Νέο έτος, νέα παραλλαγή SARS-CoV-2: Ψηφίσματα σχετικά με τα πρωτόκολλα γονιδιωματικής επιτήρησης για την αντιμετώπιση της Όμικρον

Επαφή:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Η εμφάνιση των παραλλαγών του SARS-CoV-2 με ενισχυμένη μεταδοτικότητα και μερικήάνοσοςδιαφυγή (επίσης γνωστή ως Παραλλαγές ανησυχίας, VOC) χαρακτήρισε το δεύτερο έτος της πανδημίας COVID-19. Η γονιδιωματική επιτήρηση επιτρέπει τον εντοπισμό κρυφών, ταχέως εξαπλούμενων γενεαλογιών και ΠΟΕ προτού γίνουν απειλή για τη δημόσια υγεία. Το Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας της Χιλής (Instituto de Salud Publica, ISP) ηγήθηκε πρωτοβουλιών γονιδιωματικής επιτήρησης του SARS-CoV-2 στη Χιλή. Χρησιμοποιώντας δεδομένα αλληλούχισης, ο ISP σηματοδότησε την εισαγωγή των ΠΟΕ και χαρακτήρισε τη μεταδοτικότητα και τις μεταλλαγμένες υπογραφές τους, συμβάλλοντας στην καλύτερη κατανόηση των τοπικών χαρακτηριστικών της πανδημίας.1

cistanche propiedades: μερικήάνοσοςδιαφεύγω

Από τις 17 Δεκεμβρίου 2021, το νεοεμφανιζόμενο Omicron VOC είχε εξαπλωθεί γρήγορα σε 89 χώρες, συμπεριλαμβανομένης της Χιλής.2 Μέχρι τις 21 Δεκεμβρίου, ο ISP είχε αναγνωρίσει 119 δείγματα ως Όμικρον. Από αυτές, οι 118 αντιστοιχούν σε αφίξεις στον αερολιμένα SCL και μία στην κοινοτική μετάδοση (Σχήμα 1α, β). Αν και τα επιδημιολογικά χαρακτηριστικά της Όμικρον παραμένουν υπό μελέτη, οι τρέχουσες αναφορές υποδηλώνουν δύο ανησυχητικά γεγονότα: Πρώτον, η Όμικρον έχει μια εκτεταμένη διαφυγή τόσο από τη φυσική όσο και από την εξουδετερωμένη από τα εμβόλια εξουδετέρωση, αυξάνοντας έτσι τις πιθανότητες επαναμόλυνσης και λοιμώξεων breakthrough.

cistanche salsa οφέλη

ΕιδικάΤο ανοσοποιητικό της Όμικρονη διαφυγή θα μείωνε την αποτελεσματικότητα του εμβολίου κατά της συμπτωματικής νόσου στο 35% και 73% για 2x πρόσφατα εμβολιασμένα και ενισχυμένα άτομα, αντίστοιχα, λαμβάνοντας υπόψη τα εμβόλια mRNA (BNT162b2 της Pfifizer-BioNTech).3 Επιπλέον, αυτή η προστασία από τη μόλυνση φαίνεται να μειώνεται μέσα σε λίγους μήνες και το ποσοστό διαφυγής είναι πολύ υψηλότερο για έναν ετερόλογο αναμνηστικό BNT162b2 σε άτομα που έχουν εμβολιαστεί πλήρως με το αδρανοποιημένο εμβόλιο του ιού της Sinovac, CoronaVac.4,5 Αν και από τις 9 Ιανουαρίου 2022, το 86,6% του πληθυσμού της Χιλής είναι πλήρως εμβολιασμένο και το 60,5% έχει λάβει αναμνηστική δόση6 (Σχήμα 1γ), οι περισσότερες από τις χορηγούμενες δόσεις αντιστοιχούν στο CoronaVac (55,3%) ακολουθούμενο από το BNT162b2 (36,4%, συνήθως ενισχυτικό),7 διακινδυνεύοντας έτσι ένα άλλο κύμα.4

ανθοκυανίνη συμπληρώματα &cistanche συμπληρώματα

Δεύτερον, αρχικά και ελλείψει νέων NPI, η Omicron έφτασε σε χρόνο διπλασιασμού 1,5- 3 ημερών,8, εξαπλώνοντας έτσι ταχύτερα από τη Delta VOC. Ωστόσο, αυτό εξηγείται καλύτερα από την εκτεταμένη του Όμικρονάνοσοςδιαφυγή παρά μια εγγενής αύξηση της βασικής μεταδοτικότητας.9 Ως εκ τούτου, πιο αυστηρά NPI μπορούν να μειώσουν σημαντικά τη μετάδοση. Παρόλο που η προστασία από τη σοβαρή πορεία φαίνεται να παραμένει για τις λοιμώξεις από την Όμικρον, η υψηλή συχνότητα εμφάνισης μεταξύ του πληθυσμού θέτει σε κίνδυνο τη σωστή λειτουργία των κρίσιμων υποδομών, καθώς μεγάλα τμήματα του εργατικού δυναμικού θα απαιτούσαν τεστ και καραντίνα. Ως εκ τούτου, είναι θεμελιώδες για τη λήψη τεκμηριωμένων αποφάσεων να προσδιοριστούν οι κυκλοφορούσες παραλλαγές και ιδιότητες μέσω γονιδιωματικής επιτήρησης.

Αν και η γονιδιωματική επιτήρηση παρέχει ένα στιγμιότυπο των παραλλαγών που κυκλοφορούν και των υπογραφών μετάλλαξής τους, η αξιοπιστία της εξαρτάται από την ποιότητα του πρωτοκόλλου δειγματοληψίας. Στη συνέχεια, συνοψίζουμε τις επίσημες συστάσεις για τη γονιδιωματική επιτήρηση10 σε τέσσερις απλούς κανόνες που πρέπει να ληφθούν υπόψη για ένα ισχυρό πρωτόκολλο δειγματοληψίας για τη γονιδιωματική επιτήρηση του SARS-CoV-2: τους κανόνες CARD:

1. Συντονισμένος: Οι προσπάθειες από διαφορετικές οντότητες θα πρέπει να κατευθύνονται κεντρικά και να εναρμονίζονται για να αποφευχθούν οι προκαταλήψεις επιλογής, να διασφαλιστεί η αντιπροσωπευτικότητα, να βελτιστοποιηθεί η κατανομή των πόρων και να τυποποιηθούν τα πρωτόκολλα δειγματοληψίας. Ο φορέας αυτός θα πρέπει επίσης να διασφαλίζει τη διαφάνεια των πρωτοκόλλων δειγματοληψίας, τα οποία θα πρέπει να αναφέρονται μαζί με τις πληροφορίες του γονιδιώματος στο GISAID.

2. Προσαρμοστική: Η ένταση της αλληλουχίας θα πρέπει να αυξηθεί για να παρέχει καλύτερη ανάλυση όταν μια νέα παραλλαγή σηματοδοτείται σε POEs και ανιχνεύεται στη μετάδοση στην κοινότητα και μειώνεται στον αρχικό της ρυθμό όταν διαπιστωθεί η κυριαρχία των παραλλαγών. Με τον τρόπο αυτό, οι υπεύθυνοι χάραξης πολιτικής μπορούν να ενεργούν προληπτικά (πρβλ. Σχήμα 1δ).

3. Αντιπροσωπευτικά: Τα πρωτόκολλα δειγματοληψίας θα πρέπει να αποτυπώνουν χωρικές ετερογένειες, να στοχεύουν σε διαφορετικές εθνογραφικές ομάδες, να λαμβάνουν υπόψη πιθανές προκαταλήψεις επιταχυντών (π.χ. ως δειγματοληψία μόνο συμπτωματικά ή μη εμβολιασμένα άτομα ή από την ίδια αλυσίδα μετάδοσης) και να είναι ανάλογα με την τρέχουσα συχνότητα εμφάνισης για τη διατήρηση της αντιπροσωπευτικότητας. Σε χώρες όπως η Χιλή, όπου τα αστικά κέντρα είναι αραιά κατανεμημένα, η αντιπροσωπευτικότητα πρέπει να διασφαλίζεται σε περιφερειακή βάση.

4. Διαφορικό: Τα δείγματα που συλλέγονται σε (i) σημεία εισόδου (POEs) και (ii) κέντρα επιτήρησης πρέπει να αντιμετωπίζονται και να αναλύονται ξεχωριστά, καθώς εξυπηρετούν διαφορετικούς σκοπούς. Μόλις εντοπιστούν νέες απειλές στα POEs, η δειγματοληψία της κοινότητας θα πρέπει να αυξηθεί, έτσι ώστε να αποτυπωθεί με ακρίβεια η δυναμική έγκαιρης αντικατάστασης μεταξύ των παραλλαγών.

Δεδομένου ότι έχουμε ήδη εντοπίσει την Όμικρον στη μετάδοση στην κοινότητα, οι Χιλιανοί υπεύθυνοι χάραξης πολιτικής θα πρέπει να προσαρμόσουν δυναμικά την αυστηρότητα των μη φαρμακευτικών παρεμβάσεων για να αποτρέψουν την εξάπλωσή της, προσφέροντας παράλληλα ενισχυτικά εμβόλια mRNA σε μεγαλύτερα κλάσματα του πληθυσμού.11 Σε αυτό το στάδιο, η γονιδιωματική επιτήρηση είναι ζωτικής σημασίας για την ετοιμότητα και οι υπεύθυνοι χάραξης πολιτικής θα πρέπει όχι μόνο να στοχεύουν στο σερφάρισμα στο κύμα αλλά και να μαθαίνουν από αυτό. Συνολικά, έχουμε περισσότερες πιθανότητες επιτυχίας εάν παίξουμε σωστά τα CARDs μας.

βελτίωση της ανοσίας μεΒότανα

Αναφορές

1 Orostica KY, Contreras S, Mohr SB, κ.ά. Υπογραφές μεταλλάξεων και μεταδοτικότητα των παραλλαγών SARS-CoV-2 Γάμμα και Λάμδα. arXiv προδημοσίευση arXiv:2108.10018. 2021.

2 Viana R, Moyo S, Amoako DG, κ.ά. Ταχεία επιδημική επέκταση της παραλλαγής SARS-CoV-2 Omicron στη νότια Αφρική. Φύση. 2022.

3 Cele S, Τζάκσον Λ, Χούρυ DS, κ.ά. Η Όμικρον διαφεύγει εκτενώς αλλά ατελώς από την εξουδετέρωση του Pfifizer BNT162b2. Φύση. 2021.

4 Πέρεζ-Τότε Ε, Λούκας Γ, Μοντέιρο VS, κ.ά. Ανοσογονικότητα της ετερόλογης αναμνηστικής δόσης BNT162b2 σε πλήρως εμβολιασμένα άτομα με CoronaVac κατά των παραλλαγών SARS-CoV-2 Delta και Omicron: η εμπειρία της Δομινικανής Δημοκρατίας. medRxiv. 2021.

5 Lu L, Mok BW, Chen L, κ.ά. Εξουδετέρωση της παραλλαγής SARS-CoV-2 Omicron από ορούς από λήπτες εμβολίων BNT162b2 ή Coronavac. Clin Μολύνει Dis. 2021:ciab1041.

6 Ματιέ Ε, Ρίτσι Χ, Ορτίζ-Οσπίνα Ε, κ.ά. Μια παγκόσμια βάση δεδομένων εμβολιασμών COVID-19. Νατ Χουμ Μπεχάβ. 2021:1–7.

7 168° informe epidemiologico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estrategia Nacional de Tta [Διαδίκτυο]. Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud. [παρατίθεται 2022Ιαν13].

8 Torjesen I. Οι περιορισμοί covid σφίγγουν καθώς τα κρούσματα Όμικρον διπλασιάζονται κάθε δύο έως τρεις ημέρες. ΒΜΖ. 2021;375:n3051

9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ, κ.ά. Μετάδοση VOC SARS-CoV-2 Όμικρον στα νοικοκυριά της Δανίας. medRxiv. 2021 Δεκ.

10 Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας. Καθοδήγηση για την επιτήρηση των παραλλαγών του SARSCoV-2. Ενδιάμεσες οδηγίες. [Διαδίκτυο] 9 Αυγούστου 2021.

11 Μπάουερ Σ, Κοντρέρας Σ, Ντενίνγκ Τζ, κ.ά. Η χαλάρωση των περιορισμών με τον ρυθμό του εμβολιασμού αυξάνει την ελευθερία και προφυλάσσει από περαιτέρω κύματα COVID-19. PLoS Comput Biol. 2021;17:(9) e1009288