Βαθμολογία μονάδας κοινής απόρριψης ούρων (uCRM) για μη επεμβατική παρακολούθηση μεταμόσχευσης νεφρού

Επικοινωνία: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 Email:audrey.hu@wecistanche.com

Αφηρημένη

Μια κοινή μονάδα απόρριψης (CRM) που αποτελείται από 11 γονίδια που εκφράζονται σε βιοψίες αλλομοσχεύματος αναφέρθηκε προηγουμένως ότι χρησιμεύει ως βιοδείκτης για οξεία απόρριψη (AR), συσχετίζεται με την έκταση του τραυματισμού του μοσχεύματος και προβλέπει μελλοντική βλάβη αλλομοσχεύματος. Ερευνήσαμε τη χρήση αυτού του πάνελ γονιδίων στο ίζημα κυττάρων ούρων ασθενών με μεταμόσχευση νεφρού. Τα ιζήματα των κυττάρων ούρων συλλέχθηκαν από ασθενείς με οξεία απόρριψη επιβεβαιωμένη με βιοψία, οριακή AR (bAR), νεφροπάθεια ιού ΒΚ (BKVN) και σταθερά μοσχεύματα νεφρού με βιοψίες κανονικού πρωτοκόλλου (STA) αναλύθηκαν για έκφραση αυτών των 11 γονιδίων χρησιμοποιώντας ποσοτική αλυσίδα πολυμεράσης αντίδραση (qPCR). Αξιολογήσαμε αυτά τα 11 γονίδια CRM για την αφθονία, την αυτοσυσχέτιση και τα μεμονωμένα επίπεδα έκφρασης. Η έκφραση των γονιδίων 10/11 ήταν αυξημένη στο AR σε σύγκριση με το STA. Το Psmb9 και το Cxcl10 θα μπορούσαν να ταξινομήσουν το AR έναντι του STA με την ίδια ακρίβεια με το μοντέλο γονιδίου 11- ευαισθησία=93.6 τοις εκατό ,ειδικότητα=97.6 τοις εκατό). Η βαθμολογία Au CRM, με βάση τον γεωμετρικό μέσο όρο των επιπέδων έκφρασης, θα μπορούσε να διακρίνει το AR από το STA με υψηλή ακρίβεια (AUC= 0.9886) και συσχετίζεται συγκεκριμένα με ιστολογικά μέτρα σωληνίτιδας και διάμεσης φλεγμονής παρά με σωληναριακή ατροφία, σπειραματοσκλήρωση, πολλαπλασιασμός του εσωτερικού χιτώνα, σωληναριακή κενοτοπίωση ή οξεία σπειραματίτιδα. Αυτή η βαθμολογία που βασίζεται σε γονιδιακή έκφραση στα ούρα μπορεί να επιτρέψει τη μη επεμβατική και ποσοτική παρακολούθηση της AR.

ΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ ΤΟΥ CSITANCHE: ΑΝΤΙΦΛΕΓΜΟΝΩΤΙΚΟ

Εισαγωγή

Η μεταμόσχευση νεφρού (KTx) είναι η προτιμώμενη μέθοδος για τη θεραπεία της νεφρικής νόσου τελικού σταδίου (ESRD) από οποιαδήποτε αιτία [1]. Ενώ αυτή η θεραπευτική προσέγγιση έχει γίνει μια πρακτική ρουτίνας παγκοσμίως, βελτιώνοντας σημαντικά την ποιότητα ζωής και επιβίωσης των ασθενών[2], τα μακροπρόθεσμα αποτελέσματα αλλομοσχευμάτων νεφρού δεν έχουν βελτιωθεί όπως αναμενόταν παρά την καλύτερη κατανόηση της ανοσολογικής βιολογίας της απόρριψης αλλομοσχεύματος και την εμφάνιση νέων και πιο ισχυρούς ανοσοκατασταλτικούς παράγοντες [3]. Η κύρια αιτία για την επίμονη και φτωχή επιβίωση του μοσχεύματος είναι η αδυναμία μη επεμβατικής ποσοτικοποίησης του βάρους του ανοσοποιητικού τραυματισμού του μοσχεύματος και η πρόβλεψη της οξείας απόρριψης πριν από την ουσιαστική λειτουργική έκπτωση και τον ιστολογικό τραυματισμό. Πράγματι, ενώ είναι ευρέως γνωστό ότι οι ασθενείς με KTx εκτίθενται συνεχώς σε βλάβες που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό και μη ανοσοποιητικό [4, 5], η περιοδική παρακολούθηση KTx εξαρτάται από μη ευαίσθητους υποκατάστατους δείκτες δυσλειτουργίας αλλομοσχεύματος όπως η κρεατινίνη ορού (6, Z] και η σποραδική παρακολούθηση KTx βασίζεται σε βιοψίες αλλομοσχεύματος πρωτοκόλλου για την ανίχνευση υποκλινικής ιστολογικής βλάβης του μοσχεύματος απουσία διαταραχής της κρεατινίνης ορού[8]. έχει χαμηλή εξειδίκευση για τη διάγνωση της οξείας απόρριψης (AR), καθώς η αύξηση της κρεατινίνης ορού μπορεί να οφείλεται σε άλλους λόγους που δεν σχετίζονται άμεσα με την απόρριψη αλλομοσχεύματος, όπως η νεφροτοξικότητα που σχετίζεται με το ανοσοκατασταλτικό(IS), η οξεία σωληναριακή νέκρωση, η μόλυνση και η διάμεση ίνωση και η σωληναριακή ατροφία (IFTA). Επιπλέον, ενώ η χρήση βιοψιών επιτήρησης έχει θεωρηθεί ως το χρυσό πρότυπο εργαλείο για τη διάγνωση της αλ. βλάβες λομοσχεύματος, αυτή η προσέγγιση είναι δαπανηρή, επεμβατική, με νοσηρότητα της διαδικασίας (κίνδυνος αιμορραγίας. διαδικασία που απαιτεί καταστολή, ιδιαίτερα για παιδιατρικούς ασθενείς με KTx)[9], γεμάτη με διακυμάνσεις ανάγνωσης μεταξύ χειριστή και συχνά ελάχιστα αντιπροσωπευτική της εστιακής ιστολογικής βλάβης. Ως εκ τούτου, η χρήση μη επεμβατικών βιολογικών δεικτών που μπορούν να προβλέψουν με ακρίβεια και να ποσοτικοποιήσουν ο ανοσοποιητικός τραυματισμός στο αλλομόσχευμα θα ήταν μια σημαντική πρόοδος για την ακριβή παρακολούθηση KTx [10-12].

Η ανάκριση πρωτεωμικών, βιοδεικτών RNA και microRNA στα ούρα ασθενών με KTx έχει αποδειχθεί από τις ομάδες μας και άλλους[13-17] ότι είναι το βέλτιστο βιολογικό υγρό για τη σειριακή παρακολούθηση του νεφρικού αλλομοσχεύματος, επειδή είναι ένα υπερδιήθημα του νεφρό και αντικατοπτρίζει τις βιολογικές διεργασίες και το φλεγμονώδες φορτίο που εντοπίζεται στο νεφρικό μόσχευμα [18]. Παρά μια σειρά από μελέτες που έχουν αξιολογήσει στο παρελθόν βιοδείκτες ούρων ως μη επεμβατική διαγνωστική προσέγγιση για την ανάλυση της AR στη μεταμόσχευση νεφρού, η αποκλειστική εστίαση σε μεμονωμένους βιοδείκτες όπως συγκεκριμένες χημειοκίνες και υποδοχείς όπως CXCR3, CXCL9 ή CXCL10 [{{ 6}}] καθιστούν δύσκολη την αποτύπωση της μοριακής πολυπλοκότητας και της ετερογένειας του AR σε διαφορετικούς ασθενείς με KTx. Η σύλληψη αυτής της ετερογένειας είναι απαραίτητη για την ποσοτικοποίηση του βάρους του τραυματισμού με τρόπο που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την προοπτική παρακολούθηση της AR και την αποκατάσταση του τραυματισμού του μοσχεύματος μετά από θεραπευτική παρέμβαση [25, 26].

Σε αυτή τη μελέτη, εφαρμόζουμε τη γνώση που αποκτήθηκε από την αξιοποίηση ενός Common Rejection Mod-ule (CRM) 11 γονιδίων [27], που αρχικά αναπτύχθηκε χρησιμοποιώντας εξαντλητική μετα-ανάλυση δημοσίως διαθέσιμων συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχίας ιστού μεταμόσχευσης δειγμάτων βιοψίας από τέσσερις διαφορετικούς τύπους στερεών όργανα. Τα γονίδια CRM στον ιστό (tCRM) ήταν όλα υπερεκφρασμένα μεταξύ των ασθενών με AR, ανεξάρτητα από τον τύπο του οργάνου, τις διαφορές στα πρωτόκολλα ανοσοκαταστολής ή τις διαφορές στις πλατφόρμες που διερευνούν την έκφραση γονιδίου. Ένα ποσοτικό όριο που προσδιορίστηκε με υπολογιστική ανάλυση μιας συνδυασμένης βαθμολογίας γονιδίου (το σκορ tCRM) προέβλεψε με ακρίβεια την παρουσία AR με διασταυρούμενη επικύρωση υπογραφών έκφρασης γονιδίου ιστού σε 8 ανεξάρτητες κοόρτες (n= 236 δείγματα) αλλομοσχεύματος ανθρώπινου νεφρού βιοψίες[27]. Η βαθμολογία tCRM επικυρώθηκε περαιτέρω με qPCR σε μια ξεχωριστή μελέτη σε δείγματα βιοψίας KTx ως διαγνωστικό τόσο του AR όσο και του χρόνιου τραυματισμού αλλομοσχεύματος (CAl) με διαφορετικά όρια γονιδίων [28]. Επιπλέον, αυτό το σύνολο γονιδίων CRM επικυρώθηκε σε ένα ανεξάρτητο σύνολο βιοψίας ιστού από ασθενείς με μεταμόσχευση πνεύμονα με χρόνια δυσλειτουργία πνευμονικού αλλομοσχεύματος (CLAD) [29].

Σε αυτή τη μελέτη, αξιολογούμε το σύνολο γονιδίων CRM για χρήση σε δείγματα ούρων από ασθενείς με KTx, σε συνδυασμό με βιοψίες αλλομοσχεύματος με γνωστή ιστολογία, για τη μη επεμβατική διάγνωση της AR και άλλων βλαβών που προκαλούνται από το ανοσοποιητικό. Περαιτέρω, αναπτύσσουμε μια βαθμολογία CRM(uCRM) ούρων που διακρίνει με ακρίβεια τους ασθενείς με STA και AR. Αξιολογούμε το κλινικό δυναμικό αυτής της βαθμολογίας στην ανίχνευση του bAR συσχετίζοντας αυτή τη βαθμολογία με τις ιστολογικές βαθμολογίες της σωληναρίτιδας και της διάμεσης φλεγμονής.

ΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ ΤΟΥ CSITANCHE: ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΑΝΟΣΙΑΣ

Υλικά και μέθοδοι

Δείγματα ούρων και η κοόρτη της μελέτης

Στη μελέτη συμπεριλήφθηκαν δείγματα ούρων Biobank (n=1760) από λήπτες KTx που εγγράφηκαν στο Πανεπιστήμιο του Στάνφορντ μεταξύ 2000 και 2011 και στο Ιατρικό Κέντρο UCSF που εγγράφηκε μεταξύ 2014 και 2016. Η μελέτη εγκρίθηκε από το Θεσμικό Συμβούλιο Αναθεώρησης και την Επιτροπή Δεοντολογίας του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνια στο Σαν Φρανσίσκο, Καλιφόρνια. Όλοι οι ασθενείς παρείχαν γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση για συμμετοχή στην έρευνα, με πλήρη συμμόρφωση με τη Διακήρυξη του Ελσίνκι. Οι κλινικές και ερευνητικές δραστηριότητες που αναφέρονται είναι συνεπείς με τις Αρχές της Διακήρυξης της Κωνσταντινούπολης όπως περιγράφονται στη Διακήρυξη της Κωνσταντινούπολης για την εμπορία οργάνων και τον τουρισμό μεταμοσχεύσεων. Για τα δείγματα ούρων που χρησιμοποιήθηκαν για τον καθορισμό του ορίου uCRM για την AR, 178 δείγματα ούρων ταυτοποιήθηκαν με ζευγαρωμένες βιοψίες αλλομοσχευμάτων νεφρού με σαφώς καθορισμένες παθολογίες είτε μοσχευμάτων AR[30,31] βαθμού Banff είτε χωρίς τραυματισμό/σταθερά (Ειγκ 1). Επιπλέον, αξιολογήσαμε επίσης την υπογραφή για τη δοκιμασία uCRM στην ιογενή νεφροπάθεια BK, η οποία είναι ένας σημαντικός παράγοντας σύγχυσης για τη διάγνωση της AR και συχνά εμφανίζεται με σημαντική φλεγμονή στη βιοψία αλλομοσχεύματος. Συνολικά, 28 δείγματα απορρίφθηκαν λόγω προβλημάτων QC που σχετίζονται με χαμηλή περιεκτικότητα και κακής ποιότητας RNA, με αποτέλεσμα την τελική μέτρηση 150 δειγμάτων ούρων από 150 άτομα για διατομική ανάλυση τραυματισμού KTx που προκαλείται από το ανοσοποιητικό. Κάθε δείγμα ούρων αντιστοιχίστηκε με βιοψία τη στιγμή της συλλογής ούρων, η οποία αξιολογήθηκε από έναν κεντρικό παθολόγο του προσωπικού στο Πανεπιστήμιο του Στάνφορντ (Richard Sibley) ή στο UCSF (Zol-tan Laszik).

Χαρακτηριστικά ασθενούς

150 unique urine samples were assessed for the uCRM assay in 150 unique kidney transplant patients. Baseline clinical and demographic variables by AR, bAR, BKVN, or STA phenotype are shown in Table1, There were no significant differences between the groups in the demographic variables, except in recipient age (p= 0.025) and in donor-source (p=0.0008). These samples were used in cross-sectional analyses for modeling of gene expression data and subsequent development and validation of the uCRM threshold for biopsy-proven AR. Samples were collected from both pediatric (n=94) and adult (n=56)patients to enable a model-independent of recipient age or baseline immunosuppression. Based on the matched biopsy diagnosis, urine samples were categorized in the following categories: AR(n=64;45 biopsies met criteria for Banff confirmed AR with >i2,t2, and infiltration by >4 μονοπύρηνα κύτταρα /σωληναριακή διατομή, ενώ 19 πληρούσαν τα κριτήρια για οριακή AR με il/i2 και t0/t1 και διήθηση από 1-4 μονοπύρηνα κύτταρα/σωληνωτή διατομή), STA (n { {8}}), νεφρίτιδα από τον ιό BK(n =43), Οι ασθενείς έλαβαν ένα σχήμα ILS αναστολέα καλσινευρίνης με βάση τακρόλιμους και μυκοφαινολάτη μοφετίλ, με ή χωρίς στεροειδή, και θεραπεία επαγωγής είτε με θυμοσφαιρίνη είτε με αντι-IL{{ 12}} μονοκλωνικό αντίσωμα υποδοχέα (daclizumab ή basi. infliximab)[32]. Τα δείγματα ούρων ελήφθησαν κατά μέσο όρο 731 ημερών μετά τη μεταμόσχευση (εύρος 169-1335 ημερών).

Ορισμός φαινοτύπων τραυματισμού

All kidney biopsies were blindly and centrally analyzed at each institution by staff pathologists (RS and ZL)and were graded by the Banff dassification[31,33] for acute rejection.Intragraft C4d stains were performed [34] to assess for acute humoral rejection(AHR)[35]. Transplant injury was defined as>20 τοις εκατό αύξηση της κρεατινίνης ορού από την προηγούμενη τιμή αναφοράς σε σταθερή κατάσταση και μια σχετική βιοψία που ταξινομήθηκε είτε ως AR είτε ως BKVN.AR ορίστηκε σε ελάχιστο βαθμό, σύμφωνα με το σχήμα Banff, βαθμολογία σωληναρίτιδας μεγαλύτερη ή ίση με 1 συνοδευόμενη από βαθμολογία διάμεσης φλεγμονής Μεγαλύτερη ή ίση με 1 με αρνητικό Cd και DSA. Προκλήθηκαν τόσο περιπτώσεις AR(TCMR) με μεσολάβηση Tcell όσο και απόρριψης με μεσολάβηση αντισώματος (ABMR), αν και όλες οι παρατηρούμενες περιπτώσεις ABMR είχαν μικτό φαινότυπο TCMR και ABMR, καθώς η τήρηση του καθαρού ABMR σπάνια παρατηρείται σε χαμηλού κινδύνου, μη ευαισθητοποιημένες κοόρτες. Οριακές αλλαγές (bAR) παρατηρήθηκαν σε ορισμένες περιπτώσεις TCMR, που χαρακτηρίζονται από διήθηση μονοπύρηνων κυττάρων (<25% of="" the="" parenchyma)or="" foci="" of="" mild="" tubulitis(1-4="" mononuclear="" cells/tubular="" cross-section),="" and="" for="" purposes="" of="" molecular="" correlation="" analysis,="" these="" have="" been="" shown="" as="" bar,="" as="" the="" burden="" of="" histological="" inflammation="" was="" overall="" lower="" for="" these="" biopsy="" samples.="" bkvn="" was="" defined="" as="" the="" positivity="" of="" polyomavirus="" pcr="" in="" peripheral=""><1000-28,800,000), together="" with="" a="" positive="" sv40="" stain="" in="" the="" concomitant="" renal="" allograft="" biopsy.="" normal="" (sta)="" allografts="" were="" defined="" by="" an="" absence="" of="" significant="" injury="" pathology="" on="" the="" 6-month="" protocol="" biopsy,="" as="" defined="" by="" banff="" schema,="" stable="" graft="" function,="" no="" proteinuria,="" and="" no="">

Εικ. 1. Επιλογή δείγματος και σχηματική μελέτη της μελέτης. Συλλέχθηκαν 1.760 δείγματα ούρων μεταξύ 2000 και 2016,

εκ των οποίων οι 643 είχαν αντίστοιχα δεδομένα βιοψίας. 178 από αυτά τα 643 είχαν καλά καθορισμένους φαινοτύπους AR, bAR, BKVN ή STA.

Μετά την εκχύλιση RNA, τη σύνθεση cDNA και τον ποσοτικό προσδιορισμό qPCR, 28 δείγματα δεν πέρασαν QA/QC, αφήνοντας 150

δείγματα για στατιστική ανάλυση και μοντελοποίηση.

Συλλογή ούρων, επεξεργασία, εξαγωγή ολικού RNA, σύνθεση cDNA και qPCR

Συλλέχθηκαν ούρα (50 mL, αποστειρωμένος περιέκτης) από ασθενείς με μεταμόσχευση νεφρού πριν από τη διαδικασία βιοψίας και πριν από οποιαδήποτε εντατικοποίηση της θεραπείας για AR. Το RNA εξήχθη από το ίζημα των ούρων σύμφωνα με το πρωτόκολλο που αναφέραμε προηγουμένως [36]. Εν συντομία, λήφθηκαν κύτταρα ούρων με φυγοκέντρηση του δείγματος ούρων 50-mL στα 2000 xg για 20 λεπτά. Το RNA εκχυλίστηκε από τα σφαιρίδια κυττάρων ούρων χρησιμοποιώντας το RNeasy Plus Micro Kit (Qiagen, Valencia, CA). Η ποιότητα του RNA αξιολογήθηκε με το φασματοφωτόμετρο NanoDrop ND-2000 (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA) με αναλογία 260/280. Η σύνθεση cDNA πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας 50 ng εξαγόμενου RNA χρησιμοποιώντας SuperScript VILO"Master Mix (Invitrogen, Carlsbad, CA). Το qPCR πραγματοποιήθηκε σε cDNA που συντέθηκε από 50 ng ολικού RNA, και στη συνέχεια 1,56 ng cDNA υποβλήθηκαν σε επεξεργασία μέσω ειδικής ενίσχυσης στόχου και δείγματος αραίωση με τις συγκεντρωμένες αναλύσεις Taqman για τα γονίδια 1 λίτρου uCRM σε πολυπλεξία, με Taqman PreAmp Master Mix (ABI) έως 5 ul τελικό όγκο, για 18 κύκλους σε θερμικό κυκλοποιητή, στη συνέχεια αραιώθηκε με ρυθμιστικό διάλυμα εναιώρησης DNA (TEKnova, CA). εκτελούνται στις δυναμικές συστοιχίες 96,96 (Fluidigm, South San Francisco, CA）χρησιμοποιώντας 2,25 ul του αραιωμένου δείγματος από ειδική ενίσχυση στόχου, μαζί με δοκιμές Taqman (ABI) για κάθε μεταγραφή γονιδίου (S1Table), Taqman Universal master mix (Applied Biosystems, Foster City, CA) και Loading Reagent (Fluidigm), με εκκίνηση και φόρτωση του τσιπ μέσω του ελεγκτή HX IFC και εκτέλεση qPCR στο σύστημα BioMark (Fluidgm). Η σχετική ποσότητα έκφρασης RNA υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας ένα συγκριτικό cy μέθοδος cle threshold (CT). Οι τιμές έκφρασης κανονικοποιήθηκαν σε 18Susing ριβοσωμικό RNA ενδογενούς αναφοράς και καθολικού RNA (Agilent Inc., Santa Clara, CA).

Στατιστικός

Όλες οι δοκιμές qPCR εκτελέστηκαν εις διπλούν. Όλα τα δεδομένα παρουσιάζονται ως μέσος όρος± SEM. Για συγκρίσεις των γονιδίων CRM ανά φαινότυπο, χρησιμοποιήθηκε ένα μοντέλο μικτών επιδράσεων με τη διόρθωση Geisser-Greenhouse, με πολλαπλές συγκρίσεις που πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τη διαδικασία γραμμικών σταδίων δύο σταδίων των Beniamini, Krieger και Yekutieli. Πραγματοποιήθηκε συσχέτιση Pearson και ιεραρχική σκόνη στο Morpheus (Broad Institute). Για μοντέλα πρόβλεψης μηχανικής μάθησης, τα δεδομένα χωρίστηκαν σε ένα σύνολο εκπαίδευσης (80 τοις εκατό ) και ένα σύνολο δοκιμών (20 τοις εκατό ). Ένα μοντέλο ταξινόμησης δένδρων αποφάσεων, επικυρωμένο στο σύνολο δοκιμών, χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό της ακριβέστερης αποκοπής βαθμολογίας uCRM. Η επιλογή μεταβλητής με χρήση τυχαίων δασών (VSURF) χρησιμοποιήθηκε για την ταξινόμηση του AR ys STA καθώς και για την αξιολόγηση και την κατάταξη μεμονωμένης σημασίας γονιδίου. Η έξοδος σπουδαιότητας της μεταβλητής Random Forest ορίζεται ως η μέση ποσοστιαία ανακρίβεια μείωσης του μοντέλου της μεταβλητής (γονίδιο) που εξαιρέθηκαν (τυχαία μετάθεση) από το μοντέλο. Το ξεσκόνισμα χωρίς επίβλεψη για την οπτικοποίηση του διαχωρισμού του φαινοτύπου έγινε χρησιμοποιώντας έναν κατανεμημένο αλγόριθμο ενσωμάτωσης στοχαστικού γείτονα (t-SNE) στο Mathematica 11.3 (Wolfram Research, Champaign. IL). Η ανάλυση δικτύου των γονιδίων CRM πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας GeneMANIA [37]. Οι στατιστικές για τις δημογραφικές μεταβλητές πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας αναλύσεις Chi-square για διακριτές και τη δοκιμή Kruskal-Wallis για συνεχείς μεταβλητές στο IMP 14.2 (SASInstitute, Cary, NC). Εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά. Όλες οι άλλες αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν και οπτικοποιήθηκαν με Prism 8.0.1 (GraphPad, Carlsbad, CA).

Έγκριση μελέτης

Η μελέτη εγκρίθηκε από τις επιτροπές δεοντολογίας τόσο της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου του Στάνφορντ όσο και του Ιατρικού Κέντρου UCSF. Όλοι οι ενήλικες ασθενείς και οι γονείς/κηδεμόνες μη ενήλικων ασθενών παρείχαν γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση για συμμετοχή στην έρευνα, με πλήρη συμμόρφωση με τη Διακήρυξη του Ελσίνκι. Οι κλινικές και ερευνητικές δραστηριότητες που αναφέρονται είναι συνεπείς με τις Αρχές της Διακήρυξης της Κωνσταντινούπολης όπως περιγράφονται στη Διακήρυξη της Κωνσταντινούπολης για την εμπορία οργάνων και τον τουρισμό μεταμοσχεύσεων.

ΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ ΤΟΥ CSITANCHE: ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΑΝΟΣΙΑΣ

Αποτελέσματα

Οι βασικές κλινικές και δημογραφικές μεταβλητές για όλους τους λήπτες 150 KTx με φαινότυπους AR, bAR, BKVN και STA φαίνονται στον Πίνακα 1.

Σχετική αφθονία και συσχέτιση της έκφρασης του γονιδίου CRM στο ίζημα των κυττάρων ποντικού

ΣΧΕΤΙΚΗ ΑΦΘΟΝΙΑ. Για να προσδιοριστεί η σχετική αφθονία των μεταγραφών του γονιδίου CRM στα ιζήματα των ούρων, χρησιμοποιήθηκαν οι τιμές του ουδού κύκλου (Ct) ως μέτρηση της αφθονίας. Όσο χαμηλότερη είναι η τιμή Ct, τόσο μεγαλύτερη είναι η αφθονία της μεταξύ των γονιδίων CRM. Μεταξύ των 11 γονιδίων CRM, το BASP1 ήταν το πιο άφθονο αντίγραφο στο ίζημα των ουροποιητικών κυττάρων. Το BASP1 ακολουθήθηκε από τα TAP1, PSMB9 και ISG20 ως τα 4 πιο άφθονα μεταγραφήματα. Το LCK και το CD6 ήταν μεταξύ των λιγότερο άφθονων μεταγραφών στα ιζήματα ούρων στο σύνολο γονιδίων CRM. Δεδομένου ότι οι τιμές Ct κυμαίνονταν από τη χαμηλότερη τιμή Ct του 14 έως την υψηλότερη τιμή Ct του 20, υπήρχε 64-πλάσια διαφορά μεταξύ των μεταγραφών γονιδίου BASP1 και CD6, με το CD6 να είναι το λιγότερο άφθονο μεταγράφημα.

Σχήμα 2. Σχετική αφθονία και συσχέτιση της αφθονίας των γονιδίων CRM στα ούρα και της έκφρασης των γονιδίων CRM σε διαφορετικούς κλινικούς φαινοτύπους μεταμόσχευσης νεφρού. Α. Πίνακας συσχέτισης Pearson που δείχνει συσχέτιση μεταξύ 11 γονιδίων CRM στην έκφρασή τους σε ιζήματα ουροποιητικών κυττάρων. Το μέγεθος του τετραγώνου χρησιμεύει ως οπτικός δείκτης της ισχύος του συσχετισμού. Β. Χάρτης θερμότητας με εποπτευόμενη ομαδοποίηση κατά φαινότυπο που καταδεικνύει τη σχετική έκφραση των γονιδίων CRM σε AR, bAR, BKVN και STA. Γ. Διαγράμματα βιολιού που απεικονίζουν την κατανομή των γονιδίων CRM σε σφαιρίδια κυττάρων ούρων AR, bAR, BKVN και STA. Το � υποδεικνύει ότι το AR έναντι του STA ήταν σημαντικό μετά από πολλαπλές συγκρίσεις. Το # υποδηλώνει ότι το bAR έναντι του STA ήταν σημαντικό μετά από πολλαπλές συγκρίσεις. Πρόσθετα στατιστικά στοιχεία είναι διαθέσιμα στον Πίνακα 2.

Συσχέτιση γονιδιακής έκφρασης μεταξύ γονιδίων γονιδίων CRM.

Στη συνέχεια, αξιολογήσαμε τη συσχέτιση της γονιδιακής έκφρασης μεταξύ 11 γονιδίων CRM. Η συσχέτιση κυμαινόταν από πολύ ασθενή (r=-0.17 για CXCL9 και NKG7 και r=-0.10 CXCL10 και RUNX3) έως πολύ ισχυρή (r=0.77 για INPP5D και TAP1 και το ίδια τιμή για τα CD6 και LCK). Αν και οι CXCL9 και CXCL10 ανήκουν στην ίδια κατηγορία χημειοκινών, ο συσχετισμός γονιδιακής έκφρασης μεταξύ τους ήταν μόνο μέτρια (r=0.46). Η γραφική παρουσίαση του πίνακα συσχέτισης παρουσιάζεται στο Σχήμα 2Α. Ένας χάρτης θερμότητας που δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας εποπτευόμενη ομαδοποίηση καταδεικνύει τη σημαντική αύξηση στις τιμές γονιδιακής έκφρασης των γονιδίων CRM σε AR, bAR και BKVN σε σύγκριση με τον φαινότυπο STA (Εικ. 2Β).

Έκφραση γονιδίου uCRM σε ιζήματα ούρων με επιβεβαιωμένα με βιοψία AR και BKVN

Γονιδιακή έκφραση των γονιδίων CRM σε AR και bAR. Στη συνέχεια, αξιολογήσαμε τη γονιδιακή έκφραση καθενός από τα 11 γονίδια CRM για τη σχετική τους έκφραση σε AR, bAR, BKVN και STA. Μια σύνοψη των αποτελεσμάτων της ανάλυσης παρουσιάζεται στον Πίνακα 2 και στο Σχήμα 2Γ.10 από τα 11 γονίδια αυξήθηκαν σημαντικά στα ιζήματα ούρων AR σε σύγκριση με τα ιζήματα ούρων από STA. Ωστόσο, μόνο πέντε γονίδια CRM (Cd6, Cxcll0, Cxd9, Nkg7 και Psmb9) ρυθμίστηκαν σημαντικά προς τα πάνω στα δείγματα bAR σε σύγκριση με το STA και η έκφρασή τους στην ομάδα bAR ήταν σχετικά χαμηλότερη από ό,τι στην ομάδα AR βαθμολογημένης Banff, υπογραμμίζοντας ότι τα γονίδια uCRM μπορούν να αντανακλούν το φλεγμονώδες φορτίο εντός του αλλομοσχεύματος Eig 2C.

Πίνακας 2. Επίπεδα γονιδιακής έκφρασης γονιδίων CRM σε διαφορετικούς φαινοτύπους

Γονιδιακή έκφραση των γονιδίων CRM στο BKVN. Η έκφραση των CD6, CXCL10, CXCL9, LCK, NKG7 και PSMB9 ρυθμίστηκε διαφορετικά σε δείγματα ούρων με ασθενείς με BKVN σε σύγκριση με τα δείγματα από ασθενείς με STA. Από τα έξι γονίδια με στατιστικά διαφορετικές τιμές γονιδιακής έκφρασης μεταξύ δειγμάτων BKVN και STA, η έκφραση μόνο του NKG7 ήταν σημαντικά χαμηλότερη στα ούρα BKVN.

Προσδιορισμός βαθμολογίας έκφρασης γονιδίου CRM(uCRM) ούρων για τον προσδιορισμό της απόρριψης μοσχεύματος νεφρού

Επειδή η έκφραση του συνόλου γονιδίων CRM δεν ήταν ομοιογενής στους φαινοτύπους του μοσχεύματος και υπήρχε ουσιαστική φυσιολογική αλληλεπίδραση μεταξύ των διαφορετικών γονιδίων (Σχήμα S1), χρησιμοποιήσαμε μη γραμμικές εποπτευόμενες μεθόδους για περαιτέρω διαφοροποίηση και ταξινόμηση φαινοτύπων. Πραγματοποιήθηκε ομαδοποίηση χωρίς επίβλεψη μέσω t-SNE για τον προσδιορισμό των σχέσεων μεταξύ των γονιδίων uCRM και των φαινοτύπων. Το Σχήμα 3Α δείχνει την γραφική παράσταση t-SNE, υποδεικνύοντας ότι τα 11 γονίδια CRM θα μπορούσαν σχεδόν εξ ολοκλήρου να διαχωρίσουν το AR από τα δείγματα STA. Το μοντέλο VSURF, ανάλογα με τις βαθμολογίες σπουδαιότητας Random Forests, προσδιόρισε ότι τα PSMB9 και CXCL10 ήταν τα δύο πιο σημαντικά γονίδια για την ικανοποίηση του AR από το STA. Το Σχήμα 3Β απεικονίζει περαιτέρω τη σημασία αυτών των 2 γονιδίων. Η γραφική παράσταση σπουδαιότητας των βαρών γονιδίων υποδηλώνει ότι οποιοδήποτε από τα 2 γονίδια, εάν εξαιρεθεί από το μοντέλο, αντιστοιχεί σε κατά προσέγγιση 20 τοις εκατό μείωση στην ανακρίβεια του μοντέλου. Αυτά τα δύο γονίδια θα μπορούσαν να ταξινομήσουν το AR έναντι του STA με σχεδόν τόσο υψηλή ακρίβεια όσο το μοντέλο γονιδίου 1l, με ευαισθησία 93,6 τοις εκατό και ειδικότητα 97,6 τοις εκατό. Τα κατώφλια έκφρασης γονιδίων για αυτά τα δύο γονίδια προσδιορίστηκαν από έναν ταξινομητή δέντρου αποφάσεων και οι τιμές λογαριθμικής κλίμακας αυτών των δύο γονιδίων απεικονίζονται στο Σχήμα 3C. Ένα όριο 28 για το CXCL10 και 3 για το PSMB9 ταξινομήθηκαν σωστά 86/88 περιπτώσεις AR & STA για συνολική ακρίβεια 97,7 τοις εκατό . Συγκεκριμένα, τα δείγματα bAR έπεσαν μεταξύ των φαινοτύπων AR και STA, υποδηλώνοντας τη διαβάθμιση αυτών των δύο γονιδίων στον βαθμό φλεγμονής του αλλομοσχεύματος.

Για να διερευνηθεί η απόδοση ταξινόμησης της βαθμολογίας uCRM σε περιπτώσεις AR, οριακής AR και STA, δημιουργήθηκε ένας ταξινομητής δέντρου αποφάσεων (Εικ. 4Α). Το δέντρο αποφάσεων προσδιόρισε τα βέλτιστα κατώφλια βαθμολογίας uCRM για κάθε φαινότυπο. Βαθμολογία μεγαλύτερη από 4 σωστά ταξινομημένες 44/49 περιπτώσεις AR. βαθμολογία μικρότερη από 1,8 σωστά ταξινομημένες 33/35 περιπτώσεις STA. 14/23 οριακές περιπτώσεις ήταν μεταξύ αυτών των δύο ορίων. Η κατανομή των βαθμολογιών uCRM ανά φαινότυπο απεικονίζεται στο Σχήμα 4B. Οι μέσες βαθμολογίες uCRM (SEM) για AR, bAR, και STA ήταν 8.195 (0.631), 3.265 (0.412{{21) }}), και 1,404 (0,162) αντίστοιχα, και όλες οι συγκρίσεις ήταν σημαντικές μετά από διόρθωση πολλαπλών συγκρίσεων. Η βαθμολογία uCRM μπορούσε να διακρίνει μεταξύ AR και STA με υψηλή ακρίβεια - σε ένα όριο 3,63, η ευαισθησία και η ειδικότητα ήταν 95,35 τοις εκατό και 97,78 τοις εκατό αντίστοιχα (Eig 4C. Κατά τη διάκριση μεταξύ AR και του συνδυασμού bAR και STA, η βαθμολογία uCRM διατηρήθηκε με υψηλή ακρίβεια στο ίδιο όριο, η ευαισθησία και η ειδικότητα ήταν 87,10 τοις εκατό και 97,78 τοις εκατό αντίστοιχα (S2A Σχήμα).

Κατά τη συμπερίληψη των δειγμάτων BKVN, όλοι οι φαινότυποι ήταν σημαντικά διαφορετικοί μεταξύ τους μετά από διόρθωση πολλαπλών συγκρίσεων εκτός από τα bAR και BKVN(S2BFig). Κατά τη διάκριση μεταξύ του AR και του συνδυασμού των bAR, STA και BKVN, η βαθμολογία uCRM διατηρούσε ακόμη υψηλή, αλλά χαμηλότερη ακρίβεια. Χρησιμοποιώντας τα ίδια όρια 3,63, η ευαισθησία και η ειδικότητα ήταν 76,92 τοις εκατό και 97,78 τοις εκατό αντίστοιχα (S2CFig).

Το ComScore συσχετίζεται με ιστολογικές βλάβες βιοψίας ειδικών για το AR Συγκεκριμένα, η τάση αύξησης της βαθμολογίας uCRM από STA σε bAR σε AR υποδηλώνει ότι η βαθμολογία uCRM θα μπορούσε να ανιχνεύσει διαβαθμίσεις φλεγμονής που ήταν κλινικά σχετικές. Ως εκ τούτου, αξιολογήσαμε εάν η βαθμολογία uCRM συσχετίστηκε με την έκταση των ιστολογικών βλαβών AR που παρατηρήθηκαν σε αντιστοιχισμένες βιοψίες από τον ίδιο ασθενή, που συλλέγονται ταυτόχρονα. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 5Α και 5Β, οι βαθμολογίες uCRM συσχετίστηκαν με την έκταση της σωληναρίτιδας(t) και τις βαθμολογίες βιοψίας της διάμεσης φλεγμονής(i) στο AR(R=0).5479, P<0.0001 and="" r="0.4420,"><0.0001 for="" the="" ucrm="" score="" regarding="" t="" and="" ii,="" respectively).="" there="" was="" no="" correlation="" between="" the="" ucrm="" score="" and="" measures="" of="" tubular="" atrophy="" (ta),glomerulosclerosis="" (gs),mesangial="" matrix="" (mm),="" intimal="" proliferation="" (cv),="" medial="" arteriolar="" hyaline="" (ah),="" tubular="" vacuolization(tv),="" arteritis="" (v),="" or="" acute="" glomerulitis="">

ΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ ΤΟΥ CSITANCHE: ΑΝΤΙ-ΚΟΥΡΑΣΤΙΚΟ

Συζήτηση

Υπάρχει επείγουσα ανάγκη στην ιατρική μεταμοσχεύσεων για την ανάπτυξη αξιόπιστων και μη επεμβατικών εργαλείων παρακολούθησης που μπορούν να βοηθήσουν τους κλινικούς ιατρούς μεταμόσχευσης να προβλέψουν τον κίνδυνο τραυματισμού αλλομοσχεύματος, κατά προτίμηση προτού ήδη δημιουργηθεί η βλάβη του αλλομοσχεύματος. Ενώ ένας αριθμός μεταγραφικών βιοδεικτών έχει συσχετιστεί με την AR, οι περισσότερες μελέτες έχουν βασικά επικεντρωθεί σε έναν μοναδικό ή μοναδικό μεταγραφικό παράγοντα και δεν αντικατοπτρίζουν ολόκληρη τη μοριακή πολυπλοκότητα της βιολογικής διαδικασίας απόρριψης αλλομοσχεύματος [11,38]. Επιπλέον, ενώ το τρέχον χρυσό πρότυπο για τη διάγνωση της παρουσίας τραυματισμού αλλομοσχεύματος που προκαλείται από το ανοσοποιητικό σύστημα είναι η βιοψία αλλομοσχεύματος, είναι ευρέως γνωστό ότι η διαδικασία έχει βασικούς περιορισμούς όσον αφορά τη συχνή ακανόνιστη αναπαράσταση δειγματοληψίας, το υψηλό κόστος της και την πρακτικότητα για επαναλαμβανόμενες προσυμπτωματικός έλεγχος λόγω της επεμβατικής φύσης της τεχνικής.

Αρκετές αναφορές έχουν δείξει την αξία της μελέτης διαφορετικών βιοδεικτών που προβλέπουν AR σε δείγματα ούρων ληπτών μοσχευμάτων νεφρού [20-22]. Αυξημένα επίπεδα μορίων και μεταγραφών ανοσοενεργών στα ούρα όπως το granzyme B. CXCL10.CXCL9.IFN-y και CXCR3. έχουν αποδειχθεί ότι συνδέονται σε μεγάλο βαθμό με την AR και σε ορισμένες περιπτώσεις, ακόμη και να προβλέπουν την εμφάνιση της AR εκ των προτέρων [19,24,39-43]. Αξιοποιώντας τα πρόσφατα αναφερθέντα δεδομένα από την ομάδα μας [2Z, 29,44] που δείχνουν μια κοινή ενότητα απόρριψης της γονιδιακής έκφρασης σε βιοψίες αλλομοσχευμάτων κατά τη διάρκεια της AR, ανεξάρτητα από τον τύπο του οργάνου ιστού, ο κύριος στόχος αυτής της μελέτης ήταν να διερευνήσει εάν η αξιολόγηση του CRM στα ούρα ασθενών με μεταμόσχευση νεφρού θα μπορούσε να είναι χρήσιμος ως ένας ιδανικός μη επεμβατικός βιοδείκτης που προβλέπει την εμφάνιση της AR.

Ενώ πολλά από τα μεμονωμένα γονίδια CRM και γονιδιακά προϊόντα έχουν αξιολογηθεί μεμονωμένα, αυτή είναι η πρώτη αναφορά της συλλογικής, μη επεμβατικής χρήσης των γονιδίων CRM στην πρόβλεψη του AR στο KTx. Για παράδειγμα, το mRNA και η πρωτεΐνη CXCL9 ούρων και το mRNA του CXCL10 είχαν προηγουμένως αξιολογηθεί σε πολυκεντρικές μελέτες για τη διάγνωση του AR[13,45,46. Τα μεταγραφήματα PSMB9 σε βιοψίες νεφρού είχαν επίσης συσχετιστεί προηγουμένως με την ποιότητα του μοσχεύματος και την πρόβλεψη της οξείας απόρριψης. 47].

Έχουμε αναλύσει δεδομένα γονιδιακής έκφρασης σε ιζήματα ούρων από ασθενείς με KTx για τη σχετική αφθονία των μεταγραφών CRM και τη συσχέτιση της έκφρασής τους μεταξύ των γονιδίων CRM (Εικ. 2Α). τα γονίδια CRM είχαν αυξημένη έκφραση σε AR και άλλους τραυματισμούς μεταμοσχεύσεων όπως AR και BKVN (Εικ. 2Β και 2Γ). Σε αυτήν την αναφορά, παρατηρήσαμε επίσης μια ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της βαθμολογίας uCRM που αναπτύχθηκε πρόσφατα και των βαθμολογιών ιστολογικής φλεγμονής (βαθμολογίες t και ii βιοψιών νεφρού). Δεδομένου ότι τα περισσότερα από αυτά τα γονίδια CRM εκφράζονται σχεδόν αποκλειστικά σε διεισδυτικά ανοσοκύτταρα, η αυξημένη έκφραση των γονιδίων CRM στα ιζήματα ούρων υποδηλώνει ότι υπάρχει αυξημένη απελευθέρωση διεισδυτικών ανοσοκυττάρων στα ούρα ληπτών μοσχευμάτων νεφρού που υποβάλλονται σε τραυματισμό μοσχεύματος.

Στη συνέχεια, χρησιμοποιήσαμε μια συνδυασμένη βαθμολογία που υπολογίστηκε από μεμονωμένες τιμές γονιδιακής έκφρασης μεμονωμένων γονιδίων CRM, το ComScore, ως μέτρηση για την ταξινόμηση των ασθενών με μεταμόσχευση νεφρού σε ασθενείς με οξεία απόρριψη ή χωρίς τραυματισμό και καθορίσαμε ένα όριο για AR. Τα αποτελέσματα από αυτή τη μελέτη καταδεικνύουν ότι η ισχύς της δοκιμασίας uCRM δεν εντοπίζει μόνο ασθενείς με AR, αλλά και ποσοτικοποιεί τον βαθμό τραυματισμού που λαμβάνει χώρα στο αλλομόσχευμα, καθώς η βαθμολογία αυξάνεται από χαμηλές τιμές σε ασθενείς με STA, σε ενδιάμεσες τιμές σε ασθενείς με bAR. και σε υψηλές τιμές σε ασθενείς με AR, όπως αντικατοπτρίζεται στις βαθμολογίες ιστολογικής σωληνίτιδας και διάμεσης φλεγμονής. Πιστεύουμε ότι η βαθμολογία uCRM έχει πιθανή χρησιμότητα στην παρακολούθηση μεταμοσχεύσεων και μπορεί να χρησιμεύσει ως συμπληρωματική ή παραπομπή εξέταση για βιοψίες. Ένας ασθενής με χαμηλό σκορ uCRM μπορεί να είναι σε θέση να αποφύγει τις περιττές βιοψίες πρωτοκόλλου, ενώ ένας ασθενής με υψηλό σκορ uCRM μπορεί να χρειαστεί σειριακή παρακολούθηση ή βιοψία για την αιτία για την αξιολόγηση της κατάστασης του μοσχεύματος.

Αναγνωρίζουμε αρκετούς περιορισμούς αυτής της μελέτης που περιλαμβάνουν (i) περιορισμένο μέγεθος δείγματος της μελέτης, (ii) απουσία άλλων φαινοτύπων τραυματισμού μεταμόσχευσης, όπως χρόνιος τραυματισμός αλλομοσχεύματος ή τοξικότητα φαρμάκων, και (i) έλλειψη αξιολόγησης της βαθμολογίας uCRM σε μια διαχρονική δείγμα σε μεγαλύτερο μέγεθος κοόρτης. Αυτά τα πολλά υποσχόμενα ευρήματα υποδηλώνουν ότι απαιτούνται πρόσθετες, προοπτικές μελέτες για την επικύρωση και την πλήρη αξιολόγηση της πιθανής χρησιμότητας της βαθμολογίας uCRM στο κλινικό περιβάλλον. Συνοπτικά, παρουσιάζουμε έναν μη επεμβατικό βιοδείκτη με βάση τα ούρα που αναπτύχθηκε από μια Κοινή Ενότητα Απόρριψης που αποτελείται από 11 γονίδια που μπορεί να αναγνωρίσει τραυματισμό και απόρριψη μοσχεύματος σε ασθενείς με μεταμόσχευση νεφρού.

ΕΠΙΔΡΑΣΕΙΣ ΤΟΥ CSITANCHE: ΒΕΛΤΙΩΣΗ ΜΝΗΜΗΣ

βιβλιογραφικές αναφορές

1 Wolfe RA, Ashby VB, Milford EL, Ojo AO, Ettenger RE, Agodoa LY, et al. Σύγκριση θνησιμότητας σε όλους τους ασθενείς που υποβάλλονται σε αιμοκάθαρση, σε ασθενείς υπό αιμοκάθαρση εν αναμονή μεταμόσχευσης και σε λήπτες πρώτης πτωματικής μεταμόσχευσης. Το περιοδικό ιατρικής της Νέας Αγγλίας. 1999; 341(23):1725–30.

2. Laupacis Α, Keown Ρ, Pus Ν, Krueger Η, Ferguson Β, Wong C, et αϊ. Μελέτη της ποιότητας ζωής και του κόστους-χρησιμότητας της μεταμόσχευσης νεφρού. Διεθνές νεφρό. 1996; 50(1):235–42. PMID: 8807593.

3. Lodhi SA, Lamb KE, Meier-Kriesche HU. Βελτίωση των μακροπρόθεσμων αποτελεσμάτων για μεταμοσχευμένους ασθενείς: αιτιολόγηση της μακροπρόθεσμης και διεπιστημονικής έρευνας για συγκεκριμένες ασθένειες. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2011; 11(10):2264–5.

4. Naesens Μ, Khatri Ρ, Li L, Sigdel TK, Vitalone MJ, Chen R, et αϊ. Η προοδευτική ιστολογική βλάβη στα νεφρικά αλλομοσχεύματα σχετίζεται με την έκφραση των εγγενών και προσαρμοστικών γονιδίων ανοσίας. Διεθνές νεφρό. 2011; 80(12):1364–76.

5. Sigdel TK, Li L, Tran TQ, Khatri Ρ, Naesens Μ, Sansanwal Ρ, et αϊ. Τα μη HLA αντισώματα σε ανοσογονικούς επιτόπους προβλέπουν την εξέλιξη της χρόνιας βλάβης νεφρικού αλλομοσχεύματος. Journal of the American Society of Nephrology: JASN. 2012; 23(4):750–63.

6. Pape L, Offner G, Ehrich JH, de Boer J, Persijn GG. Λειτουργία νεφρικού αλλομοσχεύματος σε ταιριαστά παιδιατρικά και ενήλικα ζεύγη λήπτες του ίδιου δότη. Μεταφύτευση. 2004; 77(8):1191–4. PMID: 15114083.

7. Provoost AP, Wolff ED, de Keijzer MH, Molenaar JC. Επίδραση του μεγέθους του λήπτη στη νεφρική λειτουργία μετά από μεταμόσχευση νεφρού. Μια πειραματική και κλινική έρευνα. Περιοδικό Παιδιατρικής Χειρουργικής. 1984; 19(1):63–7.

8. Moreso F, Lopez M, Vallejos A, Giordani C, Riera L, Fulladosa X, et al. Σειριακές βιοψίες πρωτοκόλλου για τον ποσοτικό προσδιορισμό της εξέλιξης της χρόνιας μεταμοσχευτικής νεφροπάθειας σε σταθερά νεφρικά αλλομοσχεύματα. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2001; 1(1):82–8. PMID: 12095044.

9. Davis ID, Oehlenschlager W, O'Riordan MA, Avner ED. Παιδιατρική νεφρική βιοψία: πρέπει αυτή η διαδικασία να γίνεται σε εξωτερικό ιατρείο; Παιδιατρική νεφρολογία. 1998; 12(2):96–100. PMID: 9543363.

10. Roedder S, Sigdel Τ, Salomonis Ν, Hsieh S, Dai Η, Bastard Ο, et αϊ. Η ανάλυση kSORT για την ανίχνευση ασθενών με μεταμόσχευση νεφρού σε υψηλό κίνδυνο για οξεία απόρριψη: αποτελέσματα της πολυκεντρικής μελέτης AART. PLoS medi cine. 2014; 11(11):e1001759.

11. Sarwal Μ, Chua MS, Kambham Ν, Hsieh SC, Satterwhite Τ, Masek Μ, et αϊ. Μοριακή ετερογένεια στην οξεία απόρριψη νεφρικού αλλομοσχεύματος που προσδιορίζεται με προφίλ μικροσυστοιχιών DNA. The New England Journal of Medicine. 2003; 349(2):125–38.

12. Sigdel TK, Sarwal MM. Πρόσφατες πρόοδοι στην ανακάλυψη βιοδεικτών στη μεταμόσχευση στερεών οργάνων από πρωτεόφωνα. Ανασκόπηση εμπειρογνωμόνων της πρωτεομικής. 2011; 8(6):705–15. https://doi.org/10.1586/epr.11.66 PMID: 22087656.

13. Suthanthiran Μ, Schwartz JE, Ding R, Abecassis Μ, Dadhania D, Samstein Β, et al. Προφίλ mRNA ούρων και οξεία κυτταρική απόρριψη σε αλλομοσχεύματα νεφρού. Το περιοδικό ιατρικής της Νέας Αγγλίας. 2013; 369 (1):20–31.

14. Sigdel TK, Gao Y, He J, Wang Α, Nicora CD, Fillmore TL, et al. Εξόρυξη του πρωτεώματος ανθρώπινων ούρων για την παρακολούθηση τραυματισμού νεφρικής μεταμόσχευσης. Διεθνές νεφρό. 2016; 89(6):1244–52. https://doi.org/10.1016/j. πλεκτό.2015.12.049 PMID: 27165815.

15. Sigdel TK, Ng YW, Lee S, Nicora CD, Qian WJ, Smith RD, et al. Διαταραχές στο εξώσωμα του ουροποιητικού στην απόρριψη μοσχεύματος. Όρια στην ιατρική. 2014; 1:57.

16. Yang JY, Sarwal MM. Γενετική και γονιδιωματική μεταμοσχεύσεων. Nature Reviews Genetics. 2017; 18(5):309–26.

17. Loupy A, Lefaucheur C, Vernerey D, Chang J, Hidalgo LG, Beuscart Τ, et al. Στρατηγική μοριακού μικροσκοπίου για τη βελτίωση της διαστρωμάτωσης κινδύνου στην πρώιμη απόρριψη αλλομοσχεύματος νεφρού που προκαλείται από αντισώματα. Journal of the American Society of Nephrology: JASN. 2014; 25(10):2267–77. Epub 2014/04/05.

18. Sigdel TK, Vitalone MJ, Tran TQ, Dai Η, Hsieh SC, Salvatierra Ο, et αϊ. Μια ταχεία μη επεμβατική ανάλυση για την ανίχνευση τραυματισμού νεφρικής μεταμόσχευσης. Μεταφύτευση. 2013; 96(1):97–101. PMID: 23756769.

19. Hauser ΙΑ, Spiegler S, Kiss E, Gauer S, Sichler Ο, Scheuermann ΕΗ, et αϊ. Πρόβλεψη οξείας απόρριψης νεφρικού αλλομοσχεύματος από μονοκίνη των ούρων που προκαλείται από IFN-γάμα (MIG). Journal of the American Society of Nephrology: JASN. 2005; 16(6):1849–58.

20. Hu H, Kwun J, Aizenstein BD, Knechtle SJ. Μη επεμβατική ανίχνευση οξέων και χρόνιων τραυματισμών σε ανθρώπινο νεφρικό μόσχευμα με αύξηση πολλαπλών κυτοκινών/χημειοκινών στα ούρα. Μεταφύτευση. 2009; 87(12):1814–20. PMID: 19543058.

21. Jackson JA, Kim EJ, Begley Β, Cheeseman J, Harden Τ, Perez SD, et αϊ. Οι ουρικές χημειοκίνες CXCL9 και CXCL10 είναι μη επεμβατικοί δείκτες απόρριψης νεφρικού αλλομοσχεύματος και ιογενούς λοίμωξης ΒΚ. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2011; 11(10):2228–34.

22. Schaub S, Nickerson Ρ, Rush D, Mayr Μ, Hess C, Golian Μ, et αϊ. Τα επίπεδα CXCL9 και CXCL10 στα ούρα συσχετίζονται με την έκταση της υποκλινικής σωληναρίτιδας. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2009; 9 (6):1347–53.

23. Segerer S, Cui Y, Eitner F, Goodpaster Τ, Hudkins KL, Mack Μ, et αϊ. Έκφραση χημειοκινών και υποδοχέων χημειοκινών κατά την απόρριψη ανθρώπινου νεφρικού μοσχεύματος. Αμερικανικό περιοδικό νεφρικών παθήσεων: το επίσημο περιοδικό του Εθνικού Ιδρύματος Νεφρού. 2001; 37(3):518–31. PMID: 11228176.

24. Tatapudi RR, Muthukumar Τ, Dadhania D, Ding R, Li B, Sharma VK, et αϊ. Μη επεμβατική ανίχνευση φλεγμονής νεφρικού αλλομοσχεύματος με μετρήσεις mRNA για IP-10 και CXCR3 στα ούρα. Διεθνές νεφρό. 2004; 65(6):2390–7.

25. Menon MC, Murphy B, Heeger PS. Κινούμενοι βιοδείκτες προς την κλινική εφαρμογή στη μεταμόσχευση νεφρού. JASN. 2017.

26. Naesens M, Anglicheau D. Precision Transplant Medicine: Biomarkers to the Rescue. JASN. 2017.

27. Khatri Ρ, Roedder S, Kimura Ν, De Visser Κ, Morgan ΑΑ, Gong Υ, et αϊ. Μια κοινή ενότητα απόρριψης (CRM) για οξεία απόρριψη σε πολλαπλά όργανα προσδιορίζει νέες θεραπευτικές μεθόδους για τη μεταμόσχευση οργάνων. The Journal of πειραματικής ιατρικής. 2013; 210(11):2205–21.

28. Sigdel TK, Bestard O, Tran TQ, Hsieh SC, Roedder S, Damm Ι, et αϊ. Μια υπολογιστική βαθμολογία γονιδιακής έκφρασης για την πρόβλεψη ανοσοποιητικού τραυματισμού σε νεφρικά αλλομοσχεύματα. PloS ένα. 2015; 10(9):e0138133.

29. Secrets A, Yang JYC, Vanaudenaerde BM, Sigdel TK, Liberto JM, Damm I, et al. Η κοινή ενότητα απόρριψης στη χρόνια απόρριψη μετά τη μεταμόσχευση πνεύμονα. PloS ένα. 2018; 13(10):e0205107. Epub 2018/10/06.

30. Sis Β, Mengel Μ, Haas Μ, Colvin RB, Halloran PF, Racusen LC, et αϊ. Έκθεση συνάντησης Banff '09: επιδείνωση του μοσχεύματος με τη μεσολάβηση αντισώματος και εφαρμογή των ομάδων εργασίας Banff. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2010; 10(3):464–71.

31. Solez Κ, Colvin RB, Racusen LC, Haas Μ, Sis Β, Mengel Μ, et αϊ. Ταξινόμηση Banff 07 της παθολογίας του νεφρικού αλλομοσχεύματος: ενημερώσεις και μελλοντικές κατευθύνσεις. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2008; 8 (4):753–60.

32. Sarwal MM, Ettenger RB, Dharnidharka V, Benfield Μ, Mathias R, Portale Α, et al. Η πλήρης αποφυγή στεροειδών είναι αποτελεσματική και ασφαλής σε παιδιά με μεταμοσχεύσεις νεφρού: μια πολυκεντρική τυχαιοποιημένη δοκιμή με τριετή παρακολούθηση. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2012; 12(10):2719–29.

33. Racusen LC. Το σχήμα Banff και η διαφορική διάγνωση της δυσλειτουργίας αλλομοσχεύματος. Διαδικασίες μεταμόσχευσης. 2004; 36(3):753–4.

34. Jianghua C, Wenqing X, Huiping W, Juan J, Jianyong W, Qiang Η. C4d ως σημαντικός προγνωστικός παράγοντας για χυμική απόρριψη σε νεφρικά αλλομοσχεύματα. Κλινική μεταμόσχευση. 2005; 19(6):785–91.

35. Crespo Μ, Pascual Μ, Tolkoff-Rubin Ν, Mauiyyedi S, Collins ΑΒ, Fitzpatrick D, et αϊ. Οξεία χυμική απόρριψη σε λήπτες νεφρικών αλλομοσχευμάτων: I. Επίπτωση, ορολογία και κλινικά χαρακτηριστικά. Μεταφύτευση. 2001; 71(5):652–8. PMID: 11292296.

36. Keslar KS, Lin Μ, Zmijewska AA, Sigdel TK, Tran TQ, Ma L, et αϊ. Πολυκεντρική Αξιολόγηση ενός Τυποποιημένου Πρωτοκόλλου για Μη Επεμβατική Γονιδιακή Έκφραση Προφίλ. AJT. 2013.

37. Montojo J, Zuberi K, Rodriguez H, Bader GD, Morris Q. GeneMANIA: Γρήγορη κατασκευή δικτύου γονιδίων και πρόβλεψη λειτουργίας για το Cytoscape. F1000 Έρευνα. 2014; 3:153.

38. Der SD, Zhou A, Williams BR, Silverman RH. Ταυτοποίηση γονιδίων που ρυθμίζονται διαφορικά από ιντερφερόνη άλφα, βήτα ή γάμμα χρησιμοποιώντας συστοιχίες ολιγονουκλεοτιδίων. Πρακτικά της Εθνικής Ακαδημίας Επιστημών των Ηνωμένων Πολιτειών της Αμερικής. 1998; 95(26):15623–8.

39. Hartono C, Muthukumar T, Suthanthiran M. Μη επεμβατική διάγνωση οξείας απόρριψης νεφρικών αλλομοσχευμάτων. Τρέχουσα άποψη για τη μεταμόσχευση οργάνων. 2010; 15(1):35–41. https://doi.org/10.1097/MOT. 0b013e3283342728 PMID: 19935064.

40. Lazzeri Ε, Rotondi Μ, Mazzinghi Β, Lasagni L, Buonamano Α, Rosati Α, et al. Υψηλή έκφραση CXCL10 σε απορριπτόμενους νεφρούς και προγνωστικός ρόλος του προμεταμοσχευτικού ορού CXCL10 για οξεία απόρριψη και χρόνια νεφροπάθεια αλλομοσχεύματος. Μεταφύτευση. 2005; 79(9):1215–20. PMID: 15880073.

41. Matz Μ, Beyer J, Wunsch D, Mashreghi MF, Seiler Μ, Pratschke J, et αϊ. Η πρώιμη μετά τη μεταμόσχευση έκφραση IP{2}} ούρων μετά τη μεταμόσχευση νεφρού είναι προγνωστική για τη βραχυπρόθεσμη και μακροπρόθεσμη λειτουργία του μοσχεύματος. Διεθνές νεφρό. 2006; 69(9):1683–90.

42. Simon T, Opelz G, Wiesel M, Ott RC, Susal C. Σειριακές μετρήσεις έκφρασης γονιδίου περφορίνης περιφερικού αίματος και granzyme B για πρόβλεψη οξείας απόρριψης σε λήπτες νεφρικού μοσχεύματος. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2003; 3(9):1121–7. PMID: 12919092.

43. Yannaraki M, Rebibou JM, Ducloux D, Saas P, Duperrier A, Felix S, et al. Κυτταροτοξικοί μοριακοί δείκτες ούρων για μη επεμβατική διάγνωση σε οξεία απόρριψη νεφρικού μοσχεύματος. Transplant international: Επίσημη Εφημερίδα της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων Οργάνων. 2006; 19(9):759–68. https://doi.org/10. 1111/j.1432-2277.2006.00351.x PMID: 16918537.

44. Yang JYC, Verleden SE, Zarinsefat Α, Vanaudenaerde BM, Vos R, Verleden GM, et al. Το DNA χωρίς κύτταρα και το CXCL10 που προέρχονται από βρογχοκυψελική έκπλυση προβλέπουν την επιβίωση μεταμόσχευσης πνεύμονα. J Clin Med. 2019; 8(2). Epub 2019/02/20.

45. Faddoul G, Nadkarni GN, Bridges ND, Goebel J, Hricik DE, Formica R, et al. Ανάλυση βιοδεικτών εντός των αρχικών 2 ετών μετά τη μεταμόσχευση και 5-Έτος Αποτελέσματα Μεταμόσχευσης Νεφρού: Αποτελέσματα από Κλινικές Δοκιμές στη Μεταμόσχευση Οργάνων-17. Μεταφύτευση. 2018; 102(4):673–80. Epub 2017/12/01.

46. ​​Hricik DE, Nickerson P, Formica RN, Poggio ED, Rush D, Newell KA, et al. Πολυκεντρική επικύρωση του CXCL9 ούρων ως βιοδείκτη που διαστρωματώνει τον κίνδυνο για τραυματισμό μεταμόσχευσης νεφρού. Αμερικανικό περιοδικό μεταμοσχεύσεων: επίσημο περιοδικό της Αμερικανικής Εταιρείας Μεταμοσχεύσεων και της Αμερικανικής Εταιρείας Χειρουργών Μεταμοσχεύσεων. 2013; 13(10):2634–44. Epub 2013/08/24.

47. Kotsch Κ, Kunert Κ, Merk V, Reutzel-Selke Α, Pascher Α, Fritzsche F, et αϊ. Νέοι δείκτες σε βιοψίες νεφρού μηδενικής ώρας υποδεικνύουν την ποιότητα του μοσχεύματος και την κλινική έκβαση. Μεταφύτευση. 2010; 90(9):958–65. Epub 2010/09/23. PMID: 20859252.