Μηχανισμοί των επιδράσεων που μοιάζουν με οιστρογόνα των γλυκοζίδων Cistanche Deserticola: Insights από τη φαρμακολογία και τη μεταγραφική του δικτύου

3. Πειραματικά αποτελέσματα

3.1 Αποτελέσματα της ανάλυσης φαρμακολογίας δικτύου

3.1.1 Ανάλυση δικτύου των επιδράσεων που μοιάζουν με οιστρογόνα των ενεργών εξαρτημάτων του GCS

Συνολικά 40 ενώσεις σε GCs (Πίνακας 1) αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας τοTCMSP, Σύμβουλος, Κ.λπ., Βελονιά,Ερδώνβάσεις δεδομένων. Μετά την κατάργηση διπλών αντιγράφων, συλλέχθηκαν 183 στόχοι. Από τοΓενετικές κάρτεςκαιΟμώνηςΟι βάσεις δεδομένων, η "ανεπάρκεια οιστρογόνων" ή "χαμηλά επίπεδα οιστρογόνων" χρησιμοποιήθηκαν ως λέξεις-κλειδιά για την ανάκτηση στόχων που σχετίζονται με την ασθένεια. Ο συνδυασμός των στόχων από τις δύο πηγές και η απομάκρυνση των αντιγράφων είχε ως αποτέλεσμα 1.712 στόχους ασθένειας.

ΧρήσηCytoscape v3.9.1, ένα δίκτυο "ένωσης - στόχου" (CT) απεικονίστηκε (Εικόνα 1). Το δίκτυο περιελάμβανε 223 κόμβους: 40 κόμβοι που αντιπροσωπεύουν τα ενεργά συστατικά του GCS και 183 κόμβους που αντιπροσωπεύουν τους στόχους, που συνδέονται με 253 άκρες. Χρησιμοποιώντας την ηλεκτρονική πλατφόρμα Venn Diagram, η διασταύρωση των 40 GCs-ειδικών γονιδίων στόχων και των γονιδίων στόχων που μοιάζουν με οιστρογόνα απέδωσαν 72 επικαλυπτόμενα γονίδια στόχου τύπου GCS-οιστρογόνου (Εικόνα 2).

 

Συμπληρώματα cistanche για ανδρική σεξουαλική δυσλειτουργία

Whatsapp μας για περισσότερες λεπτομέρειες

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Έλεγχος βασικών στόχων και ανάλυσης δικτύου PPI

Αναλύθηκαν οι τοπολογικές παράμετροι του δικτύου (πτυχίο, κεντρική θέση μεταξύ των και εγγύτητας). Οι μέσες τιμές αυτών των παραμέτρων χρησιμοποιήθηκαν ως όρια. Οι στόχοι που πληρούν και τα τρία κριτήρια κατωφλίου επιλέχθηκαν ως βασικοί στόχοι για τα αποτελέσματα που μοιάζουν με οιστρογόνα των GCs. Συνολικά εντοπίστηκαν 24 βασικοί στόχοι. ΧρήσηCytoscape v3.9.1, ένα δίκτυο "σύνθετο - πυρήνα - οιστρογόνο" απεικονίστηκε (Εικόνα 3). Επιπλέον, κατασκευάστηκε ένα δίκτυο PPI των βασικών στόχων (Σχήμα 4).

 

3.1.3 GO Λειτουργικά και Ανάλυση Εμπλουτισμού Οδών KEGG

Από τη λειτουργική ανάλυση GO, εντοπίστηκαν 35 σημαντικές καταχωρήσεις. Με βάση τις διορθωμένες τιμές Ρ, επιλέχθηκαν οι 20 κορυφαίες οδούς (Σχήμα 6). Αυτά αφορούσαν κυρίως τις μοριακές λειτουργίες όπως η δέσμευση υποδοχέα κυτοκίνης, η δέσμευση υποδοχέα οιστρογόνου, η δέσμευση του υποδοχέα αυξητικού παράγοντα και η δραστικότητα του πυρηνικού υποδοχέα.

Η ανάλυση εμπλουτισμού οδού KEGG προσδιόρισε 83 σημαντικές οδούς σηματοδότησης. Τα 20 κορυφαία μονοπάτια, που κατατάσσονται με διορθωμένες τιμές Ρ, απεικονίστηκαν (Εικόνα 7). Βασικές οδούς που σχετίζονται με οιστρογόνα περιελάμβαναν:

Οδός σηματοδότησης παράγοντα νέκρωσης όγκου (TNF)

Interleukin -17 (il -17) μονοπάτι σηματοδότησης

Παράγοντας επαγόμενοι από υποξία -1 (HIF -1) μονοπάτι σηματοδότησης

Μονοπάτι σηματοδότησης οιστρογόνων

Αυτά τα μονοπάτια διαδραματίζουν κρίσιμους ρόλους στις επιδράσεις που μοιάζουν με οιστρογόνα των GCs.

3.2 Ενσωμάτωση με μεταγραφικά δεδομένα

3.2.1 Ανάλυση συσχέτισης μεταξύ των προβλεπόμενων στόχων και των μεταγραφικών δεδομένων

Χρησιμοποιώντας τοHGNCΗ βάση δεδομένων, τα 24 βασικά γονίδια στόχοι που προβλέπονται από τη φαρμακολογία του δικτύου μετατράπηκαν σε ομόλογα γονίδια αρουραίων, με αποτέλεσμα 31 γονίδια. Μετά την αφαίρεση διπλών αντιγράφων, παρέμειναν 29 γονίδια. Με τη σύγκριση με τα μεταγραφικά δεδομένα, και οι 29 βασικοί στόχοι (εκτόςMCL1καιGCG) έδειξαν αλλαγές γονιδιακής έκφρασης. Τα αποτελέσματα παρουσιάζονται στον Πίνακα 2.

3.2.2 Ανάλυση συσχέτισης μεταξύ των οδών KEGG από τη φαρμακολογία του δικτύου και τη μεταγραφική

Μετά τη μετατροπή των βασικών γονιδίων στόχων σε ομόλογα γονίδια αρουραίων, διεξήχθη ανάλυση εμπλουτισμού οδού KEGG. Συνολικά εντοπίστηκαν 1 0 8 μονοπάτια (με padjust <0. 05) ταυτοποιήθηκαν για τα βασικά γονίδια στόχου. Ανάλυση εμπλουτισμού KEGG των δεδομένων μεταγραφικής αλληλουχίας ταυτοποίησαν 107 μονοπάτια (με Padjust <0,05). Τα αποτελέσματα της ανάλυσης συσχέτισης μεταξύ της φαρμακολογίας του δικτύου και της μεταγραφικής περιγραφής φαίνονται στο σχήμα 8.

Υπήρχαν 68 επικαλυπτόμενες οδούς, συμπεριλαμβανομένων:

Μονοπάτι σηματοδότησης οιστρογόνων

μονοπάτι σηματοδότησης κατασκηνώσεων

Μονοπάτι σηματοδότησης TNF

Οι αλληλεπικαλυπτόμενες οδούς αντιπροσώπευαν περισσότερο από το 60% των συνολικών οδών.