Ποικιλομορφία και εξέλιξη υπολογιστικών προβλεπόμενων επιτόπων κυττάρων Τ κατά του ανθρώπινου αναπνευστικού συγκυτιακού ιού
Dec 05, 2023
Αφηρημένη
Ο ανθρώπινος αναπνευστικός συγκυτιακός ιός (RSV) είναι μια κύρια αιτία λοίμωξης του κατώτερου αναπνευστικού. Παρά τα περισσότερα από 60 χρόνια έρευνας, δεν υπάρχει αδειοδοτημένο εμβόλιο. Ενώ η ανταπόκριση των Β κυττάρων είναι μια σημαντική εστίαση για το σχεδιασμό του εμβολίου, το προφίλ επιτόπου Τ κυττάρων του RSV είναι επίσης σημαντικό για την ανάπτυξη εμβολίου. Εδώ, προβλέψαμε υπολογιστικά τους υποτιθέμενους επιτόπους Τ κυττάρων στην πρωτεΐνη Σύντηξης (F) και τη Γλυκοπρωτεΐνη (G) των άγριων κυκλοφορούντων στελεχών του RSV προβλέποντας τη συγγένεια δέσμευσης κατηγορίας Ι και κατηγορίας II μείζονος ιστοσυμβατότητας (MHC). Περιορίσαμε τα συμπεράσματά μας σε διατηρημένους επιτόπους και στις πρωτεΐνες F και G που έχουν επικυρωθεί πειραματικά. Εφαρμόσαμε πολυδιάστατη κλιμάκωση (MDS) για να κατασκευάσουμε τοπία επιτόπων Τ κυττάρων για να διερευνήσουμε την ποικιλομορφία και την εξέλιξη των προφίλ Τ κυττάρων σε διαφορετικά στελέχη RSV. Βρίσκουμε ότι τα στελέχη RSV συγκεντρώνονται σε τρεις ομάδες RSV-A και δύο ομάδες RSV-B σε αυτό το τοπίο επιτόπου Τ. Αυτές οι ομάδες αντιπροσωπεύουν αποκλίνοντα στελέχη RSV με δυνητικά διαφορετικά ανοσογονικά προφίλ. Επιπλέον, τα αποτελέσματά μας δείχνουν μεγαλύτερη αναλογία διατήρησης της περιεκτικότητας σε επιτόπους Τ κυττάρου πρωτεΐνης F μεταξύ των πρόσφατων επιδημικών στελεχών, ενώ η περιεκτικότητα σε επιτόπους Τ κυττάρων πρωτεΐνης G μειώθηκε. Είναι σημαντικό ότι τα αποτελέσματά μας υποδηλώνουν ότι οι RSV-A και RSV-B έχουν διαφορετικά μοτίβα μετατόπισης και αντικατάστασης επιτόπου και ότι τα εμβόλια RSV-B μπορεί να χρειάζονται πιο συχνές ενημερώσεις. Η μελέτη μας παρέχει ένα νέο πλαίσιο για τη μελέτη της εξέλιξης του επιτόπου Τ κυττάρων RSV. Η κατανόηση των προτύπων διατήρησης και αλλαγής του επιτόπου Τ κυττάρων μπορεί να είναι πολύτιμη για το σχεδιασμό και την αξιολόγηση του εμβολίου.
Οφέλη από το σωληνίσκο cistanche- ενίσχυση του ανοσοποιητικού συστήματος
Σύνοψη συγγραφέα
Οι λοιμώξεις του κατώτερου αναπνευστικού που προκαλούνται από τον ανθρώπινο αναπνευστικό συγκυτιακό ιό (RSV) αποτελούν παγκόσμια πρόκληση για την υγεία. Η ανοσοαπόκριση του επιτόπου Β-λεμφοκυττάρου ήταν το κύριο επίκεντρο του εμβολίου RSV και της θεραπευτικής ανάπτυξης. Ωστόσο, η ανοσία που προκαλείται από επίτοπο Τ κυττάρων παίζει σημαντικό ρόλο στην επίλυση της μόλυνσης από RSV. Ενώ η γενετική ποικιλομορφία του RSV έχει αναφερθεί ευρέως, λίγες μελέτες επικεντρώνονται στην ποικιλομορφία των επιτόπων των κυττάρων Τ RSV, η οποία μπορεί να επηρεάσει την αποτελεσματικότητα του εμβολίου. Εδώ, χρησιμοποιούμε υπολογιστικά προβλεπόμενα προφίλ επιτόπων Τ κυττάρων κυκλοφορούντων στελεχών για να χαρακτηρίσουμε την ποικιλομορφία και την εξέλιξη του επιτόπου Τ κυττάρων των RSV Α και Β. Αξιολογούμε συστηματικά το προφίλ επιτόπου Τ κυττάρων των πρωτεϊνών RSV F και G. Παρέχουμε μια απεικόνιση τοπίου επιτόπου Τ κυττάρων που δείχνει τη συνκυκλοφορία τριών ομάδων RSV-A και δύο ομάδων RSV-B, υποδηλώνοντας δυνητικά διακριτή ανοσία Τ κυττάρων. Επιπλέον, η μελέτη μας δείχνει διαφορετικά επίπεδα διατήρησης της περιεκτικότητας σε επιτόπους Τ κυττάρων πρωτεΐνης F και G, τα οποία μπορεί να είναι σημαντικό να συσχετιστούν με τη διάρκεια της προστασίας του εμβολίου. Αυτή η μελέτη παρέχει ένα νέο πλαίσιο για τη μελέτη της εξέλιξης του επιτόπου Τ-λεμφοκυττάρου RSV, τη συμπερίληψη της ανοσίας των κυττάρων Τ RSV σε επίπεδα πληθυσμού και την παρακολούθηση της αποτελεσματικότητας του εμβολίου RSV.
Εισαγωγή
Ο ανθρώπινος αναπνευστικός συγκυτιακός ιός (RSV) είναι ένας ιός RNA αρνητικού κλώνου που ταξινομείται στηνΟρθοπνευμοϊόςγένος της οικογένειαςPneumoviridae. Αποτελεί κύρια αιτία παθήσεων του κατώτερου αναπνευστικού σε νεαρά βρέφη, ανοσοκατεσταλμένα άτομα και ηλικιωμένους, με αποτέλεσμα ετήσιες επιδημίες παγκοσμίως [1]. Το γονιδίωμα μονόκλωνου RNA του RSV είναι περίπου 15,2 kb και κωδικοποιεί 11 ιικές πρωτεΐνες [2]. Οι πρωτεΐνες Fusion (F) και Glycoprotein (G) είναι οι δύο κύριες πρωτεΐνες επιφάνειας [3]. Η πρωτεΐνη F θεωρείται γενικά ότι διατηρείται και επομένως είναι το επίκεντρο των περισσότερων σύγχρονων σχεδίων εμβολίων RSV. Αν και η πρωτεΐνη G είναι εξαιρετικά μεταβλητή, η συμβολή της στην παθογένεση της νόσου και ο ρόλος της στη βιολογία της μόλυνσης υποδηλώνουν ότι μπορεί επίσης να είναι ένα αποτελεσματικό αντιγόνο εμβολίου RSV [4]. Παρά τη σημαντική επιβάρυνση της μόλυνσης από RSV παγκοσμίως, δεν υπάρχει εγκεκριμένο εμβόλιο. Η μόνη εγκεκριμένη παρέμβαση είναι η παθητική ανοσοπροφύλαξη με palivizumab, η οποία επιτυγχάνεται με τη χορήγηση του μονοκλωνικού αντισώματος (mAb) σε μια εξαιρετικά περιορισμένη ομάδα βρεφών κάτω των 24 μηνών και η θεραπεία πρέπει να επαναλαμβάνεται κάθε μήνα κατά τη διάρκεια της περιόδου RSV λόγω της σχετικά σύντομη ημιζωή του αντισώματος [5,6]. Λόγω του υψηλού κόστους των θεραπειών με μονοκλωνικά αντισώματα, αυτή η παρέμβαση περιορίζεται σε βρέφη υψηλού κινδύνου και γενικά δεν είναι διαθέσιμη στις αναπτυσσόμενες χώρες. Ένα εμβόλιο κατά του RSV αποτελεί επείγουσα παγκόσμια προτεραιότητα υγειονομικής περίθαλψης και είναι πιθανό ότι χρειάζονται διαφορετικές στρατηγικές για τις διάφορες ομάδες υψηλού κινδύνου.
Οφέλη από το cistanche-ενισχύουν το ανοσοποιητικό σύστημα
Ορισμένες ερευνητικές ομάδες έχουν εργαστεί για την ανάπτυξη του εμβολίου RSV από την απομόνωση και τον χαρακτηρισμό του το 1956 [7,8]. Ωστόσο, ο εμβολιασμός με το εμβόλιο RSV (FI-RSV) που έχει αδρανοποιηθεί με φορμαλίνη, σε βρέφη και μικρά παιδιά που δεν είχαν λάβει RSV, οδήγησε στην ανάπτυξη της νόσου ενισχυμένης με εμβόλια (VED) που εμπόδισε την ανάπτυξη του εμβολίου για δεκαετίες επόμενες [9. ]. Πολλές μελέτες έχουν διεξαχθεί για να εξηγήσουν αυτό το ανεπιθύμητο αποτέλεσμα. Είναι πιθανό ότι η καθήλωση με φορμαλίνη οδήγησε σε ένα εμβόλιο που παρουσίαζε ως επί το πλείστον τη μετά τη σύντηξη διαμόρφωση της πρωτεΐνης RSV F, οδηγώντας σε περίσσεια μη εξουδετερωτικών αντισωμάτων και σχηματισμό ανοσοσυμπλεγμάτων [10-12]. Άλλες μελέτες έδειξαν ότι μια εξασθενημένη απόκριση των Τ κυττάρων με λοξή Th2 [13,14], καθώς και η εναπόθεση συμπληρώματος στους πνεύμονες, συνέβαλαν στην ενισχυμένη στρατολόγηση ουδετερόφιλων [12]. Οι πρόσφατες εξελίξεις, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης της πρωτεΐνης F [15] και της ανάπτυξης μοντέλων τρωκτικών RSV [16] συνέβαλαν σε έναν αριθμό υποψηφίων εμβολίων με νέα σχέδια και σκευάσματα που βρίσκονται επί του παρόντος σε κλινικές δοκιμές [3,17,18]. Ενώ οι περισσότερες τρέχουσες στρατηγικές εμβολιασμού κατά του RSV εστιάζονται σε μια επαγόμενη από Β-κύτταρα ανοσοαπόκριση εξουδετέρωσης, η ανοσία των Τ-κυττάρων παίζει επίσης σημαντικό ρόλο στην επίλυση της μόλυνσης από τον ιό και είναι απαραίτητη για την ανάπτυξη εμβολίου RSV [17,18]. Μόλις εγκατασταθεί η μόλυνση των κατώτερων αεραγωγών με RSV, τα CD8 Τ κύτταρα παίζουν σημαντικό ρόλο στην ιική κάθαρση και τα βοηθητικά Τ κύτταρα CD4 μπορούν να ενορχηστρώσουν τις κυτταρικές ανοσοαποκρίσεις και να διεγείρουν τα Β κύτταρα να παράγουν αντισώματα. Ωστόσο, οι προκατειλημμένες αποκρίσεις Th{29}}έχουν συσχετιστεί με ζωικά μοντέλα RSV VED και η μέτρηση των αποκρίσεων Th1 και Th2 θεωρείται σημαντική για την πρόβλεψη της ασφάλειας των υποψηφίων εμβολίων [12]. Επομένως, η επαγωγή μιας ισορροπημένης κυτταρικής ανοσοαπόκρισης μέσω του εμβολιασμού θα προάγει την κάθαρση του RSV, αλλά πρέπει να δίνεται προσοχή για να αποφευχθεί η πιθανότητα ανοσοπαθολογίας. Συνολικά, απαιτείται μια πιο προσεκτική εξέταση της ανοσίας των Τ κυττάρων και των αλληλουχιών ιών που επάγουν αποκρίσεις Τ κυττάρων για την ανάπτυξη εμβολίου RSV.
Ο ανθρώπινος συγκυτιακός ιός του αναπνευστικού έχει ένα περίπλοκο μοτίβο κυκλοφορίας στον ανθρώπινο πληθυσμό. Μέσα σε δύο αντιγονικές ομάδες, τον RSV-A και τον RSV-B, διαφορετικοί γονότυποι μπορούν να συν-κυκλοφορούν στην ίδια κοινότητα, ενώ νέοι γονότυποι RSV με υψηλή γονιδιωματική ποικιλομορφία μπορεί να προκύψουν και ενδεχομένως να αντικαταστήσουν τους προηγουμένως κυρίαρχους γονότυπους [19]. Τα τελευταία χρόνια, έχουν εντοπιστεί αρκετές μοναδικές γενετικές τροποποιήσεις στον RSV, συμπεριλαμβανομένου ενός 72-νουκλεοτιδίου (nt) διπλασιασμού (γονότυπος ON) στο γονίδιο RSV-A G και ενός άλλου με διπλασιασμό 60-nt (γονότυπος BA ) σε RSV-B σε παρόμοια περιοχή [20]. Η παρατηρούμενη γενετική ποικιλομορφία του RSV έχει εγείρει ένα ερώτημα σχετικά με το εάν είναι απαραίτητο ένα εμβόλιο RSV να περιλαμβάνει πολλά διαφορετικά στελέχη για να είναι αποτελεσματικό. Οι περισσότερες τρέχουσες εξελίξεις εμβολίου RSV βασίζονται σε ένα εργαστηριακό στέλεχος RSV A2, το οποίο είναι ένα χιμαιρικό στέλεχος που ανήκει στον υποτύπο Α [21]. Ενώ αυτές οι θεραπείες υπόσχονται, υπάρχει η πιθανότητα ιικών στελεχών να αναπτύξουν μεταλλάξεις διαφυγής. Για παράδειγμα, στελέχη ανθεκτικά στο palivizumab έχουν απομονωθεί τόσο από μοντέλα τρωκτικών RSV όσο και από ανθρώπους [17,22]. Αρκετές σειρές στοιχείων υποδηλώνουν επίσης ότι η αντιγονική παραλλαγή μπορεί να παίζει ρόλο στην ικανότητα του RSV να διαφεύγει από την ανοσοαπόκριση και τις εγκατεστημένες λοιμώξεις [23]. Ενώ οι εξαιρετικά συντηρημένοι επίτοποι Τ-λεμφοκυττάρων στο εμβόλιο RSV μπορεί να μην παρέχουν πλήρη προστασία έναντι της μόλυνσης όταν λείπουν διασταυρούμενες προστατευτικές αποκρίσεις αντισωμάτων, οι εξαιρετικά διατηρημένοι επίτοποι Τ-λεμφοκυττάρων στο εμβόλιο μπορεί να μειώσουν τη σοβαρότητα της ασθένειας και να περιορίσουν την εξάπλωση του ιού. Ωστόσο, έχουν αναφερθεί διακυμάνσεις αμινοξέων στο επίπεδο επιτόπου Τ κυττάρων και η πιθανή εμφάνιση νέων επιτόπων Τ κυττάρων πρόσφατων στελεχών που κυκλοφορούν RSV [24] και απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να καταδειχθούν οι επιδράσεις των παραλλαγών αμινοξέων στην αναγνώριση των Τ κυττάρων . Ως εκ τούτου, ο χαρακτηρισμός των προφίλ επιτόπων Τ κυττάρων σε διαφορετικά στελέχη είναι πολύ σημαντικός για την κατανόηση της εξέλιξης του RSV και μπορεί να είναι σημαντικός για την ανάπτυξη εμβολίου RSV.
φυτικό κιστανάκι που ενισχύει το ανοσοποιητικό σύστημα
Κάντε κλικ εδώ για να δείτε τα προϊόντα Cistanche Enhance Immunity
【Ζητήστε περισσότερα】 Email:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιούμε ανοσοπληροφορικές προσεγγίσεις που εφαρμόζονται στην εργαλειοθήκη iVAX [25] για την πρόβλεψη των επιτόπων Τ κυττάρων σε RSV σε διαφορετικά στελέχη με εστίαση στις δύο κύριες επιφανειακές πρωτεΐνες F και G. Με την ανάλυση ενός ολοκληρωμένου συνόλου δεδομένων, αξιολογήστε το προφίλ επιτόπου Τ-λεμφοκυττάρου ειδικού για τη γενεαλογία του RSV. Δημιουργούμε επίσης τοπία επιτόπων Τ κυττάρων με βάση την αλληλουχία με βάση τη σύγκριση περιεχομένων επιτόπων μεταξύ διαφορετικών στελεχών και συσχετίζουμε περαιτέρω την αλλαγή της ανοσίας των Τ κυττάρων RSV με την εξέλιξη του ιού. Υπολογίστηκε επίσης η αναλογία διατηρημένων διατηρημένων επιτόπων Τ κυττάρων μεταξύ των υποψήφιων για εμβόλιο στελεχών που αναπτύχθηκαν νωρίτερα και των στελεχών που κυκλοφορούν RSV με διαφορετικά έτη και θέσεις απομόνωσης. Αυτές οι αναλύσεις μπορεί να βοηθήσουν στην κατανόηση της ανοσίας των Τ κυττάρων RSV σε διαφορετικά στελέχη και να συμβάλουν στις τρέχουσες προσπάθειες σχεδιασμού εμβολίων.
Αποτελέσματα
Κατανομή επιτόπων Τ κυττάρων σε πρωτεΐνες επιφάνειας RSV
Αξιολογήσαμε το ανοσογονικό δυναμικό των Τ κυττάρων σε επιφανειακές πρωτεΐνες RSV σαρώνοντας 9 υπολειμματικές περιοχές για να προβλέψουμε την πιθανότητα δέσμευσης σε μόρια MHC τάξης Ι και κατηγορίας II (Εικόνα 1). Η πυκνότητα επιτόπου των επιφανειακών πρωτεϊνών RSV αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας μια κανονικοποιημένη βαθμολογία πυκνότητας επιτόπου, η οποία υπολογίζεται αθροίζοντας την προβλεπόμενη βαθμολογία δέσμευσης πεπτιδίου-MHC κατά μήκος της πρωτεΐνης και κανονικοποιώντας την με το μήκος της πρωτεΐνης. Η βαθμολογία για τυχαία δημιουργούμενες πρωτεΐνες ορίζεται στο μηδέν και τα αντιγόνα του εμβολίου γενικά σκοράρουν πάνω από το +20 σε αυτήν την κλίμακα [25]. Η πρωτεΐνη F έχει βαθμολογία πυκνότητας επιτόπου μεγαλύτερη από +20 για την ανάλυση κλίμακας ανοσογονικότητας κατηγορίας Ι και τάξης II, υποδεικνύοντας σημαντικό ανοσογονικό δυναμικό [25]. Αυτό έρχεται σε αντίθεση με τις χαμηλότερες βαθμολογίες πρωτεϊνικής πυκνότητας επιτόπου κατηγορίας I και κατηγορίας II για τους δύο υποτύπους RSV. Η βαθμολογία πυκνότητας επιτόπου κατηγορίας Ι της πρωτεΐνης G ήταν μεγαλύτερη από +10 και στους δύο υποτύπους, αλλά η πυκνότητα τάξης II ήταν χαμηλότερη από την τυχαία προσδοκία στην ανάλυση του RSV-B (Σχήμα 1Α). Αυτό το αποτέλεσμα υποδηλώνει ότι οι επιφανειακές πρωτεΐνες RSV είναι πιθανό να έχουν τη δυνατότητα να διεγείρουν Τ κύτταρα που απαιτούνται για την προστατευτική ανοσία. Στη συνέχεια, ερευνήσαμε την κατανομή της ανοσογονικότητας των Τ κυττάρων μεταξύ των πρωτεϊνών και βρήκαμε ότι υπάρχουν περιοχές με σχετικά υψηλό ανοσογονικό δυναμικό Τ κυττάρων (Εικόνα 1Β). Η κατανομή της ανοσογονικότητας των Τ κυττάρων της πρωτεΐνης F χαρτογραφήθηκε στην πρωτεϊνική δομή της και η επικάλυψη μεταξύ περιοχών αλληλουχίας πρωτεΐνης με υψηλό δυναμικό ανοσίας Τ κυττάρων και οι στόχοι εξουδετέρωσης αντισώματος παρατηρήθηκαν στην αντιγονική θέση F και στη θέση II.
Σχήμα 1. Ανοσογόνο δυναμικό κυττάρων Τ για πρωτεΐνες επιφάνειας RSV με βάση την πρόβλεψη δέσμευσης MHC
Προφίλ επιτόπου Τ-κυττάρου ειδικά για τη σειρά
Στη συνέχεια επεκτείναμε τις προβλέψεις επιτόπων Τ κυττάρων από αντιπροσωπευτικά στελέχη RSV σε πολλαπλά άγρια κυκλοφορούντα στελέχη. Η κατανομή και η ποικιλομορφία των επιτόπων Τ κυττάρων σε διαφορετικά στελέχη απεικονίζονται σε θερμικούς χάρτες με τις αντίστοιχες χρονικά κλιμακούμενες φυλογονίες (Σχήματα S1 και S2). Τόσο οι πρωτεΐνες F όσο και οι πρωτεΐνες G περιέχουν επιτόπους που διατηρήθηκαν σε όλα τα στελέχη RSV σχεδόν στο 100% των απομονώσεων των δειγμάτων, υποδηλώνοντας ότι θα μπορούσαν να χρησιμεύσουν ως υψηλής ποιότητας επίτοποι Τ κυττάρων για σχεδιασμό εμβολίου. Αντίθετα, ορισμένοι επίτοποι μεταλλάχθηκαν σε επιλεγμένα στελέχη, και εκείνοι οι επίτοποι που εμφανίστηκαν μόνο σε ορισμένες κλάδες εντός της φυλογένεσης θα μπορούσαν να ερμηνευθούν ως «δακτυλικά αποτυπώματα» ειδικά για το κλάδο.
Τα συμβάντα διπλασιασμού του γονιδίου G στον RSV, που είναι μοναδικές γονιδιακές υπογραφές, μπορούν είτε να μετατοπίσουν τη θέση των επιτόπων (οι θέσεις είναι διαφορετικές αλλά τα αμινοξέα των επιτόπων είναι πανομοιότυπα με τα απομονωμένα στελέχη πρωτεΐνης G χωρίς διπλασιασμό) είτε να προκαλέσουν την εμφάνιση νέων επιτόπων. Δύο νέοι επίτοποι κατηγορίας Ι, (αρ. 31 και αρ. 40 στο S2A Fig), βρέθηκαν σε στελέχη RSV-A που περιέχουν διπλασιασμό του γονιδίου G. Επιπλέον, ένας αναδυόμενος επίτοπος τάξης II (αρ. 25 στο S2A Fig) ταυτοποιήθηκε σε αλληλουχίες RSV-A που περιέχουν διπλασιασμό του γονιδίου G, που ήταν μια μετατόπιση από έναν επίτοπο (αρ. 24) που έχει παρατηρηθεί σε άλλα στελέχη. Από στελέχη RSV-B που περιέχουν το συμβάν διπλασιασμού του γονιδίου G, παρατηρήσαμε επίσης πολλαπλούς επιτόπους κυττάρων ΙΤ κατηγορίας ειδικών για τη γενεαλογία, οι οποίοι προκαλούνται από μια 2-διαγραφή αμινοξέων (aa) (aa157 και aa158) σε αυτά τα στελέχη που οφείλεται άμεσα στο 60-t συμβάν διπλασιασμού. Οι πρωτεΐνες G RSV-B που έχουν το γεγονός διπλασιασμού περιέχουν πολλαπλούς νέους επίτοπους (αρ. 22, 23, 26, 28, 30, 37) αλλά δεν περιέχουν πολλούς επιτόπους (αρ. 24, 25, 27, 29, 31, 38) που αναγνωρίζονται σε άλλα στελέχη (Σχήμα S2B). Για να προσδιορίσουμε περαιτέρω εάν οι υπολογιστικά προβλεπόμενοι επίτοποι Τ-λεμφοκυττάρων με υψηλό δυναμικό δέσμευσης MHC είναι ανοσογονικοί, χρησιμοποιήσαμε τον αλγόριθμο JanusMatrix [27] για να αναγνωρίσουμε τους επιτόπους Τ κυττάρων που είναι πιθανό να διατηρηθούν διασταυρωμένα με ανθρώπινα πεπτίδια και ως εκ τούτου να γίνουν ανεκτά από το ανοσοποιητικό σύστημα . Με βάση αυτή την ανάλυση, το 6,45% των υποτιθέμενων επιτόπων κατηγορίας Ι και το 1,12% των υποτιθέμενων επιτόπων κατηγορίας II πρωτεϊνών κύριας επιφάνειας RSV διατηρούνται διασταυρούμενα με επιτόπους προερχόμενους από ανθρώπινο πρωτέωμα σε υπολείμματα που αντιμετωπίζουν τον υποδοχέα Τ κυττάρων (TCR). Καθώς αυτά τα πεπτίδια έχουν παρόμοιες προτιμήσεις δέσμευσης HLA που περιέχονται σε ανθρώπινες πρωτεΐνες (Σχήμα S3), θεωρήθηκε επομένως ότι δεν είναι ανοσογόνα. Μετά τον αποκλεισμό των επιτόπων με υψηλή βαθμολογία JanusMatrix που προσδιορίστηκαν παραπάνω, μπορέσαμε να αναγνωρίσουμε επιτόπους Τ-λεμφοκυττάρων που διατηρήθηκαν σε περισσότερο από το 60% των στελεχών RSV που κυκλοφορούν σήμερα. Αναζητήσαμε τη βάση δεδομένων επιτόπων IEDB για να προσδιορίσουμε εάν αυτοί οι επίτοποι σχετίζονταν με πειραματικά επικυρωμένους επιτόπους κυττάρων Τ RSV ή συνδέτες HLA (Πίνακας Α στο κείμενο S1). Οι διατηρημένες αλληλουχίες επιτόπιων κυττάρων Τ RSV που μπορεί να είναι σημαντικές για μελλοντική ανάπτυξη εμβολίου φαίνονται στους Πίνακες 1 και 2 (Πίνακες Β και Γ στο Κείμενο S1).
Πίνακας 1. Πειραματικά επικυρωμένα συντηρημένα επιτόπια MHC κατηγορίας Ι πεπτίδια σε πρωτεΐνες κύριας επιφάνειας RSV
Προβλεπόμενα τοπία επίτοπων κυττάρων Τ RSV
To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 δεκαετίες). Η ανάλυση του RSV-B δείχνει έναν κύκλο εργασιών των προβλεπόμενων ανοσολογικών φαινοτύπων με σύντομες περιόδους συνκυκλοφορίας (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.
Πίνακας 2. Πειραματικά επικυρωμένα συντηρημένα πεπτίδια επιτόπων MHC τάξης II σε πρωτεΐνες κύριας επιφάνειας RSV
Εικ. 2. Προβλεπόμενα τοπία επιτόπιων κυττάρων Τ και γενετική εξέλιξη των επιφανειακών πρωτεϊνών RSV
Υπάρχουν πολλές διαθέσιμες μέθοδοι για την πρόβλεψη των επιτόπων των Τ κυττάρων [31], οι οποίες μπορεί να οδηγήσουν σε διαφορετικά ανακατασκευασμένα τοπία εάν υπάρχει συστηματική προκατάληψη στη μέθοδο πρόβλεψης. Χρησιμοποιήσαμε τη μέθοδο NetMHCpan [32] για να προβλέψουμε τους επιτόπους των Τ κυττάρων και να εκτελέσουμε την ίδια ανακατασκευή τοπίου χρησιμοποιώντας προβλέψεις δέσμευσης MHC τάξης Ι για την πρωτεΐνη RSV-A F. Η ανάλυσή μας έδειξε ένα σταθερό ομαδοποιημένο μοτίβο του προφίλ επιτόπου Τ RSV στο τοπίο ανεξάρτητα από τη μέθοδο πρόβλεψης επιτόπου Τ κυττάρων (S7 Σχήμα).
Σχήμα 3. Αξιολόγηση προηγουμένως χρησιμοποιημένων υποψήφιων στελεχών εμβολίου RSV με περιεκτικότητα σε επιτόπιο Τ κυττάρων κυκλοφορούντων στελεχών
Εκτίμηση υποψήφιων στελεχών εμβολίου με περιεκτικότητα σε επίτοπο Τ κυττάρων
T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) και σχετικά χαμηλότερο βαθμό διατήρησης έναντι στελεχών που απομονώθηκαν πρόσφατα. Παρόμοια μείωση στη διατήρηση του επιτόπου Τ κυττάρου με το χρόνο αναγνωρίστηκε για το στέλεχος εμβολίου CP52 μεταξύ των κυκλοφορούντων στελεχών RSV-B.
Συζήτηση
Αν και τόσο τα CD4 όσο και τα CD8 Τ κύτταρα συμβάλλουν στην προστασία έναντι της επαγόμενης από RSV νόσου μετά από πρωτογενή μόλυνση [16,34], οι επίτοποι Τ κυττάρων έχουν λάβει περιορισμένη προσοχή στην ερευνητική προσπάθεια RSV. Αποδεικνύουμε ότι οι επιφανειακές πρωτεΐνες RSV φαίνεται να έχουν σημαντικό δυναμικό να οδηγήσουν την ανοσία των Τ κυττάρων χρησιμοποιώντας μια υπολογιστική προσέγγιση, με βάση τις βαθμολογίες πυκνότητας επιτόπου Τ κυττάρων, όπως προσδιορίζονται από την πρόβλεψη μοριακής δέσμευσης MHC. Η σχετικά υψηλή πιθανή πυκνότητα επιτόπου Τ κυττάρων μπορεί να κάνει την πρωτεΐνη F καλό στόχο για το εμβόλιο RSV. Εκτός από την ανάλυση της πυκνότητας και της κατανομής των επιτόπων Τ κυττάρων σε πρωτεΐνες κύριας επιφάνειας RSV, δείξαμε επίσης παραλλαγές ειδικών για τη γενεαλογία στο περιεχόμενο επιτόπου Τ κυττάρων. Παρόλο που η πρωτεΐνη RSV F πιστεύεται ότι είναι καλά διατηρημένη, παρατηρούνται μεταλλάξεις επιτόπου σε διαφορετικές σειρές εντός της πρωτεΐνης F, υποδηλώνοντας ότι η μελέτη των ειδικών για τη σειρά επιτόπων Τ κυττάρων στον RSV μπορεί να δώσει πληροφορίες για τον αντίκτυπο της ανοσολογικής επιλογής στην ποικιλομορφία και την επιμονή του ιού. . Σε αντίθεση με τη διατηρημένη πρωτεΐνη F, η πρωτεΐνη RSV G αναφέρεται ότι είναι εξαιρετικά μεταβλητή, παρατηρήσαμε ακόμη πιθανούς διατηρημένους επιτόπους Τ κυττάρων σε διαφορετικά στελέχη, γεγονός που υποδηλώνει μεγάλο ενδιαφέρον για τη διατηρημένη περιοχή πρωτεΐνης G ως πιθανούς στόχους εμβολίου για την ανοσολογική προστασία των Τ κυττάρων . Ενώ απαιτείται πειραματική επικύρωση, αυτή η ανάλυση υπογραμμίζει τη σημασία της κατανόησης της διατήρησης του επιτόπου σε επίπεδο πληθυσμού, καθώς μπορεί να παρέχει σημαντική εικόνα για την ανάπτυξη εμβολίων που οδηγούνται από επίτοπο Τ-λεμφοκυττάρων κατά της μόλυνσης από RSV.
Ένα σημαντικό επίκεντρο της δουλειάς μας είναι η ανάπτυξη μιας μεθόδου βασισμένης σε αλληλουχία για τη χαρτογράφηση της εξέλιξης της ανοσίας των Τ κυττάρων σε διαφορετικούς λεκέδες. Μετά από μια προηγουμένως καθοριστική εργασία που χρησιμοποίησε τη μέθοδο MDS για να χαρτογραφήσει την εξελικτική προσαρμογή του ιού της γρίπης Α που προκαλείται από CD8 Τ κύτταρα χρησιμοποιώντας την παρουσία και την απουσία επιτόπων MHC κατηγορίας I [35], κατασκευάσαμε τοπία ανοσίας Τ κυττάρων RSV χρησιμοποιώντας ανοσολογικές αποστάσεις που δημιουργήθηκαν με αναλύσεις διασταυρούμενης διατήρησης επιτόπων Τ κυττάρων, που επιτρέπει την εύκολη οπτικοποίηση και τη διαισθητική κατανόηση της δυνατότητας για σχέσεις ανοσίας Τ κυττάρων μεταξύ διαφορετικών στελεχών. Κατά τη σύγκριση μεταξύ των στελεχών, διαπιστώσαμε ότι η περιεκτικότητα σε επιτόπους Τ κυττάρων των πρωτεϊνών επιφάνειας RSV από διαφορετικά στελέχη μπορεί να συγκεντρωθεί, όπως έχει παρατηρηθεί για την αντιγονική σχέση που αναφέρεται σε άλλα παθογόνα [36,37]. Τα αποτελέσματά μας καταδεικνύουν επίσης την αντιστοιχία μεταξύ των συστάδων ανοσίας Τ κυττάρων RSV και της αντίστοιχης φυλογένεσής τους, με αλληλουχίες στον ίδιο κλάδο να ανήκουν γενικά στην ίδια ομάδα ανοσίας Τ κυττάρων. Είναι σημαντικό ότι παρατηρούμε επίσης διαφορετικά μοτίβα εξέλιξης επιτόπων Τ-κυττάρων άγριων στελεχών RSV σε σύγκριση με τη γενετική τους εξέλιξη. Βρίσκουμε ότι τα στελέχη RSV με διπλασιασμούς του γονιδίου G μπορούν ακόμα να συγκεντρωθούν με προηγούμενα στελέχη RSV στον χώρο MDS του επιτόπου Τ κυττάρων. Τα αποτελέσματά μας υπογραμμίζουν τη σημασία του χαρακτηρισμού των αλλαγών επιτόπου Τ κυττάρων στον RSV.
cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος
Εντοπίσαμε σε αυτή τη μελέτη επιτόπους Τ-λεμφοκυττάρων RSV με υψηλή διατήρηση, μερικά από τα οποία έχουν ήδη επικυρωθεί πειραματικά και δημοσιευμένα στη βάση δεδομένων IEDB. Ωστόσο, εντοπίσαμε επίσης αρκετούς άλλους διατηρημένους επιτόπους Τ-κυττάρων που δεν έχουν περιγραφεί προηγουμένως. Αυτά μπορεί να είναι πολύτιμα για το σχεδιασμό του εμβολίου, αν και θα χρειαστεί πειραματική επικύρωση. Επιπλέον, η ομολογία επιλεγμένων επιτόπων RSV με ανθρώπινα πεπτίδια υποδηλώνει ότι ορισμένοι προβλεπόμενοι επίτοποι Τ-λεμφοκυττάρων RSV μπορεί να είναι ανεκτοί από το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα ή θα μπορούσαν να προκαλέσουν επιβλαβή διασταυρούμενη ανοσοαπόκριση έναντι ανθρώπινων πρωτεϊνών όταν χορηγούνται με ένα ανοσοενισχυτικό [27]. Ορισμένες πτυχές της ανοσίας στον RSV δεν αντιμετωπίστηκαν από αυτήν τη μελέτη. Για παράδειγμα, οι αποκρίσεις εξουδετερωτικών αντισωμάτων θεωρούνται επί του παρόντος ως ο πιο σημαντικός συσχετισμός της ανοσίας. Ενώ τα εξουδετερωτικά αντισώματα δεν θα προκληθούν άμεσα από ένα εμβόλιο που καθοδηγείται από επίτοπο Τ-λεμφοκυττάρων, οι επίτοποι Τ-λεμφοκυττάρων βοηθητικού (CD4) απαιτούνται για τη δημιουργία αντισωμάτων υψηλής συγγένειας, υψηλής εξειδίκευσης. Σημειώνουμε επίσης ότι έχουμε περιορίσει την εστίασή μας στις δύο κύριες επιφανειακές πρωτεΐνες RSV στην τρέχουσα ανάλυσή μας, αλλά άλλες πρωτεΐνες RSV όπως οι πρωτεΐνες N, M ή M2-2 ενδέχεται επίσης να συμβάλλουν στην αποτελεσματικότητα του εμβολίου [38].
cistanche tubulosa-βελτίωση του ανοσοποιητικού συστήματος
Ένα αποτελεσματικό εμβόλιο κατά των μεταβλητών ιών θα πρέπει να περιέχει επιτόπους Τ-κυττάρων που διατηρούνται σε μεγάλο βαθμό μεταξύ των κυκλοφορούντων στελεχών [39]. Η αποτελεσματικότητα του εμβολίου μπορεί να μειωθεί εάν οι επίτοποι Τ-λεμφοκυττάρων σε ένα στέλεχος εμβολίου δεν ταιριάζουν όταν εμφανίζονται νέα στελέχη παθογόνων. Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε μια προσέγγιση βασισμένη σε ανοσοπληροφορική για να εκτιμήσουμε τα διασταυρωμένα διατηρημένα περιεχόμενα επιτόπου Τ κυττάρων μεταξύ δύο ζωντανών εξασθενημένων υποψήφιων στελεχών εμβολίου και άγριων στελεχών που κυκλοφορούν RSV. Διαπιστώσαμε ότι υπήρχε χαμηλή αναλογία διασταυρούμενων διατηρημένων επιτόπων Τ κυττάρων με στελέχη εμβολίου που ανήκαν σε διαφορετικές αντιγονικές ομάδες, γεγονός που υποδηλώνει τον κίνδυνο χρήσης ενός μόνου υποτύπου στελέχους σε εμβόλια RSV. Επιπλέον, παρατηρήσαμε ένα μικρότερο ποσοστό διασταυρούμενης περιεκτικότητας σε διατηρητέο περιεχόμενο επιτόπου G-πρωτεΐνης Τ κυττάρων μεταξύ στελεχών εμβολίου και πρόσφατων κυκλοφορούντων στελεχών στην ίδια αντιγονική ομάδα, γεγονός που υποδηλώνει ότι η συμπερίληψη επιτόπων Τ κυττάρων από διαφορετικά στελέχη στην ίδια αντιγονική ομάδα μπορεί επίσης να είναι σημαντικό για την ανάπτυξη εμβολίου RSV. Αν και δεν παρατηρήσαμε σημαντική αλλαγή στην περιεκτικότητα σε διασταυρωμένα διατηρημένα επιτόπια Τ κυττάρων στην πρωτεΐνη F, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε την πιθανότητα ότι η παραλλαγή της πρωτεΐνης F στο μέλλον θα μπορούσε να καταστήσει λιγότερο αποτελεσματικό ένα εμβόλιο που βασίζεται σε ένα στέλεχος. Η τρέχουσα ανάλυσή μας βασίζεται σε μειωμένα σύνολα δεδομένων λόγω της μεγάλης υπολογιστικής ικανότητας που απαιτείται για την εκτέλεση σύγκρισης περιεχομένου επιτόπων. Κατασκευάσαμε αυτά τα αντιπροσωπευτικά σύνολα δεδομένων υποβάλλοντας τυχαία τα πλήρη σύνολα δεδομένων σύμφωνα με γεωγραφικές περιοχές και μεμονωμένα έτη. Τα ευρήματά μας μπορεί να αντικατοπτρίζουν την ποικιλομορφία των επιτόπων Τ κυττάρων των δημοσίως διαθέσιμων στελεχών RSV, ωστόσο, ενδέχεται να απαιτηθούν πρόσθετες προσπάθειες επιτήρησης του RSV για να ληφθεί μια πλήρης εικόνα της μεταβλητότητας του επιτόπου Τ κυττάρων του RSV.
Η τρέχουσα μελέτη μας περιορίζεται λόγω έλλειψης πειραματικής επικύρωσης της πρόβλεψης επιτόπου Τ κυττάρων. Εστιάζουμε στην υπολογιστικά προβλεπόμενη δέσμευση MHC για τον εντοπισμό επιτόπων Τ-κυττάρων. Παρόλο που η ισχύς της δέσμευσης MHC είναι η βασική παράμετρος που καθορίζει την ανοσογονικότητα ενός πεπτιδίου, αλλά δεν αρκεί για να είναι μια ενότητα ανοσογόνο [40]. Άλλες πτυχές που σχετίζονται με την επαγόμενη από παθογόνο ανοσοαπόκριση Τ-λεμφοκυττάρων, όπως η κατάλληλη επεξεργασία αντιγόνου [41] και η αναγνώριση υποδοχέα Τ κυττάρων [40] δεν λαμβάνονται υπόψη σε αυτή τη μελέτη, γεγονός που μπορεί να προκαλέσει μεροληψία στα τοπία των επιτόπων Τ κυττάρων που βασίζονται σε υπολογισμούς. Ωστόσο, το παρατηρούμενο ομαδοποιημένο μοτίβο των επιφανειακών πρωτεϊνών RSV στο τοπίο του επιτόπου Τ κυττάρων σε αυτή τη μελέτη αντανακλά την ποικιλομορφία των επιτόπων Τ κυττάρων εντός διαφορετικών στελεχών. Αυτό το εύρημα παρέχει πολύτιμες γνώσεις για την εξέλιξη του ιού στις πτυχές της ανοσίας των Τ-κυττάρων και μπορεί να συμβάλει στην επιλογή στελεχών για το σχεδιασμό του εμβολίου. Συνολικά, αυτή η μελέτη παρέχει μια εστιασμένη ανάλυση των επιτόπων Τ κυττάρων σε πρωτεΐνες κύριας επιφάνειας RSV χρησιμοποιώντας υπολογιστικά εργαλεία. Πραγματοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη πρόβλεψη επιτόπου Τ κυττάρων για RSV που δείχνει την ανοσολογική σχέση των επιτόπων Τ κυττάρων σε πρωτεΐνες επιφάνειας RSV. Αυτή η μελέτη καταδεικνύει ότι η εξέλιξη του επιτόπου Τ κυττάρων μπορεί να διαφέρει από τη γενετική παραλλαγή και παρέχει ένα πλαίσιο για την ανάπτυξη ενός ολοκληρωμένου εμβολίου RSV με βάση τον επίτοπο και μεθόδων αξιολόγησης που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για τη βελτιστοποίηση των στρατηγικών εμβολιασμού.
βιβλιογραφικές αναφορές
1. Crowe JE Jr., Williams JV. Παραμυξοϊοί: αναπνευστικός συγκυτιακός ιός και ανθρώπινος μεταπνευμοϊός: Ιογενείς λοιμώξεις των ανθρώπων. 2014 Φεβ 27:601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26
2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K, et al. Πλήρεις αλληλουχίες γονιδιώματος απομονώσεων γονότυπου Α και Β του ανθρώπινου αναπνευστικού συγκυτιακού ιού από τη Νότια Κορέα. Γονιδίωμα Αναγγελία. 2015; 3(2). Epub 25/04/2015. https://doi.org/10.1128/genomeA.00332-15 PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.
3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Δομή και λειτουργία των επιφανειακών γλυκοπρωτεϊνών του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83-104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.
4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Προστατευτικές αντιγονικές θέσεις στην πρωτεΐνη προσκόλλησης G του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού εκτός των κεντρικών συντηρημένων και κυστεϊνικών περιοχών θηλιάς. Παθογόνα PLOS. 2018; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227
5. Ενημερωμένη καθοδήγηση για την προφύλαξη από το palivizumab σε βρέφη και μικρά παιδιά με αυξημένο κίνδυνο νοσηλείας για λοίμωξη από αναπνευστικό συγκυτιακό ιό. Παιδιατρική. 2014; 134(2):e620–38. Epub 2014/ 30/07. https://doi.org/10.1542/peds.{11}} PMID: 25070304.
6. Το Palivizumab, ένα εξανθρωπισμένο μονοκλωνικό αντίσωμα του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού, μειώνει τη νοσηλεία από λοίμωξη από αναπνευστικό συγκυτιακό ιό σε βρέφη υψηλού κινδύνου. Η ομάδα μελέτης Impact-RSV. Παιδιατρική. 1998; 102(3 Pt 1):531–7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.
7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka Ρ, Lindblad Ν, et al. Τρία επίπεδα δόσης ενός υποψηφίου εμβολίου μητρικού αναπνευστικού συγκυτιακού ιού είναι καλά ανεκτά και ανοσογόνα σε μια τυχαιοποιημένη δοκιμή σε μη έγκυες γυναίκες. J Infect Dis. 2022; 225(12):2067–76. Epub 2021/06/20. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.
8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. Τρέχουσα κατάσταση και προκλήσεις στην ανάπτυξη εμβολίων αναπνευστικού συγκυτιακού ιού. Εμβόλια (Βασιλεία). 2020; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.
9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen Κ, et αϊ. Νόσος του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού σε βρέφη παρά την προηγούμενη χορήγηση αντιγονικού αδρανοποιημένου εμβολίου. Am J Epidemiol. 1969; 89(4):422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.
10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. Ενισχυμένη πνευμονική ιστοπαθολογία παρατηρείται σε αρουραίους βαμβακιού που ανοσοποιήθηκαν με αδρανοποιημένο με φορμαλίνη αναπνευστικό συγκυτιακό ιό (RSV) ή καθαρισμένη γλυκοπρωτεΐνη F και προκλήθηκαν με RSV 3-6 μήνες μετά την ανοσοποίηση. Εμβόλιο. 1990; 8(5):497–502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.
11. Killikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Η προ-σύντηξη F απουσιάζει στην επιφάνεια του αδρανοποιημένου με φορμαλίνη αναπνευστικού συγκυτιακού ιού. Επιστημονικές Εκθέσεις. 2016; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426
12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner Μ, Regele Η, et αϊ. Ένας ρόλος για τα ανοσοσυμπλέγματα στην ενισχυμένη νόσο του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού. J Εχρ Med. 2002; 196(6):859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.
13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3rd, Murphy BR. Η ενισχυμένη πνευμονική ιστοπαθολογία που προκαλείται από πρόκληση αναπνευστικού συγκυτιακού ιού (RSV) ποντικών BALB/c ανοσοποιημένων με φορμαλίνη RSV, καταργείται από την εξάντληση της ιντερλευκίνης-4 (IL-4) και της IL-10. J Virol. 1994; 68 (8):5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.5321-5325.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.
14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Η λοίμωξη από αναπνευστικό συγκυτιακό ιό σε ποντικούς BALB/c που είχαν προηγουμένως ανοσοποιηθεί με αδρανοποιημένο με φορμαλίνη ιό επάγει ενισχυμένη πνευμονική φλεγμονώδη απόκριση με κυρίαρχο μοτίβο κυτοκίνης τύπου Th2-. J Virol. 1996; 70(5):2852–60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.
15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Παροδικό άνοιγμα πρωτεϊνών RSV F τριμερικής πρόγχυσης. Nat Commun. 2019; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, έχει λάβει χρηματοδότηση έρευνας από τη MedImmune και την Janssen, υπήρξε αμειβόμενος σύμβουλος για το MedImmune και είναι στο επιστημονικό συμβουλευτικό συμβούλιο της Calder Biosciences. Ο MSAG είναι ένας επώνυμος εφευρέτης σε μια αίτηση διπλώματος ευρεσιτεχνίας για αντισώματα μονού τομέα κατευθυνόμενα από RSV F. Οι PF-H., GP, A.vW. και JPML είναι υπάλληλοι της Janssen, μιας φαρμακευτικής εταιρείας της Johnson & Johnson.
16. Taylor G. Ζωικά μοντέλα μόλυνσης από αναπνευστικό συγκυτιακό ιό. Εμβόλιο. 2017; 35(3):469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.
17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Προφίλ του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού εμβολίου νανοσωματιδίων προέγχυσης πρωτεΐνης σύντηξης. Εμβόλια Expert Rev. 2021; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.
18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley Ν, et αϊ. Το τοπίο του εμβολίου του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού: μαθήματα από το νεκροταφείο και πολλά υποσχόμενοι υποψήφιοι. Lancet Infect Dis. 2018; 18(10):e295–e311. Epub 2018/06/20. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.
19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang Η, Shi YS, et αϊ. Σταδιακή αντικατάσταση όλου του στελέχους Α του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού που κυκλοφορούσε προηγουμένως με τον νέο γονότυπο ΟΝ1 στο Lanzhou από το 2010 έως το 2017. Ιατρική (Βαλτιμόρη). 2019; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.
20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy ΗΑ, Baaboud AO, et al. Συνκυκλοφορία στελεχών της Ομάδας Α διπλασιασμού 72 bp και στελεχών του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού (RSV) διπλασιασμού 60 bp στο Ριάντ της Σαουδικής Αραβίας το 2014. PLOS ONE. 2016; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664
21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A, et al. Δομική βάση εξουδετέρωσης που εξαρτάται από τον υποτύπο του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού από ένα αντίσωμα που στοχεύει τη συγχωνευμένη γλυκοπρωτεΐνη. Επικοινωνίες για τη φύση. 2017; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732
22. Hashimoto K, Hosoya M. Neutralizing epitopes of RSV and palivizumab αντίσταση στην Ιαπωνία. Fukushima J Med Sci. 2017; 63(3):127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.2017-09 PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.
23. Sullender WM. Γενετική και αντιγονική ποικιλομορφία του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού. Clin Microbiol Rev. 2000; 13 (1):1–15, πίνακας περιεχομένων. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.
24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y, et αϊ. Γενετικές παραλλαγές στην πρωτεΐνη σύντηξης του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού που απομονώθηκε από παιδιά που νοσηλεύονται με πνευμονία της κοινότητας στην Κίνα. Επιστημονικές Εκθέσεις. 2018; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836
25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha Ρ, Richard G, et αϊ. Καλύτερη ανακάλυψη επιτόπου, ακριβής ανοσολογική μηχανική και επιταχυνόμενος σχεδιασμός εμβολίων με χρήση εργαλείων ανοσοπληροφορικής. Front Immunol. 2020; 11:442. Epub 2020/04/23. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.
26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen Μ, Ngwuta JO, Goodwin Ε, Moin SM, et αϊ. Ταχεία δημιουργία προφίλ των ρεπερτορίων αντισωμάτων RSV από τα κύτταρα Β μνήμης φυσικώς μολυσμένων ενηλίκων δοτών. Sci Immunol. 2016; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.
27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Ολοκληρωμένη αξιολόγηση της προβλεπόμενης δέσμευσης MHC και διασταυρούμενης διατήρησης με τον εαυτό αποκαλύπτει μοτίβα ιικού καμουφλάζ. BMC Bioinformatics. 2014; 15 Suppl 4(Suppl 4):S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.
28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA, et al. Ενοποίηση της επιδημιολογικής και της εξελικτικής δυναμικής των παθογόνων. Επιστήμη. 2004; 303(5656):327–32. Epub 2004/01/17. https:// doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.
29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. Χαρτογράφηση της αντιγονικής και γενετικής εξέλιξης του ιού της γρίπης. Επιστήμη. 2004; 305(5682):371–6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.
30. Bedford T, Suchard ΜΑ, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, et αϊ. Ενσωμάτωση της αντιγονικής δυναμικής της γρίπης με τη μοριακή εξέλιξη. eLife. 2014; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547
31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Immunoinformatics Comes of Age. PLOS Υπολογιστική Βιολογία. 2006; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250
32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: βελτιωμένες προβλέψεις παρουσίασης αντιγόνου MHC με ταυτόχρονη αποσυνέλιξη και ενσωμάτωση δεδομένων συνδέτη εκλουσμένου MS MHC. Έρευνα νουκλεϊκών οξέων. 2020; 48(Ε1): Ε449–Ε54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916
33. Gutie´rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD, et al. Σύγκριση περιεκτικότητας επιτόπου Τ-κυττάρου (EpiCC) της αιμοσυγκολλητίνης του ιού της γρίπης Α των χοίρων Η1. Άλλοι ιοί της γρίπης. 2017; 11(6):531–42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.
34. Russell CD, Unger SA, Walton Μ, Schwarze J. The Human Immune Response to Respiratory Syncytial Virus Infection. Clin Microbiol Rev. 2017; 30(2):481–502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.{11}} PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.
35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. Μακροπρόθεσμη προσαρμογή του ιού της γρίπης Α μέσω διαφυγής της κυτταροτοξικής αναγνώρισης Τ-κυττάρων. Επιστημονικές Εκθέσεις. 2016; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812
36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green Α, James SL, et αϊ. Οι ιοί του δάγγειου πυρετού συγκεντρώνονται αντιγονικά αλλά όχι ως διακριτοί ορότυποι. Επιστήμη. 2015; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952
37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi ΑΙ, Karanja Η, Musyoki JN, Warimwe GM, et αϊ. Αντιγονική χαρτογραφία ανοσοαποκρίσεων στην πρωτεΐνη 1 της μεμβράνης των ερυθροκυττάρων Plasmodium falciparum (PfEMP1). Παθογόνα PLOS. 2019; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501
38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen Μ, Johnson TR, Graham BS. Χαρακτηρισμός αναπνευστικού συγκυτιακού ιού M- και M2-Ειδικών CD4 Τ κυττάρων σε μοντέλο ποντικού. Journal of Virology. 2009; 83(10):4934–41. https:// doi.org/10.1128/JVI.02140-08 PMID: 19264776
39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. Πέρα από τις κλινικές δοκιμές: Εξελικτικές και επιδημιολογικές εκτιμήσεις για την ανάπτυξη ενός καθολικού εμβολίου κατά της γρίπης. Παθογόνα PLOS. 2020; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783
40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili Ρ. Τ Cell Epitope Prediction and Its Application to Immunotherapy. Front Immunol. 2021; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.
41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. Πρόβλεψη επιτόπου CD4+ Τ-κυττάρου με χρήση περιορισμών επεξεργασίας αντιγόνου. J Immunol Methods. 2016; 432:72-81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.
42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et αϊ. Νέο και επεκτάσιμο σύστημα γονότυπου για τον ανθρώπινο αναπνευστικό συγκυτιακό ιό που βασίζεται σε ανάλυση αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος. Άλλοι ιοί της γρίπης. 2022; 16(3):492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077
43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. ΕΤΙΚΕΤΑ: Γρήγορη και ακριβής εκχώρηση γενεαλογίας με αξιολόγηση των αιμοσυγκολλητινών της γρίπης H5N1 και H9N2. PLOS ONE. 2014; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291
44. Οργανισμός UNbtWH. Παγκόσμια Στατιστικά Υγείας 2011 2011.
45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: ολοκληρωμένη αλληλουχία πρωτεΐνης και δομική ευθυγράμμιση. Έρευνα νουκλεϊκών οξέων. 2019; 47(Ε1): Ε5–Ε10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021
46. Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite. Τάσεις Genet. 2000; 16(6):276–7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.
47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire Μ, Elkins WR, Murphy BR, et al. Η αντικατάσταση των πρωτεϊνών F και G της υποομάδας Α του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού (RSV) με αυτές της υποομάδας Β δημιουργεί χιμαιρικά ζώντα εξασθενημένα υποψήφια εμβόλια RSV υποομάδας Β. J Virol. 1999; 73(12):9773–80. Epub 1999/ 11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.9773-9780.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.
48. Σταματάκης Α. RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Βιοπληροφορική. 2014; 30(9):1312–3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.
49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Φυλοδυναμική ανάλυση μέγιστης πιθανότητας. Εξέλιξη ιών. 2018; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210
50. Yu G, Smith DK, Zhu Η, Guan Υ, Lam ΤΤ-Υ. συμφωνούν σε ένα πακέτο r για οπτικοποίηση και σχολιασμό φυλογενετικών δέντρων με τις συμμεταβλητές τους και άλλα σχετικά δεδομένα. Μέθοδοι στην Οικολογία και την Εξέλιξη. 2017; 8(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628
51. Southwood S, Sidney J, Kondo Α, del Guercio MF, Appella Ε, Hoffman S, et αϊ. Αρκετοί κοινοί τύποι HLADR μοιράζονται σε μεγάλο βαθμό επικαλυπτόμενα ρεπερτόρια δέσμευσης πεπτιδίων. J Immunol. 1998; 160(7):3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.
52. Sette A, Sidney J. Εννέα κύριοι υπερτύποι HLA τάξης Ι ευθύνονται για την τεράστια υπεροχή του πολυμορφισμού HLA-A και -B. Ανοσογενετική. 1999; 50(3–4):201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.
53. UniProt: η καθολική βάση γνώσεων πρωτεϊνών το 2021. Nucleic Acids Res. 2021; 49(D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.
54. Moise L, Gutierrez Α, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R, et αϊ. iVAX: Μια ολοκληρωμένη εργαλειοθήκη για την επιλογή και τη βελτιστοποίηση αντιγόνων και το σχεδιασμό εμβολίων που οδηγούνται από επίτοπους. Ανθρώπινα Εμβόλια & Ανοσοθεραπευτικά. 2015; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959
55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et αϊ. Ένα εξαιρετικά ισχυρό αντίσωμα παρατεταμένης ημιζωής ως πιθανό υποκατάστατο εμβολίου RSV για όλα τα βρέφη. Sci Transl Med. 2017; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.
56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Η δομή της γλυκοπρωτεΐνης σύντηξης του αναπνευστικού συγκυτιακού ιού στη διαμόρφωση μετά τη σύντηξη αποκαλύπτει τη διατήρηση των εξουδετερωτικών επιτόπων. J Virol. 2011; 85 (15):7788–96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.00555-11 PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.
57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: μια συναινετική μέθοδος για τις προβλέψεις του κύριου συμπλέγματος ιστοσυμβατότητας κατηγορίας Ι. Ανοσογενετική. 2012; 64(3):177–86. https://doi.org/10. 1007/s00251-011-0579-8 PMID: 22009319
58. GOWER JC. Ορισμένες ιδιότητες απόστασης των μεθόδων λανθάνουσας ρίζας και φορέα χρησιμοποιούνται στην πολυμεταβλητή ανάλυση. Βιομετρικά. 1966; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325
59. San'nchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Multivariate Analysis. Academic Press, LondonNew York-Toronto-Sydney-San Francisco 1979. xv, 518 pp., $ 61.00. Βιομετρικό περιοδικό. 1982; 24 (5):502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.
60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: An R Package for Determining the Relevant Number of Clusters in a Data Set. Journal of Statistical Software. 2014; 61(6):1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06
61. de Leeuw J, Mair P. Multidimensional Scaling Using Majorization: SMACOF στο R. Journal of Statistical Software. 2009; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03
