντικά υψηλότερη από την καλλιέργεια στην ανίχνευση Candida albicans. 9 Σε αυτή τη μελέτη, το BALF συλλέχτηκε απευθείας από την κατώτερη αναπνευστική οδό, η οποία απέφυγε τη μόλυνση από τη στοματική μικροχλωρίδα. Ο Aspergillus στο BALF ανιχνεύθηκε με mNGS, καλλιέργεια, επίχρισμα και GM test. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι το NGS είχε συγκρίσιμη ειδικότητα και PPV με την καλλιέργεια στην ανίχνευση Aspergillus. Αν και η ευαισθησία του mNGS ήταν χαμηλότερη από το τεστ GM, το mNGS έδειξε μεγαλύτερη ευαισθησία από το επίχρισμα και μεγαλύτερη ειδικότητα από τα τεστ ορού και BALF GM. Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι το mNGS δρα ως χρήσιμο τεστ που δεν βασίζεται στην καλλιέργεια για την ανίχνευση του Aspergillus, υποδεικνύοντας ένα συμπλήρωμα σε συνήθεις μικροβιολογικές δοκιμές στη διάγνωση ασθενών με κίνδυνο IPA.

Η μελέτη μας ανακάλυψε ότι οι ασθενείς με CAP με Aspergillus ήταν πιο πιθανό να έχουν ταυτόχρονη μόλυνση με βακτηριακή ή (και) ιογενή λοίμωξη λόγω της ανοσοκατεσταλμένης κατάστασης και της θεραπείας με κορτικοστεροειδή. Οι ασθενείς με γρίπη που ήταν ανοσοκατεσταλμένοι αναφέρθηκε ότι είχαν επίπτωση IPA έως και 32 τοις εκατό, ενώ, στην ομάδα των περιπτώσεων μη ανοσοκατεσταλμένης γρίπης, η συχνότητα εμφάνισης ήταν 14 τοις εκατό .18 Με την εμφάνιση της πανδημίας COVID-19 και χρήση κορτικοστεροειδών σε ασθενείς με σοβαρή πνευμονική ασπεργίλλωση σχετιζόμενη με COVID-19, 26 COVID-19-συνδυασμένη με COVID (CAPA) έχει αναφερθεί σε αρκετές αναφορές περιπτώσεων.27–29 Σε μια μετα-ανάλυση, η επίπτωση και η θνησιμότητα της CAPA στη ΜΕΘ εκτιμήθηκε ότι ήταν 10,2 τοις εκατό και 54,9 τοις εκατό, αντίστοιχα.30

Λόγω των τεράστιων μικροβιακών αναγνώσεων στα δεδομένα mNGS που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ανάλυση μικροβιακών υπογραφών σε πολυάριθμες ασθένειες, η μελέτη μας επιχείρησε να διερευνήσει τη διαφορά στη δομή και τη σύνθεση του μικροβιώματος μεταξύ ασθενών με IPA και ασθενών χωρίς IPA CAP, αναλύοντας τα δεδομένα mNGS. Η παρούσα μελέτη μας περιελάμβανε το μικροβίωμα του πνεύμονα 24 ασθενών με IPA και 85 ασθενών που δεν ήταν IPA CAP. Διερευνήθηκε η σχέση μεταξύ διαφορετικών μικροβίων και κλινικών δεδομένων και για τους 109 ασθενείς με CAP. Για την άλφα ποικιλομορφία, δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στον δείκτη Shannon και στον δείκτη Simpson της μικροχλωρίδας σε ασθενείς με IPA και σε ασθενείς με CAP που δεν ήταν IPA, αποδεικνύοντας ότι η ποικιλομορφία εντός του δείγματος των κοινοτήτων ήταν παρόμοια μεταξύ ασθενών με IPA και ασθενών χωρίς IPA.

Για την ποικιλομορφία βήτα, τα αποτελέσματά μας εμφάνισαν μια δραματική διαφορά στη σταθμισμένη απόσταση UniFrac (p=2.1×10−6) και την απόσταση Bray-Curtis (p=0.033) μεταξύ IPA και μη IPA Ασθενείς με CAP, υποδεικνύοντας μια πιθανή επίδραση του Aspergillus spp στη δομή της μικροχλωρίδας του πνεύμονα σε ασθενείς που έχουν διαγνωστεί με IPA. Παρόμοιες μελέτες έχουν δείξει σημαντικές διαφορές στη βήτα ποικιλομορφία της μικροχλωρίδας μεταξύ του IPA και των μαρτύρων. άτυπα παθογόνα) εκτός από τον Aspergillus. Έτσι η μικροβιακή ετερογένεια του πνεύμονα στον έλεγχο ήταν υψηλότερη από την IPA. Εν τω μεταξύ, αυτές οι μελέτες έδειξαν ότι τα Firmicutes, τα Proteobacteria, τα Actinobacteria και τα Bacteroidetes ήταν τα πιο άφθονα φυτά στην κοόρτη IPA. Η μεταγονιδιωματική μπορεί να συλλέξει σχεδόν όλα τα πυρηνικά οξέα της μικροχλωρίδας, συμπεριλαμβανομένων των βακτηρίων, των μυκήτων, των ιών και των παρασίτων.

Τα σημαντικά διαφορετικά είδη, ιδιαίτερα τα S. salivarius, P. Sinensis και H. betaherpesvirus 5 σχετίζονταν έντονα με κλινικά δεδομένα. Το S. salivarius και το P. timonensis συσχετίστηκαν θετικά με εργαστηριακούς βιοδείκτες όπως τα Τ λεμφοκύτταρα και αρνητικά με κλινικά αποτελέσματα όπως η νοσοκομειακή θνησιμότητα. Ενώ, ο ιός H. betaherpesvirus 5 συσχετίστηκε αρνητικά με εργαστηριακούς βιοδείκτες όπως τα Τ λεμφοκύτταρα και θετικά σχετίστηκε με κλινικά αποτελέσματα όπως η νοσοκομειακή θνησιμότητα. Προηγούμενες μελέτες έδειξαν ότι το S. salivarius είναι ένα προβιοτικό βακτήριο που μπορεί να αναστείλει την πνευμονιοκοκκική προσκόλληση στα επιθηλιακά κύτταρα του φάρυγγα. Streptococcus pyogenes και Staphylococcus aureus. 32 Όλες αυτές οι μελέτες συνέπεσαν με τη μελέτη μας ότι το S. salivarius συσχετίστηκε θετικά με την καλύτερη κλινική έκβαση των ασθενών.

Ο πιθανός μηχανισμός του S. salivarius που συσχετίζεται θετικά με τη βελτιωμένη έκβαση των ασθενών μπορεί να είναι ότι μπορούν να αναστείλουν την ανάπτυξη του πιθανού παθογόνου και να ενεργοποιήσουν το ανοσοποιητικό σύστημα του ξενιστή. Για το P. Sinensis, μια προηγούμενη μελέτη έδειξε ότι το P. timonensis θα μπορούσε να προκαλέσει δραματικά την έκφραση βλεννινών που σχετίζονται με τη μεμβράνη στο τρισδιάστατο μοντέλο επιθηλιακών κυττάρων του ενδομητρίου και σχημάτισε το βιοφίλμ στην επιθηλιακή επιφάνεια, το οποίο με τη σειρά του επηρεάζει την προσκόλληση άλλων βακτηρίων .33 Ο λόγος για τη θετική συσχέτιση με την καλύτερη κλινική έκβαση των ασθενών μπορεί να είναι η αντίσταση αποικισμού του P. Sinensis στον πνεύμονα και η ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος του ξενιστή. Σε κλινικές συνθήκες, ο ιός H. betaherpesvirus 5 μπορεί να δημιουργήσει λανθάνουσες λοιμώξεις για όλη τη ζωή σε υγιή άτομα. Ωστόσο, από τη στιγμή που είναι ανοσοκατεσταλμένος, ο ιός Η. betaherpesvirus 5 μπορεί να επανενεργοποιηθεί, για παράδειγμα, λήπτες μοσχευμάτων στερεών οργάνων και οροθετικοί ασθενείς. .

Η μελέτη μας έχει αρκετούς περιορισμούς. Πρώτον, η αναδρομική μελέτη σχεδιάστηκε για την ανάλυση των συλλεχθέντων δεδομένων και περιορίστηκε σε ένα σχετικά μικρό μέγεθος δείγματος, το οποίο θα μπορούσε να το προδιαθέσει να εισαγάγει μεροληψία από ελλιπείς πληροφορίες. Δεύτερον, αυτή ήταν η μελέτη παρατήρησης. Αν και βρήκαμε κάποιες ενδιαφέρουσες συσχετίσεις μεταξύ της μικροχλωρίδας του πνεύμονα και των κλινικών δεδομένων, η αιτιώδης σχέση πρέπει να επιλυθεί με μια προοπτική μελέτη κοόρτης ή πείραμα μηχανισμού, όπως ένα πείραμα σε ζώα, το οποίο θα είναι το επόμενο βήμα της μελέτης μας. Διαφορετικά, η μελέτη εντόπισε ασθενείς με πιθανή λοίμωξη από Aspergillus αυστηρά βάσει των νέων διαγνωστικών κριτηρίων EORTIC/MSG 2019, επομένως μερικές περιπτώσεις δεν μπορούσαν να ικανοποιήσουν τα κριτήρια για μια πιθανή διάγνωση IPA λόγω απουσίας κλασικών παραγόντων ξενιστή.

Συνεισφέροντες

Έννοια και σχεδιασμός μελέτης: YL, ZA και HX. Απόκτηση δεδομένων: ZA, ML, HL, και MD. Ανάλυση και ερμηνεία δεδομένων: ΖΑ και ΗΧ. Σύνταξη του χειρογράφου: ZA, HX, και YL. Κριτική αναθεώρηση του χειρογράφου για σημαντικό πνευματικό περιεχόμενο: HX, ZA και YL. Στατιστική ανάλυση: ZA, HL και HX. Διοικητική, τεχνική ή υλική υποστήριξη: HX, HL και YL. Όλοι οι συγγραφείς συνέβαλαν στο άρθρο και ενέκριναν την υποβληθείσα έκδοση.

Χρηματοδότηση

Έργο ιατρικής επιστημονικής έρευνας Chongqing (Κοινό έργο της Chongqing Health Commission and Science and Technology Bureau (2022GDRC010)).

Ανταγωνιστικά συμφέροντα

Κανένας δεν δηλώθηκε.

Συμμετοχή ασθενών και κοινού

Οι ασθενείς και/ή το κοινό δεν συμμετείχαν στο σχεδιασμό, τη διεξαγωγή, την αναφορά ή τα σχέδια διάδοσης αυτής της έρευνας.

Συγκατάθεση ασθενούς για δημοσίευση

Δεν εφαρμόζεται.

Έγκριση δεοντολογίας

Αυτή η μελέτη περιλαμβάνει ανθρώπους συμμετέχοντες. Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του First Affiliated Hospital of Chongqing Medical Hospital (εγκεκριμένος αριθμός 2021-301). Οι συμμετέχοντες έδωσαν ενημερωμένη συγκατάθεση να συμμετάσχουν στη μελέτη πριν λάβουν μέρος.

Προέλευση και αξιολόγηση από ομοτίμους

Δεν ανατέθηκε? εξωτερικά αξιολογημένοι από ομοτίμους.

Δήλωση διαθεσιμότητας δεδομένων

Όλα τα δεδομένα που σχετίζονται με τη μελέτη περιλαμβάνονται στο άρθρο ή ανεβαίνουν ως συμπληρωματικές πληροφορίες στο διαδίκτυο.

Συμπληρωματικό υλικό

Αυτό το περιεχόμενο έχει παρασχεθεί από τους δημιουργούς. Δεν έχει ελεγχθεί από την BMJ Publishing Group Limited (BMJ) και ενδέχεται να μην έχει αξιολογηθεί από ομοτίμους. Τυχόν απόψεις ή συστάσεις που συζητούνται είναι αποκλειστικά του συγγραφέα ή των συγγραφέων και δεν υποστηρίζονται από την BMJ. Η BMJ αποποιείται κάθε ευθύνης και ευθύνης που απορρέει από οποιαδήποτε εξάρτηση από το περιεχόμενο. Όπου το περιεχόμενο περιλαμβάνει οποιοδήποτε μεταφρασμένο υλικό, η BMJ δεν εγγυάται την ακρίβεια και την αξιοπιστία των μεταφράσεων (συμπεριλαμβανομένων ενδεικτικά των τοπικών κανονισμών, κλινικών κατευθυντήριων γραμμών, ορολογίας, ονομασιών φαρμάκων και δόσεων φαρμάκων) και δεν φέρει ευθύνη για τυχόν σφάλματα και/ ή παραλείψεις που προκύπτουν από μετάφραση και προσαρμογή ή άλλως.

Ανοιχτή πρόσβαση

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοιχτής πρόσβασης που διανέμεται από την άδεια Creative Commons Attribution Non-Commercial (CC BY-NC 4.0), η οποία επιτρέπει σε άλλους να διανέμουν, να αναμιγνύουν, να προσαρμόζουν, να βασίζονται σε αυτό το έργο μη εμπορικά και αδειοδοτούν τα παράγωγα έργα τους με διαφορετικούς όρους, με την προϋπόθεση ότι το πρωτότυπο έργο αναφέρεται σωστά, δίνεται η κατάλληλη πίστωση, υποδεικνύονται τυχόν αλλαγές που έγιναν και η χρήση δεν είναι εμπορική. Δείτε http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/.

ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΚΕΣ ΑΝΑΦΟΡΕΣ

1 Taccone FS, Van den Abeele AM, Bulpa Ρ, et al. Επιδημιολογία της διεισδυτικής ασπεργίλλωσης σε βαρέως πάσχοντες ασθενείς: κλινική εικόνα, υποκείμενες καταστάσεις και αποτελέσματα. Crit Care 2015; 19:7.

2 Danion F, Rouzaud C, Duréault A, et al. Γιατί παραλείπονται τόσες πολλές περιπτώσεις επεμβατικής ασπεργίλλωσης; Medical Mycology 2019;57:S94–103.

3 Donnelly JP, Chen SC, Kauffman CA, et al. Αναθεώρηση και ενημέρωση των συναινετικών ορισμών της διηθητικής μυκητιακής νόσου από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Έρευνας και Θεραπείας του Καρκίνου και την Κοινοπραξία Εκπαίδευσης και Έρευνας της Ομάδας Μελέτης Mycoses. Clin Infect Dis 2020; 71:1367–76.

4 Loughlin L, Hellyer TP, White PL, et al. Πνευμονική ασπεργίλλωση σε ασθενείς με υποψία πνευμονίας που σχετίζεται με αναπνευστήρα σε ΜΕΘ του Ηνωμένου Βασιλείου. Am J Respir Crit Care Med 2020;202:1125–32.

5 Hage CA, Carmona EM, Evans SE, et al. Περίληψη για κλινικούς ιατρούς: μικροβιολογικός εργαστηριακός έλεγχος στη διάγνωση μυκητιασικών λοιμώξεων στην πνευμονική και στην πρακτική της εντατικής θεραπείας. Annals ATS 2019; 16:1473–7.

6 Mitchell SL, Simner PJ. Αλληλουχία επόμενης γενιάς στην κλινική μικροβιολογία: είμαστε ακόμα εκεί; Clin Lab Med 2019; 39:405–18.

7 Liu X, Chen Y, Ouyang Η, et al. Διάγνωση φυματίωσης με μεταγονιδιωματικό προσδιορισμό αλληλουχίας επόμενης γενιάς σε βρογχοκυψελιδικό υγρό έκπλυσης: ανάλυση διατομής. Int J Infect Dis 2021; 104:50–7.

8 Sun T, Wu X, Cai Y, et al. Μεταγονιδιωματική αλληλουχία επόμενης γενιάς για παθογόνο διάγνωση και αντιβιοτική διαχείριση σοβαρής πνευμονίας από την κοινότητα σε ανοσοκατεσταλμένους ενήλικες. Front Cell Infect Microbiol 2021; 11:661589.

9 Ding L, Liu Y, Wu X, et al. Η μεταγονιδιωματική του παθογόνου αποκαλύπτει διακριτές υπογραφές πνευμονικής μικροχλωρίδας μεταξύ βακτηριολογικά επιβεβαιωμένων και αρνητικών ασθενών με φυματίωση. Front Cell Infect Microbiol 2021; 11:708827.

10 Dickson RP, Schultz MJ, van der Poll Τ, et al. Η μικροχλωρίδα του πνεύμονα προβλέπει κλινικά αποτελέσματα σε βαρέως πάσχοντες ασθενείς. Am J Respir Crit Care Med 2020; 201:555–63.

11 Hérivaux A, Willis JR, Mercier T, et al. Η μικροχλωρίδα του πνεύμονα προβλέπει την διεισδυτική πνευμονική ασπεργίλλωση και την έκβασή της σε ανοσοκατεσταλμένους ασθενείς. Thorax 2022; 77:283–91.

12 Mandell LA, Wunderink RG, Anzueto A, et al. Οδηγίες συναίνεσης της κοινωνίας των μολυσματικών ασθενειών της Αμερικής/της Αμερικανικής θωρακικής κοινωνίας σχετικά με τη διαχείριση της πνευμονίας της κοινότητας σε ενήλικες. Clin Infect Dis 2007;44 Suppl 2:S27–72.

13 Wang Y, Fan G, Horby P, et al. Συγκριτικά αποτελέσματα ενηλίκων που νοσηλεύονται με λοίμωξη από τον ιό της εποχικής γρίπης Α ή Β: εφαρμογή της τακτικής κλίμακας 7-κατηγορίας. Ανοίξτε το Forum Infect Dis 2019; 6:ofz053.

14 Chen X, Ding S, Lei C, et al. Αίμα και υγρό βρογχοκυψελιδικής έκπλυσης Μεταγονιδιωματική αλληλουχία επόμενης γενιάς στην πνευμονία. Can J Infect Dis Med Microbiol 2020;2020:6839103.

15 Long Y, Zhang Y, Gong Y, et al. Διάγνωση σήψης με DNA χωρίς κύτταρα με τεχνολογία αλληλούχισης επόμενης γενιάς σε ασθενείς ΜΕΘ. Arch Med Res 2016; 47:365–71.

For more information:1950477648nn@gmail.com