Η Έρευνα για τα Είδη Cistanche

Najibeh Ataeia,b, Gerald M. Schneeweissc,⁎, Miguel Angel Garcíad,e,1, Michael Kruger, Marcus Lehnerta, Jafar Valizadehf, Dietmar Quandta,⁎

a Nees Institute for Biodiversity of Plants, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Meckenheimer Allee 170, 53115 Βόννη, Γερμανία

β Γενική Διεύθυνση Ινστιτούτου Γεωργικών Ερευνών του Αφγανιστάν (ARIA), Υπουργείο Γεωργίας, Άρδευσης και Κτηνοτροφίας, Badam Bagh, Καμπούλ, Αφγανιστάν

γ Τμήμα Βοτανικής και Έρευνας Βιοποικιλότητας, Πανεπιστήμιο της Βιέννης, Rennweg 14, A-1030 Βιέννη, Αυστρία

d Department of Biology, University of Toronto at Mississauga, 3359 Mississauga, Canada

e Real Jardín Botánico, CSIC, Plaza de Murillo 2, 28014 Madrid, Spain f Department of Biology, University of Sistan and Baluchistan, Zahedan, Iran

Επικοινωνία:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Αφηρημένη

Οι φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ και εντός των μη φωτοσυνθετικών παρασιτικών γενεαλογικών γραμμών είναι περιβόητα ελάχιστα γνωστές, γεγονός που επηρεάζει αρνητικά την κατανόησή μας για τα παρασιτικά φυτά. Αυτό ισχύει και γιαCistanche(Orobanchaceae), ένα γένος του Παλαιού Κόσμου με περίπου δύο δωδεκάδες είδη, των οποίων οι σχέσεις δεν έχουν ακόμη αντιμετωπιστεί χρησιμοποιώντας μοριακές φυλογενετικές προσεγγίσεις. Εδώ συμπεραίνουμε φυλογενετικές σχέσεις μέσα στο γένος, χρησιμοποιώντας μια ταξινομικά και γεωγραφικά ευρεία δειγματοληψία που καλύπτει όλες τις προηγουμένως διακεκριμένες υπογονικές ομάδες και τα περισσότερα από τα επί του παρόντος αναγνωρισμένα είδη. Μια συνδυασμένη μήτρα τριών πλαστιδικών δεικτών (trnL-trnF, συμπεριλαμβανομένου του trnL ιντρονίου και του διαγονιδιακού διαχωριστή (IGS), trnS-trnfM IGS και psbA-trnH IGS) και ενός πυρηνικού δείκτη (ITS) αναλύθηκε χρησιμοποιώντας μέγιστη φειδωλότητα, μέγιστη πιθανότητα , και Μπεϋζιανή συμπέρασμα.Cistancheεμπίπτει σε τέσσερις καλά υποστηριζόμενες και γεωγραφικά διαφοροποιημένες κλάδες: Κλάντ της Ανατολικής Ασίας, Κλάντ της Βορειοδυτικής Αφρικής, Κλάντ Νοτιοδυτικής Ασίας και Κλάντ ευρέως διαδεδομένο. Από αυτά, μόνο το ανατολικό ασιατικό Clade αντιστοιχεί σε ένα προηγουμένως αναγνωρισμένο ταξινομικό τμήμα, ενώ τα άλλα είτε περιέχουν μέλη δύο ή τριών τμημάτων (Ευρεία διάδοση Clade και Southwest Asian Clade, αντίστοιχα) είτε δεν έχουν αναγνωριστεί ταξινομικά μέχρι στιγμής (Northwest African Clade) . Ενώ το SouthwestAsian Clade παρουσιάζει ισχυρή φυλογενετική δομή μεταξύ και εν μέρει εντός των ειδών (το Clade της Ανατολικής Ασίας και το Clade της βορειοδυτικής Αφρικής είναι μονοειδικές), η φυλογενετική ανάλυση εντός του ευρέως διαδεδομένου Clade είναι συχνά χαμηλή και παρεμποδίζεται από αποκλίσεις μεταξύ πυρηνικών και πλαστιδικών δεικτών. Τόσο τα μοριακά όσο και τα μορφολογικά δεδομένα δείχνουν ότι η ποικιλότητα των ειδών στο Cistanche είναι επί του παρόντος υποτιμημένη.

Λέξεις-κλειδιά:CistancheΞενιστής, Orobanchaceae, Παράσιτο, Φυλογένεση, Συστηματική, Ταξονομία

Cistanche herba Extract Powder από το Chengdu Wecistanche

1. Εισαγωγή

Τα Orobanchaceae είναι ένα εξαιρετικό σύστημα μοντέλο για τη μελέτη της εξέλιξης του παρασιτισμού στα φυτά και των υποκείμενων φαινοτυπικών και γενετικών τροποποιήσεων (Westwood et al., 2010, Wickett et al., 2011). Είναι επίσης ένα παράδειγμα του πώς τα μοριακά δεδομένα έχουν βελτιώσει με επιτυχία την κατανόησή μας για τις φυλογενετικές σχέσεις. Με βάση μοριακές μελέτες, ο περιορισμός της οικογένειας έχει αλλάξει σημαντικά και οι διαγενετικές σχέσεις έχουν τροποποιηθεί (Wolfe et al., 2005; Bennett and Mathews, 2006; Park et al., 2008; McNeal et al., 2013; Fu et al., 2017, Li et al., 2019). Οι ευρύτερες και πιο ολοκληρωμένες φυλογενετικές αναλύσεις των Orobanchaceae μέχρι σήμερα είναι από τους McNeal et al. (2013), ο οποίος χρησιμοποίησε ένα συνδυασμένο σύνολο δεδομένων πέντε δεικτών (πυρηνικοί: ITS, PHYA, PHYB, πλαστίδιο: matK και rps2) που περιλαμβάνει περισσότερα από 50 γένη της οικογένειας. Παρά την πρόοδο αυτή, πολλά γένη δεν έχουν συμπεριληφθεί σε μοριακές μελέτες και παραμένουν χωρίς θέση (Schneeweiss, 2013). Επιπλέον, οι φυλογενετικές σχέσεις μέσα στα γένη, ειδικά σε ταξινομικά δύσκολες μη φωτοσυνθετικές παρασιτικές ομάδες, παραμένουν ανεπαρκώς διερευνημένες.

Μια ομάδα που χρειάζεται μια πιο ενδελεχή φυλογενετική έρευνα είναι το μη φωτοσυνθετικό ρίζα-παρασιτικό γένοςCistanche. Είναι ένα δυνητικά ικανοποιητικό αντικείμενο για τη μελέτη της εξέλιξης μεγάλων γονιδιωμάτων (πολύ μεγαλύτερα χρωμοσώματα και αντίστοιχα πολύ μεγαλύτερο μέγεθος γονιδιώματος από ό,τι σε στενά συγγενείς γενεές: Schneeweiss et al., 2004b; Weiss-Schneeweiss et al., 2006; Wicke, 2013), αναγωγική εξέλιξη των πλαστιδικών γονιδιωμάτων (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016; Liu et al., 2020) ή της ποικιλότητας και της βιογεωγραφίας των ειδών σε ξηρές περιοχές, αλλά οποιαδήποτε από αυτές τις ερευνητικές οδούς παρεμποδίζεται επί του παρόντος από φτωχές κατανόηση των σχέσεων των ειδών λόγω της έλλειψης εμπεριστατωμένων φυλογενετικών δεδομένων. Οι λίγες μελέτες που περιλαμβάνουν το Cistanche επικεντρώνονται στην εξέλιξη του γονιδιώματος του πλαστιδίου (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016) ή στις σχέσεις των ειδών που χρησιμοποιούνται στην παραδοσιακή κινεζική ιατρική (Tomari et al., 2002, 2003 Han et al., 2010; Sun et al., 2012; Zheng et al., 2014) και είναι ταξινομικά πολύ περιορισμένες. Ομοίως, οι φυλογενετικές μελέτες που κατευθύνονται σε οικογενειακό επίπεδο ή επικεντρώνονται σε σχετικά γένη, όπως το Orobanche, περιλαμβάνουν μόνο έναν ή λίγους εκπροσώπουςCistanche(Young et al., 1999; Schneeweiss et al., 2004a; Wolfe et al., 2005; Park et al., 2008; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013; Li et al., 2017, 201). Τα αποτελέσματά τους το δείχνουνCistancheσχετίζεται στενά με άλλα μη φωτοσυνθετικά παρασιτικά γένη, όπως τα Orobanche, Phelipanche, Conopholis ή Epifagus (clade III των McNeal et al., 2013· Orobanche-Phelipanche clade of Schneeweiss, 2013), αλλά η ακριβής φυλογενετική του θέση πλήρως εγκατασταθεί (Schneeweiss, 2013).

Η τελευταία μονογραφία ολόκληρου του γένους είναι του Beck-Mannagetta (1930). Με βάση το σχήμα του κάλυκα και τον αριθμό των βρακτεολών, διέκρινε τέσσερις ενότητες: (i) C. sect.Cistanchellaμε το μεμονωμένο είδος C. ridgewayana; (ii) Γ. αίρεση. Μια ουσία με το ενιαίο είδοςCistancheSinensis; (iii) Γ. αίρεση. Ετεροκάλυκα, με τρία είδη (C. fissa, C. ambigua και C. rosea). (iv) C. sect.Cistanche(ονοματολογική εσφαλμένη ονομασία αίρεση. Eucistanche by Beck Mannagetta, 1930) περιέχει τα υπόλοιπα 12 είδη. Μεταγενέστερες ταξινομικές επεξεργασίες, συνήθως στο πλαίσιο της εθνικής χλωρίδας, προσθέτουν μερικά νέα είδη και τροποποιούν εν μέρει τις περιγραφές των συχνά μορφολογικά μεταβλητών και επομένως ταξινομικά πολύπλοκων ειδών που έχουν ήδη αναγνωριστεί από τον BeckMannagetta (1930), έτσι ώστε επί του παρόντος να γίνονται αποδεκτά περίπου 26 είδη (The Plant List, http://www.theplantlist.org, που αξιολογήθηκε στις 6 Δεκεμβρίου 2017). Το γένος διανέμεται ευρέως σε άνυδρες περιοχές του Παλαιού Κόσμου από τα νησιά της Μακαρονησίας και τη δυτική Αφρική έως την κεντρική και ανατολική Ασία, με το κέντρο της υψηλότερης ποικιλότητας ειδών στη νοτιοδυτική Ασία και τη Μέση Ανατολή (Beck-Mannageta, 1930). Όπως και άλλα μη φωτοσυνθετικά γένη των Orobanchaceae, το Cistanche χαρακτηρίζεται από μορφολογική μείωση, ειδικά των βλαστικών χαρακτήρων (Rodrigues et al., 2011· Schneeweiss, 2013), έτσι ώστε οι περισσότεροι διαγνωστικοί χαρακτήρες να προέρχονται από την ταξιανθία και τα άνθη (σχήμα και άνθη του βράκτια και βρακτεόλια, δομή και ενδύματα του κάλυκα, χρώμα λουλουδιών, σχήμα και ενδύματα του ανθήρα), μερικά από τα οποία διατηρούνται ελάχιστα σε δείγματα βοτάνων. Η έλλειψη ολοκληρωμένης ταξινομικής επεξεργασίας που να καλύπτει όλα τα επί του παρόντος αναγνωρισμένα είδη, η κακή εκπροσώπηση σε συλλογές, ειδικά από λιγότερο εξερευνημένες περιοχές, και η έλλειψη ταξινομικά χρήσιμων μορφολογικών χαρακτήρων συμβάλλουν στην ανεπαρκώς γνωστή και μη ενοποιημένη ταξινόμηση τηςCistancheείδος.

Σε αυτή τη μελέτη, καθιερώνουμε φυλογενετικές σχέσεις μέσαCistancheως βάση για ένα φυλογενετικά προγνωστικό ταξινομικό σύστημα. Για το σκοπό αυτό, συλλέγουμε δεδομένα αλληλουχίας από ταχέως εξελισσόμενους και καθιερωμένους δείκτες πλαστιδίων καθώς και πυρηνικές αλληλουχίες ITS από μια ταξινομικά και γεωγραφικά ολοκληρωμένη δειγματοληψία και αναλύουμε εκείνες που χρησιμοποιούν τη μέγιστη φειδωλότητα, τη μέγιστη πιθανότητα και τις μεθόδους Bayes. Συγκεκριμένα, θέλουμε (i) να ελέγξουμε τις υποθέσεις των σχέσεων που υπονοούνται από την ταξινόμηση του Beck-Mannagetta (1930), δηλαδή εάν οι τομές του αποτελούν μονοφυλετικές ομάδες και (ii) να ελέγξουμε εάν μορφολογικά και ταξινομικά πολύπλοκα είδη όπως το C. phelypaea και το C. Τα σωληνάρια σχηματίζουν φυσικές ομάδες.

2. Υλικά και μέθοδοι

2.1. Φυτική ύλη

Συμπεριλήφθηκαν εκατόν ογδόντα εννέα δείγματα (προσφάτως συλλεχθέντα, υλικό βοτάνων ή αλληλουχίες από την GenBank), που αντιστοιχούν σε 17 που είχαν προηγουμένως ταυτοποιηθείCistancheείδη συν επτά ταξινομικές ομάδες εξωομάδων (μία προσχώρηση των Conopholis Americana, Phelipanche πρβλ. Iberica, δύο προσαρτήσεις της Orobanche cernua, μία εκάστη των O. anatolica, O. densiflora και O. Transcaucasia). Μια δειγματοληψία απόCistancheμε στόχο μια ευρεία γεωγραφική κάλυψη για κάθε είδος του γένους. Η ταυτοποίηση των ειδών βασίστηκε στην ταξινόμηση που χρησιμοποιήθηκε σε μονογραφικές θεραπείες και σε χλωρίδες (Beck Mannagetta, 1930· Zhang and Tzvelev, 1998), προσδιορίζοντας μορφολογικά αποκλίνοντες τύπους ως είδη affinis ("συγγενές όνομα είδους") ή, όπου η περιγραφή ενός νέου Αναμένεται υποείδος (προετοιμάζεται ταξινομική επεξεργασία ολόκληρου του γένους), ως "subsp. nov."; για δείγματα από την GenBank, για τα οποία δεν μπορέσαμε να ελέγξουμε τα κουπόνια βοτανοειδών, διατηρήθηκε η ταξινομική ονομασία που χρησιμοποιούσαν οι αρχικοί συγγραφείς. Τα taxa της εξωτερικής ομάδας επιλέχθηκαν σύμφωνα με τις τρέχουσες γνώσεις μας σχετικά με τις σχέσεις εντός του Orobanchaceae (Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013). Πληροφορίες τοποθεσίας και κουπονιών, συμπεριλαμβανομένων των αριθμών πρόσβασης GenBank δίνονται στον Συμπληρωματικό Πίνακα S1.

2.2. Απομόνωση DNA και αλληλούχιση

Η εκχύλιση γονιδιωματικού DNA από πρόσφατα συλλεγμένο ιστό στεφάνης αποξηραμένου με πυριτική γέλη ακολούθησε το πρωτόκολλο CTAB (Doyle and Doyle, 1987). Η πλειονότητα του υλικού βοτάνου απομονώθηκε είτε χρησιμοποιώντας το DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Γερμανία) είτε το NucleoSpin Plant II (Macherey-Nagel, Düren, Γερμανία). Περίπου 50 mg ξηρού υλικού ομογενοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας μύλο ανάμιξης (Retsch ΜΜ200, Haan, Γερμανία) στα 30 Hz για 3 λεπτά που ακολουθήθηκε από επώαση σε 700 μΙ ρυθμιστικού εκχύλισης για τουλάχιστον μία ώρα στους 65 βαθμούς. Στη συνέχεια, χρησιμοποιήθηκε το πρωτόκολλο CTAB ή τα πρωτόκολλα που παρέχονται από τους κατασκευαστές του κιτ.

Το γονιδιωματικό DNA αποθηκεύτηκε στους -80 βαθμούς και χρησιμοποιήθηκαν αραιώσεις για μεταγενέστερη ενίσχυση. Τρεις πλαστιδικοί δείκτες (trnL-F, συμπεριλαμβανομένου του trnL ιντρονίου και του διαγονιδιακού διαχωριστή (IGS), trnS-FM IGS και psbA-trnH IGS), που βρίσκονται στη μεγάλη περιοχή ενός αντιγράφου (LSC) του πλασιδικού γονιδιώματος και του πυρηνικού Οι εσωτερικοί μεταγραμμένοι διαχωριστές (ITS1 και ITS2 συν το ενδιάμεσο γονίδιο rDNA 5.8S) επιλέχθηκαν για φυλογενετικά συμπεράσματα. Οι δείκτες πλαστιδίου έχουν επανειλημμένα αποδειχθεί ότι είναι κατάλληλοι για φυλογενετικές μελέτες σε επίπεδο είδους (Borsch and Quandt, 2009). Επιπλέον, το psbA-trnH έχει ήδη χρησιμοποιηθεί για γραμμωτό κώδικα DNA των ΚινέζωνCistanchetaxa (Han et al., 2010; Sun et al., 2012; Zheng et al., 2014). Η πυρηνική περιοχή ITS επιλέχθηκε ως ένας τεχνικά εύκολα επιδεκτικός πυρηνικός δείκτης που παρά τα πολλά πιθανά προβλήματα (Álvarez and Wendel, 2003) έχει εφαρμοστεί με επιτυχία σε πολυάριθμες φυλογενετικές μελέτες με έμφαση στις σχέσεις των ειδών (Baldwin et al., 1995; Álvarez and Wendel , 2003; Bailey et al., 2003) συμπεριλαμβανομένων των Orobanche και συναφών γενών (π.χ. Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013). Επιπλέον, το ITS2 έχει επίσης χρησιμοποιηθεί για γραμμωτό κώδικα DNACistanche(Han et al., 2{010; Sun et al., 2{012· Zheng et al., 2014· Wang et al., 2018). Η περιοχή trnL-F ενισχύθηκε χρησιμοποιώντας τους εκκινητές C και F (Taberlet et al. 1991). Σε ορισμένες περιπτώσεις, όπως για παλιό και υποτιθέμενο αποικοδομημένο υλικό, η περιοχή ενισχύθηκε σε δύο ξεχωριστά θραύσματα, π.χ. χρησιμοποιώντας το ζεύγος εκκινητών C και D (Taberlet et al., 1991) και το ζεύγος εκκινητών trnL460F (Worberg et al., 2007) και F (Taberlet et al., 1991), αντίστοιχα. Το trnS-trnfM IGS ενισχύθηκε χρησιμοποιώντας trnS(UAG)-pF1 (5'- ACTATACCGGTTTTCAAGGCCG-3') και trnfM(CAU)-pR1 (5'-TAG AGC AGTTTGGTAGCTCGCA{20}}'; , Münster, pers. comm.), το psbAtrnH IGS χρησιμοποιώντας τους εκκινητές των Kress et al. (2005). Το προφίλ PCR για τους πλαστιδικούς δείκτες περιελάμβανε ένα αρχικό στάδιο μετουσίωσης 5 λεπτών στις 94 μοίρες, ακολουθούμενο από 30 κύκλους ο καθένας με 1 λεπτό σε 94 μοίρες, 1 λεπτό σε 55 μοίρες, 90 δευτερόλεπτα σε 72 μοίρες και ένα τελικό βήμα επιμήκυνσης 7 min στις 72 μοίρες. Η περιοχή ITS ενισχύθηκε χρησιμοποιώντας τους εκκινητές ITS4 και ITS5 (White et al., 1990) με προφίλ ενίσχυσης 5 λεπτών στις 94 μοίρες ακολουθούμενο από 40 κύκλους ο καθένας με 1 λεπτό στους 94 βαθμούς, 1 λεπτό στους 48 βαθμούς με χρόνο- αύξηση συν 4 δευτερολέπτων ανά κύκλο, 45 δευτερόλεπτα σε 68 μοίρες και τελικό βήμα επέκτασης 7 λεπτών στις 68 μοίρες. Οι ανεπιτυχείς PCR επαναλήφθηκαν χρησιμοποιώντας εσωτερικούς εκκινητές 5.8S106-R (5'- AGGCGCA ACTTGCGTTCAAA -3') και 5.8S32-F (5'-GCATCGATGAAGAACGT AGC-3'; D. l. Nickrent, Southern Illinois University, USA, pers. comm.) σε συνδυασμό με τους αντίστοιχους εξωτερικούς εκκινητές ITS5 και ITS4. Οι αντιδράσεις PCR πραγματοποιήθηκαν σε όγκο 25 ul και περιελάμβαναν 1,5 UGoTaq Flexi DNA πολυμεράση (Promega, Madison, ΗΠΑ), 0-0,2 Μ μονοϋδρική βεταΐνη, 0,4 μΜ από κάθε εμπρόσθιο και ανάστροφο εκκινητή, 0,15 mM dNTPs (Carl Roth, Karlsru, Γερμανία), 1 mM MgCl2 σε ρυθμιστικό διάλυμα 1xGoTaq Flexi, 1 ul γονιδιωματικού DNA άγνωστης συγκέντρωσης και νερό. Για κάποιο υλικό βοτανοειδούς υψηλής υποβάθμισης, χρησιμοποιήθηκαν σφαιρίδια PCR Ready-To-Go (Amersham-Pharmacia Biotech, Amersham, UK) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Όπως απαιτείται συνήθως για προϊόντα απομόνωσης DNA υλικού βοτάνου, προστέθηκαν πρόσθετα PCR όπως 1 ul PVP-40 (10–40 τοις εκατό ) και/ή 5 μΙ διάλυμα ενισχυτή P (5×· PeqLab, Erlangen, Γερμανία) οι αντιδράσεις σε βάρος του νερού. Τα προϊόντα ενίσχυσης καθαρίστηκαν με πήκτωμα σε πήκτωμα αγαρόζης 1 τοις εκατό χρησιμοποιώντας το κιτ καθαρισμού PeqLab PCR (Peqlab) ή το κιτ καθαρισμού γρήγορης PCR (Qiagen). Για ένθετα προϊόντα ITS-PCR < 300="" bp="" (ενίσχυση="" από="" υλικό="" βοτάνου,="" το="" οποίο="" συχνά="" είναι="" μολυσμένο="" με="" μύκητες),="" επιλέχθηκαν="" υψηλότερη="" συγκέντρωση="" γέλης="" (1,4="" τοις="" εκατό)="" και="" μεγαλύτεροι="" χρόνοι="" λειτουργίας.="" τα="" καθαρισμένα="" προϊόντα="" pcr="" αλληλουχήθηκαν="" με="" macrogen="" (σεούλ,="" κορέα)="" με="" τους="" εκκινητές="" ενίσχυσης="" και="" τους="" πρόσθετους="" εσωτερικούς="" εκκινητές="" που="" αναφέρθηκαν="" παραπάνω,="" όπου="">

cistanche wirkung

2.3. Στοίχιση αλληλουχίας, κωδικοποίηση indel και φυλογενετικές αναλύσεις

Οι αλληλουχίες DNA συναρμολογήθηκαν και ευθυγραμμίστηκαν χρησιμοποιώντας PhyDE 0.97 (Müller et al., 2006). Ακολουθώντας τους Olsson et al. (2009), περιοχές αβέβαιης ομολογίας (σημεία μετάλλαξης) σχολιάστηκαν στο PhyDE και αφαιρέθηκαν από τις αναλύσεις. Οι αναστροφές απομονώθηκαν θέσεις στην ευθυγράμμιση και συμπεριλήφθηκαν ως αντίστροφο συμπλήρωμα όπως προτάθηκε προηγουμένως (Quandt et al., 2003; Borsch and Quandt; 2009). Τα Indel κωδικοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας απλή κωδικοποίηση indel (SIC, Simmons and Ochoterena, 2000) όπως υλοποιήθηκε στο SeqState 1.25 (Müller, 2005) και προστέθηκαν ως πρόσθετο διαμέρισμα δεδομένων. Σε όλους τους πίνακες δεδομένων, τα κενά αλληλουχίας αντιμετωπίστηκαν ως δεδομένα που λείπουν και οι ευθυγραμμισμένες θέσεις αντιμετωπίστηκαν ως εξίσου σταθμισμένες.

Διεξήχθησαν αναλύσεις σε τρία σύνολα δεδομένων αλληλουχίας που αντιστοιχούν σε συνενωμένους δείκτες πλαστιδίου, ITS και συνδυασμένα δεδομένα (πλαστίδιο και πυρηνικοί δείκτες συνδυαστικά), το καθένα με ή χωρίς ιντέλ, με αποτέλεσμα να αναλυθούν συνολικά έξι σύνολα δεδομένων. Πριν από τις συνδυασμένες αναλύσεις, τα σύνολα δεδομένων μεμονωμένων δεικτών εξετάστηκαν για ασυμφωνίες μεταξύ των δεικτών μέσω ξεχωριστής ανάλυσης κάθε μεμονωμένου τόπου στο MrBayes χρησιμοποιώντας τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις (τα δεδομένα δεν εμφανίζονται). Οι αναλύσεις μέγιστης φειδωλότητας (MP) της συνενωμένης μήτρας νουκλεοτιδίων με και χωρίς την προσαρτημένη μήτρα indel πραγματοποιήθηκαν στο PAUP* 4.0b10 (Swofford, 1999) χρησιμοποιώντας την καστάνια παρρησίας (Nixon, 1999) μέσω των αρχείων εντολών που δημιουργήθηκαν από PRAP2 (Müller, 2004). Χρησιμοποιήθηκαν οι ακόλουθες ρυθμίσεις καστάνιας: 200 επαναλήψεις με το 25 τοις εκατό των θέσεων τυχαία προς τα πάνω (βάρος=2) σε κάθε αντίγραφο και 10 κύκλους τυχαίας προσθήκης. Αναλύσεις μέγιστης πιθανότητας (ML) της συνενωμένης μήτρας νουκλεοτιδίων

με και χωρίς τον επισυναπτόμενο πίνακα indel, διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας το RAxML 8 (Σταματάκης, 2014) χρησιμοποιώντας το μοντέλο GTRCAT. Και για τις αναλύσεις MP και ML η υποστήριξη υπολογίστηκε μέσω εκκίνησης (Felsenstein, 1985) χρησιμοποιώντας 10,000 επαναλήψεις. Μπεϋζιανά συμπεράσματα (BI), που διεξήχθησαν και στα έξι σύνολα δεδομένων (μονοί και συνδυασμένοι δείκτες, με και χωρίς κωδικοποιημένα indels) πραγματοποιήθηκαν με τον MrBayes 3.2.2 (Huelsenbeck and Ronquist, 2001· Ronquist and Huelsenbeck, 2003) χρησιμοποιώντας το GTR συν Γ συν Μοντελοποιώ το διαμέρισμα νουκλεοτιδίων (δύο μη συνδεδεμένα μοντέλα στην περίπτωση του συνδυασμένου συνόλου δεδομένων) και το μοντέλο τοποθεσίας περιορισμού (F{10}}όπως; Felsenstein, 1981) για το διαμέρισμα indel με προεπιλεγμένες προτεραιότητες. Έξι σειρές με 10 εκατομμύρια γενιές η καθεμία και τέσσερις αλυσίδες η καθεμία (μία κρύα και τρεις θερμαινόμενες αλυσίδες που χρησιμοποιούν την προεπιλεγμένη θέρμανση) πραγματοποιήθηκαν παράλληλα, δειγματοληψίας κάθε 1000η γενιά. Το πρώτο 25 τοις εκατό απορρίφθηκε ως καύση, το οποίο ήταν πολύ μετά την ακινητοποίηση των αλυσίδων, όπως προσδιορίστηκε στο Tracer v.1.7.1 (Rambaut et al., 2018). Τα δέντρα επεξεργάστηκαν χρησιμοποιώντας το TreeGraph2 (Stöver and Müller, 2010).

3. Αποτελέσματα

Τα χαρακτηριστικά του πλήρους συνόλου δεδομένων, όπου δεν καταργήθηκαν θέσεις, και του συνόλου δεδομένων, όπου τα hotspots (για λεπτομέρειες σχετικά με αυτά, βλ. Συμπληρωματικός πίνακας S2) έχουν αφαιρεθεί (επαναλήψεις μονονουκλεοτιδίων) ή έχουν αναστραφεί (αναστροφές που σχετίζονται με φουρκέτα), δίνονται στον Πίνακα 1. Τα περισσότερα indel στο σύνολο δεδομένων ήταν επαναλήψεις γειτονικών θραυσμάτων (δηλαδή, επαναλήψεις απλών ακολουθιών [SSR]), που κυμαίνονταν σε μήκος από 2 έως 20 νουκλεοτίδια (τα δεδομένα δεν εμφανίζονται). Επιπρόσθετα, στον διαχωριστή psbA-trnH, μια διαγραφή 1148 bp στην ευθυγραμμισμένη μήτρα παρατηρήθηκε στο C. aff. fissa 2, που αντιστοιχεί σε μείωση του μήκους της ακολουθίας στο 20 τοις εκατό του μέσου μήκους.

Δεν παρατηρήσαμε σημαντικές ασυμφωνίες μεταξύ των φυλογενετικών σχέσεων που συνάγονται από δείκτες μεμονωμένων πλαστιδίων (τα δεδομένα δεν φαίνονται), αλλά μεταξύ συνενωμένων δεικτών πλαστιδίου και του πυρηνικού δείκτη (Συμπληρωματικά Σχήματα S1-S2). Αυτά βρέθηκαν ως επί το πλείστον στο clade συμπεριλαμβανομένων, μεταξύ άλλων, C. phelypaea καιCistanchetubulosa (δηλαδή, το ευρέως διαδεδομένο Clade: βλέπε επόμενη παράγραφο), το οποίο χαρακτηρίστηκε από ένα γενικό ρηχό επίπεδο απόκλισης (βλ. φυλλόγραμμα στο Σχ. 1). Δεν υπήρξαν σημαντικές αποκλίσεις μεταξύ των δέντρων που προέκυψαν από σύνολα δεδομένων με ή χωρίς κωδικοποίηση indels. Ωστόσο, η χρήση πληροφοριών indel αύξησε τη συνολική τοπολογική ανάλυση, ενώ η επίδρασή της στις τιμές υποστήριξης ήταν διφορούμενη (Εικ. 1, Συμπληρωματικά Σχήματα S1–S3).

Τα φυλογενετικά δέντρα που ελήφθησαν από το ML και το BI βασίζονται σε συνδυασμένους πλαστιδικούς και πυρηνικούς δείκτες, τόσο με ιντέλ (ML log-likelihood score −21272,719· αρμονικός μέσος όρος βαθμολογιών log-likelihood από BI −21432.751) όσο και χωρίς indels (ML log-likelihood βαθμολογία -17135,239· αρμονικός μέσος όρος των βαθμολογιών λογαριθμικής πιθανότητας από το BI −17654,075), ήταν έντονα συνεπείς και απέδωσε ένα καλά επιλυμένο δέντρο (Εικ. 1). Στη συνέχεια, θα επικεντρωθούμε στα αποτελέσματα των συνδυασμένων αναλύσεων, αναφερόμενοι σε αναλύσεις ενός δείκτη (συνενωμένο πλαστίδιο έναντι πυρηνικού) μόνο σε περίπτωση σημαντικών αποκλίσεων. Οι συνδυασμένες αναλύσεις εντοπίστηκανCistancheως μονοφυλετική ομάδα, αν και υποστηρίζεται ελάχιστα (ML 61/ < 50;="" bi="" 0.77/0.91;="" τιμές="" υποστήριξης="" από="" αναλύσεις="" με="" κωδικοποιημένα="" indels/χωρίς="" κωδικοποιημένα="" indels).="" στην="" ανάλυση="" mp,="" η="" θέση="" του="" c.="" sinensis="" σε="" σχέση="" με="">Cistancheείδη και τα ταξινομικά είδη εξωομάδας δεν επιλύθηκαν (Συμπληρωματικό Σχήμα S3).Cistancheέπεσε σε τέσσερις κύριες καλά υποστηριζόμενες κλάδες (Εικ. 1, Συμπληρωματικό Σχήμα S3), που στο εξής θα αναφέρονται ως Κλάντ Ανατολικής Ασίας, Κλάντ Νοτιοδυτικής Ασίας, Κλάντ Βορειοδυτικής Αφρικής και Ευρεία Διάδοση, αντίστοιχα. Το ανατολικοασιατικό Clade, που περιέχει μόνο το C. Sinensis (MP 100/100; ML 100/100; BI1.00/1.00) από την Κίνα και τη Μογγολία, συνήχθη ως αδερφή στο υπόλοιπο τουCistanche(MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00). Η Νοτιοδυτική Ασία (MP 100/100; ML 100/100· BI 1.00/1.00), που περιλαμβάνει πολλά είδη από τη νοτιοδυτική έως την κεντρική Ασία, ήταν αδερφή του clade (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00) συμπεριλαμβανομένου του βορειοδυτικού αφρικανικού Clade και του Wispread Clade. Ενώ το βορειοδυτικό αφρικανικό Clade (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00) περιείχε μόνο ένα είδος που περιοριζόταν στη βορειοδυτική Αφρική, συμπεριλαμβανόταν το ευρέως διαδεδομένο Clade (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00) περίπου δέκα είδη που έχουν από κοινού ευρεία εξάπλωση από τις ακτές του Ατλαντικού της Ευρώπης και της Αφρικής έως την κεντρική Ασία.

Στο Νοτιοδυτικό Ασιατικό Clade, η φυλογενετική δομή ήταν έντονη (Εικ. 1, Συμπληρωματικό Σχήμα S3). Clade A (MP 98/100; ML 100/ 100; BI 1.00/1.00) περιελάμβανε μόνο το C. ambigua, το οποίο περιείχε δύο γεωγραφικά ξεχωριστές υποκατηγορίες, τη μία (MP 79/1{{30}}; ML 75/ < 50;="" bi="" 1.00="">< 50)="" που="" περιέχει="" αποκλειστικά="" προσχωρήσεις="" από="" το="" βορειοανατολικό="" ιράν,="" το="" δεύτερο="" (mp="" 75/51;="" ml="" 82/="">< 50;="" bi="" 1.00/0.="" 51)="" με="" ορισμένες="" προσχωρήσεις="" από="" το="" βόρειο="" ιράν="" καθώς="" και="" δύο="" προσχωρήσεις="" από="" το="" νοτιοδυτικό="" αφγανιστάν.="" ο="" clade="" a="" ήταν="" αδελφή="" (mp="" 70/52;="" ml="" 69/="">< 50;="" bi="" 1.00/0,93)="" του="" c.="" ridgewayana="" από="" το="" αφγανιστάν.="" η="" επόμενη="" αδελφή="" ομάδα="" (mp="" 98/="" 99;="" ml="" 1{00/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" ήταν="" clade="" b="" (mp="" 62/68="" ;="" ml="" 75/79,="" bi="" 0.97/1.00)="" που="" περιλαμβάνει="" τις="" προσχωρήσεις="" του="" c.="" aff.="" ridgewayana.="" εντός="" της="" κλάσης="" β,="" η="" φυλογενετική="" δομή="" αντιστοιχούσε="" στη="" γεωγραφία,="" επειδή="" οι="" προσαρτήσεις="" από="" το="" βορειοδυτικό="" και="" κεντρικό="" ιράν="" (συνάφ.="" ridgewayana="" 2)="" σχημάτισαν="" μια="" υποκατηγορία="" φωλιασμένη="" σε="" μια="" κατηγορία="" προσαρτήσεων="" από="" κυρίως="" το="" κεντρικό="" και="" νότιο="" ιράν="" (συνάφ.="" ridgewayana="" 1).="" οι="" σχέσεις="" μεταξύ="" των="" προσαρτήσεων="" του="" c.="" ridgewayana="" sl="" (c.="" ridgewayana="" και="" c.="" aff.="" ridgewayana)="" διέφεραν,="" ωστόσο,="" μεταξύ="" των="" δεικτών:="" ενώ="" το="" c.="" ridgewayana="" sl="" συνήχθη="" ως="" μονοφυλετικό="" χωρίς="" καμία="" υποστηριζόμενη="" εσωτερική="" δομή="" από="" τα="" δεδομένα="" its="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" s2)="" ,="" συνήχθη="" ως="" παραφυλετικό="" από="" δεδομένα="" πλαστιδίων="" με,="" σε="" σύγκριση="" με="" τη="" συνδυασμένη="" ανάλυση,="" εναλλασσόμενες="" θέσεις="" του="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 1="" και="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 2.="" η="" επόμενη="" αδελφή="" ομάδα="" του="" clade="" περιλαμβάνει="" τις="" c.="" ambigua="" και="" c.="" ridgewayana="" sl="" (mp="" 74/60;="" ml="" 96/93;="" bi="" 1.00/1.00)="" ήταν="" η="" κατηγορία="" c.="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" που="" περιέχει="" c.="" aff.="" fissa="" 1="" από="" το="" αφγανιστάν.="" οι="" επόμενες="" αδελφές="" ομάδες="" ήταν="" (i)="" η="" μοναδική="" προσχώρηση="" του="" c.="" aff.="" fissa="" 2="" από="" το="" αζερμπαϊτζάν="" (mp="" 57/100;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0.88/0.57),="" (ii)="" clade="" d="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" που="" περιλαμβάνει="" c.="" salsa="" από="" τη="" νοτιοδυτική="" ασία="" και="" από="" την="" κίνα="" (mp="" 100/100;="" ml="" 80/90;="" bi="" 0.99/0.99)="" και="" (iii)="" clade="" e="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/="" 1.00)="" που="">Cistanchedeserticola από την Κίνα και τη Μογγολία (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00).

Εικ. 2. Χαρακτηριστικά σχήματα λουλουδιών και κάλυκων για επιλεγμένα μέλη του κλώνου της Ανατολικής Ασίας (J), του Κλωβού της Νοτιοδυτικής Ασίας (F–I), του Κλωβού της Βορειοδυτικής Αφρικής (K) και του Ευρέως διαδεδομένου Clade (A–E, L– Μ) του Cistanche. (Α) C. senegalensis, (Β) C. flava, (C) C. tubulosa subsp. tubulosa, (D) C. violacea, (E) C. phelypaea subsp. nov., (F) C. fissa, (G) C. salsa, (H) C. ridgewayana, (I) C. ambigua, (J) C. Sinensis, (K) C. spec. nov., (L) C. rosea, (M) C. laxiflora.

Στο ευρέως διαδεδομένο Clade οι σχέσεις ήταν περιστασιακά ασαφείς λόγω της χαμηλής ανάλυσης των πυρηνικών δεδομένων καθώς και των αποκλίσεων μεταξύ πλαστιδίου και πυρηνικών δεικτών (Συμπληρωματικά Σχήματα S1-S2). Αυτά αφορούσαν όχι μόνο τη θέση των μεμονωμένων προσχωρήσεων (π.χ. C. Σενεγάλης ED1096,Cistanchetubulosa subsp. tubulosa ED891) αλλά και η περιγραφή μεγαλύτερων υποκλάδων. Για παράδειγμα, ενώ τα δεδομένα του πλαστιδίου συμπέραναν ότι η C. Rosea είναι μια καλά υποστηριζόμενη αδερφή στα υπόλοιπα είδη (BI 1.{3}}· Συμπληρωματικό Σχήμα S1), τα πυρηνικά δεδομένα την υποδεικνύουν ως μέλος ενός clade (BI 1. 00) συμπεριλαμβανομένων όλων των ειδών εκτός των C. phelypaea, C. violacea και των περισσότερων προσαρτημάτων του C. lutea (Συμπληρωματικό Σχήμα S2). Κατά συνέπεια, οι σχέσεις μεταξύ των κύριων κλάδων (clades F-J) που συνάγονται από τις συνδυασμένες αναλύσεις ήταν συχνά ανεπαρκώς επιλυμένες και ανεπαρκώς υποστηριζόμενες (Εικ. 1). Η μόνη εξαίρεση ήταν το clade F (MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00), που περιέχει C. rosea από το Arabian Peninsula (στην ανάλυση ITS, το αντίστοιχο και μόνο ασθενώς υποστηριζόμενο clade περιλάμβανε επιπλέον την προσχώρηση ED1096 του C. senegalensis: Supplementary Fig. S2), του οποίου η σχέση αδελφής ομάδας με το clade (MP 99/94; ML 98/99; PP 1,00/ 0,99) που περιλάμβανε τα υπόλοιπα είδη (clades G–J; Εικ. 1) υποστηρίχτηκε καλά.

βότανα κιστανάκια

Το Clade G (MP 63/99; ML 84/54; BI 1.00/ < 50)="" περιείχε="" c.="" laxiflor="" από="" το="" ιράν="" και="" το="" αφγανιστάν="" μαζί="" με="" δύο="" προσαρτήσεις="" c.="" tubules="" από="" την="" κίνα="" (gb1="" και="" gb2).="" εντός="" του="" κλάδου="" g,="" το="" c.="" laxiflora="" ήταν="" παραφυλετικό,="" επειδή="" η="" υποκατηγορία="" των="" δύο="" προσαρτημάτων="" c.="" tubulosa="" (mp="" 98/65;="" ml="" 99/73;="" bi="" 1.00/0.77)="" ομαδοποιήθηκε="" σε="" ένα="" clade="" (mp="" 54/="">< 50;="" ml="" 60/91;="" bi="" 1.00/1.00)="" με="" προσβολές="" του="" c.="" laxiflora="" από="" το="" βόρειο="" και="" νότιο="" ιράν="" καθώς="" και="" αφγανιστάν="" (mp="" 85/="">< 50,="" ml="">< 50/50,="" bi="">< 0,50/0,74)="" εξαιρουμένων="" των="" προσχωρήσεων="" του="" c.="" laxiflora="" από="" το="" κεντρικό="" ιράν="" που="" σχηματίζουν="" ξεχωριστό="" κλάδο="" (mp="" 99/95,="" ml="" 99/95,="" bi="" 1.="">

Το Clade H (MP un supported; ML 97/50; PP 1.00/ < 50)="" περιείχε="" c.="" senegalensis="" (ανατολική="" αφρική)="" και,="" φωλιασμένο="" σε="" αυτό,="" ένα="" μονοφυλετικό,="" ακόμη="" μη="" υποστηριζόμενο,="" c.="" flava="" (νοτιοδυτική="" ασία)="" και="" μια="" υποκατηγορία="" (mp="" 90/73;="" ml="" 86/69;="" bi="" 0.79/0.86)="" που="" περιλαμβάνει="" προσχωρήσεις="" του="" c.="" aff.="" tubulosa="" από="" τη="" νότια="" αραβική="" χερσόνησο="" (ομάν,="" υεμένη).="" τα="" στοιχεία="" για="" το="" clade="" h="" προήλθαν="" ουσιαστικά="" από="" δεδομένα="" πλαστιδίου="" μόνο="" επειδή="" στο="" its="" c.="" το="" flava="" συνήχθη="" ως="" στενά="" συνδεδεμένο="" με="" το="" c.="" laxiflora="" και="" οι="" σχέσεις="" μεταξύ="" του="" c.="" senegalensis="" και="" του="" c.="" tubulosa="" παρέμειναν="" ανεπίλυτες="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" s2).="" στο="" clade="" h,="" όχι="" μόνο="" οι="" σχέσεις="" του="" c.="" tubulosa="" και="" του="" c.="" flava="" με="" το="" c.="" senegalensis="" επιλύθηκαν="" ελάχιστα="" και="" υποστηρίχθηκαν="" ελάχιστα,="" αλλά="" και="" εκείνες="" μεταξύ="" των="" γενεών="" εντός="" του="" c.="" senegalensis="" και="" του="" c.="" flava,="" η="" μόνη="" εξαίρεση="" είναι="" μια="" υποκατηγορία="" τεσσάρων="" c="" .="" προσαρτήσεις="" flava="" (flava="" subsp.="" nov.)="" από="" το="" βόρειο="" ιράν="" (mp="" 100/97;="" ml="" 100/99;="" bi="">

Το Clade I (MP μη υποστηριζόμενο; ML 62/54; PP 1.00/ < 0.50)="" περιείχε="" αποκλειστικά="" προσαρτήσεις="" του="" c.="" tubulosa,="" που="" κάλυπτε="" ένα="" ευρύ="" γεωγραφικό="" εύρος="" από="" τα="" νησιά="" του="" πράσινου="" ακρωτηρίου="" και="" το="" μάλι="" μέσω="" την="" αραβική="" χερσόνησο="" και="" το="" ιράν="" έως="" το="" πακιστάν="" και="" την="" ινδία.="" τα="" στοιχεία="" για="" την="" κλάση="" η="" προήλθαν="" επίσης="" ουσιαστικά="" από="" δεδομένα="" πλαστιδίων="" μόνο,="" επειδή="" στο="" its="" αυτή="" η="" ομάδα="" συνήχθη="" ως="" παραφυλετική="" και="" συχνά="" άλυτη="" σε="" σχέση="" με="" τα="" c.="" rosea="" (clade="" f),="" c.laxiflora="" (clade="" g)="" καθώς="" και="" c.="" senegalensis="" και="" c="" flava="" (clade="" h).="" η="" φυλογενετική="" δομή="" στο="" clade="" i="" ήταν="" γενικά="" αδύναμη="" και="" δεν="" παρουσίαζε="" σαφές="" γεωγραφικό="">

Το Clade J (MP 92/53; ML 97/87; PP 1.00/0.99) περιείχε C. lutea sl (δηλαδή, συμπεριλαμβανομένων των C. lutea, C. aff. lutea 1 και C. aff. lutea 2, Μακαρονησιακά Νησιά και Μεσόγειος) και, φωλιασμένα σε αυτά, C. Brunner (δυτική Αφρική), C. phelypaea (Νησιά Μακαρονησίας, παράκτιες περιοχές του Ατλαντικού και της Μεσογείου της Αφρικής και της νοτιοδυτικής Ευρώπης) και C. violacea ( βόρεια Αφρική).Cistanchephelypaea (MP 100/98; ML 100/ 100; BI 1.00/1.{{ 31}}0) σχηματίστηκε, μαζί με έναν βαθμό C. lutea sl (προσχωρήσεις από όλο το φάσμα κατανομής αυτού του είδους) συν δύο προσαρτήσεις του C. violaceus (ED807 και ED1{{ 41}}12 από τη Σαουδική Αραβία και την Ιορδανία, αντίστοιχα) και το υβρίδιο του C. aff. lutea 1 και C. violacea, ένα ασθενώς υποστηριζόμενο clade (MP 55/-; ML 76/67; BI 0.64/ < 0.50)="" που="" ήταν="" αδερφή="" (mp="" 90/53;="" ml="" 97/92,="" bi="" 0,96/0,89)="" σε="" ένα="" clade="" (mp="" 68/58,="" ml="" 93/82,="" bi="" 0,90/0,63)="" συμπεριλαμβανομένων="" όλων="" εκτός="" από="" τις="" δύο="" προαναφερθείσες="" προσχωρήσεις="" του="" c.="" violacea.="" σε="" αντίθεση="" με="" το="" c.="" violacea,="" όπου="" υπάρχει="" γεωγραφικός="" διαχωρισμός="" σε="" μια="" ευρεία="" κατανομή="" (mp="" 53/70,="" ml="" 84/85,="" bi="" 0,92/="" 0,59)="" και="" μια="" αποκλειστικά="" μαροκινή="" κατηγορία="" (mp="" 92/93,="" ml="" 99/99,="" bi="" 1="" .00/0,95)="" βρέθηκε,="" η="" φυλογενετική="" και="" γεωγραφική="" δομή="" των="" c.="" lutea="" sl="" και="" c.="" phelypaea="" ήταν="" περιορισμένη.="" οι="" υπόλοιπες="" προσαρτήσεις="" του="" c.="" lutea="" (όλες="" από="" τη="" δυτική="" αφρική)="" συν="" το="" c.="" brunneri="" (μόνο="" μια="" προσχώρηση="" περιλαμβάνεται)="" αποτελούσαν="" έναν="" βαθμό="" στη="" βάση="" του="" κλάδου="" j="" λόγω="" της="" θέσης="" της="" προσχώρησης="" του="" c.="" lutea="" από="" τον="" νίγηρα="" (ed726)="" εκτός="" του="" clade="" (mp="" 94/60,="" ml="" 95/69;="" bi="" 1.00/0,99)="" που="" σχηματίστηκε="" από="" τις="" άλλες="" προσχωρήσεις.="" το="" συμπέρασμα="" αυτού="" του="" βαθμού="" c.="" lutea="" πιθανότατα="" οφειλόταν="" σε="" ασυμφωνίες="" μεταξύ="" των="" δεδομένων="" του="" πλαστιδίου="" και="" του="" its.="" συγκεκριμένα,="" από="" δεδομένα="" πλαστιδίων,="" αυτές="" οι="" προσαρτήσεις="" c.="" lutea="" συν="" c.="" brunneri="" συνήχθησαν="" ως="" στενά="" σχετιζόμενες="" με="" το="" c.="" violacea="" και="" άλλες="" προσαρτήσεις="" c.="" lutea="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="" s1),="" δηλαδή,="" όπως="" στα="" συνδυασμένα="" δεδομένα,="" ενώ="" τα="" δεδομένα="" its="" τοποθέτησαν="" ,="" σε="" μια="" άλυτη="" θέση,="" σε="" ένα="" clade="" με="" c.="" senegalensis="" και="" c.="" tubulosa="" προς="" εξαίρεση="" των="" άλλων="" μελών="" του="" clade="" j="" (συμπληρωματικό="" σχήμα="">

4. Συζήτηση

Στην τελευταία μονογραφία του γένουςCistancheΟ Beck-Mannagetta (1930) διέκρινε τέσσερις ομάδες (ως ταξινομικές τομές) που διαφέρουν ως προς τα χαρακτηριστικά του κάλυκα και τον αριθμό των βρακτεολίων. Με εξαίρεση τη μονοειδική C. sect. Ουσία (East Asian Clade), κανένα από τα τμήματα του Beck Mannagetta δεν υποστηρίζεται ως μονοφυλετικό. Αντίθετα, είδη C. sect.Cistancheκαι C. αίρεση. Ο Ετεροκάλυκας είναι αναμεμειγμένος (στη νοτιοδυτική Ασιατική Κλάντ και τον Ευρέως Διαδεδομένο Κλάδο) και το μεμονωμένο είδος της C. sect. Το Cistanchella είναι παραφυλετικό και φωλιάζει στο Νοτιοδυτικό Ασιατικό Clade. Μια τέταρτη κύρια γενεαλογία (Βορειοδυτική Αφρικανική Κλάντ), που αντιπροσωπεύεται εδώ από ένα είδος που δεν έχει ακόμη περιγραφεί και είναι μορφολογικά κοντά στο C. mauritanica, που παραδοσιακά τοποθετείται στην αίρεση του C..Cistancheδεν έχει εντοπιστεί σε καμία από τις προηγούμενες ταξινομήσεις

Οι τέσσερις κύριες γενεαλογίες που προσδιορίζονται εδώ μπορούν επίσης να χαρακτηριστούν μορφολογικά. Συγκεκριμένα, το μοναδικό είδος της Ανατολικής Ασίας, C. Sinensis, είναι το μοναδικόCistancheείδη με βαθιά εγχάρακτη τετραμερή κάλυκα, ενώ όλα τα άλλα έχουν (τουλάχιστον) πέντε ως επί το πλείστον συνδεδεμένους λοβούς κάλυκα (Εικ. 2). Τα είδη του ευρέως διαδεδομένου Clade έχουν λείες μίσχους, βράκτια και κάλυκες, ενώ εκείνα της Νοτιοδυτικής Ασίας και της Βορειοδυτικής Αφρικής είναι τουλάχιστον εν μέρει τριχωτά (μάλλινα ή λανουγινώδη έναντι αραχνοειδούς-λανουγινόζης, αντίστοιχα) (Εικ. 2). Τέλος, τα μέλη του Βορειοδυτικού Αφρικανικού Clade έχουν πυκνά αραχνοειδές-λανουγινόζη indumentum και ευρέως ρομβοειδή βράκτια που δεν βρίσκονται στη Νοτιοδυτική Ασία (Εικ. 2). Προηγουμένως τονισμένοι χαρακτήρες, π.χ. ο αριθμός των βρακτεολών (ένα ή κανένα στην C. sect.Cistanchellaέναντι δύο σε όλα τα άλλα τμήματα) και το σχήμα των λοβών του κάλυκα (περισσότερο ή λιγότερο βαθιά διαχωρισμένοι και άνισοι λοβοί στην C. sect. Heterocalyx έναντι ρηχά διαχωρισμένων και ίσων λοβών στην C. sect.Cistanche), δεν αντανακλούν βαθύτερες σχισμές και, τουλάχιστον στην περίπτωση του σχήματος των λοβών του κάλυκα, φαίνεται να έχουν εξελιχθεί τουλάχιστον δύο φορές ανεξάρτητα.

Πολλά από τα επί του παρόντος αναγνωρισμένα είδη δεν υποστηρίζονται ως μονοφυλετικά (Εικ. 1), τα οποία δεν περιορίζονται σε ταξινομικά ταξινομικά δύσκολα, όπως το C. lutea ή το C. tubulosa, αλλά και σε ταξινομικά ταξινομικά μη προβληματικά, όπως το C. ridgewayana sl ήCistanchefissa sl (εδώ αντιπροσωπεύεται από C. aff. fissa 1 και 2). Η ασυμφωνία μεταξύ ταξινομικών και φυλογενετικών μονάδων μπορεί να οφείλεται σε αρκετούς, όχι αμοιβαία αποκλειστικούς παράγοντες, συμπεριλαμβανομένης της εσφαλμένης αναγνώρισης ειδών, της έλλειψης ταξινομικής αναγνώρισης μορφολογικά ή/και γεωγραφικά διαφοροποιημένων οντοτήτων, του υβριδισμού και της ρηχής απόκλισης (ταχεία ακτινοβολία). Η εσφαλμένη ταυτοποίηση των ειδών είναι πιθανόν η αιτία για τη θέση δύο προσαρτημάτων του C. tubulosa (GB1 και GB2) που είναι φωλιασμένα στο C. laxiflora (Εικ. 1). Τα κουπόνια αυτών των προσχωρήσεων δεν ήταν διαθέσιμα σε εμάς για αναθεώρηση, αλλά, όπως κρίθηκε από εικόνες ιστού, φυτά από γειτονικές περιοχές στις κεντρικές ερήμους της Κίνας συμφωνούν μορφολογικά με το C. laxiflora subsp. laxiflora (λευκοί σωλήνες στεφάνης με ανοιχτό μωβ λοβούς αντί για ανοιχτό έως βαθύ κίτρινο στο C. tubulosa). Αυτό το είδος δεν αναφέρεται από την Κίνα, όπου τα φυτά που ανήκουν σε αυτό το ταξινομικό τμήμα αναφέρονται είτε στο C. tubulosa (Zhang, 1990) είτε, πιο πρόσφατα, στο C. mongolica (Zhang and Tzvelev, 1998). Η έλλειψη ταξινομικής αναγνώρισης μορφολογικά και/ή γεωγραφικά διαφοροποιημένων γενεαλογιών φαίνεται να ισχύει τόσο για παραφυλετικά είδη, όπως το C. ridgewayana sl και το C. aff. fissa, καθώς και σε μονοφυλετικά είδη με ισχυρή φυλογενετική δομή, όπως το C. Flava. Σε κάθε μία από αυτές τις περιπτώσεις, οι φυλογενετικά οριοθετημένες ομάδες διαφέρουν μορφολογικά και γεωγραφικά και, ως εκ τούτου, αξίζουν ταξινομική αναγνώριση (μια λεπτομερής ταξινομική αντιμετώπιση θα δοθεί σε επόμενη δημοσίευση). Τόσο, η εσφαλμένη αναγνώριση των ειδών και η ανεπαρκής ταξινομική ανάλυση είναι κοινά προβλήματα στα ολοπαρασιτικά Orobanchaceae, ιδιαίτερα στο Orobanche και τα σχετικά γένη (Manen et al., 2004; Schneeweiss et al., 2004a; Schneeweiss et al., 2009; Schneeweiss, 2009; Schneeweiss).

Ο υβριδισμός είναι ένα κοινό φαινόμενο στα ανθοφόρα φυτά (Rieseberg and Carney, 1998; Payseur and Rieseberg, 2016) και έχει επίσης αναφερθεί γιαCistanche. Συγκεκριμένα, ο Beck-Mannagetta (1930) περιέγραψε τα υβρίδια μεταξύ C. lutea (ως C. tinctoria f. lutea) και C. violacea ως μη-είδη, C. hybrid. Αυτά τα υβρίδια μπορεί να είναι μορφολογικά ενδιάμεσα, όπως συμβαίνει στην περίπτωση προσχώρησης ED686, ή μπορεί να μοιάζουν με έναν από τους γονείς, όπως συμβαίνει στην περίπτωση προσχώρησης ED1012. Αυτή η τελευταία προσχώρηση είχε αρχικά προσδιοριστεί ως C. violacea, αλλά κατά την επανεξέταση, που προκλήθηκε από τη φυλογενετική του θέση εντός του C. lutea sl, αποδείχθηκε ότι ήταν επίσης ένα υβρίδιο. Υποθέτοντας τη μητρική κληρονομικότητα του γονιδιώματος του πλαστιδίου (όπως φαίνεται για το Orobanchaceae Rhinanthus angustifolius: Vrancken and Wesselingh, 2010) στοCistanche, η παρουσία του μητρικού ριβοτύπου ITS στο υβριδικό προσάρτημα ED686 (δεν είναι διαθέσιμο για προσχώρηση ED1012) θα ήταν σύμφωνο με το σχηματισμό υβριδίων ή/και οπισθοδιασταυρώσεων μεταγενέστερης γενιάς, με αποτέλεσμα τη σύλληψη πλαστιδίων. Η σύλληψη πλαστιδίου θα μπορούσε επίσης να εξηγήσει τις διαφορές μεταξύ πυρηνικών και πλαστιδικών δεικτών. Για παράδειγμα, ο C. aff. tubulosa από την Αραβική Χερσόνησο, που διαφέρει μορφολογικά σε πολλά χαρακτηριστικά από το ευρέως διαδεδομένο C. tubulosa, σχημάτισε ένα clade κοντά στο C. senegalensis στο σύνολο δεδομένων ITS, αλλά διαχωρίστηκε σε δύο διαφορετικά clades στο πλαστίδιο και στο συνδυασμένο σύνολο δεδομένων που ομαδοποιούνται με το C. senegalensis (clade H) ή προσαρτήσεις του C. tubulosa subsp. tubulosa (κλάση I· τόσο το C. senegalensis όσο και το C. tubulosa subsp. tubulosa εμφανίζονται επίσης στην Αραβική Χερσόνησο).

Μια εναλλακτική λύση στην εισαγωγή για την εξήγηση των διαφορών μεταξύ των φυλογενετικών θέσεων που συνάγονται από τα δεδομένα πυρηνικών έναντι πλαστιδίων είναι η ατελής ταξινόμηση γενεαλογίας, η οποία θα επηρεάσει διαφορετικά τα πυρηνικά και τα πλασιδικά γονιδιώματα λόγω των διαφορών στα αποτελεσματικά μεγέθη πληθυσμού τους (στα γονιδιώματα πλαστιδίων μόνο το ήμισυ του πυρηνικού γονιδιώματος σε μια μονοοικιακή ομάδα όπωςCistanche). Η ατελής ταξινόμηση γενεαλογίας αναμένεται να είναι ιδιαίτερα σημαντική στην περίπτωση της ρηχής απόκλισης και της ταχείας ακτινοβολίας (Maddison and Knowles, 2006), η οποία προφανώς συμβαίνει στην περίπτωση του Wispread Clade, όπου το clade που περιλαμβάνει τα Clades G έως J χαρακτηρίζεται από μικρά μήκη διακλάδωσης (Εικ. 1). Η ατελής ταξινόμηση γενεαλογίας μπορεί να ευθύνεται για την έλλειψη μοριακής διαφοροποίησης και/ή συνοχής των μορφολογικά διαφοροποιημένων σειρών εντός του C. lutea sl (δηλ. C. aff. lutea 1 και C. aff. lutea 2). Ο διαχωρισμός της ατελούς ταξινόμησης γενεαλογίας από την εισβολή θα απαιτήσει μεθόδους που βασίζονται σε συγχώνευση (Blanco-Pastor et al., 2012) που περιλαμβάνουν ιδανικά πυρηνικά φυλογονιδιωματικά δεδομένα (Bravo et al., 2019), τα οποία, ελλείψει στερεού ταξινομικού πλαισίου και επαρκώς εκτεταμένων δεδομένων, δεν είναι δυνατό ακόμα.

Η εξειδίκευση του ξενιστή είναι μια σημαντική εξελικτική δύναμη στα ολοπαρασιτικά Orobanchaceae (Schneider et al., 2016).CistancheΩστόσο, φαίνεται να αποτελεί εξαίρεση, καθώς πολλά είδη έχουν βρεθεί σε μέλη πολλών φυτικών οικογενειών, πιο συχνά Amaranthaceae (συμπεριλαμβανομένων των Chenopodiaceae) και Polygonaceae, αλλά και Fabaceae, Zygophyllaceae, Tamaricaceae, Rosaceae, Nitrariaceae και Salvadoraceae. Όπως και στο Orobanche (Manen et al., 2004), ο ίδιος κεντρικός υπολογιστής μπορεί να χρησιμοποιείται από κοινού από πολλούς μη συνδεδεμένουςCistancheείδη (π.χ., το Haloxylon ammodendron είναι ο ξενιστής για το C. deserticola από τη Νοτιοδυτική Ασία και για το C. phelypaea από το Ευρέως διαδεδομένο Clade). Περιπτώσεις πιθανής εξειδίκευσης ξενιστή (π.χ. C. senegalensis κυρίως σε Acacia/Fabaceae· κυρίως Fabaceae ως ξενιστές για το C. Flava subsp. Νοέμβριος έναντι κυρίως Calligonum bungei/Polygonaceae για το C. Flava subsp. Flava) μπορεί να αντικατοπτρίζουν την αφθονία του κατάλληλου ξενιστή είδος και όχι γνήσια εξειδίκευση ξενιστή. Η δοκιμή οποιουδήποτε ρόλου της εξειδίκευσης του ξενιστή για τη διαφοροποίηση του Cistanche θα απαιτήσει μια καλά επιλυμένη φυλογένεση του είδους και επαρκώς λεπτομερή δεδομένα ξενιστή.5. συμπεράσματα

Αυτή είναι η πρώτη ολοκληρωμένη μοριακή φυλογενετική ανάλυση του γένους των ολοπαρασιτικών φυτώνCistanche, ευρέως διαδεδομένο σε άνυδρες περιοχές του Παλαιού Κόσμου. Τέσσερις μεγάλες κλάδες μέσαCistancheΈχουν εντοπιστεί ότι αντιστοιχούν μόνο εν μέρει σε παραδοσιακά αναγνωρισμένες ενότητες (Beck Mannagetta, 1930) και γενικά δείχνουν μια ισχυρή γεωγραφική συνιστώσα. Ενώ η Νοτιοδυτική Ασία παρουσιάζει ισχυρή φυλογενετική δομή μεταξύ και εν μέρει εντός των ειδών (η Ανατολική Ασία και η Βορειοδυτική Αφρική είναι μονοειδικές), η φυλογενετική ανάλυση εντός της Ευρύδιας Ασίας είναι συχνά χαμηλή και παρεμποδίζεται από αποκλίσεις μεταξύ πυρηνικών και πλαστιδικών δεικτών, οι οποίες τουλάχιστον εν μέρει οφείλεται σε υβριδισμό/εισβολή και/ή ατελή ταξινόμηση γενεαλογίας. Μοριακά φυλογενετικά στοιχεία και αποτελέσματα μορφολογικής επαναξιολόγησης τουCistancheείδη δείχνουν ότι η ποικιλότητα των ειδών σεCistancheεπί του παρόντος υποτιμάται (βλ. taxa που υποδεικνύονται ως sp. nov. ή subsp. nov. στο κείμενο). Αν και ορισμένα είδη πρέπει ακόμη να συμπεριληφθούν σε οποιαδήποτε μοριακή φυλογενετική μελέτη (π.χ. C. mauritanica) και θα χρειαστούν πρόσθετοι δείκτες για την επίλυση όλων των σχέσεων των ειδών, οι ορθές φυλογενετικές υποθέσεις που παρουσιάζονται εδώ παρέχουν μια πολύτιμη βάση για συνεχή κυτταρογενετική, ταξινομική και βιογεωγραφική έρευνα σε αυτό το γένος.

cistanche bienfaits

Χρηματοδότηση

Αυτό το έργο έχει υποστηριχθεί εν μέρει από το SYNTHESYS που χρηματοδοτείται από τη Δράση για την Ερευνητική Υποδομή της Ευρωπαϊκής Κοινότητας στο πλαίσιο του προγράμματος «Ικανότητες» του 7ου ΠΠ στο Real Jardín Botánico (ES-TAF-1663). Θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε το Πανεπιστήμιο της Βόννης, το OeAD (Österreichische Austauschdienst) και το DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) για την οικονομική υποστήριξη.

Δήλωση συνεισφοράς συγγραφής CRediT

Najibeh Ataei: Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Project Administration, Visualization, Writing - original draft, Writing - review & editing.Gerald M. Schneeweiss: Conceptualization, Supervision, Writing -review & editing. Miguel Angel García: Πόροι. Michael Krug: Τυπική ανάλυση. Marcus Lehnert: Γραφή - πρωτότυπο προσχέδιο. JafarValizadeh: Πόροι. Dietmar Quandt: Εννοιολόγηση, Επίσημη ανάλυση, Διαχείριση Έργου, Πόροι, Επίβλεψη, Συγγραφή - κριτική & επιμέλεια

Ευχαριστίες

Ευχαριστώ την Edit Korpinos, η οποία παρείχε βοήθεια στο εργαστήριο Jodrell στο Kew και στους επιμελητές βοτανοειδών (TARI, BM, IRAN, BONN, USB, P, TUH, E, W, KAS, MSB, K, B, G, PEY , M, UG, BR, GUH, MA, WU) για την αποστολή δανείων και φωτογραφιών. Ευχαριστούμε τη Susann Wicke για το σχεδιασμό ασταριού και την εργαστηριακή υποστήριξη. Εκτιμούμε τον Δρ Hossein Akhani στο Πανεπιστήμιο της Τεχεράνης και την κ. Robabeh Shahi Shavvon στο Πανεπιστήμιο Gilan για την παροχή υλικού DNA από το Ιράν. Είμαστε ευγνώμονες στον Dr. FedericoLuebert και την Juliana Chacon στο Nees Institute για τα χρήσιμα σχόλιά τους.

βιβλιογραφικές αναφορές:

Álvarez, I., Wendel, JF, 2003. Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference. ΜοΙ. Phylogenet. Evol. 29, 417–434. https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00208-2.
Bailey, CD, Carr, TG, Harris, SA, Hughes, CE, 2003. Χαρακτηρισμός πολυμορφισμού, παραλογίας και ψευδογονιδίων αγγειόσπερμου nrDNA. ΜοΙ. Phylogenet. Evol. 29, 435–455.
Baldwin, BG, Sanderson, MJ, Porter, JM, Wojciechowski, MF, Campbell, CS, Donoghue, MJ, 1995. Η περιοχή ITS του πυρηνικού ριβοσωμικού DNA: μια πολύτιμη πηγή αποδείξεων για τη φυλογένεση του αγγειοσπέρματος. Αννα. Missouri Bot. Gard. 82, 247–277.
Beck-Mannagetta, G., 1930. Orobanchaceae, στο: Engler, A. (Επιμ.), Das Pflanzenreich IV. 261. Wilhelm Engelmann, Leipzig, σσ. 1–348.
Bennett, JR, Mathews, S., 2006. Phylogeny of the parasitic plant plant orobanchaceae inferred from phytochrome A. Am. J. Bot. 93, 1039–1051.
Blanco-Pastor, JL, Vargas, P., Pfeil, BE, 2012. Οι προσομοιώσεις συγχώνευσης αποκαλύπτουν υβριδισμό και ατελή ταξινόμηση γενεαλογίας στη Μεσογειακή Λινάρια. PLoS ONE 7 (6), e39089.
Borsch, T., Quandt, D., 2009. Mutational dynamics and phylogenetic utility of noncoding chloroplast DNA. Plant Syst. Evol. 282, 169–199.

Bravo, GA, Antonelli, A., Bacon, CD, Bartoszek, K., Blom, MPK, Huynh, S., Jones, G., Knowles, LL, Lamichhaney, S., Marcussen, T., Morlon, H. , Nakhleh, LK, Oxelman,

B., Pfeil, B., Schliep, A., Wahlberg, N., Werneck, FP, Wiedenhoeft, J., WillowsMunro, S., Edwards, SV, 2019. Embracing heterogeneity: coalescing the Tree of Life and the future of φυλογονιδιωματική. PeerJ 7, e6399.

Doyle, JJ, Doyle, J., 1987. Μια ταχεία διαδικασία απομόνωσης DNA για μικρές ποσότητες φρέσκου ιστού φύλλων. Phytochem. Ταύρος. 19, 11–15.
N. Ataei, et al. Molecular Phylogenetics and Evolution 151 (2020) 106898 8
Felsenstein, J., 1981. Εξελικτικά δέντρα από αλληλουχίες DNA: προσέγγιση μέγιστης πιθανότητας. J. ΜοΙ. Evol. 17, 368–376.
Felsenstein, J., 1985. Όρια εμπιστοσύνης στις φυλογένεση: μια προσέγγιση που χρησιμοποιεί το bootstrap. Evolution 39, 783–791.
Fu, W., Liu, X., Zhang, N., Song, Z., Zhang, W., Yang, J., Wang, Y., 2017. Έλεγχος της υπόθεσης πολλαπλής προέλευσης του ολοπαρασιτικού σε Orobanchaceae: φυλογενετικά στοιχεία από τα δύο τελευταία μη τοποθετημένα ολοπαρασιτικά γένη, τη Gleadovia και
Φακελάνθος. Εμπρός. Plant Sci. 8, 1380.
Han, J.-P., Song, J.-Y., Liu, C., Chen, J., Qian, J., Zhu, Y.-J., Shi, L.-C., Yao, H ., Chen, S.-L., 2010. Identification ofCistancheείδη (Orobanchaceae) που βασίζονται σε αλληλουχίες της διαγονιδιακής περιοχής του πλαστιδίου psbA-trnH. Acta Pharmaceut. Αμαρτία. 45, 126–130.
Huelsenbeck, JP, Ronquist, F., 2001. MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics 17, 754–755.
Kress, WJ, Wurdack, KJ, Zimmer, EA, Weigt, LA, Janzen, DH, 2005. Χρήση γραμμωτών κωδικών DNA για αναγνώριση ανθοφόρων φυτών. Proc. Natl. Ακαδ. Sci. ΗΠΑ 102, 8369–8374.

Li, X., Feng, T., Randle, C., Schneeweiss, GM, 2019. Φυλογενετικές σχέσεις στο Orobanchaceae που συνάγονται από πυρηνικά γονίδια χαμηλού αντιγράφου: ενοποίηση των κύριων κλάδων και προσδιορισμός μιας νέας θέσης του μη φωτοσυνθετικού κλάδου Orobanche αδελφή όλων των άλλων παρασιτικών Orobanchaceae. Εμπρός. Plant Sci. 10, 902.

Li, X., Jang, T.-S., Temsch, EM, Kato, H., Takayama, K., Schneeweiss, GM, 2017. Μοριακά και καρυολογικά δεδομένα επιβεβαιώνουν ότι το αινιγματικό γένος Platypholis από τα Bonin-Islands (ΝΑ Ιαπωνία ) φωλιάζει φυλογενετικά μέσα στο Orobanche
(Orobanchaceae). J. Plant. Res. 130, 273–280.
Li, X., Zhang, T.-C., Qiao, Q., Ren, Z., Zhao, J., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Crabbe, MJC, Li, J., Zhong, Y ., 2013. Πλήρης αλληλουχία γονιδιώματος χλωροπλάστη του ολοπαρασίτουCistanchedeserticola (Orobanchaceae) αποκαλύπτει απώλεια γονιδίου και οριζόντιο γονίδιο
μεταφορά από τον ξενιστή του Haloxylon ammodendron (Chenopodiaceae). PLoS ONE 8, e58747.
Liu, X., Fu, W., Tang, Y., Zhang, W., Song, Z., Li, L., Yang, J., Ma, H., Yang, J., Zhou, C.,
Davis, CC, Wang, Y., 2020. Διαφορετικές τροχιές αποικοδόμησης πλασστομίου σε ολοπαρασιτικάCistancheκαι γονιδιωματική θέση των χαμένων γονιδίων πλαστιδίου. J. Εχρ. Bot. 71, 877–892.
Maddison, W., Knowles, LL, 2006. Συμπερασματικά φυλογένεση παρά την ελλιπή ταξινόμηση γενεαλογίας. Συστ. Biol. 55, 21–30.
Manen, J.-F., Habashi, C., Jeanmonod, D., Park, J.-M., Schneeweiss, GM, 2004. Phylogeny and intraspecific variability of holoparasitic Orobanche (Orobanchaceae) που συμπεραίνεται από αλληλουχίες plastid rbcL. ΜοΙ. Phylogenet. Evol. 33, 482–500.
McNeal, JR, Bennett, JR, Wolfe, AD, Mathews, S., 2013. Phylogeny and origins of holoparasitic in Orobanchaceae. Είμαι. J. Bot. 100, 971–983.
Müller, J., Müller, KF, Neinhuis, C., Quandt, D., 2006. PhyDE – Phylogenetic Data Editor. http://www.phyde.de (πρόσβαση στις 2 Απριλίου 2019).
Müller, K., 2004. PRAP-υπολογισμός υποστήριξης Bremer για μεγάλα σύνολα δεδομένων. ΜοΙ. Phylogenet. Evol. 31, 780–782.
Müller, K., 2005. SeqState: σχεδιασμός εκκινητών και στατιστικές αλληλουχίας για σύνολα δεδομένων φυλογενετικού DNA. Appl. Bioinform. 4, 65–69.
Nixon, KC, 1999. Η καστάνια παρρησίας είναι μια νέα μέθοδος για ταχεία ανάλυση φειδωλότητας. Cladistics 15, 407–414.
Olsson, S., Buchbender, V., Enroth, J., Hedenäs, L., Huttunen, S., Quandt, D., 2009. Οι φυλογενετικές αναλύσεις αποκαλύπτουν υψηλά επίπεδα πολυφυλίας μεταξύ των πλευροκαρπικών γραμμών καθώς και των νέων κλάδων. Bryologist 112, 447–466.
Park, J.-M., Manen, J.-F., Colwell, AE, Schneeweiss, GM, 2008. A plastid gen phylogeny of the non-photosynthetic parasitic Orobanche (Orobanchaceae) and related genera. J. Plant Res. 121, 365–376.
Payseur, BA, Rieseberg, LH, 2016. Μια γονιδιωματική προοπτική για τον υβριδισμό και την ειδογένεση. ΜοΙ. Ecol. 25, 2337–2360.
Quandt, D., Müller, K., Huttunen, S., 2003. Χαρακτηρισμός της περιοχής psbTH DNA του χλωροπλάστη και η επίδραση των συμμετρικών στοιχείων δυάδας στις φυλογενετικές ανακατασκευές. Plant Biol. 5, 400–410. https://doi.org/10.1055/s-2003-42715.
Rambaut, A., Drummond, AJ, Xie, D., Baele, G., Suchard, MA, 2018. Μεταγενέστερη σύνοψη στη φυλογενετική Bayes χρησιμοποιώντας Tracer 1.7. Συστ. Biol. 67, 901–904.

Rieseberg, LH, Carney, SE, 1998. Υβριδοποίηση φυτών. Νέο Phytol. 140, 599–624.

Rodrigues, AG, Colwell, AEL, Stefanovic, S., 2011. Μοριακή συστηματική του παρασιτικού γένους Conopholis (Orobanchaceae) που προκύπτει από πλαστιδικές και πυρηνικές ακολουθίες. Είμαι. J. Bot. 98, 896–908.
Ronquist, F., Huelsenbeck, JP, 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19, 1572–1574.
Schneeweiss, GM, 2013. Phylogenetic relationships and evolutionary trends in Orobanchaceae, in Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (Eds.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, σ. 243–265.
Schneeweiss, GM, Colwell, Α., Park, J.-M., Jang, C.-G., Stuessy, TF, 2004a. Φυλογένεση του ολοπαρασιτικού Orobanche (Orobanchaceae) που προκύπτει από πυρηνικές αλληλουχίες ITS. ΜοΙ. Phylogenet. Evol. 30, 465–478.
Schneeweiss, GM, Frajman, B., Dakskobler, I., 2009. Orobanche lycoctoni Rhiner (Orobanchaceae), ένα ελάχιστα γνωστό είδος της χλωρίδας της Κεντρικής Ευρώπης. Candollea 64, 91–99.
Schneeweiss, GM, Palomeque, T., Colwell, AE, Weiss-Schneeweiss, Η., 2004β. Αριθμοί χρωμοσωμάτων και εξέλιξη καρυότυπου σε ολοπαρασιτικά Orobanche (Orobanchaceae) και συναφή γένη. Είμαι. J. Bot. 91, 439–448.
Schneider, AC, Colwell, AEL, Schneeweiss, GM, Baldwin, BG, 2016. Κρυπτική ποικιλομορφία ειδική για τον ξενιστή μεταξύ των σκουπόραμπων του δυτικού ημισφαιρίου (Orobanche sl, Orobanchaceae). Αννα. Bot. 118, 1101–1111.
Simmons, MP, Ochoterena, H., 2000. Gaps as characters in sequence-based phylogenetic analyses. Συστ. Biol. 49, 369–381.
Stamatakis, A., 2014. RAxML Version 8: A tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Bioinformatics 30, 1312–1313.
Stöver, BC, Müller, KF, 2010. TreeGraph 2: συνδυασμός και οπτικοποίηση στοιχείων από διαφορετικές φυλογενετικές αναλύσεις. BMC Bioinf. 11, 7.
Sun, ZY, Song, JY, Yao, H., Han, JP, 2012. Molecular identification ofΚιστάνουςΗ Herba και οι νοθευτές της βασίζονται στην ακολουθία nrITS2. J. Med. Plant Res. 6, 1041–1045.

Swofford, DL, 1999. PAUP*4.0 Beta για Macintosh: Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Sinauer Associates, Sunderland, MA.

Taberlet, Ρ., Gielly, L., Pautou, G., Bouvet, J., 1991. Universal primers for amplification of three non-coding area of ​​chloroplast DNA. Φυτό ΜοΙ. Biol. 17, 1105–1109. Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Coskun, M., Tu, P.,

Mizukami, H., 2003. Φαρμακογνωστικές μελέτες της φυλογενετικής σχέσης του Cistanchis Herba (IV) τηςCistancheφυτά που βασίζονται στο γονίδιο rps2 του πλαστιδίου και στην αλληλουχία διαγονιδιακής περιοχής διαχωρισμού rpl16-rpl14. Natur. Med. 57, 233–237.
Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Mizukami, H., Tu, P., 2002. Pharmacognostical studies of Cistanchis Herba (III) phylogenetic relationship of theCistancheφυτά που βασίζονται στο γονίδιο rps2 του πλαστιδίου και στις διαγονιδιακές αλληλουχίες διαχωρισμού rpl16-rpl14. Biol. Pharm. Ταύρος. 25, 218–222.
Vrancken, J., Wesselingh, RA, 2010. Κληρονομικότητα του γονιδιώματος του χλωροπλάστη σε Rhinanthus angustifolius (Orobanchaceae). Φυτικό Οικ. Evol. 143, 239–242.
Wang, X.-Y., Xu, R., Chen, J., Song, J.-Y., Newmaster, SG, Han, J.-P., Zhang, Z., Chen, S.-L. , 2018. Ανίχνευση τουΚιστάνουςΦαρμακευτικά προϊόντα Herba (Rou Cong Rong) που χρησιμοποιούν υπογραφές νουκλεοτιδίων για συγκεκριμένο είδος. Εμπρός. Plant Sci. 9, 1643.

Weiss-Schneeweiss, H., Greilhuber, J., Schneeweiss, GM, 2006. Εξέλιξη μεγέθους γονιδιώματος σε ολοπαρασιτικά Orobanche (Orobanchaceae) και συναφή γένη. Είμαι. J. Bot. 93, 148–156.

Westwood, JH, Yoder, JI, Timko, MP, dePamphilis, CW, 2010. Η εξέλιξη του παρασιτισμού στα φυτά. Trends Plant Sci. 15, 227–235.

White, Τ., Bruns, Τ., Lee, S., Taylor, J., 1990. Ενίσχυση και άμεση αλληλούχιση γονιδίων ριβοσωμικού RNA μύκητα για φυλογενετική. Στο: Innis, M., Gelfand, D., Shinsky, J., White, T. (Eds.), PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Ακαδημαϊκός

Press, London, σσ. 315–322.
Wicke, S., 2013. Genomic evolution in Orobanchaceae. Στο: Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (Επιμ.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, σ. 267–286.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Wickett, NJ, Zhang, Y., Renner,
SS, Schneeweiss, GM, 2013. Μηχανισμοί μείωσης του λειτουργικού και φυσικού γονιδιώματος σε φωτοσυνθετικά και μη-φωτοσυνθετικά παρασιτικά φυτά της οικογένειας της σκουφοκράμβης. Plant Cell 25, 3711-3725.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Bellot, S., Schneeweiss, GM, 2016. Μηχανιστικό μοντέλο διακύμανσης του εξελικτικού ρυθμού καθ' οδόν προς έναν μη φωτοσυνθετικό τρόπο ζωής στα φυτά. Proc. Natl. Ακαδ. Sci. ΗΠΑ 113, 9045–9050.

Wickett, NJ, Honaas, LA, Wafula, EK, Das, M., Huang, K., Wu, B., Landherr, L., Timko, MP, Yoder, J., Westwood, JH, dePamphilis, CW, 2011 Τα μεταγραφήματα της οικογένειας των παρασιτικών φυτών Orobanchaceae αποκαλύπτουν εκπληκτική διατήρηση της χλωροφύλλης

σύνθεση. Curr. Biol. 21, 2098–2104.
Wolfe, AD, Randle, CP, Liu, L., Steiner, KE, 2005. Phylogeny and biogeography of Orobanchaceae. Folia Geobot. 40, 115–134.
Worberg, A., Quandt, D., Barniske, A.-M., Löhne, C., Hilu, KW, Borsch, T., 2007. Phylogeny of basal eudicots: Insights from non-coding and rapidly evoling DNA. Οργανο. Διάφορος. Evol. 7, 55–77.
Young, ND, Steiner, KE, dePamphilis, CW, 1999. The evolution of parasitism in Scrophulariaceae/Orobanchaceae: οι αλληλουχίες γονιδίων πλαστιδίων διαψεύδουν μια σειρά εξελικτικής μετάβασης. Αννα. Missouri Bot. Gard. 86, 876–893.
Zhang, ZY, 1990. Orobanchaceae, στο: Wang, W. (επιμ.), Flora Reipublicae Popularis Sinica, τομ. 69. Bejing, Science Press, σελ. 69–124.
Zhang, ZY, Tzvelev, NN, 1998. Orobanchaceae, στο: Wu, ZY, Raven, PH (Επιμ.), Flora of China, τομ. 18 (Scrophulariaceae μέσω Gesneriaceae). Science Press, Beijing, and Missouri Botanical Garden Press, St. Louis, MI, σελ. 229–243.
Zheng, S., Jiang, X., Wu, L., Wang, Z., Huang, L., 2014. Χημική και γενετική διάκρισηΚιστάνουςΗ Herba βασίζεται σε UPLC-QTOF/MS και γραμμωτό κώδικα DNA. PLoS ONE 9 (5), e98061.