Η δυναμική σύνδεση μεταξύ τοποθεσιών ενσωμάτωσης προϊού και της ιδιότητας του λειτουργικού γονιδιώματος του ξενιστή παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με την αντιρετροϊκή θεραπεία

Αφηρημένη: 

(1) Ιστορικό:Η λανθάνουσα δεξαμενή HIV-1 που φιλοξενεί προϊούς ικανούς για αναπαραγωγή είναι το κύριο εμπόδιο στην αναζήτηση θεραπείας της λοίμωξης HIV-1. Η λοίμωξη από τον HIV-1 σε όλα τα στάδια εξέλιξης της νόσου σχετίζεται με την ανοσολογική ενεργοποίηση και τη δυσλειτουργική παραγωγή προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων (κυτοκινών και χημειοκινών) και αναμένεται ότι κατά τη διάρκεια της λοίμωξης από HIV-1, διαφορετικά ανοσολογικά συστατικά και ανοσοποιητικό Τα κύτταρα, με τη σειρά τους, συμμετέχουν στις ανοσολογικές αποκρίσεις, ενεργοποιώντας στη συνέχεια τις κατάντη βιολογικές οδούς. Ωστόσο, η λειτουργική αλληλεπίδραση μεταξύ της ενσωμάτωσης του HIV-1 και της ενεργοποίησης των βιολογικών οδών του ξενιστή δεν είναι προς το παρόν πλήρως κατανοητή.

(2) Μέθοδοι: Σε αυτήν την εργασία, χρησιμοποίησα γονίδια που στοχεύουν προϊούς από δημοσιευμένα σύνολα δεδομένων για να αναζητήσω εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές και βιολογικές οδούς ξενιστή παράλληλα με τις λοιμώξεις από HIV-1 με βάση την ανάλυση υπερεκπροσώπησης MSigDb και KEGG.

(3) Αποτελέσματα: Παρατήρησα ότι διαφορετικοί συνδυασμοί ανοσολογικών υπογραφών τύπων ανοσοκυττάρων και προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων εμφανίστηκαν παράλληλα με τις λοιμώξεις από τον HIV-1 που σχετίζονται με την αντιρετροϊκή θεραπεία. Επιπλέον, τα εμπλουτισμένα μονοπάτια KEGG συχνά σχετίζονταν με «ειδικούς τύπους καρκίνου», «ανοσοποιητικό σύστημα», «ιογενή λοιμώδη νόσο» και «μετάδοση σήματος».

(4. Συμπεράσματα: Οι παρατηρήσεις σε αυτήν την εργασία υποδηλώνουν ότι τα σύνολα γονιδίων που φιλοξενούν θέσεις ενσωμάτωσης προϊού μπορεί να καθορίσουν συγκεκριμένα ανοσοκύτταρα και προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες κατά τη διάρκεια λοιμώξεων από τον HIV-1 που σχετίζονται με αντιρετροϊκή θεραπεία.

cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος

Λέξεις-κλειδιά: ιός ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας τύπου 1 (HIV-1); Ιστότοποι ένταξης HIV-1. Βάση δεδομένων μοριακών υπογραφών (MSigBb); αλληλεπίδραση ιού-ξενιστή· μόλυνση και ανοσία

1. Εισαγωγή

Η λοίμωξη από τον HIV-1 έχει μια δυναμική εξέλιξη της νόσου που σχετίζεται με έναν συνδυασμό ανοσοκυττάρων, ανοσολογικών συστατικών και διαφόρων κυτταρικών περιοριστικών παραγόντων που στοχεύουν στην καταπολέμηση των λοιμώξεων. Είναι γνωστό ότι η λοίμωξη από τον HIV-1 προκαλεί μια πληθώρα προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων που στρατολογούν και ενεργοποιούν έμφυτα κύτταρα που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό στο σημείο της λοίμωξης HIV-1 για να περιορίσουν την αναπαραγωγή και την εξάπλωση των ιών. Παρόλο που αυτοί οι μηχανισμοί άμυνας ξεκινούν στο πρώιμο στάδιο των λοιμώξεων από τον HIV-1, ο HIV-1 εξακολουθεί να καταφέρνει να ολοκληρώσει τον κύκλο ζωής του και να δημιουργήσει λανθάνουσες δεξαμενές.

Πολλά γονίδια ξενιστές, τα λεγόμενα γονίδια επαναλαμβανόμενης ολοκλήρωσης [1-3], έχουν αποδειχθεί ότι στοχοποιούνται συχνά από τον HIV-1 σε μολυσμένα άτομα. Ωστόσο, ο μηχανισμός που οδηγεί τις θέσεις ολοκλήρωσης του HIV-1 σε αυτά τα επαναλαμβανόμενα γονίδια ολοκλήρωσης και η βιολογική σημασία αυτού του φαινομένου παραμένουν ασαφής. Ωστόσο, μια αξιοσημείωτη μελέτη προσπάθησε να απαντήσει σε αυτό το ερώτημα δείχνοντας την αλληλεπίδραση μεταξύ της επιλογής των θέσεων ολοκλήρωσης του HIV-1 και των λειτουργικών οδών που εκχωρούνται από διαφορετικές βιολογικές διεργασίες στα κύτταρα ξενιστές [4]. Τα ευρήματά τους υποδήλωναν ότι ο πιθανός μηχανισμός που οδηγεί στην ενσωμάτωση του HIV-1 στα γονίδια hot spot μπορεί να συμβεί στο επίπεδο της λειτουργικής ιδιότητας του γονιδιώματος που σχηματίζεται από μια ομάδα γονιδίων και όχι από ένα γονιδιακό άτομο.

Οφέλη από το cistanche για τους άνδρες-ενισχύουν το ανοσοποιητικό σύστημα

Κάντε κλικ εδώ για να δείτε τα προϊόντα Cistanche Enhance Immunity

【Ζητήστε περισσότερα】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Στη συνέχεια αυτής της ιδέας, σε αυτήν την εργασία, αναζήτησα οποιαδήποτε λειτουργική σύνδεση μεταξύ των γονιδίων που στοχεύουν σε προϊούς και της ανοσίας του ξενιστή παράλληλα με τις λοιμώξεις από τον HIV-1. Χρησιμοποίησα τα γονίδια ξενιστή που στοχεύουν οι προϊοί [5,6] ως λίστα γονιδίων εισόδου. Αυτή η λίστα γονιδίων περιελάμβανε θέσεις ολοκλήρωσης που ανακτήθηκαν από ελίτ ελεγκτές [6] και άτομα με λοίμωξη από HIV-1-που υποβλήθηκαν σε αντιρετροϊκή θεραπεία (ART) [5]. Αξίζει να σημειωθεί ότι οι ιστότοποι ολοκλήρωσης που δημοσιεύθηκαν από τους Einkauf et al. (2022) [5] συλλέχθηκαν διαχρονικά από άτομα που έχουν προσβληθεί από τον HIV-1-, επιτρέποντάς μας έτσι να παρακολουθούμε πώς εξελίσσεται η δεξαμενή του HIV{10}} κατά την περίοδο της ART. Με βάση την ανάλυση υπερεκπροσώπησης, παρατήρησα ότι εμπλουτίστηκαν διαφορετικές ανοσολογικές υπογραφές παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με την ART. Αντίθετα, λίγες ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν σε ελίτ ελεγκτές. Επιπλέον, εμπλουτισμένα σύνολα γονιδίων εμπλέκονταν κυρίως σε βιολογικές οδούς που σχετίζονται με «ειδικούς τύπους καρκίνου», «ανοσοποιητικό σύστημα», «ιογενή λοιμώδη νόσο» και «μετάδοση σήματος». Τέλος, ανακάλυψα ότι οι εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές συνέβαλαν από γονίδια στοχευμένα σε προϊούς που σχετίζονται με γονιδιακά προϊόντα του HIV-1 ή επηρεάζουν την αναπαραγωγή και τη μολυσματικότητα του HIV-1. Συνολικά, αυτά τα ευρήματα φάνηκε να μοιάζουν με την έννοια της θεωρίας δικτύου [7-9] ότι γονίδια στοχευμένα σε προϊούς που εμπλέκονται σε παρόμοιες βιολογικές λειτουργίες μπορεί να σχηματίσουν μια κοινότητα (ανατρέξτε σε μια "υπογραφή" σε αυτή τη μελέτη) για να ικανοποιήσουν την ανάγκη για ανοσία του ξενιστή κατά τη διάρκεια διαφορετικές περιόδους λοιμώξεων από HIV-1 που σχετίζονται με ART. Με βάση αυτή τη λογική, πρότεινα μια υπόθεση ότι θα μπορούσε να υπάρξει μια δυναμική αλληλεπίδραση μεταξύ των θέσεων ολοκλήρωσης του HIV-1 και της ιδιότητας του λειτουργικού γονιδιώματος του ξενιστή: Η συχνότητα ενσωμάτωσης του HIV-1 μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως υποκατάστατο για σύνολα γονιδίων, που μπορεί να καθορίσουν συγκεκριμένους τύπους ανοσοκυττάρων και προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες κατά τη διάρκεια της λοίμωξης από τον HIV-1.

2. Υλικά και μέθοδοι

2.1. Απόκτηση και Επεξεργασία Δημόσιων Συνόλων Δεδομένων

Οι τοποθεσίες ενσωμάτωσης του HIV-1 συλλέχθηκαν από τους Jiang et al. (2020) [6] για ελίτ ελεγκτές και Einkauf et al. (2022) [5] για προθεραπευτικά άτομα με λοίμωξη από τον HIV-1- (ιαιμικά) και ασθενείς που υποβλήθηκαν σε σύντομη (1 έτος) και μεγάλη περίοδο (7,5–12 έτη) ART. Συνολικά 232 τοποθεσίες ολοκλήρωσης από 64 ελίτ ελεγκτές που εφαρμόζονται από τους Jiang et al. (2020) [6] αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Μεταξύ αυτών, 103 τοποθεσίες εισήχθησαν από ανέπαφους προϊούς. Οι τοποθεσίες ενσωμάτωσης που ανακτήθηκαν από ελίτ ελεγκτές επικαλύπτονται στο ανθρώπινο_γονιδίωμα_GENCODE_v32.bed που κυκλοφόρησε από το έργο GENCODE [10] για να προσδιοριστεί εάν η εισαγωγή κάθε HIV{{20} } η ενσωμάτωση είναι γενετική ή μη με την εκτέλεση της εντολής διασταύρωσης με τις προεπιλεγμένες επιλογές που παρέχονται στα bedtools [11]. Δεδομένου ότι πολλοί προϊοί παρατηρήθηκαν να ενσωματώνονται στην ίδια γονιδιωματική θέση, στο τέλος απελευθερώθηκαν 104 γονίδια στοχευμένα σε προϊούς. Μεταξύ αυτών, 22 γονίδια στοχοποιήθηκαν από ανέπαφους προϊούς. Συνολικά 1270 γονίδια στοχευμένα στον προϊό από 6 ασθενείς (P1: 468 θέσεις ολοκλήρωσης, P2: 149 θέσεις ολοκλήρωσης, P3: 128 θέσεις ολοκλήρωσης, P4: 94 θέσεις ολοκλήρωσης, P5: 305 θέσεις ολοκλήρωσης, P6: 125 θέσεις ολοκλήρωσης που χρησιμοποιούνται σε θέσεις ολοκλήρωσης) Οι Einkauf et al. (2022) [5] επιλέχθηκαν για αυτή τη μελέτη. Συνολικά, 317 τοποθεσίες ολοκλήρωσης που εμπίπτουν στην κατηγορία των ατόμων που είχαν προσβληθεί από τον ιό HIV-1-προθεραπείας (ιογενή) απέδωσαν 121 γονίδια στοχευμένα στον προϊό, 396 θέσεις ολοκλήρωσης που εμπίπτουν στην κατηγορία των ασθενών που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο (1 έτος) του ART απέδωσε 149 γονίδια στοχευμένα στον προϊό και 557 θέσεις ολοκλήρωσης που εμπίπτουν στην κατηγορία των ασθενών που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο (7,5–12 χρόνια) ART απέδωσαν 176 γονίδια στοχευμένα στον προϊό. Μεταξύ αυτών, βρέθηκαν 26 άθικτα γονίδια στοχευμένα στον προϊό σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-προ της θεραπείας, 6 άθικτα γονίδια στοχευμένα στον προϊό βρέθηκαν σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART και 14 άθικτα γονίδια στοχευμένα στον προϊό βρέθηκαν σε ασθενείς υποβλήθηκε σε μακρά περίοδο ART. Οι λίστες των γονιδίων εισόδου που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση παρουσιάζονται στον Πίνακα 1. Τα γονίδια που στοχεύονται από ανέπαφους προϊούς συνοψίζονται στον Πίνακα S26.

Πίνακας 1. Λίστα γονιδίων εισόδου.

Πίνακας 1. Συνέχεια

Πίνακας 1. Συνέχεια.

Πίνακας 1. Συνέχεια.

Πίνακας 1. Συνέχεια.

2.2. Δεδομένα και Βιοπληροφορικές Αναλύσεις

2.2.1. Ανάλυση Υπεραναπαράστασης MsigDb

Οι εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας το R πακέτο clusterProfiler (Έκδοση 4.4.1) [12,13] με τις επιλογές εμπλουτισμού συνάρτησης και προεπιλογές. Η ανάλυση υπερ-αναπαράστασης [14] πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας σύνολα γονιδίων ανοσολογικών υπογραφών C7 που επιμελήθηκαν στη βάση δεδομένων Molecular Signatures Database (MsigDb) [15-17] ως αναφορά. Επιλέχθηκαν μόνο οι εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές με τιμές p (προσαρμοσμένες με τη μέθοδο Benjamini–Hochberg) μικρότερες από 0.05. Οι αναγνώσεις των αναλύσεων υπερ-αναπαράστασης που δημιουργήθηκαν σε αυτήν τη μελέτη επιμελήθηκαν όλες στο Συμπληρωματικό Υλικό. Οι πλούσιοι παράγοντες [13] υπολογίστηκαν περαιτέρω για να αντιπροσωπεύσουν τη βαθμολογία εμπλουτισμού για κάθε εμπλουτισμένη ανοσολογική υπογραφή (Εικόνα 1γ) διαιρώντας το GeneRatio με το BgRatio με τις γραμμές εντολών που περιγράφονται παρακάτω.

>MsigDb_έξοδος_file$GeneRatio<-as. numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\1", MsigDb_output_file$GeneRatio, perl = T))/as.numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\2", MsigDb_output_file$GeneRatio, perl = T)) # Convert GeneRatio to numerical variables. >MsigDb_έξοδος_αρχείο$BgRatio<-as.numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\1", MsigDb_output_file$BgRatio, perl = T))/as. numeric(gsub("(\\d+)/(\\d+)", "\\2", MsigDb_output_file$BgRatio, perl = T)) # Convert BgRatio to numerical variables. >MsigDb_εξόδου_αρχείο<-MsigDb_output_file %>% dplyr::mutate(rich_factor=GeneRatio/BgRatio) # Υπολογίστε πλούσιους παράγοντες.

Σχήμα 1. Διακεκριμένες ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν σε άτομα με λοίμωξη HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. (α) Διάγραμμα Venn που αντιπροσωπεύει την επικάλυψη των γονιδίων εισόδου σε άτομα που έχουν προσβληθεί από τον HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. Τα γονίδια που μοιράζονται μεταξύ διαφορετικών ομάδων γονιδίων εισόδου παρατίθενται στον Πίνακα S27. (β) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτισμένες σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. Οι παρενθέσεις που τοποθετούνται κάτω από τη στήλη υποδεικνύουν την κατάσταση της ART ("lt" αναφέρεται σε άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART. "st" αναφέρεται σε άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομο χρονικό διάστημα της ART· το "ut" αναφέρεται σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-προ θεραπείας) ακολουθούμενη από την ποσότητα των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών. Η χρωματική κλίμακα αντιπροσωπεύει το μέγεθος του εμπλουτισμού που αντιπροσωπεύεται από πλούσιους παράγοντες. (γ) Διαγράμματα κουτιού που αντιπροσωπεύουν τον εμπλουτισμό ανοσολογικών υπογραφών που αντιπροσωπεύονται από πλούσιους παράγοντες. Οι εντολές που εκτελούνται για τον υπολογισμό των πλούσιων παραγόντων περιγράφονται στα Υλικά και Μέθοδοι. Η στατιστική σημασία υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμή Wilcoxon στο R με προεπιλεγμένες επιλογές. (δ) Διάγραμμα Venn που αντιπροσωπεύει την επικάλυψη εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών σε άτομα που έχουν προσβληθεί από HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. Οι κόκκινοι αριθμοί υποδεικνύουν την ποσότητα των μοναδικών εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών. (ε) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει τη συχνότητα των τύπων ανοσοκυττάρων που υπάρχουν σε μοναδικές εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα που έχουν προσβληθεί από τον HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. Οι παρενθέσεις που τοποθετούνται κάτω από τη στήλη υποδεικνύουν τον αριθμό των τύπων ανοσοκυττάρων που μετρήθηκαν στις εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές. (στ) Διάγραμμα στοιβαγμένων ράβδων που αντιπροσωπεύει την αναλογία των διαφορετικών συνθέσεων τύπων ανοσοκυττάρων σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV{{{0}}προθεραπευτικά και ασθενείς που λαμβάνουν ART. Οι παρενθέσεις που τοποθετούνται κάτω από τη στήλη υποδεικνύουν τον αριθμό των τύπων ανοσοκυττάρων που μετρήθηκαν στις εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές. Η στατιστική σημαντικότητα υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμή χ-τετράγωνο του Pearson στο R με προεπιλεγμένες επιλογές, * p Μικρότερο ή ίσο με 0.05, ** p Μικρότερο ή ίσο με 0. 01, *** p Μικρότερο ή ίσο με 0,001, **** p Μικρότερο ή ίσο με 0,0001. ΤΕΧΝΗ; αντιρετροϊκή θεραπεία. ΕΚ; ελίτ ελεγκτές. HSCs; αιμοποιητικά βλαστοκύτταρα. ΝΚ κύτταρα; είναι φυσικά κύτταρα δολοφόνοι. PBMCs; μονοπύρηνα κύτταρα περιφερικού αίματος.

Συγκεκριμένα, μετά την εκτέλεση της ανάλυσης υπερ-αναπαράστασης MsigDB, συλλέχθηκαν όροι τύπων ανοσοκυττάρων και προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων που εμφανίζονται στα τυπικά ονόματα των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών για περαιτέρω στατιστικό υπολογισμό. Με βάση το διάγραμμα Blood Cell Lineage που δημοσιεύτηκε στις Εκπαιδευτικές Ενότητες SEER του ιστότοπου NIH (https://training.seer.cancer.gov/leukemia/anatomy/lineage.html (πρόσβαση στις 10 Σεπτεμβρίου 2022)), οι τύποι κυττάρων του ανοσοποιητικού συστήματος ταξινομήθηκαν σε 16 ομάδες, συγκεκριμένα, (1) Β κύτταρα, συμπεριλαμβανομένων των πλασματοκυττάρων, (2) βασεόφιλα, (3) CD4 Τ κύτταρα, (4) CD8 Τ κύτταρα, (5) ηωσινόφιλα, (6) επιθηλιακά και ενδοθηλιακά κύτταρα, (7) ερυθροβλάστες, (8) αιμοποιητικά βλαστοκύτταρα (HSCs) και προγονικά κύτταρα, (9) κύρια κύτταρα, (10) μεγακαρυοκύτταρα, (11) μυελοειδή κύτταρα, (12) κύτταρα νευρώνων, συμπεριλαμβανομένων μικρογλοίων, (13) ουδετερόφιλα, (14) φυσικός δολοφόνος (ΝΚ) κύτταρα, (15) μονοπύρηνα κύτταρα περιφερικού αίματος (PBMCs) και (16) σπληνοκύτταρα. Ομάδα (8) αιμοποιητικά βλαστοκύτταρα (HSCs) και πρόγονοι περιελάμβαναν βλαστοκύτταρα και θυμοκύτταρα. ομάδα (11) μυελοειδή κύτταρα περιελάμβαναν δενδριτικά κύτταρα προερχόμενα από μυελό των οστών, μακροφάγα προερχόμενα από μυελό των οστών, δενδριτικά κύτταρα, μακροφάγα που προέρχονται από μονοκύτταρα και μακροφάγα. Τα ποσοστά ή οι αφθονίες των υπογραφών των τύπων ανοσοκυττάρων και των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων από τον συνολικό αριθμό των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών αντιπροσωπεύτηκαν ως χάρτες θερμότητας συστάδων που δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας το πακέτο R ComplexHeatmap [18] με προεπιλεγμένες επιλογές. Όλα τα οικόπεδα που παρουσιάζονται σε αυτό το χειρόγραφο δημιουργήθηκαν σε R με προεπιλεγμένες επιλογές.

Για να ληφθούν ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτισμένες με τυχαία επιλεγμένα γονίδια και ολόκληρο το γονιδίωμα, γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες σε ανθρώπους ανακτήθηκαν από το ανθρώπινο_γονιδίωμα_GENCODE _v32. κρεβάτι που κυκλοφόρησε από το έργο GENCODE [10] και το δείγμα εντολής R_n() (με αντικατάσταση) εκτελέστηκε για να επιλεγούν τυχαία 150, 250, 350, 450, 550, 650 και 1000 ανθρώπινα γονίδια ή Όλα τα γονίδια που κωδικοποιούν την πρωτεΐνη χρησιμοποιήθηκαν για την εκτέλεση της ανάλυσης υπερ-αναπαράστασης MSigDb που περιγράφεται παραπάνω.

φυτικό κιστανάκι που ενισχύει το ανοσοποιητικό σύστημα

2.2.2. Ανάλυση Υπεραναπαράστασης Διαδρομής KEGG

Τα εμπλουτισμένα μονοπάτια KEGG υπολογίστηκαν πραγματοποιώντας ανάλυση αναπαράστασης μονοπατιού KEGG χρησιμοποιώντας το R πακέτο clusterProfiler [12] με την τιμή p-value cutoff ίση με 0.5. Με βάση τις ιεραρχίες KEGG BRITE που τεκμηριώνονται στη διεύθυνση https://www.genome. jp/kegg/brite.html, πρόσβαση στις 2 Οκτωβρίου 2022, κάθε εμπλουτισμένη οδός αντιστοιχίστηκε στην αντίστοιχη ταξινόμηση KEGG BRITE για τη δημιουργία των γραφημάτων στο Σχήμα 2β–δ. Αξίζει να σημειωθεί ότι για τη δημιουργία του Σχήματος 2γ, οι εμπλουτισμένες οδοί KEGG που βρέθηκαν σε όλους τους παράγοντες της ομάδας III (τα λεγόμενα "Shared said" στο πλαίσιο του σχήματος) διαχωρίστηκαν πρώτα από εκείνες που υπήρχαν μόνο σε μεμονωμένους παράγοντες της ομάδας III και στη συνέχεια οι δημιουργήθηκε ο χάρτης θερμότητας συμπλέγματος.

Σχήμα 2. Διαφορετικές συνθέσεις υπογραφών προφλεγμονώδους διαλυτού παράγοντα ήταν παρούσες μαζί με λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με ART. (α) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει την αφθονία των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων που υπάρχουν σε μοναδικές ανοσολογικές υπογραφές που είναι εμπλουτισμένες σε άτομα που έχουν προσβληθεί από τον HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. Οι παρενθέσεις που τοποθετούνται κάτω από τη στήλη υποδεικνύουν τον αριθμό των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων από τις συνολικές υπογραφές. (β) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει την αφθονία κάθε ταξινόμησης KEGG BRITE που φιλοξενεί εμπλουτισμένες οδούς που σχετίζονται με παράγοντες της ομάδας II σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-μετά από μια σύντομη (st) και μια μεγάλη (lt) περίοδο ART. (γ) Χάρτης θερμότητας συστάδας που αντιπροσωπεύει την αφθονία κάθε ταξινόμησης KEGG BRITE που φιλοξενεί εμπλουτισμένες οδούς που σχετίζονται με παράγοντες της ομάδας III σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-μετά από μια μακρά περίοδο ART. Τα εμπλουτισμένα μονοπάτια που βρέθηκαν σε όλους τους παράγοντες της ομάδας III (τα λεγόμενα "Shared hsaID") διαχωρίστηκαν από άλλα εμπλουτισμένα μονοπάτια μοναδικά για μεμονωμένους παράγοντες της ομάδας III για να δημιουργηθεί ο χάρτης θερμότητας συμπλέγματος. (δ) Διάγραμμα Venn που δείχνει την επικάλυψη εμπλουτισμένων οδών KEGG που αντιπροσωπεύονται από hsaID μεταξύ παραγόντων της ομάδας II και της ομάδας III. (ε) Χάρτης θερμότητας συμπλέγματος που αντιπροσωπεύει τη συχνότητα των ταξινομήσεων KEGG BRITE που φιλοξενούν εμπλουτισμένες οδούς μεταξύ παραγόντων της ομάδας II και της ομάδας III. ΤΕΧΝΗ; αντιρετροϊκή θεραπεία. ΕΚ; ελίτ ελεγκτές. "hsaID"; Homo sapiens (ανθρώπινος) ID.

2.2.3. Προσδιορισμός γονιδίων που στοχεύουν σε προϊούς που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1

Η βάση δεδομένων ανθρώπινης αλληλεπίδρασης HIV-1 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/retroviruses/HIV-1/interactions/, πρόσβαση στις 30 Οκτωβρίου 2022) χρησιμοποιήθηκε για επαληθεύστε εάν τα γονίδια που στοχεύουν σε προϊούς αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ή όχι. Αυτή η βάση δεδομένων τεκμηριώνει όλες τις γνωστές αλληλεπιδράσεις του HIV-1 και των ανθρώπινων γονιδίων που έχει αναφερθεί ότι επηρεάζουν την αναπαραγωγή και τη μολυσματικότητα του HIV-1, καθώς και τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ προϊόντων γονιδίου HIV-1 και πρωτεϊνών του κυττάρου ξενιστή, ή πρωτεΐνες από παθογόνους οργανισμούς που σχετίζονται με τον HIV-1/AIDS [19-21].

2.2.4. Στατιστική

Όλες οι στατιστικές δοκιμές πραγματοποιήθηκαν σε R με προεπιλεγμένες επιλογές. Λεπτομέρειες παρέχονται όπου χρειάζεται στο κύριο κείμενο.

3. Αποτελέσματα

3.1. Διαφορετικές ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν παράλληλα με λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με ART

Συνολικά, 121, 149 και 176 γονίδια από προθεραπευτικά άτομα με HIV-1-μόλυνση (ut), άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (st) και εκείνα που υποβλήθηκαν σε μεγάλη περίοδο του ART (lt) [5], αντίστοιχα, και 104 γονίδια από ελίτ ελεγκτές [6] (Πίνακας 1) χρησιμοποιήθηκαν για την εκτέλεση ανάλυσης υπερ-αναπαράστασης. Μερικά από τα γονίδια εισόδου μοιράστηκαν μεταξύ των ελεγκτών ut, st, lt και elite (Εικόνα 1a και Πίνακας S27). Συνολικά, 8 (Πίνακας S1), 65 (Πίνακας S2), 152 (Πίνακας S3) και 22 (Πίνακας S4) ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν σε άτομα με HIV-1-μολυσμένα άτομα πριν από τη θεραπεία, άτομα μολυσμένα με HIV-1- που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART, εκείνοι που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART και επίλεκτοι ελεγκτές, αντίστοιχα (Εικόνα 1β). Είναι σημαντικό να τονίσουμε ότι λόγω έλλειψης δεδομένων έκφρασης που αντιστοιχούν σε τοποθεσίες ολοκλήρωσης που χρησιμοποιούνται σε αυτήν την εργασία, υπολόγισα τους πλούσιους παράγοντες [13] (βλ. Υλικά και Μέθοδοι), αντί για καθαρές βαθμολογίες εμπλουτισμού, για να αντιπροσωπεύσουν την ένταση εμπλουτισμού. Χρησιμοποίησα 150, 250, 350, 450, 550, 650 και 1000 τυχαία επιλεγμένα γονίδια (τα δεδομένα δεν εμφανίζονται) και ολόκληρο το γονιδίωμα ως μάρτυρες στην ανάλυση υπερ-αναπαράστασης για να επικυρώσω τη σημασία της βαθμολογίας του πλούσιου παράγοντα (Εικόνα 1γ ). Καμία από τις ανοσολογικές υπογραφές δεν εμπλουτίστηκε χρησιμοποιώντας γονίδια 150, 250, 350, 450, 650 και 1000 (τα δεδομένα δεν φαίνονται) και μία ανοσολογική υπογραφή εμπλουτίστηκε χρησιμοποιώντας 550 τυχαία επιλεγμένα γονίδια (πλούτος παράγοντας: 3.681). Αν και 4872 ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν χρησιμοποιώντας ολόκληρο το γονιδίωμα (πλούσιος παράγοντας: διάμεσος, 1.162; μέσος όρος, 1.154), οι πλούσιοι παράγοντες που μετρήθηκαν σε μολυσμένα με HIV-1-άτομα (τόσο πριν από τη θεραπεία όσο και που έλαβαν ART) και σε ελίτ ελεγκτές έδειξαν σημαντικότητα σε σύγκριση με ελέγχους (Εικόνα 1γ, μάρτυρες: 550 γονίδια και hg38 επισημασμένα στο πλαίσιο του σχήματος), υποδεικνύοντας ότι οι ανοσολογικές υπογραφές που ανιχνεύθηκαν σε αυτή τη μελέτη εμπλουτίστηκαν σημαντικά.

3.2. Διαφορετικοί συνδυασμοί υπογραφών ανοσοκυττάρων παρατηρήθηκαν παράλληλα με λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με ART

Σύμφωνα με το εύρημα ότι τα γονίδια που στοχεύουν στον προϊό εμπλουτίζουν συγκεκριμένες ανοσολογικές υπογραφές μαζί με λοιμώξεις από HIV-1 που σχετίζονται με την ART, διερευνούσα συνεχώς εάν αυτές οι εμπλουτισμένες υπογραφές θα μπορούσαν να αποδώσουν συγκεκριμένους τύπους ανοσοκυττάρων και προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες που αναφέρονται στην υπόθεση αυτής της εργασίας. Ανέκτησα ανοσολογικές υπογραφές μοναδικά εμπλουτισμένες σε άτομα με λοίμωξη από HIV-1-προ της θεραπείας (ut, 6 υπογραφές, 75%), άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (st, 39 υπογραφές, 60%) , άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (lt, 128 υπογραφές, 84%) και ελίτ ελεγκτές (15 υπογραφές, 68%) (Εικόνα 1δ). Από αυτά, μέτρησα την εμφάνιση ονομάτων τύπων ανοσοκυττάρων στα τυπικά ονόματα των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών μία προς μία (Εικόνα 1ε, στ). Περαιτέρω ταξινόμησα τους τύπους κυττάρων του ανοσοποιητικού συστήματος σε 16 ομάδες με βάση το διάγραμμα Blood Cell Lineage που δημοσιεύτηκε στις Εκπαιδευτικές Ενότητες SEER του ιστότοπου NIH (υποτύποι κυττάρων σε κάθε κατηγορία κυττάρων περιγράφονται στα Υλικά και Μέθοδοι). Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η ART διακόπτει την εξέλιξη του HIV{-1/AIDS. η σύνθεση των τύπων ανοσοκυττάρων που παρατηρήθηκαν εδώ ήταν σε καταστάσεις φυσιολογικής μόλυνσης από HIV-1 που σχετίζονται με ART. Πρώτον, βρέθηκε μια αυξημένη ποικιλία τύπων ανοσοκυττάρων σε άτομα μολυσμένα με HIV- 1-που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (lt, 132 όροι ανοσοκυττάρων) (Εικόνα 1e,f). Μεταξύ αυτών, τα CD4 Τ κύτταρα (βρέθηκαν 40 φορές, 30,3%) παρουσίασαν την υψηλότερη συχνότητα, ακολουθούμενα από τα μυελοειδή κύτταρα (βρέθηκαν 35 φορές, 26,5%) (Εικόνα 1ε, στ). Αυτή η σύνθεση των υπογραφών ανοσοκυττάρων έδειξε μια διαφορά μεταξύ των ατόμων που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προ της θεραπείας (ut, βρέθηκε 7 φορές) και των ασθενών που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (st, βρέθηκε 42 φορές) (Εικόνα 1e,f, Pearson's chi -τετράγωνο τεστ). Η σύνθεση των υπογραφών των ανοσοκυττάρων σε ελίτ ελεγκτές (βρέθηκαν 14 φορές) ήταν μοναδική σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προ θεραπείας και σε ασθενείς που έλαβαν ART (Εικόνα 1ε). Αξίζει να σημειωθεί ότι η αναλογία της ομάδας "Β κύτταρα" εμπλουτίστηκε σε μεγάλο βαθμό σε ελίτ ελεγκτές σε σύγκριση με ασθενείς που έλαβαν ART (βρέθηκε 3 φορές, 21,4%) (Εικόνα 1ε). ενώ, σε ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με ART, έδειξε μείωση στα άτομα με λοίμωξη από HIV που υποβλήθηκαν σε σύντομη (βρέθηκε 7 φορές, 16,7%) και μεγάλη περίοδο ART (βρέθηκε 9 φορές, 6,8%) (Εικόνα 1ε ,φά). Η ομάδα "κύτταρα Β" δεν βρέθηκε σε μοναδικές εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-προ θεραπείας (Εικόνα 1ε, στ). Τα CD4 Τ κύτταρα, ο κύριος τύπος αποθέματος του HIV, παρουσίασαν αύξηση στην αναλογία τους παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με ART (ut, βρέθηκε 1 φορά, 14,3%, st, βρέθηκε 9 φορές, 21,4 %· lt, βρέθηκε 40 φορές, 30,3%). Ωστόσο, παρατηρήθηκε παλινδρόμηση της παρουσίας των CD8 Τ κυττάρων (ut, βρέθηκε 1 φορά, 14,3%, st, βρέθηκε 6 φορές, 14,3%, lt, βρέθηκε 11 φορές, 8,3%), ωστόσο, μετά από μια μακρά περίοδο ART (Εικόνα 1ε, στ). Η υψηλότερη κορυφή του ποσοστού της υπογραφής των μυελοειδών κυττάρων βρέθηκε σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (βρέθηκε 15 φορές, 35,7%). Επιπρόσθετα, η αναλογία των μυελοειδών κυττάρων μεταξύ των ατόμων που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προ της θεραπείας (βρέθηκαν 2 φορές, 28,6%) και των ασθενών που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (βρέθηκε 35 φορές, 26,5%) ήταν συγκρίσιμη (Εικόνα 1στ). Περιέργως, η παρουσία της υπογραφής των ΝΚ κυττάρων παρατηρήθηκε σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-προ θεραπείας (βρέθηκε 1 όρος, 14,3%) και άτομα μολυσμένα με HIV{{94} που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (βρέθηκε 4 φορές, 3%) (Εικόνα 1στ). Συλλογικά, αυτά τα ευρήματα υποδηλώνουν ότι διαφορετικοί συνδυασμοί ανοσοκυττάρων με αυξανόμενη ποικιλία ήταν παρόντες μαζί με λοιμώξεις από HIV-1 με ART.

3.3. Διαφορετικοί συνδυασμοί υπογραφών προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων παρατηρήθηκαν παράλληλα με λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με ART

Στη συνέχεια της προηγούμενης λογικής, μέτρησα επίσης τις εμφανίσεις των ονομάτων των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων, συμπεριλαμβανομένων των κυτοκινών και των χημειοκινών, σε κάθε μοναδική εμπλουτισμένη ανοσολογική υπογραφή (Εικόνα 2α) και βρήκα ότι 1, 8, 33 και 6 μοναδικές ανοσολογικές οι υπογραφές περιείχαν τα ονόματα των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων σε προθεραπευτικά άτομα μολυσμένα με HIV, άτομα με λοίμωξη από HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART, αυτά που υποβλήθηκαν σε μεγάλη περίοδο ART και ελίτ ελεγκτές, αντίστοιχα ( Εικόνα 2α). Ομαδοποίησα περαιτέρω αυτούς τους προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες με βάση την εμφάνισή τους σε άτομα με λοίμωξη από HIV-1-: παράγοντες της ομάδας Ι, συμπεριλαμβανομένων των IL4 και IL12, ήταν παρόντες σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV{11}}προ της θεραπείας και σε όλη τη διαδικασία μόλυνσης (Εικόνα 2α); Παράγοντες της ομάδας ΙΙ, συμπεριλαμβανομένων των CXCR5, IFNG, IFNB, IL10 και TGFB, ήταν παρόντες σε άτομα με λοίμωξη HIV που υποβλήθηκαν σε ART ανεξάρτητα από την περίοδο (Εικόνα 2α). και οι παράγοντες της ομάδας III, συμπεριλαμβανομένων των CXCL4, IFNA, IL1, IL2, IL6, IL7, IL15, IL18 και TNF, εμφανίστηκαν μόνο μετά από μια μακρά περίοδο ART (Εικόνα 2α). Για να διερευνήσω περαιτέρω κάθε ομάδα προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων, αναζήτησα μονοπάτια KEGG εμπλουτισμένα από τα γονίδια που ανακτήθηκαν από μοναδικές εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές με αντίστοιχους προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες (Εικόνα 2b,c). Δεν παρατηρήθηκε σαφής διαχωρισμός των εμπλουτισμένων οδών KEGG που σχετίζονται με παράγοντες της ομάδας ΙΙ μεταξύ των μολυσμένων ατόμων με HIV{-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη και μεγάλη περίοδο ART (Εικόνα 2β), γεγονός που υποδηλώνει ότι ο εμπλουτισμός αυτών των οδών ήταν άσχετος με την περίοδο θεραπεία. Ωστόσο, οι εμπλουτισμένες οδοί σε «ειδικούς για τον καρκίνο τύποι» συσχετίστηκαν συχνά με IFNB (lt), CXCR5 (st) και IFNG (lt). Οι εμπλουτισμένες οδοί στη «μετάδοση σήματος» και στο «ανοσοποιητικό σύστημα» σχετίζονται περισσότερο με την IL10 (st) και την IFNB (st). εμπλουτισμένα μονοπάτια σε «ιογενή λοιμώδη νόσο» σχετίζονταν περισσότερο με το CXCR5 (st) (Εικόνα 2β). Όσον αφορά τους παράγοντες της ομάδας III, οι οδοί στη «μετάδοση σήματος», «ανοσοποιητικό σύστημα» και «ιογενής λοιμώδης νόσος» επικρατούσαν για κάθε προφλεγμονώδη διαλυτό παράγοντα σε αυτήν την ομάδα (Εικόνα 2c, η πρώτη στήλη από αριστερά). Μονοπάτια στη "μεταφορά μεμβράνης" (hsaID uniq. IL12), "βιοσύνθεση γλυκάνης και μεταβολισμός" (hsaID uniq. IL17), "μόρια σηματοδότησης και αλληλεπίδραση" (hsaID uniq. IL1), "μεταβολισμός υδατανθράκων" (hsaID uniq. CXCL4), Η "αντιγραφή και επιδιόρθωση" (hsaID uniq. CXCL4) και η "ενδοκρινική και μεταβολική νόσος" (hsaID uniq. CXCL4) έγιναν ειδικά για τους υποδεικνυόμενους προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες (Εικόνα 2γ). Καθώς συνέκρινα τις εμπλουτισμένες οδούς KEGG μεταξύ των παραγόντων της ομάδας II και της ομάδας III, περισσότερες από τις μισές (61 μονοπάτια) των μονοπατιών ήταν κοινές (Εικόνα 2δ). Μεταξύ αυτών, η «ιογενής λοιμώδης νόσος», «ανοσοποιητικό σύστημα» και η «μετάδοση σήματος» ήταν οι τρεις κορυφαίες ταξινομήσεις KEGG BRITE που μοιράζονται και στις δύο ομάδες παραγόντων (Εικόνα 2ε). Εμπλουτισμένα μονοπάτια στην ταξινόμηση "ειδικοί για τον καρκίνο τύποι" βρέθηκαν μόνο στους παράγοντες της ομάδας II (Εικόνα 2e). Συλλογικά, αυτά τα ευρήματα υποδηλώνουν ότι διαφορετικοί συνδυασμοί προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων συμμετείχαν στην ανοσία παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με την ART.

Οφέλη από το cistanche-ενισχύουν το ανοσοποιητικό σύστημα

Για να επαληθεύσω εάν εμπλουτισμένα μονοπάτια που εμπλέκονται σε "ειδικούς τύπους καρκίνου", "ανοσοποιητικό σύστημα", "μεταβίβαση σήματος" και "ιογενή λοιμώδη νόσο" απαιτούνταν πραγματικά κατά τη διάρκεια λοιμώξεων από τον HIV-1, απέσυρα όλα τα γονίδια που υπήρχαν σε αυτά τα τέσσερα Ταξινομήσεις KEGG BRITE από τη λίστα γονιδίων εισόδου (Πίνακας 1) και επανέλαβαν την ανάλυση υπερ-αναπαράστασης που πραγματοποιήθηκε στο Σχήμα 1β. Πρώτον, παρατήρησα ότι η πλειονότητα των γονιδίων που υπάρχουν σε «ειδικούς τύπους καρκίνου», «ανοσοποιητικό σύστημα» και «ιογενείς μολυσματικές ασθένειες» είναι κοινά, ενώ τα γονίδια που υπάρχουν στη «μετάδοση σήματος» φαινόταν να είναι διαφορετικά από τις άλλες τρεις ταξινομήσεις (Εικόνα 3α). Περιέργως, τα γονίδια που υπάρχουν σε αυτές τις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE περιορίζονταν σε άτομα μολυσμένα με HIV-1- που λαμβάνουν ART και συγκεκριμένα σε διαφορετικές περιόδους θεραπείας (Εικόνα 3 be), εκτός από τα γονίδια rapgfe2 και ppp3cc. Το γονίδιο rapgfe2 παρατηρήθηκε καθ' όλη την περίοδο των λοιμώξεων από τον HIV (Εικόνα 3e) και το ppp3cc εμφανίστηκε αφού οι ασθενείς έλαβαν ART (Εικόνα 3γ–ε). Το γονίδιο cyth1 βρέθηκε σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προθεραπευτικά και σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART. εάν η απουσία cyth1 σε άτομα με λοίμωξη από HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (Εικόνα 3ε) οφείλεται σε τεχνικούς λόγους ή είναι βιολογικά σχετική θα απαιτήσει περαιτέρω διερεύνηση. Επιπλέον, ένας μειωμένος αριθμός εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών με μικρή σημασία ελήφθησαν ως γονίδια σε αυτές τις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE και αποσύρθηκαν (Εικόνα 3f–g) (Πίνακες S5–S12). Επιπλέον, σε άτομα με λοίμωξη από HIV-1-που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART, αρκετές υπογραφές προφλεγμονώδους διαλυτού παράγοντα (IL4, IL6, IL7, IL15, IFNG) υπήρχαν σπάνια (Εικόνα 3h), ειδικά όταν τα γονίδια που εμπλέκονται σε " μεταγωγή σήματος» αφαιρέθηκαν (Εικόνα 3h, στήλη 5). Με συνέπεια, το ίδιο μοτίβο υπήρχε και στο διάγραμμα συσχέτισης (Εικόνα 3j). Ωστόσο, οι υπογραφές που σχετίζονται με τα IL3, IL12 και IL18 δεν επηρεάστηκαν (Εικόνα 3h). Άλλες υπογραφές φάνηκε να είναι είτε τυχαίες (IFNA) είτε ελαφρώς επηρεασμένες (CXCL4, CXCR5, IFNB, IL1, IL2, IL10, IL35, TGFB) όταν αποσύρθηκαν γονίδια σε διαφορετικές ταξινομήσεις KEGG BRITE (Εικόνα 3h, στήλες 1-5). Ο αντίκτυπος των γονιδίων που ανακτήθηκαν από άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART ήταν μικρή (Εικόνα 3h), προκαλώντας έτσι έναν σαφή διαχωρισμό δύο κύριων συστάδων μεταξύ σύντομων και μεγάλων περιόδων ART (Εικόνα 3h). Παρ' όλα αυτά, παρατηρήθηκε ακόμη μειωμένη συσχέτιση σε άτομα με λοίμωξη από HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART όταν αφαιρέθηκαν γονίδια στο "ανοσοποιητικό σύστημα" (Εικόνα 3i).

="" 0.05,="" **="" p="" ≤="" 0.01,="" ****="" p="" ≤="" 0.0001.="" art;="" antiretroviral="" therapy.="" ec;="" elite="" controllers.="" hiv="" is;="" hiv="" integration="" sites.="" alt="Figure 3. Impact of enriched KEGG pathways involved in " cancer-specific="" types",="" "immune="" system",="" "signal="" transduction",="" and="" "infectious="" disease="" viral"="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" subjected="" to="" art.="" (a)="" venn="" diagram="" representing="" the="" overlap="" of="" the="" genes="" present="" in="" enriched="" kegg="" pathways="" involved="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications.="" (b–e)="" cluster="" heatmap="" representing="" the="" presence="" of="" the="" genes="" in="" enriched="" kegg="" pathways="" related="" to="" "cancer-specific="" types"="" (b),="" "immune="" system"="" (c),="" "infectious="" disease="" viral"="" (d),="" and="" "signal="" transduction"="" (e)="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" before="" art="" (ut)="" and="" after="" a="" short="" (st)="" or="" a="" long="" period="" (lt)="" of="" art,="" and="" in="" elite="" controllers.="" (f)="" numbers="" of="" immunologic="" signatures="" enriched="" by="" either="" a="" complete="" list="" of="" input="" genes="" (all="" genes)="" or="" a="" gene="" list="" with="" the="" removal="" of="" the="" genes="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" after="" a="" short="" (st)="" or="" a="" long="" period="" (lt)="" of="" art.="" (g)="" violin="" plots="" representing="" the="" distribution="" of="" adjusted="" p-values="" corresponding="" to="" immunologic="" signatures="" enriched="" by="" either="" a="" complete="" list="" of="" the="" genes="" (all="" genes)="" or="" a="" gene="" list="" with="" the="" removal="" of="" the="" genes="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications.="" statistical="" significance="" was="" calculated="" using="" the="" wilcoxon="" test="" in="" r="" with="" default="" options.="" (h)="" cluster="" heatmap="" representing="" the="" abundance="" of="" proinflammatory="" soluble="" factor="" signatures="" enriched="" by="" either="" a="" complete="" list="" of="" the="" genes="" (all="" genes,="" column="" 1="" and="" column="" 6)="" or="" a="" gene="" list="" with="" the="" removal="" of="" the="" genes="" in="" the="" four="" kegg="" brite="" classifications="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" after="" a="" short="" (st,="" columns="" 7–10)="" or="" a="" long="" period="" (lt,="" columns="" 2–5)="" of="" art.="" (i,j)="" correlation="" plots="" representing="" the="" pearson="" correlation="" calculated="" based="" on="" the="" abundance="" of="" proinflammatory="" soluble="" factors="" in="" hiv-1-infected="" individuals="" after="" a="" short="" (i)="" or="" a="" long="" period="" (j)="" of="" art.="" ns="" >="" 0.05,="" **="" p="" ≤="" 0.01,="" ****="" p="" ≤="" 0.0001.="" art;="" antiretroviral="" therapy.="" ec;="" elite="" controllers.="" hiv="" is;="" hiv="" integration="" sites.="" width="495" height="656" border="0" vspace="0" style="width: 495px; height: 656px;">

Εικόνα 3. Επίδραση εμπλουτισμένων οδών KEGG που εμπλέκονται σε "ειδικούς τύπους καρκίνου", "ανοσοποιητικό σύστημα", "μεταβίβαση σήματος" και "ιογενή λοιμώδη νόσο" σε άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε ART. (α) Διάγραμμα Venn που αντιπροσωπεύει την επικάλυψη των γονιδίων που υπάρχουν σε εμπλουτισμένα μονοπάτια KEGG που εμπλέκονται στις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE. (β–ε) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει την παρουσία των γονιδίων σε εμπλουτισμένα μονοπάτια KEGG που σχετίζονται με «ειδικούς τύπους καρκίνου» (β), «ανοσοποιητικό σύστημα» (γ), «ιογενή λοιμώδη νόσο» (δ) και «μετάδοση σήματος " (ε) σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1- πριν από την ART (ut) και μετά από μια σύντομη (st) ή μια μεγάλη περίοδο (lt) ART, και σε ελίτ ελεγκτές. (στ) Αριθμοί ανοσολογικών υπογραφών που εμπλουτίζονται είτε με πλήρη λίστα γονιδίων εισόδου (όλα τα γονίδια) είτε με γονιδιακή λίστα με την αφαίρεση των γονιδίων στις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-μετά από σύντομη (st ) ή μια μεγάλη περίοδο (lt) ART. (ζ) Διαγράμματα βιολιού που αντιπροσωπεύουν την κατανομή προσαρμοσμένων τιμών p που αντιστοιχούν σε ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτισμένες είτε από έναν πλήρη κατάλογο γονιδίων (όλα τα γονίδια) είτε από έναν κατάλογο γονιδίων με την αφαίρεση των γονιδίων στις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE. Η στατιστική σημασία υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμή Wilcoxon στο R με προεπιλεγμένες επιλογές. (η) Χάρτης θερμότητας συστάδας που αντιπροσωπεύει την αφθονία των υπογραφών προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων που εμπλουτίζονται είτε από μια πλήρη λίστα των γονιδίων (όλα τα γονίδια, στήλη 1 και στήλη 6) είτε από μια λίστα γονιδίων με την αφαίρεση των γονιδίων στις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE στον HIV -1-μολύνθηκαν άτομα μετά από μια σύντομη (st, στήλες 7–10) ή μια μεγάλη περίοδο (lt, στήλες 2–5) της ART. (i,j) Διαγράμματα συσχέτισης που αντιπροσωπεύουν τη συσχέτιση Pearson που υπολογίζεται με βάση την αφθονία των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων σε άτομα που έχουν προσβληθεί από HIV{14}}μετά από μια σύντομη (i) ή μια μεγάλη περίοδο (j) ART. NS > 0.05, ** p Μικρότερο ή ίσο με 0,01, **** p Μικρότερο ή ίσο με 0,0001. ΤΕΧΝΗ; αντιρετροϊκή θεραπεία. ΕΚ; ελίτ ελεγκτές. HIV ΕΙΝΑΙ; Τοποθεσίες ένταξης HIV.

3.4. Η πλειονότητα των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών που προέρχονται από σύνολα γονιδίων που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1

Καθώς υπέθεσα ότι η συχνότητα ολοκλήρωσης του HIV-1 θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως υποκατάστατο για σύνολα γονιδίων για τον καθορισμό συγκεκριμένων τύπων ανοσοκυττάρων και προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων που απαιτούνται κατά τη διάρκεια λοιμώξεων από τον HIV-1, επομένως, δοκίμασα εάν υπάρχει κάποια σύνδεση υπάρχει μεταξύ της ενσωμάτωσης του HIV-1 και των στοχευόμενων γονιδίων. Εάν συμβαίνει αυτό, αναμένω ότι οι απαιτούμενες ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίζονται από τα σύνολα γονιδίων που είτε δείχνουν αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών με γονιδιακά προϊόντα του HIV-1 είτε επηρεάζουν την αναπαραγωγή και τη μολυσματικότητα του HIV-1. ενώ άλλα σύνολα γονιδίων που δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 δεν ευθύνονται για τον εμπλουτισμό οποιασδήποτε ανοσολογικής υπογραφής κατά τη διάρκεια λοιμώξεων από τον HIV-1. Για να επαληθεύσω αυτήν την υπόθεση, διαχώρισα τα γονίδια εισόδου που αναφέρθηκαν ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 από άλλα που δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 (βλ. Υλικά και Μέθοδοι) και παρατήρησα ότι το 38,8% (47 γονίδια από 121 γονίδια ), 40,5% (60 γονίδια από 148 γονίδια), 37,5% (66 γονίδια από 176 γονίδια) και 29,8% (31 γονίδια από 104 γονίδια) των γονιδίων έχουν αναφερθεί ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 στην προθεραπευτική αγωγή άτομα μολυσμένα με HIV-1-, άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART, άτομα που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART και ελίτ ελεγκτές, αντίστοιχα. Η πλειονότητα των γονιδίων παρουσίασε αλληλεπιδράσεις με τα γονίδια HIV-1 gag-pol, ακολουθούμενα από το γονίδιο tat, το γονίδιο env και το γονίδιο nef. λίγα γονίδια στόχευσης HIV-1-βρέθηκαν ότι αλληλεπιδρούν με τα γονίδια HIV-1 vpr, vif, rev και vpu (Εικόνα 4α).

Περαιτέρω πραγματοποίησα μια ανάλυση υπερ-αναπαράστασης και στα δύο υποσύνολα γονιδίων εισόδου (αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ή όχι) και διαπίστωσα ότι ο εμπλουτισμός των ανοσολογικών υπογραφών συνεισέφερε κυρίως από τα γονίδια που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ( Εικόνα 4β) (Πίνακες S14 και S16). Μόνο ένα μικρό ποσοστό ανοσολογικών υπογραφών εμπλουτίστηκε από τα γονίδια που δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 (Πίνακες S15 και S17) (Εικόνα 4β). Σημειωτέον, τα γονίδια που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προ θεραπείας ήταν υπεύθυνα μόνο για ένα μικρό ποσοστό των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών (Εικόνα 4β) (Πίνακας S13). Καμία από τις ανοσολογικές υπογραφές δεν μπορεί να εμπλουτιστεί χρησιμοποιώντας τα γονίδια που δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-προ θεραπείας (Εικόνα 4β). Παραδόξως, οι πλούσιοι παράγοντες έδειξαν αύξηση στα άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε ART, ανεξάρτητα από το αν αναφέρθηκε ότι γονίδια στοχευμένα σε προϊούς αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ή όχι (Εικόνα 4γ). Επιπλέον, μια ποικιλία από υπογραφές ανοσοκυττάρων παρατηρήθηκε μόνο με τη χρήση γονιδίων που αλληλεπιδρούν με τον HIV{-1 σε ασθενείς που έλαβαν μια σύντομη (145 όροι) και μια μεγάλη περίοδο (59 όροι) ART (Εικόνα 4δ), που μοιάζουν με παρόμοιες περιστάσεις χρησιμοποιώντας πλήρης κατάλογος γονιδίων εισόδου. Αντίθετα, ένας φτωχός συνδυασμός τύπων ανοσοκυττάρων βρέθηκε σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές χρησιμοποιώντας γονίδια που δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 (Εικόνα 4δ). Κατά συνέπεια, η πλειονότητα των υπογραφών του προφλεγμονώδους διαλυτού παράγοντα υπήρχαν σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές χρησιμοποιώντας μια πλήρη λίστα γονιδίων εισόδου και τα γονίδια που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 σε μολυσμένα άτομα που υποβλήθηκαν σε ART (Εικόνα 4e). Παρατηρήθηκε είτε ένα μικρό ποσοστό υπογραφών προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων είτε καθόλου υπογραφών προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων χρησιμοποιώντας τα γονίδια που δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV{-1 και χρησιμοποιώντας τα γονίδια που ανακτήθηκαν από άτομα που είχαν προσβληθεί από τον HIV{30}}προ της θεραπείας (Εικόνα 4ε) . Συνολικά, αυτά τα ευρήματα υποδεικνύουν ότι οι εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε ART προήλθαν κυρίως από σύνολα γονιδίων που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1.

Εικόνα 4. Τα στοχευμένα σύνολα γονιδίων HIV-1- που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 συνέβαλαν στον εμπλουτισμό των ανοσολογικών υπογραφών παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με την ART. (α) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει τη συχνότητα των γονιδίων που στοχεύουν σε προϊούς που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1. Οι παρενθέσεις που τοποθετούνται κάτω από τη στήλη υποδεικνύουν τον συνολικό αριθμό γονιδίων που στοχεύουν σε προϊούς που αναφέρθηκαν ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1. (β) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV-1-και σε ελίτ ελεγκτές. Μέσα στις παρενθέσεις, το +HIV και το −HIV υποδεικνύουν γονίδια στοχευμένα στον προϊό που αναφέρεται ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ή όχι, αντίστοιχα. Ο αριθμός υποδεικνύει τον αριθμό των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών. Η χρωματική κλίμακα αντιπροσωπεύει την ένταση του εμπλουτισμού που αντιπροσωπεύεται από πλούσιους παράγοντες. (γ) Διαγράμματα κουτιού που αντιπροσωπεύουν τον εμπλουτισμό ανοσολογικών υπογραφών που αντιπροσωπεύονται από πλούσιους παράγοντες. Οι εντολές που εκτελούνται για τον υπολογισμό των πλούσιων παραγόντων περιγράφονται στα Υλικά και Μέθοδοι. Η στατιστική σημασία υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμή Wilcoxon στο R με προεπιλεγμένες επιλογές. (δ) Διάγραμμα στοιβαγμένων ράβδων που αντιπροσωπεύει την αναλογία των τύπων ανοσοκυττάρων που υπάρχουν σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα που έχουν μολυνθεί με HIV{13}}. Η στατιστική σημασία υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία chi-square του Pearson στο R με προεπιλεγμένες επιλογές. Μέσα στις παρενθέσεις, το +HIV και το −HIV υποδεικνύουν γονίδια στοχευμένα στον προϊό που αναφέρεται ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ή όχι, αντίστοιχα. Ο αριθμός υποδεικνύει τον αριθμό των καταμετρημένων τύπων ανοσοκυττάρων σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές. (ε) Χάρτης θερμότητας συστάδων που αντιπροσωπεύει την αφθονία των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων που υπάρχουν σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα που έχουν προσβληθεί από τον HIV{18}}. Μέσα στις παρενθέσεις, το +HIV και το −HIV υποδεικνύουν γονίδια στοχευμένα στον προϊό που αναφέρεται ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 ή όχι, αντίστοιχα. Ο αριθμός υποδεικνύει τον αριθμό των προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων από τον συνολικό αριθμό των εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών. NS > 0.05, * p Μικρότερο ή ίσο με 0.05, ** p Μικρότερο ή ίσο με 0.01 , *** p Μικρότερο ή ίσο με 0,001, **** p Μικρότερο ή ίσο με 0,0001. "ut"; προεπεξεργασία. "st"? σύντομη περίοδος ΤΕΧΝΗΣ. "lt"? μακρά περίοδο ΤΕΧΝΗΣ. ΤΕΧΝΗ; αντιρετροϊκή θεραπεία. ΕΚ; ελίτ ελεγκτές. HSCs; αιμοποιητικά βλαστοκύτταρα. ΝΚ κύτταρα; είναι φυσικά κύτταρα δολοφόνοι. PBMCs; μονοπύρηνα κύτταρα περιφερικού αίματος.

4. Συζήτηση

Σε αυτήν την εργασία, επικεντρώθηκα στην πιθανή αλληλεπίδραση μεταξύ των γονιδίων του ξενιστή που στοχεύουν οι προϊοί και της ιδιότητας του λειτουργικού γονιδιώματος του ξενιστή. Με βάση την ανάλυση υπερεκπροσώπησης των γονιδίων που στοχεύουν οι προϊοί, παρατήρησα αρχικά ότι διαφορετικές μοναδικές ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με ART (Εικόνα 1β). Επιπλέον, μια αύξηση στη διακύμανση των τύπων ανοσοκυττάρων ήταν παρούσα σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (Εικόνα 1e,f), αντανακλώντας ένα περιβάλλον με περίπλοκες ανοσολογικές αποκρίσεις. Δεδομένου ότι διαφορετικά είδη εγγενών κυττάρων που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό στρατολογούνται στο σημείο της λοίμωξης HIV-1 με την πάροδο του χρόνου, η αποκάλυψη των αλλαγών των ανοσοκυττάρων μαζί με τις λοιμώξεις από HIV-1 μπορεί επομένως να είναι απαραίτητη για την κατανόηση της εξέλιξης του HIV -1 δεξαμενές. Όπως φαίνεται σε αυτή την εργασία, διαφορετικές συνθέσεις τύπων ανοσοκυττάρων υπήρχαν σε μοναδικές εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προ θεραπείας, ασθενείς με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε θεραπεία με ART και σε ελίτ ελεγκτές (Εικόνα 1ε, στ ). Αυτή η παρατήρηση μπορεί επίσης να συνδεθεί με διαφορετικές συνθέσεις προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων παράλληλα με λοιμώξεις από HIV-1 που σχετίζονται με ART, όπως παρατηρείται σε αυτήν την εργασία (Εικόνα 2α).

Αυτή η μελέτη έδειξε ότι διαφορετικοί συνδυασμοί υπογραφών προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων υπήρχαν σε διαφορετικά στάδια της ART. Παρατήρησα ότι οι CXCR5, IFNB, IFNG, IL10 και TGFB βρέθηκαν σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη και μεγάλη περίοδο ART (Εικόνα 2α). Τα CXCL4, IFNA, IL1, IL2, IL6, IL7, IL15, IL18 και TNF παρατηρήθηκαν μόνο σε εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές σε άτομα μολυσμένα με HIV{11}}που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (Εικόνα 2α). Λίγοι προφλεγμονώδεις διαλυτοί παράγοντες παρατηρήθηκαν σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV{13}}προ της θεραπείας και σε ελίτ ελεγκτές (Εικόνα 2α). Πράγματι, είναι γνωστό εδώ και πολύ καιρό ότι οι λοιμώξεις από τον HIV-1 οδηγούν σε απορρύθμιση του προφίλ κυτοκίνης [22]. Θα απαιτηθούν περαιτέρω έρευνες για την κατανόηση της στρατηγικής του ανοσοποιητικού με τη χρήση διαφορετικών συνθέσεων προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων για παρεμβολή στην εξέλιξη μιας λανθάνουσας δεξαμενής HIV{17}}. Οι οδοί KEGG εμπλουτισμένες με σύνολα γονιδίων που σχετίζονται με παράγοντες της ομάδας II και III εμπίπτουν κυρίως στις ταξινομήσεις KEGG BRITE "ειδικοί τύποι καρκίνου", "ιογενής λοιμώδης νόσος", "ανοσοποιητικό σύστημα" και "μετάδοση σήματος" (Εικόνα 2 be). Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι τα σύνολα γονιδίων από αυτές τις τέσσερις ταξινομήσεις KEGG BRITE περιορίζονταν σε άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη και μεγάλη περίοδο ART και η πλειονότητά τους ήταν ειδικά για διαφορετικές περιόδους θεραπείας, υποδεικνύοντας ότι η επιλογή της προϊικής ενσωμάτωσης μπορεί να είναι ειδική για την εξέλιξη της νόσου (Εικόνα 3). Σύμφωνα με την παρατήρηση σε αυτή την εργασία, αυτή η επιλογή είναι άσχετη με τον έλεγχο της ελίτ (Εικόνα 3β–ε). Τέλος, έδειξα ότι οι εμπλουτισμένες ανοσολογικές υπογραφές συνέβαλαν κυρίως από γονίδια που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 (Εικόνα 4β), παρόλο που τα γονίδια που αναφέρθηκαν ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 δεν αντιπροσώπευαν την πλειοψηφία των γονιδίων στο τη λίστα εισόδου. Εδώ, είναι ενδιαφέρον να επισημάνουμε ότι αυτά τα ιδρυτικά γονίδια που αναλύθηκαν σε αυτήν την εργασία όχι μόνο έδειξαν αλληλεπίδραση με τον HIV{-1 αλλά επίσης είχαν εισβληθεί από το γονιδίωμα του ιού σε φυσιολογικές συνθήκες μόλυνσης από HIV-1. Αυτή η παρατήρηση μπορεί να υποδεικνύει ότι η συγγένεια των γονιδίων που στοχεύουν στον προϊό προς τα γονιδιακά προϊόντα του HIV-1 μπορεί να χρησιμεύσει ως δυνητικός δείκτης για την πρόβλεψη των απαιτούμενων ανοσολογικών υπογραφών κατά τη διάρκεια λοιμώξεων HIV-1 που σχετίζονται με ART. Τα ακόλουθα είναι ανοιχτά ερωτήματα: Τι κάνει τα γονίδια που αναφέρονται ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 διαφορετικά από άλλα; Ποιος είναι ο ρόλος των γονιδίων που στοχεύουν στον προϊό και δεν αλληλεπιδρούν με τον HIV-1;

Αν και είναι επί του παρόντος εφαρμόσιμη η αλληλουχία του γονιδιώματος του HIV-1 σχεδόν πλήρους μήκους, η απόδοση των ανακτημένων αλληλουχιών περιορίζεται στο εύρος των 50 έως 100 αλληλουχιών σε κύτταρα που έχουν καθαριστεί από έναν ασθενή [23,24], καθιστώντας έτσι ακριβή και η ποσοτική διερεύνηση δύσκολη. Μια καλύτερη στρατηγική για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας του πλήρους μήκους γονιδιώματος του HIV-1 των προϊών και την αύξηση της απόδοσης των αλληλουχιών εξόδου από κλινικά δείγματα θα είναι απολύτως απαραίτητη, επειδή οι άθικτοι προϊοί είναι υπεύθυνοι για ιικές αναπήδηση μετά τη διακοπή της θεραπείας [24]. Συνολικά, 26, 6, 14 και 22 εισερχόμενα γονίδια στοχεύτηκαν από ανέπαφους προϊούς σε άτομα που είχαν μολυνθεί με HIV-1-προ θεραπείας, ασθενείς που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART, εκείνους που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART και ελίτ ελεγκτές , αντίστοιχα (Πίνακας S26). Περιέργως, περίπου το ένα τρίτο έως το ήμισυ των ανέπαφων γονιδίων που στοχεύουν τον προϊό συσχετίστηκαν με τις υπογραφές τύπων ανοσοκυττάρων (10 γονίδια σε άτομα που είχαν προσβληθεί από τον ιό HIV πριν από τη θεραπεία, 3 γονίδια σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART, 7 γονίδια σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART και 11 γονίδια σε ελίτ ελεγκτές) (Πίνακες S18–S21). Αντίθετα, άθικτα στοχευόμενα γονίδια προϊού δεν συσχετίστηκαν συχνά με τις υπογραφές προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων (2 γονίδια σε άτομα μολυσμένα με HIV-1- προ θεραπείας, 1 γονίδιο σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART, 4 γονίδια σε ασθενείς που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART και 4 γονίδια σε ελίτ ελεγκτές) (Πίνακες S22–S25). Μια πιο πρόσφατη μελέτη που δημοσιεύτηκε από τους Sun et al. (2023) [25] συνέχισε να ενισχύει αυτήν την «υπόθεση ανοσολογικής επιλογής» που προτάθηκε από τον Einkauf και τους συναδέλφους του (ο όρος «υπόθεση ανοσολογικής επιλογής» αναφέρθηκε στο αρχείο αξιολόγησης από ομοτίμους που διατίθεται στη διεύθυνση https://static-content.springer.com/esm/ art%3A1 0.1038%2Fs41586-022-05538-8/MediaObjects/41586_2022_5538_MOESM2_ESM.pdf (πρόσβαση στις 25 Ιανουαρίου 2023)). Παρατήρησαν ότι τα κύτταρα δεξαμενής του HIV-1 που φιλοξενούν ανέπαφους προϊούς εκφράζουν συχνά συνόλου φαινοτυπικές υπογραφές επιφανειακών δεικτών (συμπεριλαμβανομένου του δείκτη PD{44}}) που προσδίδουν αντίσταση στη θανάτωση που προκαλείται από το ανοσοποιητικό σύστημα από CD8+ T κύτταρα και κύτταρα ΝΚ [25]. Σε αυτή τη μελέτη, δύο μοναδικές ανοσολογικές υπογραφές, GSE26495_NAIVE_VS_PD1LOW_CD8_TCELL_DN [26] και GSE24026_PD1_LIGATION_ VS_CTRL_IN_ACT_TCELL_LINE{ {64}}DN [27], εμπλουτισμένο με HIV-1-άτομα που έχουν μολυνθεί από τον ιό HIV που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART παρατηρήθηκε ότι συσχετίζονται με PD-1 (Πίνακας S3).

Σε αυτήν την εργασία, διερεύνησα εάν η ιδιότητα του λειτουργικού γονιδιώματος συμβάλλει επίσης σε αυτήν την ανοσολογική επιλογή μαζί με τις λοιμώξεις από HIV-1 που σχετίζονται με την ART και δοκίμασα εάν τα γονίδια που στοχεύουν οι προϊοί μπορούν να σχηματίσουν διαφορετικές κοινότητες που είναι ευεργετικές για την ανοσολογική διαδικασία στρατολογώντας κύτταρα του ανοσοποιητικού και ενεργοποίηση μονοπατιών σηματοδότησης σε διαφορετικά παθογόνα στάδια λοιμώξεων HIV-1 που σχετίζονται με ART. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι αν και τα εμπλουτισμένα σύνολα γονιδίων ανοσολογικής υπογραφής αντιπροσώπευαν λιγότερο από το 10% των γονιδίων εισόδου (Πίνακες S1–S4), οι πλούσιοι παράγοντες έδειξαν σημαντικό εμπλουτισμό (Εικόνες 1γ και 4γ), καθιστώντας τα αποτελέσματα από την υπερεκπροσώπηση ανάλυση στιβαρή. Μια προηγούμενη μελέτη έδειξε επίσης ότι η υπερεκπροσώπηση των μονοπατιών δεν συσχετίζεται με τον αριθμό των γονιδίων στις οδούς [28]. Πολλά σημαντικά ερωτήματα πρέπει ακόμη να αντιμετωπιστούν σχετικά με (1) εάν τα γονίδια-ξενιστές που σχετίζονται με την έμφυτη ανοσία στοχοποιούνται συχνότερα από προϊούς και (2) εάν η ενσωμάτωση του HIV-1 σε γονίδια που σχετίζονται με την έμφυτη ανοσία οφείλεται σε μεταγραφικά ενεργή κατάσταση , επομένως είναι ευνοϊκό για την ενσωμάτωση του HIV-1. Μεταξύ των γονιδίων εισόδου που αναλύθηκαν σε αυτήν τη μελέτη, πολύ λίγα γονίδια αλληλεπικαλύπτονταν μεταξύ των ασθενών που έλαβαν θεραπεία με ART και των ελίτ ελεγκτών, και μεταξύ των ατόμων που είχαν μολυνθεί με HIV{15}}προ της θεραπείας και των ασθενών που υποβλήθηκαν σε ART (Εικόνα 1α και Πίνακας S27). Το γονιδιακό αρπακτικό είναι το μόνο γονίδιο που υπάρχει στους τέσσερις καταλόγους γονιδίων εισόδου (Πίνακας S27). Το γονιδιακό προϊόν του αρπακτικού σχηματίζει ένα στοιχειομετρικό σύμπλεγμα με τον στόχο των θηλαστικών την κινάση της ραπαμυκίνης (mTOR). Η σηματοδότηση mTOR ρυθμίζει σε μεγάλο βαθμό τον κυτταρικό μεταβολισμό σε ενεργοποιημένα Τ-λεμφοκύτταρα και είναι γνωστό ότι απαιτείται για την αναπαραγωγή και τον λανθάνοντα χρόνο του HIV [29,30], υπογραμμίζοντας τη σημασία του ανοσολογικού ταβολισμού που εμπλέκεται στην παθογένεση του HIV-1 [31] . Το γονίδιο rapgef2 βρέθηκε σε όλη τη διάρκεια της λοίμωξης του HIV-1 σε ασθενείς (Εικόνα 3e και Πίνακας S27). Το γονιδιακό προϊόν του rapgef2 είναι υπεύθυνο για την ενεργοποίηση του RAS [32]. Η πρωτεΐνη Ras χρησιμεύει ως κεντρικό ενδιάμεσο σε πολλά μονοπάτια σηματοδότησης, συμπεριλαμβανομένης της ενεργοποίησης NF-κΒ [33]. Ο NF-κB είναι ένας από τους κρίσιμους μεταγραφικούς παράγοντες που απαιτούνται για την έναρξη της μεταγραφής του HIV [34,35] και ένας θεραπευτικός στόχος που ενεργοποιείται από τα αντιρετροϊκά φάρμακα [36]. Πέντε κοινά γονίδια βρέθηκαν σε άτομα που είχαν μολυνθεί από τον ιό HIV προ της θεραπείας-1-και ασθενείς που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART. Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για τους ρόλους τους στην παθογένεση του HIV{38} (Πίνακας S27). Αξίζει να σημειωθεί ότι η λειτουργία του γονιδιακού προϊόντος της φαντασίας εμπλέκεται στην επιδιόρθωση του DNA. Πρόσφατα, οι Kabi και Filion πρότειναν την αρχική τους υπόθεση ότι η επιδιόρθωση DNA μπορεί να βοηθήσει στην επισήμανση ενσωματωμένων ιών, συμπεριλαμβανομένου του HIV-1, επιτρέποντας στον ξενιστή να ανιχνεύσει το ιικό DNA [37]. Εάν αυτή η υπόθεση δοκιμαστεί για να είναι αληθινή, θα ανοίξει μια νέα λεωφόρο έρευνας για την ολοκληρωμένη ιική ανοσολογική αίσθηση, όπου η χρωματίνη θα έπαιζε ρόλο. Επτά γονίδια είναι πανομοιότυπα μεταξύ των ατόμων που έχουν μολυνθεί με HIV-1-προ της θεραπείας και των ασθενών που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART (Πίνακας S27). Το γονίδιο malat1, το οποίο παράγει ένα μακρύ μη κωδικοποιητικό RNA, έχει αποδειχθεί ότι προάγει τη μεταγραφή και τη μόλυνση του HIV-1 [38]. Το γονιδιακό προϊόν του vav1 και η διαμεσολαβούμενη οδός σηματοδότησης έχει αποδειχθεί ότι αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 Nef [39-41]. Συνολικά 11 γονίδια μοιράστηκαν μεταξύ ασθενών που υποβλήθηκαν σε σύντομη και μεγάλη περίοδο ART (Πίνακας S27). Μεταξύ αυτών, παρατηρήθηκε το γονίδιο brd4. Το BRD4 είναι ένας από τους βασικούς επιγενετικούς αναγνώστες που ρυθμίζουν τη μεταγραφή του HIV{-1 [42-44] και έχει γίνει δημοφιλής στόχος στο σχεδιασμό αντιρετροϊκών φαρμάκων [45]. Σε ένα ερευνητικό άρθρο, βρέθηκε η επίδραση της έκφρασης του γονιδίου ndufa6 στην απόπτωση των Τ-κυττάρων που προκαλείται από τον HIV [46]. Εδώ, έχω συνοψίσει γονίδια εισόδου που σχετίζονται με υπογραφές είτε τύπων ανοσοκυττάρων είτε προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων στον Πίνακα 2.

Πίνακας 2. Ο αριθμός των γονιδίων που στοχεύουν στον προϊό (από τον Πίνακα 1) που σχετίζονται με υπογραφές τύπων ανοσοκυττάρων και προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες.

Περιέργως, περισσότερο από το 90% των γονιδίων εισόδου συσχετίστηκαν με υπογραφές τύπου ανοσοκυττάρου σε άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART, ακολουθούμενα από άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (67,7%), ελίτ ελεγκτές (46,1%) και άτομα που είχαν προσβληθεί από τον ιό HIV-1-προ θεραπείας (28,9%) (Πίνακας 2). Συνεπώς, το 61,9% των γονιδίων εισόδου συσχετίστηκε με τις υπογραφές προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων σε άτομα με λοίμωξη HIV{13}}που υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART, ακολουθούμενα από άτομα με λοίμωξη HIV-1-που υποβλήθηκαν σε σύντομη περίοδο ART (24,8%), ελίτ ελεγκτές (24%) και άτομα που είχαν προσβληθεί από τον ιό HIV πριν από τη θεραπεία-1-(5,7%) (Πίνακας 2). Ενώ επικαλύπτονται με γονίδια ανθρώπινης κυτοκίνης (συνολικά 1793 μοναδικά γονίδια) που είναι διαθέσιμα στο ImmPort (https://www.immport.org (πρόσβαση στις 27 Ιανουαρίου 2023)) [47–49], κανένα από τα γονίδια που στοχεύουν στον προϊό δεν σχετίζεται με προφλεγμονώδη Οι διαλυτοί παράγοντες σε άτομα που είχαν προσβληθεί από τον ιό HIV-1- προ της θεραπείας ανήκαν σε γονίδια κυτοκίνης. Πέντε (ctss, nr2c2, pik3r1, τιμή, rac2), δέκα (bach2, eed, grap2, il27ra, il2rb, itga, jak1, ποντίκια, ppp3cc, tap2) και ένα (grb2) γονίδια στοχευμένα στον προϊό που σχετίζονται με προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες ανήκουν σε γονίδια κυτοκίνης στους ελεγκτές st, lt και elite, αντίστοιχα. Το γονίδιο pik3r1 έχει προταθεί ότι είναι ένας από τους βασικούς παράγοντες ξενιστή που στοχεύουν οι ιικές πρωτεΐνες του HIV{45}} χρησιμοποιώντας έλεγχο RNAi σε όλο το γονιδίωμα [50]. Αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι η πρωτεϊνική κινάση C θήτα, το γονιδιακό προϊόν της τιμής, εμπλέκεται στον έλεγχο της αναπαραγωγής του HIV-1 [51,52] και σχετίζεται με τον HIV-1 Nef που οδηγεί στην ενεργοποίηση του ERK1 /2 [53,54]. Το γονιδιακό προϊόν του rac2 (Rac) και η σχετική του οδός σηματοδότησης έχει αναφερθεί ότι ενεργοποιείται από το πρωτεϊνικό σύμπλεγμα που σχετίζεται με HIV-1 Nef [55] και εμπλέκεται στον αποκλεισμό της απελευθέρωσης υπεροξειδίου που προκαλείται από τον HIV{-1 Nef σε ανθρώπινα μακροφάγα [56]. Το γονίδιο bach2 είναι επί του παρόντος ένα από τα πολύ γνωστά γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο και είναι ευνοϊκά για την ενσωμάτωση του HIV{-1 που εντοπίστηκε σε άτομα με HIV-1-μολυσμένα [1]. Το γονίδιο κωδικοποιεί ένα μέλος του συμπλέγματος πολυκομβών 2 που αλληλεπιδρά με την πρωτεΐνη μήτρας HIV-1. Η αναστολή της EED επιτρέπει την αντιστροφή του λανθάνοντος χρόνου του HIV μειώνοντας το επίπεδο της τριμεθυλίωσης H3K27 [57]. Το γονίδιο il17ra κωδικοποιεί την υπομονάδα άλφα υποδοχέα ιντερλευκίνης 27. Πρόσφατα, η σηματοδότηση της IL-27 (IL-27 και ο υποδοχέας της) έχει προταθεί ότι εμπλέκεται στην παθογένεση της λοίμωξης από HIV{-1 και στην ανοσολογική ανασύσταση σε μολυσμένα άτομα που υποβάλλονται σε ART [58,59 ]. Το γονίδιο il2rb κωδικοποιεί την υπομονάδα βήτα υποδοχέα ιντερλευκίνης 2. Η έκφραση της IL2RB που απαιτείται για την παραγωγή κοκκιολυσίνης που χρησιμοποιείται από λεμφοκύτταρα για τη θανάτωση όγκων και μικροβιακών κυττάρων έχει αποδειχθεί ότι είναι δυσλειτουργική σε άτομα με λοίμωξη από τον HIV-1-[60]. Το γονίδιο jak1 είναι βασικό συστατικό της ανοσολογικής και φλεγμονώδους απόκρισης της ιντερλευκίνης{-6/JAK1/STAT3. Οι αναστολείς JAK1/2, όπως η ρουξολιτινίμπη και η βαρισιτινίμπη, έχουν εγκριθεί από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων των ΗΠΑ (FDA) ως πιθανή θεραπευτική στρατηγική για τη στόχευση της λανθάνουσας δεξαμενής του HIV-1 [61]. Τα γονιδιακά ποντίκια κωδικοποιούν μια βαριά γλυκοζυλιωμένη πρωτεΐνη η οποία είναι ένας συνδέτης για τον υποδοχέα τύπου II της ομάδας φυσικού φονέα 2-μελών. αυτός ο υποδοχέας είναι υπεύθυνος για την ανοσοεπιτήρηση του ξενιστή και την κυτταροτοξικότητα που προκαλείται από κύτταρα ΝΚ κατά τη διάρκεια λοιμώξεων από HIV-1 [62]. Το γονίδιο tap2 είναι ένα από τα κωδικοποιημένα με MHC-II γονίδια που είναι απαραίτητα για τη δημιουργία μιας κυτταρικής ανοσοαπόκρισης. Μια μελέτη έδειξε ότι οι ετερόζυγοι πολυμορφισμοί A/G και ομόζυγοι G/G στο TAP2, αντί του TAP1, συσχετίστηκαν θετικά με αυξημένο κίνδυνο μόλυνσης από HIV-1/AIDS [63]. Ο Rom και οι συνεργάτες του (2011) έχουν δείξει ότι η αλληλεπίδραση μεταξύ του κυτταρικού παράγοντα Grb2 (το γονιδιακό προϊόν του grb2) και της πρωτεΐνης HIV{110}} Tat στη συνέχεια επηρεάζει την ενεργοποίηση της οδού Raf/MAPK [64]. Αν και η συζήτηση μεταξύ των ατόμων που έχουν μολυνθεί με ART και των ελίτ ελεγκτών είναι μέτρια στην τρέχουσα μελέτη, αρκετά ευρήματα (Εικόνες 1β, 2α και 3β–ε) υποδηλώνουν τις διαφορετικές τάσεις εμπλουτισμένων ανοσολογικών υπογραφών μεταξύ αυτών των δύο ομάδων των ατόμων που ζουν με HIV-1. Δεδομένου ότι ο συγκεκριμένος φαινότυπος του ελίτ ελέγχου είναι πιθανότατα ωφέλιμος για τους παράγοντες υποδοχής [65], περαιτέρω διερεύνηση της λειτουργικής αλληλεπίδρασης μεταξύ των ελίτ ελεγκτών και της ιδιότητας του γονιδιώματος θα μπορούσε να αναμένεται να ρίξει λίγο φως στη μοριακή βάση του ελίτ ελέγχου.

cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος

Προς το παρόν, τα μεταγραφικά σύνολα δεδομένων που αντιστοιχούν στις λίστες γονιδίων εισόδου που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη δεν είναι ακόμη διαθέσιμα. Προς το παρόν, δεν είναι σαφές εάν η μεταγραφική κατάσταση ενός γονιδίου μπορεί επίσης να εμπλέκεται στην αλληλεπίδραση μεταξύ των θέσεων ολοκλήρωσης του HIV-1 και της ιδιότητας του λειτουργικού γονιδιώματος του ξενιστή. Περαιτέρω ορθογώνιες προσεγγίσεις και πρόσθετα μεταγραφικά σύνολα δεδομένων σε αντίστοιχα κύτταρα ασθενών θα είναι απαραίτητα για να διευκρινιστεί εάν η συχνότητα της θέσης ολοκλήρωσης εξαρτάται επίσης από τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης. Ένα άλλο κρίσιμο ζήτημα είναι ότι δεν είναι σαφές εάν οι τοποθεσίες ολοκλήρωσης προϊών που ανακτώνται με διαφορετικές μεθόδους (FLIP-seq [66] και MIP-seq [67] που χρησιμοποιείται από τους Jiang et al. (2020) [6]· PRIP-seq που χρησιμοποιείται από Οι Einkauf et al. (2022) [5]) ενδέχεται να προκαλέσουν οποιαδήποτε μεροληψία κατά τη σύγκριση των αποτελεσμάτων μεταξύ ατόμων που έχουν προσβληθεί από HIV{10}}και ελίτ ελεγκτών. Στο μέλλον, θα απαιτούνται πειράματα για την ανάκτηση (ακέραιων) τοποθεσιών ενσωμάτωσης προϊών και από τους δύο τύπους ασθενών παράλληλα για τη συστηματική σύγκριση των διαφορών τους. Ωστόσο, οι παρατηρήσεις σε αυτήν τη μελέτη επιτρέπουν την πρόταση μιας νέας οδού έρευνας για την ενσωμάτωση του HIV-1 και την ιδιότητα του λειτουργικού γονιδιώματος του ξενιστή παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV-1 που σχετίζονται με την ART.

5. Συμπεράσματα

Τα πειραματικά ευρήματα από τους Einkauf et al. (2022) [5] και Jiang et al. (2020) [6] υποδηλώνουν έντονα την παρουσία πίεσης επιλογής του ανοσοποιητικού κατά τη διάρκεια της ART σε άτομα με λοίμωξη από HIV-1-και μια μακρά περίοδο ελέγχου της ελίτ, αντίστοιχα. Σε αυτή τη μελέτη, πραγματοποίησα την ανάλυση υπερεκπροσώπησης σε γονίδια που στοχεύουν σε προϊούς από αυτές τις δύο μελέτες και απέδειξα ότι οι μοναδικές ανοσολογικές υπογραφές εμπλουτίστηκαν σε άτομα με λοίμωξη από HIV-HIV-1-, άτομα μολυσμένα με HIV-1-που υποβλήθηκαν πριν από τη θεραπεία σε μια σύντομη περίοδο ART, σε όσους υποβλήθηκαν σε μακρά περίοδο ART και σε ελίτ ελεγκτές (Εικόνα 1β). Επιπλέον, παρατήρησα ότι θα απαιτούνταν μοναδικές ανοσολογικές υπογραφές που σχετίζονται με διαφορετικούς συνδυασμούς τύπων ανοσοκυττάρων (Εικόνα 1ε, στ) και προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες (Εικόνα 2α) για την εκπλήρωση της ανοσολογικής απόκρισης του ξενιστή μαζί με λοιμώξεις από HIV-1 που σχετίζονται με ART και μια διαδοχική περίοδο ελέγχου της ελίτ. Οι οδοί KEGG που εμπλουτίστηκαν από τα γονίδια που στοχεύουν τον προϊό που σχετίζονται με την υπογραφή προφλεγμονωδών διαλυτών παραγόντων συσχετίστηκαν συχνά με «ειδικούς τύπους καρκίνου», «ανοσοποιητικό σύστημα», «ιογενή λοιμώδη νόσο» και «μετάδοση σήματος» (Εικόνα 3). Το πιο σημαντικό, αυτή η μελέτη έδειξε ότι οι ανοσολογικές υπογραφές προέκυψαν κυρίως από γονίδια στοχευμένα στον προϊό που αλληλεπιδρούν με τον HIV-1 (Εικόνα 4). Όλα αυτά τα ευρήματα μας οδήγησαν να υποθέσουμε ότι τα γονίδια-ξενιστές που φιλοξενούν την ενσωμάτωση του HIV-1 μπορεί να σχηματίσουν διαφορετικές γονιδιωματικές κοινότητες, οι οποίες μπορεί να ορίσουν συγκεκριμένους τύπους ανοσοκυττάρων και προφλεγμονώδεις διαλυτούς παράγοντες για την υποστήριξη της ανοσίας του ξενιστή παράλληλα με τις λοιμώξεις HIV{{21} που σχετίζονται με την ART .

βιβλιογραφικές αναφορές

1. Ikeda, Τ.; Shibata, J.; Yoshimura, Κ.; Koito, Α.; Matsushita, S. Ενσωμάτωση υποτροπιάζοντος HIV-1 στο BACH2Locus σε πληθυσμούς κυττάρων CD4 T σε ηρεμία κατά τη διάρκεια της αποτελεσματικής αντιρετροϊκής θεραπείας υψηλής ενεργότητας. J. Infect. Dis. 2007, 195, 716–725. [CrossRef]

2. Maldarelli, F.; Wu, Χ.; Su, L.; Simonetti, FR; Shao, W.; Hill, S.; Spindler, J.; Ferris, AL; Mellors, JW; Kearney, MF; et al. λανθάνουσα κατάσταση HIV. Συγκεκριμένες θέσεις ενσωμάτωσης HIV συνδέονται με την κλωνική επέκταση και την επιμονή των μολυσμένων κυττάρων. Science 2014, 345, 179–183. [CrossRef]

3. Wagner, TA; McLaughlin, S.; Garg, Κ.; Cheung, CYK; Larsen, BB; Styrchak, S.; Huang, HC; Edlefsen, PT; Mullins, JI; Frenkel, LM λανθάνουσα κατάσταση HIV. Ο πολλαπλασιασμός των κυττάρων με τον HIV ενσωματωμένο σε καρκινικά γονίδια συμβάλλει στην επίμονη μόλυνση. Science 2014, 345, 570–573. [CrossRef]

4. Zhyvoloup, Α.; Melamed, Α.; Anderson, Ι.; Planas, D.; Lee, C.-H.; Kriston-Vizi, J.; Ketteler, R.; Merritt, Α.; Routy, J.-P.; Ancuta, Ρ.; et al. Η διγοξίνη αποκαλύπτει μια λειτουργική σύνδεση μεταξύ της προτίμησης ενσωμάτωσης του HIV-1 και της ενεργοποίησης των Τ-κυττάρων. PLoS Pathog. 2017, 13, e1006460. [CrossRef]

5. Einkauf, KB; Osborn, MR; Gao, C.; Sun, W.; Sun, X.; Lian, Χ.; Parsons, ΕΜ; Gladkov, GT; Seiger, KW; Blackmer, JE; et al. Παράλληλη ανάλυση της μεταγραφής, της ολοκλήρωσης και της αλληλουχίας μεμονωμένων προϊών HIV-1. Cell 2022, 185, 266–282.e15. [CrossRef]

6. Jiang, C.; Lian, Χ.; Gao, C.; Sun, X.; Einkauf, KB; Chevalier, JM; Chen, SMY; Hua, S.; Rhee, Β.; Chang, Κ.; et al. Διακεκριμένες ιικές δεξαμενές σε άτομα με αυθόρμητο έλεγχο του HIV-1. Nature 2020, 585, 261–267. [CrossRef]

7. Pastor-Satorras, R.; Vázquez, Α.; Vespignani, A. Δυναμικές και συσχετιστικές ιδιότητες του διαδικτύου. Phys. Αναθ. Lett. 2001, 87, 258701. [CrossRef]

8. Girvan, Μ.; Newman, MEJ Κοινοτική δομή σε κοινωνικά και βιολογικά δίκτυα. Proc. Natl. Ακαδ. Sci. ΗΠΑ 2002, 99, 7821–7826. [CrossRef]

9. Krause, J.; Croft, DP; James, R. Θεωρία κοινωνικών δικτύων στις επιστήμες της συμπεριφοράς: Πιθανές εφαρμογές. Συμπεριφορά. Ecol. Sociobiol. 2007, 62, 15–27. [CrossRef]

10. Frankish, Α.; Diekhans, Μ.; Ferreira, Α.-Μ.; Johnson, R.; Jungreis, Ι.; Loveland, J.; Mudge, JM; Sisu, C.; Wright, J.; Armstrong, J.; et al. Σχολιασμός αναφοράς GENCODE για το γονιδίωμα του ανθρώπου και του ποντικού. Nucleic Acids Res. 2019, 47, D766–D773. [CrossRef]

11. Quinlan, AR; Hall, IM BEDTools: Μια ευέλικτη σουίτα βοηθητικών προγραμμάτων για σύγκριση γονιδιωματικών χαρακτηριστικών. Bioinformatics 2010, 26, 841–842. [CrossRef] 12. Yu, G.; Wang, L.-G.; Han, Υ.; Αυτός, Q.-Y. clusterProfiler: Ένα πακέτο R για σύγκριση βιολογικών θεμάτων μεταξύ γονιδιακών συστάδων. OMICS 2012, 16, 284–287. [CrossRef]

13. Wu, Τ.; Hu, Ε.; Xu, S.; Chen, Μ.; Guo, Ρ.; Dai, Ζ.; Feng, Τ.; Zhou, L.; Tang, W.; Zhan, L.; et al. clusterProfiler 4.0: Ένα καθολικό εργαλείο εμπλουτισμού για την ερμηνεία δεδομένων omics. Innovation 2021, 2, 100141. [CrossRef]

14. Boyle, ΕΙ; Weng, S.; Gollub, J.; Jin, Η.; Botstein, D.; Cherry, JM; Sherlock, G. GO::TermFinder–λογισμικό ανοιχτού κώδικα για πρόσβαση σε πληροφορίες Γονιδιακής Οντολογίας και εύρεση σημαντικά εμπλουτισμένων όρων Γονιδιακής Οντολογίας που σχετίζονται με μια λίστα γονιδίων. Bioinformatics 2004, 20, 3710–3715. [CrossRef]

15. Subramanian, Α.; Tamayo, Ρ.; Mootha, VK; Mukherjee, S.; Ebert, BL; Gillette, MA; Paulovich, Α.; Pomeroy, SL; Golub, TR; Lander, ES; et al. Ανάλυση εμπλουτισμού συνόλου γονιδίων: Μια προσέγγιση βασισμένη στη γνώση για την ερμηνεία των προφίλ έκφρασης σε όλο το γονιδίωμα. Proc. Natl. Ακαδ. Sci. ΗΠΑ 2005, 102, 15545–15550. [CrossRef]

16. Liberzon, Α.; Subramanian, Α.; Pinchback, R.; Thorvaldsdottir, Η.; Tamayo, Ρ.; Mesirov, JP Molecular signatures database (MSigDB) 3.0. Bioinformatics 2011, 27, 1739–1740. [CrossRef]

17. Liberzon, Α.; Birger, C.; Thorvaldsdóttir, Η.; Ghandi, Μ.; Mesirov, JP; Tamayo, P. The Molecular Signatures Database (MSigDB) συλλογή συνόλου χαρακτηριστικών γονιδίων. Cell Syst. 2015, 1, 417–425. [CrossRef]

18. Gu, Ζ.; Eils, R.; Schlesner, M. Οι σύνθετοι χάρτες θερμότητας αποκαλύπτουν μοτίβα και συσχετισμούς σε πολυδιάστατα γονιδιωματικά δεδομένα. Βιοπληροφορική 2016, 32, 2847–2849. [CrossRef]

19. Ptak, RG; Fu, W.; Sanders-Beer, BE; Dickerson, JE; Pinney, JW; Robertson, DL; Rozanov, MN; Katz, KS; Maglott, DR; Pruitt, KD; et al. Σύντομη ανακοίνωση: Καταλογογράφηση του Δικτύου Αλληλεπίδρασης Ανθρώπινων Πρωτεϊνών Τύπου 1 HIV. AIDS Res. Βουητό. Ρετροβίρη. 2008, 24, 1497–1502. [CrossRef]

20. Fu, W.; Sanders-Beer, BE; Katz, KS; Maglott, DR; Pruitt, KD; Ptak, RG Ιός ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας τύπου 1, βάση δεδομένων αλληλεπίδρασης ανθρώπινης πρωτεΐνης στο NCBI. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D417–D422. [CrossRef]

21. Pinney, JW; Dickerson, JE; Fu, W.; Sanders-Beer, BE; Ptak, RG; Robertson, DL Αλληλεπιδράσεις HIV-ξενιστή: Ένας χάρτης ιογενούς διαταραχής του συστήματος ξενιστή. AIDS 2009, 23, 549-554. [CrossRef]

22. Clerici, Μ.; Ο διακόπτης Shearer, GM A TH1→TH2 είναι ένα κρίσιμο βήμα στην αιτιολογία της λοίμωξης HIV. Immunol. Σήμερα 1993, 14, 107–111. [CrossRef]

23. Hiener, Β.; Horsburgh, BA; Eden, J.-S.; Barton, Κ.; Schlub, TE; Lee, Ε.; Stockenstrom, S.; Odevall, L.; Milush, JM; Liegler, Τ.; et al. Προσδιορισμός γενετικά άθικτων προϊών HIV-1 σε συγκεκριμένα CD4 Τ κύτταρα από συμμετέχοντες που έχουν υποβληθεί σε αποτελεσματική θεραπεία. Cell Rep. 2017, 21, 813–822. [CrossRef]

24. Ho, Y.-C.; Shan, L.; Hosmane, ΝΝ; Wang, J.; Laskey, SB; Rosenbloom, DIS; Lai, J.; Blankson, JN; Siliciano, JD; Siliciano, Μη επαγόμενοι προϊοί με ικανότητα αναπαραγωγής RF στη λανθάνουσα δεξαμενή αυξάνουν το εμπόδιο για τη θεραπεία του HIV-1. Cell 2013, 155, 540-551. [CrossRef]

25. Sun, W.; Gao, C.; Hartana, CA; Osborn, MR; Einkauf, KB; Lian, Χ.; Bone, Β.; Bonheur, Ν.; Chun, T.-W.; Rosenberg, ES; et al. Φαινοτυπικές υπογραφές ανοσολογικής επιλογής σε κύτταρα δεξαμενής HIV-1. Nature 2023. online πριν από την εκτύπωση. [CrossRef]

26. Duraiswamy, J.; Ibegbu, CC; Masopust, D.; Miller, JD; Αράκι, Κ.; Doho, GH; Tata, Ρ.; Gupta, S.; Zilliox, MJ; Nakaya, HI; et al. Προφίλ φαινοτύπου, λειτουργίας και γονιδιακής έκφρασης προγραμματισμένου θανάτου-1(hi) CD8 Τ κυττάρων σε υγιείς ενήλικες. J. Immunol. 2011, 186, 4200–4212. [CrossRef]

27. Quigley, Μ.; Pereyra, F.; Nilsson, Β.; Πορίχης, Φ.; Fonseca, C.; Eichbaum, Q.; Julg, Β.; Jesneck, JL; Brosnahan, Κ.; Imam, S.; et al. Η μεταγραφική ανάλυση των ειδικών για τον HIV CD8+ Τ κυττάρων δείχνει ότι το PD-1 αναστέλλει τη λειτουργία των Τ κυττάρων ρυθμίζοντας προς τα πάνω το BATF. Nat. Med. 2010, 16, 1147–1151. [CrossRef]

28. Chen, K.-C.; Wang, Τ.-Υ.; Chan, C.-H. Οι συσχετίσεις μεταξύ των μονοπατιών του HIV και του ανθρώπου αποκαλύφθηκαν από αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-πρωτεΐνης και συσχετισμένα προφίλ γονιδιακής έκφρασης. PLoS ONE 2012, 7, e34240. [CrossRef]

29. Besnard, Ε.; Hakre, S.; Kampmann, Μ.; Lim, HW; Hosmane, ΝΝ; Martin, Α.; Bassik, MC; Verschueren, Ε.; Battivelli, Ε.; Chan, J.; et al. Το σύμπλεγμα mTOR Ελέγχει τον λανθάνοντα χρόνο HIV. Cell Host Microbe 2016, 20, 785–797. [CrossRef]

30. Crater, JM; Nixon, DF; O'Brien, RLF HIV-1 αντιγραφή και λανθάνουσα κατάσταση εξισορροπούνται από τον κυτταρικό μεταβολισμό που καθοδηγείται από το mTOR. Εμπρός. Cell Infect. Microbiol. 2022, 12, 1068436. [CrossRef]

31. Valle-Casuso, JC; Angin, Μ.; Volant, S.; Passaes, C.; Monceaux, V.; Mikhailova, Α.; Bourdic, Κ.; Avettand-Fenoel, V.; Boufassa, F.; Sitbon, Μ.; et al. Ο κυτταρικός μεταβολισμός είναι ένας σημαντικός καθοριστικός παράγοντας της σποράς του HIV-1 σε δεξαμενή στα CD4 T κύτταρα και προσφέρει μια ευκαιρία για την αντιμετώπιση της μόλυνσης. Cell Metab. 2019, 29, 611–626.ε5. [CrossRef]

32. Rebhun, JF; Κάστρο, AF; Quilliam, LA Ταυτοποίηση παραγόντων ανταλλαγής νουκλεοτιδίων γουανίνης (GEF) για την Rap1 GTPase. Ρύθμιση του MR-GEF με αλληλεπίδραση M-Ras-GTP. J. Biol. Chem. 2000, 275, 34901–34908. [CrossRef]

33. Folgueira, L.; Algeciras, Α.; MacMorran, WS; Bren, GD; Paya, CV Η οδός Ras-Raf ενεργοποιείται σε μονοκύτταρα μολυσμένα από τον ιό της ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας και συμμετέχει στην ενεργοποίηση του NF-kappa B. J. Virol. 1996, 70, 2332–2338. [CrossRef]

34. Gerritsen, ME; Williams, AJ; Neish, AS; Moore, S.; Shi, Υ.; Collins, T. CREB-δεσμευτική πρωτεΐνη/ρ300 είναι μεταγραφικοί συνενεργοποιητές της ρ65. Proc. Natl. Ακαδ. Sci. ΗΠΑ 1997, 94, 2927–2932. [CrossRef]

35. Huang, Β.; Yang, X.-D.; Zhou, Μ.-Μ.; Ozato, Κ.; Chen, L.-F. Το Brd4 Συνενεργοποιεί τη μεταγραφική ενεργοποίηση του NF-κB μέσω ειδικής σύνδεσης με ακετυλιωμένο RelA. ΜοΙ. Κύτταρο. Biol. 2009, 29, 1375–1387. [CrossRef]

36. Brogdon, J.; Ziani, W.; Wang, X.; Veazey, RS; Xu, H. In vitro επιδράσεις των αγωνιστών μικρομοριακής πρωτεΐνης κινάσης C στην επανενεργοποίηση λανθάνουσας κατάστασης HIV. Sci. Απ. 2016, 6, 39032. [CrossRef]

37. Kabi, Μ.; Filion, GJ Chromatin και ιική ενσωμάτωση στην ανοσία: Η πρόκληση της αποσιώπησης των μη εαυτών γονιδίων. Trends Immunol. 2022, 43, 449–458. [CrossRef]

38. Qu, D.; Sun, W.-W.; Li, L.; Ma, L.; Sun, L.; Jin, Χ.; Li, Τ.; Hou, W.; Wang, J.-H. Το μακροχρόνιο μη κωδικοποιητικό RNA MALAT1 απελευθερώνει την επιγενετική σίγαση της αντιγραφής του HIV-1 εκτοπίζοντας το κατασταλτικό σύμπλοκο πολυκομβικής 2 από τη δέσμευση στον προαγωγέα LTR. Nucleic Acids Res. 2019, 47, 3013–3027. [CrossRef]

39. Quaranta, MG; Mattioli, Β.; Spadaro, F.; Straface, Ε.; Giordani, L.; Ramoni, C.; Malorni, W.; Viora, M. HIV-1 Το Nef ενεργοποιεί το μονοπάτι σηματοδότησης με τη μεσολάβηση Vav που οδηγεί σε λειτουργική και μορφολογική διαφοροποίηση των δενδριτικών κυττάρων. FASEB J. 2003, 17, 2025–2036. [CrossRef]

40. Rauch, S.; Pulkkinen, Κ.; Saksela, Κ.; Fackler, OT Ο ιός ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας τύπου 1 Nef στρατολογεί τον παράγοντα ανταλλαγής γουανίνης Vav1 μέσω μιας απροσδόκητης διεπαφής σε μικροτομείς της πλασματικής μεμβράνης για συσχέτιση με τη δραστηριότητα της p{3}}ενεργοποιημένης κινάσης 2. J. Virol. 2008, 82, 2918–2929. [CrossRef]

41. Sarmady, Μ.; Dampier, W.; Tozeren, Α. Πρόβλεψη με βάση την αλληλουχία και την αλληλεπίδραση των ιικών πρωτεϊνών που στοχεύουν πρωτεΐνες ξενιστή: Μια μελέτη περίπτωσης για τον HIV Nef. PLoS ONE 2011, 6, e20735. [CrossRef]

42. Jang, MK; Mochizuki, Κ.; Zhou, Μ.; Jeong, H.-S.; Brady, JN; Ozato, K. Η πρωτεΐνη βρωμοτομέα Brd4 είναι ένα θετικό ρυθμιστικό συστατικό του P-TEFb και διεγείρει την εξαρτώμενη από την RNA πολυμεράση II μεταγραφή. ΜοΙ. Cell 2005, 19, 523-534. [CrossRef]

43. Yang, Ζ.; Yik, JHN; Chen, R.; He, Ν.; Jang, MK; Ozato, Κ.; Zhou, Q. Recruitment of P-TEFb για διέγερση μεταγραφικής επιμήκυνσης από τη βρωμοτομική πρωτεΐνη Brd4. ΜοΙ. Cell 2005, 19, 535-545. [CrossRef]

44. Bisgrove, DA; Mahmoudi, Τ.; Henklein, Ρ.; Verdin, Ε. Η διατηρημένη περιοχή αλληλεπίδρασης με P-TEFb του BRD4 αναστέλλει τη μεταγραφή του HIV. Proc. Natl. Ακαδ. Sci. ΗΠΑ 2007, 104, 13690–13695. [CrossRef]

45. Li, Ζ.; Guo, J.; Wu, Υ.; Zhou, Q. Ο αναστολέας βρωμοτομέας BET JQ1 ενεργοποιεί τον λανθάνοντα χρόνο του HIV μέσω ανταγωνιστικής αναστολής Brd4 της μετενεργοποίησης Tat. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 277–287. [CrossRef]

46. ​​Ladha, JS; Tripathy, MK; Mitra, D. Η δραστηριότητα του μιτοχονδριακού συμπλέγματος Ι είναι εξασθενημένη κατά τη διάρκεια της απόπτωσης Τ-κυττάρων που προκαλείται από τον HIV-1-. Διαφέρει ο κυτταρικός θάνατος. 2005, 12, 1417–1428. [CrossRef]

47. Chaussabel, D.; Baldwin, N. Democratizing system immunology with modular transcriptional repertoire analyses. Nat. Rev. Immunol. 2014, 14, 271–280. [CrossRef]

48. Li, S.; Rouphael, Ν.; Duraisingham, S.; Romero-Steiner, S.; Presnell, S.; Davis, C.; Schmidt, DS; Johnson, SE; Milton, Α.; Rajam, G.; et al. Μοριακές υπογραφές αποκρίσεων αντισωμάτων που προέρχονται από μελέτη βιολογίας συστημάτων πέντε ανθρώπινων εμβολίων. Nat. Immunol. 2014, 15, 195–204. [CrossRef]

49. Bhattacharya, S.; Dunn, Ρ.; Thomas, CG; Smith, Β.; Schaefer, Η.; Chen, J.; Hu, Ζ.; Zalocusky, KA; Shankar, RD; Shen-Orr, SS; et al. ImmPort, προς την επαναχρησιμοποίηση δεδομένων ανοσολογικών δοκιμασιών ανοιχτής πρόσβασης για μεταφραστική και κλινική έρευνα. Sci. Δεδομένα 2018, 5, 180015. [CrossRef]

50. Xie, D.; Han, L.; Luo, Υ.; Liu, Υ.; Αυτός είναι.; Bai, Η.; Wang, S.; Bo, X. Εξερευνώντας τις συσχετίσεις των γονιδίων ξενιστή για ιογενή μόλυνση που αποκαλύφθηκε από αλληλεπιδράσεις RNAi σε όλο το γονιδίωμα και πρωτεΐνης ιού-ξενιστή. ΜοΙ. Biosyst. 2015, 11, 2511–2519. [CrossRef]

51. Bermejo, Μ.; López-Huertas, MR; Hedgpeth, J.; Ματέος, Ε.; Rodríguez-Mora, S.; Maleno, MJ; Plana, Μ.; Swindle, J.; Alcamí, J.; Coiras, M. Ανάλυση αναστολέων πρωτεϊνικής κινάσης C θήτα για τον έλεγχο της αντιγραφής του HIV-1 σε ανθρώπινα CD4+ Τ κύτταρα αποκαλύπτει μια επίδραση στην οπισθοδρομική μεταγραφή εκτός από την ιική μεταγραφή. Biochem. Pharmacol. 2015, 94, 241–256. [CrossRef]

52. López-Huertas, MR; Li, J.; Zafar, Α.; Rodríguez-Mora, S.; García-Domínguez, C.; Ματέος, Ε.; Alcamí, J.; Rao, S.; Οι Coiras, M. PKCθ και HIV-1 Transcriptional Regulator Tat συνυπάρχουν στον LTR Promoter σε CD4(+) T κύτταρα. Εμπρός. Immunol. 2016, 7, 69. [CrossRef]

53. Smith, BL; Krushelnycky, BW; Mochly-Rosen, D.; Berg, Ρ. The HIV Nef Protein Associates with Protein Kinase C Theta. J. Biol. Chem. 1996, 271, 16753–16757. [CrossRef]

54. Witte, V.; Lafferty, Β.; Gintschel, Ρ.; Krautkrämer, Ε.; Blume, Κ.; Fackler, OT; Baur, AS Η επαγωγή της μεταγραφής του HIV από το Nef περιλαμβάνει ενεργοποίηση Lck και στρατολόγηση πρωτεϊνικής κινάσης Cθ που οδηγεί σε ενεργοποίηση του ERK1/2 αλλά όχι του NFκB. J. Immunol. 2009, 181, 3327. [CrossRef]

55. Janardhan, Α.; Swigut, Τ.; Hill, Β.; Myers, βουλευτής; Skowronski, J. HIV-1 Ο Nef δεσμεύει το σύμπλεγμα DOCK2-ELMO1 για να ενεργοποιήσει το rac και να αναστείλει τη χημειοταξία των λεμφοκυττάρων. PLoS Biol. 2004, 2, Ε6. [CrossRef]

56. Olivetta, Ε.; Pietraforte, D.; Schiavoni, Ι.; Minetti, Μ.; Federico, Μ.; Sanchez, M. HIV-1 Το Nef ρυθμίζει την απελευθέρωση ανιόντων υπεροξειδίου από ανθρώπινα μακροφάγα. Biochem. J. 2005, 390, 591–602. [CrossRef]

57. Turner, A.-MW; Dronamraju, R.; Potjewyd, F.; James, KS; Winecoff, DK; Kirchherr, JL; Archin, NM; Browne, ΕΡ; Strahl, BD; Margolis, DM; et al. Αξιολόγηση αναστολέων EED ως Κατηγορία ΛΔΚ2-Στοχευμένων μικρών μορίων για αναστροφή λανθάνουσας κατάστασης HIV. ACS Infect. Dis. 2020, 6, 1719–1733. [CrossRef]

58. Ruiz-Riol, Μ.; Berdnik, D.; Llano, Α.; Mothe, Β.; Gálvez, C.; Pérez-Álvarez, S.; Oriol-Tordera, Β.; Olvera, Α.; Silva-Arrieta, S.; Meulbroek, Μ.; et al. Αναγνώριση της υπομονάδας υποδοχέα ιντερλευκίνης-27 (IL-27)/IL{-27 Άλφα ως κρίσιμου ανοσολογικού άξονα για τον έλεγχο του HIV. J. Virol. 2017, 91, ε00441-17. [CrossRef]

59. Zheng, Υ.-Η.; Xiao, S.-L.; Αυτός, Β.; He, Y.; Zhou, Η.-Υ.; Chen, Ζ.; Zheng, L.-W.; Αυτός, Μ.; Wang, Η.-Υ.; Lin, Υ.-Η.; et al. Ο ρόλος της IL-27 και του υποδοχέα της στην παθογένεση του HIV/AIDS και της ανοσολογικής απόκρισης κατά των ιών. Curr. HIV Res. 2017, 15, 279–284. [CrossRef]

60. Zheng, CF; Jones, GJ; Σφήνα.; Wiseman, JCD; Marr, KJ; Berenger, BM; Huston, SM; John Gill, Μ.; Krensky, AM; Kubes, Ρ.; et al. Η όψιμη έκφραση της γκρανουλυσίνης από μικροβιοκτόνα CD4+ Τ κύτταρα απαιτεί PI3K και STAT5-εξαρτώμενη έκφραση της IL-2Rbeta η οποία είναι ελαττωματική σε ασθενείς με HIV λοίμωξη. J. Immunol. 2008, 180, 7221–7229. [CrossRef]

61. De Armas, LR; Gavegnano, C.; Pallikkuth, S.; Rinaldi, S.; Pan, L.; Battivelli, Ε.; Verdin, Ε.; Younis, RT; Pahwa, R.; Williams, SL; et al. The Effect of JAK1/2 Inhibitors on HIV Reservoir Using Primary Lymphoid Cell Model of HIV Latency. Εμπρός. Immunol. 2021, 12, 720697. [CrossRef]

62. Matusali, G.; Tchidjou, HK; Pontrelli, G.; Bernardi, S.; D'Ettorre, G.; Vullo, V.; Buonomini, AR; Andreoni, Μ.; Santoni, Α.; Cerboni, C.; et al. Οι διαλυτοί συνδέτες για τον υποδοχέα NKG2D απελευθερώνονται κατά τη διάρκεια της μόλυνσης με HIV-1 και βλάπτουν την έκφραση NKG2D και την κυτταροτοξικότητα των ΝΚ κυττάρων. FASEB J. 2013, 27, 2440–2450. [CrossRef]

63. Abitew, AM; Sobti, RC; Sharma, VL; Wanchu, A. Ανάλυση μεταφορέων που σχετίζονται με πολυμορφισμούς γονιδίων παρουσίασης αντιγόνου (TAP) με μόλυνση από HIV-1. ΜοΙ. Cell Biochem. 2020, 464, 65–71. [CrossRef]

64. Rom, S.; Pacifici, Μ.; Passiatore, G.; Aprea, S.; Waligorska, Α.; Del Valle, L.; Peruzzi, F. HIV-1 Το Tat δεσμεύεται σε τομείς SH3: Κυτταρική και ιική έκβαση της αλληλεπίδρασης Tat/Grb2. Biochim. Biophys. Acta. 2011, 1813, 1836–1844. [CrossRef]

65. Fellay, J.; Shianna, KV; Ge, D.; Colombo, S.; Ledergerber, Β.; Weale, Μ.; Zhang, Κ.; Gumbs, C.; Castagna, Α.; Cossarizza, Α.; et al. Μια μελέτη συσχέτισης ολόκληρου του γονιδιώματος των κύριων καθοριστικών παραγόντων για τον έλεγχο του HIV του ξενιστή-1. Science 2007, 317, 944–947. [CrossRef]

66. Lee, GQ; Orlova-Fink, Ν.; Einkauf, Κ.; Chowdhury, FZ; Sun, X.; Harrington, S.; Kuo, Η.-Η.; Hua, S.; Chen, H.-R.; Ouyang, Ζ.; et al. Κλωνική επέκταση του ακέραιου γονιδιώματος HIV-1 σε λειτουργικά πολωμένα Th1 CD4+ Τ κύτταρα. J. Clin. Επενδύω. 2017, 127, 2689–2696. [CrossRef]

67. Einkauf, KB; Lee, GQ; Gao, C.; Sharaf, R.; Sun, X.; Hua, S.; Chen, SMY; Jiang, C.; Lian, Χ.; Chowdhury, FZ; et al. Οι άθικτοι προϊοί HIV-1 συσσωρεύονται σε διακριτές χρωμοσωμικές θέσεις κατά τη διάρκεια παρατεταμένης αντιρετροϊκής θεραπείας. J. Clin. Επενδύω. 2019, 129, 988–998. [CrossRef]