Έκφραση του ανοσοποιητικού γονιδίου και λειτουργικά δίκτυα σε διακριτές κατηγορίες νεφρίτιδας λύκου Ⅱ
Nov 08, 2023
ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ
Χαρακτηρισμός της κοόρτης
Από το αρχείο μαςΒιοψίες νεφρού FFPE, εντοπίσαμε 55 βιοψίες LN που περιείχαν επαρκή ιστό για ανάλυση. Οι βιοψίες ήταν από γυναίκες ασθενείς και αποτελούνταν από βιοψίες LN κατηγορίας III (n=11), κατηγορίας IV (n=23) και κατηγορίας V (n=21). Συμπεριλήφθηκαν μόνο βιοψίες LN Κατηγορίας III και IV με ενεργές βλάβες (δηλαδή, A ή A/C αλλά όχι C). Χρησιμοποιήσαμε τη νόσο TBM (n=14) ως ελέγχους. Συγκρίναμε επίσης την κατηγορία V LN με το MN (n=9) δίνοντας σαφείς ιστολογικές ομοιότητες στη μικροσκοπία φωτός αλλά διαφορετικές αιτιολογίες. Τα δημογραφικά, κλινικά και βιοψικά δεδομένα απεικονίζονται στον Πίνακα 1. Οι ηλικίες της βιοψίας κυμαίνονταν από κάτω του 1 έτους έως άνω των 11 ετών. Ενεργές σπειραματικές αλλοιώσεις, σπειραματικά μισοφέγγαρα και νέκρωση ήταν παρούσες στις βιοψίες κατηγορίας III και IV, αλλά όχι στις βιοψίες LN κατηγορίας V. Η σπειραματική θρόμβωση αναγνωρίστηκε μόνο σε μία βιοψία κατηγορίας III. Τα σωληναριακά εγκλείσματα (TRIs) εντοπίστηκαν στις περισσότερες βιοψίες κατηγορίας III (91%), κατηγορίας IV (78%) και κατηγορίας V (81%). Το IFTA ήταν χαμηλό σε όλες τις κατηγορίες.Κρεατινίνη ορούκαι πρωτεΐνη ούρων:κρεατινίνηςο λόγος ήταν υψηλότερος στην κατηγορία IV σε σύγκριση με LN κατηγορίας III ή κατηγορίας V (πίνακας 1, διαδικτυακή συμπληρωματική εικόνα 1Α και Β). Η λευκωματίνη ορού μειώθηκε σε όλες τις κατηγορίες σε σχέση με το TBM (πίνακας 1, διαδικτυακό συμπληρωματικό σχήμα 1Β). Τα συμπληρώματα C3 και C4 μειώθηκαν σημαντικά τόσο στην κατηγορία III όσο και στην κατηγορία IV σε σύγκριση με την κατηγορία V LN (πίνακας 1, διαδικτυακή συμπληρωματική εικόνα 1C).
ΚΑΝΤΕ ΚΛΙΚ ΕΔΩ ΓΙΑ ΝΑ ΛΑΒΕΤΕ ΦΥΤΙΚΟ ΣΥΝΘΕΣΗ CISTANCHE ΓΙΑ ΤΑ ΝΕΦΡΑ
Ανάλυση ανοσογονιδιακής έκφρασης σε βιοψίες νεφρού LN
Συγκρίναμε αρχικά την έκφραση γονιδίων μεταξύ όλων των κατηγοριών LN και των δειγμάτων TBM και εντοπίσαμε 171 (159 αυξημένα και 12 μειωμένα) διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (εικόνα 1Α, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S3). Οι αναλύσεις οδού έδειξαν ότι η σηματοδότηση IFN τύπου Ι ήταν πολύ εμπλουτισμένη σε LN έναντι των μαρτύρων, επιπλέον της σηματοδότησης JAK-STAT, του καταρράκτη συμπληρώματος, του MHC II, της δέσμευσης ιντεγρίνης, του NF-κB και των οδών απόπτωσης (εικόνα 1Β, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S5). Ιεραρχική ομαδοποίηση χρησιμοποιώντας μεταγραφές με αλλαγή log2 φορές (FC) μεγαλύτερη ή ίση με 1 (n=49) ή μικρότερη ή ίση με −{0.5 (n=5) πάνω από ολόκληρη η κοόρτη αποκάλυψε τρεις κύριες συστάδες (εικόνα 1C). Από αριστερά προς τα δεξιά στο Σχήμα 1Γ, η ομάδα 1 περιείχε μόνο δείγματα LN (n=16), η ομάδα 2 περιείχε όλα τα δείγματα TBM εκτός από ένα (n=13TBM, n=3LN) και η ομάδα 3 ήταν κυρίαρχη στο LN (n=36LN έναντι n=1TBM). Όπως αναφέρθηκε,16 δεν υπήρχε σαφής σχέση μεταξύ των μοριακών συστάδων και των ιστολογικών κατηγοριών LN (εικόνα 1C).
Σύγκριση LN κατηγορίας V και ιδιοπαθούς ΜΝ
Η ιστολογική βλάβη στην κατηγορία V LN είναι διάχυτη μεμβρανώδηςσπειραματοπάθειαμε ομοιότητες με την ιδιοπαθή ΜΝ. Όταν συγκρίναμε τα δείγματα LN κατηγορίας V με δείγματα MN, υπήρχαν 26 (23 υψηλότερη και 3 χαμηλότερη έκφραση) γονίδια διαφορικά εκφρασμένα (εικόνα 2Α, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S6). Ο κορυφαίος όρος εμπλουτισμού ήταν η σηματοδότηση IFN τύπου Ι (εικόνα 2Β, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S7). Ένα βασικό σύνολο 67 γονιδίων που σχετίζονται με IFN τύπου Ι ρυθμίζεται προς τα πάνω σε υποσύνολα λευκοκυττάρων (ουδετερόφιλα, CD4 και CD8 θετικά Τ κύτταρα, μονοκύτταρα) στο SLE.24 Το πάνελ μας περιείχε ανιχνευτές που στοχεύουν 17 από αυτά τα γονίδια και 13 από τα 23 μεταγραφήματα με υψηλότερα έκφραση ήταν μέρος αυτού του συνόλου πυρήνων, υποδεικνύοντας ότι η υπογραφή IFN τύπου Ι είναι μια βασική μοριακή διάκριση μεταξύ κατηγορίας V LN και MN.
Σχήμα 1 DGE στο LN σε σύγκριση με τη νόσο TBM. (Α) Οικόπεδο ηφαιστείου που απεικονίζει DGE του LN (n=55 βιοψίες) έναντι της νόσου TBM (n=14 βιοψίες). Ο Benjamini-Hochberg προσάρμοσε το p=0.05 και log2 FC cut-off=0.5. (Β) Δίκτυο αλληλεπίδρασης STRING για και τα 171 σημαντικά διαφορικά εκφρασμένα γονίδια μεταξύ LN και TBM (υψηλότερη βαθμολογία εμπιστοσύνης=0.9). Κόκκινοι κόμβοι—τύπου Ι IFN. μπλε κόμβοι — καταρράκτης συμπληρώματος. ροζ κόμβοι-MHC II; κίτρινοι κόμβοι — σηματοδότηση JAK-STAT. μωβ κόμβοι - δέσμευση ιντεγκρίνης. ανοιχτοί πράσινοι κόμβοι—τομέας NF-κB+TIR. σκούρο πράσινοι κόμβοι—NF-κB και διαμόρφωση απόπτωσης. (Γ) Χάρτης θερμότητας όλων των σημαντικά αυξημένων μεταγραφών διαφορικής έκφρασης με log2 FC μεγαλύτερο ή ίσο με 1 (n=49) και όλων των σημαντικά μειωμένων ρυθμίσεων μεταγραφών με log2 FC μικρότερο ή ίσο με -0,5 (n=5 ) ταυτοποιήθηκε σε LN έναντι TBM, σε ολόκληρη την κοόρτη (LN n=55 βιοψίες, MN n=9 βιοψίες, TBM n{=14 βιοψίες). DGE, διαφορική γονιδιακή έκφραση; FC, αλλαγή πτυχών. LN, νεφρίτιδα λύκου; ΜΝ, μεμβρανώδης νεφροπάθεια; NS, μη σημαντικό; TBM, λεπτή βασική μεμβράνη.
Η ιεραρχική ομαδοποίηση χρησιμοποιώντας τα 17 μεταγραφήματα που σχετίζονται με IFN τύπου Ι διαχώρισε το LN τόσο από τα δείγματα MN όσο και από τα δείγματα TBM (εικόνα 2C). Το ποσοστό των βιοψιών LN στο θετικό σε IFN σύμπλεγμα (n=48, 87%) ήταν σημαντικά μεγαλύτερο από αυτό στο σύμπλεγμα αρνητικού IFN (n=7, 13%, p<0.0001, Fisher exact test). Within the IFNpositive cluster, the next hierarchy contained two clusters, with higher or lower IFN expression. The proportion of class V LN samples in the cluster with lower IFN expression (n=14, 74%) was significantly greater than that in the cluster with higher IFN expression (n=5, 26%, p=0.0009, Fisher exact test). TRIs in glomerular endothelial cells is frequent in LN and related to the type I IFN response. TRIs were present in 45 out of 54 LN biopsies (83%, data unavailable for one biopsy) and of the 47 biopsies in the IFN-positive cluster, 89% (n=42) had TRIs (figure 2C). We measured the blood type I IFN signature in 25 (46%) of the 55 patients with LN. A high blood IFN score was present in 13 (62%) of the 21 patients within the renal biopsy IFN-positive cluster and 1 of the 5 (20%) of patients within the renal biopsy IFN-negative cluster. There were no significant differentially expressed genes between MN and TBM samples (online supplemental figure 2, online supplemental data S15).
Ανάλυση γονιδιακής έκφρασης εντός των ιστολογικών τάξεων LN
Στη συνέχεια πραγματοποιήσαμε DGE (εικόνα 3A–C) και ανάλυση διαδρομής (διαδικτυακό συμπληρωματικό σχήμα 3 και διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4, S16–S18) για κάθε κατηγορία LN. Σε σύγκριση με τη νόσο TBM, στην κατηγορία III LN υπήρχαν 63 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (60 αυξημένα και 3 μειωμένα, εικόνα 3Α, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S8). στην κατηγορία IV γονίδια διαφορικής έκφρασης LN 205 (189 αυξημένα και 16 μειωμένα, εικόνα 3Β, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S9) και στην κατηγορία V LN 95 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (92 αυξημένα και 3 μειωμένα, εικόνα 3C, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S10). Υπήρχαν 52 σημαντικά διαφορικά εκφρασμένα γονίδια κοινά μεταξύ των κατηγοριών (εικόνα 3D, διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 2) και η ανάλυση οδού έδειξε εμπλουτισμό για μονοπάτια σήματος IFN τύπου Ι, συμπλήρωμα και MHC II (εικόνα 3Ε, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S11). Η FC ήταν μεγαλύτερη στην κατηγορία IV και για τα 52 γονίδια σε σύγκριση με την κατηγορία V και για το 85% των γονιδίων σε σύγκριση με την κατηγορία III (διαδικτυακός συμπληρωματικός πίνακας 2).
Σε σύγκριση με τη νόσο TBM, υπήρχαν 105 γονίδια που εκφράστηκαν σημαντικά διαφοροποιημένα στην κατηγορία IV αλλά όχι σε βιοψίες LN κατηγορίας III ή V (εικόνα 3D). Η ανάλυση οδού έδειξε εμπλουτισμό για τη σηματοδότηση NF-κB και τον τομέα αντίστασης Toll-IL{{4}, θετική ρύθμιση μεταβολικών διεργασιών αντιδραστικών οξειδωτικών ειδών (ROS) και θετική ρύθμιση των οδών δραστηριότητας πεπτιδάσης (εικόνα 3F, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S12 ). Όταν σχεδιάσαμε τα μεγέθη εφέ και των 205 μεταγραφών κλάσης IV που εκφράζονται σημαντικά διαφοροποιημένα με τα αντίστοιχα μεγέθη εφέ για την κατηγορία III (εικόνα 3G) και την κατηγορία IV (εικόνα 3Η) LN. οι περισσότερες αλλαγές ήταν σύμφωνες. Αυτό έδειξε ότι μόνο ένας μικρός αριθμός μεταγραφών στο σύνολο δεδομένων μας ρυθμίστηκε μοναδικά διαφορετικά στις βιοψίες LN κατηγορίας IV (δηλαδή, όπου τα σημαντικά μεγέθη επιδράσεων σε μεταγραφές LN κατηγορίας IV είχαν χαμηλά ή μηδενικά μεγέθη επίδρασης στην κατηγορία III ή στην κατηγορία IV LN).
Για να διερευνήσουμε τις διαφορές μεταξύ πολλαπλασιαστικού και μεμβρανώδους LN, συγκρίναμε την κατηγορία IV με την κατηγορία V LN. Αυτό έδειξε 179 (167 υψηλότερες και 12 χαμηλότερες εκφράσεις) διαφορικά εκφρασμένα γονίδια στην κατηγορία IV (εικόνα 4Α, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S13). Η ανάλυση οδού έδειξε εμπλουτισμό για σηματοδότηση IFN τύπου Ι, σηματοδότηση JAK-STAT, Καταρράκτη συμπληρώματος, MHC II, δέσμευση ιντεγκρίνης, NF-κB και μονοπάτια απόπτωσης (εικόνα 4Β, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S14). Ενώ τα περισσότερα από αυτά τα μονοπάτια εντοπίστηκαν επίσης στην ανάλυση μιας υποκατηγορίας της κατηγορίας IV και V σε σύγκριση με τη νόσο TBM (διαδικτυακό συμπληρωματικό σχήμα 3BC), αντίστοιχα, παρατηρήσαμε μια επιπλέον σημαντική ανοδική ρύθμιση και εμπλουτισμό για αυτά τα μονοπάτια στην κατηγορία IV σε σχέση με την κατηγορία V ( σχήμα 4Β).
Σχήμα 4 Διαφορική γονιδιακή έκφραση μεταξύ κατηγορίας IV και κατηγορίας V LN. Διαγράμματα ηφαιστείων που απεικονίζουν διαφορική γονιδιακή έκφραση (DGE) κατηγορίας IV (n=23 βιοψίες) έναντι βιοψιών κατηγορίας V (n=21). Ο Benjamini-Hochberg προσάρμοσε το p=0.05 και το log2 FC cut-off=0.5. (Β) Δίκτυο αλληλεπίδρασης STRING για 167 σημαντικά διαφορικά εκφρασμένα γονίδια με έκφραση υψηλότερη στην κατηγορία IV έναντι της κατηγορίας V (υψηλότερη βαθμολογία εμπιστοσύνης=0.9). Κόκκινοι κόμβοι—τύπου Ι IFN. μπλε κόμβοι — καταρράκτης συμπληρώματος. ροζ κόμβοι-MHC II; κίτρινοι κόμβοι — σηματοδότηση JAK-STAT. μωβ κόμβοι - δέσμευση ιντεγκρίνης. ανοιχτοί πράσινοι κόμβοι—τομέας NF-κB+TIR. σκούρο πράσινοι κόμβοι—NF-κB και διαμόρφωση απόπτωσης. FC, αλλαγή πτυχών. LN, νεφρίτιδα λύκου; NS, ασήμαντο.
Σε σύγκριση με τη νόσο TBM, υπήρχαν 105 γονίδια που εκφράστηκαν σημαντικά διαφοροποιημένα στην κατηγορία IV αλλά όχι σε βιοψίες LN κατηγορίας III ή V (εικόνα 3D). Η ανάλυση οδού έδειξε εμπλουτισμό για τη σηματοδότηση NF-κB και τον τομέα αντίστασης Toll-IL{{4}, θετική ρύθμιση μεταβολικών διεργασιών αντιδραστικών οξειδωτικών ειδών (ROS) και θετική ρύθμιση των μονοπατιών δραστηριότητας πεπτιδάσης (εικόνα 3F, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S12) . Όταν σχεδιάσαμε τα μεγέθη εφέ και των 205 μεταγραφών κλάσης IV που εκφράζονται σημαντικά διαφοροποιημένα με τα αντίστοιχα μεγέθη εφέ για την κατηγορία III (εικόνα 3G) και την κατηγορία IV (εικόνα 3Η) LN. οι περισσότερες αλλαγές ήταν σύμφωνες. Αυτό έδειξε ότι μόνο ένας μικρός αριθμός μεταγραφών στο σύνολο δεδομένων μας ρυθμίστηκε μοναδικά διαφορετικά στις βιοψίες LN κατηγορίας IV (δηλαδή, όπου τα σημαντικά μεγέθη επιδράσεων σε μεταγραφές LN κατηγορίας IV είχαν χαμηλά ή μηδενικά μεγέθη επίδρασης στην κατηγορία III ή στην κατηγορία IV LN).
Για να διερευνήσουμε τις διαφορές μεταξύ πολλαπλασιαστικού και μεμβρανώδους LN, συγκρίναμε την κατηγορία IV με την κατηγορία V LN. Αυτό έδειξε 179 (167 υψηλότερες και 12 χαμηλότερες εκφράσεις) διαφορικά εκφρασμένα γονίδια στην κατηγορία IV (εικόνα 4Α, διαδικτυακά συμπληρωματικά δεδομένα S13). Η ανάλυση διαδρομής έδειξε εμπλουτισμό για σηματοδότηση IFN τύπου Ι, σηματοδότηση JAK-STAT, Καταρράκτη συμπληρώματος, MHC II, δέσμευση ιντεγρίνης, NF-κB καιμονοπάτια απόπτωσης(εικόνα 4Β, ηλεκτρονικά συμπληρωματικά δεδομένα S4 και S14). Ενώ τα περισσότερα από αυτά τα μονοπάτια εντοπίστηκαν επίσης στην ανάλυση μιας υποκατηγορίας της κατηγορίας IV και V σε σύγκριση με τη νόσο TBM (διαδικτυακό συμπληρωματικό σχήμα 3BC), αντίστοιχα, παρατηρήσαμε μια επιπλέον σημαντική ανοδική ρύθμιση και εμπλουτισμό για αυτά τα μονοπάτια στην κατηγορία IV σε σχέση με την κατηγορία V ( σχήμα 4Β).
ΣΥΖΗΤΗΣΗ
Η μελέτη μας και άλλες16 18 19 έχουν αποδείξει τη σκοπιμότητα χρήσης της τεχνολογίας NanoString για τον ποσοτικό προσδιορισμό της έκφρασης μεταγραφής σεFFPE ιστός νεφρικής βιοψίαςΚαι, αξιοσημείωτα, αυτό ήταν δυνατό με βιοψίες ηλικίας έως και 11 ετών. Αυτή η προσέγγιση έχει πιθανή κλινική χρησιμότητα αφού ο ιστός FFPE είναι αναπόσπαστο συστατικό της διαγνωστικής οδού βιοψίας νεφρού. Στη σύγκριση του LN με τη νόσο TBM, εντοπίστηκαν 36 σημαντικές συστάδες δικτύου STRING, με τους 10 κορυφαίους όρους να περιλαμβάνουν NF-κB (6 κορυφαίες συστάδες STRING, 8 από 36 συνολικά) ή σηματοδότηση IFN άλφα/βήτα (6 από 36 συμπλέγματα STRING) . Το συμπλήρωμα είχε επίσης υψηλή εκπροσώπηση (6 από 36 συμπλέγματα STRING). Σύμφωνα με τα δημοσιευμένα δεδομένα, θα μπορούσαμε να ανιχνεύσουμε μια υπογραφή IFN τύπου Ι και στις τρεις κατηγορίες LN.16 Αυτή η μεταγραφική υπογραφή που σχετίζεται με την IFN αντιπροσωπεύτηκε τόσο καλά στο LN που διαφοροποιούσε σαφώς μεταξύ της κατηγορίας V LN και MN, παρά τις εντυπωσιακές μορφολογικές ομοιότητες. Είναι ενδιαφέρον ότι δεν υπήρχαν σημαντικά αυξημένες μεταγραφές όταν συγκρίναμε το MN με το TBM.
Το μοριακό προφίλ του LN μελετήθηκε για πρώτη φορά χρησιμοποιώντας σπειράματα συλλαμβανόμενα με λέιζερ από κατεψυγμένο ιστό από ασθενείς με πολλαπλασιαστικό LN (κατηγορία III και IV). περιγράφηκαν μήτρα. Αξιοσημείωτα, υπήρξε αξιοσημείωτη ετερογένεια μεταξύ των βιοψιών (η οποία θα μπορούσε να είναι τόσο για τεχνικούς όσο και για βιολογικούς λόγους) και δεν υπήρχε διακριτό προφίλ μεταξύ βιοψιών κατηγορίας III και IV. Σε μια μελέτη που περιελάμβανε πολλαπλασιαστικό, μικτό και LN κατηγορίας V και η οποία ανέλυσε το σπειραματικό και το σωληναριακό διάμεσο διαμέρισμα χωριστά, η αφθονία των μεταγραφών RNA δεν συσχετίστηκε ούτε με την ιστολογική τάξη ούτε με τους δείκτες δραστηριότητας και χρονιότητας του Εθνικού Ινστιτούτου Υγείας.16 Ομοίως, σε μια μελέτη 28 ζευγαρωμένων βιοψιών από 14 ασθενείς με LN, που αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα ανοσολογικό πάνελ NanoString ανάλογο με τη μελέτη μας, δεν υπήρχαν διακριτές ομάδες όταν αναλύθηκε η αφθονία μεταγραφής RNA από σπειραματικά ή σωληναρισιακά διαμερίσματα.18 Ένα σημαντικό πλεονέκτημα της μελέτης μας ήταν η επιλογή καλά καθορισμένων βιοψιών κατηγορίας III, IV και V χωρίς μικτές βλάβες. Παρά αυτή την προσέγγιση, και σε συμφωνία με τις μελέτες που περιγράφονται παραπάνω, δεν μπορέσαμε να εντοπίσουμε μια ξεχωριστή μεταγραφική υπογραφή για κάθε ιστολογικό υπότυπο.
Εντοπίσαμε, ωστόσο, 52 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια και στις τρεις κατηγορίες LN. Η ανάλυση STRING έδειξε εμπλουτισμό για σηματοδότηση IFN, MHC II και κλασική ενεργοποίηση συμπληρώματος με τη μεσολάβηση αντισώματος. Ο FC στην κατηγορία IV LN ήταν μεγαλύτερος για τα περισσότερα από αυτά τα γονίδια σε σύγκριση με την κατηγορία III ή V. Είναι αξιοσημείωτο ότι η ενδονεφρική έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με IFN επηρεάζεται από την έκρηξη της νόσου και τη θεραπεία, με τα MX1, STAT1 και IRF7 όλα να ρυθμίζονται προς τα πάνω σε έξαρση, και μειωμένη ή περαιτέρω αυξημένη στη βιοψία μετά τη θεραπεία της θεραπείας ή μη ανταποκρινόμενων, αντίστοιχα. 19 Σε αυτήν και στην ανάλυσή μας, δεν ήταν δυνατό να προσδιοριστεί η συμβολή της απόκρισης IFN από μόνιμα σπειραματικά ενδοθηλιακά κύτταρα και από διηθητικά λευκοκύτταρα, το σήμα από τα τελευταία ήταν πιο πιθανό να επηρεαστεί από την αντιφλεγμονώδη θεραπεία. Προσδιορίσαμε 105 σημαντικά διαφορικά εκφρασμένα γονίδια στην κατηγορία IV LN όπου όλες οι ομάδες εμπλουτισμού STRING που εντοπίστηκαν εμπλέκονταν στο NF-κΒ και στην απόπτωση. Τα συσσωρευμένα στοιχεία εμπλέκουν τον NF-κB στην παθογένεση του LN, συμπεριλαμβανομένου του τραυματισμού των ποδοκυττάρων, και η έκφραση κυτοκίνης με τη μεσολάβηση NF-κB έχει τονιστεί στη μη απόκριση. 19 Παραλλαγές πολλών γονιδίων στη σηματοδότηση TLR/NF-κB σχετίζονται με το LN, συμπεριλαμβανομένων των TLR 3/7/9, MYD88, IRAK1, TNFAIP3 και TNIP1, 26, αλλά αυτή είναι η πρώτη φορά που ο NF-κB αποδίδεται στην κατηγορία IV LN. Το VCAM-1 έχει προταθεί ως βιοδείκτης δραστηριότητας LN,27 με αυξημένη έκφραση μεταξύ της αρχικής και της βιοψίας έκρηξης18 και της ικανότητας διαφοροποίησης της τάξης IV από άλλες κατηγορίες. Συμφωνώντας, παρατηρήσαμε μόνο μια σημαντική αύξηση στη μελέτη μας στην τάξη IV LN. Η ανάλυσή μας κατηγορίας IV τόνισε επίσης τη ρύθμιση των μεταβολικών διεργασιών ROS, η οποία έχει αναφερθεί ότι παίζει ρόλο στο SLE.21 CYBB, το γονίδιο που κωδικοποιεί τη βήτα αλυσίδα του κυτοχρώματος-245, μιας υπομονάδας του συμπλέγματος ενζύμου οξειδάσης NADPH , και ο δείκτης CD163 των μακροφάγων Μ2 αυξήθηκαν σε όλες τις τάξεις, αλλά οι περισσότεροι σημειώθηκαν στην κατηγορία IV. Το CD163 έχει προταθεί ως βιοδείκτης δραστηριότητας στα ούρα στο LN.18 Η παρουσία σηματοδότησης IFN τύπου Ι έχει συσχετιστεί με μιτοχονδριακές ανωμαλίες, οδηγώντας σε μιτοχονδριακή ανεπάρκεια και αυξημένο κυτταρικό θάνατο ως ρυθμιστικός μηχανισμός στην επίμονη απόκριση IFN τύπου Ι.21 Ωστόσο. Έχει αποδειχθεί σε ζωικά μοντέλα ότι η αλλοιωμένη μεταβολική δυσλειτουργία είναι μια αναστρέψιμη αλλαγή στους ιστούς που έχουν προσβληθεί από λύκο, που δεν οφείλεται στην έκθεση IFN τύπου Ι και η σωστή ρύθμιση μπορεί να αποκατασταθεί μετά την ανοσοκαταστολή σε ζωικά μοντέλα.28 Παρατηρήσαμε ένα παρόμοιο δίκτυο αλληλεπίδρασης STRING στο class IV vs class V και η κλάση IV έναντι της ανάλυσης TBM. Στην πραγματικότητα, συγκρίνοντας τα δύο, το 71,4% (135 από 189) των γονιδίων που ταυτοποιήθηκαν σε σχέση με το TBM είναι επίσης σημαντικά υψηλότερο όταν συγκρίνεται η κατηγορία IV με την κατηγορία V, με μονοπάτια εμπλουτισμένα για σηματοδότηση IFN τύπου Ι, σηματοδότηση JAK-STAT, Καταρράκτη συμπληρώματος, MHC II, δέσμευση ιντεγκρίνης, NF-κB και απόπτωση. Από αυτό, μπορούμε να συμπεράνουμε ότι ο ανοσολογικός εμπλουτισμός στην κατηγορία IV LN ρυθμίζεται σημαντικά προς τα πάνω από τον έλεγχο της νόσου μας (τις βιοψίες TBM) και από την κατηγορία V LN.
Η διερευνητική ανάλυση προσδιόρισε την οστεοποντίνη (OPN/SPP1), τη φιμπρονεκτίνη (FN1) και τη γαλακτίνη-3 (LGALS3) ως γονίδια ενδιαφέροντος σε σχέση με τη δραστηριότητα της νόσου του λύκου.16 Η FN1 έχει επίσης συνδεθεί με έξαρση.18 Στη μελέτη μας, το LGALS3 δεν εκφράστηκε σημαντικά. Ωστόσο, η FN1 ήταν σημαντική τόσο στην κατηγορία IV όσο και στην κατηγορία V. Η OPN ήταν σημαντική μόνο στην κατηγορία IV, μια παρατήρηση που δεν έγινε στην αρχική μελέτη. Το OPN προτάθηκε ως υποψήφιος δείκτης του επιθετικού και πολλαπλασιαστικού LN16 και έχει συσχετιστεί με υπερκυτταρικότητα, κυτταρικό πολλαπλασιασμό και σχηματισμό ημισελήνου σε μυϊκό LN.29 Ένας βασικός στόχος της μελέτης μας ήταν να παράσχουμεμεταγραφικά προφίλ ολόκληρου του νεφρούγια LN κατηγορίας III, IV και V με στόχο τον εντοπισμό μοριακών οδών και φλεγμονωδών μορίων που θα μπορούσαν να στοχευθούν για θεραπεία. Αν και δεν εντοπίσαμε νέες οδούς στόχευσης στο LN, η πρόσφατη έγκριση του anifrolumab, ενός ανθρώπινου μονοκλωνικού αντισώματος αποκλεισμού στην υπομονάδα 1 του υποδοχέα IFN τύπου Ι, για τη θεραπεία του λύκου παρέχει την ευκαιρία να κατανοήσουμε πώς η υπογραφή της ενδονεφρικής IFN μπορεί να επηρεάσει την ανταπόκριση. Η αναστολή του συμπληρώματος μπορεί επίσης να είναι μια πιθανή θεραπεία στο LN και η χρήση δεικτών νεφρικού συμπληρώματος, όπως ο συνδυασμός ανοσοχρώσης συμπληρώματος και μεταγραφικών προφίλ, μπορεί να είναι μια μέθοδος επιλογής ασθενών για μελέτες απόδειξης της ιδέας.30
Η μελέτη μας έχει σημαντικούς περιορισμούς. Η μεταγραφική ανάλυση περιορίστηκε στις 750 μεταγραφές που ανακρίθηκαν από το πάνελ NanoString. Ωστόσο, το πάνελ επιλέχθηκε για την ικανότητά του να διερευνά μεταγραφές ανοσίας και σχετιζόμενες με τη φλεγμονή, οι οποίες είναι σαφώς μείζονος σημασίας για την κατανόηση της μοριακής παθογένεσης του LN. Χρησιμοποιήσαμε τομή ολόκληρου του νεφρικού ιστού αντί να διαχωρίσουμε το σπειραματικό και το σωληναριακό διάμεσο ιστό, επομένως δεν μπορούσαμε να διακρίνουμε την έκφραση από διαφορετικά νεφρικά διαμερίσματα. Η χρήση ολόκληρου ιστού έχει το πλεονέκτημα ότι είναι η πιο τεχνικά εφικτή προσέγγιση πειραματικά και πιο πρακτική για μεταγενέστερη κλινική εφαρμογή. Αυτή ήταν μια αναδρομική μελέτη και έτσι οι θεραπευτικές προσεγγίσεις ήταν ετερογενείς. Περιορίσαμε τις βιοψίες μας σε σαφώς καθορισμένες βλάβες κατηγορίας III, IV και V χωρίς σημαντικές ουλές για να ενισχύσουμε την ικανότητά μας να ανιχνεύουμε διαφορές μεταξύ των κατηγοριών. Το πώς θα επηρεάζονταν τα σήματα από μικτές βλάβες ή βλάβες με χρόνια βλάβη (π.χ. αρτηριοσκλήρωση, IFTA και σπειραματοσκλήρωση) θα χρειαζόταν περαιτέρω μελέτη.
Συνοπτικά, έχουμε παράσχει μια μεταγραφική ανάλυση ολόκληρης νεφρικής τομής βιοψιών LN κατηγορίας III, IV και V χρησιμοποιώντας μια ομάδα ανιχνευτών γονιδίων ανοσίας και φλεγμονής. Προσδιορίσαμε μονοπάτια κοινά και για τις τρεις κατηγορίες και χαρακτηρίσαμε μονοπάτια που διαμορφώθηκαν σημαντικά μόνο στις βιοψίες κατηγορίας IV. Καθώς αναπτύσσονται πιο στοχευμένες θεραπείες για το LN, μπορεί να είναι δυνατή η χρήση μεταγραφικής ανάλυσης για την ενημέρωση της επιλογής θεραπείας.
Ευχαριστίες Θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε τους ασθενείς συνεργάτες μας για τη συμμετοχή τους στην κοινοπραξία MASTERPLANS (https://sites.manchester.ac.uk/ masterplans/). Θα θέλαμε επίσης να ευχαριστήσουμε τον James E. Peters για τη βοήθειά του στην κωδικοποίηση, τις στατιστικές συμβουλές και την υποστήριξη. Ευχαριστούμε το University College London Nanostring Facility. Αναγνωρίζουμε την υποστήριξη από το Εθνικό Ινστιτούτο Έρευνας Υγείας Βιοϊατρικό Ερευνητικό Κέντρο που εδρεύει στο Imperial College Healthcare National Health Service Trust και το Imperial College του Λονδίνου και από το Δίκτυο Κλινικής Έρευνας του Εθνικού Ινστιτούτου για την Έρευνα Υγείας. Το INB είναι ένα Εθνικό Ινστιτούτο Έρευνας Υγείας (NIHR) Senior Investigator Emeritus και χρηματοδοτείται από το NIHR Manchester Biomedical Research Centre.
Οι συνεργάτες ACG πραγματοποίησαν τα πειράματα, ανέλυσαν τα δεδομένα και συνέγραψαν το χειρόγραφο. Η HRW παρείχε βοήθεια με την απόκτηση δειγμάτων και τον κλινικό φαινοτύπο. Η HTC παρείχε εμπειρογνωμοσύνη σε θέματα νεφρικής παθολογίας. Οι MB, LL, TDC και INB παρείχαν βοήθεια με τον κλινικό φαινοτύπο και την ερμηνεία δεδομένων. Η MCP επέβλεψε το έργο και συνέγραψε το χειρόγραφο και είναι ο εγγυητής.
Χρηματοδότηση Αυτή η εργασία χρηματοδοτήθηκε από το Συμβούλιο Ιατρικής Έρευνας, επιχορήγηση MR/ M01665X/1, "Maximizing SLE Therapeutic Potential by Application of Novel and Systemic Approaches and the Engineering (MASTERPLANS)".
Αποποίηση ευθύνης Οι απόψεις που εκφράζονται είναι αυτές των συγγραφέων και όχι απαραίτητα αυτές της Εθνικής Υπηρεσίας Υγείας, του Εθνικού Ινστιτούτου Έρευνας για την Υγεία ή του Υπουργείου Υγείας.
Ανταγωνιστικά συμφέροντα Καμία δήλωση.
Συγκατάθεση ασθενούς για δημοσίευση Δεν ισχύει.
Έγκριση δεοντολογίας Η δεοντολογική έγκριση λήφθηκε μέσω της Τράπεζας Ιστών Imperial College: MREC 12/WA/0196, Project: R16063. Οι συμμετέχοντες έδωσαν ενημερωμένη συγκατάθεση να συμμετάσχουν στη μελέτη πριν λάβουν μέρος.
Προέλευση και αξιολόγηση από ομοτίμους Δεν έχει ανατεθεί. εξωτερικά αξιολογημένοι από ομοτίμους.
Δήλωση διαθεσιμότητας δεδομένων Τα δεδομένα είναι διαθέσιμα κατόπιν εύλογου αιτήματος. Όλα τα δεδομένα που σχετίζονται με τη μελέτη περιλαμβάνονται στο άρθρο ή ανεβαίνουν ως συμπληρωματικές πληροφορίες. Τα δεδομένα παρέχονται στο συμπληρωματικό αρχείο excel. Τα αρχεία ακατέργαστων δεδομένων είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος.
ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΚΕΣ ΑΝΑΦΟΡΕΣ
1 Gasparotto M, Gatto M, Binda V, et al. Νεφρίτιδα λύκου: κλινικές εκδηλώσεις και αποτελέσματα στον 21ο αιώνα. Rheumatology 2020;59:v39–51.
2 Hoover PJ, Costenbader KH. Πληροφορίες για την επιδημιολογία και τη διαχείριση της νεφρίτιδας του λύκου από την οπτική γωνία του ρευματολόγου των ΗΠΑ. Kidney Int 2016; 90:487–92.
3 Fanouriakis A, Kostopoulou M, Cheema K, et al. Ενημέρωση 2019 του κοινού Ευρωπαϊκού Συνδέσμου κατά των Ρευματισμών και των συστάσεων της Ευρωπαϊκής Ένωσης Νεφρών-Ευρωπαϊκής Ένωσης Αιμοκάθαρσης και Μεταμοσχεύσεων (EULAR/ ERA-EDTA) για τη διαχείριση της νεφρίτιδας του λύκου. Ann Rheum Dis 2020; 79:713–23.
4 Moroni G, Vercelloni PG, Quaglini S, et al. Μεταβαλλόμενα πρότυπα στην κλινική-ιστολογική παρουσίαση και τη νεφρική έκβαση τις τελευταίες πέντε δεκαετίες σε μια ομάδα 499 ασθενών με νεφρίτιδα λύκου. Ann Rheum Dis 2018; 77:1318–2
5. 5 Weening JJ, D'Agati VD, Schwartz MM, et al. Επανεξετάστηκε η ταξινόμηση της σπειραματονεφρίτιδας στον συστηματικό ερυθηματώδη λύκο. J Am Soc Nephrol 2004; 15:241–50.
6 Bajema IM, Wilhelmus S, Alpers CE, et al. Αναθεώρηση της ταξινόμησης της Διεθνούς Εταιρείας Νεφρολογίας/Νεφρικής Παθολογίας της Εταιρείας για τη νεφρίτιδα του λύκου: αποσαφήνιση των ορισμών και τροποποιημένοι δείκτες δραστηριότητας και χρονιότητας των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας. Kidney Int 2018; 93:789–96.
7 Haring CM, Rietveld A, van den Brand JAJG, et al. Οι τμηματικές και ολικές υποκατηγορίες της νεφρίτιδας λύκου κατηγορίας IV έχουν παρόμοια νεφρικά αποτελέσματα. J Am Soc Nephrol 2012; 23:149–54.
8 Austin HA, Muenz LR, Joyce KM, et al. Διάχυτη πολλαπλασιαστική νεφρίτιδα λύκου: αναγνώριση συγκεκριμένων παθολογικών χαρακτηριστικών που επηρεάζουν τη νεφρική έκβαση. Kidney Int 1984, 25:689–95.
9 Dall'Era Μ, Cisternas MG, Smilek DE, et al. Πρόβλεψη μακροπρόθεσμης νεφρικής έκβασης σε δοκιμές νεφρίτιδας λύκου: διδάγματα που αντλήθηκαν από την κοόρτη νεφρίτιδας Euro-Lupus. Arthritis Rheumatol 2015; 67:1305-13.
10 Moroni G, Gatto M, Tamborini F, et al. Η έλλειψη ανταπόκρισης EULAR/ERA-EDTA σε 1 έτος προβλέπει κακή μακροπρόθεσμη νεφρική έκβαση σε ασθενείς με νεφρίτιδα λύκου. Ann Rheum Dis 2020; 79:1077–83.
Υποστήριξη της Wecistanche-Ο μεγαλύτερος εξαγωγέας κιστάνι στην Κίνα:
Διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου:wallence.suen@wecistanche.com
Whatsapp/Tel:+86 15292862950
Αγορά για περισσότερες λεπτομέρειες Λεπτομέρειες:
https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop
